쟁점거래와 관련하여 청구법인과 중간 업체들의 매출을 부풀리기 위한 목적으로 거래단계에서 끼워넣는 방법과 마진을 돌려주는 방법으로 거래를 한 것으로 나타나는 등 쟁점거래는 가공거래로 보임
쟁점거래와 관련하여 청구법인과 중간 업체들의 매출을 부풀리기 위한 목적으로 거래단계에서 끼워넣는 방법과 마진을 돌려주는 방법으로 거래를 한 것으로 나타나는 등 쟁점거래는 가공거래로 보임
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) OOO 통합IT센터 통신인프라 구축 사업과 관련하여 B이 2015.12.30. 청구법인에게 발급한 쟁점거래① 관련 세금계산서(공급가액 OOO원)는 실물거래로서 처분청이 이를 가공거래로 본 것은 부당하다. (가) 위 거래의 주요 매입내역은 발주서와 같이 WeGuardia XTM 장비 및 통합관리솔루션으로 총 매입금액은 OOO원(부가가치세 별도)이고, 대금 지급은 청구법인의 매출처인 A와 B, 청구법인이 참여한 채권양수도 계약을 통해 이루어졌다. (나) 매입품목인 WeGuardia XTM 장비 및 통합관리솔루션은 VPN 구축을 위한 암복호화 장비로서 ㈜C에서 현재도 판매하고 있는 제품이다. (다) 쟁점거래①과 관련하여 청구법인이 2015.12.30. 발급한 세금계산서(공급가액 OOO원)는 정상거래에 따른 것으로서, 청구법인은 코스닥 상장사인 A에 OOO 통합IT센터 통신인프라 구축사업 용역을 제공하였고, 거래대금은 부가가치세를 포함한 OOO원이며, A와 매입처인 B 등 3자 간 채권양수도를 통해 A에서 B으로 직접 대금을 지급하는 것으로 하였으며, 청구법인은 2016.8.4. 잔액 OOO원을 수령하였다(발주서, 견적서, 채권양수도계약서, 채권양도통지서, 입금명세서, 사실확인서 등 참조). (라) 청구법인은 OOO 통합IT센터 통신인프라 구축 사업, OOOㆍOOO센터 영업점 vpn 등 구축사업에 경쟁입찰 방식으로 참여하였고, 수주 시 청구법인의 자산인 기술자문과 지원을 담당하였다. 쟁점거래①과 관련하여 청구법인의 WeGuardia XTM매출이 가공매출이 아님은 WeGuardia XTM의 제조사의 유지보수계약서를 보면 알 수 있는데, 금융권 특성상 유지보수는 제조사(C)가 직접 진행하고 있으므로 청구법인이 위 시스템 구축에 용역을 제공한 사실은 분명하다(계약서, 유지보수 장비리스트상 WeGuardia XTM 장비 내역 참조). (마) 보안제품을 제공한데 대해 청구법인의 수입금액을 총액주의로 인식하고 세금계산서상 공급가액을 총액으로 기재하여 발급하는 것은 정상거래이다. 청구법인이 보안장비를 납품하는 경우 단순히 네트워크 장비의 ‘판매 대리’를 하는 것이 아니라 네트워크 장비를 납품하고 그에 따른 유지보수 용역을 제공하는 것으로서, 고객사에 납품한 제품에 하자가 있는 경우 제조사의 결정적 책임이 아닌 이상 청구법인이 해당 제품에 대해 책임지고 유지보수를 진행하고 있고, 청구법인이 구입한 보안장비 등이 판매되지 않으면 그에 따른 재고 처리도 청구법인이 부담하고 있다. 네트워크 보안장비를 납품하는 동종업계 대부분이 보안장비 납품시에 소위 ‘총액주의’에 따라 매입가액에 부가가치세를 더한 ‘총액’을 기준으로 공급가액을 기재하여 세금계산서를 발급하고 있고, 하자보수증권의 경우에도 총액주의에 따라 발급받고 있다. 따라서 납품한 장비의 총액으로 세금계산서를 발급하고 수입금 전액을 청구법인의 수익으로 계상하는 것은 정상거래이다.
