손실보상금은 특정의료분야 수입이 아닌 의료법인 전체 의료수입에 대한 손실 보전 차원에서 지급된 것으로 이에 대응하는 개별손금을 특정하지 못하면 공통손금으로 안분계산하여야 함
손실보상금은 특정의료분야 수입이 아닌 의료법인 전체 의료수입에 대한 손실 보전 차원에서 지급된 것으로 이에 대응하는 개별손금을 특정하지 못하면 공통손금으로 안분계산하여야 함
[주 문] OO세무서장이 2024.11.8. 청구법인에게 한 2020사업연도 법인세 OOO원 및 2021사업연도 법인세 OOO원 합계 OOO원의 각 경정청구 거부처분은 청구법인이 수령한 코로나19 손실보상금에 대응되는 공통손금을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점손실보상금은 ‘비수익사업’에서 발생한 익금이고, 쟁점의료비용은 ‘수익사업’에서 발생한 개별손금이므로, 쟁점의료비용이 수익사업과 비수익사업의 공통손금임을 전제로 안분계산하여 비수익사업의 소득에 대응하는 일부 금액을 손금불산입하는 것은 위법‧부당하다. (가) 쟁점손실보상금은 타인으로부터 무상으로 받은 자산으로서 해당 소득을 얻기 위하여 지출한 손비가 없으므로 어떠한 손금도 대응할 수 없다. 쟁점손실보상금은 ① 기회비용에 대한 보전 성격의 보상금으로서 ② 청구법인의 의료용역과 대가성이 인정되지 아니하고, ③ 청구법인이 관련하여 추가로 제공한 용역이 없이 국가로부터 무상으로 수취한 것이다. 쟁점손실보상금은 ‘미사용 병상을 코로나19가 아닌 환자 치료를 위하여 사용하였을 때 수입’, ‘코로나19 환자 치료에 사용한 병상에 대하여 코로나19가 아닌 환자 치료를 위하여 사용하였을 때 수입과 코로나19 환자 치료 수입의 차이’, ‘감염병 관리기관으로 지정되지 않았을 경우의 예상진료비와 실제 수입의 차이’를 기준으로 계산하여 제공된 것으로, 실제 발생한 비용이 아니라 코로나 전담병원으로 지정됨으로 인하여 얻지 못하게 된 ‘기회비용’을 가정적으로 계산하여 지급되었다. 의료용역 제공 당사자는 병원과 코로나19 환자로, 쟁점손실보상금을 지급한 국가는 해당 용역거래의 제공과 관련이 없는 제3자의 입장에 있고, 쟁점손실보상금은 코로나19 대응을 위해 사회적으로 공헌한 의료법인에게 정부시책에 따라 필수적으로 발생할 수밖에 없는 기회손실의 일정부분에 대해 조건 없이 제공되는 것이므로 쟁점손실보상금은 청구법인이 코로나19 환자에게 제공한 의료용역과는 전혀 대가성이 인정되지 않는다. 쟁점손실보상금은 청구법인이 국가로부터 감염병 관리기관으로 지정됨으로써 일반환자를 대상으로 진료하지 못한 것(용역제공 없음)에 대한 손실을 보전하기 위해 국가가 무상으로 지급한 것이므로, 청구법인이 쟁점손실보상금과 관련하여 추가로 용역을 제공한 것이 없다. 국세청은 쟁점손실보상금을 국가적 재난을 지원하는 과정에서 발생하는 손실을 국가가 조건이나 의무 없이 보전해 주는 것으로서 수익성이 인정되지 않는다는 점까지 고려하여 쟁점손실보상금이 법인세법상 수익사업에서 생기는 소득에 해당하지 않는다고 해석하였고(사전-2022-법규법인-612, 2022.9.19.), 쟁점손실보상금이 법인세 과세대상이 아니라는 점에 대해서는 처분청도 인정하고 있다. 청구법인은 쟁점손실보상금을 얻기 위하여 지출한 손비가 없으므로 이에 대하여 어떠한 손금에도 대응할 수 없다. 