장기할부조건으로 거래상대방에게 재화를 공급하여 세금계산서를 교부하던 중 거래상대방을 흡수합병한 경우 합병일에 장기할부공급이 종결되어 잔여공급가액을 일괄 공급한 것으로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

[주 문] aa세무서장이 2024.12.5. 청구법인에게 한 2022년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2021.10.29. ㈜a으로부터 방송영상장비를 공급가액 OOO원에 공급받은 후 같은 날 공급받은 물품 일체를 자회사 ㈜b에게 인도일이 속하는 달의 초일로부터 매 3개월마다 물품대금을 16회차로 균등분할하여 지급하는 장기할부조건 계약을 통해 지급(이하 “쟁점거래”라 한다)하기로 하고 공급가액 OOO원에 공급하였고, 대가를 지급하기로 한 때를 세금계산서의 공급시기로 보아 세금계산서를 교부하였다. 청구법인은 2022.1.31.을 시작으로 2022.10.31.까지 매회 공급가액 OOO원의 세금계산서를 4회에 걸쳐 총 OOO원을 교부하였고, 12회차의 잔여공급가액(이하 “잔여공급가액”이라 한다)이 남은 상태에서 청구법인은 2022.12.30. ㈜b(이하 “피합병법인”이라 한다)을 흡수합병하였다.
• 나. 처분청은 2024.9.26.부터 2024.11.5.까지 청구법인에 대한 2022년 귀속 법인세 통합조사를 실시한 결과, 청구법인이 피합병법인에 장기할부 조건으로 공급한 쟁점거래에서 합병일 이후 도래하는 잔여공급가액의 세금계산서를 발행하지 않은 것으로 보아 2024.12.5. 청구법인에게 2022년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.12.30. 이의신청을 거쳐 2025.6.4. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 상법 제235조 는 합병의 효과를 피합병법인의 모든 권리와 의무를 포괄하여 승계하는 것으로 규정하고 있고, 이에 따라 거래상대방인 피합병법인 즉, 잔여공급가액에 대한 공급받는 자가 합병법인인 청구법인이 된 것이므로 세금계산서를 발급할 수 없는 것이다. 청구법인의 이의신청에 대한 재결청의 판단 중 청구법인이 합병을 통해 피합병법인의 공급받은 자의 지위를 승계할 수 있는지에 대하여 현행 부가가치세법에 별도로 규정된 바 없어 살피지 아니한다고 판시한 것도 현행 부가가치세법상 합병의 경우 당연히 세금계산서 발행의무가 소멸하는 것이기에 별도의 규정이 없는 것을 오인한 것이다. 합병으로 인해 합병법인에게 재화가 다시 인도된 시점에 세금계산서를 발급하여야 한다면, 이때 공급받는 자는 합병법인이 되는 것이고, 이 경우 부가가치세법 제10조 에 따른 재화의 공급으로 보는 자가공급 중 면세관련 비영업용 소형승용차 관련, 사업과 직접 관련없는 공급 등에 해당되지 않기에 세금계산서 발급의무 역시 없다 할 것이다.

(2) 청구법인은 방송프로그램을 송출하는 회사이고, 피합병법인은 방송프로그램 제작 시 필요한 후반부 편집작업을 하는 회사로, ㈜a으로부터 매입한 장비는 CG작업을 하는 장비로서 피합병법인에 필요한 장비이긴 하나, ㈜a이 장기할부판매를 할 수 없어 청구법인이 자회사였던 피합병법인의 영업상 중요한 장비이기에 자회사 지원 차원에서 ㈜a으로부터 구매한 후 피합병법인에 장기할부로 재판매한 것이며, 장비구입 후 피합병법인의 매출액은 2021년 OOO원에서 2022년 OOO원으로 OOO원 정도 증가한바, 이는 모회사인 청구법인 입장에서도 합리적인 의사결정이었던 것이다.

