일부 자본적 지출액으로 인정되는 금액을 제외한 금액은, 주로 수익적 지출에 해당하거나 필요경비에 해당하지 않으므로 취득가액으로 인정할 수 없음
일부 자본적 지출액으로 인정되는 금액을 제외한 금액은, 주로 수익적 지출에 해당하거나 필요경비에 해당하지 않으므로 취득가액으로 인정할 수 없음
[주 문] OO세무서장이 2025.6.4. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 2017.7.25. A 주식회사가 발급한 승강기 설치공사 관련 세금계산서 및 2017.10.31. 주식회사 B이 발급한 냉난방공사 관련 세금계산서상 공급가액 합계액 OOO원을 신축건물의 취득가액에 포함하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]
(1) 피상속인이 양도일 직전년도(2020년)의 장부가액을 바탕으로 쟁점부동산의 취득가액을 신고하였으나, ① 토지 취득계약서상 매매대금 및 전소유자가 신고한 양도가액과의 차액 OOO원을 감액하고, ② 취득세 신고 당시 지방자치단체에 제출된 관련 증빙과 세금계산서 등으로 확인되는 금액인 OOO원을 쟁점건물의 실지취득가액으로 보아 양도소득세를 경정하도록 OO세무서장에 처분지시하였으며,
(2) 토지와 건물을 함께 양도하는 경우, 각 자산별 기준시가로 안분계산한 금액과 구분기장한 가액이 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물의 가액이 불분명한 것으로 보아 각 자산별 기준시가 비율에 따라 안분계산하여야 하므로, 쟁점건물분 부가가치세를 경정하도록 서초세무서장에 처분지시하였다.
○○○ <표2> 쟁점건물 관련 부가가치세 경정내역 (단위: 원)
○○○
- 라. 청구인은 이에 불복하여 2025.8.4. 및 2025.8.6. 심판청구를 제기하였다.
(1) (쟁점①) 처분청은 취득세 신고 당시 제출한 증빙자료를 근거로 쟁점건물의 취득가액을 OOO원으로 산정하였으나, 이를 쟁점건물의 실제 취득가액으로 인정할 수 없다. (가) 쟁점건물 신축관련 취득세 신고를 위해 제출한 가액은 총공사비의 일부로 실제 신축가액과 차이가 있으므로 쟁점건물 양도차익 산정시 공제할 취득가액으로 보기 부적당하며, 쟁점건물의 실제 취득가액은 아래 <표3>과 같이 처분청이 기인정한 금액 외에 매입세금계산서상 확인되는 OOO원, 건설자금이자 OOO원, 보증료 OOO원, 취득세 추가분 OOO원, 기타경비 OOO원(합계 OOO원)을 반영하여 OOO원으로 경정되어야 한다. <표3> 쟁점건물의 실제 취득가액 (단위: 원)
○○○
1. 청구인이 2014〜2018년 중 수취한 매입세금계산서(아래 <표4>) 내역 중 취득가액으로 추가로 인정되어야 하는 항목은 구체적으로 아래 <표5>와 같다. <표4> 2014〜2018년 매입세금계산서 수취내역 등 (단위: 원)
○○○ <표5> 추가로 인정되어야 하는 항목 (단위: 원)
○○○
2. 건설자금이자 OOO원은 쟁점건물의 착공일부터 완성일(사용개시일)까지 지출된 차입금에 대한 지급이자로, 임의적으로 계상한 금액이 아니라, 소득세법제33조 제1항 제10호 및 같은 법 시행령 제75조에서 “유형자산의 건설에 소요된 차입금에 대한 지급이자는 건물이 준공된 날까지 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산”하도록 한 규정에 따라 쟁점건물 양도시점 이전에 이미 취득가액을 구성한 것이다. 즉, 건설자금이자는 지출의무가 발생된 해당 연도에 필요경비로 반영되지 않은 금액으로, 소득세법 관련 규정 및 기업회계기준에 따라 건설자금이자를 쟁점건물에 대한 자본적 지출로 하여 장부가액에 계상하고 양도시점까지 계속해서 감가상각하는 등 회계처리를 하였는데, 이를 쟁점건물의 취득가액으로 인정하지 않는다면 지출의무가 발생된 과세기간의 소득금액 계산 시에도 필요경비로 인정받지 못하고, 사업용 건물 양도에 따른 양도소득금액 계산 시에도 필요경비로 인정받지 못하는 모순이 발생되는 점에서 건설자금이자는 쟁점건물의 양도가액에서 공제할 쟁점건물의 취득가액(이미 자본적지출로 처리된 취득가액)으로 인정함이 타당하다.
3. 보증료 OOO원은 쟁점건물 신축 관련 대출금 보증료로서, 2015.9.11.부터 2017.10.31.까지 피상속인의 쟁점사업장 사업자용 계좌(OOO)에서 D OOO지점에 지급한 사실이 확인되므로 쟁점건물 취득가액으로 인정하여야 한다.
