조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점부동산의 실질 소유자는 쟁점법인의 주주인 청구인이 아니라 쟁점법인이라는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2025-서-2256 선고일 2025.11.14

쟁점법인은 쟁점부동산 거래 외에는 다른 사업실적이 없어 쟁점부동산의 거래만을 위하여 형식적으로 설립된 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점부동산의 소유자를 청구인으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단됨

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분 개요
  • 가. ㈜a(이하 “쟁점법인”이라 한다)는 2021.11.4. 대전광역시 중구 OOO에서 개업하여 온라인 정보제공업/정보통신업을 주업종으로 영위하는 비상장법인으로 청구인과 청구인의 자녀인 b은 쟁점법인의 주주(각 지분율 50%)이자 공동대표자이다.
  • 나. 쟁점법인은 2022.2.3. 서울특별시 강남구 OOO에 소재하는 토지(167㎡) 및 5층 근린생활시설(471.44㎡)(이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 OOO원에 취득하고, 2022.9.30. 이를 OOO원에 양도하였다.
  • 다. aa지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.8.21.부터 2024.9.13.까지 쟁점법인에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점부동산을 단기간에 양도함에 따른 고율(1년 미만 보유 50%)의 양도소득세를 회피하고자 실체가 없는 쟁점법인을 설립하여 법인의 명의로 쟁점부동산을 취득하고 이를 양도하여 저율의 법인세를 신고ㆍ납부한 것으로 보았고, 이에 따라 청구인을 쟁점부동산의 실질 소유자로 하여 쟁점법인의 관련 제세를 결정 취소하고 청구인에게 양도소득세 기한 후 신고를 안내하였다.
  • 라. 청구인은 세무조사 이후에 조사청의 안내에 따라 2024.10.17. 쟁점부동산 양도와 관련하여 양도소득세 OOO원을 기한 후 신고하였으나 세액은 납부하지 아니하였는데, 처분청은 청구인이 양도소득세 기한 후 신고 시에 필요경비로 산입한 기업경영 자문료 명목의 비용 OOO원을 부인하고 무납부한 세액을 포함하여 2025.4.7. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지하였다.
  • 마. 청구인은 이에 불복하여 2025.4.30. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점법인의 쟁점부동산 거래내역 등 사실관계에 대하여 다음과 같이 제시하고 있다. (가) 쟁점법인은 2021년 설립되어 법인의 명의로 2022.2.3. 쟁점부동산을 OOO원에 취득하여 약 OOO원의 취득세 및 필요경비 등을 지출하고 같은 해 2022.9.3. OOO원(공급가액)에 양도하였는데, 부동산 등기부등본상 확인되는 바와 같이 모두 쟁점법인의 명의로 취득하고 양도한 것이다. (나) 쟁점부동산을 취득하는 과정에서 쟁점부동산 담보대출 OOO원과 쟁점법인 운영자금 대출 OOO원 모두 쟁점법인의 명의로 실행하였는데, 담보대출 OOO원은 2022.9.30. 쟁점부동산 양도 시에 법인의 명의로 상환하였고 운영자금 대출 OOO원은 현재까지 쟁점법인의 부채로 남아있다. (다) 또한 쟁점법인과 청구인 및 청구인의 가족 간의 금전대차거래는 모두 법인의 가지급금 및 가수금으로 장부에 기장되어 있으며 특히 b의 가지급금 중 OOO원은 2024.12.18. 본인 소유 도곡동 아파트를 담보로 하여 동 금액을 대출받아 쟁점법인의 OOO 대출액 OOO원을 대환하는 방식으로 상환하였고, 추가로 나머지 가지급금도 조속한 시일 내에 상환할 계획 중에 있다.

