쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점건물의 취득에 든 실지거래가액을 확인할 수 없는 정도의 매매계약서, 영수증 기타 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비된 경우로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점건물의 취득가액을 청구인 등이 부가세 신고 시 제출한 세금계산서 등을 통해 확인된 금액을 실지거래가액으로 하여 청구인에게 한 이 건 처분에 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨 쟁점②에 대하여 살피건대, 소득세법 시행령상 양수인이 지출하는 명도비용에 대하여는 별도로 규정하고 있지 않아 필요경비로 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인의 종합소득세 신고서상 쟁점명도비용과 건설자금이자 상당액을 쟁점건물의 취득가액에 포함하여 산정된 감가상각비를 계속적으로 사업소득 필요경비로 계상하였음이 확인되는 점 등에 비추어 이 건 처분에 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
○○○
- 라. AAA지방국세청장은 2024.6.5.부터 2024.6.25.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시하였고, 청구인이 쟁점토지와 쟁점건물의 양도소득세를 신고함에 있어 당초 쟁점토지는 실지거래가액으로 취득가액을 신고하면서 쟁점건물은 환산가액으로 신고를 하였으나, 청구인과 공동사업자들이 쟁점건물을 신축하면서 세금계산서를 수취한 후, 부동산임대업에 대한 부가가치세를 신고 시 고정자산 매입금액으로 신고한 사실을 확인하여 청구인의 당초 신고내용을 부인하고, 쟁점건물의 취득가액을 실지거래가액으로 하여 2021년 귀속 양도소득세를 경정하도록 처분청에 처분지시함에 따라 처분청은 2025.1.9. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원 을 경정·고지(이하 “당초 처분”이라 한다)하였다. <표> 쟁점건물 취득가액에 대한 경정 내역 (단위:천원)
○○○
- 마. 청구인은 이에 불복하여 2025.1.15. 이의신청을 거쳐, 2025.6.11. 심판청구를 제기하였다.
(2) 설령 쟁점건물의 취득가액을 환산가액이 아닌 실지거래가액으로 하더라도, 명도비용 OOO원(이하 “쟁점명도비용”이라 한다)이 포함된 장부가액이 취득가액으로 재계산되어야 한다. 쟁점건물의 취득가액을 환산가액이 아니라 장부가액에 의하여 결정하는 경우, 건물 신축공사를 원활하게 진행하기 위하여 기존 건물 임차인들에게 지급한 시설물 철거 보상비 및 임차계약기간 만료 전 퇴거에 대한 이사비용 지급액 등은 건물 신축비용의 일부이므로 건물취득가액에 포함되어야 한다. <표> 2007년 건설중인 자산 계정 중 일부 발췌 (단위: 원)
○○○ 건물 신축 당시 임대 중인 기존 건물에는 사업자등록이 된 6명의 사업자가 있었고, 이들 모두 시설비, 영업손실보상, 이사비용 등을 요구하며 퇴거를 거부하며 버티고 있어 원활한 공사 진행을 위하여 쟁점명도비용을 지급한 사실이 2007년 건축중인자산의 계정별 원장에서 확인된다. 일반기업회계기준 제16장 제33호(9)에서 제3자에 대한 보상금액은 공사직접원가로 인식하도록 규정되어 있고,국세기본법제20조는 세법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고 기업회계기준을 존중하여야 한다고 규정하고 있다. 따라서 기존 세입자에게 지급한 시설비, 영업손실보상비, 이사비용은 직접공사원가로 건물취득가액에 포함되어야 마땅하고, 이미 조세심판원에서도 같은 취지의 결정(조심 2024부2768, 2024.12.30.)을 내린바 있다. 한편 처분청은 ‘양도자가 매매계약에 따른 의무를 이행하기 위하여 부득이하게 지출하는 명도비용만 필요경비로 인정하는 것이지, 매도계약 내용이나 법적 의무 없이 지출하는 명도비용까지 인정하는 것은 아니다’는 의견이나 이는 매매과정에서 발생하는 명도비용에 적용하는 규정을 오해한 것이며, 건물 신축을 원활히 진행하기 위하여 지급한 제3자에 대한 보상은 신축건물에 대한 필요경비에 포함하여야 마땅하다.