4. 취득세 OOO원은 당초 취득세에 더하여 납부한 것으로, 동 지급사실은 피상속인의 쟁점사업장 사업자용 계좌(OOO)에서 2017.11.14. 출금되어 지급한 사실이 확인되므로 쟁점건물 취득가액으로 인정하여야 한다.
5. 기타경비 OOO원은 다음과 같이 취득가액으로 인정되어야 한다.
- 가) 레미콘비 OOO원은 2017.8.31. 등 E OOO공장으로부터 레미콘을 납품받고, 대금은 2017.8.5. 쟁점사업장 사업자용 계좌에서 선지급한 것으로, 쟁점사업장 계정별 원장에 계상되어 있다.
- 나) 전기공사 OOO원은 2017.8.12. F(주)로부터 용역을 제공받고 세금계산서를 수취하였으며, 위의 1) 항목에 포함되지 않은 것으로, 쟁점사업장 사업자용 계좌에서 2017.6.1. 선지급한 사실이 확인되며, 쟁점사업장 계정별 원장에 계상되어 있다.
- 다) 민원소송비 OOO원은 쟁점건물 신축 민원 소송 건과 관련하여 2017.8.29. 쟁점사업장 사업자용 계좌에서 c 변호사에게 지급한 사실이 확인되고, 쟁점사업장 계정별 원장에 계상되어 있다.
- 라) 도시가스 OOO원은 도시가스보증보험료로서 2017.9.19. 쟁점사업장 사업자용 계좌에서 출금되어 서울보증보험에 납부한 것으로, 쟁점사업장 계정별 원장에 계상되어 있다.
- 마) 법무사비 OOO원은 2017.11.21. 쟁점건물 신축 후 보존등기를 하면서 법무사에게 OOO원 외에 추가적으로 OOO원을 지급한 것으로, 2017.11.14. 쟁점사업장 사업자용 계좌에서 출금된 사실이 확인되며, 쟁점사업장 계정별 원장에 계상되어 있다. (나) 소득세법제97조 제3항에 따르면 양도소득의 필요경비를 계산할 때 감가상각비로서 사업소득의 필요경비에 산입한 금액이 있을 때에는 이를 취득가액에서 공제하도록 되어 있는데, 처분청은 총 장부가액 OOO원 중 OOO원을 취득가액으로 인정한 후 동 금액에서 감가상각비 OOO원을 차감하였는바, 장부가액 중 본 건 심리 후 취득가액으로 인정되지 않은 금액(처분청의 현재 처분된 내역에 의하면 OOO원)에 상당하는 감가상각비(처분청의 현재 처분한 내역에 따르면 OOO원)는 처분청이 인정한 취득가액(OOO원)에서 공제하여서는 아니된다(조심 2023서6895, 2023.9.7., 같은 뜻임).
(2) (쟁점②) 쟁점부동산의 매수자는 오피스텔 신축목적으로 이를 취득함에 따라 쟁점건물을 곧바로 멸실할 예정이었고, 실제 쟁점토지와 연접한 토지 2필지를 추가로 취득(최종적 취득일 2021.11.15.)한 후 2022.4.14. 3필지 지상에 존재하는 쟁점건물 등을 멸실 후 오피스텔을 신축하였다. <표6> 쟁점부동산 매수자의 부동산 취득 및 멸실내역 (단위: ㎡, 원)
○○○ 쟁점건물의 양도가액을 OOO원으로 한 것은 쟁점건물의 철거비용이 다른 건물에 비해 많이 들어간다고 판단한 매수자가 장부가액(OOO원)의 약 2분의 1로 하는 것이 합리적이라고 제의함에 따라 합의 후 쟁점토지는 OOO원, 쟁점건물은 OOO원으로 명확하게 가액을 구분하여 매매계약을 체결한 것임에도 당사자간 경제적 상황을 합리적으로 반영한 거래가액을 무시하고 기준시가와의 차이가 30% 이상이라는 이유만으로 그 구분이 불분명하다고 보아 기준시가로 안분한 OOO원을 양도 당시 쟁점건물의 잔존가치로 보고 과세한 처분은 부당하다. (가) 부가가치세법이 2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되면서 같은 법 제29조 제9항 제2호가 신설되어, 납세자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물의 가액이 소득세법제99조에 따른 기준시가로 안분계산한 가액과의 차이가 30% 이상 나는 경우에는 기준시가로 안분계산한 금액을 공급가액으로 하도록 하였으며, 2021.12.8. 법률 제18577호로 같은 법 제29조 제9항 제2호의 단서 및 2022.2.15. 대통령령 제32419호로 같은 법 시행령 제64조 제2항 제2호가 신설되어 건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 안분계산하지 아니하고 기재된 건물가액을 실거래가액으로 인정될 수 있도록 개정하였는바, 이는 양도인과 양수인이 건물의 가액을 임의로 구분 기재해 고의로 부가가치세를 감소시키는 것을 막기 위해 2019.1.1. 