• 나. 처분청 의견 (가) 쟁점거래는 합병 이전에 ‘이미 공급된 것’으로서 합병으로 인한 사업의 양도에 포함되지 않는 독립된 거래이므로, 청구법인은 피합병법인이 합병으로 인해 소멸(폐업)할 때를 공급시기로 보아 잔여공급가액에 대하여 세금계산서를 교부하는 것이 타당하다. <청구법인 거래의 구분> 청구법인은 1차 거래에서 방송영상 장비 등의 재화를 장기할부조건으로 공급하였으므로 대가의 각 부분을 받기로 한 때에 세금계산서를 교부하면 되는 것이며, 사업의 포괄적 양도는 쟁점거래와 구분되는 별도의 거래이다. 회계처리에 있어서도 청구법인의 1차 거래에서 발생한 장기미수금은 합병 시 피합병법인의 재산평가와 관련하여 처리할 문제이고, 이는 쟁점거래와는 별개의 문제로 상법 제235조 는 합병의 효과와는 관련이 없다. (나) 부가가치세법상 ‘이미 공급된 재화’에 대해 재화공급의 특례 규정(제10조 제9항)을 적용할 수 없다. 부가가치세법 제10조 는 ‘재화가 공급되는 시점’에 재화의 공급에 해당되는 것인지, 재화 공급의 특례에 해당하는 것인지를 판단하기 위한 것으로, 재화의 공급에 해당한다면 공급이 어느 시점에 이루어졌는지를 판단하여 세금계산서를 교부하는 것이며, 사업의 포괄적 양도에 해당된다면 특례규정에 따라 재화의 공급으로 보지 아니하는 것인데, 이 건 쟁점거래는 이미 장기할부판매라는 1차 거래가 확정되었고 그에 따라 세금계산서를 교부하였던바, 합병으로 발생한 2차 거래와 상계할 이유가 없다. (다) 쟁점거래는 장기할부판매라는 특수한 조건으로 인해 세금계산서의 발급시기가 이연된 것에 불과하므로 부가가치세법 시행령 제28조 제9항 에 따라 그 폐업일을 공급시기로 보아 잔여공급가액에 대해 세금계산서를 수수하여야 한다. 쟁점거래의 경우, 청구법인은 ㈜a으로부터 이 건 방송영상 장비를 매입하여, 전액 매입세액공제를 받았으며, 동시에 자금력이 없는 피합병법인을 위해 쟁점거래를 통해 청구법인이 피합병법인에게 장비를 공급한 것으로, 2021.11.1. 이 건 방송영상 장비 납품이 완료되어 피합병법인이 사용·수익하고 있는 상황으로, 실제 재화는 인도되었으나, 장기할부판매 방식으로 공급하기로 함에 따라 세금계산서 공급시기를 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 때’로 이연한 것에 불과한 것인데, 이를 합병에 따른 사업양도로 보아 과세대상(재화의 공급)으로 삼지 아니한다는 주장은 타당하지 않다. (라) 또한 청구법인의 주장대로라면 이 건 방송영상 장비를 공급하는 방식에 따라 부가가치세 세부담 차이가 발생하는바, 청구법인이 합병 전 피합병법인의 최대주주였고, 쟁점거래도 청구법인이 피합병법인과 특수관계자로서 피합병법인의 자금 상황 등을 고려하여 발생한 것임을 고려할 때, 이러한 세부담의 차이는 과세형평에 크게 어긋나는 것이다.

• 가. 쟁 점 장기할부조건으로 거래상대방에게 재화를 공급하여 세금계산서를 교부하던 중 거래상대방을 흡수합병한 경우, 합병일에 장기할부공급이 종결되어 잔여공급가액을 일괄 공급한 것으로 보아 부가가치세 부과한 처분의 당부
• 나. 관련 법령; <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인은 2022.12.30. 피합병법인을 흡수합병한 사실이 아래 등기사항전부증명서를 통해 확인된다. <청구법인의 등기사항전부증명서> (나) 청구법인과 합병 전 피합병법인의 지분구조는 아래 <표1>과 같다. <표1> 합병 전 피합병법인의 지분구조 (다) 피합병법인은 이 건 방송영상 장비 총 공급가액 OOO원을 자산으로 인식하여 감가상각하였다. (라) 청구법인과 피합병법인의 쟁점계약과 관련한 장기할부매매계약서 계약사항의 주요내용을 보면, 제4조 제2항에서 구매자는 일도일이 속하는 달의 초일로부터 매 3개월 마다 제1항의 물품대금을 16회차로 균등분할한 금액을 판매자에게 지급한다고 되어 있고, 장기할부매매계약서는 아래와 같다. <아래 그림 삽입을 위한 여백> (마) 위 계약에 따라 청구법인은 아래와 같이 대금지급을 요청하였고, 세금계산서 발행 일정은 아래와 같다. <세금계산서 발행 일정>

