청구법인은 쟁점개발비를 무형자산으로 계상하였다가 금감원의 2018년 감독지침에 따라 손상처리한 것에 불과한 것으로 보이는바, 쟁점개발비는 어느 사업연도에도 손금산입되지 않았고 그 세부내역, 개발성공률 및 2022년 감독지침 등에 비추어 쟁점개발비가 당초부터 무형자산 요건을 충족하지 못하였다고 단정하기는 어려움
청구법인은 쟁점개발비를 무형자산으로 계상하였다가 금감원의 2018년 감독지침에 따라 손상처리한 것에 불과한 것으로 보이는바, 쟁점개발비는 어느 사업연도에도 손금산입되지 않았고 그 세부내역, 개발성공률 및 2022년 감독지침 등에 비추어 쟁점개발비가 당초부터 무형자산 요건을 충족하지 못하였다고 단정하기는 어려움
[주 문] 잠실세무서장이 2025.4.24. 청구법인에게 한 2018∼2021사업연도 법인세 합계 OOO원 의 환급 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점개발비는 최초 인식 시점부터 기업회계기준상 개발비(무형자산) 인식요건을 충족하여 적법하게 자산으로 계상하였으며, 과거 금융감독원의 감독지침에 따라 불가피하게 전기오류수정으로 사후 감액한 것은 법인세법상 즉시상각의제 규정에 따라 감가상각비로서 손금산입되어야 한다. (가) 2021.2.17. 대통령령 제31443호로 일부개정 되기 전 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목(이하 ‘쟁점법령’)에서는 개발비를 감가상각자산의 하나로 규정하면서, “상업적인 생산 또는 사용전에 재료ㆍ장치ㆍ제품ㆍ공정ㆍ시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것”으로 정의하였다. 위 규정은 2002.12.30. 대통령령 제17826호 개정 시 법인세법상 개발비의 정의를 당시 기업회계기준서와 일치시킨 것으로서, 법원에서도 법인세법상 개발비에 해당하기 위해서는 기업회계기준에 따른 개발비에 해당하여야 한다는 점을 명확히 하고 있다(서울고등법원 2017.5.31. 선고 2016누39766 판결, 대법원 2017.10.12.자 2017두52382 판결로 확정). (나) 기업회계기준(K-IFRS 제1038호)상 개발비는 기술적 실현가능성, 완성 의도 및 능력, 미래경제적 효익, 자원 조달 가능성, 지출의 신뢰성 있는 측정 가능성 등을 충족할 때 무형자산으로 인식되며, 청구법인은 쟁점개발비는 위 요건을 모두 충족한다. 쟁점개발비가 발생한 각 연구과제는 청구법인의 핵심 원천기술을 기반으로 수행되었고, 해당 연구개발 시 약 90% 수준의 높은 성공률을 축적해 왔으며, 쟁점개발비를 구성하는 연구과제의 상당수가 실제로 상용화에 이른 점에 근거할 때, 최초 인식 시점부터 기술적 실현가능성이 충분히 인정된다. 또한, 쟁점개발비 관련 제품들은 국내(식품의약품안전처) 또는 유럽(CE 등)에서 판매를 전제로 한 인허가, 인증을 받은 사실이 있어 제3자의 공신력 있는 판단을 통해서도 기술적 실현가능성이 뒷받침된다.
