청구인이 수입금을 분산하기 위해 청구관련업체들을 통해 사실과 다른 세금계산서를 수수한 것으로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

• 가. 청구인은 2014.12.15.부터 A라는 상호로, 제약회사 및 제약회사로부터 위탁받은 유통벤더업체를 대신하여 병·의원 또는 진료의사를 상대로 위탁받은 제약회사 의약품의 처방을 권유하는 의약품 판촉 대행(B, 이하 “쟁점용역”이라 한다) 사업을 영위하는 자이고, 2016년부터 2020년에 걸쳐 청구인의 친인척 및 지인들은 C·D·E·F·G·H·I·J(이하 “청구관련업체들”이라 한다)이라는 상호로 각 사업체를 설립하여 동일한 사업을 영위하고 있다.
• 나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.5.3. OOO지방검찰청장으로부터 K 주식회사(이하 “쟁점매출처”라 한다)가 청구인 및 청구관련업체들과 공급가액이 과다기재된 세금계산서를 수수하였으므로 관련자들을 조세범 처벌법 위반 혐의로 고발할 것을 요청받았고, 이에 조사청은 2024.5.8.부터 2024.7.27.까지 청구인 및 청구관련업체들에 대한 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과, ① 청구인 및 청구관련업체들이 쟁점매출처에 공급가액을 과다기재한 세금계산서를 발급하고, ② 청구인이 쟁점매출처 및 L(이하 “쟁점매입처”라고 한다)와 관련한 매출처 및 하위 B업체들을 직접 관리하였음에도, 수입금액을 분산하기 위하여 청구관련업체들을 통해 사실과 다른 세금계산서를 수수한 것으로 보아, 청구관련업체들이 쟁점매출처에 발급한 세금계산서 및 쟁점매입처와 관련한 매출세금계산서의 공급하는 자를 청구인으로 하여 부가가치세를 과세하여야 한다는 등의 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2024.9.25. 청구인에게 아래 <표1>과 같이 2020년 제1기∼2021년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 경정․고지하였다. <표1> 처분청의 경정내역

○○○ <표2> 청구인의 부가가치세 경정 세부내역

○○○

• 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.12.4. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 조사청은 쟁점용역에 대한 이해없이 심문조서만을 근거로, 쟁점용역의 핵심을 청구인이 제공한 것으로 전제하고, 청구관련업체들의 용역 제공은 인정하지 아니한 채, 쟁점매출처 및 쟁점매입처와 관련된 거래에 대해서만 실사업자가 청구인이라는 의견이나, 이는 근거가 부족하고 논리적으로도 타당하지 아니하므로 이와 관련한 부가가치세 부과처분은 취소되어야 한다.

(1) 청구인과 청구관련업체들은 공동으로 쟁점용역을 제공하였다. (가) 조사청은 B 영업 구조를 ‘1의사 1제약사 1영업사원’ 체계로 전제하고, 쟁점용역을 본질적 업무(의사와의 소통을 통한 약품설명 및 홍보)와 단순지원 업무(의약품 정리, 엑셀 작업, 주문처리, 개인적 심부름 등)로 구분하였다. 그 후 본질적 업무를 수행한 사람이 청구인이라는 이유로, 청구인이 쟁점용역을 모두 제공하였다고 판단하였다. 또한 병원별 구조를 대표원장이 모든 EDI(Electronic Data Interchange, 전자문서교환)를 통제하는 경우와 개별 의사에게 재량을 부여하는 경우로 구분하고, 청구인 및 청구관련업체들이 영업한 병원은 모두 대표원장이 EDI를 통제하며, 청구인이 대표원장을 영업·관리하였다는 전제에서 쟁점용역 전체를 청구인이 수행하였다고 보았다. 그러나 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 타당하지 않다.

1. 쟁점용역의 핵심은 단순한 약품 설명·홍보가 아니라, 진료의사와의 지속적인 신뢰관계를 유지·강화하는 데 있다. 이를 위해서는 제약사만 다르고 성분과 효능이 유사한 의약품을 반복적으로 설명하는 것만으로는 부족하며, 의사의 개인적·사소한 요청까지 처리하는 다양한 지원활동이 필수적이다. 예를 들어, 진료의사의 가족여행 일정 관리 및 장소 예약, 골프·공연·스포츠 경기 티켓 예매, 필요한 물품 구입, 자녀 학원 픽업 등 병원 운영이나 의사의 개인 생활 영역까지 조력하는 경우가 대부분이다. 이러한 활동은 단순지원업무가 아니라 실제 영업성과에 직접 기여하는 본질적 요소이며, 이를 제외하는 것은 영업 현실을 간과한 것이다.

