부정과소신고가산세를 적용한 처분의 당부

[사건번호] 조심2025서3479 (2026.01.05) [세 목] 종합소득 [결정유형] 기각 --------------------------------------------------------------------------------- [제 목] 부정과소신고가산세를 적용한 처분의 당부 [결정요지] 사실과 다른 세금계산서를 수취하고 이를 증빙자료로 하여 필요경비로 계상한 행위는 사기 기타 부정행위로서 부정과소신고가산세 적용 대상에 해당 [관련법령] 조세범처벌법 제3조 [참조결정] [따른결정] --------------------------------------------------------------------------------- [주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2007년 11월 OOO에서 설립된 OOO의 병원장이고, 주식회사 A(이하 “특수관계법인”이라고 한다)은 OOO의 경영지원 등을 위해 2016년 9월에 설립된 병원경영지원(MSO)법인으로 대표이사인 A은 청구인의 장인이며, 주주는 청구인의 배우자(40%)와 자녀들(60%)로 구성되어 있다.
• 나. 청구인(OOO)은 2018년경 1 차 결제대행업체(PG) 인 주식회사 B 및 주식회사 C(이하 “1차 PG사”라 한다)과 전자결제대행 및 결제대금 예치 서비스 계약을 체결한 후, 신용카드 결제대금의 8%를 결제대행 수수료로 지급하고 세금계산서를 수취하여 필요경비로 계상하였고, 청구인의 특수관계법인은 2018.7.17. 2 차 결제대행업체(D 주식회사와 주식회사 C, 이하 “2차 PG사”라 한다) 와 관리대행 수수료 명목으로 가맹점(OOO) 결제금액의 4.75%에 해당하는 금액을 수수료로 지급받는 업무대행 계약을 체결하였다.
• 다. 인천지방국세청장은 2023.11.1.〜2024.3.29. 기간 동안 2차 PG사의 세금계산서 수수의무 위반 혐의에 대한 세무조사를 실시하여, 특수관계법인이 2차 PG사에게 매출세금계산서를 발급하고 수수료 등을 지급받은 행위에 대하여 용역의 제공없이 발급한 가공세금계산서라는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다.
• 라. 서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2025.1.7.〜2025.3.4. 기간 동안 청구인에 대한 세무조사를 실시하여, 청구인이 운영하는 OOO에서 고객이 신용카드 등으로 결제하면 그 결제수수료 로 지급한 8% 중 4.75% 상당액이 1차 PG사 및 2차 PG사를 거쳐 특수관계법인에게 영업대행(관리대행)비 명목으로 지급(수수)되는 사실을 확인하고, 이를 청구인이 사실상 돌려받은 것으로 보아 종합소득세 필요경비(OOO원)를 부인하는 과세자료를 처분청에 통보하였으며, 처분청은 이에 따라 2025.5.9. 청구인에게 2019〜2022년 귀속 종합소득세 합계 OOO원(2019년 귀속 OOO원, 2020년 귀속 OOO원, 2021년 귀속 OOO원, 2022년 귀속 OOO원, 부정과소신고가산세 OOO원 포함)을 경정․고지하였다.
