쟁점법인주식의 양도가 「소득세법」제94조 제1항 제4호 다목에 따른 특정주식 양도에 해당하는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 주식회사 A(이하 “쟁점법인”이라 한다) 발행주식 25,530주(지분 34%)를 보유하다가 2024.6.7. B 주식회사에 OOO원(주당 OOO원)에 양도하였고, 2024.8.28. 주식 양도일 현재 비상장 중소기업 대주주의 양도로 보아 일반주식 양도세율(25%)을 적용하여 양도소득세 OOO원을 신고하였다.
• 나. 처분청은 2025.2.3.부터 2025.3.4.까지 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시하였고, 쟁점법인의 자산총액 중 부동산 등 비율이 50% 이상(79.7%)이고, 청구인의 쟁점법인 발행주식 보유비율 34%에 간접 보유비율 16.24%(쟁점법인 등의 주주 현황과 간접보유비율은 아래 <표1>․<표2> 참조)를 포함하여 쟁점법인의 발행주식 50% 이상(50.24%)을 양도하였으므로 소득세법제94조 제1항 제4호 다목의 특정주식을 양도한 것으로 보아, 소득세법제104조 제1항 제1호 및 같은 법 제55조 제1항의 세율(기본세율)을 적용하여, 2025.5.8. 청구인에게 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정․고지하였다. <표1> 쟁점법인 등의 주주 현황(2024.6.7. 당시)

○○○ <표2> 간접 보유비율

○○○

• 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.8.5. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 C 주식 6,800주가 아니라, 6,600주를 취득하였으므로, 청구인은 쟁점법인의 주식 50% 이상을 보유한 것으로 볼 수 없어 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다. (가) 청구인은 2020.11.20. C에 투자하면서 D과 E에게 C 주식 각 3,400주씩 총 6,800주를 명의신탁하는 계약을 체결하였고, 동 계약서상 주권발행대장에는 6,800주 중 200주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 F에게 귀속시키는 내용이 기재되어 있다. (나) 청구인은 D과 E 명의의 계좌로 자본금 상당액 OOO원(주당 발행가액 OOO원x3,300주)씩을 송금하였고, F도 D과 E에게 자본금 상당액 OOO원에 인수하였으므로, 6,800주에 상당하는 지분대가인 40,800,000원과 청구인이 제시한 OOO원(6,600주xOOO원 + 100주xOOO원)은 청구인과 F의 주식 취득과 관련이 없다는 의견이나, E과 D이 2020.11.4. C 발행주식 20,000주를 H로부터 주당 OOO원에 매입한 것이 주식취득계약서에 의하여 확인되고, 약정에 따라 액면가액 이상의 대가를 지급한 것이며, 2020.11.20. 위 주식 중 6,800주를 청구인과 F에게 귀속시키면서 맺은 명의신탁약정서에는 액면가액인 OOO원으로 계약을 한 것임에도, 어떠한 이유로 청구인이 제시한 증빙들이 주식취득과 관련이 없다는 의견인지 납득하기 어렵다.
• 나. 처분청 의견 (1) 청구인은 C 주식 6,800주를 취득하였으므로, 이 건 양도소득세 부과처분은 적법하다. (가) 쟁점법인의 실질주주 확인서, 주식변동상황명세서상 전체 주식수는 75,086주이나, 쟁점법인의 주권발행대장에는 청구인 25,768주, 홍미나(D의 처) 25,769주, F 781주 등 전체 주식수가 52,318주로 기재되어 있어 실질주주 확인서 등과 불일치하고 있어, 청구인이 제출한 C의 주권발행대장도 신뢰할 수 없는 자료이다. (나) 청구인은 E과 D에게 2020.11.20.자 명의신탁 약정에 따라, C 발행주식 각 3,400주씩 합계 6,800주를 명의신탁하였다며 2022.9.27. 명의신탁증여의제 규정에 따라 증여세 기한후신고를 하였고, 2023.4.16. C의 2022사업연도 법인세 신고 후 주주변동상황명세서(청구인 6,800주, D 6,600주, I 33%)를 제출하였는바, C가 2023.4.16. 제출한 주식변동상황명세서는 실질 주주명부 기준으로 제출한 것이고, 청구인에 대한 양도소득세 세무조사 종료시까지 C의 주주 현황은 청구인이 6,800주(34%), D 6,600주(33%), I 6,600주(33%)이므로 청구인의 주장처럼 청구인 보유 주식 중 쟁점주식을 제외할 이유가 없으며, 청구인이 F에게 200주를 매매하거나 증여하였다 하더라도 F은 청구인의 특수관계인(고종사촌)에 해당하므로 특정주식에 해당하는지 여부와 무관하다.