쟁점손실보상금과 같은 무상(수증)이익 성격의 소득은 조건 없이 외부에서 수령한 것이라는 점에서 관련한 어떠한 손금(손비)를 대응할 수 없으므로, 공통손금의 안분대상이 될 수도 없다. 처분청은 쟁점손실보상금이 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 제2호 의 적용 대상이라는 의견이나, 같은 조 제7항에 따르면 제6항의 공통되는 손금은 ‘익금에 대응하는 것에 한하는 것’으로 하는바, 쟁점손실보상금은 대응하는 손금이 없으므로 위 시행규칙 조항의 적용 대상이 아니다. 쟁점손실보상금은 쟁점의료비용과는 무관하게 정해진다는 점에서 쟁점의료비용과 아무런 관련이 없다. 처분청은 쟁점손실보상금이 청구법인의 인건비, 관리비 등 쟁점의료비용을 고려하여 산정되는 것이므로 공통손금이라는 의견이나, 쟁점손실보상금은 청구법인이 감염병 관리기관으로 지정되지 않았을 경우 발생하였을 소득을 바탕으로 산정되는 것이고, 일반환자에 대한 의료활동을 수행하지 않은 ‘부작위’에 대한 보상이자, 코로나19 환자에게 제공한 의료용역과도 무관하게 지급되는 것이기 때문에 실제 발생한 의료비용과는 전혀 관련이 없다. 처분청은 건강보험수가를 토대로 산정한 진료비에서 실제 진료비를 차감하는 방식으로 계산되므로 쟁점의료비용이 쟁점손실보상금과 무관하다고 보기 어렵다는 의견이나, 위 ‘진료비’는 청구법인 입장에서 ‘의료수익’을 의미하는 것으로 쟁점손실보상금이 ‘감염병 관리기관으로 지정되지 않았을 경우의 예상 진료비와 실제 수입의 차이’인 기회비용에 대한 것임을 보여주는 것일 뿐이다. 특히, 중증환자 전담치료병상의 경우 환자의 입원기간에 따라 병상단가에 곱해지는 배수를 차등화하였는데, 이는 병상 운영의 효율화를 위한 것으로, 이러한 산정 방식을 보더라도 쟁점손실보상금은 청구법인이 지출한 쟁점의료비용과는 관련이 없음을 알 수 있다. (나) 쟁점의료비용은 쟁점손실보상금과 관련없이 수익사업인 의료업의 수행과 관련하여 발생한 비용이므로 수익사업에만 대응하는 개별손금이다. 쟁점의료비용은 쟁점손실보상금과 무관하게 발생하는 것으로 수익사업에만 대응하는 개별손금이다. 쟁점손실보상금은 용역제공에 대한 대가로 지급된 것이 아니라, 청구법인이 감염병 관리기관으로 지정됨에 따라 무상으로 수령한 것이므로 쟁점손실보상금에 대응하여 추가적으로 발생하는 비용은 없다. 코로나19 진료행위에 대한 대가는 전부 의료수익으로 인식되었으므로 쟁점의료비용 중 코로나19 진료행위를 원인으로 발생한 비용 역시 위 의료수익에 대응하는 개별손금이다. 만약 쟁점의료비용이 쟁점손실보상금과 관련된 비용이라고 한다면, 쟁점손실보상금을 수령하지 않았던 2018‧2019년과 쟁점손실보상금을 수령한 2020‧2021년의 의료수익 대비 의료비용의 비율이 월등하게 높아져야 할 것이나, 쟁점손실보상금이 없었던 2018‧2019년과 쟁점손실보상금이 있었던 2020‧2021년의 의료수익 대비 의료비용의 비율을 비교해보면 의료비용이 차지하는 비율이 유사하거나 오히려 감소하였다. 2020년 이후 의료비용이 의료수익에서 차지하는 비율이 증가하지 않았다는 것은, 쟁점손실보상금에 대응하는 추가적인 의료비용의 발생이 없었음을 보여준다. 