이후 공급분부터 안분계산 방식을 도입하였으나, 현실적으로 부동산 거래에서는 당사자 사이의 협상과정을 통하여 정하여진 건물의 매매대금이 특별한 사정(매수자가 건물멸실 예정 등)으로 인하여 기준시가로 안분한 가액 또는 장부가액 등과 달리 기준시가로 안분한 가액에 비해 30% 이상 차이가 발생할 수 있으므로, 이러한 경우에는 매매계약서상 기재된 건물가액을 인정하도록 합리적으로 개정한 것이다. 쟁점부동산은 2021년에 양도되었으나, 매매계약 체결당시부터 철거가 예정되어 있던 것임이 정황상 명확하고, 쟁점건물의 거래가액을 기준시가로 안분하여 OOO원으로 본다면 현실적으로 철거대상인 쟁점건물의 실질적 가치(현실적으로 “0”에 가까운 재산적 가치가 있는 것)와 현저히 동떨어진 금액을 쟁점건물의 공급가액으로 보게 됨으로써 불합리한 결론에 이르게 되며, 본 건 과세처분은 2022.1.1. 이후인 2025.5.12. 이루어졌으므로, 2021.12.8. 법률 제18577호로 개정된 부가가치세법제29조 제9항 제2호 단서 및 2022.2.15. 대통령령 제32419호로 개정된 같은 법 시행령 제64조 제2항 제2호 단서(건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 안분계산하지 아니하고 당사자간 구분매매한 건물가액을 인정)를 소급적용하는 것이 개정입법 취지에 부합한다 할 것이다. 대법원은 “법령이 단순한 정책변경에 따라 개정된 것이 아니라 개정 전의 구 법령에 위헌적 요소가 있어 이를 해소하려는 반성적 고려에서 개정된 것이고, 그 개정을 통하여 개정 전의 구 법령보다 행정상대방의 법적 지위를 유리하게 하는데 그 입법취지가 있다면 법원은 마찬가지의 이유에서 예외적으로 위헌성이 제거된 개정법령을 소급적용하는 것이 타당한 경우가 있다”고 판시(대법원 2021.3.11. 선고 2020두49850 판결, 대법원 2013.7.25. 선고 2010두23804 판결 등 참조)하였는바, 쟁점부동산의 양도에 대하여 2021.12.8. 개정 전 조항을 적용하는 것은 2021.12.8. 개정조항 시행 이후 동일하게 토지와 건물을 양도하는 자와 합리적인 이유없이 차별하는 것으로 이는 조세평등주의에 위배되므로 위 규정을 소급적용하는 것이 타당하다. (나) 부가가치세법상 토지와 건물을 함께 공급하는 경우 토지, 건물가액은 실지거래가액으로 하는 것으로, 부가가치세법제29조 제9항의 실지거래가액은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 약정된 금액을 의미하는 것이고, 매매계약서, 세금계산서, 장부 등의 증명자료에 건물의 가액과 토지의 가액이 구분 기재되어 있는 경우에는 그 기재가 허위라거나 내용에 누락이 있다고 인정되지 아니하는 이상 같은 항의 “토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우”에 해당한다고 볼 수 없다 할 것이다(대법원 2014.3.14. 선고 2013두25450 판결, 같은 뜻임). 일반적으로 특수관계 없는 자간에 이루어진 매매에 있어 토지와 토지에 정착된 건물 등을 일괄하여 공급하는 경우로서 각각의 가액을 구분하여 공급가액을 정하는 경우 첨예한 상호 이해관계를 조정에 의하여 객관적인 가격산출에 근거하여 당사자간에 합의가 합리적으로 이루어지게 되는 것이며, 이렇게 형성된 처분문서(매매계약서)는 그 성립이 진정한 것으로 인정된 이상 그 내용되는 법률행위의 존부를 인정하여야 하고(대법원 1971.10.25. 선고 71다1976․1977 판결 참조), 성립이 진정한 것으로 인정되는 처분문서는 그 내용을 부정할만한 분명하고 수긍할 수 있는 이유가 없는 한 그 내용되는 법률행위의 존재를 인정하여야 하는 것(대법원 1981.6.9. 선고 80다442 판결 참조)이다. 이 건의 경우 특수관계 없는 거래당사자 간에 체결한 쟁점부동산의 매매계약서에 토지가액, 건물가액 및 부가가치세액 등이 명확히 구분 기재되어 있고, 특약사항에 “건물에 대한 부가가치세는 매수인이 별도 부담한다”고 기재하였으며, 이를 공인중개사가 확인하고 매매를 알선하여 계약이 체결된 것이다. 