쟁점금액을 쟁점부동산 양도와 관련하여 수령한 영업권 대가로 보아 양도가액에 포함할 수 있는지 여부

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2019.2.20. 경기도 고양시 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)에서 ‘A’을 운영하던 D으로부터 쟁점부동산을 OOO원에 양수(2019.3.13. A 승계)하였다.
• 나. 청구인은 2019.11.22. 쟁점부동산을 B에게 양도가액 OOO원에 양도하였고, 2020.2.28. 양도가액에서 취득가액 및 필요경비 OOO원을 공제하여 양도소득금액 OOO원을 산정한 후, 양도소득세 기한 후 신고를 하였다(납부세액 “OOO”).
• 다. AAA세무서장은 요양원 매매거래 중개업과 컨설팅업을 영위하는 주식회사 C(이하 “C”라 한다)에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, 청구인이 쟁점부동산 매수인과 별도의 컨설팅(인가요역, 시설･권리) 계약을 통해 수취한 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)이 영업권 명목에 해당한다고 보아 동 조사내용을 처분청에 자료통보(양도소득 과소신고)하였다.
• 라. 처분청은 위 통보자료와 청구인이 신고한 양도소득세 신고서를 검토한 후, 쟁점금액을 쟁점부동산 양도가액에 가산하고, 청구인이 쟁점부동산 취득시 시설비 등 명목으로 지출한 OOO원을 취득가액에 가산하여 2024.10.4. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.
• 마. 청구인은 이에 불복하여 2024.12.20. 이의신청을 거쳐 2025.5.13. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 청구인은 쟁점부동산 양도 시 양도대가 OOO원 외에 시설비에 대한 계약을 따로 하면서 시설비 목록을 같이 첨부하여 시설비조로 OOO원(쟁점금액)을 수령하였고, 당초 쟁점부동산 취득시에도 시설비계약서를 첨부하여 시설비조로 OOO원을 지급하였는바, 양도 시 시설비계약서 어디에도 영업권에 대한 대가로 수령하였다는 문구가 없었고, 요양원 관련 기자재 목록이 있으며, 순수하게 시설비에 대한 대가로 쟁점금액을 수령하였음에도 처분청은 아무 근거 없이 영업권으로 보고 양도가액에 합산하였으므로 이는 부당하다. 또한, 처분청은 영업권의 양도가액을 OOO원(쟁점금액), 취득가액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 과세하였는데, 이는 처분청이 실질적으로 사업용 유형자산의 양도로 보아 취득가액을 인정한 것으로, 그렇다면 양도소득이 아닌 사업소득으로 과세하는 것이 마땅할 것임에도 착오로 양도소득세를 과세한 것이다.

