(4) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토 지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득
- 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
- 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 (5) 소득세법 시행령 제154조(1세대1주택의 범위) ⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다 제155조(1세대1주택의 특례) ② 상속받은 주택[조합원입주권 또는 분양권을 상속받아 사업시행 완료 후 취득한 신축주택을 포함하며, 피상속인이 상속개시 당시 2 이상의 주택{상속받은 1주택이 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 재개발사업(이하 “재개발사업”이라 한다), 재건축사업(이하 “재건축사업”이라 한다) 또는 「빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법」에 따른 소규모재건축사업, 소규모재개발사업, 가로주택정비사업, 자율주택정비사업(이하 “소규모재건축사업등”이라 한다)의 시행으로 2 이상의 주택이 된 경우를 포함한다}을 소유한 경우에는 다음 각 호의 순위에 따른 1주택을 말한다]과 그 밖의 주택(상속개시 당시 보유한 주택 또는 상속개시 당시 보유한 조합원입주권이나 분양권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택만 해당하며, 상속개시일부터 소급하여 2년 이내에 피상속인으로부터 증여받은 주택 또는 증여받은 조합원입주권이나 분양권에 의하여 사업시행 완료 후 취득한 신축주택은 제외한다. 이하 이 항에서 “일반주택”이라 한다)을 국내에 각각 1개씩 소유하고 있는 1세대가 일반주택을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 다만, 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 1세대인 경우에는 1주택을 보유하고 1세대를 구성하는 자가 직계존속(배우자의 직계존속을 포함하며, 세대를 합친 날 현재 직계존속 중 어느 한 사람 또는 모두가 60세 이상으로서 1주택을 보유하고 있는 경우만 해당한다)을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침에 따라 2주택을 보유하게 되는 경우로서 합치기 이전부터 보유하고 있었던 주택만 상속받은 주택으로 본다(이하 제3항, 제7항 제1호, 제156조의2 제7항 제1호 및 제156조의3 제5항 제1호에서 같다).
- 나. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제출한 자료에 따르면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 쟁점상속주택의 토지 등기사항전부증명서에 따르면, 토지 면적은 86㎡로, 1979.5.4. 청구인시부 명의로 소유권이전등기(등기원인: 1957.1.30. 매매)가 마쳐졌고, 2009.4.29. 청구인배우자 명의로 소유권이전등기(등기원인: 2009.3.31. 협의분할에 의한 상속)가 마쳐졌다. (나) 쟁점상속주택의 건물 등기사항전부증명서에 따르면, 2001.6.5. 청구인시부 명의로 소유권보존등기가 마쳐졌고, 2009.4.29. 청구인배우자 명의로 소유권이전등기(등기원인: 2009.3.31. 협의분할에 의한 상속)가 마쳐졌다. (다) 쟁점상속주택의 말소일반건축물대장에 따르면, 구 쟁점상속주택은 단층, 연면적 29.75㎡로 2001.5.19. 철거되었고, 현 일반건축물대장에 따르면, 신축된 쟁점상속주택은 1층 연와조, 연면적 51.57㎡로 2001.5.17. 사용승인되었으며, 2003.11.13. 2층 50.67㎡가 증축된 것으로 나타난다. (라) 청구인의 주민등록초본에 따르면, 청구인은 1973.3.29. 청구인시부의 세대원으로 편입된 후 1979.5.8. 쟁점상속주택으로 함께 전입하였고, 청구인시부가 사망한 이후 2009.3.31. 주소지 변동 없이 청구인배우자의 세대원으로 변동되었다. (마) 청구인장남(1975년생)의 주민등록초본 및 자녀의 출생신고서에 따르면, 청구인장남은 1975.4.22. 청구인시부의 세대원으로 편입된 후 1979.5.8. 쟁점상속주택으로 함께 전입하였고, 2002.1.28. 쟁점분가주택으로 분가하여 전입하였으며, 2002.4.24.을 출생일로 하고 주소지를 쟁점분가주택으로 하여 자녀 c에 대한 출생신고를 한 후, 2003.7.1. 