(2) 경찰청 교통안전과 전산보안장비(교통단속시스템 고도화) 구매사업인 쟁점거래②와 관련하여 청구법인이 2015.12.30. 발급한 B에 대한 세금계산서(공급가액 OOO원)를 가공세금계산서로 보고, 이를 OOO에게 발급하여야 할 세금계산서로 본 것은 부당하다. (가) 청구법인은 쟁점거래②와 관련하여 경찰청 교통단속시스템 보안성 강화사업으로 망연계시스템, 서버 키관리서버, 프레임워크, 노트북 공급 등을 제공하였고, 대금은 2016.1.7. OOO원, 2016.1.7. OOO원 총 OOO원을 입금 받았다(물품공급 및 사업협력계약서, 발주서, 견적서, 입금명세서, 이행보증보험 등 참조). (나) 이를 위한 매입거래는 아래 <표2>와 같고, 거래처별로 대금을 지급한 내역이 입출금명세서로 확인된다. <표2> 주요 매입업체별 품목과 대금 지급내역 ㅇㅇㅇ (다) 처분청은 청구법인이 OOO에 매출세금계산서(공급가액 OOO원)를 발급하지 아니하였다는 의견이나, 청구법인은 VPN(방화벽) 설치 및 유지보수 전문업체로, 경찰청 본청 및 지방청 영상 단속 실 보안장비 설치와 관련하여, OOO 등 9개 업체로부터 망연계시스템 등을 OOO원에 매입하여 B에 OOO원에 납품하였으며, 매입가 대비 매출액이 큰 것은 납품 당시 망연계시스템 관련 업체의 출혈 경쟁으로 인해 청구법인은 이익을 더 볼 수 있었기 때문이다. 이런 몇십 억원 규모의 사업은 한 개 업체가 모두 구축하기는 어렵고 서로의 역할에 따라 소프트웨어를 가공하고 구현하는 것이 일반적이고, B과는 제안서 작성 및 시스템 구축 시부터 기술적인 협조를 많이 하였고, 특히 인증 관련 국내 1위 업체인 E이 수주할 수 있도록 많은 업체들과 협업해 사업을 수주하게 되었다. 청구법인은 C(WeGuardia XTM, 망연계시스템 제조사)과의 특별한 인적 협력관계를 통해 KMS, 네트워크관리SW, SecureGuard, 노트북, USB포트잠금장치, 서버렉, L2스위치 등을 선발주하여 기술적인 사업능력을 갖춘 B으로 매출하게 된 것이다. 참고로, 경찰청 교통과에 납품된 정보보호장비는 청구법인이 10년째 유상 유지보수를 통해 17개 시ㆍ도청과 주계약자로서 계약을 하고 있고, 관련 업체들로부터 기술이전을 받거나 또는 기술적으로 어려운 부분은 하도급을 통해 유지보수하고 있다(용역표준계약서, 유지보수산출내역서, 유지보수장비목록 등 참조).
(3) 처분청의 답변에 대한 청구법인의 항변은 다음과 같다. (가) 당시 청구법인 사업담당자였던 B는 2017년 1월에 퇴사한 직원인데, 처분청이 10년 전 사업에 대한 자료(거래처와 주고받은 메일, 가격 협상 자료 등)가 없다는 사실로 청구법인이 제출한 이 건 거래들의 견적서, 발주서, 계약서, 하자보증증권, 계약보증증권 등의 거래자료는 부인하면서 과세에 유리한 자료만 선택적으로 채택하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 본 것은 부당하다. 견적서의 내용이 동일하고 가격만 변동된 것은 소프트웨어에 대한 기술적인 대응에 대해 각사별 업무 역할이 반영된 것으로 견적서 상의 하드웨어를 변경하는 것이 아니기 때문이고, 사용자가 각자의 환경에 맞게 소프트웨어를 설정하고 연동 테스트하는 것은 소프트웨어의 영역이지 하드웨어의 영역은 아니다. 