부가가치세법제29조 제9항 단서는 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물을 함께 공급하는 때에 부가가치세 과세대상인 건물의 공급가액과 비과세대상인 토지의 공급가액이 구분되어 있지 아니하여 양자의 가액이 불분명한 경우에 과세대상 건물의 공급가액을 산출하기 위한 특례규정으로, 당사자간 적법, 유효하게 성립된 매매계약에 대하여 과세관청이 그 계약내용에 명백한 허위가 있다거나 통상의 거래관행을 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없다는 반증이 없는 이상 위 특례규정을 적용하기 어려워 보이는 점(대법원 2014.3.14. 선고 2013두25450 판결) 등에 비추어 쟁점부동산 매매계약서상 구분 기재된 가액을 실지거래가액으로 보는 것이 타당하다. (다) 실질적으로 매매당사자들 사이에서 지상건물이 철거될 예정인 경우 건물의 가치는 거의 고려되지 않아 그 건물의 가격을 낮게 책정하는 것이 당사자들의 정당한 의사에 부합하는 경우에는 실지거래가액을 부인할 수 없다 할 것이고(서울행정법원 2022.12.16. 선고 2021구합68223 판결 참조), 실질과세원칙은 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건 사실에 대하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하는데 그 주된 목적이 있는데, 청구인과 매수인간 쟁점부동산의 매매는 쟁점건물이 철거되고 토지만을 사용하여 새롭게 건물을 신축할 것을 전제로 이루어진 것이고, 사실상 청구인은 쟁점건물의 양도와 동시에 폐업하였던 점에서 쟁점건물 자체의 경제적 가치는 이미 상실되었다 할 것이어서 쟁점건물의 가치는 고려될 수 없는 점, 실제로 쟁점부동산의 매매계약서 특약사항에 따라 매매계약 당시부터 쟁점건물의 철거가 예정되어 있어 오히려 매수인의 입장에서는 철거비용을 추가로 지출하여야 하는 상황으로 볼 때 쟁점건물의 그 재산가치가 “0” 또는 철거비가 투입되는 만큼의 (-)자산인 점, 쟁점부동산 매매계약서를 보면 매도인은 매수인으로부터 부가가치세를 징수하여 납부하도록 특약으로 기재되어 있고 매수인 역시 법인사업자로서 위 건물에 대한 부가가치세 상당액은 토지에 대한 자본적 지출 형식으로 토지계정에 대체된다는 점에서 피상속인이 쟁점건물의 매매가격을 고의적으로 낮추려는 동기가 존재한다고 보기 어려운 점을 고려할 때, 처분청이 쟁점부동산의 거래가액을 부인하고 기준시가로 안분하여 쟁점건물의 공급가액을 인위적으로 산정한 것은 철거대상건물이라는 쟁점건물의 매매조건을 반영하지 아니한 현실성 없는 계산방법으로, 피상속인과 매수인간에 쟁점건물의 가격을 OOO원으로 정하여 거래한 사실이 통상의 거래관행을 현저히 벗어난 비합리적이라거나 당사자들의 진정한 의사합치에 따른 것이 아니라고 단정하기 어려우므로, 쟁점건물의 거래가액을 정상적인 정당한 실지거래가액으로 보는 것이 타당하다.
- 나. 처분청 의견
(1) (쟁점①) 쟁점건물의 실제 취득가액 합계는 당초 처분청이 인정하였던 OOO원에 승강기 설치공사 관련 OOO원과 냉난방공사 관련 OOO원을 가산한 OOO원으로 보는 것이 타당하다. (가) 감사관실에서는 감사기간에 피상속인이 신축건물의 취득세 신고(2017.11.30.) 당시 제출한 신축 공사비 과세표준 내역서, 각종 계약서(건설공사계약서, 건설업종 표준도급계약서, 건축물의 설계․감리계약서, 설계 계약서, 감리용역 계약서 등), 매입세금계산서 목록, 거래처 원장 등을 서초구청으로부터 징취하여 쟁점건물의 신축공사비를 OOO원으로 확인하였고, 세금계산서 등 관련 증빙을 추가로 검토하여 쟁점건물의 취득가액을 OOO원으로 경정하도록 처분지시하였다. <표7> 처분청이 인정한 쟁점건물 취득가액 (단위: 원)
○○○ 청구인은 쟁점건물의 취득가액을 OOO원으로 경정하여야 한다고 주장하나, 이 중 OOO원을 제외하고는 쟁점건물의 취득가액으로 볼 수 없다.
1. 청구인은 매입세금계산서상 확인되는 OOO원을 추가로 인정해야 한다고 주장하나, 청구인이 제시한 대부분의 매입세금계산서는 건물 취득가액이 아닌 일반 경비 및 수익적 지출에 해당한다. 쟁점건물의 필요경비로 인정될 수 있는 금액은 취득에 든 실지거래가액, 자본적 지출액, 양도비 등인바, 자본적 지출액의 경우 법령이 규정한 ‘용도 변경’이나 ‘내용연수 증가’ 등의 결과를 가져올 정도의 공사비용이라는 사실이 명확히 확인이 되어야 한다(대법원 2015.5.28. 선고 2015두37990 판결).