2. 조사청은 병원 구조가 병원마다 다름에도, 청구인과 청구관련업체들이 영업한 병원은 모두 대표원장이 EDI를 통제한다는 전제에서 청구인이 대표원장을 영업하였으므로 병원 전체 영업을 청구인이 수행했다고 보았다. 그러나 실제로는 한 병원 내에서도 진료의사별 또는 처방약품별로 여러 사업자와 영업사원이 병행하여 활동하며, B 영업 경쟁이 치열해지면서 친인척이나 지인과 함께 영업하는 사례가 일반적이다. 청구인과 청구관련업체들은 쟁점매출처 관련 거래뿐만 아니라 다른 모든 거래에서도 공동으로 영업을 진행하였다. (나) 조사청은 심문조서 외에 다른 객관적 근거 없이 특정 매출·매입을 청구인에게 귀속된 것으로 간주하였다. 청구인은 당시 조사청과 서울중앙지방검찰청의 조사를 동시에 받는 심리적으로 불안한 상황에서, 쟁점매출처 관련 매출세금계산서를 부풀린 잘못이 친·인척 및 지인에게까지 확대되지 않도록 하기 위해 실제와 달리 자신이 모든 영업을 수행하였다고 진술하거나, 관련 사업자에게 동일한 진술을 요청하였다. 또한, 쟁점매출처 임원 M의 국세청 심문조서에서 청구관련업체들을 청구인이 실제 운영한 것으로 가정하고 한 질문에 대한 답변은 그 전제 자체가 사실과 다르므로 신뢰하기 어렵다.

(2) 청구인과 청구관련업체들은 공동영업의 기여도를 산출할 수 없어 순번에 따라 매출·매입을 정산하였다. (가) 조사청은 청구인이 제출한 매출·매입 정산서를 근거로 일방적으로 과세표준을 산정하고, 쟁점매입처와 관련한 매출·매입을 청구인의 단독 영업으로 판단하였다. (나) 그러나 매출정산서와 매입정산서는 같은 월에 발생할 수 없다. 하위 B업체들이 쟁점매입처로부터 EDI를 발급받아 청구인 및 청구관련업체들에게 제출하면, 이들은 해당 자료를 벤더사에 제출하고 약 두 달 후 영업수수료를 지급받는다. 이후 하위 B업체들에게는 다시 한 달이 지난 후 영업수수료를 지급하므로, 매출세금계산서와 매입세금계산서가 동일한 달에 발행될 수 없다. 예를 들어, 조사청이 제시한 예시 ①의 경우, 매출세금계산서 작성일(2020.6.30.)은 2020년 5월분 EDI 정산에 해당하고, 매입세금계산서 작성일(2020.6.12.)은 2020년 2월분 매입정산에 해당한다. 예시 ② 역시 매출과 매입이 각각 다른 월분 정산에 해당한다. (다) 청구인과 청구관련업체들은 각각 사업자등록을 하고 영업사원을 고용하여 공동영업을 수행하였다. 공동영업에서는 기여도를 정확히 산출하기 어렵기 때문에, 매월 순번을 정해 매출·매입 사업자를 결정하였으며, 이는 매출과 매입이 동일 거래처·동일 월에 대응되지 않는 원인이 된다. 즉, 청구인·청구관련업체들·하위 B업체 간의 합의에 따라 매출·매입 정산대상 사업자를 순번제로 결정하였으므로 매출과 매입을 1:1로 대응시키는 것은 현실적으로 불가능하다.

(3) 특정 거래만 청구인의 단독 영업으로 본 것은 과세 논리의 일관성이 결여된 것이다. (가) 조사청은 쟁점용역의 핵심 부분을 청구인이 제공하였다고 주장하면서, 쟁점매출처 및 쟁점매입처와 관련된 매출·매입만을 청구인의 단독 영업으로 보았다. 반면, 그 외 거래처의 매출에 대해서는 청구인과 청구관련업체들의 공동영업 결과로 인정하였다. 이는 동일한 영업 구조임에도 일부 거래만 달리 판단한 것으로, 과세 논리상 스스로 모순을 드러낸 것이다. 조사청은 쟁점매출처 및 쟁점매입처 거래에 대해서만 청구인의 매출·매입임이 명확하게 확인되었다고 주장하나, 청구인과 청구관련업체들은 이들 거래뿐만 아니라 모든 거래를 공동으로 영업하였다. 또한, 조사청은 쟁점매출처 및 쟁점매입처 거래와 그 외 거래의 영업 방식이 다르다는 점을 입증하지 못하였음에도 이를 청구인이 단독 수행한 것으로 간주하여 경정하였으므로, 이는 사실에도 부합하지 않고 과세 논리에도 맞지 않는다. (나) 쟁점매출처와의 매출거래는 청구인과 청구관련업체들의 공동 영업활동에 따른 것이다.