(2) 감가상각비와 같은 결산조정사항은 전기오류수정에 대해 소급하여 손금에 산입하는 것이 아니라 전진적으로 처리함이 원칙이다. (가) 결산조정사항은 법인이 결산 시 장부에 계상하면 세무상 비용으로 인정되는바, 회계상 전기 재무제표를 소급하여 수정하더라도 전기 재무제표를 기준으로 신고납부한 이상 과거의 손금으로 산입하는 것은 불가하다. ‘ 법인세법 기본통칙’에서도, 법인이 전기에 과소 계상한 고정자산의 감가상각비를 기업회계기준에 따라 이월이익잉여금을 감소시키는 전기오류수정손실로 계상한 경우 동 상각비는 법인세법 제23조 의 규정에 의하여 법인이 손금에 계상한 것으로 보아 감가상각비 시부인 계산하는 것으로 명시하고 있다(법인세법 기본통칙 23-0…4). (나) 따라서 쟁점개발비를 감액하고 전기오류수정손실로 계상한 경우에는 법인세법 시행령 제31조 제8항 에 따라 감가상각비로서 손비로 계상한 것으로 보아 감가상각 규정을 적용하는 것이 타당하며, 이는 청구법인이 직접 질의하여 회신받은 유권해석에서도 확인된다(기획재정부 법인세제과-461, 2024.8.14.). <기획재정부 법인세제과-461, 2024.8.14.>
(3) 금융감독원의 감독지침은 시장상황에 따라 변경되어 왔으므로 청구법인이 과거의 감독지침에 의해 불가피하게 쟁점개발비를 감액한 것을 두고 쟁점개발비가 자산성을 갖추지 못하였다고 주장하는 것은 타당하지 않다. (가) 금융감독원은 2018.9.19. 제약·바이오 기업 주가의 급상승 등으로 투자자 보호의 필요성이 증대됨에 따라 제약·바이오 기업의 연구개발비 회계처리에 관한 감독지침을 발표하였으며, 2018년 감독 지침에 따라 2018 회계연도 3분기 보고서 또는 사업보고서상 재무제표에 오류수정을 반영하는 경우 별도의 제재 없이 계도 조치(경고, 시정요구 등)로 감독업무를 종료할 예정임을 공표하였다. 감독지침은 법규적 구속력은 없더라도, 금융당국이 감리·제재의 기준으로 활용할 수 있다는 점에서 사실상 구속력이 강하고, 당시에는 지침에 반하는 회계처리가 실무상 수용되기 어려운 환경이었다. 그리고 금융감독원이 2018사업연도 3분기 또는 사업보고서에 오류수정을 반영하면 별도 조치를 하지 않겠다고 한 상황에서, 청구법인 입장에서는 잠재적 불이익을 회피하기 위해 불가피하게 재무제표를 수정할 수밖에 없었으며, 이는 쟁점개발비의 자산성(기술적 실현가능성 등)이 없음을 인정한 것은 아니다. (나) 금융감독원은 2022.9.22. 제약·바이오 산업 주요 회계처리에 대한 감독지침을 재차 발표하였고, 2018년 감독지침과 달리 청구법인의 과거 개발비 자산화와 동일한 기준(즉, 외부검증 이전이라도 기술적 실현가능성을 객관적으로 제시하는 경우에는 자산화 가능함)을 제시하였다. 2022년 감독지침은 2018년 감독지침 이후 ① 제약·바이오 기업이 회계감리에 따른 사후적 징계 및 처벌에 대한 우려로 거래 고유 특성에 관계없이 지나치게 보수적으로 회계처리하는 경향이 있는 점, ② 회계기준이 제약·바이오 산업의 거래를 시의적절하게 반영하지 못하여 회계처리 불확실성 해소를 위한 감독지침이 필요하다는 의견이 꾸준히 제기됨에 따라 마련된 것으로 안내하고 있다. 이와 같이, 2022년 감독지침은 2018년 감독지침과 달리 기술적 실현가능성 판단의 객관적 근거 제시 가능성을 보완한 것이므로 쟁점개발비의 자산성 인정은 더욱 명확해졌고, 따라서 2018년 감독지침에 따라 자산감액이 이루어졌다는 사정만으로 쟁점개발비가 당초부터 기업회계기준상 개발비 요건을 갖추지 못하였다고 단정할 수 없다.
