조세심판원 심판청구 법인세

국내 미등록된 특허권 사용대가가 국내원천소득에 해당하는지 여부

사건번호 조심-2025-서-4119 선고일 2026.03.04

한미조세조약 규정은 소득 원천지국을 사용지로 정하였을 뿐 그 판정기준을 제시하지 아니하여 국내 세법에 따라야 하는바, 법인세법은 특허권 등이 국외등록되었고 국내 제조·판매등에사용된 경우 국내 등록 관계 없이 국내사용된 것으로 본다고 규정하고 있으므로 국내원천소득에 해당함

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 미국 법률에 따라 설립된 법인으로 아래 <표1>과 같이 내국법인인 주식회사 a(이하 “쟁점법인”이라 한다)에게 양방향 프로그램 가이드(Interactive Program Guide, IPG) 기술 등에 대한 특허권의 사용을 허락하고 2020년∼2021년 쟁점법인으로부터 사용료 합계 USD OOO(이하 “쟁점사용료”라 한다)를 지급받았으며, 쟁점법인은 이를 원천징수 대상인 사용료소득으로 보아 법인 원천세를 징수하여 신고·납부하였다. <표1> 쟁점사용료 및 원천세 내역
  • 나. 청구법인은 2025.1.2. 국내 미등록 특허권에 대한 사용대가는 국내원천소득에 해당하지 않음을 이유로 2020∼2021사업연도 법인세 합계 OOO원을 환급해달라는 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2025.7.2. 이를 거부하였다. <표2> 법인세 경정청구 내역 (단위: 원)
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.9.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 (1) 법인세법 제93조 제8호 및 한미조세협약 제14조 제4항에 따라 국내 미등록 특허권에 대한 사용대가는 국내원천소득에 해당하지 않는다. 법인세법 제93조 제8호 는 외국법인의 국내원천 사용료소득에 대하여 “다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리·자산 또는 정보(이하 이 호에서 “권리등”이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세 방지협약에서 사용지(使用地)를 기준으로 하여 그 소득의 국내원천소득 해당 여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리등에 대한 대가는 국내 지급 여부에도 불구하고 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 “특허권등”이라 한다)는 해당 특허권등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다“고 규정하고 있다. 한편 한미조세협약 제14조 제4항은 ‘사용료’를 정의하면서 제a호에서 ‘문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권, 특허, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능, 선박 또는 항공기의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금’을 규정하고, 제6조는 소득의 원천에 대하여 규정하면서 제3항에서 “제14조 제4항에 규정된 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다.”라고 규정하고 있다. 이와 같은 한미조세협약의 문맥과 그 문언의 통상적 의미, 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입 또는 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역 내에서만 그 효력이 미치는 것이므로, 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 그 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만이 국내원천소득으로 될 수 있을 뿐이고, 한미조세협약의 해석상 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 관념할 수 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 아니한 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다. 청구법인이 쟁점법인에게 사용을 허여한 특허권의 대부분은 국내에 등록되지 않은 특허권이므로, 쟁점사용료 중 국내에 등록되지 않은 특허권의 사용대가로 지급된 사용료는 국내원천소득에 해당하지 않고, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 위법하다.

(2) 다만 쟁점사용료 중 국내에 등록된 특허권에 대한 사용대가 부분이 특정되지 아니하므로, 처분청이 국내에 등록된 특허권에 대한 사용 대가 부분을 특정할 수 있는 객관적인 기준을 제시한다면 청구법인은 그 기준에 따라 경정청구 및 환급을 구하는 세액을 별도로 산정하여 제출할 예정이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 대법원의 판례 변경에 따라 미등록 특허 사용료가 국내원천소득에 해당함이 명백해졌다. 대법원은 2025.9.18. 미등록 특허 사용료에 대한 국내원천소득 여부 관련 종전의 판례를 변경하여 특허권 속지주의에 기초하여 국내 미등록 특허권의 국내 사용이나 그 사용대가 지급을 관념할 수 없다는 관점은 타당하지 않다는 전제에서 전원합의체 판결을 선고(대법원 2025.9.18. 선고 2021두59908 판결)하였다. (2) 법인세법 제93조 개정에 따라 특허권 ‘사용’의 의미가 정의되었으므로 이에 따라 국내원천소득 여부를 판단하여야 한다. 한미조세협약 제14조 제4항은 과세권의 배분기준으로 ‘사용지주의’를 규정하였을 뿐 ‘사용’의 정의를 규정하고 있지 않음으로써 법인세법 개정(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정) 이전까지는 조세조약의 맥락이나 해석의 보충적 수단을 통하여 ‘사용’을 결정할 수밖에 없었으므로 법원에서는 ‘특허법상의 등록 개념(속지주의)’을 차용하여 ‘등록’을 사용으로 보아 국내원천소득이 아님을 판단하였으나, 2008.12.26. 법인세법 개정을 통한 구 법인세법 제93조 제9항 (현재 제8항)에서 ‘해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.’고 명시하면서 세법상 개념으로써 ‘사용’의 개념을 정의하였으므로 개정된 법인세법의 조항을 따라서 국내원천소득으로 판단하여야 한다. 또한 2019.12.31. 법령 제16833호로 개정된법인세법에는 제93조 제8호 다목이 신설되면서 국내 미등록 특허권의 사용대가를 특허권과 별개의 ‘유사한 재산․권리’에 대한 사용료 소득으로 분류할 것이 규정되었는데, 이는 국내 미등록특허 사용대가의 경우는 특허권과는 별개의 ‘기타 이와 유사한 재산․권리’의 사용대가인 사용료로 분류하는 방법으로 기존의 ‘특허권 속지주의’ 논의를 피하고 과세권을 확보하고자 하는 취지이다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 미등록 특허권에 대한 쟁점사용료가 국내원천소득에 해당하지 아니한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 법인세법(2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 것) 제93조(외국법인의 국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

9. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리ㆍ자산 또는 정보(이하 이 호에서 “권리등”이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우의 당해 대가 및 그 권리등의 양도로 인하여 발생하는 소득. 다만, 소득에 관한 이중과세방지협약에서 사용지를 기준으로 하여 당해 소득의 국내원천소득 해당여부를 규정하고 있는 경우에는 국외에서 사용된 권리등에 대한 대가는 국내지급 여부에 불구하고 이를 국내원천소득으로 보지 아니한다. 이 경우 특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 권리의 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 호에서 “특허권등”이라 한다)는 해당 특허권등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.

  • 가. 학술 또는 예술상의 저작물(映畵필름을 포함한다)의 저작권ㆍ특허권ㆍ상표권ㆍ디자인ㆍ모형ㆍ도면이나 비밀의 공식 또는 공정ㆍ라디오ㆍ텔레비젼방송용 필름 및 테이프 기타 이와 유사한 자산이나 권리
  • 나. 산업상·상업상 또는 과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우

(2) 법인세법(2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 것) 제93조(외국법인의 국내원천소득) 외국법인의 국내원천소득은 다음 각 호와 같이 구분한다.

8. 국내원천 사용료소득: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 권리ㆍ자산 또는 정보(이하 이 호에서 “권리등”이라 한다)를 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리등을 양도함으로써 발생하는 소득. 이 경우 제4호에 따른 산업상ㆍ상업상ㆍ과학상의 기계ㆍ설비ㆍ장치 등을 임대함으로써 발생하는 소득을 조세조약에서 사용료소득으로 구분하는 경우 그 사용대가를 포함한다.

  • 가. 학술 또는 예술상의 저작물(영화필름을 포함한다)의 저작권, 특허권, 상표권, 디자인, 모형, 도면, 비밀스러운 공식 또는 공정(工程), 라디오ㆍ텔레비전방송용 필름 및 테이프, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리
  • 나. 산업상ㆍ상업상ㆍ과학상의 지식ㆍ경험에 관한 정보 또는 노하우
  • 다. 사용지(使用地)를 기준으로 국내원천소득 해당 여부를 규정하는 조세조약(이하 이 조에서 “사용지 기준 조세조약”이라 한다)에서 사용료의 정의에 포함되는 그 밖에 이와 유사한 재산 또는 권리[특허권, 실용신안권, 상표권, 디자인권 등 그 행사에 등록이 필요한 권리(이하 이 조에서 “특허권등”이라 한다)가 국내에서 등록되지 아니하였으나 그에 포함된 제조방법ㆍ기술ㆍ정보 등이 국내에서의 제조ㆍ생산과 관련되는 등 국내에서 사실상 실시되거나 사용되는 것을 말한다] 부칙 제1조(시행일) 이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다. 제8조(외국법인의 국내원천소득에 관한 적용례) 제93조 제8호 및 같은 조 제10호 차목ㆍ카목의 개정규정은 이 법 시행 이후 지급하는 소득분부터 적용한다.

(3) 한미조세협약 제2조(일반적 정의) (2) 이 협약에서 사용되나 이 협약에서 정의되지 아니한 기타의 용어는, 달리 문맥에 따르지 아니하는 한, 그 조세가 결정되는 체약국의 법에 따라 내포하는 의미를 가진다. 상기 규정에 불구하고 일방 체약국의 법에 따른 그러한 용어의 의미가 타방 체약국의 법에 따른 용어의 의미와 상이하거나, 또는 그러한 용어의 의미가 어느 한 체약국의 법에 따라 용이하게 결정될 수 없는 경우에 양 체약국의 권한있는 당국은 이중과세를 방지하거나 또는 이 협약의 기타의 목적을 촉진하기 위하여 이 협약의 목적상 동 용어의 공통적 의미를 확정할 수 있다. 제6조(소득의 원천) 이 협약의 목적상 소득의 원천은 다음과 같이 취급된다.

