쟁점주택은 종부세 과세기준일 현재 임대주택사업자 등록이 말소된 청구법인이 보유하고 있는 주택으로 법 소정의 합산배제 요건을 갖추었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
쟁점주택은 종부세 과세기준일 현재 임대주택사업자 등록이 말소된 청구법인이 보유하고 있는 주택으로 법 소정의 합산배제 요건을 갖추었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점주택이 2021.2.29. 임대등록 말소되었음에도 처분청이 2021년 귀속 종합부동산세 합산배제신고를 인정함에 따라, 합산배제신고기한 내 장기민간주택 임대사업자 등록신고를 하지 못하였는바, 신뢰를 저버리고 수년이 지난 후에 당초 결정을 번복하여 부과처분한 것은 신의성실의 원칙, 법적안정성, 예측가능성을 위반한 것으로서 이 건 처분은 부당하다. (가) 처분청이 쟁점주택을 합산배제주택으로 하여 종합부동산세를 결정한 후, 이를 번복하여 합산대상으로 보아 부과한 것은 신의성실의원칙 등에 비추어 부당하다. (나) 관할 지방자치단체는 임대주택법령 개정에 따라 청구법인의 임대사업자등록 말소 사실을 처분청에 통보하였을 것이고, 개정 법령에 따라 청구법인의 임대사업자 지위는 종전 임대의무기간(5년)이 종료된 2018년 9월에 경과되었으므로, 처분청이 청구법인에 대한 2021년 귀속 종합부동산세 부과처분 시 당연히 쟁점주택을 합산하였어야 함에도 이를 배제하였고, 청구법인은 이를 신뢰하여 2021.9.30.까지 장기민간주택 임대사업자 등록신청을 하지 못한 것에 불과하다. (다) 쟁점주택은 12평 이하 도시형생활주택으로 전체 공시지가는 대략 OOO원, 전세보증금(부채) OOO원, 연간 임대수입금액 OOO원인 아주 소규모 저가주택인데, 처분청은 사전에 쟁점주택에 대한 어떤 예고나 통지도 없다가 수년이 지난 후 갑자기 임대등록이 말소되었으니 거액의 종합부동산세를 납부하라며, 연간 임대수입금액의 약 2배, 공지지가액의 7%에 상당하는 세금을 부과한바, 부당하다. (라) 대법원은 “일반적으로 행정상의 법률관계에 있어서 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위해서는 ① 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, ② 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 것에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 어떠한 행위를 하였어야 하고, ④ 행정청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, 이러한 요건을 충족할 때에는 행정청의 처분은 신뢰보호의 원칙에 반하는 행위로서 위법하게 된다”고 판시하고 있다(대법원 1997.9.12. 선고 96누18380판결 참조). (마) 따라서 청구법인은 쟁점주택이 계속하여 종합부동산세 합산배제 대상이라는 것을 처분청이 인정함에 따라 신뢰하였고, 이러한 신뢰를 기반으로 장기민간주택 임대사업자로 등록하지 아니하였으며, 처분청이 이러한 신뢰에 반하여 종합부동산세를 부과하였기에 신의성실의 원칙, 법적안정성, 예측가능성 등에 비추어 부당하다.
(2) 청구법인은 구 임대 주택법 제6조 에 따라 2013.9.16. 서초구청에 매입임대주택(5년)으로 등록하여 주택임대사업 등록면허세 등을 납부하면서 정상적으로 계속 성실히 임대사업을 진행하고 있음에도 불구하고 지방자치단체의 착오로 등록이 말소된 것이다. (가) 처분청은 쟁점주택에 대한 임대등록이 말소되었다고 주장하나, 주택임대사업을 정상적으로 계속하여 왔고, 서초구청에서 고지한 임대사업 등록면허세도 연체됨이 없이 꼬박꼬박 매년 정상적으로 납부한 것이 임대사업등록이 되어 있다는 입증인바, 이는 쟁점주택에 대한 임대등록이 취소나 말소가 아닌 정상 임대사업자임을 확인할 수 있는 것이고, 청구법인은 이를 신뢰하였다. (나) 또한, 쟁점주택은 청구법인이 타인으로부터 매입하여 취득한 것이 아니라, 직접 임대목적으로 건설하여 소유권 보존등기하고 임대사업을 한 것임에도 불구하고 자방자치단체가 착오로 매입임대로 등록한 것으로, 당시 청구법인은 건설임대와 매입임대의 구분을 몰라서 지방자치단체에서 임대사업자 등록을 처리해 준 것이 맞는 것으로 믿고 있었던바, 실질적으로는 쟁점주택을 직접 건설하여 임대한 건설임대사업자인 것이다. (다) 청구법인이 임대사업자 등록 당시 임대사업자의 등록말소 관련 구 임대 주택법 제15조 에는 거짓, 부정, 등록기준 미비, 매각제한, 명령, 처분 위반, 기타 등에만 등록을 말소할 수 있다고 되어 있어, 임대의무기간 경과 후에도 임대사업자가 등록말소를 신청하지 아니하면 말소가 될 수 없다. 