(2) 쟁점부동산은 쟁점법인이 소유하였으며 법인 명의로 취득과 양도가 이루어졌고, 이에 대한 권리 및 의무는 쟁점법인에 귀속된 것이다. (가) 법인은 법률로서 인격을 부여받은 것으로 실제 업무는 자연인이 하는 것일지라도 권리 및 의무는 법인에게 귀속되는 것인데, 2022년 당시 쟁점부동산을 등기부등본상 확인되는 바와 같이 모두 쟁점법인의 명의로 취득하고 양도하였으며 등기부등본에 등재된 사실에 대하여 대법원은 등기의 추정력을 인정하고 있으므로 등기부상 권리자로 공시된 쟁점법인이 정당한 당사자로 인정된다. (나) 쟁점법인은 쟁점부동산의 취득자금 대부분을 법인 명의로 대출을 실행하여 취득하였으며 이를 법인 명의로 상환하였기 때문에 대부분의 권리 및 의무가 법인에게 귀속되었고, 쟁점부동산이 쟁점법인의 소유가 아니라고 할만한 중대한 금융자료도 없고, 쟁점법인이 쟁점부동산을 OOO원에 취득하면서 OOO원의 담보대출과 운영자금 OOO원까지 법인의 명의로 대출을 실행하였고, 쟁점부동산 양도대금의 대부분인 OOO원 이상이 쟁점법인의 계좌로 입금되어 OOO원의 대출을 상환한 것을 청구인 개인의 양도라고 하는 것은 합리적인 판단에 따른 처분이 아니다. (다) 또한 법인이 자금 융통에 있어서 개인보다 유리한 점이 있어 쟁점법인의 명의로 대출을 실행하였고, 이를 청구인 등이 사적 용도로 차용한 점은 있으나, 이는 당해 거래 이후의 문제이며 쟁점법인의 가지급금으로 하여 법에 따라 적정히 계상하였고 현재 가지급금을 상환해가고 있다. (라) 부동산 등기부등본상이나 금융거래상 쟁점부동산의 거래는 쟁점법인이 한 것임이 명백함에도 쟁점법인의 모든 행위를 부인하고 청구인 개인의 양도하고 판단한다면, 이는 법인의 가지급금인정이자 계산이나 상여처분과 배당 등을 과세할 수 있는 법적인 근거가 없게 될 것이고, 오히려 법인 소유의 부동산을 실제 대표자 개인의 것이라고 주장하더라도 이를 인정받지 못 하는 것이 통상의 판례이다. (마) 부동산 등기부등본상 쟁점법인의 명의로 쟁점부동산을 취득 및 양도하였고, 어떤 재산에 대하여 등기나 등록 그 밖의 공시방법을 갖춘 명의인이 있는 경우 그 재산은 특별한 사정이 없는 한 그 처분문서에 기재되어 있는 내용에 따라 당사자 간의 의사표시가 있었던 것으로 해석하여야 하며 공시방법을 갖춘 재산을 명의신탁재산으로 보기 위해서는 증거가치가 충분한 많은 간접자료에 의하여 명의신탁 여부가 충분히 입증되어야 할 것인데 이 건은 그러하지 아니하다. (바) 세무조사 등 일련의 과정에서 당시 세무대리인의 잘못된 조력과 조사청의 잘못된 안내에 기인하여 청구인이 쟁점부동산의 실질 소유자로 하여 양도소득세 기한 후 신고를 함에 따라 혼선을 빚게 한 점에 대하여는 처분청 및 조사청에 대단히 죄송하나, 그럼에도 불구하고 명백한 쟁점법인의 거래에 대하여 청구인 개인의 거래로 보아 양도소득세 기한 후 신고를 안내한 조사청에서도 잘못이 있는 것이다. (사) 이 건 쟁점법인의 쟁점부동산 거래는 부동산 등기부등본을 통해 권리의 주체가 누구인지 확인되는 상황에서 법인의 거래를 무시하고 청구인이 양도소득세 기한 후 신고를 한 것은 명백한 착오에 의한 것이니 이 건 양도소득세 처분은 취소되어야 마땅하다.