(4) 처분청에서 제시한 선례는 쟁점개발비와 사실관계가 다르므로 이를 원용할 수는 없다. 처분청이 제시한 선결정례(조심 2020서712, 2021.5.11.)의 경우 2022년 감독지침이 발표되기 이전에 생성된 선결정례라는 점, 그리고 선결정례에서 해당 법인은 ‘의약품’을 제조하는 법인으로서 ‘진단시약’을 제조하는 청구법인과 제품 성격이 다르다는 점에서 쟁점개발비의 손금처리를 단순히 위 선례와 동일하게 판단할 수 없다. 통상적으로 ‘신약개발’은 최종 개발성공률이 5% 내외에 불과하여 제품개발 단계에서 개발비로 인정되기 어렵고, 임상 3상 개시 승인 후에 비로소 기술적 실현가능성이 인정된다고 볼 수 있다. 반면에 ‘진단시약’은 인체 내에서 작용하는 의약품과 달리 안전성, 이상 반응까지 확인할 필요성이 적어 실패가능성이 매우 낮으며, 청구법인의 개발성공률 또한 90% 수준으로 외부검증 이전에 자산화가 가능하다. 즉, 기술적 실현가능성의 기준이 신약과 진단시약은 현저한 차이가 있어 기업회계기준에 따르더라도 위 선결정례의 경우 기술적 실현가능성이 매우 낮고, 쟁점개발비의 경우 기술적 실현가능성이 충분히 입증가능하므로 위 선결정례와 이 건은 사실관계가 전혀 다른 사안이다.
(5) 처분청의 의견을 따를 경우 쟁점개발비는 어느 사업연도에도 손금으로 인정되지 않는 부당한 결과가 발생한다. (가) 처분청은 이 건에서 ‘당초 자산성 미충족’을 이유로 과거 사업연도 손금처리를 요구하면서, 2019년 청구법인이 경정청구를 하였을 때에는 ‘즉시상각의제 적용대상’이라는 이유로 청구 취하를 유도한 바 있어, 결과적으로 쟁점개발비가 어느 사업연도의 손금으로 인정되지 않는 결론에 이르게 되었다. (나) 청구법인은 개발비가 실제로 지출된 이상, 이를 지출한 사업연도이든 자산 계상 이후의 상각하는 사업연도이든 어느 시점에서는 법인세법상 손금으로 반영되는 것이 조세평등, 법적 안정성 측면에서 타당하며, 또한 기존 처분청의 청구취하 안내에 대한 청구법인의 신뢰는 보호받아야 마땅하다. 뿐만 아니라, 청구법인의 재무제표 수정 사실만으로 청구법인이 기업회계기준상 개발비(무형자산) 요건 충족 여부까지 시인한 것으로 볼 수는 없다. 나. 처분청 의견 (1) 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목에 따르면 ‘개발비’란 상업적인 생산 또는 사용 전에 재료·장치·제품·공정·시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련 지식을 적용하는데 발생하는 비용으로서 기업회계기준에 따른 개발비 요건을 갖춘 것으로 정의하고 있다. 2021.2.17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목에 따르면, 법인세법상 개발비는 ‘법인이 개발비로 계상한 것’에 한하여 인정되었던바, 청구법인과 같이 개발비를 감액함으로서, ‘지출한 회계연도의 당기비용’으로 수정한 경우에는, 법인세법상 개발비(무형자산)의 요건을 갖추지 못한 것에 해당하여 당초부터 개발비를 계상하였다고 볼 수 없다. 따라서 쟁점개발비의 감액은 법인세법 시행령 제31조 제8항 (즉시상각의 의제)에 따른 손금계상이 아니라, ‘지급사실이 확정된 사업연도의 손금’에 산입하는 것이 타당하다. (2) 조세심판원에서도 금융감독원의 감독지침에 따라 개발비를 수정 공시한 제약회사의 개발비에 대하여 당초부터 기술적 실현 가능성 측면에서 무형자산의 요건을 갖추지 못한 것으로 판단하였다(조심 2020서712, 2021.5.11.). 