장애인고용부담금의 손금 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 OOO에 설립되어 OOO을 주된 사업으로 영위하는 법인으로, 2019사업연도 법인세 신고 시 장애인고용촉진 및 직업재활법(이하 “장애인고용법”이라 한다) 제33조에 따라 일정 비율 이상의 장애인을 고용하지 못함에 따라 고용노동부장관에게 납부한 장애인고용부담금 OOO원(이하 “쟁점고용부담금”이라 한다)을 법인세법 제21조 제5호 의 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’으로 보아 손금불산입하여 신고하였다.
• 나. 이후 청구법인은 쟁점고용부담금이 법인세법 제21조 제5호 에 따른 공과금에 해당하지 아니하여 이를 손금산입하여야 한다며 2025.3.31. 처분청에 기 납부한 2019사업연도 법인세 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 2025.5.23. 이를 거부하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.8.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점고용부담금이 법적 제재로서 부과되는 공과금에 해당하는지 여부에 대하여 최근 1심 법원(서울행정법원 2023.5.2. 선고 2022구합65757 판결)에서 쟁점고용부담금의 목적과 성격 등을 종합하여 보았을 때, 법령에 따른 의무 불이행에 대한 ‘제재’로서 부과된 것으로 단정하기 어렵다고 판시하였고, 상급심(서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45325 판결) 역시 1심의 법령 해석과 법리 설시 사항이 지극히 정당한 것으로 판단하며, 쟁점고용부담금이 법인세법 제21조 제5호 에서 말하는 ‘제재’에 해당한다고 볼 수 없다고 판시하였다. 이에 따라 청구법인이 과다하게 손금불산입한 쟁점고용부담금을 취소하여 과다하게 신고납부한 법인세에 대해 경정하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견

(1) 쟁점고용부담금은 법인세법상 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’으로 보는 것이 타당하다. 장애인고용법에서는 사업주에게 장애인 고용 및 고용률 준수 의무를 부여하고 있고 사업주가 의무고용률(3.1%)에 미달하게 장애인을 고용하는 경우 사업주에게 부담금을 부과하는 것이므로, 쟁점고용부담금은 의무불이행에 대한 제재로서 납부하는 공과금에 해당한다. 쟁점고용부담금은 조세와 마찬가지로 공법상의 금전지급의무에 해당하므로 납세의무자가 그 의무를 이행하지 않으면 국세체납처분의 예에 따라 강제징수 할 수 있고(장애인고용법 제37조), 쟁점고용부담금 산정의 중요 요소인 ‘부감기초액’은 최저임금법상 최저임금액의 100분의 60이상 범위에서 장애인 고용의무 불이행의 ‘중한 정도’에 따라 ‘가산’된다. 특히, 장애인 고용의무 불이행의 정도가 가장 중한 정도로서 장애인을 1명 이상 고용하지 아니한 월이 있는 경우 ‘기초부담액’은 최저임금법상의 최저임금액을 그대로 적용하도록 하고 있으므로 이는 쟁점고용부담금이 ‘징벌’적 성격이 있는 것을 보여주는 것이라 할 수 있다.

(2) 기획재정부 또한 유권해석을 통하여 쟁점고용부담금을 손금불산입 대상 공과금으로 보고 있는 점 등을 종합하면 쟁점고용부담금은 법인세법 제21조 제5호 의 공과금에 포함된다고 해석하는 것이 사회통념상 타당하다. 만약, 쟁점고용부담금이 손금으로 인정된다면 사업주는 제도 취지와 달리 장애인 고용을 기피하게 되고 전액 손금이 인정되는 부담금 납부를 쉽게 선택하는 문제가 예상된다 할 것이므로 당초 장애인에 대한 고용촉진 및 직업재활이라는 정책 목적에도 부합하지 않는다. 장애인고용법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통해 인간다운 생활 및 직업 재활을 할 수 있게 하고 사업주에게는 장애인 고용의무 이행을 압박하는 한편 이러한 의무를 불이행한 사업주에게는 분담금 납부로 이행을 강제하고 있다. 조세심판원도 최근 쟁점고용부담금을 손금불산입 대상으로 판단(조심 2021서711, 2021.8.6., 조심 2022서1526, 2022.5.2. 외 다수)하였다. 따라서 쟁점고용부담금에 대해 법인세법 제21조 제5호 에 따라 손금에 산입하지 않는 공과금으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 장애인고용법 제33조 제1항 에 따라 사업주가 부담하는 쟁점고용부담금이 법인세법 제21조 제5호에 해당하는 공과금으로서 손금불산입 대상인지 여부
• 나. 관련 법령

(1) 법인세법(2022.12.31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것) 제21조(세금과 공과금의 손금불산입) 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금

(2) 장애인고용촉진 및 직업재활법 제1조(목적) 이 법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 꾀하는 것을 목적으로 한다. 제28조(사업주의 장애인 고용 의무) ① 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 공사 실적액이 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액 이상인 사업주)는 그 근로자의 총수(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사 실적액을 근로자의 총수로 환산한다)의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하 "의무고용률"이라 한다) 이상에 해당(그 수에서 소수점 이하는 버린다)하는 장애인을 고용하여야 한다. 제33조(사업주의 부담금 납부 등) ① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다.

② 부담금은 사업주가 의무고용률에 따라 고용하여야 할 장애인 총수에서 매월 상시 고용하고 있는 장애인 수를 뺀 수에 제3항에 따른 부담기초액을 곱한 금액의 연간 합계액으로 한다.