(3) 설령 쟁점건물의 취득가액을 환산가액이 아닌 실지거래가액으로 하더라도, 실지거래가액 산정 시 차감되는 감가상각비 중, 장부가액에서 취득가액에 포함되지 않는 부분(쟁점명도비용 OOO원, 건설자금이자 OOO원)에 대한 감가상각비는 취득가액에서 차감하는 감가상각비에서 제외되어야 한다. 청구인이 사업소득 신고 시 필요경비 산입한 감가상각비 기초자산은 아래와 같다. <표> 감가상각비 기초자산 명세 (단위: 원)
○○○ 청구인은 기업회계기준에 따라 건물 신축과정에서 발생한 임차인 시설, 영업손실보상비 등과 건설자금 이자를 자산으로 인식하고, 내용년수 40년, 정액법으로 매년 OOO원(=OOO원 ÷ 40년)씩 양도 시까지 13년간 OOO원을 감가상각했다. 소득세법제97조 제3항은 사업소득의 필요경비에 산입된 감가상각비를 양도소득금액 계산 시 취득가액에서 차감하도록 규정하고 있고, 이 규정의 취지는 필요경비로 산입된 감가상각비가 사업소득과 양도소득에서 이중공제를 배제하기 위한 규정이다. 따라서 양도소득 계산 시 취득가액에서 차감하는 감가상각비는 취득가액을 한도로 하여 그 취득가액에 대한 감가상각비를 의미한다. 나아가 취득가액에 포함되지 않은 자산에 대한 감가상각비를 취득가액에서 차감한다면 이중공제의 배제를 초과하여 취득가액 자체를 부당하게 감소시키는 결과가 된다. 이처럼 장부상 감가상각비를 계산하는 건물가액에 포함되어 있으나, 양도소득세 계산에서 취득가액이 인정되지 않는 자산을 차감하여 감가상각비를 재계산하면 건물 취득가액은 아래와 같다. <표> 쟁점건물 취득가액 재계산 내역 (단위: 원)
○○○ 처분청은 장부가액에서 취득가액에 포함되지 않는 부분에 대한 감가상각비는 취득가액에서 차감하는 감가상각비에서 제외하는 규정이 없다는 의견이나, 이는 ‘그 자산에 대한 감가상각비’라는 문구에 이미 그 의미가 포함되어 있을 뿐만 아니라 논리상 너무나 당연하므로 세 법에 굳이 따로 규정할 필요가 없기 때문에 규정하지 않은 것일 뿐이다. 또한 청구인이 사업소득 신고 시 기업회계기준에 따라 건설자금이자 등을 자본적 지출로 계상하지 아니하고, 양도소득세 신고기준에 따라 취득가액을 부인하여 당기 이자비용으로 회계처리를 했다면 감가상각비에 포함되지 않았을 금액이다.
