청구법인이 제출한 매매계약서에는 “실판매가격(VAT포함)”으로 명시된바, 쟁점판매가액은 부가가치세가 포함된 공급대가라는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 이 건과 동일한 사유로 부과한 2019년 제1기, 제2기 부과처분에 대해 우리 원은 재조사 결정을 하였고, 그 결과, 처분청이 과세처분을 모두 직권취소하였는바, 이 건 처분과 사실관계 및 근거가 다르다고 보기 어려움
청구법인이 제출한 매매계약서에는 “실판매가격(VAT포함)”으로 명시된바, 쟁점판매가액은 부가가치세가 포함된 공급대가라는 청구주장에 신빙성이 있어 보이는 점, 이 건과 동일한 사유로 부과한 2019년 제1기, 제2기 부과처분에 대해 우리 원은 재조사 결정을 하였고, 그 결과, 처분청이 과세처분을 모두 직권취소하였는바, 이 건 처분과 사실관계 및 근거가 다르다고 보기 어려움
[이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 이 사건과 동일한 쟁점으로 다른 과세연도에 부과된 부가가치세에 대하여 청구법인이 청구한 사건에서 재조사로 결정된 조세심판원의 선결정례가 존재한다. <표1> 조세심판원 선결정례 조세심판원의 재조사 결정에 따라, 처분청은 2019년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간의 계약서 전건을 확인한바, 모든 거래에 대하여 부가가치세가 포함되어 거래되고 있음은 물론이고 전기버스 시장에서 거래되는 판매가격은 ‘부가가치세 별도’라는 특약사항이 없이 모두 부가가치세가 포함된 최종판매가격으로 인식되어 거래되는 점 등이 확인되어 세액 전액을 환급하는 것으로 조사 종결하고 결과 통지하였다.
(2) 청구법인은 2018년부터 전기버스 판매 사업을 시작하여, 아직 판매 및 영업에 대한 구체적 노하우 및 소위 ‘시스템’이 미비한 상태였다. 즉, 통일된 계약서 형식도 없고 구체적 부서별 업무 분장 또한 갖춰지지 못하였다. 이에 개별 판매 건별로 계약서 형식을 임의로 차용하여 계약하는 사례가 빈번하였으며 심지어 판매가격을 결정하는 계약과 A/S 등을 규정하는 별도의 계약서를 작성하는 사례 또한 있었기에 이하에서는 구체적 사안별로 사례를 묶어서 설명하고자 한다. 아울러, 계약서 본문 또는 특약 사항 등에 “부가가치세가 포함되어 있다”는 의사표시가 있는 경우를 별론으로 하더라도 이하의 소명내용과 같이 당사의 판매가격에는 결국 부가가치세가 포함되어 있다는 점을 설명하고자 한다. (가) 형식이 동일한 계약서를 통하여 과세 및 면세로 판매된 케이스에서 판매가격 구성에 대한 설명은 다음과 같다. <표2> 계약서 비교
1. 위 표의 과세판매분에 대하여는 (기본가격+옵션가격)의 합계가 OOO원인데, 세금계산서 발급시에는 합계금액의 100/110을 공급가액으로 하고OOO, 10/110을 세액OOO으로 기재하여 세금계산서를 발급하였다. 즉, 기본가격 약 OOO원을 기본으로 구성된 실판매가격에는 결국 부가가치세 포함되어 있음을 알 수 있다.