대법원은 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우 과세사업 운영과 무관하게 면세사업을 위해 필수적으로 소요되는 비용은 면세사업과 관련된 매입세액이라고 판단하였는바(대법원 2013.12.26. 선고 2013두17336 판결), 쟁점의료비용은 ① 청구법인의 의료사업을 위해 필수적으로 소요되는 비용으로서, ② 감염병 관리기관으로 지정되지 않는 경우에도 당연히 필요로 하는 것이고, ③ 감염병 관리기관으로 지정됨에 따라 추가적으로 발생하는 것도 아니므로 수익사업의 개별손금으로 보아야 한다. 국고보조금과의 관계를 보더라도 쟁점의료비용은 수익사업에만 대응하는 개별손금으로 보아야 한다. 청구법인과 같은 의료법인의 경우 목적사업인 의료업이 법인세법상 수익사업에 해당되는 특수성이 있으므로 의료법인이 기부금을 받아서 의료업에 사용하는 것은 당연한 것이지만, 그렇다고 하여 기부금을 수익사업의 소득으로 보거나 의료비용 중 일부를 기부금의 비율로 안분하여 손금불산입하지는 않는다. 이와 관련한 다수의 예규 역시 의료법인이 무상으로 수령한 자산은 법인세 과세대상이 아니고, 이를 의료기기 등 취득에 사용하는 경우 자본의 원입으로 처리하여 수익사업에 사용한 것으로 보아 손금에 산입한다고 해석하였는바(사전-2019-법령해석법인-125, 2019.4.3., 법인세과-512, 2009.5.4., 서면-2016-법령해석법인-6066, 2017.10.19.), 쟁점손실보상금은 국고보조금과 달리 볼 이유가 없으므로 쟁점의료비용을 공통손금으로 보고 안분하여 손금불산입할 수 없다. 처분청은 쟁점의료비용에는 감염병 관리시설의 설치·운영비용이 모두 포함되어 있으므로 쟁점의료비용이 수익사업과 비수익사업의 공통손금에 해당한다는 의견이나, 청구법인은 감염병 관리시설의 설치·운영비용은 쟁점손실보상금과 별개로 지원받아 관련 비용은 국고보조금과 상계 처리하였으므로 쟁점의료비용에는 감염병 관리시설의 설치·운영비용이 포함되어 있지 않다. 처분청은 쟁점손실보상금이 약품비나 진료재료비를 제외하고 보상한 것이라 주장하지만, 쟁점손실보상금은 의료비용과는 무관한 기준으로 산정된 것으로 어떤 의료비용은 보상하고 어떤 의료비용은 보상하지 않는 성격의 것이 아니다. (다) 쟁점손실보상금에 대하여 법인세를 과세하는 것은 상속세 및 증여세법(이하 “상증세법”이라 한다) 및 쟁점손실보상금 제도의 취지에도 부합하지 않는다. 상증세법 제46조 제1항에서는 비영리법인이 국가로부터 무상으로 받은 자산은 증여세 과세대상에서 제외하고 있고, 이는 비영리법인이 국가로부터 증여받은 재산가액을 온전히 취득하게 하여 증여의 정책 목적을 달성하기 위한 취지이다. 그런데 쟁점손실보상금은 국가가 무상으로 증여한 자산으로 증여세 비과세 대상에 해당하므로 청구법인은 세금 부담 없이 이를 취득하여야 한다. 청구법인이 늘 손금으로 인정받던, 쟁점손실보상금과 무관하게 매년 발생하고 있는 쟁점의료비용을 쟁점손실보상금에 대응하는 비용이라고 보아 손금불산입하는 것은 결국 쟁점손실보상금의 일부를 세금의 형태로 환수한 것과 동일하다. 이는 국가가 증여한 재산을 비과세 대상으로 규정한 상증세법의 취지와 쟁점손실보상금을 지급한 정책 취지에 어긋나는 것이다.