즉, 각 사별 기술적인 환경분석과 역할이 있었던 것을 간과하고 가격만 변경되었다고 보는 것은 IT업계의 특수성에 대한 이해가 부족한데 기인한 것으로 보인다. (나) 쟁점거래②와 관련하여 청구법인과 경찰청(도로교통공단)이 맺은 유지보수 과업지시서 내의 점검 항목을 보면, 처분청이 쟁점거래와 관련 없는 다른 거래라고 주장하는 방화벽 외에 청구법인이 B으로 매출한 망연계시스템, DB암호화, NMS(네트워크관리시스템)가 포함되어 있는 것을 확인할 수 있고, 유지보수계약은 기존에 설치되어 있는 장비의 정상적인 운영을 목적으로 하고, 이는 최초에 보안장비가 상호 충돌 없이 설치되어 정상 작동함을 의미한다. (다) A 직원 C의 확인서는 끼워넣기를 인정하는 것이 아니라 유통구조를 말한 것이고, 일반적으로 제조사에서 물품 배송이 시작되면 구매업체로 가는 것보다는 원 발주처로 바로 보내서 현지에서 납품 확인을 받는것이 관행이고, 불필요한 물류비용을 줄이기 위해 물류센터에서 직배송하는 것이 일반적이다. (라) 청구법인 대표이사가 처분청에서 조사받을 당시 관련 내용을 완전히 파악하지 못한 상태에서 처분청이 가공매출임을 강력하게 주장하여 직원 B에 대한 의구심으로 답변하였던 것이고, 청구법인과 직원들이 피해를 보지 않게 하려고 선처를 부탁한 것에 대해 마치 청구법인 대표이사가 잘못을 시인한 것으로 본 것은 부당하다. (마) 검찰의 청구법인에 대한 불기소 결정은 수집한 증거와 법적 판단에 근거하여 이루어진 것으로, 이를 단순히 ‘시효 임박에 따른 급박한 종결’로 해석하는 것은 수사기관에 대한 신뢰성과 판단의 정당성을 간과한 비약적 해석이고, 사실관계에 대한 편향된 인식이다. 이 건 거래에 대한 세무조사는 A 전 직원 C이 A에 대한 악감정으로 시작되었고, 처분청은 C 및 A 대표이사가 검찰조사를 받으면서 진술한 내용을 근거로 이 건 과세처분을 하였으나, C은 모든 프로젝트가 가공의 매출이라는 주장이 잘못되었다는 것을 인지하고 피해업체들을 위해 대가 없이 사실확인서를 작성해 주었다. (바) 처분청은 A가 스스로 가공거래를 시인하였다는 의견이나, 처분청 답변서상 A 대표이사에 대한 검찰조사 진술내용에 따르면, ‘저희 업체를 중간에 매입매출처로 넣어서 세금계산서를 끊고 매입매출에 따른 마진은 원래 업체에 되돌려 주는 형태의 영업을 했었고...’라고 진술하고 있으나, 청구법인ㆍAㆍB 간의 거래에서 위 진술과 같이 마진을 상환하는 거래는 발생하지 않았다. A는 검찰 조사 이후 구로세무서로부터 세무조사를 받으면서 청구법인과의 거래가 가공거래가 아니라고 주장했고, 당시 청구법인도 A와의 거래가 정상거래였으므로 구로세무서의 거래사실 확인 요청에 실제 거래한 사항이라고 소명하였다. 현재 A는 구로세무서로부터 받은 처분통지에 불복하여 아래와 같이 2025년 1월에 조세심판원에 조세심판청구를 한 상태로 스스로 가공거래를 시인하였다는 처분청 의견은 현재 상황을 충분히 반영하지 못한 것으로 보인다. (사) 청구법인 대표이사에 대한 서울중앙지방검철청의 불기소결정서를 보면, “A 직원 C의 진술, 2015.11.경 작성된 각 경찰청에 대한 납품 및 설치확인서(작성자는 최종 공급처인 OOO), 청구법인이 그 후 현재까지 각 경찰청에서 보안관리장비 등에 대한 유지보수 작업을 한 것으로 보이는 기술 용역표준계약서 등에 비추어 보면 위 세금계산서가 허위라고 단정하기 어렵다”는 이유로 ‘혐의없음’ 결정을 하였다.
