이 사건 경정청구를 부적법하다고 보아 거부한 처분의 당부

문서번호 조심-2025-서-2213 결정유형 일부인용 세목 양도 생산일자 2025.7.2. 귀속연도 2019 제목 이 사건 경정청구를 부적법하다고 보아 거부한 처분의 당부 요지 청구인은 이 사건 19년 귀속 양도소득세 경정청구기한이내에 이 사건 경정청구를 한 점, 쟁점부칙이 정한 09.3.16.∼12.12.31. 기간 중에 취득한 쟁점주택의 양도에는 쟁점부칙이 우선 적용되어 ｢소득세법｣(2018.3.20. 법률 제15522호로 개정된 것) 제104조 제1항 제1호에 따른 일반세율을 적용하는 것이 타당한 점, 이에 대하여는 심판청구 과정에서 당사자 간 다툼이 없었던 점 등에 비추어 이 사건 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 보이지만, 증액경정처분에 대한 불복기간이 경과한 경우에는 ｢국세기본법｣ 제45조의2 제1항 단서에 따라 ‘경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액’에 관하여는 취소를 구할 수 없고, 당초 신고한 과세표준 및 세액을 한도로 하여서만 취소를 구할 수 있다 할 것인바, 이 사건 경정청구 거부처분은 청구인이 기한후신고한 세액의 한도 내에서 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단됨 결정내용 결정 내용은 붙임과 같습니다.

소득세법 제104조 상세내용 [주 문] oo세무서장이 2025.4.8. 청구인에게 한 2019년 귀속 양도소득세 OOO원의 경정청구 거부처분은 ｢소득세법｣(2018.3.20. 법률 제15522호로 개정된 것) 제104조 제1항 제1호에 따른 세율을 적용하여 OOO원의 한도 내에서 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2012.2.1.∼2012.7.20. 취득한 서울특별시 oo구 OOO소재 다가구주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 2019.5.3. 양도한 후, 2021.5.27. 일반세율을 적용하여 2019년 귀속 양도소득세 OOO원(가산세 OOO원 포함)을 기한후신고하였다.
• 나. aa세무서장은 2023.3.2.∼2023.5.8. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 다주택자 중과세율을 적용하여고 장기보유특별공제를 배제하여 2023.6.2. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정‧고지하였다.
• 다. 청구인은 2025.1.22. 기획재정부 예규[재산세제과-1422(2023.12.26.)]를 근거로 일반세율을 적용하여 OOO원을 환급하여야 한다는 취지의 경정청구(이하 “이 사건 경정청구”라 한다)를 제기하였고, 처분청은 결정‧고지일로부터 3개월을 경과하여 이 사건 경정청구가 제기되었다는 이유로 2025.4.8. 이를 거부하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2025.4.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 (1) 납세자는 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서 당초 신고에 대한 과다신고사유뿐만 아니라 과세관청의 증액결정사유로 함께 주장하여 다툴 수 있다. 다만, 당초 신고한 세액 범위 내에서 다툴 수 있다(대법원 2024.6.27. 선고 2021두39997 판결, 참조). 증액결정처분에 따라 결정된 세액이 현재 법령(유권해석)에 반함에도, 증액결정에 대한 경정청구기한이 지났다는 이유만으로 경정청구를 거부한 처분은 위 대법원 판례 취지에 정면으로 반한다. (2) 이 사건의 경우, 일반적인 경정청구기한인 2025.5.31. 이전에 제기된 경정청구이므로 본안심리를 통해 기획재정부 예규에 따른 해석과 같이 ｢소득세법｣ 부칙 제14조 제1항(2008.12.26. 법률 제9270호 및 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것으로서, 이하 “쟁점부칙”이라 한다)에 따라 기본세율을 적용하여 양도소득세를 경정하여야 한다.
• 가. 처분청 의견 대법원의 판결 취지를 존중하여 특례기간에 취득한 쟁점주택의 양도소득세 과세표준에 일반세율을 적용하여 세액을 경정하되, 최초 양도소득세 과세표준 기한후신고 세액인 OOO원 내에서 감액경정하는 것이 타당한 것으로 보인다.