청구인이 소유하고 있던 이 사건 주택으로 전입하였고, 이 사건 주택이 양도되기 전인 2023.10.31. 경기도 OOO로 전입한 것으로 나타난다. (가) 청구인의 장녀 h(1973년생) 및 차남 i(1976년생)의 주민등록초본에 따르면, 두 사람 모두 1979.5.8. 청구인시부의 세대원으로 쟁점상속주택에 전입하였다가, 청구인의 장녀는 1996.6.14. 배우자의 세대원으로 경기도 수원시로 전입하고, 청구인의 차남은 2008.8.29. 서울특별시 동작구 상도동으로 전입하였다. (바) 청구인이 제출한 쟁점분가주택의 폐쇄 등기사항전부증명서에 따르면, 쟁점분가주택은 1990.2.19. e 명의로 소유권이전등기(등기원인: 1990.2.1. 매매)가 마쳐졌고, 2000.3.13. f 명의로 소유권이전등기(등기원인: 1999.12.24. 협의분할에 의한 상속)가 마쳐진 것으로 나타나며, 2005.10.12. 근저당권자를 OOO로 하여 채권최고액 OOO원의 근저당권이 설정된 것으로 나타난다. (사) 청구인은 이 사건 주택을 1997.7.3. 취득하고, 2023.11.17. 양도한 후, 일반세율을 적용하여 양도소득세를 신고하였다가, 1세대1주택 특례를 적용하여 경정청구를 제기하였고, 처분청은 이를 거부하였다. (아) 청구인은 1986∼2000년 기간 중 청구인이 거주하고 있던 쟁점분가주택에 방문하였다는 내용으로 작성된 다수(3명)의 인우보증서를 제출하였고, 2025.9.11. 개최된 조세심판관회의에 참석하여 해당 작성자들의 주민등록초본을 제시하며 인우보증서 작성자들은 쟁점분가주택 인근에 거주하였던 자들로 전화진술이 필요하다면 당시 청구인 가족이 쟁점분가주택에 거주하였던 상황을 설명할 수 있으며, 청구인의 배우자가 11대 독자로 쟁점상속주택 인근으로 분가하였어도 주민등록상 세대분가까지 할 생각은 못하였다고 진술하였다. (1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 청구인세대가 청구인시부와 분가하였다가 다시 합가하였다는 주장을 별도의 객관적 증빙이 없다는 이유로 받아들이기 어렵다는 의견이나, 현재의 쟁점상속주택이 신축되기 전 멸실된 구 쟁점상속주택은 단층에 연면적 29.75㎡로 청구인의 시부모, 시누이, 청구인 부부 및 청구인의 자녀 3명(총 8명)이 함께 거주하기에는 현실적인 어려움이 있었을 것으로 보여 청구인의 자녀들이 10∼13세가 되던 1986년경 자녀들이 다니던 초등학교 후문 인근으로 분가를 하였다는 청구주장에 수긍이 가는 점, 청구인의 장녀는 1996.6.14. 출가하였고, 청구인의 장남은 2002.1.28. 쟁점분가주택으로 전입한 후 2002.4.24.자로 딸에 대한 출생신고를 하고 2003.7.1. 이 사건 주택으로 전입하였는바, 청구인 가족이 쟁점분가주택에 거주하다가 장녀의 출가, 장남의 별도 세대구성 등으로 장남의 세대를 쟁점분가주택에 남겨둔 후 청구인 부부와 차남이 쟁점상속주택으로 청구인시부와 합가하고, 이후 청구인장남의 세대를 2003.7.1. 청구인이 소유한 이 사건 주택에 거주하게 한 것으로 보이는 점, 일반건축물대장상 쟁점상속주택은 2001년 5월경 구 쟁점상속주택이 철거된 후, 연면적 21.82㎡가 늘어난 규모로 신축되었다가, 2003.11.13. 2층 연면적 50.67㎡가 증축되었는바, 청구인과 청구인시부가 합가한 것이 아니라면, 청구인의 자녀들이 성인이 되어 출가하고 있는 시기에 굳이 쟁점상속주택을 더 큰 규모로 신축하거나 증축할 이유가 없었던 것으로 보이는 점, 이 사건 주택을 양도한 시점은 청구인이 청구인시부와 합가를 하였다고 주장하는 시점(2000년경)으로부터 20년 이상이 경과하였고 재개발이 진행되어 쟁점분가주택과 그 주변은 철거되어 당시 주거환경의 흔적을 찾기 불가능한 상황에서 쟁점분가주택에서 거주하였다는 객관적인 증빙의 제출을 기대하기 어려운 점, 주민등록초본에 의하여 1980∼2000년 당시 쟁점분가주택 인근에서 거주한 것으로 나타나는 당시 청구인 및 청구인 장남의 지인들이 청구인이 거주하던 쟁점분가주택을 방문하였다는 취지의 인우보증서를 제출하고 당시 상황을 설명하기 위해 필요하다면 조세심판관회의에서 인우보증자들의 전화진술까지 가능하다고 진술한 점에서 인우보증서의 내용에 신빙성이 있어 보이는 점, 청구인과 청구인장남은 2025.9.11. 개최된 조세심판관회의에 참석하여 당시 거주상황을 구체적이고 일관되게 진술한 점 등에 비추어 청구인이 청구인시부 세대로부터 분가를 하였다가 이 사건 주택을 취득한 후 청구인시부와 세대를 합침에 따라 2주택을 보유하게 되는 경우에 해당한다고 봄이 상당하므로, 이 사건 주택의 양도에 대하여는 1세대1주택의 비과세 특례를 적용하는 것이 타당하다고 판단된다.