청구인은 고지서 송달일로부터 90일 경과 후 이의신청 제기하였으므로, 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당함
청구인은 고지서 송달일로부터 90일 경과 후 이의신청 제기하였으므로, 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당함
[주 문] 심판청구를 각하한다. [이 유]
(1) 청구인은 2022년 2월 말 세무조사 사전통지를 받았고, 당시 처분청은 겸용주택의 다주택자 세율 적정여부 및 주택 건물분에 대한 필요경비 과다신고 혐의가 세무조사의 사유라고 설명을 하였고, 위 사유에 대해서는 모두 조사가 마무리되었다는 확인을 받았음에도, 처분청은 청구인의 양도소득세 신고에 오류가 있었다며 쟁점규정을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 부과하였다.
(2) 청구인은 쟁점주택 양도당시 정부의 잦은 부동산 정책 변경으로 많은 세무사들이 양도소득세 신고대행을 수임하지 않으려 한다는 기사도 본적이 있어 여러 세무사들에게 동시에 자문을 구한 결과 양도소득세 면제대상이 맞다는 대답을 들은 바 있고, 쟁점주택 매도 전 청구인의 세무대리인은 세무서 담당자의 자문을 받아 면제 대상임을 재확인한 후 쟁점규정을 적용하여 쟁점주택을 양도소득세 면제대상으로 하여 양도소득세를 신고·납부하였는데, 양도소득세 신고당시에는 쟁점규정 제1호 및 제2호는 50% 감면에 국한되고, 다만 이후 규정인 양도소득세 면제규정은 제1호 및 제2호에 국한되지 않는다고 해석하였다가 지금은 감면대상에 해당하지 않는다고 하며 양도소득세를 부과했는데 청구인으로서는 이를 납득하기가 어렵다.
(3) 청구인은 민간임대주택에 관한 특별법개정으로 2020년 8월 등록관청으로부터 임대사업자 등록이 말소되었다는 사실을 통보받았으나, 장기일반민간임대주택으로의 변경이나 추가등록에 대한 어떠한 안내도 받지 못하여 쟁점주택을 처분하였는데, 정부는 10년 전 임대사업자로 등록하라며 적극적으로 유도했다가 2020년이 되자 갑자기 정책을 변경하여 납세자의 지위 등 변동에 따라 불이익한 내용이 있음에도 이를 함께 통보하거나 안내를 하지 않고 과세하였는바, 이는 행정기관의 책무를 소홀히 한 것으로 볼 수 있고, 쟁점주택이 쟁점규정상 면제요건에 해당하지 않는다면 청구인이 양도소득세를 신고할 당시 이를 지적했었어야 할 것임에도 고통스러운 세무조사를 한 이후 추가로 과세하였는바, 이는 과세관청의 행정처리에 문제가 있는 것이라고 보아야 할 것이다.
(4) 청구인은 성실한 납세자로서 노후 준비용으로 쟁점주택을 매입하여 장기임대주택으로 운영하다가 자녀에게 상속할 생각이었던 중 광진구청으로부터 연락을 받고 임대사업자는 장기/단기를 구별하여 신청하여야 한다고 하여 하루 종일 긴 줄을 서서 장기임대 사업자로 등록을 하였는데, 갑자기 2020년 8월 임대사업자 등록이 자동말소되었다는 안내를 받게 되었고, 청구인은 장기임대 사업자로 이미 등록을 하였으므로 이런 부분에 대하여 의심을 하지 않고 지내오다가 처분청 공무원에게 양도소득세 감면에 대하여 문의하였는바, 양도소득세 감면대상이라는 답변을 듣고, 쟁점주택과 겸용주택을 양도 후 약 OOO원을 양도소득세로 납부한 것이다. 청구인은 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 장기일반임대 사업자로 등록을 하였고, 10년이상 임대를 하면서 임대료 증액조건 등 법에 정한 대로 임대를 해왔음에도 처분청은 청구인이 장기임대 사업자가 아니라며 과세하였는데, 청구인은 법에 정한 요건을 모두 충족하였던 장기임대사업자임에도 쟁점규정에 해당하지 않는다면 조특법 제97조 제3항 또는 제5항의 감면대상자로 보아 이 건 처분을 취소하는 것이 타당하다.
(1) 청구인은 쟁점주택에 대하여 쟁점규정 적용하여 양도소득세를 신고하였으나, 쟁점규정은 1986.1.1.부터 2000.12.31. 기간 중 신축된 주택을 감면대상으로 하고 있고, 쟁점주택은 2009.12.24. 신축(사용승인)된 주택이며, 2010.6.15. 청구인이 매매로 취득하였으므로 쟁점규정의 감면요건을 충족하지 아니한다.