1. 쟁점매출처는 벤더사로서 청구인뿐만 아니라 청구관련업체들과도 판매용역 계약을 체결하여 판촉활동을 진행하였고, 청구인과 청구관련업체들이 공동으로 영업하는 사실을 인지하고 있었다. 다만 업무 편의를 위해 소통창구를 청구인으로 일원화하면서 담당자를 청구인으로 기재한 것일 뿐이다.

2. 그럼에도 조사청은 쟁점매출처 계약서 관리대장상 담당자가 청구인으로 기재되어 있다는 이유만으로 공동영업 사실을 부인하였다. 그러나 조사청의 주장대로라면, 쟁점매출처의 B별 담당 병의원 관리대장상 거래처명은 청구인의 사업체인 A로 기재되어야 함에도, 실제로는 청구관련업체들 중 하나인 F로 기재되어 있다. (다) 쟁점매입처와 관련한 매입·매출은 청구인과 청구관련업체들의 공동 영업활동에 따른 것이다. 쟁점매입처에 대한 B 영업은 청구인과 청구관련업체들이 하위 B업체들과 협업하여 공동으로 수행하였다. 하위 B업체들은 제약사나 벤더사와 직접 계약을 체결할 수 없어, 계약을 보유한 청구인 및 청구관련업체들과 용역계약을 체결한 후 영업을 진행하였다. 특히 쟁점매입처의 경우, 하위 B업체들이 대표원장과 친·인척 관계에 있어 영업 성공 가능성이 높았으며, 대표원장 N 원장의 확인서에도 병원 기준으로 EDI가 발급되고 청구인과 관련 사업자가 공동으로 담당한다고 명시되어 있다. (라) 처분청은 구체적인 과세근거를 제시하지 않았다. 사실과 다른 세금계산서에 해당한다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로, 처분청은 쟁점매출처 관련 매출 중 실제 용역의 공급 없이 과다 기재된 매출세금계산서 외에, 쟁점매입처와 관련된 매출의 산정 내역을 명확히 제시하여야 한다. 그럼에도 처분청은 구체적인 과세근거를 제시하지 않은 채, 세금계산서를 특정하지 않고 한 장의 세금계산서 발행금액 중 일부만을 청구인의 거래로 판단하였다.

(4) 쟁점매출처와의 가공거래를 제외한 사건에 대한 형사사건은 청구관련업체들의 영업사실이 인정되어 불기소 결정되었다. 쟁점매출처와의 거래 중 세금계산서 금액을 부풀린 부분을 제외한 사건에 대하여, 조사청이 조세범 처벌법 위반으로 고발한 사건은 OOO지방검찰청(OOO, 2025.2.20.)에서 증거 불충분을 이유로 불기소 결정되었다. 또한 청구관련업체들 중 O(G 대표)이 통고처분 금액을 납부한 것은 행정처분을 인정해서가 아니라, 납부하지 않을 경우 검찰에 고발될 것에 대한 두려움 때문에 납부한 것이다.

(5) 쟁점용역 대금(쟁점매출처 관련 과다 기재한 금액 제외)이 청구인에게 귀속된 사실이 없고, 소득을 분산하여 소득세를 탈루했다는 주장은 조사로 확인되지 않은 단순한 추정에 불과하다. (가) 청구인과 관련 사업자는 공동 영업의 기여도를 산출하기 어려워 이를 동일하게 인정하고, 발급된 EDI를 순번에 따라 정산받아 매출세금계산서를 발행하였을 뿐이며, 그 결과 수입금액이 비슷하게 나타난 것이지 의도적으로 균등 분산한 것은 아니다. (나) 2020년 귀속 종합소득세율은 과세표준 OOO 이하 구간이 40%, OOO 초과 구간이 42%로 세율 차이가 크지 않으므로, 설령 조사청 주장처럼 수입금액을 균등 분산하였다 하더라도 사업자별 비용 차이에 따라 적용 세율이 달라질 수 있어 누진세율 회피 주장은 설득력이 없다. (다) 해당 거래는 B 영업의 특성상 청구인과 청구관련업체들이 각자의 명의로 제약사 또는 벤더사와 계약을 체결하고, 세금계산서를 발행·수취한 후 대금을 자율적으로 사용한 것이므로 어떠한 대금도 청구인에게 귀속된 사실이 없다. 만약 쟁점매출처 및 쟁점매입처의 영업수수료가 청구인에게 귀속되었다면 이를 입증할 증빙자료가 필요하나, 조사청은 이를 제시하지 못하였다. 청구인의 배우자 계좌에서 청구인 계좌로 입금된 일부 금액은 사업과 무관한 개인 자금거래임에도 불구하고, 조사청은 충분한 확인 절차 없이 이를 사업소득의 청구인 귀속으로 추정하였다. 또한 청구관련업체들의 사업용 계좌에서 현금이 인출되었다는 사실만으로 귀속을 단정하는 것은 금융흐름에 기초한 실질판단 원칙에 반한다. (라) 청구인은 90일 이상 부가가치세 세목별 조사를 받았고 금융조사도 실시되었다. 만약 관련 사업자의 용역수수료가 청구인에게 귀속되었다면 종합소득세 조사대상으로 선정하여 경정했어야 하나, 조사청은 이를 하지 않았으며, 이는 귀속 사실을 입증하지 못했다는 방증이다. (마) 납세의무자가 개인사업자등록이나 법인사업자등록을 통해 사업을 영위하든, 여러 명이 각각 개인사업자등록을 하여 사업을 영위하든, 하나의 개인사업자를 두고 관련인을 직원 형태로 고용하여 사업을 영위하든, 이러한 형태 선택은 납세자의 자율에 속한다. 즉, 당사자 간에 용역 공급에 대한 의사의 합치가 존재하고, 이에 따라 체결된 계약상의 원인에 의하여 실제 용역을 공급받은 후 관련 세금을 전부 신고·납부하였으며, 청구관련업체들 중 누구도 부가가치세를 탈루하거나 누락한 사실이 없는 이상, 국가의 조세탈루가 없었던 점 등을 종합할 때 청구관련업체들이 수수한 세금계산서는 정상거래에 따라 수수된 것으로 보아야 한다.

• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점매출처와 통정하여 실제 용역을 제공하지 않고 청구인과 청구관련업체들 명의로 가공 매출세금계산서를 발급하였으며, 쟁점매출처 및 쟁점매입처와 관련하여 쟁점용역을 제공하고도 자신의 소득을 분산하기 위해 청구관련업체들을 통해 세금계산서를 수수하였으므로, 이 건 처분은 정당하다.

(1) 쟁점용역의 핵심용역을 제공한 것은 청구인이다. (가) 쟁점용역의 본질은 의사와 직접 소통하여 약품을 전문적으로 설명·홍보하는 것이다. B 영업사원은 제약사에서 신약이 출시될 경우, 해당 신약의 효능과 타 제약사 약품과의 대체 가능성 등을 설명·홍보할 수 있어야 하며, 이러한 활동이 쟁점용역의 핵심이다. (나) 청구인은 청구관련업체들이 의약품 정리, 엑셀 작업, 주문 접수·발주, 세금계산서 수취·발급, EDI 수취를 위해 병원을 방문하는 등의 업무를 수행하였다고 주장하며 이를 쟁점용역에 포함시켰으나, 처분청은 이러한 업무는 본질적 용역이 아닌 단순 지원업무에 해당한다고 판단하였다. (다) 세무조사 과정에서 처분청은 청구관련업체들에게 대표자 및 영업직원이 의사와 통화하거나 문자메시지를 주고받은 내역 등 실제 영업활동을 입증할 수 있는 자료 제출을 요구했으나, 누구도 이를 소명하지 못하였다.

(2) 청구인이 제출한 매입정산서와 매출정산서가 서로 일치하지 않고, 매달 ‘특정 병원–특정 제약사 약품 담당 B’가 변경되는 것은 ‘1의사–1제약사–1영업사원’ 원칙으로 운영되는 B 업계에서는 발생하기 어려운 거래 패턴이다. 또한 매월 특정 병원의 특정 제약사 약품 EDI가 매번 다른 B의 실적이 되고, 그에 대응하는 매출이 해당 매입자가 아닌 다른 B의 실적으로 처리되는 사례 역시 이러한 원칙 하에서는 발생할 수 없다. 병원 전산을 통해 어느 진료실의 어느 의사가 의약품을 처방했는지를 충분히 확인할 수 있음에도, 청구인과 청구관련업체들 간의 기여도를 측정할 수 없다고 주장하는 것은 타당하지 않다.