• 마. 청구인은 부정과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분에 불복하여 2025.8.5. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인이 1차 PG사에게 지급한 결제수수료가 통상적인 수수료율보다 높다고 하나, 청구인은 사기나 그 밖의 부정한 행위를 한 사실이 없으므로 처분청이 청구인에게 부정과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분은 일반과소신고가산세를 적용하여 경정되어야 한다. (가) 청구인이 지급한 지급수수료는 주식회사 B와의 계약에 따라 정상적으로 지급된 수수료이고, 정산금액에 대해 매월 적정하게 세금계산서를 수수하였다. 카드결제 수수료가 일반적인 카드사의 수수료율보다 높다고 하나, 이는 계약체결 동기와 과정, 그 결과에 있어서 계약서와 업무대행 계약에 따라 투명하게 이루어진 것으로 조세를 부당하게 감소시키려는 어떠한 의도나 목적이 없었다. 또한, 높은 수수료율은 2차 PG사가 청구인의 병원을 온․오프라인을 통해 적극적인 홍보로 많은 고객이 이용하게 하고, 장기무이자 할부결제시스템을 이용하여 자금부담을 완화함으로써 매출이 증대되는 선순환구조의 잇점이 반영된 결과이다. (나) 2차 PG사는 단말기 설치 및 관리운영의 모든 책임을 포함하여 가맹점 모집업무, 가맹점 관리, 기타 부수되는 업무에 대해 특수관계법인과 업무대행 계약을 맺고 매출액 8% 중 4.75%에 해당하는 금액을 지급해 왔는데, 2차 PG사와 특수관계법인의 계약은 청구인과 직접적인 관련성이 있는 것으로 보기 어렵고, 양 당사자간에 자유로운 의사합치로 계약이 체결되었을 뿐이다. 실질적으로 특수관계법인은 고객의 진료비를 1 차 PG사 의 단말기를 이용하여 장기할부 결제를 위해 노력하였고, 보험금 수령대상 고객 외 상당수의 고객이 할부 이용을 하였다. 또한, 업무대행수수료는 정상적으로 세금계산서를 발행하여 성실하게 신고․납부해왔다. (2) 사기 기타 부정한 행위란 조세의 부과와 징수를 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위를 의미하는바, 청구인은 정상적으로 세금계산서를 수취하였고, 특수관계법인은 매출액에 대하여 정상적으로 세금계산서를 발행하여 조세의 부과․징수를 현저하게 곤란하게 한 행위를 한 사실이 없다. (가) 국세기본법 제26조의2 및 같은 법 시행령 제12조의2 제1항은 사기나 그 밖의 부정한 행위를 조세범 처벌법 제3조 제6항 에 해당하는 행위라고 규정하고 있고, 조세범 처벌법 제3조 제6항 은 ‘부정행위’ 등이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 의미한다고 하면서 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장(1호), 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취(2호), 장부와 기록의 파기(3호), 재산의 은닉, 소득․수익․행위․거래의 조작 또는 은폐(4호), 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서 합계표의 조작(5호), 조세특례제한법 제5조의2 제1호 에 따른 전사적 기업자원관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작(6호), 그 밖의 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위(7호)라고 규정하고 있는데, 청구인 및 특수관계법인은 위에서 규정한 부정행위 등을 한 사실이 없다. (나) 관련하여 대법원은 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 ‘부정행위’는 형사처벌 법규인 조세포탈죄의 구성요건에 준하여 엄격 해석되어야 하는 것이므로(OOO), 과세관청의 과세요건에 대한 증명책임 또한 의심의 여지가 없을 정도로 증명되어야 할 것이며, 추정에 의한 과세는 허용되지 않는다는 점을 분명히 하였다. 따라서 납세자의 어떠한 행위가 통상의 범주를 벗어났다고 하여서 그것이 곧바로 사기 기타 부정한 행위에 해당한다고 단정할 수 없다. 