쟁점주식(69,500주) 중 20,000주가 청구인 명의로 명의신탁된 것이어서 그 주식을 제외하면 청구인은 코스닥 상장법인의 대주주에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부

• 가. 청구인은 2021.3.9. 코스닥시장에 상장된 주식회사 A(이하 “A”라 한다)의 발행주식 69,500주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2021.9.13.〜2021.9.15. 기간 동안 총 OOO원에 양도한 후 양도소득세를 신고하지 아니하였다.
• 나. 처분청은 직전 사업연도 종료일(2020.12.31.) 현재 청구인의 소유지분 비율(69,500주/3,384,920주)이 2.05%로, 소득세법 시행령제157조 제5항 제1호에 따른 양도소득세 과세대상인 코스닥시장 상장법인의 대주주 요건(소유주식의 비율이 2% 이상 또는 시가총액 OOO원 이상)을 충족한다고 보아, 쟁점주식의 양도에 대하여 2024.9.11. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO 원을 결정․고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.12.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점주식(69,500주) 중 20,000주가 청구인 명의로 명의신탁된 것이어서 청구인은 상장법인의 대주주에 해당하지 아니하므로, 청구인을 상장법인의 대주주로 보아 과세한 이 건 처분은 위법하다. 청구인은 2004.12.8.에 이루어진 A의 유상증자에 참여하여 12,000주를 배정받아 증자대금 OOO원(증자금액은 1주당 액면가액인 OOO원임)을 납입하여 해당 주식을 취득하였다. 위 유상증자 당시 청구인은 절친한 친구인 A에게 위 유상증자에 투자할 것을 권유하였고, A은 OOO원을 투자하였다. 이에 청구인은 A의 투자금 OOO원과 자신의 자금 OOO원을 합한 OOO원을 유상증자대금으로 납입하였으므로, 위 유상증자 주식 중 1,000주는 A의 소유로, 청구인에게 명의신탁된 것이다. 이후 A는 2006년경 발행주식의 액면을 20분의 1로 분할하였고, A과 관련한 주식은 20,000주로 변경되었다. 쟁점주식에는 실질 소유자가 A인 20,000주가 포함되어 있고, 그 주식을 제외한 청구인의 지분율은 1.46%(49,500주/3,384,920주)로, 양도소득세 과세대상인 상장법인 대주주의 소유주식 비율 기준(2% 이상)에 미달하여, 쟁점주식은 양도소득세 과세대상이 아니므로, 이와 다른 전제에서 한 이 건 처분은 위법하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점주식 중 20,000주가 명의신탁된 것이라고 주장하나, 그에 관한 입증자료를 제시하지 못하였다. 청구인 명의의 쟁점주식은 양도일 직전 사업연도말 현재 지분율이 2.05%로, 소득세법 시행령제157조 제5항 제1호에 따른 양도소득세 과세대상인 대주주 요건(소유주식의 비율이 2% 이상)을 충족하므로, 이 건 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 쟁점주식(69,500주) 중 20,000주가 청구인 명의로 명의신탁된 것이어서 그 주식을 제외하면 청구인은 코스닥시장상장법인의 대주주에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 소득세법 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주식등의 양도로 발생하는 소득

• 가. 주권상장법인의 주식 등으로서 다음의 어느 하나에 해당하는 주식 등

1. 소유주식의 비율ㆍ시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식등 (2) 소득세법 시행령 제157조【주권상장법인대주주의 범위 등】④ 법 제94조 제1항 제3호 가목 1)에서 "대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 장 및 제225조의2에서 "주권상장법인대주주"라 한다)를 말한다.

1. 주식등을 소유하고 있는 주주 또는 출자자 1인(이하 이 장에서 “주주 1인”이라 한다) 및 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 그와 다음 각 목의 구분에 따른 자(이하 이 장에서 “기타주주”라 한다)가 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 소유한 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액에서 차지하는 비율(이하 이 장에서 “소유주식의 비율”이라 한다)이 100분의 1 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주. 이 경우 직전사업연도 종료일 현재 100분의 1에 미달하였으나 그 후 주식등을 취득함으로써 소유주식의 비율이 100분의 1 이상이 되는 때에는 그 취득일 이후의 주주 1인 및 기타주주를 포함한다.

⑤ 제4항 제1호 및 제2호에도 불구하고 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인의 소유주식의 비율 또는 주주 1인이 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인을 대주주로 본다. 다만, 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인등의 소유주식의 비율 합계가 해당 법인의 주주 1인등 중에서 최대인 경우로서 주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 주권상장법인기타주주의 소유주식의 비율 합계 또는 주주 1인 및 주권상장법인기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 해당하는 경우에는 해당 주주 1인 및 주권상장법인기타주주를 대주주로 본다.

1. 코스닥시장상장법인[괄호 생략]의 주식등의 경우: 소유주식의 비율(이 항 각 호 외의 부분 단서에 해당하는 경우에는 소유주식의 비율 합계를 말한다)이 100분의 2 이상이거나 시가총액이 50억원 이상인 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의해 아래의 내용이 확인된다. (가) A의 증권발행내역 등에 따르면, A는 2021.3.9. 코스닥시장에 상장되면서 공모주청약으로 824,000주가 추가 발행되었고, 그 당시 공모주식수를 반영한 청구인의 지분율은 1.63%로 나타나고, 청구인은 자신이 대주주에 해당한다는 점을 알지 못했다고 해명한다. (나) A의 2020사업연도 주식변동상황명세서에 따르면, 청구인 소유의 기초 주식수는 280,000주, 지분율은 9.66%였다가 기중에 210,500주가 양도되어 기말 주식수는 69,500주, 지분율은 2.05%로 각각 나타나고, 쟁점주식 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도(2020)말에 청구인 명의의 A 지분율이 2% 이상이라는 점에 대하여는 청구인도 이견이 없다. (다) 처분청은 아래 <표>와 같이 양도소득세를 결정한 것으로 나타난다. <표> 처분청의 양도소득세 결정내용 ㅇㅇㅇ (라) 청구인은 쟁점주식 중 20,000주가 A이 자신에게 명의신탁한 주식이고, 그 주식수를 제외하면 지분율이 2% 미만이라고 주장하나, 명의신탁 관계를 입증할 만한 어떠한 증빙자료도 제출하지 아니하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점주식 중 20,000주의 실제 소유자는 자신의 지인 A이고, 그 주식 수를 빼면 자신은 A의 대주주에 해당하지 아니한다고 주장하나, A의 2020사업연도 주식변동상황명세서에 따르면, 청구인이 쟁점주식을 양도하기 직전 사업연도인 2020사업연도말 현재 청구인의 소유주식수는 69,500주, 그 지분율은 2.05%로서 양도소득세 과세대상이 되는 상장법인 대주주의 요건인 지분율 2%를 넘는 것으로 확인되는 반면, 청구인은 자신의 주장을 입증할 만한 객관적 근거를 제시하지 못하고 있으므로, 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.