- 나. 처분청 의견
(1) 쟁점건물은 2008.1.7. 신축된 건물로 신축비용의 세금계산서 수취내역을 살펴보면, 청구인과 공동소유자들은 쟁점건물 건축물대장상 기재된 쟁점건물의 설계자이면서 공사감리자인 건축사사무소 A으로부터 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서를 수취하여 쟁점건물 설계비와 공사감리비를 지출하였고, 건축물대장상 기재된 쟁점건물의 공사시공자인 B㈜로부터 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서를 수취하여 쟁점건물의 공사비로 지출하였으며, 전기공사, 냉난방설비, 소방감리, 승강기 설치 등 공사에 대하여도 공급가액 OOO원 상당의 세금계산서를 수취하여 쟁점건물의 공사비를 지출하였을 뿐만 아니라, 청구인과 공동소유자들은 쟁점건물 관련 공사비 지급증빙인 세금계산서 수취내역을 부가가치세 신고 시 고정자산 매입비용으로 신고하였다. 또한 청구인과 공동소유자들은 쟁점건물 신축 후 지방자치단체에 신고한 취․등록세 과세표준 신고시 쟁점건물 취득가액을 쟁점건물 신축시 수취한 세금계산서상 공급가액 합계 OOO원과 비슷한 금액인 OOO원으로 신고하였다. 구건설산업기본법(2005.11.8., 법률 제7697호로 개정된 것으로 이하 같다) 제41조 제3호에서 “연면적이 495제곱미터를 초과하는 주거용 외의 건축물의 건축공사는 건설업자가 시공하여야 한다”고 규정하고 있어 쟁점건물의 주요 공사는 쟁점건물 건축물대장상 기재된 공사시공자인 B㈜에서 한 것이고, 청구인과 공동소유자들이 쟁점건물 신축시 수취한 세금계산서 내역이 확인되며, 고정자산 매입비용으로 신고한 부가가치세 신고서를 제출한 것이 확인될 뿐만 아니라, 청구인이 동일 쟁점에 대한 이의신청 시 제출한 쟁점건물 장부가액에 대한 계정별 원장을 제출하였으므로 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우에 해당하지 않으므로 쟁점건물 취득가액을 환산가액으로 하여야 한다는 청구인의 주장은 이유가 없다.
(2) 개정된 소득세법 시행령제163조 제5항은 양도자가 매도계약에 따른 의무를 이행하기 위하여 부득이하게 지출하는 명도비용만 필요경비로 인정하는 것이지, 매도계약의 내용이나 법적 의무 없이 지출하는 명도비용까지 필요경비로 인정하는 것은 아니므로(AAA행정법원 2023.2.10.선고 2022구단9071 판결, 조심 2021서5628, 2022.3.30., 같은 뜻임), 쟁점명도비용은 청구인 등이 임차인에게 지급의무 없이 원활한 건물의 신축을 위하여 임의로 지출한 비용으로 이는 양도자가 부동산 매매계약상 인도의무를 이행하기 위해 부득이하게 지출하는 비용과 동일하다고 볼 수 없고 양수인이 지출하는 명도비용에 대하여는 별도로 규정하고 있지 아니하여 필요경비로 인정할 수 없다.
(3) 청구인은 장부가액에서 취득가액에 포함되지 않는 부분(건설자금이자, 명도비용)에 대한 감가상각비는 취득가액에서 차감하는 감가상각비에서 제외하여야 한다고 주장하나,소득세법제97조 제3항에서는 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를소득세법제97조 제1항의 금액인 취득가액, 자본적 지출액, 양도비에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다고 규정하고 있을 뿐, 장부가액에서 취득가액에 포함되지 않는 부분에 대한 감가상각비는 취득가액에서 차감하는 감가상각비에서 제외하여야 한다고 규정되어 있지 않다. 또한소득세법제97조 제3항이 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정되면서, 종전에 실지거래가액의 경우에만 감가상각비를 차감하던 것을 매매사례가액·감정가액·환산가액을 적용하는 경우에도 감가상각비를 차감하도록 개정되었고, 이는 사업소득의 필요경비로 산입된 감가상각비가 양도소득의 필요경비로 이중 공제되지 않도록 명확화한 취지이므로 청구인의 주장은 이유가 없다.
① (주위적 청구) 쟁점건물의 실지취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산취득가액을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
② (예비적 청구①) 쟁점건물의 취득가액을 실지거래가액으로 할 경우, 쟁점명도비용을 취득가액에 포함하여야 한다는 청구주장의 당부
③ (예비적 청구②) 쟁점건물의 취득가액 산정 시 차감되는 감가상각비 중 취득가액으로 인정되지 않은 쟁점명도비용과 건설자금이자 상당액은 제외하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 국세기본법 제16조(근거과세)
① 납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다.