(3) 청구인은 처분청 의견에 대하여 다음과 같이 반박하였다. (가) 처분청은 쟁점법인의 주주는 청구인과 청구인의 자녀인 b으로 구성되어 있지만 자본금도 전부 청구인이 대납해 주었으며 자녀는 업무에 전혀 관여하지 아니하였고 청구인이 쟁점부동산 거래 관련 업무를 주도하였으니 쟁점법인은 형식적인 절차를 갖추기 위한 것일 뿐이라는 의견이나, 쟁점법인의 주주 구성이 쟁점부동산 거래 주체가 누구인지 판단하는 기준이 될 수 없으며 청구인과 b은 공동대표로서 각각 법률행위의 주체가 될 수 있는데 형식적이라 하더라도 등기부등본상 법률적인 자격을 취득하였음은 부인할 수 없고 또한 쟁점법인의 담보대출 OOO원과 운영자금 대출 OOO원에 대한 대출서류 작성 시에 b이 직접 작성하는 등 업무에 관여하였다. (나) 처분청은 대전광역시 중구에 소재하는 쟁점법인의 사업장도 형식적으로 청구인의 부친이 소유한 부동산을 임차하여 사용한 것으로 보여질 뿐 실제 사업을 영위할 수 없는 폐가라는 의견이나, 쟁점법인은 부동산매매업을 영위하는 법인으로서 사업장이 반드시 필요한 것도 아니었으며 수많은 소호사무실의 법인들도 모두 개인사업자라고 하여야 할 것이다. (다) 처분청은 쟁점법인의 장부와 금융거래내역상 청구인이 쟁점법인의 자금을 사적으로 사용한 사실들이 무수히 확인되었으므로 쟁점법인의 명의로 쟁점부동산을 등기하고 대출을 받았다는 사실만으로 쟁점법인을 정상적인 법인으로 보기 어렵다는 의견이나, 법인의 자금을 일부 사적으로 사용하였다고 하여 법인을 개인사업자로 본 사례가 없으며 이는 법인의 가지급금인정이자 계산이나 상여처분 등 법인세법령상 과세 근거를 해하는 판단이고, 또한 청구인은 사적으로 사용한 법인의 자금을 쟁점법인의 손금으로 비용처리하지 아니하고 가지급금을 계상하여 추후 법인에 상환하여야 하는 대여금으로 계상함에 따라 쟁점법인과 청구인 개인을 엄격히 구분하였다. (라) 처분청은 청구인이 고율의 양도소득세를 회피하기 위하여 부동산 컨설팅을 받아 쟁점법인을 형식적으로 설립하여 법인 명의로 쟁점부동산을 취득하여 양도한 것이라는 의견이며 청구인이 세무조사 당시 작성한 확인서(이하 “쟁점확인서”라 한다)를 첨부하였는데, 쟁점확인서는 청구인이 직접 작성한 바 없으며 쟁점확인서에 기재된 서명이나 날인된 도장도 청구인의 것이 아니고, 세무조사 당시 세무대리인이 청구인의 동의 없이 조사청의 직원과 작성한 것으로서 쟁점확인서에 대한 어떠한 내용도 청구인에게 전달된 바 없어 청구인은 과세전적부심사 청구 시에 처음 보았다. (마) 양도소득세와 법인세 간의 세율 차이를 두고 청구인이 양도소득세를 회피하기 위하여 쟁점법인의 명의로 쟁점부동산을 거래한 것이라는 처분청의 의견은 모든 법인사업자를 매도하는 지나친 비약이고, 만약 청구인이 쟁점법인의 가지급금을 상환하지 아니하고 특수관계가 종료된다면 가지급금 전액이 상여처분되어 더 많은 소득세가 계상될 것이다. (바) 처분청은 쟁점법인이 형식상 법인에 불과하며 실질적으로는 개인의 기업으로 자금의 구분이 어려울 정도로 개인자금과 혼용되어 사용되었다는 의견이나, 고액의 쟁점부동산을 취득하고 양도하는 과정에서 지출되고 입금된 금융거래내역이 모두 쟁점법인의 계좌에서 확인됨에도 불구하고, 청구인 등의 일부 사적인 사용이 있다고 하여 이를 법인과 개인을 혼용한 것이라는 의견은 지나치고, 쟁점부동산 양도대금 약 OOO원 중 쟁점법인과 관련되어 지출된 금액은 약 OOO원인데 이를 법인과 개인을 혼용하였다고 하는 것은 앞뒤가 맞지 않은 것이다.

(4) 쟁점법인이 1년 미만 기간에 쟁점부동산을 약 OOO원에 취득하여 부가가치세를 제외한 OOO원에 양도하여 단기간에 큰 소득을 얻은 것처럼 보이나, 쟁점법인의 장부에 기장할 수 없는 비공식적인 경비 지출이 많았으며 상당한 대출금에 따른 이자비용을 부담하던 상황에서 쟁점부동산의 임차인을 구하지 못하다 어쩔 수 없이 쟁점부동산을 양도한 것으로 실제 소득은 없었다. 나. 처분청 의견 청구인은 부동산 컨설팅을 받아 고율의 양도소득세를 회피하기 위하여 쟁점법인을 형식적으로 설립하였고, 쟁점부동산을 법인의 명의로 취득하고 양도한 것이다.

