조세심판원 심판청구 부가가치세

쟁점재화가 당뇨병 진료용역의 공급에 부수되는 재화에 해당하므로 면세대상이라는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2025-서-2926 선고일 2025.11.11 조세심판원

쟁점재화는 쟁점병원과 분리된 별도 사업장에서 공급되고 있고, 당뇨병 환자들이 쟁점재화의 구매가 필수적으로 전제된다고 보기 어려우며 다수의 내과에서 쟁점재화를 병원이 아닌 별도 약국 등에서 구입하도록 안내하고 있는 등 거래 관행상 쟁점재화의 공급이 의료보건용역에 통상적으로 부수된다고 인정하기 어려움

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 내과 전문의(당뇨병 전문의)로서 OOO부터 서울특별시 OOO에서 ‘A’(이하 “쟁점병원”이라 한다)을 개설하여 부가가치세가 면제되는 의료보건용역을 제공하고 있고, 같은 장소 별도의 공간에서 ‘B’(이하 “쟁점사업장” 이라 한다)이라는 상호로 의료기기 소매업을 영위하고 있으며, 쟁점사업장에서 발생한 매출과 관련 매입에 대하여 부가가치세를 신고·납부하였다.
  • 나. 청구인은 2024.8.7. 쟁점사업장에서 판매하는 혈당측정기 및 당뇨병 소모성 재료(이하 “쟁점재화”라 한다)가 쟁점병원에서 제공하는 면세 의료용역에 통상적으로 부수되는 재화의 공급에 해당한다며, 2019년 제2기부터 2023년 제2기까지 부가가치세 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 하였고, 처분청은 2024.10.28. 쟁점재화가 의료용역의 공급에 부수되는 재화에 해당하지 않는다며 이를 거부하였다. <표1> 쟁점사업장의 부가가치세 신고 및 경정청구 내역

○○○

  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.1.23. 이의신청을 거쳐, 2025.7.2. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 당뇨병은 지속적인 치료와 관찰이 필요한 질병으로, 당뇨병 전문의가 당뇨병 관련 의료기기를 판매하는 것은 당뇨병의 치료와 관찰에 통상적으로 부수되는 재화의 공급에 해당하므로 부가가치세 면세대상이다.

(1) 처분청은 쟁점재화가 당뇨 치료행위에 도움이 되는 의료기기이나 통상적으로 부수되는 재화에는 해당하지 않는 것으로 판단하여 이의신청을 기각하였으나, 부가가치세법 제14조 제1항 제2호 에 따르면, “거래의 관행으로 보아” 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역에 대해서는 주된 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다라고 규정하고 있다. 처분청에서는 관내 대형 내과 4곳 등에 거래의 관행을 파악하여, 혈당측정기기는 통상적으로 당뇨병 치료 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화가 아니라고 판단하였으나, 이는 협소한 해석이다.

(2) 한편, 부가가치세법 제26조 제2항 은 면세되는 재화·용역의 공급에 통상적으로 부수되는 재화·용역의 공급은 면세 공급에 포함되는 것으로 본다고 규정하고 있는데, 이때는 제14조 제1항 제2호와 달리 “거래의 관행상”이라는 문구가 없다. 이는 제14조의 경우에는 동종 업종을 영위하는 다른 사업자들의 행위에서의 통상성을 말하는 것이고, 제26조의 경우에는 개별 사업자의 진료행위에 있어서의 통상성을 말하는 것으로 다르게 해석해야 할 것이다.

(3) 청구인은 의료기기법에 따라 별도의 사업자등록을 하였더라도, 쟁점사업장은 청구인에게 소속된 하나의 조직일 뿐이고, 그 위치 또한 쟁점병원과 동일하다. 따라서 당뇨병 전문의원이 통상적으로 혈당측정기기를 판매하는 관행이 존재하는지 여부와 무관하게, 부가가치세법 제26조 제2항 에 따라 쟁점재화는 당뇨병 진료용역에 통상적으로 부수되는 재화로 보아야 한다.

  • 나. 처분청 의견 쟁점재화는 당뇨치료행위에 도움이 되는 의료기기이나, 쟁점병원에서 제공되는 의료용역에 통상적으로 부수되는 재화에는 해당하지 않는다.