청구법인은 일반의약품과 달리 개발 착수 대비 제품화 비율이 높고, 일반의약품처럼 인체에 직접 사용하지 않으므로 임상평가시 안정성·부작용 평가 없이 성능평가에 중점을 두고 있어 일반의약품 대비 임상통과 가능성도 높아 제품개발 단계부터 연구개발 관련 지출금액은 개발비 요건을 충족하였다고 주장하나, 금융감독원의 감독지침은 새로운 회계기준이나 기준 해석이 아니므로 개별 상황에 따라 합리적인 근거가 있는 경우, 동 지침과 달리 판단하여 회계처리할 수 있다고 명시하고 있다. 따라서 청구법인은 합리적으로 판단하여 기존과 동일하게 개발비로 회계처리할 수 있었던 것인바, 당시의 소급수정은 청구법인이 스스로 쟁점개발비를 개발비로 회계처리 하지 않기로 판단한 결과물에 지나지 않는다. 금융감독원이 실시한 조사·감리 검토보고서에 따르면 개발비 자산화 관련 기술적 실현가능성에 대한 판단 오류에 기인한 것으로서 확인되며, 청구법인은 2018.11.14. 2018년 3분기 연결 및 별도재무제표에 상기 오류사항을 수정·반영하여 공시하였고, 금융감독원은 감독지침을 적용하여 ‘경고’ 처리하였음이 확인된다. 비록 금융감독원이 2022년 감독지침을 내어 개발비 계상 기준을 제시한 것은 사실이나, 이는 모든 대상 기업들이 개발비로 계상할 수 있다는 결과로 귀결된다는 의미가 아니며, 단지 대상 기업들의 보수적 평가 실태를 개선하고자 판단의 근거를 예시하는 것에 불과하다. 대상 법인이 자의적으로 보수적 판단 결과 수정공시를 한 것에 불과하고 금융감독원이 별도로 조사·감리한 사실이 없다면 2022년 감독지침에 따라 개발비로 수정공시 하고자 하는 것이 불가능한 것은 아닐 수 있다. 그러나 금융감독원이 별도로 진행한 조사·감리에서 기술적 실현가능성에 대해 판단 오류가 있음을 지적하였고 청구법인 역시 이러한 지적을 수용한 바 있다. 그럼에도 감리 등에서 이미 주장하지 않았던 ‘적합한 개발비 인정’을 주장하는 것은 다른 법인들에게 보편적으로 적용되어야 할 2022년 감독지침을 이유로 기존에 인정된 사실판단을 뒤집고자 하는 시도로 볼 수밖에 없다. 만일 청구법인이 주장하는 바와 같이 ‘기술적으로 매우 유사한 진단키트 개발사례’를 갖고 있고 ‘매우 높은 확률의 제품검증 경험’을 제시할 수 있다면 이를 감리 당시 제시하지 않은 것은 납득하기 어려운 결정이다. 청구법인이 감독지침에 따라 ‘기술적 실현가능성’을 미충족한 것으로 보아 수정공시 한 쟁점개발비는 개발비로 계상한 것으로 보기 어려운 것이므로 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다.
(3) 청구법인은 감액한 개발비를 즉시상각의제로 보아 손금 처리할 수 있는지에 대하여 직접 서면 질의하여 ‘개발비가 최초 인식시점의 기업회계기준에 따른 개발비 요건을 충족하였는지 여부는 사실 판단할 사항’으로 답변받은 사실이 있는데, 서면질의 대상은 세법 등의 해석에 관한 사항에 한정되는 것이며 사실판단 사항에 관한 질의는 신청 대상이 아니다. 청구법인은 구체적 사실관계 일체를 전부 기재하여 질의하였고 청구법인이 하고자 하는 바가 타당하다는 결론을 회신받았다고 주장하나, 해당 답변은 원론적인 법리만 설시하면서 말미에 청구사실이 이에 해당하는지 여부는 ‘사실판단 사항’임을 적시하고 있는바, 이는 사실판단 사항은 서면질의 신청 대상이 아니므로 해당 질의의 사실관계가 타당한지 여부에 관하여는 판단을 하지 않았음을 의미한다. 기업회계기준상 개발비의 요건을 갖추었을 것을 전제로 하고 있음에도 금융감독원으로부터 요건 중 하나인 ‘기술적 실현가능성에 대한 판단’의 오류에 대한 경고가 있고, 이를 시인하여 수정한 경우가 예규 및 판례의 ‘기업회계기준상 개발비의 요건을 갖추었음이 분명’한 경우로 볼 수 있는 것은 아니며 청구법인이 회신받은 예규를 근거로 경정청구를 인용할 수 있는 것도 아니다.