(2) 설령 쟁점의료비용 중 일부가 수익사업과 비수익사업의 공통손금으로 볼 수 있다 하더라도, 개별비용의 발생원천을 고려하여 수익사업의 개별손금임이 명백한 비용 또는 쟁점손실보상금과 전혀 관련이 없는 비용은 공통손금에서 제외되어야 한다. (가) 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 및 제7항은 비영리법인의 수익사업과 기타 사업의 손익을 구분하는 경우 공통되는 익금과 손금을 구분계산하는 방법을 규정하면서, 구분계산의 대상이 되는 공통손금은 익금에 대응하는 것에 한한다고 규정하고 있는바, 따라서 개별비용의 성격에 따라 수익사업의 개별손금임이 명확한 비용과 쟁점손실보상금과 전혀 인과관계가 없는 비용은 안분 대상인 공통손금이라고 볼 수 없다. 쟁점손실보상금은 청구법인이 코로나19 대응을 위하여 시설ㆍ장비ㆍ인력등을 원래의 목적대로 사용하지 못하게 되어 발생한 기회비용을 보상하기 위해서 지급된 것이라는 점을 고려하여, 이에 대응하는 공통손금은 코로나19 환자 병상 운영으로 인하여 원래의 목적대로 사용하지 못하게 된 시설ㆍ장비ㆍ인력과 관련된 비용으로 한정하여야 하고, 그렇지 않은 비용은 수익사업의 개별손금으로 분류되어야 한다. (나) 처분청은 청구법인의 인건비 전부를 공통손금으로 보았으나, 청구법인의 인건비 중 코로나19 전담 병상 운영으로 인한 기회비용과 무관한 인건비는 수익사업의 개별손금에 해당한다. 청구법인의 간호직 직원은 코로나19 전담 병상 근무로 지정된 자와 그렇지 않은 자로 구분되는바, 코로나19 전담 병상 근무자 인건비는 공통손금으로 볼 수 있으나, 코로나19 전담 병상 운영과 무관하게 의료업무를 수행하는 그 외의 자 인건비는 수익사업의 개별손금에 해당한다. 의사, 의료기사 등 간호직 외의 의료인력의 경우 특정 병동을 전담하지 않고 병원 전체 환자의 치료를 위하여 필요한 근로를 제공하고, 의료인력이 아닌 종업원의 경우 환자 치료와는 직접적인 관련 없이 병원 운영을 위하여 근로를 제공하는바, 이들은 병원의 수익사업인 의료사업과 관련하여 근로를 제공하여 의료수익을 창출하였을 뿐이므로 이들의 인건비는 수익사업의 개별손금에 해당한다. 법인세법 기본통칙 113-156…1는 수익사업과 비영리사업을 겸영하는 경우 종업원에 대한 급여상당액은 근로의 제공이 주로 수익사업에 관련된 것인 때에는 이를 수익사업의 비용으로 하고 근로의 제공이 주로 비영리사업에 관련된 것인 때에는 이를 비영리사업에 속한 비용으로 하도록 하고 있다. 그런데 의료수익 대비 쟁점손실보상금의 비율이 미미하다는 점, 쟁점손실보상금은 감염병 전담기관으로 지정됨에 따라 일시적으로 발생한 수입이라는 점 등을 고려할 때, 코로나19 병상을 전담하는 간호직 직원 외의 인건비는 근로는 주로 수익사업인 의료수익과 관련된 것이라고 보아야 하므로 수익사업의 개별손금에 해당한다. (다) 처분청은 청구법인의 관리운영비 전부를 공통손금으로 보았으나, 청구법인의 관리운영비 중 코로나19 전담 병상 운영과 무관하게 발생한 비용은 수익사업의 개별손금에 해당한다. 청구법인은 병원의 전체 건물들 중 본관 건물의 일부만 코로나19 전담 병상으로 운영하였으므로, 병원 본관 외의 건물과 관련된 감가상각비, 전기수도료, 연료비, 수선비 및 다른 유형자산과 관련된 감가상각비는 수익사업의 개별손금에 해당한다. 