2. 위 표의 면세판매분에 대하여는 기본가격 OOO원에서 할인을 반영한 OOO원의 거래대금으로 수수하였는데, 위 1)의 성격 및 판례의 태도에 비추어 볼 때, 결국 당해 거래대금에는 부가가치세가 포함되어있다고 해석하여야 한다. (나) 환경부가 고시한 보조금 기준가격 및 모델이 동일한 판매계약을 통한 판매가격의 성격을 규명하면 다음과 같다. <표3> 환경부가 보조금 지급 기준가격을 기준으로 한 비교표 위 계약서 OOO은 환경부로부터 OOO원(2022년 기준)으로 판매 승인된 모델인 OOO을 운수사에 공급하면서 면세거래로 계약한 건과 일반 관광여행사에 공급하면서 과세거래로 계약한 건이다(다만, 시티투어버스와의 거래에는 OOO원의 할인이 적용되었다). 즉, 상기모델의 거래가액인 OOO원은 환경부에서 보조금 지원을 위한 기준이 되는 판매가격으로 거래 관행상, 과세인지 면세인지의 여부와 무관하게 상기 모델에 대한 시장에서 통용되는 “실판매가격” 인 것이다. 즉, 과세거래임을 인식하고 있는 서울시티 투어버스나, 면세거래로 인식(또는 과면세를 불문)하고 있는 운수사 모두 환경부의 기준가격을 토대로 실판매가격을 최종 결정하고 당해 거래대금을 공급대가로 세금계산서를 발급하거나 계산서를 발급한 것이다. (다) 동일한 운수사의 동일한 형식의 계약서 상의 “실판매가격”의 성격을 규명하면 다음과 같다. <표4> 동일 운수사에 대한 계약서 기준 비교표 상기 계약 및 계산서 등 발급거래 중 OOO와의 거래를 대표적으로 설명하면 다음과 같다.
1. 청구법인은 OOO과 2022.9.20., OOO와 2023.7.20.에 전기버스의 “실판매가격”을 각 OOO원 및 OOO원으로 계약하였다. 이에 당초 청구법인은 본 거래가 면세거래에 해당하기에 차량 공급시기에 “면세 계산서”를 발급할 예정이었고, 지난 모든 거래(OOO의 2018년 9월 계약 및 OOO의 2022년 4월 계약 등)에 대하여 이와 같이 처리(실판매가격을 공급대가로 계산서 발급) 하였다. 그러나, 실제 공급시기에 이르러 본 건 거래가 면세거래에 해당하지 아니함을 알게 되어 세금계산서를 발급하여야 했기에 계약서상 명시된 “실판매가격”을 기준으로 그 가액의 110분의 100의 금액을 부가가치세 공급가액으로 하고 나머지 110분의 10을 부가가치세액으로 하여 세금계산서를 발급하였다.
2. 본 거래에 대하여 청구법인은 면세거래가 과세거래로 전환되었기 때문에 당초 약정한 실판매가격에 더하여 부가가치세를 추가로 청구하지 아니하였고, 청구하였다고 하더라도 매수자인 운수사 등에서는 별도의 부가가치세를 부담하지도 않았을 것이다. 즉, 이러한 거래형태로 볼 때, 거래 당사자는 당초부터 부가가치세가 포함된 가격으로 거래를 하였거나 또는 세액의 포함 여부를 거래 당사자가 협의하지 아니한 불분명한 거래로 보는 것이 합리적이다.
3. OOO와 마찬가지로 위 표에 기재하지 아니한 OOO등 여러 운수사에서도 같은 형태의 거래를 확인할 수 있다. 더욱이 OOO의 경우, 2022.12.28. OOO 이라는 모델을 30대 발주하면서 그 납기를 2022.3.31.로 하여 계약하였는데, 2023년 4월 중에 납품한 차량의 경우 납기지연으로 인한 할인을 적용하여 OOO원을 공급대가로 계산서를 발급하였으나, 9월 납품 차량에 대하여는 공급대가 OOO원으로 세금계산서를 발급(공급가액 OOO, 세액 OOO원)한바 있다.
4. 상기의 거래 예시를 볼 때, 다른 운수사와의 거래에도 같은 기준을 적용하여야 할 것이고 결국 과세로 전환된 면세 거래 모두에 대해서도 실판매가격을 1.1로 나눈 가액이 부가가치세 공급가액이 되고, 다시 0.1의 부분이 부가가치세액이 된다. 즉, 청구법인이 계속해서 주장해온 바와 같이 전기버스의 판매가격은 보조금 지급을 위해 환경부에서 승인한 판매가격(부가가치세가 포함됨)으로 하는 것이 거래 당사자 및 전기버스 시장에서 통용되는 거래 인식인 것이다. (라) 환경부 고시가격이 동일한 모델을 면세 및 과세 판매한 사례는 다음과 같다. <표5> 면세 및 과세 판매한 사례 위에서 수차례 반복하여 소명한 바와 같이 동종 업계에서는 이미 판매가격이 결국 공급대가임을 시장이 명시적 또는 묵시적으로 인식하고 있는바, 청구법인과 동일한 형태로 계약 및 계산서등이 발급되고 있다.