즉, 처분청이 청구인에게 통상의 가산세에 비해 무거운 가산세를 부과하려면 청구인의 행위가 처벌받아야 할 정도의 가벌성을 가진 위법한 행위임과 동시에 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위에 해당되어야 하는데, 청구인이 통상의 수수료율보다 다소 높은 수수료를 지급하였다하여 이를 곧바로 부정행위라고 하는 것은 부당하다. (3) PG사 결제대행 수수료를 일반적인 수수료율보다 높게 책정하였다고 하여 거래관계의 개별적인 특수성을 고려하지 않은 채 필요경비로 인정받지 못한 결과가 바로 조세의 부과와 징수를 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위에 해당한다고 볼 수는 없다. 청구인은 조세범 처벌법에서 정한 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위를 한 사실이 없으므로 통상적인 수수료율보다 높게 책정된 수수료에 대해서 필요경비가 부인된다고 하더라도 이에 대해 부정과소신고가산세를 적용한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구인이 고율의 수수료를 지급한 행위는 사기나 그 밖의 부정한 행위에 해당하므로 부정과소신고가산세를 적용하여 과세한 처분은 적법하다. (가) 부정과소신고가산세의 경우 가산세를 중과하는 이유는 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 경우에는 조세의 부과와 징수가 불가능하거나 현저히 곤란해지므로 부정행위에 의하지 아니한 일반과소신고가산세의 경우보다 훨씬 높은 세율의 가산세를 부과함으로써 납세의무자로 하여금 성실하게 과세표준을 신고하도록 유도하기 위한 것이다. 종합소득세와 같은 신고납세방식의 조세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무가 확정되는 신고납세방식이므로 납세의무자가 스스로 적법한 신고를 하지 않는 이상 과세관청으로서는 그 탈루 사실을 포착하여 과세하기 어렵다. 적극적 은닉의도가 객관적으로 드러난 것으로 볼 수 있는지 여부는 수입이나 매출 등을 기재한 기본 장부를 허위로 작성하였는지 여부 뿐만 아니라, 당해 조세의 확정방식이 신고납세방식인지 부과과세방식인지, 미신고나 허위신고 등에 이른 경위 및 사실과 상이한 정도, 허위신고의 경우 허위사항의 구체적 내용 및 사실과 다르게 가장한 방식, 허위 내용의 첨부서류를 제출한 경우에는 그 서류가 과세표준 산정과 관련하여 가지는 기능 등 제반 사정을 종합하여 사회통념상 부정이라고 인정될 수 있는지 여부에 따라 판단하여야 한다(OOO). (나) 청구인은 조세를 탈루하기 위한 목적으로 2차 PG사의 절세 컨설팅에 따라 PG 결제대행 수수료를 과다하게 지급한 후, 세금계산서 또는 계산서를 수수하는 방식으로 적격 증빙을 갖추고 과다 지급한 금액을 특수관계법인을 통하여 되돌려 받는 형식을 통해 과세관청의 부과권 행사를 현저히 곤란하게 하였다. 청구인은 이러한 사실관계를 파악하지 못하도록 2차 PG사의 절세 컨설팅 홍보자료와 같이 1차 PG사에게 수수료를 과다 지급하고 2차 PG사를 거쳐 페이백 자금을 특수관계법인이 우회하여 수령하는 방식을 적용하여 소득․수익․행위․거래를 조작 또는 은폐하였다. 이렇듯 청구인은 우회적인 방법으로 특수관계법인이 리베이트를 되돌려 받게 하고, 청구인은 필요경비 산입을 통해 본인의 종합소득세 부담이 감소한다는 사정을 충분히 인지하여 청구인은 1차 PG사와, 특수관계법인은 2차 PG사와 각각 계약을 맺은 것이다. (다) 청구인은 청구인이 지출한 결제대행 수수료의 일부가 청구인의 배우자나 자녀가 100% 주주인 특수관계법인이 받게되는 방법이 합법적인 절세로 판단하였다고 주장하나, 이러한 방식을 통해 청구인의 배우자나 자녀가 100% 주주인 특수관계법인이 PG 수수료를 되돌려 받는 것이 리베이트에 해당한다는 사실을 알고 있었고, 특히 청구인은 의약업게 종사자로써 의약 업계에서 그동안 의사와 제약사 간의 리베이트가 사회적으로 물의를 일으키는 사례가 빈번하여 쌍벌제 도입 등 사회적으로 리베이트 수취에 대한 자정 노력이 수차례 이루어진 사실을 경험하였을 것이며, 이러한 행위가 사회적으로 비난받을 만한 행위임을 충분히 미루어 짐작할 수 있었을 것이다. 