즉, 의무임대기간 경과 후 자동말소 규정은 없었다. (라) 구 임대주택법이 2015.12.29. 민간임대주택법으로 변경되면서 단기임대주택(의무임대기간 4년) 규정이 신설되었는데(제2조 제6호), 단기임대주택은 이 법령 시행 이후 등록 신청하는 사업자부터 적용하는 것으로, 청구법인은 2014년 12월에 등록하여 단기임대주택 의무임대기간이 4년인 사업자가 아니어서 종전 법령대로 청구법인이 말소 신청하는 경우에만 말소가 가능하다. (마) 또한, 민간임대주택법은 2018.7.17. 제2조 제5호에 장기일반민간임대주택(10년), 제6호에 단기민간임대주택(4년)으로 개정되었다가 2020.8.18. 제2조 제6호의 단기민간임대주택(4년)이 삭제되었다. (바) 구 임대주택법에는 의무임대기간 종료에 따른 등록말소 규정이 없었고, 2020.8.18. 민간임대주택법이 개정되면서 제6조 제5항에 “종전의 민간임대주택법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다”라는 규정이 신설되었다. (사) 쟁점주택은 민간매입임대주택(5년)으로서 2020.8.18. 개정된 민간임대주택법 제2조 제6호 의 단기민간임대주택(4년)에 해당되지 아니함에도 착오로 말소돤 것으로 보인다. (아) 따라서, 실질적으로 쟁점주택은 종합부동산세법 시행령 제3조 (합산배제 임대주택) 제1항 제2호에서 규정한 민간임대주택법 제2조 제3호 에 따른 매입임대주택으로서, 2018.3.31. 이전에 등록된 임대주택이므로, 합산배제되어 이 건 처분은 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 종합부동산세법 제8조 (과세표준) 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조은 합산배제 임대주택의 요건으로, “ 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다) 또는 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택”으로 규정하고 있는데, 청구법인은 2021.1.29. 관할 지방자치단체인 서초구청의 임대사업자 등록이 자동말소 됨에 따라, 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 합산배제 임대주택 요건을 충족하지 아니하고, 임대사업자 등록이 말소된 경우 실질적으로 계속 임대하고 있더라도 합산배제 임대주택에 해당한다고 볼 수 없으며(심사종부 2022-36, 2022.3.30. 참조), 민간임대주택법에서는 자동말소에 따른 구제에 대하여 별도의 경과규정을 두고 있지 아니하고, 쟁점주택의 등록말소는 민간임대주택법 제6조 제5항 에 의하여 직접 이루어진 것이므로 별도의 처분 또는 통지가 필요하다고 보이지 아니하는 점(조심 2022서1437, 2022.5.12. 같은 뜻임)에 비추어, 이 건 처분이 관련 법령을 위반한 사정은 나타나지 아니한다. 이를 종합하여 볼 때, 관할 지방자치단체의 임대사업자 등록말소가 명백하게 위법·무효라고 볼 만한 명확한 근거가 없고, 조세법의 영역에 있어서는 국가가 조세·재정정책을 탄력적·합리적으로 운용할 필요성이 매우 큰 만큼 조세에 관한 법규·제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점에서 납세의무자로서는 구법 질서에 따른 신뢰를 바탕으로 적극적으로 새로운 법률관계를 형성하였다 등의 특별한 사정이 없는 한 일반적으로 새로운 과세대상을 설정하거나 세율의 인상 또는 과세표준 산정방법을 변경하는 경우 등에 있어서 납세자가 애초의 법령이 계속 바뀌지 않을 것이라는 기대를 했다고 하더라도 이는 법적으로 보호되는 신뢰라고 보기 어려울 것이다(헌법재판소 2008.9.25. 선고 2007헌바74 결정 및 서울고등법원 2020.7.3. 선고 2019누67557 판결 등 참조). (2) 국세기본법 제26조의2 (국세의 부과제척기간)에 따라 국세의 부과제척기간 내 당초 결정 또는 경정에 오류가 있음을 발견하고 이러한 착오 과세를 바로잡아 과세한 처분은 신의성실 원칙에 위배되지 아니한다 할 것인바(조심 2011서1357, 2011.10.19. 외 다수), 2021년 귀속 종합부동산세를 결정한 이후, 등록말소 임대주택에 대한 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 종합 점검 결과, 기존 결정에 오류가 있음을 발견하고 부과처분한 것이 법적안정성, 예측가능성을 위반한 것이라 보기 어렵다.