③ 부담기초액은 장애인을 고용하는 경우에 매월 드는 다음 각 호의 비용의 평균액을 기초로 하여 고용정책심의회의 심의를 거쳐 최저임금법에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액의 100분의 60 이상의 범위에서 고용노동부장관이 정하여 고시하되, 장애인 고용률(매월 상시 고용하고 있는 근로자의 총수에 대한 고용하고 있는 장애인 총수의 비율)에 따라 부담기초액의 2분의 1 이내의 범위에서 가산할 수 있다. 다만, 장애인을 상시 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우에는 그 달에 대한 사업주의 부담기초액은 최저임금법에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액으로 한다.

1. 장애인을 고용하는 경우 필요한 시설·장비의 설치, 수리에 드는 비용

2. 장애인의 적정한 고용관리를 위한 조치에 필요한 비용

3. 그 밖에 장애인을 고용하기 위하여 특별히 드는 비용 등

④ 고용노동부장관은 제22조의4 제1항에 따라 인증을 받은 장애인 표준사업장 또는 장애인복지법제58조 제1항 제3호의 장애인 직업재활시설에 도급을 주어 그 생산품을 납품받는 사업주에 대하여 부담금을 감면할 수 있다.

⑤ 사업주는 다음 연도 1월 31일(연도 중에 사업을 그만두거나 끝낸 경우에는 그 사업을 그만두거나 끝낸 날부터 60일)까지 고용노동부장관에게 부담금 산출에 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 적어 신고하고 해당 연도의 부담금을 납부하여야 한다.

⑥ 고용노동부장관은 사업주가 제5항에서 정한 기간에 신고를 하지 아니하였을 때에는 이를 조사하여 부담금을 징수할 수 있다.

⑦ 고용노동부장관은 제5항에 따라 부담금을 신고(제8항에 따른 수정신고를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 납부한 사업주가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이를 조사하여 해당 사업주가 납부하여야 할 부담금을 징수할 수 있다.

1. 사업주가 신고한 부담금이 실제로 납부하여야 할 금액에 미치지 못하는 경우

2. 사업주가 납부한 부담금이 신고한 부담금에 미치지 못하는 경우

3. 사업주가 신고한 부담금을 납부하지 아니한 경우

⑧ 사업주는 제5항에 따라 신고한 부담금이 실제 납부하여야 하는 부담금에 미치지 못할 때에는 해당 연도 2월 말일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고하고 그 부담금의 차액을 추가로 납부할 수 있다.

⑨ 고용노동부장관은 사업주가 납부한 부담금이 실제 납부하여야 할 부담금을 초과한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 초과한 금액에 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 산정한 금액을 가산하여 환급하여야 한다.

⑩ 부담금은 대통령령으로 정하는 대로 분할 납부를 하게 할 수 있다. 이 경우 분할 납부를 할 수 있는 부담금을 제5항에 따른 납부 기한에 모두 납부하는 경우에는 그 부담금액의 100분의 5 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 금액을 공제할 수 있다.

⑪ 제4항에 따른 도급의 기준, 그 밖에 부담금 감면의 요건·기준 등에 필요한 사항은 고용노동부장관이 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 아래 <표>와 같이 쟁점고용부담금을 손금산입 대상으로 보아 2025.3.31. 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 쟁점고용부담금은 법인세법 제21조 제5호 의 공과금에 포함되는 것으로 보아 2025.5.23. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. <표> 청구법인의 경정청구 내역 (단위: 원)

(2) 기획재정부는 2018.2.21. 이후 신고·납부하여야 하는 쟁점고용부담금은 손비로 인정하지 않는다는 내용의 유권해석을 하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점고용부담금이 법인세법 제21조 제5호 의 손금불산입 대상인 공과금에 해당하지 않는다고 주장하나, 법인세법상 공과금은 국가 또는 공공단체에 의하여 국민 또는 공공단체의 구성원에게 강제적으로 부과되는 모든 공적부담으로 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띠는 것이어서 손금에 산입 됨이 원칙이고, 예외적으로 그 성질상 비용성을 갖지 않거나 조세정책적 또는 기술적 이유에 의하여 손금에 산입함이 바람직하지 않아 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정되는 것으로 보는 것(대법원 2004.3.18. 선고 2001두1949 전원합의체 판결)이며, 이때 어떠한 공과금이 법인세법 제21조 제5호 에서 정하고 있는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하여 손금불산입 대상이 되는지 여부는 단순히 그 명칭만을 가지고 판단할 것이 아니라 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 행정법상의 의무 및 의무불이행의 내용, 근거 법령의 제개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 해당 공과금에 관한 실질적인 내용을 두루 종합하여 판단함이 타당한바, 장애인고용법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적(제1조)을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제(제28조)하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 쟁점고용부담금을 납부(제33조)하도록 하고 있는 점, 쟁점고용부담금은 장애인고용법 제33조 에 따라 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주를 대상으로 고용노동부장관이 징수하는 부담금으로 이는 법인세법 제21조 제5호 의 “법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금”에 해당하는 것으로 보이는 점(조심 2025서3666, 2025.11.5. 외 다수, 같은 뜻임) 등에 비추어, 처분청이 쟁점고용부담금을 법인세법 제21조 제5호 의 손금불산입 대상 공과금으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4.결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.