처분청이 쟁점토지의 양도소득에 대하여 자경 감면의 적용을 배제하고, 비사업용 토지로 보아 양도소득세 중과세율을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
처분청이 쟁점토지의 양도소득에 대하여 자경 감면의 적용을 배제하고, 비사업용 토지로 보아 양도소득세 중과세율을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 청구인은 쟁점토지①(OOO 4,274㎡ 중 1/2 지분 매매 취득분)을 취득일(1995.6.19.)부터 상업지역 편입일(2010.8.23.) 시점에서 3년이 되는 날(2013.8.23.)까지 8년 이상 재촌‧자경하였고, 쟁점토지①은 청구인의 전체 보유기간(345개월) 중 농지로 사용된 기간(218개월로 63.2%)이 60% 이상에 해당하므로 사업용 토지에 해당한다. (가) 쟁점토지 중 인천광역시 서구 OOO은 청구인과 배우자가 1995.6.19. 각 지분 1/2씩 공동취득하여 재촌‧자경하였고, 청구인은 2001.1.26. 배우자(피상속인)로부터 지분 1/2를 상속받았다. 이후 쟁점토지는 2010.8.23. 도시지역 내 상업지역으로 편입되었고(인천광역시 고시 제2010-246호, ‘OOO도시개발사업 실시 계획인가 및 지형도면 고시’), 이후 양도 시까지 유통상업지역으로 구분되었다. (나) 쟁점토지①(OOO4,274㎡ 중 1/2 지분)은 청구인이 배우자와 공동으로 취득한 전체 면적 중 청구인 지분에 대한 것(2,374㎡)인데, 청구인은 취득 시부터 배우자와 함께 쟁점토지를 논농사 용도로 자경하였고, 2006년경 토지 개간을 한 이후에는 매실 등 과실수를 경작하며 자경하였다. 위 자경사실은 농지원부, 개간 당시 및 자경 사진, 과실수 보상금 수령내역, 인우보증서, OOO거래일자별 매출내역, 자경 영수증 사본, 제정농사자금 대출자료, 유기질 비료지원사업 선정내역, 비닐하우스 설치 견적서 등에서 확인된다. (다) 소득세법 시행령 제168조의8 제6항 에 의하면, 주거지역 등 편입일부터 3년간은 비사업용토지 유예기간으로 규정하고 있는데, 이 건의 경우 상업지역 편입일(2010.8.23.)부터 3년이 되는 날(2013.8.23.)까지는 비사업용 토지 기간에서 제외하여야 한다. 국세청 유권해석(부동산거래관리과-469, 2011.6.8.)에서도 주거지역 등 편입일 전 1년 이상을 재촌‧자경하였다면 편입일 이전 재촌‧자경한 기간과 편입일 이후 의제기간 3년을 합산하여 지역기준의 적합성을 판단하고 있다. 위 관련 법령 등에 따라 쟁점토지①은 취득일(1995.6.19.)부터 양도일(2024.3.31.)까지 보유기간(345개월) 중 자경한 기간과 상업지역 편입일 이후 유예기간(3년)까지 사업용으로 사용한 기간(1995.6.19.~2013.8.23., 218개월)을 합하면 사업용 토지 사용기간 비율이 63.18%에 해당하므로 사업용 토지에 해당한다. (라) 처분청은 2006년 토지 개간 당시 지목이 잡종지로 구분되어 재산세가 부과된 것을 이유로 자경기간을 부인한 것으로 보이는데, 이는 청구인의 무지로 재산세 지목을 신경쓰지 못하였던 탓이다. 쟁점토지는 공부상 답이고, 토지 개간 전후 농지 외로 형질변경 된 적이 없다. 특히나 보통 개간공사 기간은 최대 3개월이면 충분한데, 처분청은 근거 없이 12개월 과세기간 전체를 그 기간으로 보아 제외하여, 전체 보유기간(345개월) 중 청구인의 자경기간을 206개월(218개월 중 12개월 제외)로 산정하여 사업용 사용기간 비율이 59.71%로서 60% 미만에 해당한다고 보아 비사업용 토지로 보았는데, 이는 일반적인 경험칙에 어긋나는 매우 무리한 적용이다. 