- 가) G이 발급한 전자세금계산서는 2014.12.30. 및 2015.4.21. 작성되었고, 품목은 사무실실내공사와 휀스공사인바, 피상속인은 쟁점건물의 취득을 위한 매매계약을 2014.11.10. 체결하고, 2015.4.20. 잔금을 지급하였으므로, 이는 구(舊) 건물에 대한 지출로 보이며, 구체적인 증빙이 없어 쟁점건물의 자본적 지출액으로 보기 어렵다.
- 나) 인테리어 시공비, 설계비, 인테리어 설계비는 도급계약서에서 ‘OOO 관광호텔 신축공사’로 기재하여 ㈜H, ㈜I, ㈜J와 거래된 사실이 관련 증빙에 의해 확인되고, K의 품목은 ‘OOO 관광호텔 견적’으로 기재되어 있어 건물 신축이 아닌 관광호텔 사업을 위한 견적으로 보인다.
- 다) 한국전력공사에 대한 세금계산서는 2015.7.28. 발행되어 2016.12.20. 취소되었다.
- 라) 2017년 발급된 매입세금계산서 중 2017.7.25. A(주)가 발급한 승강기 설치공사 관련 OOO원과 2017.10.31. B이 발급한 냉난방공사 관련 OOO원은 쟁점건물에 대한 자본적 지출액으로 보아 취득가액으로 인정할 수 있으나, 나머지 금액은 철제가구, 원목가구, 조명, CCTV 및 수신료, 위생설비공사, 객실관리시스템, 벽지, 화장실 방수공사, 욕조, 수성페인트, 간판제작 및 시공 등 신축건물에서 숙박업과 음식점을 운영하기 위한 사업비용 및 건물의 본래기능을 유지하기 위한 수익적 지출액으로 보이고, 해당 금액이 자본적 지출액에 해당함을 입증할 수 있는 자료가 제시되지 않아 인정할 수 없다.
2. 건설자금이자 OOO원은 취득가액으로 인정할 수 없다. 소득세법제97조 제1항은 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비를 취득가액(제1호), 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것(제2호), 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것(제3호)으로 한정하고 있고, 같은 법 시행령 제163조에서 필요경비에 해당하는 것을 열거하고 있다. 건설자금이자는 소득세법상 양도소득의 필요경비 계산시 취득가액에 포함되는 사항으로 규정하고 있지 않고, 대출금 아닌 금원으로 양도자산을 취득한 자와의 형평 등에 비추어 양도소득세 필요경비로 인정되지 않는다(조심 2023서6895, 2023.9.7., 심사양도2020-75, 2021.4.6. 등, 같은 뜻임).
3. 대출금 보증료 OOO원은 대출을 받기 위한 금융비용으로 건물 취득을 위한 금융조달과정에서 발생한 비용이지 건물 자체를 취득하기 위한 직접비용이 아니므로 쟁점건물의 취득가액으로 인정할 수 없다.
4. 피상속인이 쟁점부동산을 취득하면서 납부한 취득세는 아래와 같이 확인되어 취득가액으로 이미 포함하였고, 청구인이 추가로 주장하는 OOO원은 구체적인 내용을 확인할 수 없어 필요경비에 산입할 수 없다. <표8> 쟁점부동산 관련 취득세 필요경비 산입액 (단위: 원)
○○○
5. 청구인은 기타경비 OOO원이 사업용계좌에서 지급되었으므로 이를 취득가액으로 인정하여야 한다고 주장하나, 세금계산서 수취내역이 확인되지 않고, 구체적인 공사사실을 입증할 수 있는 증빙을 제출하지 않았으며, 취득세 신고시 제출된 신축공사비 과세표준 내역서에는 엘리베이터 시공비, 부대시설(난방, 발전기 등), 수도공사비, 전기공사비, 도시가스공사비, 지역난방공사비 등이 시공비에 포함된 것으로 기재되어 있어 해당 지출액을 취득가액으로 보기 어렵다. (나) 소득세법제97조 제3항은 “제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다”고 규정하고 있다. 2011.1.1. 이후 양도분부터는 취득가액을 매매사례가액･감정가액･환산취득가액으로 하는 경우에도 감가상각비를 취득가액에서 차감하도록 소득세법이 개정되었는데, 개정취지는 사업소득의 필요경비로 산입된 감가상각비가 양도소득의 필요경비로 이중 공제되지 않도록 명확하게 규정한 것이다. 즉, 취득가액을 매매사례가액･감정가액･환산취득가액으로 경정하더라도 사업소득의 필요경비로 산입된 감가상각비는 취득가액에서 차감하도록 규정하고 있을 뿐이며, 자산의 취득가액에 포함되지 않는 부분에 대한 감가상각비를 차감대상에서 제외하도록 하는 규정은 없으므로, 청구주장은 부당하다.
