전소유자의 납세지 관할세무서에서 쟁점부동산의 실지거래가액을 확인하여 실가경정결의서를 작성하였을 것으로 보이는 점, 쟁점부동산의 전소유자가 자필서명한 확인서에서 전소유자는 쟁점부동산을 실거래가로 신고하였다고 기재한 후 자필서명한 점, 그 밖에 실제 취득가액이 불분명함이 객관적, 합리적으로 입증된다고 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 전소유자의 양도소득세 신고내용을 근거로 청구인이 양도한 쟁점부동산의 실제 취득가액을 산정하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 청구인은 쟁점부동산의 취득 당시 매매계약서를 분실하여 찾지 못하였고, 취득대금으로 지급한 금액을 확인하기 위하여 금융거래내역을 은행에 요청하였으나, 거래내역이 확인되지 아니하여 부득이 취득가액을 환산하여 신고하였다. 청구인이 취득한 쟁점부동산의 가액은 계약서, 금융거래증빙 등으로 확인되지 아니하므로 실지거래가액이 확인되지 않는 경우에 해당된다고 보아야 하고, 쟁점부동산의 양도소득세를 산정함에 있어 환산취득가액을 적용함이 타당하다 할 것이다. 처분청은 전소유자가 신고한 양도가액을 실지거래가액으로 보아야 한다는 의견이나, 전소유자가 신고했던 양도가액을 국세청 내부전산자료로 확인하였을 뿐 그 당시 매매계약서는 확인하지 못하였고, 이에 대한 금융거래내역도 제시하지 못하였으므로 이러한 신고자료만을 근거로 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 근거과세의 원칙에 어긋나는 것이다.
(2) 청구인이 쟁점부동산을 취득할 당시의 기준시가를 산정해보면 OOO원으로, 처분청이 실지거래가액으로 주장하는 OOO원과 유사한 금액이나, 쟁점부동산은 주택과 근린생활시설이 포함된 건물로서 쟁점부동산의 취득시점인 1999년 당시 기준시가가 시세에 비하여 상당히 낮게 형성되어 있음을 고려할 때 청구인이 쟁점부동산을 기준시가 수준으로 매매하였다는 것은 타당하지 않다. 또한 처분청은 국세청 내부전산자료에서 확인되는 전소유자의 양도소득세 신고당시 양도가액을 실지취득가액으로 인정을 하기 위해서는 명백히 법률에 명시해야 할 것이나, 문서보존기간이 만료되어 쟁점부동산의 취득 당시의 신고서 및 매매계약서를 확보하지 못했다고 답변하였고, 전소유자의 양도소득세 신고서 및 매매계약서, 대금증빙이 전혀 입증되지 아니하였으므로, 전소유자의 신고금액을 쟁점부동산 취득당시의 실지거래가액으로 보기는 어렵다. 특히, 전소유자는 취득 관련 서류가 없어서 정확한 기억을 못한다고 진술하고 있는바, 전소유자가 작성한 확인서를 취득당시의 실지거래가액을 확인하는 증빙으로 사용하기 어렵다. 소득세법 제97조 제1항 에서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 취득가액을 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액으로 한다고 규정하고 있고, 이때, 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지약정된 금액을 의미하는 것(서울행정법원 2013.4.5. 선고 2012구합3665 판결 참조)이므로 처분청이 쟁점부동산의 취득가액을 환산가액이 아닌 실지거래가액으로 부과한 처분은 부당하다.
(2) 청구인이 주장하는 바와 같이 소득세법 제97조 제1항 에 따른 실지거래가액은 계약서의 존재 자체가 아니라 실지거래대금 자체 및 거래당시 급부의 대가로 약정된 금액을 의미하는 것임에도 청구인은 매매계약서의 존부와 동 계약서에 의하여 확인되는 가액만을 의미하는 것으로 법리를 오인하고 있다. 청구인은 화재 등으로 자료를 소실하여 실지거래가액을 확인할 수 없다고 주장하나, 양수인인 (재)A에 확인한 바에 따르면 청구인으로부터 쟁점부동산의 등기권리증에는 OOO원의 매매계약서가 첨부되어 있는 것으로 확인되어, 화재로 매매계약서가 소실되었다는 청구인의 주장을 신뢰하기 어렵다. 또한 전소유자에게 확인한 바에 의하면, 전소유자는 쟁점부동산의 거래 당시 종로에서 의료기기 도매사업을 하던 중 어음의 부도를 막기 위하여 쟁점부동산을 헐값에 넘겼기 때문에 당시의 상황을 지금도 명확히 기억하고 있음을 진술하고, 본인이 다운계약서를 썼다고 하더라도 부과제척기간이 경과하여 당시 상항을 왜곡할 이유가 없으며, 실지거래가액으로 양도소득세 신고한 사실과 당시 송파세무서로부터 거래가액을 확인하였다고 진술하면서 본인이 양도소득세 신고 당시 실거래가액으로 신고하였다는 확인서를 제출하였다. 청구인은 쟁점부동산의 취득 이후 쟁점부동산의 보수 및 증축공사를 수행한 것으로 확인되어 쟁점부동산의 취득당시 이용상태가 좋지 않았던 것으로 보이고, 1999년 당시 IMF로 인하여 부동산거래가액이 기준시가에 못 미치게 낙찰된 사례가 많이 있었으며, 1999년의 공시지가를 보더라도 전국의 부동산이 대부분 하락한 것으로 나타나 쟁점부동산의 실지거래가액이 기준시가와 유사하더라도 이를 부인하기는 어렵다 할 것이다.