처분청이 재산세 과세를 이유로 해당 과세기간 12개월을 사업용 기간에서 제외하였으나, 해당 월에 관한 구체적인 근거없이 과세기간 제외를 결정한 것이고, 제외한 12개월 중 1개월을 인정한다면 사업용 기간이 60%를 초과한다. 또한 현재 기준에서 확실한 자료가 남아 있지 아니하여 현황 파악이 불가능할 경우는 소득세법 시행령 제168조의7 에 따라 공부상 등재 현황에 따라 자경여부를 판단하는 것이 타당하다. (마) 따라서 쟁점토지①은 자경 감면 및 사업용 토지 요건을 충족하므로 양도소득에 대하여 양도소득세 자경감면 및 일반세율이 적용되어야 하고, 설령, 2006년도 과세기간을 사업용 토지 기간에서 제외하여 사용기간이 60% 미만에 해당한다고 보더라도, 취득일부터 편입일까지 8년 이상 재촌‧자경을 하였으므로 취득일부터 편입일 전까지의 기간에 발생한 양도차익에 대해서는 조특법 제69조에 의하여 양도소득에 대한 감면을 적용하여야 한다.
(2) 쟁점토지②(상속 취득분)는 피상속인의 자경기간과 청구인의 자경기간을 합산하면 8년 이상 재촌‧자경을 하였고, 소득세법상 사업용 토지(농지)에 해당한다. (가) 쟁점토지②는 청구인의 배우자가 1995.6.19. 및 1998.3.9. 취득하여 재촌‧자경을 하다가 2001.1.26. 청구인에게 상속되었다. (나) 청구인의 배우자는 쟁점토지②를 취득일(1995.6.19. 및 1998.3.9.)부터 사망일(2001.1.26.) 전까지 자경하였고, 청구인은 상속받은 이후 계속하여 자경하였으므로, 쟁점토지②는 피상속인의 자경기간을 합산하면 8년 이상 재촌‧자경한 농지로서 사업용 토지에도 해당된다. (다) 처분청은 쟁점토지가 위치한 지역이 주거‧상업‧공업지역 안에 편입된 지 3년이 지나 자경 감면 적용배제에 해당한다는 의견이나, 이는 법을 잘못 해석‧적용한 것이다.
1. 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제69조 제1항 및 같은 법 시행령 제66조 제2항에서 8년 이상 자경한 농지에 대한 양도소득세 감면을 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제11항 제1호에 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우 피상속인 자경기간을 합산한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제4항 단서에 주거지역 등 편입된 날부터 3년이 지난 농지는 감면 적용을 제외한다는 제한적인 규정이 있다.
2. 법 논리상 ① 상속인(상속 이후 1년 이상 계속 경작 요건 충족 시)과 피상속인 자경기간을 합산하여 8년 이상인지를 판단하고, ② 주거지역 등으로 편입일부터 3년이 경과한 농지에 해당하면 감면은 제외하는 것인바, 이는 상속인과 피상속인의 자경기간 통산 자체를 부인하는 것이 아니고, 조특법 집행기준 69-66-13에서도 동일한 해석을 하고 있다. 즉, 자경농지를 상속받은 후 상속인이 1년 이상 계속하여 재촌‧자경하였다면 피상속인의 자경기간을 합산하여 전체 보유기간 중 60% 이상 자경기간이 해당하는지로 농지의 사업용 토지 여부를 판단하여야 하는 것이고 이러한 해석이 위 관련 법령의 입법취지에 부합한다.
3. 또한 소득세법 제104조 제2항 제1호 에서 상속받은 자산은 피상속인의 보유기간을 합산하여 세율을 적용하는 법 취지와도 부합한다. (라) 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 규정에 따라 주거지역 등 편입일부터 3년이 지난 농지라 하더라도 도시개발사업의 시행지역 안에 있으면 감면적용 제외를 배제하여야 한다.