② 제1항에 따라 국세를 조사ㆍ결정할 때 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다. (2) 소득세법 제39조(총수입금액 및 필요경비의 귀속연도 등) ② 거주자가 매입ㆍ제작 등으로 취득한 자산의 취득가액은 그 자산의 매입가액이나 제작원가에 부대비용을 더한 금액으로 한다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액. 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.
2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.
③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다. 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정․경정 및 통지) ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. 제160조의2(경비 등의 지출증명 수취 및 보관) ① 거주자 또는 제121조 제2항 및 제5항에 따른 비거주자가 사업소득금액 또는 기타소득금액을 계산할 때 제27조 또는 제37조에 따라 필요경비를 계산하려는 경우에는 그 비용의 지출에 대한 증명서류를 받아 이를 확정신고기간 종료일부터 5년간 보관하여야 한다. 다만, 각 과세기간의 개시일 5년 전에 발생한 결손금을 공제받은 자는 해당 결손금이 발생한 과세기간의 증명서류를 공제받은 과세기간의 다음다음 연도 5월 31일까지 보관하여야 한다.
② 제1항의 경우 사업소득이 있는 자가 사업과 관련하여 사업자(법인을 포함한다)로부터 재화 또는 용역을 공급받고 그 대가를 지출하는 경우에는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증명서류를 받아야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.
1. 제163조 및 법인세법 제121조 에 따른 계산서
2. 부가가치세법 제32조 에 따른 세금계산서 3.여신전문금융업법에 따른 신용카드매출전표(신용카드와 유사한 것으로서 대통령령으로 정하는 것을 사용하여 거래하는 경우 그 증명서류를 포함한다)
4. 제162조의3 제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입한 사업자가 재화나 용역을 공급하고 그 대금을 현금으로 받은 경우 그 재화나 용역을 공급받는 자에게 현금영수증 발급장치에 의하여 발급하는 것으로서 거래일시ㆍ금액 등 결제내역이 기재된 영수증(이하 “현금영수증”이라 한다) (3) 소득세법 시행령 제67조(즉시상각의 의제) ② 제1항에서 "자본적 지출"이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호에 해당하는 지출을 포함하는 것으로 한다.
1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조
2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치
3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치
4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구
5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것 제75조(건설자금의 이자계산) ① 법 제33조 제1항 제10호에서 "대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 금액의 이자"란 그 명목여하에 불구하고 해당 사업용 고정자산의 매입·제작·건설(이하 이 조에서 "건설"이라 한다)에 소요된 차입금(고정자산의 건설에 소요되었는지의 여부가 분명하지 아니한 차입금은 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다.
② 제1항의 규정에 의한 지급이자 또는 지출금은 기획재정부령이 정하는 건설이 준공된 날까지(토지를 매입한 경우에는 그 대금을 완불한 날까지로 하되, 대금을 완불하기 전에 당해 토지를 사업에 제공한 경우에는 그 제공한 날까지로 한다) 이를 자본적지출로 하여 그 원본에 가산한다. 다만, 제1항의 규정에 의한 차입금의 일시예금에서 생기는 수입이자는 원본에 가산하는 자본적 지출 금액에서 이를 차감한다.
③ 차입한 건설자금의 일부를 운영자금에 전용한 경우에는 그 부분에 상당하는 지급이자는 이를 필요경비로 한다.
④ 차입한 건설자금의 연체로 발생한 이자를 원본에 더한 경우 그 더한 금액은 해당 과세기간의 자본적 지출로 하고 그 원본에 더한 금액에 대한 지급이자는 필요경비로 한다.
⑤ 건설자금의 명목으로 차입한 것으로서 그 건설이 준공된 후에 남은 차입금에 대한 이자는 각 과세기간의 필요경비로 한다.