따라서 청구인이 사실과 다른 세금계산서를 수취하여 필요경비를 과다하게 반영한 행위는 조세범 처벌법 제3조 제6항 이 규정하고 있는 부정행위 중 ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취(제2호)’, ‘재산의 은닉, 소득․수익․행위․거래의 조작 또는 은폐(4호)’, ‘세금계산서의 조작(제5호)’, 또는 ‘그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위(제7호)’에 해당한다고 보이는바, 부정과소신고가산세를 적용하는 것이 타당하다. (2) 청구인이 이 건 1차 PG사 등에 지급한 수수료는 실제보다 과다하게 지급한 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 필요경비 불산입 대상이다. (가) 청구인이 1차 PG사에게 8% 가량의 고율의 수수료를 지급하고, 1차 PG사는 2차 PG사에게 5〜6% 가량의 수수료를 지급하며, 2차 PG사는 특수관계법인에게 영업대행비 명목으로 4.75% 가량의 수수료를 지급하였다. 결국 고율의 수수료 상당 부분(1차 및 2차 PG사의 본인 몫 마진 제외)이 청구인의 배우자와 자녀가 100% 주주인 특수관계법인에게 지급되었다. 청구인이 1차 PG사로부터 PG 대행수수료 명목으로 수취한 세금계산서 중 특수관계법인에게 페이백된 금액에 해당하는 부분은 실제 용역의 제공 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. (나) 또한 청구인의 특수관계법인이 2차 PG사에 어떠한 용역을 제공했는지 확인할 수 없었다. 업무대행 계약서에는 청구인의 특수관계법인이 2차 PG사에게 결제대행 가맹점 모집 업무(영업대행), 가맹점 관리 업무(리스크 관리 업무), 가맹점 프로그램 설치 및 기술지원 업무를 제공한다고 되어 있으나. 해당 특수관계법인은 청구인이 운영하고 있는 OOO에 식자재 공급, 청소 용역, 콜센타 용역을 제공하는 법인으로 계약서에 기재된 용역을 제공할만한 인원이나 기술이 없는 법인이다. 이처럼 관련 용역제공 내역을 확인할 수 없었고, 계약당사자가 정확히 누구인지도 확인되지 않는 해당 계약은 청구인의 특수관계법인에게 리베이트를 지급하기 위해 만든 형식적인 계약서로 보인다. 2차 PG사가 용역을 제공할 능력이 없는 청구인의 특수관계법인에게 가맹점 결제금액의 4.75%에 해당하는 매월 OOO원이 넘는 거액의 수수료를 지급해야 할 이유가 없어 보이므로 2차 PG사가 청구인의 특수관계법인에게 수수료를 지급한 것은 청구인이 1차 PG사와 8%의 고율의 수수료를 지급하기로 한 계약에 따른 리베이트로 볼 수 밖에 없어 해당 수수료는 일반적으로 용인되는 통상적인 비용에 해당하지 아니한다.

• 가. 쟁점 청구인이 1차 PG사에게 고율의 결제대행 수수료를 지급하고, 청구인의 특수관계법인이 2차 PG사와 업무대행계약 등을 체결하여 수수료 등을 지급받은 행위를 사기 기타 부정한 행위로 보아 부정과소신고가산세를 적용하여 청구인에게 종합소득세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

• 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액
• 나. 과소신고납부세액등에서 부정행위로 인한 과소신고납부세액등을 뺀 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제1호 외의 경우: 과소신고납부세액등의 100분의 10에 상당하는 금액 (2) 국세기본법 시행령 제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 조세범 처벌법 제3조 제6항 에 해당하는 행위를 말한다.

(3) 조세범 처벌법 제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 조세특례제한법 제5조의2 제1호 에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

(4) 소득세법 제27조(사업소득의 필요경비의 계산) ① 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입할 금액은 해당 과세기간의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다.