이 사건 경정청구를 부적법하다고 보아 거부한 처분의 당부

• 가. 관련 법률: <별지> 기재
• 나. 사실관계 및 판단 (1) 청구인과 처분청이 제시한 자료에 따르면 아래와 같은 내용이 나타난다. (가) 청구인은 2019.5.3. 쟁점주택을 양도한 후, 2021.5.27. 과세표준을 OOO원, 총 납부세액을 OOO원으로 하여 기한후신고를 하였다. (나) aa세무서장은 양도소득세 조사를 실시한 결과, 취득가액 계산 오류를 정정하고, 다주택자 중과세율을 적용하며, 장기보유특별공제를 배제하여 과세표준을 OOO원, 총 납부세액을 OOO원으로 각각 경정하여 2023.6.2. 청구인에게 2019년 귀속 양도소득세 OOO원을 결정‧고지하였다. (다) 기획재정부는 2023.12.26.자 예규로 ‘다주택자가 2009.3.16.부터 2012.12.31.까지 취득한 주택을 (조정대상지역 제도가 시행된) 2018.4.1. 이후에 양도한 경우 ｢소득세법｣ 제104조 제1항 의 일반세율을 적용한다’고 해석하였다. (라) 이후, 청구인은 2025.1.22. 쟁점주택의 양도에 대한 양도소득세 계산 시 일반세율을 적용하여야 한다며 이 사건 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2025.4.8. 이 사건 경정청구가 부적법하다 하여 이를 거부하였다. (마) 청구인의 청구이유서 및 처분청의 답변서에 따르면, 쟁점주택의 양도와 관련하여 청구인이 양도 당시 다주택자에 해당한다는 사실 및 기본세율을 적용하여야 한다는 점에 대하여는 청구인과 처분청 간 다툼은 없다. (1) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 결정처분이 있음을 안 날부터 3개월 이내에 경정을 청구하지 아니하였음을 이유로 이 사건 경정청구가 부적법하다 하여 이를 거부하였으나, 납세자는 법정신고기한 경과 후 5년의 일반경정청구기간 내에서는 경정청구권을 행사할 수 있고, 감액경정청구에 대한 거부처분 불복에서 당초 신고에 대한 과다신고사유뿐만 아니라 과세관청의 증액 결정‧경정 사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다 할 것인바(대법원 2013.4.18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결, 같은 뜻임), 청구인은 이 사건 2019년 귀속 양도소득세 경정청구기한(2025.5.31.) 이내인 2025.4.8. 이 사건 경정청구를 한 점, 쟁점부칙이 정한 2009.3.16.∼2012.12.31. 기간 중에 취득한 쟁점주택의 양도에는 쟁점부칙이 우선 적용되어 ｢소득세법｣(2018.3.20. 법률 제15522호로 개정된 것) 제104조 제1항 제1호에 따른 일반세율을 적용하는 것이 타당한 점(조심 2024서108, 2024.3.25., 같은 뜻임), 이에 대하여는 심판청구 과정에서 당사자 간 다툼이 없었던 점 등에 비추어 이 사건 경정청구 거부처분은 잘못이 있는 것으로 보인다. 다만, 증액경정처분에 대한 불복기간이 경과한 경우에는 ｢국세기본법｣ 제45조의2 제1항 단서에 따라 ‘경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액’에 관하여는 취소를 구할 수 없고, 당초 신고한 과세표준 및 세액을 한도로 하여서만 취소를 구할 수 있다 할 것이므로(대법원 2024.6.27. 선고 2021두39997 판결 등, 같은 뜻임), 이 사건 경정청구 거부처분은 청구인이 기한후신고한 세액인 OOO원의 한도 내에서 그 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 (1) 국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 및 제45조의3 제1항에 따른 기한후과세표준신고서를 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 3개월 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

2. 과세표준신고서 또는 기한후과세표준신고서에 기재된 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액(각 세법에 따라 결정 또는 경정이 있는 경우에는 해당 결정 또는 경정 후의 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액, 세액공제액 또는 환급세액에 미치지 못할 때 (2) 소득세법 (가) 2018.3.20. 법률 제15522호로 개정된 것 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상에 해당할 때에는 해당 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 것을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호에 따른 자산 제55조 제1항에 따른 세율

⑦ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 양도하는 경우 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용한다. 이 경우 해당 주택 보유기간이 1년 미만인 경우에는 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의 10(제3호 및 제4호의 경우 100분의 20)을 더한 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액과 제1항 제3호의 세율을 적용하여 계산한 양도소득 산출세액 중 큰 세액을 양도소득 산출세액으로 한다. <신설 2017.12.19.>

3. 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택 (나) 2010.12.27. 법률 제10408호로 개정된 것 제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득 산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

4. 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 딸린 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득 과세표준의 100분의 60 부 칙<제9270호, 2008.12.26.> 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) ① 2009년 3월 16일부터 2012년 12월 31일까지 취득한 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제4호부터 제9호까지의 규정에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만이면 같은 항 제2 호 또는 제3호에 따른 세율)을 적용한다. <개정 2010.12.27.> (다) 2008.12.26. 법률 제9270호로 개정된 것 제104조(양도소득세의 세율) ①거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “讓渡所得算出稅額”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. 2의3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 양도소득과세표준의 100분의 60 부 칙<제9270호, 2008.12.26.> 제14조(양도소득세의 세율 등에 관한 특례) ① 이 법 시행 후 2010년 12월 31일까지 취득한 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 제104조 제1항 제2호의3부터 제2호의6까지의 규정에도 불구하고 다음 각 호에 따른 세율을 적용한다.

1. 제104조 제1항 제2호의3 및 제2호의4에 해당하는 주택: 양도소득과세표준의 100분의 45(그 보유기간이 1년 미만인 주택은 제104조 제1항 제2호의2에 따른 세율)

2. 제104조 제1항 제2호의5 및 제2호의6에 해당하는 주택: 제104조 제1항 제1호의 개정규정에 따른 세율(그 보유기간이 2년 미만인 주택은 제104조 제1항 제2호 또는 제2호의2에 따른 세율)

② 제1항의 세율을 적용받는 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 해당 주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에도 제95조에 따른 장기보유특별공제를 적용하지 아니한다.