쟁점주택은 관리처분계획인가에 따라 쟁점조합원입주권으로 전환된 것으로 봄이 타당하고, 청구인이 관리처분계획인가 이후에도 쟁점주택에서 계속 거주하였다는 사정만으로 쟁점조합원입주권의 양도가 아닌 쟁점주택의 양도로 볼 수는 없으며, 소득세법 제95조 제2항 본문에서 조합원입주권을 양도하는 경우에는 관리처분계획인가 전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용한다고 규정하고 있는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨
쟁점주택은 관리처분계획인가에 따라 쟁점조합원입주권으로 전환된 것으로 봄이 타당하고, 청구인이 관리처분계획인가 이후에도 쟁점주택에서 계속 거주하였다는 사정만으로 쟁점조합원입주권의 양도가 아닌 쟁점주택의 양도로 볼 수는 없으며, 소득세법 제95조 제2항 본문에서 조합원입주권을 양도하는 경우에는 관리처분계획인가 전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용한다고 규정하고 있는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 청구인은 1997.12.9. 쟁점주택을 취득한 후 1998.9.10.부터 거주하기 시작하여 양도 직전인 2023.11.17.까지 약 25년 2개월을 거주하였다.
(2) 청구인은 주택재건축정비사업이 장기간 지체되어, 쟁점주택과 관련한 관리처분계획의 인가기준일(2017.11.3.) 이후에도 6년을 거주하다가 사정상 2023.11.17. 서울특별시 서초구 OOO로 전출하였다.
(3) 청구인은 관리처분계획의 인가일 이후에도 쟁점주택을 사실상 주거용으로 계속하여 사용하였는바, 보유기간과 거주기간을 합산하는 장기보유특별공제율 80%를 적용하여야 할 것임에도 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 위법․부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 소득세법 제89조 (비과세 양도소득) 제1항 제4호 및 제2항은 조합원입주권을 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위라고 규정하고 있다. 또한, 소득세법 제95조 (양도소득금액과 장기보유특별공제액) 제2항은 장기보유특별공제액을 본문과 단서 조항으로 규정하고 있고, 본문에서는 그 대상을 부동산(토지 또는 건물)과 부동산을 취득할 수 있는 권리 중 조합원입주권으로 제한하고, 조합원입주권의 경우 도시 및 주거환경정비법에 따른 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정하고 있다.
(2) 조세심판원은 관리처분계획인가일 이후에는 부동산이 부동산을 취득할 수 있는 권리로 전환되므로 별도의 규정이 없는 한 원칙적으로 이를 부동산과 동일한 것으로 보기 어렵고, 재건축 관리처분계획 인가 전에 발생한 양도차익에 대하여만 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 일관된 입장을 가지고 있다(조심 2022서8052, 2023.3.9. 외 다수). 또한, 법원은 “장기보유특별공제는 물가상승에 따른 명목소득의 상승도 포함되어 있는 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위하여 마련된 제도라는 점에 비추어 볼 때, 입법자는 이 사건 괄호 규정의 신설 당시 조합원입주권에 대하여는 양도차익 중 재개발ㆍ재건축에 따른 개발이익을 장기보유특별공제 대상에서 제외하기 위하여 그 적용대상이 되는 양도차익의 범위를 관리처분계획인가 전으로 한정한 것으로 보이고, 이는 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권이라고 하여 달리 볼 수 없다”고 판단한바 있다(수원지방법원 2017.11.24. 선고 2017구단8181 판결).
(3) 청구인은 주택재건축정비사업 관리처분계획의 인가기준일(2017.11.3.) 이후에도 장기간 사업이 지체되어 양도 직전인 2023.11.17.까지 6년을 더 거주하여 사실상 주택의 양도에 해당한다고 주장하는데, 관리처분계획인가일 이후에는 기존 주택이 신규 주택을 취득할 수 있는 권리로 전환되므로 기존 주택이 멸실되지 않고 거주한 사실이 있더라도 기존 주택의 멸실 여부와 관계없이 주택이 아닌 조합원입주권을 양도한 것으로 보아야 하고, 관리처분계획인가일 이후 멸실되기 전 기간을 통산하여 장기보유특별공제 적용하는 것은 아니며, 기존 건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분인가일까지의 기간에 대하여만 보유기간별 공제율을 적용하는 것이다(사전-2025-법규재산-347, 2025.5.29.).
(4) 조세심판원은 멸실되지 않고 주택의 상태로 양도한 조합원입주권에 대하여 “쟁점자산이 쟁점조합에 제공되어 관리처분계획인가를 받았고, 해당 효력이 소멸된 바가 없는 이상 조합원입주권이 주택으로 다시 환원된 것으로 볼 수 없다고 판단하고 쟁점자산의 관리처분계획인가일까지의 양도차익만 장기보유특별공제대상으로 보아 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다”고 결정한 바 있다(조심 2023서65, 2023.6.5.).
(5) 관리처분계획인가일 이후에는 기존 주택이 신규 주택을 취득할 수 있는 권리로 전환되므로 소득세법상 별도의 규정이 없는 한 원칙적으로 이를 기존 주택과 동일한 것으로 보기 어렵고, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다고 할 것이다(조심 2022서8052, 2023.3.9.).
(1) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
4. 조합원입주권을 1개 보유한 1세대[ 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획의 인가일 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주택의 철거일) 현재 제3호가목에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대]가 다음 각 목의 어느 하나의 요건을 충족하여 양도하는 경우 해당 조합원입주권을 양도하여 발생하는 소득. 다만, 해당 조합원입주권의 양도 당시 실 지거래가액이 12억원을 초과하는 경우에는 양도소득세를 과세한다.
1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득
2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득
② 제1항에서 "장기보유 특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익(조합원입주권을 양도하는 경우에는 도시 및 주거환경정비법 제74조 에 따른 관리처분계획 인가 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제29조 에 따른 사업시행계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익으로 한정한다)에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금 액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표 2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 같은 표에 따른 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다. (2) 소득세법 시행령 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다. 이하 이 항에서 같다) 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다. 제159조의4(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서 및 같은 조 제5항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 각각 1세대가 양도일(주택의 매매계약을 체결한 후 해당 계약에 따라 주택을 주택 외의 용도로 용도변경하여 양도하는 경우에는 해당 주택의 매매계약일을 말한다) 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조 제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 해당 주택에 거주한 공동상속인 중 그 거주기간이 가장 긴 사람이 거주한 기간으로 판단한다.
(1) 청구인은 당초 관리처분계획인가 전 양도차익 OOO원에 대해 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 OOO원을 장기보유특별공제액으로 양도소득세를 신고하였으나, 이후 전체 양도차익 OOO원에 대해 장기보유특별공제율 80%를 적용하여 OOO원을 장기보유특별공제액으로 하여 OOO원의 양도소득세가 환급되어야 한다며 처분청에 경정청구를 한 것으로 확인된다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점조합원입주권 양도와 관련하여 관리처분계획인가일 전․후의 모든 양도차익에 대해 장기보유특별공제를 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점주택은 관리처분계획인가에 따라 쟁점조합원입주권에 해당하게 되었다고 봄이 타당하고, 청구인이 관리처분계획인가 이후에도 쟁점주택에서 계속 거주하였다는 사정만으로 쟁점조합원입주권의 양도가 아닌 쟁점주택의 양도로 볼 수는 없으며, 소득세법 제95조 제2항 본문에서 조합원입주권을 양도하는 경우에는 관리처분계획인가 전 양도차익에 대해서만 장기보유특별공제를 적용한다고 규정하고 있는 점 등에 비추어, 상기와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.