(2) 피합병법인은 2021.10.29. 장기할부조건으로 해당 자산을 공급가액 OOO원에 취득하고 방송장비(자산)와 미지급금(부채)으로 회계처리한 후, 2021.12.31. 해당 자산을 월할 상각하였고, 2022.12.30. 12개월분에 대해 감가상각 후 자산을 평가하였으며, 2022.12.30. 합병 전 재무상태표상 피합병법인의 미지급금 잔액 OOO원과 청구법인의 미수금 잔액 OOO원은 합병 후 재무상태표에서 서로 상계하였고, 해당 자산의 미상각잔액은 청구법인의 자산으로 반영되었다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점거래와 합병은 별도의 거래이고 쟁점거래는 이미 장기할부판매라는 1차 거래가 확정되어 세금계산서를 교부하였으므로, 합병으로 발생한 2차 거래와 상계할 이유가 없다는 의견이나, 부가가치세법 제15조 및 같은 법 시행령 제28조 제3항에서 장기할부판매의 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 재화의 공급시기로 본다고 규정하고 있고, 같은 법 제10조에서는 면세전용이나 개인적 공급 등의 간주공급 규정을 두고 있으며, 같은 법 시행령 제23조에서 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있고, 상법 제235조 는 합병 후 존속한 회사는 합병으로 인하여 소멸된 회사의 권리의무를 승계한다고 규정하고 있는바, 청구법인은 쟁점거래를 통하여 방송영상장비를 공급하기로 계약한 후, 쟁점거래 중에서 세금계산서를 4회 교부한 후 2022.12.30. 피합병법인을 흡수합병하였으며, 쟁점거래 중에서 부가가치세법상 재화의 공급시기가 도래하지 아니한 12회의 잔여공급가액은 합병 이후에 그 재화의 공급시기가 도래한 점, 부가가치세법상 재화의 공급은 거래상대방으로부터 대가를 받고 재화를 양도하는 것을 말하는 것이고, 같은 법 제10조에서 면세전용 등 자가공급에 대해서는 재화의 간주공급으로 의제하고 있으나, 잔여공급가액은 합병 이후 청구법인 스스로 세금계산서 발행과 매입세액공제를 받는 형태가 되어 부가가치세법상 재화의 공급으로 보기 어려워 보이는 점, 이 건 합병은 청구법인이 피합병법인의 권리의무를 승계한 것으로서 폐업일을 공급시기로 의제하고 있는 일반적인 폐업으로 단정하기 어려운 점, 설령 청구법인이 피합병법인의 소멸한 때를 공급시기로 보아 세금계산서를 교부하는 경우, 피합병법인 입장에서 매입세금계산서에 대한 매입세액공제를 받을 수 있는 것으로 보이므로 과세관청이나 청구법인 입장에서 납세협력 비용 및 징세비용을 야기하는 반면, 선행세목으로서의 부가가치세 기능 및 세금계산서 수수질서 정상화 목적 등에 비추어 볼 때 관련 실익은 없는 점, 공급시기가 도래하지 아니한 잔여공급가액에 대하여 합병 이후에는 재무제표상 미수금과 미지급금으로 적정하게 상계처리하였다면 이를 인정하는 것이 합병 및 세금계산서 수수 취지 등에 부합하는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 잔여공급가액에 대하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 부가가치세법 제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 제10조(재화 공급의 특례) ① 사업자가 자기의 과세사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화(이하 이 조에서 “자기생산ㆍ취득재화”라 한다)를 자기의 면세사업 및 부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(이하 “면세사업등”이라 한다)을 위하여 직접 사용하거나 소비하는 것은 재화의 공급으로 본다.

1. 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액이 공제된 재화

2. 제9항 제2호에 따른 사업양도로 취득한 재화로서 사업양도자가 제38조에 따른 매입세액, 그 밖에 이 법 및 다른 법률에 따른 매입세액을 공제받은 재화

3. 제21조 제2항 제3호에 따른 수출에 해당하여 영(零) 퍼센트의 세율을 적용받는 재화

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자기생산ㆍ취득재화의 사용 또는 소비는 재화의 공급으로 본다.