(3) 쟁점매출처와 관련된 거래의 실사업자는 청구인이다. (가) 처분청이 2024년 5월 확보한 쟁점매출처 계약서 관리대장에 기재된 관련업체 담당자, 연락처 및 이메일은 모두 청구인의 것이었다. 또한 관리대장에는 ‘I가 J으로 변경’되었다는 메모가 기재되어 있었는데, 이를 통해 청구인이 쟁점매출처와의 거래에서 청구관련업체들을 임의로 지정하며 세금계산서를 발급한 사실을 알 수 있다. (나) 처분청이 2024년 5월 쟁점매출처 구로 사업장을 방문하여 세금계산서 및 정산서 발행업무를 총괄하는 P 부장을 면담한 결과, 청구인이 영업하는 병원들을 B ERP상 ‘F’로 관리하는 이유에 대해 “F는 청구인이 보유한 사업장 중 하나로, 당사에서 임의로 ‘F’로 관리하고 있으며, 매달 청구인이 정산서를 요청하는 사업장 중 하나로서 정산서 발행과 세금계산서 수취를 하고 있다”고 진술하였다. P의 진술 내용은 쟁점매출처 계약서 관리대장 및 B 관리프로그램상 관련업체·관리 병의원의 담당자와 연락처가 청구인으로 기재되어 있는 사실과 일치한다. 즉, 모든 증거와 진술은 청구인과 청구관련업체들이 매출을 임의로 조정해 왔음을 입증하고 있다.

(4) 쟁점매입처와 관련한 매입·매출의 실사업자는 청구인이다. (가) 청구인 및 청구관련업체들은 의사와 직접 소통하는 최하위 B업체로, B 업계 구조상 매입거래가 존재하지 않는 것이 일반적이다. 그러나 2018년 제2기부터 하위 B업체들에 대한 매입이 발생하였고, 이들 모두 쟁점매입처 N 대표원장과 특수관계에 있다. (나) 청구인과 O은 세무조사 과정에서 쟁점매입처 관련 매입·매출의 실사업자가 청구인이라고 시인하였다. 반면, Q 외 4인은 자신들이 영업활동을 수행했다고 주장하였으나, 쟁점매입처와 직접 접촉하지 않고 청구인을 통해서만 접촉한 이유에 대해 “그저 청구인의 도움을 받았을 뿐”이라고 소명하였고, 직접적인 영업활동(카카오톡, 문자 등)이나 매입에 대한 실제 증빙은 제출하지 않았다. (다) 여러 의사가 근무하는 병원에서는 각 의사에게 EDI 처방 및 영업사원과의 접촉에 재량권을 부여하는 경우가 있어, 어느 의사가 어떤 의약품을 처방했는지 확인이 가능하다. 따라서 “한 병원에 여러 의사가 있어 EDI 집계 기준상 처방 의사를 알 수 없다”는 청구인의 주장은 사실과 다르다. (라) 오히려 쟁점매입처의 EDI가 병원 단위로 집계된다는 청구인의 주장은, 쟁점매입처 대표원장 N이 병원 전체의 EDI를 통제한다는 명백한 근거가 된다. 이를 통해 N 원장이 자신의 처남이자 쟁점매입처 직원인 R을 통해 병원 내 모든 EDI를 통제하고 있음을 알 수 있다.

(5) 조사청은 청구인이 제출한 매출·매입 정산서를 근거로 과세표준을 결정하였으며, 세금계산서 역시 특정되어 검찰 고발 및 통고처분이 이루어졌다. (가) 조사청은 이 사건 세무조사 과정에서 제출받은 정산서를 토대로 과세표준을 산정하였다. 세금계산서가 특정되지 않았다면 검찰 고발 및 통고처분 자체가 불가능하다.

1. 청구인의 매입과 관련하여 별도의 경정 사항은 없었으나, 청구관련업체들의 매입정산서상 쟁점매입처 처방 내역을 청구인의 매입으로 보아 청구관련업체들의 매입세액을 부인하고 경정하였다.

2. ① 청구관련업체들의 매입정산서상 부인된 쟁점매입처의 처방내역에 대응되는 매출과 ② 청구관련업체들의 매출정산서상 쟁점매출처를 청구인의 매출로 보아 과세표준을 경정하였다. 청구관련업체들의 매입과 매출을 청구인의 것으로 보아 경정하는 과정에서 청구관련업체들은 OOO원을 환급받았다. (나) 처분청은 거래당사자들 간 적법하게 체결된 계약을 존중하여, 청구인의 매출·매입임이 명백히 확인된 쟁점매출처와 쟁점매입처 관련 거래에 한하여 이를 부인하였다. 청구인, M, S, O이 쟁점매출처와의 진성매출이 청구인의 매출임을 시인하고, 청구인과 O이 쟁점매입처 관련 매입·매출이 T의 것임을 시인하면서도, 그 외 매출에 대해서는 각 청구관련업체들의 매출이라고 주장한 점, 청구관련업체들이 제공한 용역이 비록 단순 지원용역이지만, EDI 수령을 위해 병원을 방문하고 세금계산서를 발행하는 등의 지원 행위 자체는 부인할 수 없는 점, 청구관련업체들이 각자 명의로 사업자등록을 하고 제약사 및 1차 벤더사와 판촉대행위탁용역 계약을 체결한 점 등의 사정을 존중하여, 조사청은 청구관련업체들이 실제로 의사들에게 직접 영업활동을 하였다는 사실을 입증하지 못하였음에도 불구하고, 청구인의 매출·매입임이 명백히 확인된 쟁점매출처와 쟁점매입처 거래에 대해서만 경정하였다.