(1) 쟁점법인은 고율의 양도소득세를 회피하기 위하여 형식적으로 설립된 법인이다. (가) 청구인은 당초 세무조사 중에 ‘잘못된 컨설팅을 받아 쟁점법인을 설립 후 법인 명의로 쟁점부동산을 취득하고 양도하였으나 실질적으로 법인은 형식일 뿐입니다’라는 내용의 쟁점확인서를 작성하여 조사청에 제출하였다. (나) 청구인은 쟁점부동산을 2022.2.3. 취득하고 2022.9.30. 이를 양도하여 단기 양도차익에 대한 50%의 세율(1년 미만 보유)로 양도소득세를 산출하여 부담하여야 하나, 쟁점법인을 내세워 쟁점부동산을 취득 및 양도함으로써 아래 <표1>과 같이 양도차익을 축소시키고 10%의 세율을 적용받았으므로 이는 법인격 남용을 통한 사기 기타 부정한 방법으로 조세를 탈루한 것이라 보아야 한다. <표1> 쟁점법인의 법인세 및 청구인의 양도소득세 비교 (단위: 백만원) (다) 쟁점법인의 사업장 소재지는 대전광역시 중구 OOO인데, 사업장은 거주지 인근이나 쟁점법인과 같이 부동산매매업을 영위하는 경우에는 해당 물건지에 두는 것이 일반적이나, 청구인과 b의 주민등록초본상 주소지 변경 이력을 확인한바, 인천광역시 및 서울특별시 등에서 거주한 사실만이 확인된다. (라) 쟁점법인의 사업장 임대차계약서를 확인한바, 임대인은 b의 조부인 c로 확인되며 전세보증금은 OOO원으로 기재되어 있으나, 금융거래내역상 임대인에게 전세보증금을 지급한 내역은 확인되지 않으므로 이는 사업자등록을 위하여 형식적으로 작성한 것으로 보인다. (마) 또한 사업장 소재지를 직접 방문하여 같은 건물 1층에 위치한 공인중개사 사업자에게 2층인 쟁점법인의 사업장을 탐문한바, 2층은 전기 및 가스 등의 생활시설이 설치되어 있지 아니하여 사업을 영위할 수 있는 장소가 아니며 계속해서 공실 상태임을 확인하였다.

(2) 쟁점법인은 쟁점부동산의 취득 및 양도만을 위하여 설립된 법인이다. (가) 쟁점법인은 2021.11.16. 대전광역시 중구 OOO에서 개업하여 2022.2.3. 쟁점부동산을 OOO원에 취득하고 2022.9.30. OOO원에 양도하였는데, 이후 조사기간 종료일까지 쟁점부동산 외에 다른 부동산을 취득 및 양도한 사실이 없으며 부동산매매업 외에 다른 업종의 사업을 영위한 사실이 없다. (나) 청구인은 외국어 학원, 고시원 등을 운영한 이력이 있으며 b은 고시원 운영, 컨설팅 자문업체에서 근무한 이력이 전부인데, 쟁점법인의 주주이자 공동대표자인 청구인과 b은 부동산매매업을 영위하거나 같은 업종의 업체에서 근무한 이력이 전혀 없음에도 불구하고, 쟁점법인을 설립하여 쟁점부동산을 취득 및 양도하였다. (다) 청구인이 설립한 쟁점법인을 운영하며 부동산매매업을 계속해서 영위하고자 하였다면, 쟁점부동산의 양도차익 OOO원을 쟁점법인에 유보시켜 다른 부동산 매매를 준비하는 것이 통상적이라 하겠으나, 쟁점법인의 금융거래내역을 확인한바, 쟁점부동산의 양도차익으로 청구인 배우자의 대출 상환, 청구인 자녀 b의 증여세 대납 등과 같이 쟁점법인과 쟁점법인의 업무와는 전혀 무관하게 사적인 용도로 사용함에 따라 2023년 말 쟁점법인의 계좌잔액은 거의 없는 것으로 아래 <표2>와 같이 나타난다. <표2> 쟁점법인의 금융계좌 잔액 (단위: 원)

(3) 쟁점법인은 신의성실의 원칙을 위배한 것으로 형식상 법인에 불과하며 실질적으로는 개인의 기업으로 보아야 할 것이고, 쟁점부동산의 취득자금 원천 및 양도대금 사용처 그리고 쟁점법인 명의 대출금 사용처 등을 미루어 보아 쟁점법인과 청구인의 자금이 구분이 어려울 정도로 혼용되었다. (가) 쟁점부동산의 취득자금 OOO원의 원천은 쟁점법인 명의로 실행한 대출금 OOO원과 청구인이 임대하고 있는 서울특별시 강남구 대치동 소재의 아파트 임대보증금 OOO원 중 일부가 사용된 것을 확인되고, 청구인의 자녀인 b이 쟁점법인에 납입한 가수금 OOO의 자금 원천은 위 청구인의 아파트 임대보증금 OOO원 중 