(4) 처분청은 사실관계 확인을 위하여 금융감독원에 방문하여 2018.7.17.부터 2020.9.3.까지 금융감독원이 정밀감리한 사실과 그에 따른 ‘조사·감리결과 보고 및 처리안’을 확인하였는데, 당국이 실시한 ‘조사·감리 검토보고서’에 따르면 청구법인이 체외진단시약 개발에 지출한 금액을 개발비(무형자산)로 인식하기 위해서는 ‘내부창출 무형자산 인식요건’(기업회계기준서 제1038호, 舊기업회계기준서 제3호)을 모두 충족하여야 하는데 그 중 ‘기술적 실현가능성’에 대한 판단 오류가 있었고, 청구법인 또한 개발비 요건을 충족하지 못하였음을 시인하였다. 청구법인이 쟁점개발비를 감액하게 된 이유로 드는 2018년 감독지침은 국내 기업들이 복제약을 기준으로 형성된 회계처리 관행을 신약 개발에도 동일하게 적용하는 문제가 있다고 보고 이에 따른 오류를 계도하기 위한 것으로, 합리적인 이유가 있다면 달리 회계처리 할 수 있다고 상기 지침에서 밝히고 있으므로 ‘사실상 강제된 상황’이라는 이유로 수정하였다는 청구법인의 주장은 용납되기 어려운 주장이다.
(5) 청구법인은 금융감독원의 정밀감리 당시 기술적 실현가능성이 있다는 주장을 하였음을 강조하고 있으나, 처분청에게는 청구법인이 금융감독원에게 감리 당시 ‘적합한 개발비 인정’을 주장했다고 한 바 없고, 설령 청구법인이 감리 당시 주장했다 하더라도 금융감독원으로부터 전달받은 사실에 따르면 청구법인은 적합한 개발비가 아니라는 금융감독원의 오류 지적을 시인한 것이 중요한 사실로서, 청구법인 역시 이 점을 인정하고 있으므로 청구법인의 신뢰는 침해되었다 할 수 없다. 경정청구 제도는 신고납세방식에 의하는 현행 조세체계에 있어 신고 후 과세관청의 처분이 있기 전이나 직권 경정해주지 않는 경우 직접 조세불복으로 나아갈 수 없는 단점을 보완하는데 그 취지가 있는 것으로, 청구법인이 이러한 권리를 행사하여 과세관청이 이를 살펴보고 부당한 사유에 기한 경정청구는 거부하는 것이 취지에 부합한 행정작용이라 할 것이다. 통상적 경정청구는 변경(조정)하고자 하는 사유가 신고 시부터 원시적으로 존재하였으나 미처 반영되지 못한 경우 이를 소급 반영하기 위한 것인바, 개발을 마친 결과 개발성공률이 90%에 달한다는 후발사실을 근거로 당초 신고시점의 기술적 실현가능성을 판단해줄 것을 청구하는 것은 경정청구 제도의 취지의 몰이해에서 비롯된 것이다.
(2) 청구법인은 2018.11.14. 2018년 감독지침에 따라 2018사업연도 3분기 보고서에서 기존에 자산으로 인식하였던 개발비 중 외부 제품검증 이전 단계에서 발생한 지출, 즉 쟁점개발비를 감액하는 내용으로 재무제표를 수정하였고 그 내용은 아래와 같다. <2017사업연도 수정회계처리 내용>
(3) 청구법인은 2019.3.31. 법인세 신고 시 위 개발비 감액분에 대하여 무형자산 감소액을 익금산입(소득처분: 기타)하고, 동시에 전기오류수정손실을 손금산입(소득처분: 기타)하는 방식으로 세무조정을 하여 쟁점개발비는 과거 비용을 지출한 사업연도 및 감액이 이루어진 이후 사업연도 어느 사업연도의 손금으로도 처리되지 않는 것으로 나타난다.
(4) 청구법인은 이 건 심판청구 이전인 2019.3.29. 및 2020.3.30. 처분청에게 경정청구를 하였고, 처분청의 의견에 따라 2021.3.24. 취하하였다고 주장하는 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 2019.3.29. 및 2020.3.30. 잠실세무서장에게, 2018년 감독지침에 따라 쟁점개발비를 감액하였으므로 해당 비용을 지출한 사업연도의 손금으로 처리하여 달라는 취지로 법인세 경정청구를 하였다. (나) 최초 경정청구는 서울지방국세청으로 이송되었고, 상당 기간이 경과한 이후 서울지방국세청 성실납세지원국 법인세과 경정청구 검토 담당자는 청구법인에게 “쟁점개발비는 장래 회계연도에 상각범위액 내에서 손금산입하는 것이므로 경정청구를 취하하는 것이 타당하다”는 취지의 구두 의견을 제시하였다고 주장한다.