1. 사업자가 자기생산ㆍ취득재화를 제39조 제1항 제5호에 따라 매입세액이 매출세액에서 공제되지 아니하는 개별소비세법 제1조 제2항 제3호 에 따른 자동차로 사용 또는 소비하거나 그 자동차의 유지를 위하여 사용 또는 소비하는 것

2. 운수업, 자동차 판매업 등 대통령령으로 정하는 업종의 사업을 경영하는 사업자가 자기생산ㆍ취득재화 중 개별소비세법 제1조 제2항 제3호 에 따른 자동차와 그 자동차의 유지를 위한 재화를 해당 업종에 직접 영업으로 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 것

③ 사업장이 둘 이상인 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산 또는 취득한 재화를 판매할 목적으로 자기의 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 본다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. 사업자가 제8조 제3항 후단에 따른 사업자 단위 과세 사업자로 적용을 받는 과세기간에 자기의 다른 사업장에 반출하는 경우

2. 사업자가 제51조에 따라 주사업장 총괄 납부의 적용을 받는 과세기간에 자기의 다른 사업장에 반출하는 경우. 다만, 제32조에 따른 세금계산서를 발급하고 제48조 또는 제49조에 따라 관할 세무서장에게 신고한 경우는 제외한다.

④ 사업자가 자기생산ㆍ취득재화를 사업과 직접적인 관계없이 자기의 개인적인 목적이나 그 밖의 다른 목적을 위하여 사용ㆍ소비하거나 그 사용인 또는 그 밖의 자가 사용ㆍ소비하는 것으로서 사업자가 그 대가를 받지 아니하거나 시가보다 낮은 대가를 받는 경우는 재화의 공급으로 본다. 이 경우 사업자가 실비변상적이거나 복리후생적인 목적으로 그 사용인에게 대가를 받지 아니하거나 시가보다 낮은 대가를 받고 제공하는 것으로서 대통령령으로 정하는 경우는 재화의 공급으로 보지 아니한다.

⑤ 사업자가 자기생산ㆍ취득재화를 자기의 고객이나 불특정 다수에게 증여하는 경우(증여하는 재화의 대가가 주된 거래인 재화의 공급에 대한 대가에 포함되는 경우는 제외한다)는 재화의 공급으로 본다. 다만, 사업자가 사업을 위하여 증여하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

⑥ 사업자가 폐업할 때 자기생산ㆍ취득재화 중 남아 있는 재화는 자기에게 공급하는 것으로 본다. 제8조 제1항 단서에 따라 사업 개시일 이전에 사업자등록을 신청한 자가 사실상 사업을 시작하지 아니하게 되는 경우에도 또한 같다.

⑦ 위탁매매 또는 대리인에 의한 매매를 할 때에는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다. 다만, 위탁자 또는 본인을 알 수 없는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 수탁자 또는 대리인에게 재화를 공급하거나 수탁자 또는 대리인으로부터 재화를 공급받은 것으로 본다.

⑧ 신탁법 제10조 에 따라 위탁자의 지위가 이전되는 경우에는 기존 위탁자가 새로운 위탁자에게 신탁재산을 공급한 것으로 본다. 다만, 신탁재산에 대한 실질적인 소유권의 변동이 있다고 보기 어려운 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 신탁재산의 공급으로 보지 아니한다.

⑨ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다.

1. 재화를 담보로 제공하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

2. 사업을 양도하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것. 다만, 제52조 제4항에 따라 그 사업을 양수받는 자가 대가를 지급하는 때에 그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 납부한 경우는 제외한다.

3. 법률에 따라 조세를 물납(物納)하는 것으로서 대통령령으로 정하는 것

4. 신탁재산의 소유권 이전으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 것

• 가. 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우
• 나. 신탁의 종료로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우
• 다. 수탁자가 변경되어 새로운 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우

⑩ 제1항부터 제9항까지에서 규정된 사항 외에 재화 공급의 특례에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제15조(재화의 공급시기) ② 제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 재화를 공급하는 경우 등의 재화의 공급시기는 대통령령으로 정한다. (2) 부가가치세법 시행령 제23조(재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도) 법 제10조 제9항 제2호 본문에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 사업장별(상법에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(법인세법 제46조 제2항 또는 제47조 제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다.

3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지·건물 등에 관한 것으로서 기획재정부령으로 정하는 것 제28조(구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를 재화의 공급시기로 본다. 다만, 제2호와 제3호의 경우 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 날 이후에 받기로 한 대가의 부분에 대해서는 재화가 인도되거나 이용가능하게 되는 날을 그 재화의 공급시기로 본다.

1. 기획재정부령으로 정하는 장기할부판매의 경우

⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에도 불구하고 사업자가 폐업 전에 공급한 재화의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다. (3) 상법 제235조(합병의 효과) 합병 후 존속한 회사 또는 합병으로 인하여 설립된 회사는 합병으로 인하여 소멸된 회사의 권리의무를 승계한다.