일부와 청구인의 배우자 자금 OOO원으로 확인되는데, 결국 b이 납입한 가수금 OOO원은 전부 모친인 청구인과 청구인의 배우자가 대신 납입해 준 것이다. (나) 쟁점부동산의 양도대금 OOO원의 사용처는 쟁점법인 OOO원(법인 명의 대출금 및 이자 상환), 청구인 OOO원(대출금 상환 및 임대보증금 상환 등), 청구인의 배우자 OOO원(배우자 채무상환 및 세금 납부 등), 청구인의 자녀 OOO(증여세 납부 등), 청구인의 모친 OOO원(차입금) 등으로 확인되는데, 쟁점부동산 취득을 위한 대출금 및 이자 상환 외에 법인의 운영을 위하여 사용된 것은 극히 일부이고, 증여 등 청구인 개인이 사적으로 사용하였음이 명확하고, 청구인 개인이 사적으로 사용한 내역들이 기장되어 있는 쟁점법인의 2022사업연도 가지급금 계정별원장만 보더라도 정상적으로 부동산매매업을 영위하는 법인이라 보기 어렵고, 이는 청구인이 쟁점부동산의 양도대금으로 청구인의 배우자 및 자녀인 b에게 현금을 증여하는 등 사적으로 사용한 사실을 은닉하고 탈루하기 위하여 쟁점법인의 가지급금으로 위장하고 쟁점법인의 자금을 유출한 것으로 보인다. (다) 청구인은 자녀인 b의 쟁점법인에 대한 가지급금 OOO원을 2024.12.18. b 소유의 아파트를 담보로 하여 대출받아 상환하였고, 나머지 가지급금도 조속한 시일 내에 상환할 계획이라고 주장하나, 당초 b의 가지급금 OOO원은 서울특별시 강남구 도곡동에 소재하는 b 소유의 아파트 임대보증금을 상환하기 위하여 쟁점법인의 자금을 차입한 것이고, 당초부터 청구인의 자녀 b이 쟁점법인의 자금을 사적으로 사용하기 위하여 법인 명의로 대출을 받아 차입한 것이었으며 2024.12.18. 상환했다는 것으로 보아 세무조사 종료 후 2024.12.23. 쟁점법인의 직권폐업 취소 요청과 2025.1.31. 과세전적부심사 청구를 하기 위한 하나의 근거로 사용하기 위하여 상환한 것으로 보인다. (라) 쟁점법인은 청구인의 양도소득세 등 제세 탈루 목적과 청구인 및 그 가족들에 원활한 자금 조달을 위한 도구에 불과할 뿐 부동산매매업을 영위하는 정상적인 법인이라고 보기 어렵다.

(4) 처분청은 회사의 법인격을 전면적으로 박탈하여 법인으로서의 존재 자체를 부정하려는 것이 아니라, 쟁점법인의 배후에 있는 청구인이 법률 적용을 회피하기 위한 수단으로서 쟁점법인을 내세워 사용하였으므로 실질과세 원칙 및 신의성실의 원칙에 따라 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한 것이다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 쟁점부동산의 실질 소유자는 쟁점법인의 주주인 청구인이 아니라 쟁점법인이라는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법률: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 조사청은 쟁점법인에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 아래와 같이 쟁점부동산을 취득 및 양도한 쟁점법인의 관련제세를 결정 취소하고 청구인으로부터 쟁점부동산의 양도대금을 수증한 b에 대한 증여세 부과처분 내용으로 세무조사 결과통지서를 통보하였는데, 조사한 내용 등에 쟁점법인은 형식상 법인에 불과하며 부동산의 실질 소유자로 확인된 청구인에게 양도소득세를 부과하고 청구인의 가족이 사용한 양도대금에 대해 증여세를 부과한다고 기재되어 있다. 조사청은 쟁점법인에 대한 세무조사 결과통지서와 같이 실체가 없는 쟁점법인의 명의로 쟁점부동산을 취득 및 양도한 것으로 보아 쟁점법인 관련 제세를 결정취소할 것을 예고한 것으로 아래 <표3>과 같이 나타난다. 