1. 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 규정에 따르면, 주거지역 등에 편입된지 3년이 지난 농지라 하더라도 각 목에 해당하는 경우로서 자경 감면 제외 규정을 배제한다고 규정하고 있고, 나목 및 다목에 도시개발사업이 시행되는 지역의 농지가 이에 해당한다.
2. 조특법 집행기준 69-66-24에 의하면, 주거지역 등에 편입된 지 3년이 경과한 농지라 하더라도 국가‧지방자치단체 등이 사업시행자로서 개발사업지역 안 농지인 경우 취득일부터 편입일까지 양도로 인한 소득은 감면대상에 해당하는 것이고, 이를 근거로 쟁점토지②는 조특법 제69조 감면대상 농지에 해당하여 피상속인의 자경기간이 사업용 토지 기간에 합산되어야 한다.
3. 쟁점토지②는 쟁점토지①과 마찬가지로, 2010.8.23. 도시개발사업 실시계획 인가 고시 및 상업지역으로 편입 후 2012.2.22. 사업시행자(인천광역시 서구청장)는 환지방식의 ‘OOO도시개발사업 인가 및 환지 예정지 지정공고’를 하였고, 2024년 10월까지 개발계획 수립(변경) 및 실시계획(변경) 인가 고시를 22차례에 결쳐 변경‧고시하였다. (마) 쟁점농지는 다음과 같은 이유들에 비추어 사업용 토지에 해당한다. 1) 소득세법 제104조의3 제2항, 같은 법 시행령 제168조의14 제1항 제4호 및 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 제1호 내지 제8호 등을 보면, 건축허가 제한, 환지사업에 따른 도시개발사업 시행 등의 ‘법령에 따라 사용이 제한된 토지’로서 부득이한 사유가 있는 경우 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있다.
2. 국세청 예규를 보면, 토지를 취득한 후 도시개발법에 따라 환지방식으로 사업이 시행되는 경우 사업시행지구로 지정된 날부터 사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능하게 된 날까지의 기간에 2년을 더한 기간은 사업용으로 사용한 기간으로 본다(서면 4팀-3882, 2006.11.27.). 또한 도시지역 내 주거지역으로 편입된 농지로서 도시개발구역으로 지정되어 건축물 건축 등 개발행위가 제한되는 경우, 도시개발구역 지정의 고시일부터 사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능하게 된 날까지의 기간에 2년을 더한 기간은 비사업용 토지의 기간에서 제외한다(서면-2015-부동산-1362, 2015.10.8.).
3. 쟁점토지②는 쟁점토지①과 마찬가지로, 2008.11.17. 도시개발사업구역 지정‧고시가 되었고, 2012.2.22. 사업시행자(인천광역시 서구청장)가 환지계획 인가 지정공고를 하였는바, 도시개발법 제35조 제1항 및 제36조에 따라 효력이 발생하여 소유자의 사용‧수익이 현실적으로 배제되었고, 청구인의 의지와 상관없이 사업시행자인 국가 및 지방자치단체의 의지로 사업이 지연되고 있으므로 쟁점토지②는 법정한 기간 동안 사업용으로 의제되어야 한다. (바) 따라서 쟁점토지②는 자경 감면 및 사업용 토지 요건을 충족하므로 양도소득에 대하여 양도소득세 감면 및 일반세율이 적용되어야 하고, 부득이한 사유를 인정하지 아니하더라도 편입일까지의 재촌‧자경을 인정하여 그 기간의 양도소득에 대하여 감면을 적용하여야 한다.