(6) 청구인은 소득금액 분산을 통해 소득세 누진세율 적용을 회피하였고, 청구관련업체들로 분산된 소득은 청구인에게 귀속되었다. (가) 청구관련업체들의 사업자 통장으로 입금된 금원은 일부가 대표자에게 수고비 명목으로 귀속되었으나, 대부분은 다시 청구인에게 귀속되었다. 이 귀속 경로는 다음 세 가지 유형으로 구분된다.

1. (유보 후 판관비 지출 방식) 청구관련업체들의 사업자 통장에 입금된 금원을 그대로 유보한 뒤, 쟁점매입처 등에 대한 세금계산서 매입 대금 지급 등 청구인의 판매·관리비로 사용하는 방식

2. (현금 인출 방식) 청구관련업체들 사업자 통장에서 현금을 직접 인출하는 방식으로, 조사대상 기간 동안 총 OOO원이 현금으로 인출되었음

3. (송금 방식) 직접 혹은 제3자의 통장을 거쳐서 청구인 및 배우자 Q 명의의 통장으로 송금하는 방식

• G, F, D는 사업용 계좌에서 청구인과 Q 계좌로 직접 송금

• C은 사업용 계좌에서 Q의 개인계좌를 거쳐 청구인 계좌로 송금

• H, J은 사업용 계좌에서 제3자의 통장을 거쳐 청구인에게 송금 (나) 청구인 주장대로 단순히 순번에 따라 매출세금계산서를 발행하였다면 매출정산서상의 금액을 인위적으로 나눌 이유가 없다. 그러나 E와 C이 2020.12.29.자로 ㈜U(상위 B)에게 발행한 매출세금계산서 및 세부정산서를 보면, 매출정산내역을 절반씩 임의 배분하여 세금계산서를 발행한 사실이 확인된다. 이는 2020년 제2기 종결 및 정산을 앞두고 E의 매출이 OOO원을 초과하지 않도록 고의적으로 매출을 배분한 명백한 증거이다.

• 가. 쟁점 청구인이 쟁점매출처 및 쟁점매입처와 관련하여 쟁점용역을 직접 제공하였음에도 청구관련업체들을 통해 사실과 다른 세금계산서를 수수한 것으로 보아 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 부가가치세법 제2조【정의】이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. "사업자"란 사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자를 말한다. 제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음 각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】 ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제60조【가산세】 ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 “세금계산서등”이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우: 그 공급가액의 2퍼센트

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 공급가액의 2퍼센트

5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우: 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우: 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인 및 청구관련업체들의 현황은 아래 <표3>과 같고, 청구인 제출자료에 따르면 이들은 제약회사 및 1차 벤더사와 각각 판촉대행 위탁용역계약을 체결하였으며, 일정기간의 영업실적이 EDI로 집계되면, 세금계산서를 발행하고 대금을 지급받는 구조이다. <표3> 청구인 및 청구관련업체들의 현황

○○○

(2) 조사청의 조사내용 및 이 건 처분 근거는 아래 내용과 같다. (가) 쟁점매출처 관련: OOO 지방검찰청장은 2024.5.3. 쟁점매출처와 청구인 및 청구관련업체들 간의 거래를 일부 가공거래로 보아 조세범 처벌법위반 혐의로 조사청에게 고발요청하였다.

1. 조사청이 2024년 5월 확보한 쟁점매출처의 계약서 관리대장에서 청구인과 청구관련업체들의 담당자, 연락처 및 메일주소가 모두 청구인으로 되어 있고, B별 병의원 관리대장에서 청구인이 담당하는 병의원은 ‘F’ 하나로 관리되고 있었다. <쟁점매출처 계약서 관리대장>

○○○ <쟁점매출처 B별 담당 병의원 관리대장>

○○○

2. 청구인, G O, 쟁점매출처의 주요 임원 M은 쟁점매출처와의 진성거래 및 일부 가공거래는 전부 청구인이 수행한 거래라고 진술하였다. <청구인, 2024.4.17. 검찰 신문조서>

○○○ <청구인, 2024.7.16. 국세청 2차 심문조서>

○○○ <2024.7.12. O 심문조서>

○○○ <쟁점매출처 임원 M, 2024.5.13. 국세청 심문조서>

○○○

3. 한편, S, Q, V, W, X는 쟁점매출처과의 진성거래에 대하여 자신들의 거래라고 주장하고 있으나, 쟁점매출처와 직접적으로 접촉한 사실이 없는 것으로 진술하였다. <2024.7.12. S 국세청 심문조서>

○○○ <2024.7.17. Q 국세청 심문조서>

○○○ <2024.7.18. V 국세청 심문조서>

○○○ <2024.7.18. W 국세청 심문조서>

○○○ (나) 쟁점매입처 관련: 청구인 및 청구관련업체들은 의사와 직접 소통하는 최하위 B업체로 B업계 구조상 B매입이 존재하지 않는 것이 일반적이나, 2018년 제2기부터 하위 B업체들이 존재하며, 이들 모두 쟁점매입처 N 대표원장과 특수관계자이다.