조사청은 b에 대한 세무조사 결과통지서와 같이 모친인 청구인으로부터 쟁점부동산 양도대금 일부를 수증한 b에 대하여 증여세를 부과처분 할 것을 예고한 것으로 아래 <표4>와 같이 나타난다. <표3> 쟁점법인 관련제세 결정취소 예고내역 일부 (단위: 원) <표4> b에 대한 증여세 부과처분 예고내역 일부 (단위: 원) (나) 청구인과 b을 대상으로 쟁점법인에 대한 주식변동조사 종결보고서 내용에 의하면, 청구인은 쟁점부동산을 단기 양도하고 고율(50%)의 양도소득세를 회피하기 위해 실체가 없는 페이퍼컴퍼니인 쟁점법인을 만들어 저율(10%)의 법인세로 쟁점부동산 양도소득에 대하여 신고ㆍ납부한 것으로 결론을 내렸는데, 쟁점법인은 형식적으로 설립하였으며 쟁점부동산의 매매 이외에 다른 사업활동은 없고 청구인이 쟁점부동산의 양도대금을 사용하였다는 등의 내용이 아래 <표5>와 같이 나타난다. <표5> 주식변동조사 종결보고서 내용 일부(2024.9.) (다) 청구인은 쟁점법인에 대한 주식변동조사와 관련하여 아래 <표6>과 같이 쟁점확인서를 작성한 것으로 나타난다. <표6> 청구인의 쟁점확인서 내용(2024.9.27.) 또한, 청구인은 쟁점부동산 양도대금 중 일부를 배우자 및 b에게 증여한 사실과 모친 및 배우자의 근저당채무를 상환하였다고 확인한 것으로 나타난다. (라) 청구인은 청구인의 명의로 작성하여 조사청에 제출된 쟁점확인서는 세무조사 당시 세무대리인이 청구인의 동의 없이 조사청의 직원과 작성한 것으로서 쟁점확인서에 대한 어떠한 내용도 청구인에게 전달되지 아니하였고, 청구인이 쟁점확인서를 직접 작성한 바 없다는 등을 주장하나, 처분청이 제출한 자료에 의하면, 청구인 등이 세무대리인과 OOO단체톡방을 개설하여 쟁점확인서 등에 대한 논의를 한 후 세무대리인이 작성하여 제출한 것으로 나타난다. (마) 청구인은 세무조사 이후에 조사청의 안내에 따라 2024.10.17. 쟁점부동산 양도와 관련하여 양도소득세 OOO원을 기한 후 신고하였으나 세액은 납부하지 아니하였는데, 처분청은 청구인이 양도소득세 기한 후 신고 시에 필요경비로 산입한 기업경영 자문료 명목의 비용 OOO원을 부인하고 무납부한 세액을 포함하여 2025.4.7. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정ㆍ고지한 것으로 아래 <표7>과 같이 나타난다. <표7> 청구인의 양도소득세 기한 후 신고 및 경정내역 (단위: 원) (바) 쟁점법인은 2021.11.4. 대전광역시 중구 OOO에서 개업하여 온라인 정보제공업/정보통신업을 주업종으로 영위하는 비상장법인으로 쟁점부동산을 취득하고 양도하였던 2022사업연도를 제외하고는 그 외 별다른 사업활동은 없는 것으로 보이며 2021사업연도와 2023 ~2024사업연도는 무실적인 것으로 나타난다. (사) 주식회사설립등기신청서에 의하면, 주식발행사항동의서, 주식인수증(청구인 및 b 각 25,000주), b 명의 계좌 잔액증명서, 2020.10.21. 사업장소재지에서 발기인 청구인과 b이 발기인 총회를 거쳐 발행주식 총수 50,000주(1주당 OOO원)에 대한 OOO원의 주금 납입과 대표이사인 사내이사를 청구인과 b으로 감사를 임권표로 선임하는 등의 내용이 나타난다. 주민등록초본에 의하면, 청구인과 청구인의 자녀 b은 주로 서울특별시, 인천광역시 등에만 거주하였으며 쟁점법인의 사업장이 소재하는 대전광역시에는 거주하지 아니하였고, 사업장 임대차계약서 (2021.11.12.) 에 의하면, 임대인은 b의 조부인 c로 전세보증금은 OOO원이며 계약금 OOO원을 임대인 c가 영수한 것으로 서명되어 있는데, 처분청은 쟁점법인이 실제 임대인에게 전세보증금을 지급한 것이 확인되지 아니한다는 의견이며, 또한 주식변동조사 종결보고서 등에 의하면, 조사청이 사업장 소재지를 직접 방문하여 공인중개사 사업자에게 쟁점법인의 사업장을 탐문한바, 전기 및 가스 등의 생활시설이 설치되어 있지 아니하여 사업을 영위할 수 있는 장소가 아니며 계속해서 공실 상태임을 확인한 것으로 나타난다.