(1) 쟁점토지①은 취득일부터 상업지역 편입일 이전 기간에 대한 자경 입증이 미흡하므로 사업용 토지 기간기준을 충족하지 아니하고, 양도일 현재 농지에 해당되지 아니하므로 감면 대상이 아니다. (가) 청구인은 상업지역 편입일(2010.8.23.) 전까지 자경하였다는 주장에 대한 증빙자료로 농지원부, 인우보증서, 2012년 이후 농작물 등 매출내역서 등을 제출하였으나, 이는 객관적인 입증자료로 보기 어렵고, 쟁점토지②를 포함한 1,508평의 농지를 직접 자경하였음을 입증하기에 부족하다. (나) 또한 2006년의 경우, 관할인 인천광역시 서구청장은 2006.5.18. 및 2006.9.5. 2차례의 현장확인을 통해 쟁점토지①을 잡종지로 구분하여 재산세(종합합산과세대상 토지)를 부과한 바 있는데, 동 기간을 사업용 토지 기간에서 제외하게 되면 60% 미만에 해당한다. (다) 쟁점토지①은 양도일 현재 농지에 해당하지 아니한다.
(2) 쟁점토지②는 쟁점토지①과 마찬가지로, 자경 입증이 미흡하고, 도시개발사업지구 지정일부터 양도일까지를 부득이한 사유로 쟁점토지②의 사업용 기간으로 보기 어렵다. (가) 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제4호 및 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 제1호 및 제8호에 의하면, 환지방식에 따라 도시개발구역으로 지정되어 건축물 건축 등 개발행위가 제한되는 경우 사업시행지구 지정일부터 양도일까지 사업용 기간으로 볼 수 있다. 쟁점토지②는 환지방식에 따라 도시개발사업이 시행되는 토지에 해당하나, 처분청의 조회 요청에 대하여 인천광역시 서구청장은 ‘개발행위 및 경작 제한 구역이 해당없다’고 회신하였으므로(도시계획과-12239, 2024.9.4.) 건축물 건축 등 개발행위 및 경작 제한이 없는 토지로 보인다. (나) 또한 소득세법 시행령 제104조의3 제1항 제1호 나목에 의하면, 상업지역 편입일부터 3년이 되는 날까지는 사업용 토지로 보는 것이고, 3년이 지난 날부터는 비사업용 토지로 보는 것이며, 취득일(2001.1.26.)부터 상업지역 편입일(2010.8.23.)까지 기간은 실제 자경했을 경우에 사업용 기간으로 보는 것이다. (다) 청구인은 2001.1.26. 배우자로부터 쟁점토지②를 상속받아 계속하여 자경하였으므로 상업지역 편입일(2010.8.23.) 전까지 양도소득에 대한 자경감면을 적용하여야 한다고 주장하나, 앞서 쟁점①에서 언급하였듯이 청구인이 제출한 자료는 객관적인 입증자료로 보기 어렵고, 1,508평의 농지를 직접 자경하였음을 입증하기에 부족하다. (라) 청구인은 2024.3.31. 매수인에게 쟁점토지를 양도할 당시 매매계약서상 토지매매에 대한 제한이 없었던 것으로 보이므로 사업 시행‧보상의 지연에 대한 귀책사유가 사업시행자에게 있는 것으로 보기 어렵다. (마) 쟁점토지②는 양도일 현재 농지에 해당되지 아니한다.
(1) 쟁점토지 양도에 대한 양도소득세 신고 및 경정청구 관련 사항은 다음과 같다. (가) 청구인은 1995.6.19. 및 2001.1.26. 쟁점토지를 매매‧상속으로 각 취득하였고, 2024.3.31. 주식회사 보람○○에 양도한 후 쟁점토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세 중과세율(55%)을 적용하여 양도소득세를 기한 내 신고‧납부하였다. (나) 청구인은 2024.6.30. 아래 <표2>와 같이 쟁점토지를 8년 이상 재촌‧자경하며, 전체기간 중 60% 이상을 사업용 토지(농지)로 사용한 것으로 보아 자경 감면(OOO원) 및 양도소득세 일반세율(45%)를 적용하여 OOO원을 환급하는 경정청구를 하였다. <표2> 경정청구서 (다) 처분청은 위 경정청구에 대하여 청구인의 자경 감면을 부인하고, 상업지역 편입일부터 3년 경과 후 양도하여 사업용 토지 사용기간 기준(60%)을 충족하지 아니한 것으로 보아 이를 거부하였다.