⑥ 제1항부터 제5항까지의 규정에 따른 자본적 지출 또는 필요경비를 계산할 때 법 제33조 제1항 제11호에 따른 이자는 자본적 지출 또는 필요경비로 계산하지 아니한다. 제89조(자산의 취득가액등) ① 법 제39조 제2항의 규정에 의한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액에 따른다.
1. 타인으로부터 매입한 자산은 매입가액에 취득세ㆍ등록면허세 기타 부대비용을 가산한 금액
2. 자기가 행한 제조ㆍ생산 또는 건설등에 의하여 취득한 자산은 원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록면허세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액 제163조(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조 제1항 제1호 가목에 따른 취득에 든 실지거래가액은 다음 각 호의 금액을 합한 것으로 한다.
1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액
③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.
1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액 (4) 건설산업기본법(2005.11.8. 법률 제7697호로 일부 개정된 것) 제41조(건축물 시공자의 제한) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 건축물의 건축 또는 대수선에 관한 건설공사는 건설업자가 시공하여야 한다. 다만, 농업용·축산업용 또는 조립식 건축물 등 대통령령이 정하는 건축물은 건설업자가 시공하지 아니할 수 있다.
3. 연면적이 495제곱미터를 초과하는 주거용 외의 건축물
(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 청구인은 2021.12.6. 쟁점토지와 쟁점건물의 청구인 지분(25%)과 공동소유자들 중 c의 지분(25%)를 조카 부부(e, f)에게 양도하고, 2021.12.14. 쟁점토지는 실지거래가액으로, 쟁점건물은 환산가액으로 취득가액을 산정하여 2021년 귀속 양도소득세를 신고․납부하였으나, AAA지방국세청장은 처분청 종합감사(2024.6.5.～2024.6.25.) 시 청구인과 공동사업자들이 쟁점건물을 신축하면서 매입세금계산서를 수취한 후, 부동산임대업에 대한 부가가치세를 신고 시 고정자산 매입금액으로 신고한 사실을 확인하여 청구인의 당초 신고내용을 부인하고, 쟁점건물의 취득가액을 실지거래가액으로 하여 2021년 귀속 양도소득세를 경정하도록 처분청에 처분지시함에 따라 처분청은 2025.1.9. 청구인에게 당초 처분하였다. <표> 청구인의 쟁점건물 취득가액 신고 내역 (단위: 원)
○○○ <표> 처분청의 쟁점건물 취득가액 경정 내역 (단위: 원)
○○○ 청구인이 이의신청시 제출하지 않았으나 공유소유자들 중 c가 2025.3.27. AAA지방국세청장에게 이의신청을 하면서 기존 건물 철거공사비 OOO원에 대한 영수증과 계정별원장(2007.1.1.∼12.31., 건설중인자산 누계액 OOO원) 등 추가자료를 제출하였는데, AAA지방국세청장이 기존 건물 철거공사비 중 청구인 지분(25%) 해당액 OOO원을 쟁점토지에 대한 취득가액으로 재계산하여 직권시정함에 따라 처분청은 2025.5.29. 이 건 처분을 하였다. <표> 쟁점건물 취득가액에 대한 경정 내역(재경정) (단위: 천원)
○○○ (나) 청구인과 공동소유자들 의 쟁점건물 임대사업자등록 현황은 다음과 같다. <표> 쟁점건물에 대한 사업자등록 현황
○○○ (다) 청구인의 쟁점건물 건축물대장상 주요 내용은 아래와 같다. <표> 쟁점건물의 건축물대장상 주요 내용
○○○ (라) 청구인과 공동소유자들은 쟁점건물을 신축하면서 아래와 같이 매입세금계산서를 수취하였고, 부가가치세 신고시 고정자산 매입금액을 신고하였다. <표> OOO 매입세금계산서 세부 내역 (단위: 원)