청구법인은 감염병 관리시설의 설치·운영비용을 국가로부터 지원받아서 지출하였고 관련 시설, 장비의 감가상각비는 국가보조금상각액과 상계하는 것으로 회계처리되어 의료장비, 의료기구, 차량운반구, 공기구비품, 의료비품, 금융리스자산(의료장비)의 감가상각비에는 코로나19 병상 운영을 위하여 구입한 별도의 장비의 감가상각비가 포함되어 있지 아니하므로 해당 감가상각비 역시 수익사업의 개별손금에 해당한다. 그 외에 복리후생비, 여비교통비, 통신비, 세금과공과, 보험료, 환경관리비, 지급임차료, 지급수수료, 차량유지비, 교육훈련비, 도서인쇄비, 접대비, 행사비, 선교비, 의료사회사업비, 소모품비, 연구활동비, 무형자산상각비, 광고선전비, 대손상각비, 피복침구비, 외주용역비, 환자지원비, 잡비, 의료분쟁비용은 코로나19 전담 병상 운영과 무관하게 발생하는 전반적인 병원 운영과 관련된 비용으로서 수익사업의 개별손금에 해당한다.
(2) 청구법인은 쟁점의료비용을 개별비용의 발생원천을 고려하여 수익사업의 개별손금임이 명백한 비용은 공통손금에서 제외되어야 한다고 주장하나, 개별 의료항목이 쟁점손실보상금에서 사용된 비용인지 여부를 구체적으로 구분이 불가능하고, 발생 원천이 분명한 경우는 개별손금으로 귀속할 수 있으나 불분명하므로 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 에 따라 공통손금으로 보아 안분계산하여야 한다.
① (주위적 주장) 쟁점의료비용을 청구법인의 의료수익과 쟁점손실보상금의 공통손금으로 보아 안분계산하여 손금불산입하고 쟁점손실보상금에 대한 경정거부처분의 당부
② (예비적 주장) 쟁점의료비용 중 코로나19 전담 병상 운영과 무관한 비용은 수익사업의 개별손금으로 보아야 한다는 청구주장의 당부
(1) 보건복지부는 감염병예방법에 따라 의료법인이 코로나19 전담 병원 등으로 지정되어 발생하는 손실에 대해 보상금을 지급하였는데, 이러한 손실보상금은 의료기관이 감염병 관리시설의 설치 및 운영으로 발생하는 시설철거비, 폐기물처리비, 환자전원비 등 직접 소요된 비용(직접비용)과 미사용 병상손실, 일반환자 감소손실 등 해당 시설·장비 등을 본래 목적대로 사용하지 못한 비용(기회비용)으로 구분된다.
(2) 청구법인이 2020‧2021년 보건복지부로부터 수령한 쟁점손실보상금의 상세내역은 아래 <표2>와 같이 전부 기회비용에 해당하는 보상금이고, 그 외 직접비용은 청구법인에 의해 손금불산입되어 이 건 쟁점과 무관하다. <표2> 쟁점손실보상금 상세내역 (가) 1~21차 개산급이란 기회비용에 대한 손실보상금으로 다음과 같이 산정된다. (나) 의료부대사업에 대한 손실보상금은 전담병원 운영기간 동안 장례식장과 주차장 등 의료부대사업에서 발생한 추정 영업손실을 보상하는 것으로 다음과 같이 계산된다. (다) 건강검진사업에 대한 손실보상금은 전담병원 운영기간 동안 추정 국가검진수입 감소액을 보상하는 것으로 다음과 같이 계산된다.
(3) 청구법인은 사용하는 총 건물의 조감도를 제출하였고, 이 중 ‘OOO 본관’ 중 일부가 코로나19 전담 병상으로 사용되었다.