(1) 의약품(약국 개설자만 판매 가능), 의약외품(자격 제한 없이 온라인·오프라인 판매 가능), 의료기기법 제2조 제1항 의 의료기기 등은 진료·치료 행위에 도움을 주는 재화일 수 있으나, 판매 및 취급 여부는 각 개별법에서 제한하고 있으며, 부가가치세법에서는 원칙적으로 과세 대상으로 규정하고 있다. 의료기기의 판매는 별도의 자격 제한 없이 의료기기법상 요건을 갖추어 관할 시·군·구청에 영업소 신고를 하면 누구나 가능하고, 의사의 처방전 없이도 구입할 수 있다. 청구인은 의료법상 병·의원 내에서 내원 환자를 대상으로 직접 당뇨혈당기기를 판매할 수 없어, 병원 내 별도의 판매장을 마련하여 의료기기 판매업 신고를 득한 후 판매하고 있는바, 이는 일반 의료기기 소매업자와 동일한 요건에서 수익사업을 영위하는 것이므로, 면세를 주장할 이유가 없다. (2) 부가가치세법 제12조 제3항 은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 ‘필수적으로 부수되는’ 재화 또는 용역의 공급을 부가가치세 면세 대상으로 규정하고 있다. 여기서 ‘필수적 부수성’의 사전적 의미는 재화 또는 용역의 공급을 위해서 ‘반드시 있을 수밖에 없는 또는 그에 따를 수밖에 없는’이라는 의미로 볼 수 있다. 당뇨병 치료에 있어 당뇨혈당기기가 치료에 도움을 줄 수 있는 의료기기이지, 없으면 치료가 불가능한 반드시 있어야 하는 재화로 보기 어렵다. 이에 관한 예규·판례에서도 필수적 부수성을 엄격하게 해석하고 있다. [법규부가 2012-296, 2012.8.8.] 대장내시경 검사 시 건강기능식품으로 분류된 유산균제품이 대장내시경 검사를 하기 위해 필수적으로 선행되는 대장정결제로 사용된 후 그 가격이 대장내시경 검사비용에 포함된 경우 해당 유산균제품은 「의료법」 에 따른 의사가 제공하는 의료보건용역에 필수적으로 부수되는 재화에 해당되는 것으로 「부가가치세법」 제12조제3항 에 따라 부가가치세가 면제되는 것임 [서면3팀-3307, 2006.12.29.] 의료법의 규정에 의한 의료기관이 부가가치세가 면제되는 의료보건용역을 공급하면서 입원환자에게 제공하는 음식용역은 주된 거래인 용역의 공급에 부수하여 공급되는 용역으로 부가가치세가 면제되는 것임 [서울고등법원 2019.7.17. 선고 2019누31541 판결] 병원의 주차용역은 의료용역의 공급에 통상적으로 부수되어 공급되거나 우연히 또는 일시적으로 공급되는 면세용역이라고 볼 수 없음 [부가가치세과-850, 2013.9.17.] 의사가 병원내 내원환자들(고혈압, 당뇨환자) 중 신청자들 대상으로 자연치유교육과 건강체크프로그램 등을 별도로 제공하고 대가를 수령하는 경우에는 부가가치세가 면세되는 의료보건용역, 교육용역의 범위에 포함되지 아니하는 것임 <관련 예규 등>

(3) 서울고등법원 2012.12.7. 선고 2011누24820 판결에서 통상적인 부수재화에 해당여부를 확인하고자 법원에서 직접 다수의 장례식장에 사실조회를 실시하여 각 장례식장에서는 장의용역을 제공하면서 동시에 빈소를 찾는 조문객들에게 조문에 필요한 범위 내에서 음식물등을 공급하고 있는 사실을 확인하여 통상적인 용역의 범위내로 인정한 바가 있다. 따라서 청구인 주장대로 당뇨혈당기기가 진료행위에 통상적으로 부수되는 재화라면 국내 대형병원, 대학병원, 일반병원에서도 환자들에게 당뇨혈당기기 등을 반드시 처방하고 판매해야 하나, 실제로는 환자들이 필요시 처방전을 받아 약국이나 의료기기 판매업장에서 별도로 구입하도록 하고 있다. 처분청이 관내 대형 내과 5곳에 확인한 결과, 병원에서 판매를 하지 않고 있으며 약국에서 구입하라는 안내를 하였다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점재화가 당뇨병 진료용역의 공급에 부수되는 재화에 해당하므로 면세 대상이라는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령 (1) 부가가치세법 제14조(부수재화 및 부수용역의 공급) ① 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수되어 공급되는 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 주된 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