(5) 금융감독원은 2018년 감독지침 이후 제약·바이오 기업들이 회계감리에 따른 사후적 제재에 대한 우려로 거래의 고유한 특성을 충분히 반영하지 못하고 과도하게 보수적인 회계처리를 하는 경향이 나 타나고, 회계기준이 제약·바이오 산업의 거래 특성을 시의적절하게 반영 하지 못하여 회계처리의 불확실성이 지속적으로 제기된 점 등을 고려하여 2022.9.22. 제약·바이오 산업 주요 회계처리에 관한 감독지침(2022년 감독지침)을 다시 발표하였는데, 임상 1상 개시 승인 전 지출이더라도 기술적 실현 가능성이 인정되는 경우 개발비 자산으로 인식 할 수 있도록 하는 내용 등이 포함되어 있으며 그 내용은 아래와 같다. <2022년 감독지침>
(6) 청구법인은 2023.3.29. 쟁점개발비는 법인세법 시행령 제31조 제8항 에 따라 감가상각비로 손금 계상이 가능한 것으로 보아 2018〜2021 사업연도에 손금산입하여 법인세 합계 OOO원 을 환급하여 줄 것을 경정청구한 것으로 나타나고, 그 판단의 근거로 2024.8.22. 국세청(국세청 법규과-2095, 2024.8.22.)으로부터 회신받은 질의회신문을 제출하였다. <청구법인이 받은 질의회신문>
(7) 청구법인이 제출한 연구개발 자료에 따르면 2005∼2017년 연구과제 개발성공률은 86.8%이고, 쟁점개발비가 포함된 연구과제는 32건 중 28건이 개발 성공하였다. <2005∼2017년 연구과제 개발성공 내역> <쟁점개발비가 포함된 연구과제 성공 내역>
(8) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 법인세법 제23조 및 같은 법 시행령 제31조에 따르면 감가상각자산이 진부화, 물리적 손상 등에 따라 시장가치가 급격히 하락하여 법인이 기업회계기준에 따라 손상차손을 계상한 경우에는 해당 금액을 감가상각비로서 손금으로 계상한 것으로 보아 상각범위액의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손상차손으로 계상한 금액을 손금에 산입하는 것인바, 처분청은 청구법인 스스로 쟁점개발비를 감액하는 등 쟁점개발비는 법인세법상 무형자산의 요건을 갖추지 못한 것에 해당하므로, ‘지급사실이 확정된 사업연도의 손금’에 산입하는 것이 타당하다는 의견이나, 청구법인은 당초 쟁점개발비가 자산화 요건을 충족한 것으로 보아 무형자산으로 계상하였으며 회계감사를 통해 자산화에 대한 적정성을 확인받았는바, 자산화에 대한 중대하고 명백한 오류나 잘못이 없는 이상 쟁점개발비를 지급사실이 확정된 사업연도의 손금에 산입하는 것은 타당하지 아니하다 할 것이고(조심 2020인1804, 2020.9.8., 같은 뜻임), 무형자산으로 인식하였던 쟁점개발비를 청구법인 스스로 오류수정(전기오류수정손실) 회계처리한 것은 금융감독원이 발표한 2018년 감독지침으로 인해 개발비에 대한 자산 인식 기준이 상대적으로 강화됨에 따라 쟁점개발비의 시장가치가 급격히 하락한 것으로 인식한 결과 기업회계기준에 따라 손상차손 처리(쟁점개발비를 감액하는 내용으로 재무제표 수정)한 것으로 보이는 점, ‘ 법인세법 기본통칙’(23-0…4), 국세청 예규(서면-2019-법령해석법인-1433, 2019.7.10.) 및 청구법인이 직접 국세청에 질의하여 회신받은 답변(법규과-2025, 2024.8.22.) 등에서도 기업회계기준에 따른 개발비를 감액하고 전기오류수정손실로 계상한 경우에는 법인세법 시행령 제31조 제8항 에 따라 감가상각비로서 손금으로 계상한 것으로 보아, 감가상각 규정을 적용하는 것으로 일관되게 해석하고 있어 청구법인 또한 이를 신뢰하여 종전 경정청구를 취하하고 이 건 경정청구를 제기하였으므로, 결과적으로 쟁점개발비가 어느 사업연도의 손금으로도 산입되지 않는 것은 위법 또는 부당해 보이는 점, 처분청이 제시하는 선결정례(조심 2020서712, 2021.5.11.)