(1) 소득세법(1998.12.28. 법률 제5580호로 일부개정된 것) 제94조 (양도소득의 범위) 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.
1. 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득 제96조(양도가액) 양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.
1. 제94조 제1호ㆍ제2호 및 제5호(大統領令이 정하는 資産을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.
(2) 소득세법(2018.12.31. 법률 제16104호로 일부개정된 것) 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 나목의 금액을 적용한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.
2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.
⑤ 제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 “신고의무자”라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 부동산등기법 제68조 에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 “등기부 기재가액”이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.
⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.
⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (3) 소득세법 시행령(1999.2.8. 대통령령 제16112호로 개정된 것) 제166조 (양도차익의 산정) ④ 법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 “당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 단기매매차익을 목적으로 다음의 자산을 양도하는 경우
2. 조세부담을 회피할 목적으로 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 경우 및 법 제104조 제3항에 규정된 자산을 양도하는 경우
3. 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 (4) 소득세법 시행령 (2018.10.23. 대통령령 제29242호로 일부개정된 것) 제163조(양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조제4호 에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 “감정평가업자”라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우
② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.
2. 법 제96조 제1항에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 이 건 부동산은 1999.6.11. 매매를 원인으로 하여 1999.7.2. 청구인 명의로 소유권이전등기되었고, 2019.6.29. 매매를 원인으로 2019.7.29. 재단법인OOO(고신)총회유지재단 명의로 소유권이전등기가 되었다. (나) 청구인은 양도소득세 신고시 이 건 부동산의 취득가액을 아래 <표2>와 같이 환산취득가액 OOO원으로 산정하였고, 이 금액이 이 건 부동산의 환산취득가액이라는 점에 대하여는 처분청과 청구인 간 다툼이 없다. <표2> 이 건 부동산의 환산취득가액(양도소득금액명세서) ㅇㅇㅇ (다) 한편, 처분청은 2024.12.6. 이 건 양도소득세와 관련하여 증축분 에 대해서는 증축 당시의 실지취득가액이 불분명한 경우에 해당한다고 보아, 환산취득가액 OOO원을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 직권으로 감액 경정하였다. (라) 처분청은 쟁점부동산의 실지취득가액이 OOO원에 해당한다는 의견으로, 다음과 같은 자료를 제출하였다.
1. 제출한 국세통합시스템 조회내역에 따르면, 쟁점부동산의 전소유자는 양도소득세 신고시 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원으로 기재한 것으로 나타난다.
2. 처분청은 전소유자가 신고한 쟁점부동산의 양도가액이 실거래가액에 해당한다는 증빙으로 전산결정결의 조회화면을 제출하였다. <전소유자의 양도소득세 결정결의 조회내역> ㅇㅇㅇ
3. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사과정에서 전소유자로부터 수령한 부동산거래내역 확인서를 증빙으로 제출하였고, 전소유자는 “위 관련서류가 없어서 정확한 기억을 못합니다. 하지만 실거래가로 신고한 것은 틀림없습니다. 이에 확인합니다”라고 기재한 후 자필서명하였다. (마) 처분청이 제출한 청구인에 대한 양도소득세 조사결정서의 주요 내용은 아래와 같다. <청구인에 대한 양도소득세 조사결정서 중 일부> ㅇㅇㅇ (바) 처분청이 제출한 쟁점부동산의 매매계약서(검인계약서)에는 쟁점부동산의 매매가액이 OOO원으로 기재되어 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산의 매매계약서, 대금거래증빙 등을 분실하여 취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산취득가액을 적용하여야 한다고 주장하나, 소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007.10.26. 선고 2006두16137 판결, 같은 뜻임)할 것인바, 국세통합전산망에서 조회한 전소유자의 경정결의서, 양도소득세 신고서 등에서 전소유자가 쟁점부동산의 실거래가로 양도소득세를 신고한 것으로 확인되고, 전소유자가 쟁점부동산을 양도한 당시(1999년)는 기준시가를 기준으로 양도소득세를 신고하되, 예외적으로 실지거래가액을 인정하였는바, 전소유자의 납세지 관할세무서에서 쟁점부동산의 실지거래가액을 확인하여 실가경정결의서를 작성하였을 것으로 보이는 점, 쟁점부동산의 전소유자가 자필서명한 확인서에서 전소유자는 쟁점부동산을 실거래가로 신고하였다고 기재한 후 자필서명한 점, 그 밖에 실제 취득가액이 불분명함이 객관적, 합리적으로 입증된다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 전소유자의 양도소득세 신고내용을 근거로 청구인이 양도한 쟁점부동산의 실제 취득가액을 산정하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본 법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.