(2) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 따르면, 쟁점부동산 거래 및 대금과 관련하여 다음과 같은 사실이 나타난다. (가) 쟁점법인은 쟁점부동산 취득자금을 마련하고자 2022.1.28. 쟁점법인의 이사회를 개최하여 쟁점부동산과 서울특별시 마포구 OOO토지 및 건물(소유자 청구인, b, d, e)을 담보로 하여 시설자금 OOO원을 차입할 것을 결정하였고, 주식회사 f 여신거래약정서에 의하면, 2022.2.3. 본인을 쟁점법인으로 담보제공자를 e, 청구인, d, b으로 하여 쟁점법인은 OOO원의 담보대출을 실행한 것으로 나타난다. (나) 또한 시설자금 OOO원 외에 쟁점법인은 법인 운영자금을 마련하고자 2022.2.14. 이사회를 개최하여 운전자금 OOO원을 차입할 것을 결정하였고, OOO은행으로부터 2022.2.24. 본인을 쟁점법인으로 하여 쟁점법인은 OOO원의 일반자금대출을 실행한 것으로 나타난다. (다) 쟁점법인의 쟁점부동산 취득 계약서(2021.10.23.)에 의하면, 쟁점법인은 2021.10.23. 쟁점부동산을 OOO원(건물분 부가가치세 OOO원 별도)에 취득하는 매매계약(2021.10.23. 계약금 OOO원, 2022.2.3. 잔금 OOO원)을 체결하였다. (라) 쟁점법인은 2022.2.3. 쟁점부동산을 OOO원(건물분 부가가치세 OOO원 별도)에 취득한 것과 관련하여 조사청이 정리한 금융거래내역은 아래 <표8>과 같이 나타난다. 쟁점법인의 담보대출 OOO원과 b의 가수금 OOO원 그리고 청구인과 청구인의 배우자 e가 b에게 입금한 금원을 원천으로 하여 부가가치세를 포함한 OOO원을 출금하여 쟁점부동산을 취득한 것으로 나타나고, 처분청은 쟁점부동산의 취득자금 원천은 쟁점법인 명의로 실행한 대출금 OOO원과 청구인이 임대하고 있는 서울특별시 강남구 대치동 소재의 아파트 임대보증금 OOO원 중 일부가 사용되었다는 의견이다. <표8> 쟁점부동산 취득대금 관련 금융거래내역 일부 (단위: 원) (마) 쟁점법인은 쟁점부동산 양도 관련 이사회(2022.9.1.)를 개최하였고, 쟁점법인의 쟁점부동산 양도계약서(2022.9.6.)에 의하면, 쟁점법인은 2022.9.6. 쟁점부동산을 OOO원(건물분 부가가치세 OOO원 별도)에 양도하는 매매계약(2022.9.6. 계약금 OOO원, 2022.9.30. 잔금 OOO원)을 체결한 것으로 나타난다. 매매계약서 특약사항 제16조 제8항에 청구인은 1차 계약금(OOO원, 2022.7.15.)을 쟁점법인의 대표자인 청구인의 개인 계좌로 지급한 사실이 있으며 쟁점법인이 매매대금의 10% 계약금을 지급받고 당일 자정까지 1차 계약금 전액을 반환하기로 한다는 내용이 기재되어 있다. (바) 쟁점법인은 2022.9.6. 쟁점부동산을 OOO원(건물분 부가가치세 OOO원 별도)에 양도한 것과 관련하여 조사청이 정리한 금융거래내역과 2022사업연도 가지급금 계정별원장을 제출하였으며, 쟁점법인의 금융거래내역에 의하면, 쟁점부동산의 양도대금 OOO원을 입금받아 쟁점법인의 대출금 OOO원에 관한 원리금을 상환하는 것 외에는 청구인과 가족들이 생활비를 지출하거나 대출ㆍ임대보증금 채무를 상환하거나 세금을 납부하는 등 사적으로 사용하고 이를 가지급금으로 계상하였으며 주식회사 g에 경영자문 비용 등을 지급한 것으로 아래 <표9>와 같이 나타난다. <표9> 쟁점부동산 양도대금 관련 금융거래내역 일부 (단위: 원) 주식변동조사 종결보고서에 의하면, 부동산 거래 관련 자금흐름을 검토한바 청구인이 쟁점부동산 양도대금을 사용한 것이 확인되었고, 처분청은 쟁점부동산의 양도차익으로 청구인 배우자의 대출 상환, 청구인 자녀 b의 증여세 대납 등과 같이 쟁점법인과 쟁점법인의 업무와는 전혀 무관하게 사적인 용도로 사용함에 따라 아래 <표10>과 같이 2023년말 쟁점법인의 계좌잔액은 거의 없다고 기재되어 있는 것으로 나타난다. <표10> 쟁점법인의 금융계좌 잔액 현황 (단위: 원) (사) 쟁점법인의 2022사업연도 기말 자산 OOO원 중 쟁점부동산의 양도대금 등 법인의 자금을 인출하고 사적으로 사용함에 따라 이를 가지급금으로 계상하여 쟁점법인의 2022사업연도 주주ㆍ임원ㆍ직원 단기대여금 잔액은 OOO원이며 이에 따른 인정이자를 OOO원으로 산출하여 익금산입 소득처분한 것으로 나타나고, 쟁점법인의 2023사업연도 주주ㆍ임원ㆍ직원 단기대여금 잔액은 OOO원이며 이에 따른 인정이자는 OOO원으로 산출하여 이를 이자수익으로 인식한 것으로 나타난다. (아) 청구인은 법인이 자금융통면에 있어 유리하므로 쟁점법인 명의 대출금을 청구인 등이 사적인 용도로 차용한 점은 있으나, 이를 손금으로 비용처리하지 아니하고 쟁점법인의 가지급금으로 적정히 계상하여 추후 법인에 상환하여야 하는 대여금으로 처리하고 인정이자까지 세무조정하여 현재 가지급금을 상환하고 있으며, 청구인의 자녀 b은 2024.12.18. 