1. 해당 대가가 주된 재화 또는 용역의 공급에 대한 대가에 통상적으로 포함되어 공급되는 재화 또는 용역

2. 거래의 관행으로 보아 통상적으로 주된 재화 또는 용역의 공급에 부수하여 공급되는 것으로 인정되는 재화 또는 용역

② 주된 사업에 부수되는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급은 별도의 공급으로 보되, 과세 및 면세 여부 등은 주된 사업의 과세 및 면세 여부 등을 따른다.

1. 주된 사업과 관련하여 우연히 또는 일시적으로 공급되는 재화 또는 용역

2. 주된 사업과 관련하여 주된 재화의 생산 과정이나 용역의 제공 과정에서 필연적으로 생기는 재화 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세) ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액

② 제1항에 따라 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 통상적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 그 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다. (2) 부가가치세법 시행령 제35조(면세하는 의료보건 용역의 범위) 법 제26조 제1항 제5호에 따른 의료보건 용역은 다음 각 호의 용역(의료법또는수의사법에 따라 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.

1. 의료법에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사 또는 간호법에 따른 간호사가 제공하는 용역. 다만, 국민건강보험법제41조제4항에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 다음 각 목의 진료용역은 제외한다.

  • 가. 쌍꺼풀수술, 코성형수술, 유방확대·축소술(유방암 수술에 따른 유방 재건술은 제외한다), 지방흡인술, 주름살제거술, 안면윤곽술, 치아성형(치아미백, 라미네이트와 잇몸성형술을 말한다) 등 성형수술(성형수술로 인한 후유증 치료, 선천성 기형의 재건수술과 종양 제거에 따른 재건수술은 제외한다)과 악안면 교정술(치아교정치료가 선행되는 악안면 교정술은 제외한다)
  • 나. 색소모반·주근깨·흑색점·기미 치료술, 여드름 치료술, 제모술, 탈모치료술, 모발이식술, 문신술 및 문신제거술, 피어싱, 지방융해술, 피부재생술, 피부미백술, 항노화치료술 및 모공축소술 4.약사법에 따른 약사가 제공하는 의약품의 조제용역 (3) 의료기기법 제2조(정의) ① 이 법에서 "의료기기"란 사람이나 동물에게 단독 또는 조합하여 사용되는 기구·기계·장치·재료 또는 이와 유사한 제품으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 제품을 말한다. 다만,약사법에 따른 의약품과 의약외품 및장애인복지법제65조에 따른 장애인보조기구 중 의지·보조기는 제외한다.

1. 질병을 진단·치료·경감·처치 또는 예방할 목적으로 사용되는 제품 제17조(판매업 등의 신고) ① 의료기기의 판매를 업으로 하려는 자(이하 "판매업자"라 한다) 또는 임대를 업으로 하려는 자(이하 "임대업자"라 한다)는 영업소마다 총리령으로 정하는 바에 따라 영업소 소재지의 특별자치도지사, 시장ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 판매업신고 또는 임대업신고를 하여야 한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에 따른 신고를 하지 아니할 수 있다.

4. 총리령으로 정하는 임신조절용 의료기기 및 의료기관 외의 장소에서 사용되는 자가진단용 의료기기를 판매하는 경우 제18조(판매업자 등의 준수사항) ① 이 법에 따라 의료기기를 판매하거나 임대할 수 있는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 영업소에서의 의료기기 품질 확보방법과 그 밖에 판매질서 유지에 관한 사항을 지켜야 한다.

(4) 의료법 제49조(부대사업) ① 의료법인은 그 법인이 개설하는 의료기관에서 의료업무 외에 다음의 부대사업을 할 수 있다. 이 경우 부대사업으로 얻은 수익에 관한 회계는 의료법인의 다른 회계와 구분하여 계산하여야 한다.