(3) 처분청은 ‘ 부가가치세법 집행기준’을 과세 근거로 삼고 있으나 이는 타당하지 않다. 처분청에게 처분 지시를 한 감사관은 부가가치세 집행기준 29-0-4(세액이 별도 표시되지 아니한 대가의 공급가액)을 주요 과세근거로 내세우며 처분지시를 하였으나, 위 기준을 적용하기 위해서는 다음의 3가지를 모두 충족하여야 한다. 첫째, 계약 당사자가 면세거래임을 서로 인식하고, 둘째, 계산서를 발급하고, 셋째, 공급가액 만을 수수 하여야 하는 것이다. 그러나 이에 대한 입증책임은 감사관에 있는 것이며, 첫째 및 둘째 조건은 당초 조사 당시 청구법인도 인정하였으나, 셋째 조건에 대하여 청구법인이 소명이 있다면 감사관이 그 반증을 하여야 하나, 이에 대한 입증은 전혀 하지 못하고 있다.
(4) 마창여객에 대한 세금계산서 발급 건에 대한 처분청의 의견은 타당하지 않다. 처분청은 2019.6.3. OOO에 대한 면세 매출분에 대하여, 청구법인이 세금계산서를 발급하였다는 것을 이유로 당해 거래가액에는 부가가치세가 별도로 구성되어 있다고 주장하나 이는 전혀 사실과 다르다. 위 거래에 대하여 계산서 및 세금계산서 발급 내역을 살펴 보면 다음과 같다. <표6> 계산서 및 세금계산서 발급 내역 위 건은 당일 발급 후 당일 수정한 사례로, 회계팀의 단순 실수에 해당하는 사안일 뿐, 이로써 청구법인이 부가가치세를 별도로 거래징수한 후 다시 부가가치세를 제외하여 계산서 발급거래 하였다는 것은 상식적이지 않은 억측이다. 2019.6.3. 매출건에 대하여 상기 세금계산서 수정발급 외에, 총 9차례의 계산서 발급 및 수정의 발급거래가 있었다. 회계팀과 영업팀과의 소통 혼선에 따른 결과로, 결국 해당 날짜의 거래는 판매가액 OOO원의 1건의 거래만 남았을 뿐이다.
(1) 청구법인은 2020년 제1기 및 제2기 과세기간 중에 당초 전기버스를 공급하고 쟁점판매금액을 공급가액으로 하여 67매의 계산서를 작성·교부한 것으로 보아, 해당 거래를 면세거래로 오인하고 부가가치세 세액 상당액을 거래징수하지 아니한 사실이 확인된다. 청구법인은 2019.6.3.에 세금계산서를 발행한 후 면세거래로 판단하고, 부(-)의 세금계산서를 발행하여 취소한 후 2019.10.8.에 계산서를 발행하면서, 부가가치세 세액이 포함되지 아니한 세금계산서의 공급가액 OOO원을 계산서의 공급가액으로 기재하였다. 이 사례로 보아, 청구법인은 세금계산서와 계산서를 정확히 구별하였고, 청구법인이 발행·교부한 계산서의 공급가액에는 부가가치세 세액이 포함되어 있지 않다는 것을 확인할 수 있다.