(2) 또한 쟁점주식이 G에게 이전되었다고 주장하나, 이를 입증할 만한 객관적이고 구체적인 증빙이 없고, 청구인이 C 발행주식을 취득하였다는 증빙으로 제출한 송금내역도 주식매수일자와 불일치하며, 청구인의 지분과도 일치하지 않는 등 청구인의 주식취득과 관련이 없는 금융거래로 보이고, F의 2022.2.3.자 출금내역도 주식취득과 무관한 것으로 판단된다.

• 가. 쟁점 쟁점법인주식의 양도가 소득세법제94조 제1항 제4호 다목에 따른 특정주식 양도에 해당하는지 여부
• 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 세무조사 후 2024년 귀속 양도소득세 OOO원을 아래 <표3>과 같이 경정·고지하였다. <표3> 양도소득세 경정내용

○○○ (나) 청구인은 H, E, D이 작성하였다며 C 주식매매계약서를 아래 <표4>와 같이 제출하였다. <표4> C 주식매매계약서(2020.11.4.)

○○○ (다) 청구인은 2020.11.20., E 및 D과 C 발행주식에 대한 명의신탁약정을 체결하였다며, 명의신탁약정서를 아래 <표5>와 같이 제출하였다. <표5> 주식 명의신탁약정서(2020.11.20.자 일부발췌)

○○○ (라) 청구인은 상기 명의신탁약정 후 C가 작성한 실질주주 확인서를 <표6>과 같이 제출하였다. <표6> 실질 주주확인서

○○○ (마) 청구인은 상기 명의신탁약정 후 C가 작성한 주권발행대장을 <표7>과 같이 제출하였다. <표7> 주권발행대장

○○○ (바) 청구인은 상기 명의신탁약정서부터 주권발행대장까지 공증사무소의 공증을 받았다며 인증서를 <표8>과 같이 제출하였다. <표8> 공증인가사무소 인증서

○○○ (사) 청구인은 쟁점주식이 청구인이 아니라 G에게 귀속되었다며 D, G 및 F이 작성한 확인서를 <표9>～<표11>과 같이 제출하였다. <표9> D 확인서

○○○ <표10> G 확인서

○○○ <표11> F 확인서

○○○ (아) 청구인은 C 발행주식 6,600주를 취득하였다며 송금내역을 아래 <표12>와 같이 제출하였다. <표12> C 발행주식 취득 관련 송금 증빙

○○○ (자) 청구인은 쟁점주식은 C의 대표이사인 F에게 귀속된 후 G과의 근로계약에 따라 G에게 증여되었다며 송금증빙과 G의 근로계약서를 아래 <표13>과 같이 제출하였다. <표13> 송금증빙 및 G 근로계약서

○○○ (차) 청구인은 쟁점주식이 F을 통해 G에게 귀속되었다며 G의 증여세 기한후신고서와 주식등변동상황명세서를 제출하였다. (카) 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사종결보고서 등을 제출하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점주식이 F을 통해 G에게 증여되었으므로 청구인이 쟁점법인의 주식 50% 이상을 보유한 것으로 볼 수 없어 이 건 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하나, 주식증여가 있었는지 여부는 주식증여에 대한 의사의 합치와 주식을 취득하여 사실상 주주로서의 권리를 행사할 수 있는 지위를 취득하였는지에 의하여 판단하여야 할 것인바(대법원 2012.1.26. 선고 2011두14579 판결, 같은 뜻임), 청구인이 제출한 쟁점법인의 주권발행대장 및 금융증빙 등에 의하더라도 청구인이 쟁점법인 주식을 양도할 당시 쟁점주식이 G에게 증여되었다고 볼 수 있는 구체적이고 객관적인 증빙이 제시되었다고 보기 어려운 점, 청구인이 제출한 쟁점주식 관련 증여세 기한 후 신고서와 주식변동상황명세서 등도 청구인이 쟁점법인 주식을 양도한 이후에 제출되어 쟁점주식이 G에게 증여된 것이라고 단정하기도 어려워 보이는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 소득세법 제94조(양도소득의 범위) ① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 “기타자산”이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 다. 법인의 자산총액 중 다음의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50 이상인 법인의 과점주주(소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주를 말하며, 이하 이 장에서 “과점주주”라 한다)가 그 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 해당 과점주주 외의 자에게 양도하는 경우(과점주주가 다른 과점주주에게 양도한 후 양수한 과점주주가 과점주주 외의 자에게 다시 양도하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우를 포함한다)에 해당 주식등