(2) 쟁점토지의 도시개발사업 등 관련 사항은 다음과 같다. (가) 쟁점토지는 2008.11.17. OOO개발구역으로 지정‧고시되었고, 2010.8.23. 도시지역(유통상업지역)으로 편입되었다. (나) 쟁점토지가 속한 OOO도시개발사업 주요 추진 내용은 다음과 같다.
(3) 청구인과 처분청이 쟁점토지의 재촌‧자경과 사업용 토지인지 여부와 관련하여 제출한 자료는 다음과 같다. (가) 청구인은 다음의 자료를 제출하였다.
1. 주민등록초본에 의하면, 청구인과 배우자는 1979년부터 쟁점토지 인근인 경기도 부천시 삼정동‧내동 등 인근(쟁점토지부터 30km 이내)에 거주하였다.
2. 농지원부에 의하면, 쟁점토지는 지목 ‘전’, 용도지역 ‘도시지역’이고, 2001.1.26. 등록되었으며, 2022.8.11. 및 2022.9.14. 기준 휴경으로 확인된다.
3. 청구인은 농자재 구비, 경작물, 비닐하우스 설치 등 사진을 제출하였다.
4. 인우보증서(2024.8.6.)에 의하면, 쟁점토지 인근 주민 5명이 피상속인(배우자)의 자경과 청구인의 자경을 확인해 주고 있다. 5)OOO에서 발급한 ‘거래자별 매출상세내역(2003.7.30.~2021.10.29.)’에서 2012.2.14.~2021.4.5. 기간 농약‧농자재‧원예자재 구입내역이 확인된다. 6)인천광역시 서구청장의 정보공개청구(2024.8.20.) 회신문(2024.8.21.)에서 2016년 유기질비료 지원내역(2016년 신청)이 확인된다.
7. 그 외 과실수 보상내역을 받은 OOO계좌 사본과 조합원으로서 대출한 내역이 기재된 OOO 통장 사본, 수확물(쌈추, 케일, 상추 등) 및 농자재 영수증(2003‧2007‧2008년)을 제출하였다. (나) 처분청은 다음의 자료를 제출하였다.
1. 인천광역시 서구청장의 쟁점토지에 대한 ‘토지 용도지역 변동내역 등 조회 요청 회신(도시계획과-10372, 2024.7.29.)’ 내용은 다음과 같다.
2. 인천광역시 서구청장의 ‘도시개발구역 지정 고시일 등 조회 요청 회신(도시계획과-12239)’ 내용은 다음과 같다.