(2) 청구인은 요양원 운영에 대한 깊은 지식이 없이 사업을 시작하여 운영실적이 저조하였고, 이에 따라 부득이하게 급매로 양도하게 되었는바, 여기에는 초과수익력에 해당하는 영업권이 발생할 수도 없는 상태였고, 또한 일반적으로 사업용자산의 양도시에 영업권의 양도가 포함되어 있는 경우가 있으나, 영업권으로 과세가 가능하기 위해서는 양도인과 양수인간에 당해 자산가액과 별도로 영업권을 얼마로 하여 거래하였다는 합의가 전제되어야 할 것인바, 이 건에 있어 계약서 어디에도 영업권에 대한 합의내용이 없고, 청구인 및 양수인이 회계장부에 영업권으로 계상한 사실이 없으므로, 결국 처분청이 시설비(기자재) 양도가액을 영업권으로 보아 양도가액에 포함한 것은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 (1)소득세법제94조 제1항 제4호 가목에서는 사업에 사용하는 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득은 양도소득의 범위에 포함된다고 규정하고 있는바, AAA세무서장이 요양원 매매컨설팅 전문업체인 C를 조사하는 과정에서 발견한 컨설팅(인가용역, 시설·권리)계약서의 내용을 보면 제2항(계약내용) 제1조(목적)에 “위 운영 중인 회사의 영업권을 양도인과 양수인은 합의에 의하여 컨설팅(시설·권리) 계약을 체결하고 이전한다”고 되어 있고, 제5조(계약의 무효)에 “매매계약은 인가(허가) 완료 시점에 완성되는 것을 조건으로 하는 가계약”이라고 되어 있으며, 청구인은 컨설팅 계약을 통해 수취한 쟁점금액이 영업권 대가가 아닌 단순 시설비 금액이라고 주장하나 컨설팅 계약서에는 요양원 인·허가가 나지 않을 경우 계약이 무효가 된다는 내용이 있으므로 별도의 계약으로 볼 수 없고, 또한 청구인은 쟁점부동산을 전 소유자로부터 포괄양수도 계약으로 인수하면서 시설비 계약서에 따라 OOO원을 추가로 지불하였으며, 단기간 운영하다가 후 소유자에게 포괄양수도 계약으로 양도하면서 컨설팅 계약서에 따라 OOO원 증가한 OOO원을 별도로 수취하였고, 계속하여 동일한 상호로 운영된 사실을 볼 때 쟁점금액 관련 컨설팅 계약은 별도의 계약으로 보기 어렵다. 청구인은 쟁점금액 관련 해명자료 제출 시, 근거가 되는 (세금)계산서와 영수증, 이체내역 등이 기재된 자료 없이 엑셀로 작성된 목록만 제출하였는바, 목록 내 비품 등이 양도시점에 실제 존재하거나 인테리어 공사를 실제 진행하였는지 여부를 확인할 수 있는 객관적인 증빙 서류로 보기 어렵고, 청구인이 취득 시 지불하였다는 시설비 계약서상 OOO원에 대한 내역도 제출하지 못하고 있어 쟁점금액이 시설비에 해당한다는 주장도 신뢰하기 어렵다. 아울러, 청구인이 근거로 제시한 인천지방법원 판례(인천지방법원 2010.9.2. 선고 2009구단2122 판결)는 실거래가액 과세가 이루어지기 전인 2006년도의 기준시가로 부동산 양도시 영업권 관련 부가가치세를 환급한 건으로 실거래가액으로 신고한 이 건과는 관련이 없고, 조세심판결정례(국심 2004서0457, 2004.7.15.) 또한 2004년소득세법개정(법률 제7006호, 2003.12.30.) 이전의 결정으로 주장을 뒷받침할 수 있는 판례로 보기 어렵다.

(2) 앞에 언급한 내용을 종합하여 보면 청구인의 쟁점부동산 매매계약 완료 시점은 요양원의 인가(허가)가 완료되는 시점에 확정되는 것이므로, 컨설팅 계약서는 형식적으로 단순히 분리되어 작성된 것으로 보이고, 따라서 쟁점금액은 쟁점부동산 매매계약과는 분리될 수 없으므로, 쟁점금액을 쟁점부동산의 양도가액에 가산하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁 점 쟁점금액을 쟁점부동산 양도와 관련하여 수령한 영업권 대가로 보아 양도가액에 포함할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법률 (1) 소득세법 제88조 【정의】이 장에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "양도"란 자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것을 말한다.

5. "실지거래가액"이란 자산의 양도 또는 취득 당시에 양도자와 양수 자가 실제로 거래한 가액으로서 해당 자산의 양도 또는 취득과 대가관계에 있는 금전과 그 밖의 재산가액을 말한다. 제94조【양도소득의 범위】① 양도소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다.

1. 토지[공간정보의 구축 및 관리 등에 관한 법률에 따라 지적공 부(地籍公簿)에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다] 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 발생하는 소득

4. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자산(이하 이 장에서 "기타자 산"이라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 사업에 사용하는 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도하는 영업권 (영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한 다) 제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. (2) 국세기본법 제14조 【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 의하여 확인되는 이 사건 주요 경위는 다음과 같다. (가) 쟁점부동산 등기사항전부증명서의 주요 기재내역은 아래 <표1>과 같은바, 청구인이 2019.2.20. D으로부터 매매로 취득하여 2019.11.22. B에게 매매를 원인으로 양도한 것으로 나타난다. <표1> 쟁점부동산 등기사항전부증명서 주요 기재내역

○○○ (나) 2014년 이후 쟁점부동산 소재지의 사업자등록 현황 내역은 아래 <표2>와 같은바, 청구인은 2019.3.13.부터 2019.12.9.까지 A을 운영한 것으로 나타난다. <표2> 쟁점부동산 소재지 사업자등록 현황 내역

○○○ (다) 청구인의 이 건 양도소득세 신고내역과 처분청의 경정내역은 아래 <표3>과 같은바, 처분청은 청구인이 신고한 양도가액에 쟁점금액을 가산하고, 취득가액에 OOO원을 가산하여 양도소득금액 OOO원을 산정하였고, 1년 미만 단기양도세율 50%를 적용한 결정세액 OOO원에 가산세 OOO원(신고불성실 가산세 OOO원, 지연납부가산세 OOO원) 을 더하여 양도소득세 OOO원을 경정결정한 것으로 나타난다. <표3> 양도소득세 신고 및 경정 내역

○○○ (라) 청구인이 2019.11.11. B과 작성한 쟁점부동산 매매계약서에 의하면, 매매대금은 OOO원이고, 쟁점금액 관련 사항은 기재되어 있지 아니하며, 특약사항 1.에는 현시설 상태에서의 매매계약으로 기재되어 있고, 중개보수는 컨설팅수수료로 한다고 기재되어 있다.