(4) 처분청은 코로나19 손실보상금 관련 의료법인 경정청구 처리지침(국세청 법인세과-2023.12.)을 제출하였다.
(5) 기획재정부는 의료법인 또는 병원 등을 운영하는 사업자가 지급받은 기회비용분 손실보상금의 수익 해당 및 지출 비용의 손금 여부와 과 관련하여 다음과 같이 해석하였다.
(6) 쟁점의료비용이 수익사업의 개별손금인지 여부를 처분청 의견과 청구법인의 예비적 주장에 따라 구분하면 아래 <표3>과 같다. <표3> 공통손금 및 개별손금 분류
(7) 청구법인이 위와 같은 기준에 따라 재계산한 공통손금과 수익사업의 개별손금 및 쟁점손실보상금에 대응하는 손금불산입액은 <표4>‧ <표5>와 같다. <표4> 2020사업연도 재계산한 공통손금/개별손금 및 손금불산입액 (단위: 백만원) <표5> 2021사업연도 재계산한 공통손금/개별손금 및 손금불산입액 (단위: 백만원)
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대해 살피건대, 청구법인은 쟁점손실보상금이 코로나19 전담 병상을 다른 일반환자들이 사용하지 못하게 되어 발생한 손실을 국가가 정책적인 목적에서 보상한 것으로 쟁점의료비용을 공통손금으로 보아 의료수익과 쟁점손실보상금 비율로 안분계산하여 쟁점손실보상금 비율에 해당하는 금액을 손금산입하지 아니한 것은 부당하다고 주장하나, 쟁점손실보상금은 의료수익사업에서 발생한 기회비용을 보전하기 위하여 지급된 손실보상금으로서 특정 진료 분야가 아닌 의료법인의 전체 의료수입에 대한 손실 보전 차원에서 지급된 것인 점, 미사용 병상 손실보상금의 산정산식 중 1일당 병상단가는 급여진료비(건강보험이 적용되는 진료비), 비급여진료비, 진료비 산출연도의 연평균 신고 병상수, 연평균 영업일수, 종별 환산지수[의료기관 종류(의원, 병원, 종합병원, 대학병원)에 따른 진료비 책정 지수] 증가율을 반영하여 산정되는 것으로 의료기관의 인건비, 관리비 등이 포함된 전체적인 의료비용이 고려되어 지급된 것으로 보이므로 청구법인이 지출한 손금이 쟁점손실보상금 금액과 무관하다고 보기 어려운 점, 청구법인이 법인세 신고 시 법인세법 제4조 제3항 에 따른 수익사업에서 생긴 소득에 해당하지 않는 것으로 보아 익금불산입으로 세무조정한 쟁점손실보상금의 경우, 이에 대응하는 개별손금은 직접 손금불산입하여야 하나, 특정한 비용이 수익사업 또는 쟁점손실보상금 중 어디에서 발생하였는지가 불분명하므로 공통손금으로 볼 수 있는 점(조심 2024전2610, 2024.6.29., 같은 뜻임) 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. (나) 다음으로 쟁점②에 대해 살피건대, 청구법인은 쟁점의료비용을 공통손금으로 보아 안분계산하더라도 청구법인이 제출한 의료비용 구분내역을 기준으로 손익 계산서상 의료비용 중 수익사업의 개별손금임이 명확한 부분은 공통손금 범위에서 제외하여야 한다고 주장하는 반면, 처분청은 손익계산서상 의료비용 중 약품비 및 진료재료비를 제외한 금액을 공통손금으로 보아야 한다는 의견이나, 법인세법 시행규칙 제76조 제6항 및 제7항은 비영리법인의 수익사업과 기타 사업의 손익을 구분하는 경우 공통되는 익금과 손금을 일정 기준에 따라 구분 계산하도록 규정하면서 그 구분계산의 대상이 되는 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다고 정하였고, 이는 기업회계기준에서의 수익․비용대응 원칙에도 부합한다고 할 수 있는바, 코로나19 전담 병상 운영과 관련 없는 개별손금까지도 쟁점손실보상금의 공통손금으로 보아 안분하는 것은 수익‧비용 대응의 원칙에 부합하지 아니한 점, 청구법인이 받은 쟁점손실보상금 중 ① 병상손실보상금은 코로나19 환자 치료로 인해 사용하지 못한 병상에 대한 손실을 보전하는 미사용 병상 손실금과 코로나19 환자 치료에 사용한 병상에 대한 손실을 보전하는 사용 병상 보상금이고, ② 일반환자 감소 손실보상금은 코로나19 환자 치료기간 동안 일반환자 감소에 따른 진료비 손실에 대한 보상이며, ③ 회복기간 손실보상금은 전담병원 운영 종료 후 회복기간 동안 진료비 손실에 대한 보상인데, 코로나19 병상 운영과 관련 없는 일반 의료사업(치과, 산부인과, 안과, 재활의학과 