1. 의료인과 의료관계자 양성이나 보수교육

2. 의료나 의학에 관한 조사 연구

3. 노인복지법 제31조제2호 에 따른 노인의료복지시설의 설치·운영

4. 장사 등에 관한 법률 제29조제1항 에 따른 장례식장의 설치·운영

5. 주차장법 제19조제1항 에 따른 부설주차장의 설치·운영

6. 의료업 수행에 수반되는 의료정보시스템 개발·운영사업 중 대통령령으로 정하는 사업

7. 그 밖에 휴게음식점영업, 일반음식점영업, 이용업, 미용업 등 환자 또는 의료법인이 개설한 의료기관 종사자 등의 편의를 위하여 보건복지부령으로 정하는 사업

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 사업자 등록내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 청구인의 사업자 등록내역

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(2) 처분청 답변서에 따르면, 혈당측정기는 2014.10.20.부터 의료기기로 지정되어 약국과 의료기기 판매업소에서 처방전 없이 구입할 수 있었으나, 2020.1.1. 이후 의료급여법령 개정에 따라 의료급여 지원을 받기 위해서는 내과·가정의학과·소아청소년과 전문의의 처방전이 필요하며, 이 경우 약국 또는 의료기기 판매업소에서 구입한 후 시·군·구청에 요양비를 신청해야 하는 것으로 나타난다. <판매흐름도>

○○○

(3) 쟁점사업장 및 쟁점재화와 관련한 자료는 아래와 같다. (가) 쟁점사업장의 과세기간별 주요 매입처 및 주요 매입품목은 <표3>과 같고, 매출에 대한 세부자료는 제시되지 아니하였으나, 청구주장에 따르면 쟁점재화의 판매에 대한 것으로 보인다. <표3> 매입처 및 매입품목

○○○ (나) 이의신청결정서에 기재된 쟁점재화에 대한 설명은 아래와 같다. <식품의약품안천처 블로그에 게재된 개인용 혈당측정기 안내>

○○○ (다) 쟁점사업장은 쟁점병원 내에 별도로 구분된 ‘당뇨교육실’(당뇨병 소모성 재료 전문판매점)에 있고, 당뇨교육실에서 의료기기 사용법, 운동, 식이요법 등을 교육하고 있음이 청구인이 운영하는 블로그를 통해 확인된다. <쟁점사업장 모습>

○○○

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 당뇨병 전문의가 당뇨병 관련 의료기기를 판매하는 것은 당뇨병의 치료와 관찰에 통상적으로 부수되는 재화의 공급에 해당하므로 쟁점재화는 부가가치세 면세대상이라고 주장하나, 쟁점재화는 혈당측정기기와 당뇨병 관리에 필요한 소모성 재료로, 쟁점병원에서 제공되는 의료보건용역과 분리된 별도 사업장에서 공급되고 있고, 그 대가 역시 별도로 수수하고 있는 점, 당뇨병 진료·치료용역의 제공이 쟁점재화의 구매를 필수적으로 전제한다고 보기 어렵고, 진료·치료용역을 제공받은 환자들이 쟁점재화를 쟁점사업장에서 구매할 것인지 약국이나 의료기기 판매점에서 별도로 구매할 것인지 여부는 선택사항으로 보이며, 반대로 쟁점병원에서 진료·치료용역을 제공받지 아니한 자도 쟁점사업장에서 쟁점재화를 구매할 수 있는 것으로 보이는 점, 처분청의 조사내용에 따르면, 문의한 다수의 내과에서 쟁점재화를 병원 내에서 판매하지 아니하고, 환자에게 외부 구입을 하도록 안내하고 있는 것을 보면, 거래의 관행상 쟁점재화의 공급이 의료보건용역의 공급에 통상적으로 부수된다고 인정하기 어렵고, 그 외 통상성을 뒷받침할 자료도 제시되지 아니한 점 등에 비추어 처분청이 쟁점재화를 쟁점병원에서 제공되는 의료용역에 통상적으로 부수되는 재화에 해당하지 않는 것으로 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

심판청구를 기각한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)