(2) 처분청은 쟁점주택에 대하여 장기임대주택에 대한 감면규정을 검토하여 조특법 제97조의4의 장기보유특별공제 30%를 적용하여 양도소득세를 산정하였고, 청구인은 쟁점주택을 민간임대주택에 관한 특별법상 장기일반민간임대주택이 아닌 매입임대주택으로 하여 주택임대사업자 등록을 한 것으로 확인되며, 민간임대주택에 관한 특별법 개정으로 위 주택임대사업자 등록은 2020.8.18. 자동말소되어 조특법 제97조의3 및 제97조의5 요건 또한 미충족하므로 쟁점주택에 대한 100% 감면을 부인하고 양도소득세를 경정한 처분은 타당하다.
3. 본안심리에 앞서 이 건 심판청구가 적법한지에 대하여 살펴본다.
(1) 국세기본법 제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다.
1. 조세범 처벌절차법에 따른 통고처분
2. 감사원법에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분
3. 이 법 및 세법에 따른 과태료 부과처분 제61조(청구기간) ① 심사청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)로부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.
1. 심사청구가 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.
⑥ 이의신청에 관하여는 제61조 제1항ㆍ제3항 및 제4항, 제62조 제2항, 제63조, 제63조의2, 제64조 제1항 단서 및 같은 조 제3항, 제65조 제1항 및 제3항부터 제7항까지, 제65조의2 및 제65조의3을 준용한다. 제68조(청구기간) ① 심판청구는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다. 제80조의2(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항ㆍ제4항, 제63조, 제65조(제1항 제1호 가목 중 심사청구와 심판청구를 같은 날 제기한 경우는 제외한다) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 “20일 이내의 기간”은 “상당한 기간”으로 본다.
(2) 조세특례제한법(2020.12.29. 법률 제17759호로 일부개정된 것) 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면) ① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 민간임대주택에 관한 특별법 또는 공공주택 특별법에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.
1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택
2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택
② 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. 제97조의3(장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 대통령령으로 정하는 거주자가 2020년 12월 31일(민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2022년 12월 31일)까지 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제4호 에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택을 등록[2020년 7월 11일 이후 장기일반민간임대주택으로 등록 신청한 경우로서 아파트를 임대하는 민간매입임대주택이나 민간임대주택에 관한 특별법(법률 제17482호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택을 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 공공지원민간임대주택 또는 장기일반민간임대주택으로 변경 신고한 주택은 제외한다]하여 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 경우 그 주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택등”이라 한다)을 양도하는 경우에 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생하는 소득에 대해서는 소득세법 제95조 제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에도 불구하고 100분의 50의 공제율을 적용한다. 다만, 장기일반민간임대주택등을 10년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우에는 100분의 70의 공제율을 적용한다.
1. 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 경우
2. 대통령령으로 정하는 임대보증금 또는 임대료 증액 제한 요건 등을 준수하는 경우
② 제1항에 따른 과세특례는 제97조의4에 따른 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다.
③ 제1항에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다.
④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제97조의4(장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례) ① 거주자 또는 비거주자가 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택, 같은 법 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택, 공공주택 특별법 제2조 제1호 의2에 따른 공공건설임대주택 또는 같은 법 제2조 제1호의3에 따른 공공매입임대주택으로서 대통령령으로 정하는 주택을 6년 이상 임대한 후 양도하는 경우 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 소득세법 제95조 제1항 에 따른 장기보유 특별공제액을 계산할 때 같은 조 제2항에 따른 보유기간별 공제율에 해당 주택의 임대기간에 따라 다음 표에 따른 추가공제율을 더한 공제율을 적용한다. 다만, 같은 항 단서에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. 제97조의5(장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세 감면) ① 거주자가 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제4호 에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 법 제2조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 “장기일반민간임대주택등”이라 한다)을 양도하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 임대기간 중 발생한 양도소득에 대한 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.
1. 2018년 12월 31일까지 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 의 민간매입임대주택 및 공공주택 특별법 제2조 제1호 의3에 따른 공공매입임대주택을 취득(2018년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우를 포함한다)하고, 취득일로부터 3개월 이내에 민간임대주택에 관한 특별법에 따라 장기일반민간임대주택등으로 등록할 것
2. 장기일반민간임대주택등으로 등록 후 10년 이상 계속하여 장기일반민간임대주택등으로 임대한 후 양도할 것
3. 임대기간 중 제97조의3 제1항 제2호의 요건을 준수할 것
② 제1항에 따른 세액감면은 제97조의3의 장기일반민간임대주택등에 대한 양도소득세의 과세특례 및 제97조의4의 장기임대주택에 대한 양도소득세의 과세특례와 중복하여 적용하지 아니한다.
③ 제1항에 따라 세액감면을 적용받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 과세특례 적용의 신청을 하여야 한다.