는 개발비를 회계오류로 수정한 제약회사들 모두에게 동일하게 적용되는 사례가 아니라, 당초부터 무형자산 요건을 갖추지 못한 ‘신약개발업’을 영위한 법인에게 적용된 개별적인 사례로서, ‘진단시약’을 제조하는 청구법인과는 제품의 성격이 다르고, 쟁점개발비가 당초부터 무형자산의 요건을 전혀 갖추지 못하였다는 처분청의 특별한 반증이 없는 이상 위 선결정례를 이 건에 동일하게 원용하기는 어려워 보이는 점, 청구법인이 제출한 쟁점개발비 세부내역 및 개발성공률 자료(2005∼2017년)에 따르면 91건의 연구개발 과제 중 79건이 개발에 성공하는 등 개발 성공률이 86.8%에 달하고, 특히 쟁점개발비가 포함된 연구과제 32건 중 28건이 개발에 성공(식품의약품안전처 등의 정식 인·허가)하는 등 쟁점개발비가 당초부터 무형자산 요건을 충족하지 못한 것으로 단정하기는 어려운 점, 청구법인이 쟁점개발비를 스스로 감액(오류수정)한 것은 2018년 감독지침에 따른 것으로, 위 감독지침상 자산화 가능 단계를 3단계인 제품검증 단계부터로 설정하였으므로 청구법인 입장에서는 사업상 불이익 등을 회피하기 위해 불가피하게 오류수정할 수밖에 없었던 것으로 보이고, 2022년 감독지침은 2018년 감독치침과 달리 임상 1상 개시 승인 전 지출이더라도 기술적 실현 가능성이 인정되는 경우 개발비 자산으로 인식할 수 있도록 기준이 완화되었으며, 매우 높은 확률의 임상 개시 승인 경험을 제시하는 경우에는 자산화 가능한 것으로 안내하고 있는바, 이러한 사정 등을 종합하면 쟁점개발비를 청구법인 스스로 오류수정하였다는 사정만으로 쟁점개발비가 당초부터 무형자산의 요건을 갖추지 못해 어느 사업연도의 손금으로도 산입될 수 없다고 보기는 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등
(1) 법인세법(2017.12.19. 법률 제15222호로 일부개정된 것) 제23조(감가상각비의 손금불산입) ① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제ㆍ감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다.
③ 제1항 및 제2항에 따른 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산으로 한다.
⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 감가상각비의 손금계상방법, 상각범위액을 초과하는 금액의 처리, 국제회계기준 적용 시기의 결정, 종전감가상각비 및 기준감가상각비의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제42조(자산·부채의 평가) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산은 제1항과 제2항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 방법에 따라 그 장부가액을 감액할 수 있다.
2. 고정자산으로서 천재지변ㆍ화재 등 대통령령으로 정하는 사유로 파손되거나 멸실된 것 제43조(기업회계기준과 관행의 적용) 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산ㆍ부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행(慣行)을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계의 기준 또는 관행에 따른다. (2) 법인세법 시행령(2017.2.3. 대통령령 제27828호로 일부개정된 것) 제24조(감가상각자산의 범위) ① 법 제23조 제3항에서 "건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각 호의 고정자산(제3항의 자산을 제외하며, 이하 "감가상각자산"이라 한다)을 말한다.
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 무형고정자산
① 법 제23조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 개별 감가상각자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 상각방법 중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 "상각범위액"이라 한다)을 말한다.
6. 개발비: 관련 제품의 판매 또는 사용이 가능한 시점부터 20년의 범위에서 연단위로 신고한 내용연수에 따라 매 사업연도별 경과월수에 비례하여 상각하는 방법
④ 법인이 제3항에 따라 상각방법의 신고를 하지 아니한 경우 해당 감가상각자산에 대한 상각범위액은 다음 각 호의 구분에 따른 상각방법에 의하여 계산한다.