(3) 제14조(사용료) (4)항에 규정된 재산(선박 또는 항공기에 관해서 본조(5)항에 규정된 것 이외의 재산)의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 동 조항에 규정된 사용료는 어느 체약국내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다. 제14조(사용료) (1) 타방 체약국의 거주자에 의하여 일방 체약국내의 원천으로부터 발생되는 사용료에 대하여 동 일방 체약국이 부과하는 조세는, 하기 (2)항 및 (3)항에 규정된 경우를 제외하고는, 그 사용료 총액의 15퍼센트를 초과해서는 아니된다.

(4) 본 조에서 사용되는 "사용료"라 함은 다음의 것을 의미한다. (a) 문학·예술·과학작품의 저작권 또는 영화필름·라디오 또는 텔레비전 방송용 필름 또는 테이프의 저작권 특히, 의장, 신안, 도면, 비밀공정 또는 비밀공식, 상표 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술), 선박 또는 항공기(임대인이 선박 또는 항공기의 국제운수상의 운행에 종사하지 아니하는 자인 경우에 한함)의 사용 또는 사용권에 대한 대가로서 받는 모든 종류의 지급금 (b) 그러한 재산 또는 권리(선박 또는 항공기는 제외됨)의 매각, 교환 또는 기타의 처분에서 발생한 소득 중에서 동 매각, 교환 또는 기타의 유상처분으로 취득된 금액이 그러한 재산 또는 권리의 생산성, 사용 또는 처분에 상응하는 부분 사용료에는 광산, 채석장 또는 기타 자연자원의 운용에 관련하여 지급되는 사용료, 임차료 또는 기타의 금액은 포함되지 아니한다.

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 미국에 설립된 법인으로, 내국법인인 쟁점법인에게 양방향 프로그램 가이드(Interactive Program Guide) 기술 등에 대한 특허권의 사용을 허여하고 그 대가로 로열티를 지급받기로 하는 특허 라이선스 계약을 체결하였다. (나) 쟁점법인은 위 특허 라이선스 계약에 따라 쟁점사용료를 지급하면서 한미조세협약 제14조 제1항에 따른 제한세율 15%를 적용하여 아래 <표3>과 같이 법인세를 원천징수·납부하였다. (<표> 삽입을 위한 여백) <표3> 쟁점사용료 및 원천세 내역 (다) 청구법인은 쟁점법인이 원친징수한 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 이에 대하여 법인세법 제93조 제8호 에 따라 국내등록 여부와 관계없이 국내에서 사용된 특허권에 대한 사용료로 지급된 대가는 국내원천소득에 해당하며, 경정청구세액 적정성 검증을 위한 객관적인 근거자료(국내원천소득 비율 계산 근거)가 제출되지 않았다는 등의 이유로 경정청구를 거부하였다.

(2) 기획재정부가 발간한 2008년, 2019년 간추린 개정세법에 따르면, 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 법인세법 제93조 제9호 및 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 법인세법 제93조 제8호 의 개정 내용 및 개정이유는 다음과 같다. <표4> 2008년 간추린 개정세법 <표5> 2019년 간추린 개정세법

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 국내 미등록 특허권에 대한 쟁점사용료는 원천징수대상인 국내원천소득에서 제외하여야 한다고 주장하나, 한미조세협약 제6조 제3항에서 “사용료는 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우에만 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다”고 규정하고 있는데, 이는 소득의 원천지국 판단기준을 사용지로 정한 것일 뿐 그 사용지의 판정기준은 제시하고 있지 아니하므로 그에 대한 판단은 국내 세법에 따르는 것이 타당한 점, 2008.12.26. 법률 제9267호로 개정된 법인세법 제93조 제9호 에서 “해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조ㆍ판매 등에 사용된 경우에는 국내등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다”고 규정하고 있었고, 2019.12.31. 법률 제16833호로 개정된 법인세법 제93조 제8호 에서도 “특허권 등이 국내에서 등록되지 아니하였으나 국내에서 사용하거나 그 대가를 국내에서 지급하는 경우 그 대가 및 그 권리 등을 양도함으로써 발생하는 소득은 외국법인의 국내원천소득에 해당한다”고 명확히 규정하고 있는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점사용료를 국내원천소득에 해당하는 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2021중1160·1161·서1352, 2021.4.13. 외 다수, 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)