(2) (쟁점②) 소득세법제100조 제2항 및 제3항, 같은 법 시행령 제166조 제6항은 토지와 건물 등을 함께 양도한 경우로서 납세자가 신고한 안분가액이 기준시가에 따른 안분가액 등과 30% 이상 차이 나는 경우에는 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 계약일 현재의 기준시가 등에 의하여 안분함으로써 자산별 가액을 임의로 구분함에 따른 조세회피를 방지하도록 하고 있다. 토지 및 건물의 일괄양도시 안분계산 예외규정인 소득세법 시행령제166조 제8항은 2025.2.28. 신설되어 2025.1.1.이후 양도하는 분부터 적용되므로, 쟁점부동산에 대하여 적용될 수 없고, 쟁점부동산 양도가액 OOO원을 기준시가로 안분계산하여 쟁점건물의 가액을 OOO원으로 보아 부가가치세를 부과한 처분은 타당하다.
① 쟁점건물의 실제 취득가액을 추가로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부
② 쟁점부동산의 토지 및 건물 가액을 기준시가로 안분하여 부가가치세를 부과한 처분의 당부
(1) 소득세법 제33조【필요경비 불산입】① 거주자가 해당 과세기간에 지급하였거나 지급할 금액 중 다음 각 호에 해당하는 것은 사업소득금액을 계산할 때 필요경비에 산입하지 아니한다.
10. 차입금 중 대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 금액의 이자 제39조【총수입금액 및 필요경비의 귀속연도 등】② 거주자가 매입ㆍ제작 등으로 취득한 자산의 취득가액은 그 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 더한 금액으로 한다. 제97조【양도자산의 필요경비】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(괄호 생략). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.
2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.
③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다. 제100조【양도차익의 산정】① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다.
② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.
③ 제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다. (2) 소득세법 시행령 제67조【즉시상각의 의제】② “자본적 지출”이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호에 해당하는 지출을 포함하는 것으로 한다.
1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조
2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치
3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치
4. 재해 등으로 인하여 건물․기계․설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구
5. 기타 개량․확장․증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 제75조【건설자금의 이자계산】① 법 제33조 제1항 제10호에서 “대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 금액의 이자”란 그 명목여하에 불구하고 해당 사업용 유형자산 및 무형자산의 매입ㆍ제작ㆍ건설(이하 이 조에서 “건설”이라 한다)에 소요된 차입금(자산의 건설에 소요되었는지의 여부가 분명하지 않은 차입금은 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다.
② 제1항의 규정에 의한 지급이자 또는 지출금은 기획재정부령이 정하는 건설이 준공된 날까지(토지를 매입한 경우에는 그 대금을 완불한 날까지로 하되, 대금을 완불하기 전에 당해 토지를 사업에 제공한 경우에는 그 제공한 날까지로 한다) 이를 자본적지출로 하여 그 원본에 가산한다. 다만, 제1항의 규정에 의한 차입금의 일시예금에서 생기는 수입이자는 원본에 가산하는 자본적지출금액에서 이를 차감한다.
③ 차입한 건설자금의 일부를 운영자금에 전용한 경우에는 그 부분에 상당하는 지급이자는 이를 필요경비로 한다.
④ 차입한 건설자금의 연체로 발생한 이자를 원본에 더한 경우 그 더한 금액은 해당 과세기간의 자본적 지출로 하고 그 원본에 더한 금액에 대한 지급이자는 필요경비로 한다.
⑤ 건설자금의 명목으로 차입한 것으로서 그 건설이 준공된 후에 남은 차입금에 대한 이자는 각 과세기간의 필요경비로 한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 자본적 지출 또는 필요경비를 계산할 때 법 제33조 제1항 제11호에 따른 이자는 자본적 지출 또는 필요경비로 계산하지 아니한다. 제89조【자산의 취득가액등】① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.
1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액
2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액 제163조【양도자산의 필요경비】① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.
1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액
③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액 제166조【양도차익의 산정 등】⑥ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령제64조에 따라 안분계산 하며, 이를 적용함에 있어 상속세 및 증여세법제62조 제1항에 따른 선박 등 그 밖의 유형재산에 대하여 부가가치세법 시행령제64조 제2호 단서에 해당하는 장부가액이 없는 경우에는 상속세 및 증여세법제62조 제1항에 따라 평가한 가액을 기준으로 한다. (3) 부가가치세법 제29조【과세표준】⑨ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다.
1. 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우
2. 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. (4) 부가가치세법 시행령 제64조【토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산】법 제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호 본문에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다.
1. 토지와 건물 또는 구축물 등(이하 이 조에서 "건물등"이라 한다)에 대한 소득세법제99조에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액. 다만, 감정평가가액[제28조에 따른 공급시기(중간지급조건부 또는 장기할부판매의 경우는 최초 공급시기)가 속하는 과세기간의 직전 과세기간 개시일부터 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일까지 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 평가한 감정평가가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다]이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분 계산한 금액으로 한다.