4. 제1항 제6호의 자산: 관련 제품의 판매 또는 사용이 가능한 시점부터 5년동안 매년 균등액을 상각하는 방법 제31조(즉시상각의 의제) ⑧ 감가상각자산이 진부화, 물리적 손상 등에 따라 시장가치가 급격히 하락하여 법인이 기업회계기준에 따라 손상차손을 계상한 경우(법 제42조 제3항 제2호에 해당하는 경우는 제외한다)에는 해당 금액을 감가상각비로서 손금으로 계상한 것으로 보아 법 제23조 제1항을 적용한다. 제79조(기업회계기준과 관행의 범위) 법 제43조에 따른 기업회계의 기준 또는 관행은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 회계기준(해당 회계기준에 배치되지 아니하는 것으로서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 관행을 포함한다)으로 한다.
1의2. 주식회사의 외부감사에 관한 법률 제13조 제1항 제2호 및 같은 조 제4항에 따라 한국회계기준원이 정한 회계처리기준
(3) 국세기본법(2017.12.19. 법률 제15220호로 일부개정된 것) 제20조(기업회계의 존중) 세무공무원이 국세의 과세표준을 조사ㆍ결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다.
(4) 한국채택국제회계기준(K-IFRS) 제1038호(무형자산) 21 다음의 조건을 모두 충족하는 경우에만 무형자산을 인식한다. ⑴ 자산에서 발생하는 미래경제적효익이 기업에 유입될 가능성이 높다. ⑵ 자산의 원가를 신뢰성 있게 측정할 수 있다. 22 미래경제적효익이 기업에 유입될 가능성은 무형자산의 내용연수 동안의 경제적 상황에 대한 경영자의 최선의 추정치를 반영하는 합리적이고 객관적인 가정에 근거하여 평가하여야 한다. 23 자산의 사용에서 발생하는 미래경제적효익의 유입에 대한 확실성 정도에 대한 평가는 무형자산을 최초로 인식하는 시점에서 이용 가능한 증거에 근거하며, 외부 증거에 비중을 더 크게 둔다. 57 다음 사항을 모두 제시할 수 있는 경우에만 개발활동(또는 내부 프로젝트의 개발단계)에서 발생한 무형자산을 인식한다. ⑴ 무형자산을 사용하거나 판매하기 위해 그 자산을 완성할 수 있는 기술적 실현가능성 ⑵ 무형자산을 완성하여 사용하거나 판매하려는 기업의 의도 ⑶ 무형자산을 사용하거나 판매할 수 있는 기업의 능력 ⑷ 무형자산이 미래경제적효익을 창출하는 방법. 그 중에서도 특히 무형자산의 산출물이나 무형자산 자체를 거래하는 시장이 존재함을 제시할 수 있거나 또는 무형자산을 내부적으로 사용할 것이라면 그 유용성을 제시할 수 있다. ⑸ 무형자산의 개발을 완료하고 그것을 판매하거나 사용하는 데 필요한 기술적, 재정적 자원 등의 입수가능성 ⑹ 개발과정에서 발생한 무형자산 관련 지출을 신뢰성 있게 측정할 수 있는 기업의 능력 68 다음 중 하나에 해당하지 않는 무형항목 관련 지출은 발생시점에 비용으로 인식한다. ⑴ 인식기준을 충족하는 무형자산 원가의 일부가 되는 경우 ※ 법인세법 기본통칙 23-0… 4【전기오류수정손으로 계상한 감가상각비의 처리】① 법인이 전기에 과소 계상한 고정자산의 감가상각비를 다음 예시의 경우와 같이 기업회계기준에 따라 이월이익잉여금을 감소시키는 전기오류수정손으로 계상한 경우 동 상각비는 법 제23조의 규정에 의하여 법인이 손금에 계상한 것으로 보아 감가상각비 시부인 계산한다. 23-26… 9【개발비의 상각범위액 계산】① 영 제26조 제1항 제6호 및 제4항 제4호의 규정은 법인이 무형고정자산인 개발비로 계상한 경우에 한하여 적용하는 것이므로, 법인이 해당 개발비로 계상하지 아니한 금액은 그 지급이 확정된 사업연도의 손금에 산입한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.