(1) 쟁점거래①ㆍ②는 거래처인 A의 금융감독원, 검찰, 구로세무서 조사과정에서 가공거래로 확정되어 통보된 건으로서 거래처 스스로 가공매출·매입을 인정하고 재무제표를 정정공시하였고, A는 가공매출원가를 계상했다는 금융감독원의 감리결과에 따른 조치로 과징금을 부과 받고 검찰통보까지 되었음에도 이에 대한 불복 등의 이의제기를 한 사실이 없으며, 법원의 형사판결에 대해서도 불복한 사실이 확인되지 않고, A 직원의 금융감독원 및 검찰 진술에 의하면 모두 가공거래가 있었다고 일관되게 인정하면서 그 내용과 방법 사유를 구체적으로 진술하였다. (가) 쟁점거래①ㆍ②는 주 거래업체가 프로세스와 마진을 미리 정해주고 거래 중간에 각 업체를 끼워주는 형식으로 발생하였음이 거래 상대방 회사 직원들과 주고받은 이메일을 통해 확인되고(매출공유, 마진교환이라는 표현을 사용하면서 주거래업체에서 매출프로세스와 매출금액, 마진을 미리 정해 알려주는 내용), 각 사별 매출공유 담당자를 지정하여 해당 건에 대한 마진을 관리하면서 중간에 끼워진 업체에 계약금액, 마진, 계약서, 견적서를 전달해 주고 세금계산서 발급시기와 대금 지급시기도 알려주고 있다. (나) 쟁점거래①ㆍ②는 검찰조사과정에서 관련 직원들이 가공거래임을 인정하면서 거래단계에서 끼워넣는 방법과 마진을 돌려주는 방법 등을 자세히 진술하고 있고, 거래 상대방 회사직원의 문답내용에 따르면 쟁점거래①ㆍ②의 중간에 끼워진 업체들은 매출을 부풀리기 위하여 매출라인 중간에 들어가는 것으로서 각 업체들에 대한 마진은 되돌려 주든지 다음에 다른 매출라인에 끼워주는 방식으로 정산한다고 진술하고 있다.
(2) 청구법인은 쟁점거래①에 대하여 C에서 제작 판매하는 WeGuardia XTM 장비와 통합관리솔루션 용역을 OOO에 제공한 건으로서 발주서, 견적서, 계약서를 통해 정상거래임이 입증된다고 주장하나, (가) 쟁점거래①은 B→청구법인→A→텍셀네트컴으로 매출이 이루어지고 있는데, 청구법인이 B에서 매입할 때의 견적서, 발주서의 품목, 용역내용과 A로 매출할때의 견적서, 발주서의 품목, 용역내용이 동일하고 계약금액에 마진 OOO원을 더하여 견적서와 발주서를 작성하였으며, 해당제품은 C에서 패킹이 되어 나오는 것으로 중간단계의 업체들이 기능을 추가하거나 어떤 용역을 제공할 이유가 없다고 A 직원이 진술하고 있다(매입ㆍ매출 시 견적서ㆍ발주서 참조). (나) 청구법인은 제조사 C이 OOO에 WeGuardia 장비에 대한 유지보수를 하고 있으므로 가공매출이 아니라고 주장하나, 쟁점거래①은 끼워넣기 거래로 청구법인이 거래의 중간단계에 아무런 역할 없이 들어간 것이지 해당장비가 OOO에 납품되지 않은 것은 아니고, 해당장비는 주 사업자를 통해 OOO에 납품되었으므로 제조사에서 유지보수를 하는 것은 당연한 일이고, 실제거래의 중간단계에 A, 청구법인, B이 아무런 역할 없이 끼워져 있어 A 조사결과 매출과 매입을 가공거래로 확정한 것이다. (다) 또한 해당거래의 모든 거래단계의 세금계산서 작성일은 모두 2015.12.30.로 동일하고, 세금계산서 발급시간을 보면 B→청구법인(매입거래) 세금계산서 발급시간이 2015.12.30. 17시 31분 56초이고 청구법인→A(매출거래) 세금계산서 발급시간이 2015.12.30. 17시 7분 31초로 제품을 매입하기도 전에 매출이 발생한 사실을 보면, 이는 매출처를 미리 정해놓아야 가능한 것으로 보인다.