(2) 청구법인은 거래관행으로 부가가치세 과세 또는 면세 여부와는 무관하게 판매금액이 산정된다고 주장하나, 청구법인이 작성한 자동차매매계약서에는 과세거래 시에는 공급가액과 부가가치세 세액이 분명하게 명시되어 있으나, 면세거래 시에는 공급가액 외 부가가치세 세액이 기재되어 있지 않다. 청구법인이 전기버스를 공급하는 경우 부가가치세 과세대상거래에 대해서는 부가가치세가 표시된 매매계약서를, 면세대상거래로 판단한 경우에는 부가가치세가 표시되어 있지 아니한 매매계약서를 이용하여 판매금액을 산정하였음이 확인된다. 자동차매매계약서의 양식에 “실판매가격(VAT포함)”이라고 인쇄가 되어 있는데, 과세거래 시에는 “VAT”란에 “판매가격”란의 금액의 10% 상당액의 부가가치세가 기재되어 있고, “실판매가격(VAT포함)”에는 “판매가격”란의 금액과 “VAT”란의 금액을 합산한 금액이 기재되어 있는 반면, 면세거래 시에는 “VAT”란이 공란으로 비워져 있고, “판매가격”란의 금액과 “실판매가격(VAT포함)”란의 금액이 동일한 것으로 보아, 청구법인이 면세거래로 판단하고 계산서를 발행·교부한 거래에서는 부가가치세 세액 상당액을 거래징수하지 않았던 것으로 확인된다. <그림1> 자동차매매계약서 중 과세거래분 <그림2> 자동차매매계약서 중 면세거래분
(3) 청구법인은 전기버스를 부가가치세 면제되는 재화로 판단하여 부가가치세 세액 상당액을 거래징수하지 않았기에 쟁점판매금액에는 부가가치세가 포함되어 있지 아니하므로, 동 금액을 부가가치세 과세표준으로 보아 고지한 이 사건 부과처분은 정당하다. 부가가치세법 제29조 제7항 에서는 “사업자가 재화를 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다.”라고 규정되어 있으나, 쟁점판매금액에는 부가가치세가 포함되어 있지 않은 사실이 확인되었으므로 동 규정을 적용할 여지가 없다. 이 사건 관련 부가가치세법 집행기준은 다음과 같다. <표7> 부가가치세법 집행기준 29-0-4 대법원 판례(대법원 2017.11.23. 선고 2017두59291 판결) 또한 “부가가치세를 별도로 수수할 수 있었음에도 공급가액만을 수령하여 부가가치세를 포기한 경우에는 공급가액과 세액이 불분명한 것으로 볼 수 없다”고 판시하였다. <표8> 대법원 2017.11.23. 선고 2017두59291 판결 이 사건과 매우 유사한 조세심판원의 심판례(조심 2021인2677, 2021.11.26.)에서도 “계산서를 발급하였고, 이에 대하여 면세매출로 신고한 사실로 볼 때 그 거래금액에 부가가치세가 포함되어 있지 않음이 명백해 보이므로 부가가치세가 포함되어 있는지 분명하지 아니한 경우에 해당하지 아니한 것으로 보이는 점”으로 결정한 사례에 비추어도 청구법인의 주장은 이유가 없다. <표9> 조심 2021인2677, 2021.11.26.
(4) 일반적으로 재화의 판매금액은 거래 당사자들의 가격협상 과정에서 결정되는 사적자치의 원칙이 적용되나, 이러한 계약 자유의 원칙은 법질서의 범위 내에서 이루어져야만 하며, 우리나라에서는 부가가치세 과세거래의 경우 판매금액에 10% 상당액을 부가가치세로 판매금액과는 별도로 거래징수하도록 법률로 규정하고 있다. 법률행위로서 부가가치세 과세거래의 경우 별도의 부가가치세를 거래징수하고 세금계산서를 발행·교부하여야 하고, 면세거래의 경우 부가가치세를 거래징수하지 아니하고 계산서를 발행·교부하여야 한다. 앞서 살펴본 것과 같이 청구법인은 전기버스를 공급함에 있어 부가가치세 과세거래로 판단한 경우 부가가치세를 별도로 거래징수하고 세금계산서를 작성·교부하였고, 부가가치세 면세거래로 판단한 경우에는 부가가치세를 거래징수하지 아니하고 계산서를 작성·교부한 것으로 확인된다. 그러므로 부가가치세법 제29조 제7항 에서 규정하는 공급가액이 부가가치세가 포함되어 있는지 여부가 불분명한 경우에 해당되지 아니하고, 청구법인이 전기버스 거래 시에 면세거래로 판단한 거래에서는 세금계산서가 아닌 계산서를 교부하였다는 사실과 관련 계약서에 별도 부가가치세 세액이 명시되어 있지 아니한 사실 등으로 보아, 쟁점판매금액에 부가가치세 세액이 포함되지 않았음이 확인되므로 계산서의 공급가액을 부가가치세 과세표준으로 보아 추가 고지한 이 사건 부과처분은 정당하다.