(2) 청구인은 쟁점부동산 양도 시 양도대가 OOO원 외에 시설비에 대한 계약을 따로 하면서 시설비 목록을 같이 첨부하여 시설비조로 OOO원(쟁점금액)을 수령하였고, 당초 쟁점부동산 취득시에도 시설비 계약을 체결하여 시설비조로 OOO원을 지급한 사실이 있다고 주장하며, 그 증빙으로 2019.11.1. 작성 기자재 양도·양수계약서와 기자재 내역서 목록, 2019.1.25. 작성 기자재 취득 관련 계약서를 제시하였는바, 기자재 양도·양수계약서에는 기자재 매매대금이 OOO원으로 기재되어 있고, 법률적 제한으로 인허가가 불가할 경우 본 계약은 무효로 한다고 기재되어 있으며, 기자재 내역서의 시설 및 설비목록 현황에는 기자재의 가액이 OOO원으로 기재되어 있고, 기자재 취득 관련 계약서(시설비 계약서)에는 시설비 가액이 OOO원으로 기재되어 있다.

(3) 청구인은 쟁점금액과 관련하여 2019.11.1. 청구인, 양수인, 컨설팅업체인 C와 체결한 컨설팅(인가용역, 시설·권리)계약서와 컨설팅 용역(인가용역) 관련 수수료계약서를 제시하였는바, 컨설팅계약서의 상단에는 A 영업권의 양도에 대하여 양도인과 양수인이 합의하고 컨설팅(인가용역, 시설·권리) 계약을 체결한다는 내용이 기재되어 있다. (4) 처분청이 제시한 심리자료(이의신청 결정서 사실관계 등)에 의하면, 쟁점부동산 소재지에서 운영되었던 요양원은 사업소득이 발생하지 않는 사업장이고, 대표자들은 근로소득자(근로소득 지급명세서로 확인)이며, 쟁점금액과 관련하여 청구인이 2019년 귀속 종합소득으로 신고한 내역은 없고, 쟁점금액 관련 시설비가 대차대조표에 등재되었는지 여부는 확인되지 아니한다고 기술되어 있다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 쟁점금액이 요양원 시설비의 대가이므로 처분청이 쟁점부동산과 함께 양도된 영업권 대가로 보아 양도가액에 포함하는 것은 부당하다고 주장하나,소득세법제94조 제1항 제4호 가목에서는 사업에 사용하는 토지 또는 건물 등의 자산과 함께 양도하는 영업권은 양도소득에 포함된다고 하면서 영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익이 포함된다고 규정하고 있는바, 쟁점금액과 관련하여 2019.11.1. 청구인, 양수인, 컨설팅업체인 C 간에 체결한 컨설팅(인가용역, 시설·권리)계약서에 쟁점부동산 소재 요양원의 영업권 양도에 대하여 양도인과 양수인이 합의하고 컨설팅(인가용역, 시설·권리) 계약을 체결한다고 기재되어 있는 점, 쟁점부동산 매매계약서와 컨설팅 계약서가 별도로 작성된 사실은 있으나, 쟁점부동산 매매계약서에 중개보수를 컨설팅수수료로 한다고 되어 있고, 별도의 중개수수료를 수취한 사실이 확인되지 아니하는 사실에서 쟁점부동산 매매거래와 컨설팅 계약의 실질은 영업권을 포함한 사업장(요양원) 전부의 동일 단위 매매거래로 보이며, 컨설팅 계약서 계약내용 제5조에 매매계약이 해제될 경우, 본 권리양도 계약은 무효로 하고, 매매계약은 인허가 완료시점에 완성되는 것으로 하며, 지방자치단체의 인허가를 받기 전까지의 매매계약은 유효하지 않은 가계약이라고 규정하고 있으므로 쟁점금액 관련 컨설팅 계약을 별도의 계약으로 보기는 어려운 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제2 호에 의하여 주문과 같이 결정한 다.