(3) 청구법인은 쟁점거래②는 조달청 경쟁입찰을 통해 E이 수주할 수 있게 노력한 것으로 관련 계약서, 견적서, 발주서를 제시하며 정상거래라고 주장하나, (가) 거래상대방과의 이메일 내용과 같이 청구법인이 매출프로세스, 계약금액 및 마진을 미리 정해놓고 계약서 초안을 거래상대방에게 제시하는 것으로 보아 해당거래는 정상거래로 보기 어렵고, 거래단계가 청구법인→B→A→OOO→OOO→경찰청으로 이루어지고 있으나 A에 대한 조사(금융감독원, 검찰, 구로세무서)를 통해 해당거래는 ‘끼워넣기’ 거래로서 관련 매입과 매출은 가공거래로 확정되었다. 또한 매출처인 B으로 청구법인이 OOO원을 매출함에도 B으로부터 구매와 관련한 메일, 가격협상, 하자보증, 제품검수 등의 자료는 제출된 사실이 없고, 다만, 청구법인의 매입거래는 정상거래로 인정하여 구입한 물품은 중간에 끼워진 업체가 아닌 실제로는 해당거래를 수주한 주 사업자 등에게 매출한 것으로 보아(청구법인의 재고가 없으므로 매입이 정상이면 구입한 물품이 매출되어야 함) 세금계산서 미발행 가산세를 부과하였다. (나) 또한 모든 거래단계의 세금계산서 작성일은 2015.12.23.으로 동일하고, 세금계산서 발급시간이 청구법인→B 2015.12.30. 16시 26분 14초인데 매출처인 B→A 세금계산서 발급시간이 2015.12.24. 16시 55분 48초, B→OOO 세금계산서 발급시간이 2015.12.24. 16시 54분 3초로 더 빠르며, 다음단계인 A→OOO의 세금계산서 발급시간은 2015.12.23. 18시 4분 35초, 최종단계인 OOO→OOO(주사업자) 세금계산서 발급시간은 2015.12.23. 18시 49분 38초로 해당거래에서 청구법인이 실제 매출이 없음에도 매출이 발생한 것으로 세금계산서가 발급되고 있다. 따라서 이 건 거래는 세금계산서 작성일이 모두 동일하고 발급시간이 정상적이지 않으며, 청구법인을 포함한 관련 업체들이 미리 매출프로세스를 정해놓고 정해진 계약금액과 마진으로 동일한 품목을 계약금액만 변경하여 세금계산서를 발급하는 거래로 보아야 한다.
1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭
2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나 등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는 공급받는 자의 주민등록번호
5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항 제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제60조【가산세】③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.
1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서 등에 적힌 공급가액의 3퍼센트
2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서 등에 적힌 공급가액의 3퍼센트
(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인의 매출거래처인 A가 청구법인과의 거래와 관련하여 금융감독원의 조사 및 감리 지적을 받아 당초 매출 및 매출원가를 수정하여 정정 공시한 내용은 아래 <표3>과 같다. <표3>청구법인의 매출거래처인 A의 정정 공시 내용 (표 삽입을 위한 여백) ㅇㅇㅇ (나) 서울남부지방검찰청(사건번호 OOO, 2023.6.1.)