3. 쟁점토지의 2006년도 재산세(토지분) 과세내역에 의하면, 토지의 과세대상이 아래 <표3>과 같이 구분되었다. <표3> 2006년도 재산세 부과내역
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 쟁점토지를 취득(매매․상속)하여 피상속인 자경기간을 합산하거나 본인 자경기간에 8년 이상 재촌․자경하면서 농지로 사용하였고, 상업지역 편입일부터 3년이 경과하였으나, 환지방식에 따른 도시개발사업 시행으로 사용․수익의 제한이 있었으므로 그 기간을 비사업용 토지에서 제외하여야 한다고 주장한다. (나) 먼저, 쟁점토지가 조특법 제69조에 따른 자경 감면 대상인지를 본다. 청구인은 쟁점토지의 일부 지분은 매매, 나머지 지분은 상속으로 취득하였는데, 조특법 제69조 단서 및 같은 법 시행령 제66조 제4항 제1호에 따르면, 주거지역 등 편입일부터 3년이 경과한 농지의 경우 자경 감면의 적용을 배제하고 있고, 일부 부득이한 사유가 있는 경우 3년이 경과하더라도 감면을 인정하고 있다. 구 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호 본문에서 주거지역 등 도시지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 원칙적으로 양도소득세 감면대상에서 제외하도록 규정하고 있는 취지는, 대도시 근교 주거지역의 대지 위에서 채소 등을 경작하는 경우에도 농지로 취급되어 감면되는 불합리한 점을 시정하고, 대지 등과 경제적 가치 면에서 큰 차이가 없는 도시계획구역 내의 농지를 감면 대상에서 제외하여 농지에 대한 투기수요를 억제할 수 있도록 하기 위한 것(대법원 1997.7.8. 선고 95누9822 판결 참조)이고, 다만 주거지역 등에 편입된 날부터 3년이 지난 농지라 하더라도, 구 조특법 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 각 목에서 정한 사유에 해당하는 경우에는 양도소득세 감면대상으로 삼고 있는데, 조세법규의 해석에 관하여는 그 부과요건이거나 감면요건을 막론하고 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합하므로 위 시행령 제66조 제4항 제1호 단서 각 목의 규정도 엄격하게 해석하여야 할 것이다(대법원 2007.10.26. 선고 2007두9884 판결, 같은 뜻임). 쟁점토지는 상업지역 편입일(2010.8.23.)부터 3년이 경과하여 양도되었고, 쟁점토지가 국가 등에 의해 도시개발사업의 시행으로 편입된 농지에는 해당되나, 사업 또는 보상을 지연시키는 사유 등이 객관적․구체적으로 확인되지 아니하는 점, 제출된 항공사진에서 경작 현황이 확인되지 아니하고, 청구인이 제출한 경작 사진도 촬영 시기가 불분명하여 구체적인 입증자료로 보기 어려운 점, 청구인이 제출한 농지원부, 인우보증서 등 그 외 서류를 통해서 쟁점토지 취득일 내지 상속일부터 상업지역 편입일(2010.8.23.)까지 경작 사실이 객관적으로 입증되었다고 인정하기 어려운 점 등에 비추어, 쟁점토지 양도소득 중 편입일부터 3년까지 부분에 대하여 자경감면을 적용하여야 한다는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. (다) 다음으로, 쟁점토지가 사업용 토지에 해당하는지를 본다. 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제4호 및 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 제1호 내지 제8호를 보면, ‘건축허가가 제한된 경우’나 ‘환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 경우’ 등을 비사업용 토지 기간에서 제외하는 것으로 규정하고 있는데, 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상의 제한이나 개인이 책임질 수 없는 부득이한 사유로 토지를 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용할 수 없는 경우에도 그 토지를 비사업용 토지로 보아 양도소득세를 중과하는 것은 불합리하므로, 소득세법 제104조의3 제2항, 같은 법 시행령 제168조의14 제1항, 같은 법 시행규칙 제83조의5 제1항 등은 그러한 사유가 존재하는 기간 동안 그 토지를 비사업용으로 사용한 것으로 보지 아니하도록 규정하고 있다. 소득세법 제104조의3 제1항, 같은 법 시행령 제168조의6 등 법문에서 정한 요건과 기준을 충족하는 토지는 원칙적으로 양도소득세 중과세 대상인 비사업용 토지에 해당하고, 법령상의 제한 등 비사업용 토지의 제외사유에 관하여는 이를 주장하는 납세의무자에게 증명책임이 있다고 할 것(대법원 2013.2.14. 선고 2011두28950 판결 등, 같은 뜻임)인바, 쟁점토지는 환지방식에 따라 도시개발사업이 시행되어 2008.11.17. 사업시행지구로 지정되었고, 2010.8.23. 실시계획 인가 및 2018.2.1. 단지조성공사의 착공 등 사업추진 과정으로 볼 때 건축허가가 제한되었다거나 사업시행자의 귀책으로 인하여 사업이 지연된 사실이 확인되지 아니하는 점, 청구인도 도시개발사업의 구획단위 완료로 건축이 허가가 가능한 날 여부에 대한 객관적․구체적 입증을 하지 못하여 위 법령에서 언급된 부득이한 사유에 해당되는지가 불분명해 보이는 점 등에 비추어, 쟁점토지의 편입일부터 3년 기간을 제외한 보유기간에 농지로의 사용 및 도시개발사업에 따른 비사업용 토지의 제외 기간 등을 이유로 사업용 토지로 인정하기는 어렵다 할 것이다. (라) 따라서 처분청이 쟁점토지의 양도소득에 대하여 자경 감면의 적용을 배제하고, 비사업용 토지로 보아 양도소득세 중과세율(10% 추가)을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등
(1) 소득세법 제104조의3(비사업용 토지의 범위) ① 제104조 제1항 제8호에서 “비사업용 토지”란 해당 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.