(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 OOO(과세 판매분) 및 OOO(면세 판매분)와 각 체결한 매매계약서를 제출하였으며, 동 계약서의 주요내용은 아래 <표10>와 같다. <표10> 자동차 매매계약서 주요내용OOO (나) 청구법인은 OOO(과세 판매분) 및 OOO(면세 판매분)과 각 체결한 매매계약서를 제출하였으며, 동 계약서의 내용은 아래 <표11> 및 <표12>와 같다. <표11> 자동차 매매계약서OOO <표12> 자동차 매매계약서OOO (다) 청구법인은 OOO와 체결한 아래 <표13>의 자동차 매매계약서(면세 판매분)를 제출하였으며, 동 계약서상 판매가격은 “실판매가격(VAT포함) OOO원”이라고 기재되어 있는 것으로 나타난다. <표13> 자동차 매매계약서OOO (라) 청구법인은 OOO주식회사와 체결한 아래 <표14>의 자동차 매매계약서(면세 판매분)를 제출하였으며, 동 계약서상 계약 추가 특기사항에는 “판매가는 부가가치세가 포함된 금액에서 보조금을 제외한 금액으로 한다”고 기재되어 있는 것으로 나타난다. <표14> 자동차 매매계약서OOO <그림 삽입을 위한 여백> (마) 청구법인이 이 사건과 동일한 쟁점으로 우리 원에 제기한 심판 사건(조심 2025소0131, 2025.9.11., 조심 2025서0899, 2025.7.21.)에서 재조사 결정이 이뤄졌고, 이에 처분청이 재조사한 결과 당초 처분(2019년 제1기 부가가치세 OOO원 부과 처분, 2019년 제2기 부가가치세 OOO원 부과 처분)이 전액 취소 및 환급된 것으로 나타난다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 부가가치세법 제29조 제7항 에서 규정하고 있는 “재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우”에 해당한다고 보기 어려우므로, 쟁점공급가액이 아닌 쟁점판매금액을 공급가액으로 보아야 한다는 의견이나, 청구법인이 제출한 운수사업자 등과의 매매계약서에 따르면 동 매매계약서에는 “실판매가격(VAT포함)”이라고 명시되어 있거나 “판매가는 부가세가 포함된 금액에서 보조금을 제외한 금액으로 한다”고 기재되어 있는 등 쟁점판매금액은 부가가치세가 포함된 공급대가라는 청구주장 에 신빙성이 있어 보이는 점, 처분청은 이 건 처분과 동일한 이유로 부과한 2019년 제1기 및 제2기 부가가치세 부과 처분에 대하여 재조사를 실시한 결과 직권으로 취소한 것으로 나타나는바, 이 건 불복대상인 2020년 제1기 및 제2기 부가가치세 부과 처분과 그 사실관계 및 과세근거에 있어 특별히 다른 점이 나타나지 아니하고 처분청 또한 이에 대해 별도의 다른 과세근거를 이 건 심리일 현재까지 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 쟁점판매금액을 공급가액으로 보아 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 부가가치세법 제29조(과세표준) ⑦ 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다.
(2) 조세특례제한법 제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 9의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 버스
(3) 환경친화적 자동차의 개발 및 보급 촉진에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. “환경친화적 자동차”란 제3호부터 제8호까지의 규정에 따른 전기자동차, 태양광자동차, 하이브리드자동차, 수소전기자동차 또는 대기환경보전법 제46조 제1항 에 따른 배출가스 허용기준이 적용되는 자동차 중 산업통상자원부령으로 정하는 환경기준에 부합하는 자동차로서 다음 각 목의 요건을 갖춘 자동차 중 산업통상자원부장관이 환경부장관과 협의하여 고시한 자동차를 말한다.
3. “전기자동차”란 전기 공급원으로부터 충전받은 전기에너지를 동력원(動力源)으로 사용하는 자동차를 말한다.
금천세무서장이 2025.6.17. 청구법인에게 한 2020년 제1기 부가가치세 OOO원 및 2020년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과 처분은 이를 취소한다.