은 A가 2015년 매출액 OOO원 및 매출원가 OOO원을 과대계상하는 방법으로 허위의 재무제표를 작성한 후 증권선물위원회, 금융위원회와 거래소에 제출하여 주식회사등의 외부감사에 관한 법률등을 위반한데 대해 벌금 OOO원의 약식명령을 청구하였고, 이에 대해 서울남부지방법원(OOO)은 2023.7.6. A 및 대표이사 A을 각 벌금 OOO원에 처하는 약식명령 처분을 하였으며, 이에 대해 피고인이 정식재판을 청구한 사실은 없다. (다) 구로세무서장은 A에 대한 자료상 조사를 실시하여 ㈜D이 제작한 보안장비 ‘WeGuardia XTM’ 거래 건을 가공거래로 보아 과세자료를 통보하였고, 이에 따라 처분청이 청구법인에 대해 실시한 조세범칙조사 보충조서 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (라) 쟁점거래①과 관련하여, 청구법인 매출처인 A의 직원 D이 매입처인 B의 직원 E와 주고받은 메일 주요내용은 아래와 같고, 처분청은 거래중간에 청구법인이 있음에도 불구하고 A에서 B과 직접 계약금액과 마진을 정해 엑셀파일로 전달하고 있다는 의견이다. ㅇㅇㅇ (마) 쟁점거래②와 관련하여 청구법인 직원 B, 매입처 B 직원 E, A 직원 C 간 이메일 주요내용은 아래와 같고, 처분청은 청구법인→B→A→OOO로 매출이 이루어짐에도 청구법인이 A와 OOO의 매출금액과 마진을 지정하고 있다는 의견이고, 이에 대해 청구법인은 메일에 언급되어 있는 OOO와 관련된 건이 없었고, 실제 마진을 교환하지도 않았다고 주장한다. ㅇㅇㅇ (바) 쟁점거래②와 관련하여 청구법인 직원 B가 “매출공유건에 대하여 계약서 처리와 매출금액을 정리해서 마진을 다른 매출로 보존한다”는 내용으로 보낸 이메일 주요내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (사) 쟁점거래①에 대하여 매출처 A가 각 사의 마진을 실지급하고 나머지는 채권양수도로 처리한다고 작성한 내용과, 쟁점거래①ㆍ②에 대하여 각 사별 마진금액을 작성한 내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (아) 청구법인 대표이사에 대한 처분청의 조세범칙혐의자 심문조서(2025.4.10.) 주요내용은 아래와 같다. ㅇㅇㅇ (자) 매출처 A 직원 C의 진술조서(2021.12.29.)에 의하면, “쟁점거래①ㆍ②는 거래단계에서 끼워넣는 방법과 마진을 돌려주는 방법 등으로, 중간에 끼워진 업체들은 매출을 부풀리기 위하여 매출라인 중간에 들어가는 것이고 각 업체들에 발생한 마진은 되돌려 주든지 다른 매출라인에 끼워주는 방식으로 정산을 한다”고 진술한 내용이 나타난다. ㅇㅇㅇ
(2) 청구법인이 제출한 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 매출처 A 직원이었던 C의 2025.6.25.자 사실확인서와 신분증 사본을 제출하였고, “2021년 12월 서울남부지방검찰청에 조사 시 A의 매출과 관련하여 가공매출이라 진술한 것은 끼워넣기 의심 정황이 가공매출로 표현되어 있으나 그런 의미는 아니다”는 내용이 기재되어 있다. (나) 청구법인 대표이사 F에 대한 서울중앙지방검찰청의 불기소결정서(사건번호 OOO, 2025.9.2.)에 의하면, “2015.12.30.경 A에 발급한 공급가액 OOO원 상당의 매출세금계산서, 같은 날 B에 발급한 공급가액 OOO원 상당의 매출세금계산서, 같은 날 B으로부터 수취한 OOO원 상당의 매입세금계산서 거래와 관련하여, B에 발급한 매출세금계산서(공급가액 OOO원)는 청구법인이 실제 납품을 한 것 같다는 A 직원 C의 진술, 2015.11.경 작성된 각 경찰청에 대한 납품 및 설치확인서, 청구법인이 그 후 현재까지 각 경찰청에서 보안관리장비 등에 대한 유지보수 작업을 한 것으로 보이는 기술용역표준계액서 등에 비추어 세금계산서가 허위라고 단정하기 어려워 달리 피의사실을 인정할 만한 증거가 없다(B에 발급한 세금계산서를 허위로 볼 수 없는 이상, 다른 세금계산서가 허위라 하더라도 그 합계액이 약 OOO원에 불과하여 특가법이 아닌 조세범 처벌법이 적용되고, 이 경우 2022.12.29.