쟁점계약서 원본에서 확인되는 쟁점공사비용은 공사 당시 국토해양부 고시의 표준건축비 등을 감안할 때 합리적인 금액으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점계약서 원본에 기재된 쟁점공사비용 대부분을 실제 공사대금으로 사용한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이나, 다만, 쟁점금액 중 엘리베이터 공사대금의 경우 그 대금이 견적서상 금액과 상이하고 현금으로 출금되어 실제 엘리베이터 공사대금으로 지급하였는지 여부도 불투명한 점 및 승강기 안전관리법 등에 따른 설치업자의 신고의무에도 불구하고 지출과 관련한 사항이 확인되지 않는 점 등에 비추어 이를 인정하기는 어려움
(1) 청구인은 서울특별시 양천구 OOO 소재 토지 495.9㎡, 건물 726,03㎡(지하1층, 지상3층 규모)을 2013.1.13. 취득하여, 8개월간 증축⋅리모델링공사 후, 2013.12.23.부터 부동산임대업을 하였고, 증축공사 내용은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점건물 증축 전⋅후 비교 (가) 청구인이 진행한 공사는 건물의 단순한 용도변경⋅증축에 그친 것이 아니라, 주민센터 건물을 임대건물로 개조하면서, 엘리베이터 또는 냉난방장치를 설치하고 기타 개량·확장·증설하는 등 건물의 자본적 지출에 해당하는 명백한 변화가 있었음이 확인되고, 양도소득세 신고 당시 원본계약서를 찾지 못하여, 2012.12.20. 시공자 OOO과 가계약으로 작성한 리모델링 계약서를 제출였는데, 그 후 이의신청 과정에서 2023.1.13. 실제 인적사항과 날인(도장)이 있는 쟁점계약서를 찾았으며, 각 분야별 공사내역이 있는 견적서(OOO원)를 보면 실제 OOO원에 공사하였다는 것이 확인되고, OOO의 대표자인 a도 실제 공사를 하였다고 확인서를 작성⋅제출하였다. 처분청은 당초 양도소득세 신고 시 제출한 리모델링 계약서는 수급인(시공자)의 인적사항과 날인이 없어 계약서의 효력이 없다고 하였고, 이의신청 중 청구인이 쟁점계약서(위임장 포함)를 찾아 00지방국세청에 문서작성 시기 등 그 진위에 대한 문서감정을 요청한 것에 대해서는 “판단불명”인 것으로 회신하였으며, 계약서 뒷면에 작성된 위임장에 남아 있는 필흔 분석 결과 2013년에 작성된 사실이 간접 증명되었음에도, “문서감정 결과 쟁점금액이 기재된 쟁점계약서의 작성시기는 명확히 확인되지 아니한다”고 하였다. 하지만, 실제 청구인이 제출한 쟁점계약서 원본은 종이 재질, 도장, 자필서명 잉크상태 및 보관상태에 비추어 육안으로 보더라도 실제 계약서임이 확인된다. (나) 쟁점공사비용 중 아래 <표3>과 같이 75%에 해당하는 OOO원이 상대방 계좌로 입금된 사실이 확인되었고, 당시 청구인은 건축에 대한 경험이 전무하고 무지한 상태로 a이 건설업 무면허 및 미등록자 사업자인지 몰랐으며, a은 건설업 사업자등록증 및 석면해체공사업 면허도 없는 상태에서, 철거신고를 하지 않고 쟁점건물을 철거하다가 2013.5.10. 00지방고용노동청 00지청에서 과태료 OOO원 처분을 받았고, 쟁점건물 신축 관련 민원인 고발이 발생하자 추가적인 처벌을 우려하여 청구인에게 청구인이 직접공사하는 것으로 꾸며달라고 부탁하여, 청구인은 a이 지시한 하청업체들에게 청구인의 통장에서 직접 공사대금을 지급하였으며, 그 중 일부는 대체출금 및 현금 출금된 사실이 있고, 조세불복과정에서 금융감독원에 대체출금, 출금전표, 계좌거래 내역 등 찾기 위해 민원을 신청하였으나 상법상 입출금전표의 경우 5∼10년간 보관하고 있어 확인불가라는 통보를 받아 제출하지 못하였다. <표3> 청구인 계좌이체 확인 금액 비율 근거 (단위: 원) 청구인이 쟁점공사를 진행한 후 11년이라는 시간이 지난 시점에서 처분청은 소멸시효 임박이라는 사유로 급하게 과세하면서, 청구인에게 그에 관한 구체적인 증빙을 요구하는 것은 사회통념상 무리라고 보여진다.
(2) 양도소득세 필요경비의 금융증빙 제출에 대하여 소득세법 제97조 및 같은 법 시행령 제163조의 법령 개정이 이루어졌던바, 청구인 쟁점공사를 진행하였던 2013년 당시 지출분에 대하여는 적격증빙이나 금융증빙이 없는 경우 필요경비로 인정되지 아니하는 현행 법령이 적용되지 않는다.