1. 제1호 및 제2호에 따른 자산(이하 이 조에서 “부동산등”이라 한다)의 가액

2. 해당 법인이 직접 또는 간접으로 보유한 다른 법인의 주식가액에 그 다른 법인의 부동산등 보유비율을 곱하여 산출한 가액. 이 경우 다른 법인의 범위 및 부동산등 보유비율의 계산방법 등은 대통령령으로 정한다. 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율(분양권의 경우에는 양도소득 과세표준의 100분의 60) (2) 소득세법 시행령 제158조(과점주주의 범위 등) ① 법 제94조 제1항 제4호 다목 1)ㆍ2) 외의 부분에서 “소유 주식등의 비율을 고려하여 대통령령으로 정하는 주주”란 법인의 주주 1인과 주권상장법인기타주주 또는 주권비상장법인기타주주가 소유하고 있는 주식등의 합계액이 해당 법인의 주식등의 합계액의 100분의 50을 초과하는 경우 그 주주 1인과 주권상장법인기타주주 또는 주권비상장법인기타주주(이하 “과점주주”라 한다)를 말한다.

② 법 제94조 제1항 제4호 다목은 과점주주가 주식등을 과점주주 외의 자에게 여러 번에 걸쳐 양도하는 경우로서 과점주주 중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급해 3년 내에 과점주주가 양도한 주식등을 합산해 해당 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 양도하는 경우에도 적용한다. 이 경우 법 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는지는 과점주주 중 1인이 주식등을 양도하는 날부터 소급하여 그 합산하는 기간 중 최초로 양도하는 날 현재의 해당 법인의 주식등의 합계액 또는 자산총액을 기준으로 한다.

③ 법 제94조 제1항 제4호 다목 1)ㆍ2) 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 과점주주가 해당 법인의 주식등의 100분의 50 이상을 과점주주 외의 자에게 양도한 주식등 중에서 양도하는 날(여러 번에 걸쳐 양도하는 경우에는 그 양도로 양도한 주식등이 전체 주식등의 100분의 50 이상이 된 날을 말한다)부터 소급해 3년 내에 해당 법인의 과점주주 간에 해당 법인의 주식등을 양도한 경우를 말한다. 이 경우 제2항을 준용한다.

④ 법 제94조 제1항 제4호 다목ㆍ라목 및 제2항의 자산총액은 해당 법인의 장부가액(소득세법 제94조 제1항 제1호 에 따른 자산으로서 해당 자산의 기준시가가 장부가액보다 큰 경우에는 기준시가)에 따른다. 이 경우 다음 각 호의 금액은 자산총액에 포함하지 아니한다.

1. 법인세법 시행령제24조 제1항 제2호 바목 및 사목에 따른 무형자산의 금액

2. 양도일부터 소급하여 1년이 되는 날부터 양도일까지의 기간중에 차입금 또는 증자등에 의하여 증가한 현금ㆍ대여금 및 기획재정부령으로 정하는 금융재산의 합계액

⑤ 제4항 각 호 외의 부분 전단에도 불구하고 자산총액을 계산할 때 동일인에 대한 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목에 따른 가지급금 등과 가수금이 함께 있는 경우에는 이를 상계한 금액을 자산총액으로 한다. 다만, 동일인에 대한 가지급금 등과 가수금의 발생시에 각각 상환기간 및 이자율 등에 관한 약정이 있는 경우에는 상계하지 아니한다.

⑥ 법 제94조 제1항 제4호 다목 2) 전단에 따른 다른 법인은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인으로 한다.

1. 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 따른 자산(이하 이 조에서 “부동산등”이라 한다) 보유비율이 100분의 50 이상인 법인

2. 제8항에 따른 사업을 하는 법인으로서 제7항에 따라 계산한 부동산등 보유비율이 100분의 80 이상인 법인

⑦ 법 제94조 제1항 제4호 다목 2) 전단에 따른 다른 법인의 부동산등 보유비율은 다음 계산식에 따라 계산한 부동산등 보유비율로 한다.