본인 소유 도곡동 소재 아파트를 담보로 하여 OOO원을 대출받아 쟁점법인의 대출금 OOO원을 대환하는 방식으로 가지급금을 상환하였다며 OOO의 확인증을 제출하였다. (자) 쟁점부동산의 등기사항증명서에 의하면, 쟁점법인이 매매를 원인으로 소유권이전한 후 양도한 것으로 나타난다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점법인이 쟁 점부동산을 소유하고 있고 법인 명의로 취득과 양도가 이루어져 이에 대한 권리 및 의무는 쟁점법인에 귀속된 것이고, 쟁점확인서에 서명한 사실도 없으므로 이를 근거로 청구인을 쟁점부동산의 소유자로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 사실을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없는 것이다(대법원 2002.12.6. 선고 2001두2560 판결 참조). 청구인이 작성한 쟁점확인서에 의하면, “ 과거에 컨설팅을 받았던 사실과 절세를 하고자 쟁점법인을 형식적으로 설립하여 법인 명의로 쟁점부동산을 거래하였다”는 내심의 의사는 청구인을 제외하면 알기 어려운 성질의 것으로서 이러한 내용을 세무조사 당시 세무대리인이 청구인의 동의없이 작성하기 어렵고, 처분청이 제시한 자료에 따르면, 세무대리인이 청구인과 메신저 단체대화방에서 쟁점확인서 작성과 관련하여 상의한 것으로 나타나는 점, 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다(대법원 2012.1.19. 선고 2008두8499 판결 참조). 쟁점법인은 청구인의 거주지나 쟁점부동산 소재지가 아닌 대전광역시에 소재한 b의 조부 건물에 사업장을 임차하여 등기하였으나 처분청의 현장 확인내용에 따르 면 생활설비의 미비로 사업장으로 사용하기 어려워 계속해서 공실상태로 되어 있는 것으로 나타나는 점, 쟁점법인은 법인 명의의 대출금 상환 등 최소한을 제외한 쟁점법인의 가용 가능한 자금 전부를 상당한 기간과 여러 횟수에 걸쳐 가지급금 명목으로 사외 유출하여 청구인 등이 사적으로 사용함에 따라 쟁점법인을 단지 가지급금 채권만을 보유하는 무자력한 회사로 만들어 실질적으로 쟁점부동산의 양도소득을 청구인에게 귀속시켰다고 볼 수 있는 점, 쟁점법인은 쟁점부동산 거래 외에는 다른 사업실적이 없어 쟁점부동산의 거래만을 위하여 형식적으로 설립된 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 국세기본법 제14조에 따라 쟁점부동산의 실소유자를 청구인으로 보아 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제45조의3(기한 후 신고) ① 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 자는 관할 세무서장이 세법에 따라 해당 국세의 과세표준과 세액(이 법 및 세법에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전까지 기한후과세표준신고서를 제출할 수 있다.

② 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자로서 세법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 그 세액을 납부하여야 한다.

③ 제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출하거나 제45조제1항에 따라 기한후과세표준신고서를 제출한 자가 과세표준수정신고서를 제출한 경우 관할 세무서장은 세법에 따라 신고일부터 3개월 이내에 해당 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 신고인에게 통지하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정 또는 경정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다.

④ 기한후과세표준신고서의 기재사항 및 신고 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)