1. 농지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것
② 제1항을 적용할 때 토지 취득 후 법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있어 그 토지가 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 토지를 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제168조의6(비사업용 토지의 기간기준) 법 제104조의3 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기간”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다. 이 경우 기간의 계산은 일수로 한다.
1. 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에는 다음 각 목의 모두에 해당하는 기간
⑤ 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 단서에서 “소유자가 농지소재지에 거주하며 스스로 경작하던 농지”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지를 말한다.
1. 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 본문의 규정에 따른 도시지역에 편입된 날부터 소급하여 1년 이상 재촌하면서 자경하던 농지
2. 제3항 각 호의 어느 하나에 해당하는 농지
⑥ 법 제104조의3 제1항 제1호 나목 단서에서 “대통령령이 정하는 기간”이라 함은 3년을 말한다. 제168조의14(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는 토지의 판정기준 등) ① 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지(이하 “비사업용 토지”라 한다)에 해당하는지를 판정한다.
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지 또는 제한된 토지: 사용이 금지 또는 제한된 기간
4. 그 밖에 공익, 기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지: 기획재정부령으로 정하는 기간
8. 도시개발법에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지: 건축이 가능한 날부터 2년
③ 법 제104조의3 제2항에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 비사업용 토지로 보지 않는다.
5. 그 밖에 공익ㆍ기업의 구조조정 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황ㆍ취득사유 또는 이용상황 등을 고려하여 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당되는 토지 (3) 소득세법 시행규칙 제83조의5(부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등) ① 영 제168조의14 제1항 제4호에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다. (단서 생략)
1. 토지를 취득한 후 법령에 따라 당해 사업과 관련된 인가ㆍ허가(건축허가를 포함한다. 이하 같다)ㆍ면허 등을 신청한 자가 건축법 제18조 및 행정지도에 따라 건축허가가 제한됨에 따라 건축을 할 수 없게 된 토지: 건축허가가 제한된 기간
8. 도시개발법에 따른 도시개발구역 안의 토지로서 환지방식에 따라 시행되는 도시개발사업이 구획단위로 사실상 완료되어 건축이 가능한 토지: 건축이 가능한 날부터 2년
12. 당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제11호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지: 당해 사유가 발생한 기간
(4) 조세특례제한법 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2026년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
③ 제1항을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (5) 조세특례제한법 시행령 제66조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자”란 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 및 농지관리기금법에 따른 한국농어촌공사(이하 이 조에서 “한국농어촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자로서 농지 양도일 현재 소득세법 제1조의2 제1항 제1호 에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.
1. 농지가 소재하는 시(특별자치시와 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역
2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역
3. 해당 농지로부터 직선거리 30킬로미터 이내의 지역
④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령으로 정하는 토지”란 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농어촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.
1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시{ 지방자치법 제3조 제4항 에 따라 설치된 도농(都農) 복합형태의 시의 읍ㆍ면 지역 및 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법 제10조 제2항 에 따라 설치된 행정시의 읍ㆍ면 지역은 제외한다}에 있는 농지중 국토의 계획 및 이용에 관한 법률에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
2. 도시개발법 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 이전에 농지 외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지. 다만, 환지처분에 따라 교부받는 환지청산금에 해당하는 부분은 제외한다.
⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 소득세법 시행령 제162조 에 따른 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 기준에 따른다.
⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산할 때 상속인이 상속받은 농지를 1년 이상 계속하여 경작하는 경우(제1항 각 호의 어느 하나에 따른 지역에 거주하면서 경작하는 경우를 말한다. 이하 이 항 및 제12항에서 같다) 다음 각 호의 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다.
1. 피상속인이 취득하여 경작한 기간(직전 피상속인의 경작기간으로 한정한다)
2. 피상속인이 배우자로부터 상속받아 경작한 사실이 있는 경우에는 피상속인의 배우자가 취득하여 경작한 기간 (6) 조세특례제한법 시행규칙 제27조(농지의 범위 등) ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.
③ 영 제66조 제4항 제1호 가목 및 제67조 제8항 제1호 가목에서 “기획재정부령으로 정하는 규모”란 100만제곱미터로 한다. 다만, 택지개발촉진법에 따른 택지개발사업 또는 주택법에 따른 대지조성사업의 경우에는 10만제곱미터로 한다.
④ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제8항 제1호 나목에서 “기획재정부령으로 정하는 공공기관”이란 공공기관의 운영에 관한 법률에 따라 지정된 공공기관과 지방공기업법에 따라 설립된 지방직영기업ㆍ지방공사ㆍ지방공단을 말한다.
(7) 도시개발법 제35조(환지 예정지의 지정) ① 시행자는 도시개발사업의 시행을 위하여 필요하면 도시개발구역의 토지에 대하여 환지 예정지를 지정할 수 있다. 이 경우 종전의 토지에 대한 임차권자등이 있으면 해당 환지 예정지에 대하여 해당 권리의 목적인 토지 또는 그 부분을 아울러 지정하여야 한다.
② 제29조 제3항 및 제4항은 제11조 제1항 제5호부터 제11호까지의 규정에 따른 시행자가 제1항에 따라 환지 예정지를 지정하려고 할 때에 준용한다.
③ 시행자가 제1항에 따라 환지 예정지를 지정하려면 관계 토지 소유자와 임차권자등에게 환지 예정지의 위치ㆍ면적과 환지 예정지 지정의 효력발생 시기를 알려야 한다. 제36조(환지 예정지 지정의 효과) ① 환지 예정지가 지정되면 종전의 토지의 소유자와 임차권자등은 환지 예정지 지정의 효력발생일부터 환지처분이 공고되는 날까지 환지 예정지나 해당 부분에 대하여 종전과 같은 내용의 권리를 행사할 수 있으며 종전의 토지는 사용하거나 수익할 수 없다.
② 시행자는 제35조 제1항에 따라 환지 예정지를 지정한 경우에 해당 토지를 사용하거나 수익하는 데에 장애가 될 물건이 그 토지에 있거나 그 밖에 특별한 사유가 있으면 그 토지의 사용 또는 수익을 시작할 날을 따로 정할 수 있다.
③ 환지 예정지 지정의 효력이 발생하거나 제2항에 따라 그 토지의 사용 또는 수익을 시작하는 경우에 해당 환지 예정지의 종전의 소유자 또는 임차권자등은 제1항 또는 제2항에서 규정하는 기간에 이를 사용하거나 수익할 수 없으며 제1항에 따른 권리의 행사를 방해할 수 없다.
④ 시행자는 제34조에 따른 체비지의 용도로 환지 예정지가 지정된 경우에는 도시개발사업에 드는 비용을 충당하기 위하여 이를 사용 또는 수익하게 하거나 처분할 수 있다.
⑤ 임차권등의 목적인 토지에 관하여 환지 예정지가 지정된 경우 임대료ㆍ지료(地料), 그 밖의 사용료 등의 증감(增減)이나 권리의 포기 등에 관하여는 제48조와 제49조를 준용한다
결정 내용은 붙임과 같습니다.