1. 청구인과 O은 세무조사 과정에서 쟁점매입처 관련 매입과 대응매출의 실사업자는 청구인이라고 시인하였으나, Q외 4인은 자신들이 영업활동을 한 것이라고 주장하면서도 쟁점매입처와의 거래에 있어서 직접 접촉하지 않고 청구인의 도움을 받았다고 진술하였다. <청구인, 2024.7.16. 국세청 신문조서>

○○○ <O, 2024.7.12. 국세청 심문조서>

○○○ <W, 2024.7.18. 국세청 심문조서>

○○○ <2024.7.17. Q 국세청 심문조서>

○○○

2. 조사청은 쟁점매입처와 관련한 하위 B업체 6곳에 거래사실확인서를 발송하였고, B업체들은 각자 쟁점매입처 소속 의사들에게 영업 후 R을 통하여 청구인에게 EDI를 전달하는 방식으로 B용역을 제공하였다는 취지로 소명하였다. <2024.7.5. R 작성 거래사실확인서>

○○○ (다) 청구인 및 청구관련업체들의 연간 수입금액은 <표4>와 같고, 청구인과 청구관련업체들이 수입금액을 OOO원 미만으로 임의 배분하였다. <표4> 청구인 및 청구관련업체들의 연간 수입금액

○○○

1. 관련하여 청구인은 2024.4.17. 검찰의 피의자 신문시, 연 매출 OOO원이 넘어가면 세금이 뛰는 이유에서 수입금액을 임의로 배분하였다고 진술하였으나, 2024.5.13. 국세청 1차 심문시에는 연 매출 OOO원이 넘지 않았다는 의미에서 한 진술이며, 매출을 나눌 목적으로 청구관련업체들을 설립한 것이 아니라는 취지로 답변하였다. <2024.4.17. 청구인 검찰 피의자 신문조서>

○○○ <2024.5.13. 청구인 국세청 1차 심문조서>

○○○

2. C이 2020.12.29.자로 ㈜U(상위 B업체)에게 발행한 매출세금계산서와 그 세부정산서를 보면, C과 E가 매출정산내역을 절반금액으로 임의배분한 것이 확인된다. <2020.12.29.자 매출세금계산서 관련 매출정산내역>

○○○ (라) 판매제품을 기준으로 매입정산서 상 매입처와 매출정산서상 매출처가 일치하지 아니한다. <정산서 예시>

○○○ (마) 청구인과 청구관련업체들이 2019년 제2기∼2021년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 세금계산서를 발급한 장소는 대부분 ‘OOO’과 ‘OOO’ 2곳이며, 발급기기는 3개를 사용하였다. <표5> 청구인 및 청구관련업체들 전자세금계산서 발급 IP 및 장소

○○○ (바) 청구관련업체들로 분산된 소득은 청구인에게 귀속되었고, 그 예시는 아래 <표6>과 같다. <표6> 계좌이체한 사례

○○○ (사) 조사청의 경정내역은 아래와 같다.

1. (매입) 청구관련업체들의 매입정산서상 쟁점매입처에서 처방된 내역을 청구인의 매입으로 보았다.

2. (매출) ① 청구관련업체들의 매입정산서상 부인된 쟁점매입처의 처방내역에 대응되는 매출과 ② 청구관련업체들의 매출정산서상 쟁점매출처를 청구인의 매출로 보아 경정하였다.

3. 조사청은 청구인에게 2020년 제1기∼2021년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 부과하고, 청구관련업체들은 OOO원을 환급하였다. <표7> 청구관련업체들의 환급 내역