(5) 지방세법 제10조【과세표준】① 취득세의 과세표준은 취득 당시의 가액으로 한다. 다만, 연부(年賦)로 취득하는 경우에는 연부금액(매회 사실상 지급되는 금액을 말하며, 취득금액에 포함되는 계약보증금을 포함한다. 이하 이 절에서 같다)으로 한다.
② 제1항에 따른 취득 당시의 가액은 취득자가 신고한 가액으로 한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 제4조에서 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
③ 건축물을 건축(신축과 재축은 제외한다)하거나 개수한 경우와 대통령령으로 정하는 선박, 차량 및 기계장비의 종류를 변경하거나 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령으로 정하는 시가표준액보다 적을 때에는 그 시가표준액으로 한다.
(1) 청구인 및 처분청이 제출한 자료에 따르면, 다음의 사실이 확인된다. (가) 피상속인이 쟁점부동산 취득 당시 체결한 매매계약서(2014.11.10.)에 따르면, 쟁점부동산의 매매대금은 OOO원(토지 OOO원, 건물 OOO원)으로 기재되어 있다. (나) 쟁점건물의 일반건축물대장 변동사항 기재내용에 따르면, 피상속인은 구 건물을 2015.6.25. 철거․멸실로 말소하고, 대지 510.3㎡에 지하2층․지상 15층, 연면적 4,830.49㎡ 규모의 호텔 용도 건물을 신축하였는데, 신축허가일은 2015.4.8., 착공일은 2015.6.20., 사용승인일은 2017.11.2.으로 확인된다. (다) 피상속인이 쟁점부동산 양도 당시 체결한 매매계약서(2020.11.6.)에 따르면, 매도인(피상속인)은 매수인이 신축을 목적으로 쟁점부동산을 매입함을 인지한다는 내용 및 잔금 지급 후 쟁점건물을 철거한다는 내용이 기재되어 있고, 토지(OOO원) 및 건물(OOO원)의 안분가액은 매도인(피상속인)이 산정한 가액이라는 내용이 나타난다. (라) 피상속인의 양도소득세 신고서에 첨부된 쟁점사업장의 재무상태표에 따르면, 2020.12.31. 현재 토지가액은 OOO원, 건물가액은 OOO원, 건물 감가상각누계액은 OOO원으로 나타난다. 피상속인은 종합소득세 신고시 2014․2015년은 외부조정신고로 재무상태표를 제출하였으나, 2016년․2017년은 간편장부로 신고하여 재무상태표를 제출하지 않았다. <표9> 피상속인의 종합소득세 신고내역 (단위: 원)
○○○ (마) 처분청이 제출한 감사관실의 ‘취득세 과세표준 신고가액 및 관련서류 협조 요청’에 대한 서초구청장의 회신내용에 따르면, 쟁점건물의 취득세 과세표준은 OOO원으로 구체적 내역은 다음과 같다.
○○○ (바) 피상속인은 쟁점부동산 소재지에 대해 아래와 같이 2개의 사업자등록을 하였다. <표10> 쟁점부동산 소재지 사업자등록 내역
○○○ (사) 피상속인이 쟁점사업장에 대하여 2014년 제2기〜2017년 제2기 과세기간 중 신고한 부가가치세는 아래 <표11>과 같고, OOO에 대한 시설설치 등 관련 부가가치세 매입신고 내용은 없다. <표11> 쟁점사업장 부가가치세 매입분 신고내역 (단위: 원)
○○○ (아) 쟁점부동산 양도 시 토지와 건물의 구분기장 가액이 기준시가에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있다는 사실에는 청구인과 처분청 간에 다툼이 없다. <표12> 쟁점부동산 가액 안분내역 등 (단위: 천원)
○○○
(2) 청구인은 청구주장을 입증하기 위하여 2014〜2018년 쟁점건물 신축 관련 매입세금계산서 내역 및 대금지금 내역, 2014〜2018년 쟁점사업장 재무상태표 및 계정별원장 등을 제출하였다.