○○○ <표> OOO의 부가가치세 신고내용 (단위: 원)
○○○ (마) 청구인과 공동소유자들은 2008년 귀속 종합소득세 신고시부터 쟁점건물 장부가 액이 반영된 재무제표를 아래와 같이 신고하였다. <표> OOO 관련 재무제표 내역 (단위: 원)
○○○ (바) 청구인과 공동소유자들이 쟁점건물을 신축할 당시건설산업기본법제41조에 따르면, ‘연면적이 495제곱미터를 초과하는 주거용 외의 건축물은 건설업자가 시공하여야 한다’고 규정되어 있었고, 해당 부칙에 따르면 공포 후 3월이 경과한 2006.2.8.부터 시행하였으며, 시행 후 최초로건축법에 따른 건축허가 신청 또는 건축신고를 하거나,주택법에 의한 주택건설사업계획 승인을 신청하는 분부터 적용해야 하는 것으로 규정되어 있다. (사) 청구인과 공동소유자들은 쟁점건물을 완공하면서 아래와 같이 취득세와 등록세를 신고하면서 취득가액을 OOO원으로 신고하였다. <표> 취․등록세 신고내역 (단위: 원)
○○○ (아) AAA지방국세청장의 해명요구에 청구인이 제출한 해명서는 아래와 같다. <그림> 감사 시 청구인이 제출한 해명서
○○○ (자)소득세법제97조 제3항 감가상각비 관련하여 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 내용은 아래와 같다. <표> 시행령 개정내용 및 취지
○ 양도소득 필요경비 계산방법 보완 및 감가상각비의 필요경비 이중공제 배제 명확화
- 가. 개정취지 ◦ 납세자가 선택한 경우 객관적으로 확인가능한 필요경비만으로 소득금액을 계산할 수 있는 근거 마련 ◦ 사업소득의 필요경비로 산입된 감가상각비가 양도소득의 필요경비로 이중 공제되지 않도록 명확히 규정
- 나. 개정내용 종전 개정
□ 양도소득의 필요경비 계산 ◦ 취득가액이 실지거래가액인 경우 - 필요경비 = 실지거래가액 + 자본적 지출액 + 양도비 ◦ (좌 동) ◦ 취득가액이 환산가액 인 경우 양도당시 실지거래가액(매매사례가액, 감정가액) × 취득 당시 기준시가 / 양도당시 기준시가 - 필요경비 = 환산가액 + 개산공제금액 토지 및 건물: 3% 지상권, 전세권: 7% 그 외 자산: 1% ◦ 납세자가 선택하는 경우 - 필요경비를 [환산가액 + 개산공제금액] 대신[자본적지출액 + 양도비]로 계산 가능
□ 사업소득의 필요경비에 산입된 감가상각비의 양도소득금액 계산 시 취득가액에서 차감 여부 ◦ 취득가액으로 실지거래가액을 적용하는 경우: 차감
□ 감가상각비의 필요경비 이중공제 배제 ◦ (좌 동) ◦ 취득가액으로 매매사례가액․감정가액․ 환산가액을 적용하는 경우: 차감하지 않음 ◦ 취득가액으로 매매사례가액․감정가액 ․ 환산가액을 적용하는 경우: 차감 다. 적용시기 및 적용례 ◦ 2011.1.1. 이후 신고분부터 적용 ◦ 2011.1.1. 이후 양도분부터 적용 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 실지취득가액이 불분명한 것으로 보아 환산취득가액을 적용하여야 한다고 주장하나, 소득세법제97조 제1항은 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비를 취득가액, 자본적 지출액, 양도비 등으로 규정하면서 제1호 가목에서 취득가액을 자산 취득에 든 실지거래가액으로 하되, 다만, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액, 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한다고 규정하고 있는바, 쟁점건물의 주요 건축공사는 구건설산업기본법제41조 제3호의 ‘연면적이 495제곱미터를 초과하는 주거용 외의 건축물의 건축공사는 건설업자가 시공하여야 한다’는 규정에 따라 공사 시공업자인 B㈜에서 진행하고, 세금계산서를 발급받은 것으로 확인되고, 쟁점건물의 건축물대장상 확인되는 건축사사무소로부터 설계 및 공사감리 