○○○

(3) 그 밖의 조사청의 조사내용에 대한 청구인의 소명내용은 아래와 같다. (가) 쟁점용역은 전문적인 의약품 설명 및 홍보보다 병원 또는 진료 의사의 일정·통계·의약품유통관리, 블로그 및 병원사이트 운영, 청소업체 등 병원 관련 용역업체 관리, 보험급여청구, 병원 하자보수, 직원 복지 지원(문구류 등 구비)과 같이 병원 운영 전반을 지원하거나, 병원 관계자 및 진료의사의 개인적·사소한 문제까지 처리하는 경우가 중요한 비중을 차지하므로, 청구인이 혼자 모든 영업활동을 수행할 수 없으며 이러한 영업환경상 여러 사람이 함께 업무를 진행하게 되었다. (나) 위와 같은 영업구조로 인해 각 병·의원의 매월 EDI를 기준으로 청구인과 관련사업체들의 기여분을 정확히 산정하기 어려운 사정이 있어, 청구인과 관련사업체들은 기여분을 균등하게 하기로 합의하고, 매월 병·의원으로부터 발급받은 EDI에 따라 순번대로 영업수수료를 청구하며 세금계산서를 발행하였다. <쟁점용역 영업구조>

○○○ <2 024.9.19. 청구인 검찰 피의자 심문조서>

○○○ <2 024.9.19. 청구인 검찰 피의자 심문조서>

○○○ <영업활동 관련 카카오톡 내용>

○○○ (다) 청구인과 청구관련업체들은 각자 사업자등록을 마치고 영업사원을 고용하여 공동으로 영업을 수행하였으므로, 단지 EDI를 청구인이 수취하였다는 사정만으로 모든 영업활동의 수행주체를 청구인으로 단정한 조사청의 판단은 잘못되었다. <판매대행 계약서>

○○○ <거래처 병원 진료의사의 확인서>

○○○ <관련업체별 영업직원 확인서>

○○○ (라) 쟁점매출처는 벤더사로서 청구인뿐만 아니라 청구관련업체들과도 판매용역 계약을 체결하여 판촉활동을 진행하였으며, 청구인과 청구관련업체들이 공동으로 영업한다는 사실을 알고 있었으므로, 업무 편의를 위해 소통창구를 청구인으로 일원화하여 담당자를 청구인으로 기재한 것에 불과하다. < 2024.9.19. 검찰 청구인 심문조서 >

○○○ 또한 청구인은 검찰 심문조서, 국세청 2차 심문조서 및 관련사업자 심문조서에서, 쟁점매출처와 관련하여 매출세금계산서를 부풀린 잘못으로 인해 다른 진성매출까지 거짓매출로 오인될 것을 우려하였고, 청구관련사업체들에게 잘못이 전가되는 것을 막기 위해 실제와 달리 모든 영업을 자신이 수행한 것처럼 진술하였다. <2025.3.23. 청구관련업체 O의 확인서>

○○○ (마) (쟁점매입처) 청구인과 청구관련업체들은 B업체들은 쟁점매입처의 대표원장과 친·인척관계로 영업 성공가능성이 높아 협업을 하였다. 쟁점매입처 대표원장 N의 확인서에 의하면 쟁점매입처는 병원 기준으로 EDI가 발급되며, 청구인과 청구관련업체들이 공동으로 담당하고 있다고 진술하였다. <2025.3.19. N 원장 확인서>

○○○ (바) 쟁점매출처와의 거래 중 세금계산서 금액을 부풀려 발행한 부분을 제외한 나머지에 대하여, 조사청이 고발한 사건(OOO지방검찰청 OOO 조세범처벌법위반 등)은 OOO지방검찰청에서 증거 불충분을 이유로 불기소 결정되었다. <OOO지방검찰청 OOO 불기소결정서, 2025.2.20.>

○○○

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점매출처와 쟁점매입처와 관련된 거래에 대해 청구관련업체들의 용역제공은 인정하지 아니한 채, 청구인이 제공한 것으로 보아 이 건 처분을 한 것은 부당하다고 주장하나, 청구인은 검찰 및 조사청 조사 당시 쟁점매출처와 쟁점매입처와 관련하여 쟁점용역을 수행한 자가 자신이라고 진술하였고, 청구관련업체 O 또한 같은 취지로 진술한 사실이 있으며, 이후 변경된 진술이나 가족들의 진술은 신뢰성이 높다고 보기 어려운 점, 쟁점매출처의 계약서 관리대장을 보면 청구인이 청구관련업체들을 전부 담당하였던 것으로 나타나고, 청구관련업체들은 쟁점매출처 및 쟁점매입처와의 거래를 청구인을 통해 수행한 것으로 보이는 점, 청구인은 매출정산금액을 청구관련업체들 간에 절반의 금액으로 배분하는 등 매월 임의로 청구관련업체들 명의로 용역대금을 나누어 세금계산서를 발급한 점, 쟁점매출·매입처와 관련하여 청구관련업체별로 제공한 용역이 명확히 확인되지 아니하거나 그에 대한 청구관련업체들의 기여도를 구분하지 못하는 점, 쟁점매출처와 관련하여 공급가액을 과다 기재한 세금계산서에 대해서는 다투지 아니하고 있는 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.