(3) 소득세법제100조 및 같은 법 시행령 제166조에 따르면, 토지와 건물을 함께 양도한 경우 구분 기장한 가액이 기준시가 등을 고려하여 안분계산한 가액과 30% 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 것으로 보아 기준시가 등에 따라 안분계산하도록 하면서 구체적인 안분계산은 부가가치세법을 준용하도록 하고 있는데, 부가가치세법 및 같은 법 시행령은 2021년말 개정시 “토지와 건물을 함께 공급받은 후 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우”에는 안분계산의 적용을 배제하는 규정을 신설하였고, 2022.1.1. 이후 공급하는 분부터 적용하도록 하였으며, 소득세법 및 같은 법 시행령은 2024년말 개정시 “토지와 건물 등을 함께 취득한 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우” 안분계산의 적용을 배제하는 규정을 신설한 것으로 나타나며, 2025.1.1. 양도 분부터 적용하도록 하였다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 하는 것이다(대법원 1992.7.28. 선고 91누10909 판결, 같은 뜻임). (나) 청구인은 2014〜2018년 중 수취한 매입세금계산서상 공급가액 OOO원을 쟁점건물의 취득가액으로 추가로 인정하여야 한다고 주장하나, 세금계산서 외에 해당 금액의 지출내역을 구체적으로 입증할 수 있는 자료를 제출하지 못하는 점, 해당 세금계산서 ‘품목’란에는 조명공사, CCTV설치공사, 건물외벽청소, 객실관리시스템, 벽지도배공사, 화장실 방수공사, 욕조설치공사 등이 기재되어 있는바, 이는 대체로 신축건물에서 숙박업과 음식점을 운영하기 위한 사업비용 및 건물의 본래기능을 유지하기 위한 수익적 지출액으로 보이는 점 등에 비추어 공급가액 OOO원 중 OOO원은 쟁점건물의 취득가액으로 인정하기 어렵다 하겠다. 다만, 2017.7.25. A 주식회사가 승강기 설치공사와 관련하여 발급한 세금계산서상 공급가액 OOO원 및 2017.10.31. 주식회사 B이 냉난방공사 관련하여 발급한 세금계산서상 공급가액 OOO원 합계 OOO원은 쟁점건물의 자본적 지출에 해당하는 것으로 볼 수 있으므로, 이를 쟁점건물의 취득가액에 포함하는 것이 타당하다고 판단된다. (다) 또한, 청구인은 건설자금이자 OOO원 및 대출금 보증료 OOO원을 쟁점건물의 취득가액으로 인정하여야 한다고 주장하나, 소득세법제97조 제1항 각 호 및 같은 법 시행령 제163조 등 관련 규정에서 건물신축을 위한 대출 관련 비용 및 건설자금이자를 양도소득의 필요경비 계산시 취득가액에 포함되는 사항으로 규정하고 있지 아니할 뿐만 아니라, 해당 용도의 비용이 자본적 지출액 및 양도비 등에 해당된다고 보기도 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다(조심 2024서1836, 2025.1.23., 같은 뜻임). (라) 청구인은 취득세 추가 납부액 OOO원 및 기타경비 OOO원을 쟁점건물의 취득가액으로 인정하여야 한다고 주장하나, 취득세 추가 납부액이라고 주장하는 OOO원에 대한 납부영수증 등을 제출하지 못하였고, 국세청 전산에서 조회되는 쟁점부동산 관련 취득세 납부내역 등에도 포함되어 있지 않은 점, 기타경비 역시 계정별원장 및 계좌출금내역을 제출하였을 뿐, 쟁점건물의 신축과 관련된 비용임이 구체적으로 입증되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 이를 쟁점건물의 취득가액에 포함하기는 어려워 보인다. (마) 또한, 청구인은 취득가액으로 인정되지 않은 금액에 상당하는 감가상각비를 취득가액에서 공제하는 것이 부당하다고 주장하나, 소득세법제97조 제3항은 양도소득의 필요경비를 계산할 때 해당 자산의 감가상각비로서 사업소득금액 계산시 산입된 금액을 차감하도록 규정하고 있을 뿐, 양도소득의 필요경비 계산시 인정되는 취득가액에 대응하여 감가상각비 차감액을 조정하도록 규정하고 있지 아니하므로 청구주장을 받아들이기 어렵다 하겠다(조심 2025서2653, 2025.10.1. 등, 같은 뜻임).
(5) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점부동산의 매수자는 쟁점건물을 멸실할 예정이어서 매수자가 제시한 바에 따라 쟁점토지 및 쟁점건물의 가액을 명확하게 구분하여 매매계약을 체결하였으므로, 이를 기준시가 비율로 안분하여 부가가치세를 부과한 처분이 부당하다고 주장하나, 부가가치세법제29조 제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에서 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 같은 법 시행령 제64조에 따라 안분 계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 같은 법 시행령 제64조에서 정하는 바에 따라 안분 계산한 금액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있는바, 청구인이 구분한 쟁점토지와 쟁점건물의 가액이 기준시가에 의하여 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 점, 2018.12.31. 개정된 부가가치세법제29조 제9항의 개정이유는 자산별 가액의 자의적 구분을 통한 조세회피를 방지하기 위한 것으로, 2019.1.1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되는 반면, 2021.12.8. 개정으로 신설된 부가가치세법제29조 제9항 제2호 단서는 2022.1.1. 이후 공급분부터 적용되는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지 및 쟁점건물의 기준시가 비율에 따라 쟁점부동산 가액을 안분계산하여 쟁점건물분 부가가치세를 경정한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다(조심 2023부236, 2023.4.26. 등, 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.