이 경과함으로써 이미 7년의 공소시효가 완성되었음)”는 내용이 나타난다. (다) 청구법인은 청구법인 직원 G의 탄원서(“영업담당자의 말에 의존하여 계산서를 발행한 것으로서 부정한 세금계산서를 발행하려는 의도는 없었음”), 청구법인 전 기술지원팀 총괄이사 H의 사실확인서(“2015년경 영업총괄 B 이사와의 다툼이 있었고, OOO 건만 제안서 작업 및 기술컨설팅을 역할을 하였다”)를 심리자료로 제출하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 네트워크 보안장비를 납품하는 동종업계 대부분이 매입가액에 부가가치세를 더한 ‘총액’을 기준으로 공급가액을 기재하여 세금계산서를 발급하고 있고, 쟁점거래①ㆍ②의 대상인 전산시스템이 실존하므로 이 건 세금계산서를 실물거래가 없는 사실과 다른 것으로 본 것은 부당하다고 주장하나, 제3자가 기존거래의 중간에 새로운 거래당사자로 개입된 경우, 그 거래의 실물거래 또는 가공거래 여부의 판단은 해당 중간개입거래의 경위와 형태, 목적․의도의 정당성과 필요성, 개입한 당사자의 실체, 구체적인 계약내용 등에 비추어, 그 거래로 인하여 세법의 실효성이나 세금계산서 발급에 관한 건전한 사회경제적 법질서가 침해되었는지 여부를 종합적으로 고려하여야 할 것인바(OOO), 조사 내용에 따르면, 청구법인의 매출거래처 A가 청구법인과의 거래와 관련하여 금융감독원의 조사 및 감리 지적을 받아 당초 매출 및 매출원가를 수정하여 정정 공시한 점, 서울남부지방검찰청의 A에 대한 약식명령 결정서(사건번호 OOO, 2023.6.1.)에 의하면, A가 2015년 매출액 OOO원 및 매출원가 OOO원을 과대계상하는 방법으로 허위의 재무제표를 작성한 후 증권선물위원회, 금융위원회와 거래소에 제출하여 주식회사등의외부감사에관한법률등을 위반한데 대해 벌금 OOO원의 약식명령을 청구하였고, 서울남부지방법원(OOO)은 2023.7.6. A 및 대표이사 A을 각 벌금 OOO원에 처하는 약식명령 처분을 하였으며, 이에 대해 피고인(A 및 대표이사)이 정식재판을 청구한 사실은 없는 점, 쟁점거래①의 경우 ㈜C에서 제작한 WeGuardia XTM 장비를 최종 OOO에 납품하는 건으로 B→청구법인→A→OOO으로 매출이 이루어지고 있으나, 청구법인은 공급가액 OOO원 상당의 매출세금계산서를 발급하고도 거래대금으로 OOO원만 수령한 사실로 보아 실제거래의 중간단계에 A, 청구법인, B이 아무런 역할 없이 끼워져 매출과 매입을 부풀리는 가공거래를 한 것으로 보이는 점, 쟁점거래①과 관련하여, 청구법인 매출처인 A의 직원 D이 매입처인 B의 직원 E와 주고받은 메일과 쟁점거래②와 관련하여 청구법인의 직원 B와 매입처 B의 직원 E 및 A의 직원 C 간 주고받은 메일을 보면 발주처인 OOO은행과 경찰청에 대한 계약금액에 맞추어 청구법인을 포함하는 중간업체들이 계약서를 작성하고 중간업체들에게 지급할 마진금액을 정하고 있는 점, 처분청의 청구법인 대표이사에 대한 2025.4.10.자 조세범칙혐의자 심문조서상 “OOO 통합IT센터 통신인프라 구축사업과 관련하여 발주한 물품을 검수하였는지 잘 모르고, 구축된 시스템을 유지보수업무를 수행한 사실은 없다”고 진술한 사실 및 검찰의 매출처 A 직원 C에 대한 2021.12.29.자 진술조서상 “쟁점거래①ㆍ②는 거래단계에서 끼워넣는 방법과 마진을 돌려주는 방법 등으로 중간에 끼워진 업체들은 매출을 부풀리기 위하여 매출라인 중간에 들어가는 것이고 각 업체들에 발생된 마진은 되돌려 주든지 아니면 다른 매출라인에 끼워주는 방식으로 정산을 한다”고 진술한 사실이 확인되는 점, 쟁점거래②의 주 사업자인 E㈜이 청구법인으로부터 전산보안장비(SECUI MF2 1100 32식, SECUI MF1 2100 16식, SECUI STMS 2000 1식, SECUI SCAN v3.0 Unlimited 16식)를 구매하고 거래대금으로 OOO원을 지급한 사실이 처분청의 청구법인에 대한 조사결과를 통해 확인되고, 위 거래와 관련하여 청구법인이 E㈜에 세금계산서를 발행하지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 청구법인에게 한 이 건 부가가치세 가산세 부과처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.