관련 세금계산서를 수취하였으며, 그 밖의 전기공사, 냉난방설비, 소방감리 및 승강기 제조 등 쟁점건물 신축 관련 주요 매입비용에 대해 각각 세금계산서를 수취한 것으로 확인되는 점, 관련 매입세금계산서에 대하여 청구인과 공동소유자들이 영위하는 쟁점건물과 관련된 부동산임대업의 부가가치세 신고 시 고정자산 매입비용으로 신고한 점, 쟁점건물 신축 후 지방자치단체에 취·등록세 과세표준으로 신고한 금액(OOO원)이 매입세금계산서상 공급가액(OOO원)과 비슷한 것으로 확인되는 점, 쟁점건물의 취득에 든 실지거래가액을 확인할 수 없는 정도의 매매계약서, 영수증 기타 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비된 경우로 보이지 아니하는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점건물의 취득가액을 청구인 등이 부가가치세 신고 시 제출한 세금계산서 등을 통해 확인된 금액을 실지거래가액으로 하여 청구인에게 한 이 건 처분에 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 설령 쟁점건물의 취득가액을 실지거래가액으로 하더라도 쟁점명도비용을 취득가액에 포함하여야 한다고 주장하나, 소득세법제97조 제1항에서 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로서 취득가액, 자본적 지출액, 양도비 등으로 대통령령으로 정하는 것을 말한다고 규정되어 있고, 2018.2.13. 대통령령 제28637호로 일부 개정된 소득세법 시행령제163조 제5항이 양도자가 매도계약에 따른 의무를 이행하기 위하여 부득이하게 지출하는 명도비용만 필요경비로 인정하는 것이지, 매도계약의 내용이나 법적 의무 없이 지출하는 명도비용까지 필요경비로 인정하는 것은 아닌 점(조심 2021서5628, 2022.3.30., 같은 뜻임), 쟁점명도비용은 청구인 등이 임차인에게 지급의무 없이 원활한 건물의 신축을 위하여 임의로 지출한 비용으로 보이는 반면, 청구인이 제출한 증빙만으로 이를 양도자가 부동산 매매계약상 인도의무를 이행하기 위해 부득이하게 지출하는 비용과 동일하다고 볼 수 없는 점, 소득세법 시행령상 양수인이 지출하는 명도비용에 대하여는 별도로 규정하고 있지 않아 필요경비로 보기 어려운 점 등에 비추어 처분청이 쟁점명도비용을 쟁점건물의 취득가액에 제외하여 청구인에게 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 취득가액 산정 시 차감되는 감가상각비 중 취득가액으로 인정되지 않은 쟁점명도비용과 건설자금이자 상당액은 제외하여야 한다고 주장하나, 소득세법제97조 제3항은 양도소득의 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 제1항에 따라 산정된 필요경비 금액에서 감가상각비를 공제한 금액을 취득가액으로 하도록 명시하고 있는바, 소득세법제97조 제3항이 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정되면서, 종전에 실지거래가액의 경우에만 감가상각비를 차감하던 것에서 매매사례가액·감정가액·환산가액을 적용하는 경우에도 감가상각비를 차감하도록 개정되었고, 이는 사업소득의 필요경비로 산입된 감가상각비가 양도소득의 필요경비로 이중 공제되지 않도록 명확히 규정된 점, 처분청의 심리자료 등에 따르면, 청구인의 종합소득세 신고서상 쟁점명도비용과 건설자금이자 상당액을 쟁점건물의 취득가액에 포함하여 산정된 감가상각비를 계속적으로 사업소득 필요경비로 계상한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 청구인이 쟁점건물과 관련하여 사업소득 필요경비로 계상된 감가상각비 누계액을 차감한 금액을 취득가액으로 산정하여 청구인에게 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.