등)에 대응되는 개별손금 부분을 쟁점손실보상금의 공통손금으로 보는 것은 불합리해 보이는 점, 구체적으로 청구법인의 경우 코로나19 전담 병동 의료진이 따로 지정되어 있었으므로, 코로나19 전담 병동을 전담한 의료진을 제외한 일반환자 진료를 수행한 의료진 등의 인건비, 코로나19 병상 운영과 무관하게 발생한 비용과 일반환자가 감소함에도 불구하고 발생하는 전반적인 병원 운영 및 관리에 따라 수반되는 비용인 관리운영비, 감가상각비, 여비교통비, 접대비, 의료분쟁비용 등은 구분계산의 대상이 되는 공통손금의 범위에서 제외되는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어, 청구법인이 제출한 손익계산서상 의료비용 내역 중 코로나19 전담 병동 의료진 인건비와 코로나19 병상 운영과 관련한 관리운영비(코로나19 전담 병동이 위치하였던 본관 건물에서 발생한 건물‧건물부속설비‧구축물‧기계장치 감가상각비, 전기수도료, 수선비, 연료비)는 수익사업 개별손금으로 보기 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 청구법인에게 한 이 건 경정청구 거부처분은 청구법인의 손익계산서상 의료비용 중 위 공통손금을 제외한 일반 의료사업(치과, 산부인과, 안과, 재활의학과 등)에 대응하는 수익사업 개별손금이 명확한 비용 또는 쟁점손실보상금과 직접 대응되지 않는 비용 등을 재계산하여 이 비용상당액을 청구법인이 신고한 의료비용 범위에서 제외하고, 이렇게 ‘조정된 의료비용’을 청구법인이 신고한 쟁점손실보상금과 관련된 공통손금으로 보아 안분계산하는 방식으로 손금불산입액을 재조사하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다 판단된다(조심 2025부831, 2025.5.26., 조심 2024부4625, 2024.12.30., 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1) 법인세법 제4조(과세소득의 범위) ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.
1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등 통계법 제22조 에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 제19조(손금의 범위) ② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.
④ 손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제113조(구분경리) ① 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산ㆍ부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다. (2) 법인세법 시행령 제3조(수익사업의 범위) ① 법 제4조 제3항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업을 제외한 각 사업 중 수입이 발생하는 것을 말한다. (각 호 생략) 제156조(구분경리) ① 법 제113조 제1항부터 제5항까지의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산ㆍ부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. (3) 법인세법 시행규칙 제76조(비영리법인의 구분경리) ⑥ 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 수익사업과 기타의 사업의 손익을 구분경리하는 경우 공통되는 익금과 손금은 다음 각 호의 규정에 의하여 구분계산하여야 한다. 다만, 공통익금 또는 손금의 구분계산에 있어서 개별손금(공통손금외의 손금의 합계액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)이 없는 경우나 기타의 사유로 다음 각 호의 규정을 적용할 수 없거나 적용하는 것이 불합리한 경우에는 공통익금의 수입항목 또는 공통손금의 비용항목에 따라 국세청장이 정하는 작업시간ㆍ사용시간ㆍ사용면적 등의 기준에 의하여 안분계산한다.