② 해당 과세기간 전의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 그 과세기간에 확정된 것에 대해서는 그 과세기간 전에 필요경비로 계상하지 아니한 것만 그 과세기간의 필요경비로 본다.

③ 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제출한 청구인에 대한 세무조사 종결보고서 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 조사청은 청구인이 1차 PG사에게 지급한 수수료(8%) 중, 2차 PG사를 거쳐 특수관계법인에게 지급된 (영업대행)수수료(4.75%)에 대하여, 청구인이 이를 돌려받은 것으로 보아 필요경비를 부인하여 이 건 종합소득세를 경정․고지하였는데, 관련 거래흐름은 아래 <표1>과 같다. <표1> 병원 신용카드 수수료 관련 거래흐름 ㅇㅇㅇ (나) 조사청의 세무조사 당시 확인된 청구인과 1차 PG사 간에 체결된 ‘전자결제대행 및 결제대금예치 서비스 계약서’ 및 특수관계법인과 2차 PG사 간에 체결된 ‘업무대행 계약서’ 내용은 <별지> 기재와 같다. (다) 청구인(OOO)은 1차 PG사에 지급한 수수료에 대하여 세금계산서를 수취하였고, 특수관계법인은 2차 PG사로부터 지급받은 업무대행 수수료 등에 대하여 세금계산서를 발급하였다. (라) 처분청이 청구인이 1차 PG사에게 지급한 결제대행 수수료 중 리베이트 성격으로 보아 필요경비 부인한 금액의 과세연도별 세부내용은 아래 <표2>와 같다. <표2> 과세연도별 필요경비 부인금액 ㅇㅇㅇ (마) 조사청의 조사내용을 보면, 특수관계법인은 청구인(OOO)에게 식자재 공급, 청소 용역, 콜센타 용역 등을 제공하고 있는 것으로 보이는데, 특수관계법인의 주주현황 및 법인등기사항 증명서 등은 아래 <표3>․<표4>와 같다. <표3> 특수관계법인 주주현황 및 정관 일부 ㅇㅇㅇ <표4> 특수관계법인 법인등기사항증명서 일부 ㅇㅇㅇ (2) 특수관계법인의 부가가치세 신고내용은 아래 <표5>와 같다. <표5> 특수관계법인의 부가가치세 신고내용 ㅇㅇㅇ (3) 이 상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 청구인이 1차 PG사에게 통상적인 수수료율보다 높은 수수료를 지급하는 방법으로 필요경비를 과다계상하고, 최종적으로 그 차액 등을 특수관계법인이 이전받은 것으로 볼 수 있다고 하더라도 이를 국세기본법 제47조의3 제1항 에서 규정하고 있는 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’ 또는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위로 볼 수 없다고 주장하나, 조세범 처벌법 제3조 제6항 에서 ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취(제2호)’, ‘재산의 은닉, 소득․수익․행위․거래의 조작 또는 은폐(4호)’, ‘세금계산서의 조작(제5호)’, 또는 ‘그 밖에 위계에 의한 행위 또는 부정한 행위(제7호)’를 규정하고 있는바, 청구인이 1차 PG사에게 8%의 고율의 수수료를 지급하고, 1차 PG사는 2차 PG사에게 5〜6%의 수수료를 지급하며, 특수관계법인은 2차 PG사에게 용역을 제공한 사실이 없음에도 4.75%의 수수료를 지급받은 것으로 조사된 점, 청구인과 특수관계법인이 실제 용역의 제공이 없거나 또는 용역의 공급가액을 부풀리는 방법으로 사실과 다른 세금계산서를 수취․교부한 이 건 행위는 거짓 증빙, 거짓 문서의 작성 및 수취, 재산의 은닉, 소득․수익․행위․거래의 조작 또는 은폐를 한 것으로 볼 수 있는 점 등에 비추어, 처분청이 부정과소신고가산세를 적용하여 청구인에게 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 전자결제대행 서비스 계약서 등 ㅇㅇㅇ