④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(3) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 일부개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.
3. “민간매입임대주택”이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.
5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.
7. “임대사업자”란 공공주택 특별법 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장ㆍ군수ㆍ구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.
② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.
2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택
3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 제6조(임대사업자 등록의 말소) ⑤ 종전의 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다. 부칙 <제17482호, 2020.8.18.> 제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제6조 제1항제12호, 제48조 제2항 및 법률 제17452호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 제5조, 제5조의6, 제5조의7, 제6조, 제43조, 제67조의 개정 규정은 2020년 12월 10일부터 시행한다. 제5조(폐지되는 민간임대주택 종류에 관한 특례) ① 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 단기민간임대주택을 등록한 임대사업자 및 그 민간임대주택은 임대사업자 및 그 민간임대주택의 등록이 말소되기 전까지 이 법에 따른 임대사업자 및 장기일반민간임대주택으로 보아 이 법을 적용한다. 다만, 임대의무기간은 종전의 규정에 따른다.
② 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 등록한 단기민간임대주택은 이 법 시행 이후 장기일반민간임대주택 또는 공공지원민간임대주택으로 변경 등록할 수 없다. 제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간 임대주택 또는 제2조 제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대 하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 쟁점주택 건축물대장에 의하면, 대지면적 112.9㎡, 연면적 243.94㎡, 지상 5층 철근콘크리트구조로 1층은 제1종 근린생활시설, 2층〜5층은 다세대주택 총 6세대인 건축물로 2009.12.24. 사용승인된 것으로 나타난다. (나) 임대사업자등록증에 의하면, 청구인은 2010.6.23. 서울특별시 송파구청장에게 임대사업자등록(등록번호 2010-송파구-임대사업자-OOO)을 하고, 쟁점주택의 201호, 202호, 301호, 302호, 401호, 501호 총 6개호실을 각 전용면적 40㎡ 이하의 매입임대주택, 임대개시일 2010.6.23.로 하여 등록하였으며, 등록사항 변경현황에 의하면, 쟁점주택의 6개호실은 2020.8.18. 민간임대주택에 관한 특별법 제6조 제5항 에 따라 자동말소되었고, 청구인의 임대사업자는 2020.10.29. 전체말소로 인해 폐업처리된 것으로 나타나며, 청구인이 쟁점주택에 대하여 장기임대사업자로 등록하였음을 확인할 수 있는 서류는 제시되지 아니하였다. (다) 청구인은 쟁점주택의 양도에 대하여 쟁점규정(조특법 제97조 제1항)을 적용하여 양도소득세 100% 감면으로 하여 겸용주택 양도소득에 대하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원으로 신고하였으나, 처분청은 쟁점주택이 2009.12.24. 신축된 주택으로 쟁점규정의 감면요건인 1986.1.1.부터 2000.12.31. 기간 중 신축된 주택에 해당되지 않는다고 보아 소득세법상 장기보유특별공제 및 조특법 제97조의4를 적용(장기보유특별공제 30%)하여 2024.6.19. 양도소득세 OOO원으로 경정·고지하였다. (라) 처분청은 청구인에게 위 양도소득세 고지서를 등기우편(OOO)으로 발송하였고, 이는 2024.6.19. 청구인의 배우자에게 송달된 것으로 나타나며, 이후 청구인은 191일이 경과한 2024.12.27. 이의신청을 제기하여 2025.1.20. 기간 경과를 사유로 각하결정(등기우편번호 OOO)을 받았고, 그로부터 95일이 경과한 2025.4.25. 심판청구를 제기하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 국세기본법제55조 제1항에서 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제68조에서 심판청구는 처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 하며, 이의신청을 거친 후 심판청구를 하는 경우 청구기간은 이의신청에 대한 결정통지를 받은 날로부터 90일 이내 제기하여야 하여야 하는 것으로 규정하고 있고, 같은 법 제65조 제1항 제1호 및 제80조의2에서는 심판청구가 청구기간이 지난 후에 청구된 경우나 적법하지 아니한 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다고 규정하고 있다. 처분청은 청구인에게 등기우편(우편번호 OOO)으로 2021년 귀속 양도소득세 고지서를 발송하였고, 이 고지서는 2024.6.19. 청구인의 배우자에게 적법하게 송달된 것으로 나타나며, 이후 청구인은 191일이 경과한 2024.12.27. 이의신청을 제기하여 처분청은 기간 경과를 사유로 각하결정을 하였고, 청구인은 2024.1.20. 위 이의신청결정서를 등기우편(우편번호 OOO)으로 송달받은 후 송달받은 날로부터 95일이 경과한 2025.4.25. 심판청구를 제기하였는바, 이 건 심판청구는 불복기간을 경과하여 제기한 부적법한 청구에 해당한다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로 국세기 본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.