1. 수익사업과 기타의 사업의 공통익금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산 (1999.5.24. 개정)
2. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 동일한 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 수입금액 또는 매출액에 비례하여 안분계산
3. 수익사업과 기타의 사업의 업종이 다른 경우의 공통손금은 수익사업과 기타의 사업의 개별 손금액에 비례하여 안분계산
⑦ 제6항의 규정에 의한 공통되는 익금은 과세표준이 되는 것에 한하며, 공통되는 손금은 익금에 대응하는 것에 한한다. ※ 법인세법 기본통칙 4-3…3(수익사업과 비수익사업의 구분) 비영리내국법인의 수익사업과 비수익사업은 해당사업 또는 수입의 성질을 기준으로 구분한다. 수익사업에 속하는 것과 비수익사업에 속하는 것을 예시하면 다음과 같다. (2003.5.10. 개정)
(4) 상속세 및 증여세법 제4조의2(증여세 납부의무) ① 수증자는 다음 각 호의 구분에 따른 증여재산에 대하여 증여세를 납부할 의무가 있다.
1. 수증자가 거주자(본점이나 주된 사무소의 소재지가 국내에 있는 비영리법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 경우: 제4조에 따라 증여세 과세대상이 되는 모든 증여재산 제46조(비과세되는 증여재산) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액에 대해서는 증여세를 부과하지 아니한다.
1. 국가나 지방자치단체로부터 증여받은 재산의 가액 (2010.1.1. 개정)
(5) 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 제36조(감염병관리기관의 지정 등) ① 보건복지부장관, 질병관리청장 또는 시ㆍ도지사는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 의료법 제3조 에 따른 의료기관을 감염병관리기관으로 지정하여야 한다. <신설 2020.3.4., 2020.8.11.>
② 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 의료법에 따른 의료기관을 감염병관리기관으로 지정할 수 있다. <개정 2010.1.18., 2020.3.4.>
③ 제1항 및 제2항에 따라 지정받은 의료기관(이하 “감염병관리기관”이라 한다)의 장은 감염병을 예방하고 감염병환자등을 진료하는 시설(이하 “감염병관리시설”이라 한다)을 설치하여야 한다. 이 경우 보건복지부령으로 정하는 일정규모 이상의 감염병관리기관에는 감염병의 전파를 막기 위하여 전실(前室) 및 음압시설(陰壓施設) 등을 갖춘 1인 병실을 보건복지부령으로 정하는 기준에 따라 설치하여야 한다. <개정 2010.1.18., 2015.12.29., 2020.3.4.>
④ 보건복지부장관, 질병관리청장, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 감염병관리시설의 설치 및 운영에 드는 비용을 감염병관리기관에 지원하여야 한다. <개정 2020.3.4., 2020.8.11.> 제70조(손실보상) ① 보건복지부장관, 시ㆍ도지사 및 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 손실을 입은 자에게 제70조의2의 손실보상심의위원회의 심의ㆍ의결에 따라 그 손실을 보상하여야 한다. <개정 2015.12.29., 2018.3.27., 2020.8.11., 2020.8.12., 2020.12.15.>
1. 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 손실 (6) 감염병의 예방 및 관리에 관한 법률 시행령 제28조(손실보상의 대상 및 범위 등) ① 법 제70조 제1항에 따른 손실보상의 대상 및 범위는 별표 2의2와 같다. [별표 2의2] 손실보상의 대상 및 범위(제28조 제1항 관련)
1. 법 제36조 및 제37조에 따른 감염병관리기관의 지정 또는 격리소 등의 설치ㆍ운영으로 발생한 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 손실
결정 내용은 붙임과 같습니다.