(1) 종합부동산세법 제8조(과세표준) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.
1. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택 (2) 종합부동산세법 시행령 제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호 또는 제9호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 주택의 보유현황 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.
1. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택과 공공주택 특별법 제2조 제1호 의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 "건설임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 주택으로 한정한다.
2. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택과 공공주택 특별법 제2조 제1호 의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "매입임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 사업자등록등을 한 주택으로 한정한다.
(3) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.
③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.
(4) 민간임대주택에 관한 특별법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.
2. "민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.
3. "민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.
5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.
6. 삭제 <2020.8.18.>
7. “임대사업자”란 공공주택 특별법 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. 제6조(임대사업자 등록의 말소) ⑤ 종전의민간임대주택에 관한 특별법제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트(주택법제2조 제20호의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다. 부칙 <2020.8.18. 제17482호> 제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조 제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.
(1) 국세청 전산자료상 쟁점주택의 명세는 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점주택의 명세 (단위: ㎡)
○○○
(2) 처분청은 2021년 과세기준일 현재 쟁점주택을 종합부동산세 과세대상으로 보아 2021.11.17. 청구법인에게 종합부동산세 OOO원을 결정·고지하였다가, 청구법인이 2021.11.29. 쟁점주택에 대해 장기민간임대주택(10년)으로 재등록하고 2021.12.2. 합산배제 신고서를 제출한 것을 인정하여 2021.12.6. 당초 결정을 취소한 것으로 결의서상 확인된다.
(3) 청구법인은 정상적으로 임대사업을 진행하고 있다는 증빙으로 등록면허세 납부영수증 3매를 그 증빙으로 제출하였다.
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구법인은 처분청이 합산배제 신고를 인정한 당초 결정을 번복하고 쟁점주택을 합산배제 임대주택에서 제외하여 이 건 종합부동산세 등을 부과한 것은 신의성실의 원칙 등을 위반한 것이고, 청구법인이 서울특별시 서초구청의 일방적인 임대사업자등록 말소 이후에도 임대사업 등록면허세 등을 납부하는 등 실질적으로 계속하여 임대사업을 진행하고 있었음에도 쟁점주택을 합산배제 임대주택에서 제외한 것은 부당하다고 주장하나, 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따르면, 종합부동산세 합산배제가 적용되는 임대주택은 민간임대주택법 제2조 제7호 에 따라 주택임대사업 영위를 목적으로 관할 지방자치단체장에게 임대사업자등록을 한 자로서 과세기준일 현재 소득세법 또는 법인세법에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 임대하고 있는 주택이어야 하고(조심 2016부3139, 2016.10.26., 조심 2021서2042, 2021.6.21. 등 참조), 여기서 ‘임대업사업자등록을 한 자’는 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록뿐만 아니라 그 등록을 유효하게 유지하고 있을 것까지를 포함한다 할 것인바, 쟁점주택은 2021년 종합부동산세 과세기준일 현재 임대사업자 등록이 말소된 청구법인이 보유하고 있는 주택으로 법 소정의 합산배제 요건을 갖추었다고 보기 어려운 점, 청구법인의 임대사업자등록이 말소된 것은 2020.8.18. 개정된 민간임대주택법 제6조 제5항 에 의하여 직접 이루어진 것으로 지방자치단체장의 등록말소 처분의 존재나 효력 여하에 영향을 받는다고 보기 어렵고, 민간임대주택법과 종합부동산세법 부칙 등에서 민간임대주택에 대한 임대사업자등록의 자동말소에 따른 구제에 대하여 별도의 경과규정을 두고 있지 아니한 점, 처분청이 청구법인에게 종합부동산세를 과세하지 않겠다는 공적인 견해표명이 있었다거나 비과세 관행이 성립될 정도의 정황이 확인되지 않으므로 처분청이 등록말소 임대주택에 대한 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 점검 결과 기존 결정에 오류가 있음을 발견하고, 이를 바로 잡아 종합부동산세를 경정․고지한 것이 신의성실의 원칙에 위배되었다거나 법적안정성 및 예측가능성에 위배되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다(조심 2025서3155, 2025.11.4., 같은 뜻임).
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.