(3) 이 건 청구인의 평당 건축비는 평당 OOO원으로 산정되었는데, 국토교통부 누리집에 고시된 2013년 당시 국토해양부(현 국토교통부)고시 제2012-974호를 확인하면, 국토교통부가 과밀부담금부과를 위해 고시한 2013년 표준건축비는 OOO원/㎡으로 청구인의 공사규모 등을 감안할 때 평당 OOO원은 합리적인 것으로 추정할 수 있고, 청구인은 당시 리모델링에 대한 평당 건축비가 OOO원 정도임을 증명하기 위해 동종업종 사업자에게서 확인서도 징취하였다.
(4) 상기와 같은 사유로 실제 쟁점계약서상의 금액이 지출되었음에도 불구하고, 처분청이 통장입금 등이 확인되는 부분만 필요경비로 인정해 주면서 대체 출금 및 현금 지급을 공사비로 인정하지 않는 것은 근거과세에 위배되는 처분이다.
(1) 소득세법(2010.12.27. 법률 제10408호로 일부 개정된 것) 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것 (2) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부 개정되기 전의 것) 제163조(양도자산의 필요경비) ③법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용 (3) 소득세법 시행령(2016.2.17. 대통령령 제26982호로 일부 개정된 것) 제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관한 경우를 말한다.
1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액
3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용
(1) 처분청과 청구인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 쟁점건물 등기사항전부증명서에 따르면 쟁점건물에 대하여 증축 및 용도변경을 한 사실이 확인된다. <쟁점건물 등기사항전부증명서 주요 내용> (나) 청구인은 쟁점건물에 대한 증축 공사가 단순 개량공사가 아닌 구조변경 및 엘리베이터 설치를 동반한 개량·확장·증설공사였다는 점을 증명하기 위해 건물의 공사 전⋅후 사진 및 쟁점건물 층별 공사 전⋅후 평면도를 제출하였으며, 쟁점건물의 증축‧용도변경 전후 평면도를 비교하면, 층별로 화장실의 위치, 계단의 위치 및 방향 등이 전혀 다르고, 엘리베이터가 설치되는 등 단순 용도변경 및 증축만 있었던 것이 아니라 건물구조에 명백한 변화가 있었음이 확인된다. <쟁점건물 층별 공사 전⋅후 평면도 비교> (다) 청구인은 이 건과 관련하여 2025.1.9. 00지방국세청에 이의신청하면서, 조사 당시 찾지 못한 쟁점계약서 및 위임장 원본을 제출하였고, 00지방국세청은 해당 문서의 진위를 검증하기 위해 잉크분석을 시도하였으나 실패하였으며, 이의신청 결정문에서 “문서감정 결과 쟁점금액이 기재된 쟁점계약서의 작성시기는 명확히 확인되지 아니한다” 고 결정하였다. 한편, 문서감정 당시 쟁점계약서와 함께 제출한 위임장에서 남아 있는 필흔을 재생한바, 아래 사진과 같이 ‘합의서, ’b‘ 금액 일금 OOO원 정’ 등의 내용이 관찰되었고, 위임장에 남은 필흔의 내용은 “상기 본인은 OOO에 근무하면서 퇴직금 및 금전 관계에 있어 위 금액에 합의함과 동시에 형사상 취하할 것을 동의합니다.”라는 취지의 내용으로 보이며, 처분청 전산자료에 따르면 필흔에 기재된 b이라는 합의서 작성인은 신청인의 타사업장(OOO 2014.3.4. 폐업)에서 2011년에 7개월 간 근무한 이력이 있고, 그 이후에는 근무한 이력이 확인되지 않는 것으로 나타난다. 청구인은 위임장의 압흔에 나타난 ‘b’과 합의서를 작성하게 된 분쟁이 있었던 시기를 입증하기 위하여 아래와 같이 2012.6.5. b 퇴직금 진정사건과 관련하여 고용노동청으로 출석할 것을 요구하는 출석요구서를 제출하였다. (라) 처분청 전산자료에 따르면 a은 2021.2.5. OOO(OOO인테리어⋅건설업)을 개업하였으나, 쟁점공사계약 및 공사 진행기간 중에는 사업자 미등록 상태였다. (마) 청구인은 쟁점계약서와 관련하여 아래와 같이 견적서를 제출하였고, 견적서에는 항목별로 구체적인 금액이 기재되어 있다. <리모델링 견적서> <그림 삽입을 위한 여백> (바) 청구인은 쟁점공사비용과 관련된 출금내역을 확인하기 위하여 금융감독원에 민원을 접수하였고, 통보받은 회신문에서 OOO은행은 청구인의 통장에서 일정 현금흐름은 확인되지만, 해당 현금이 누구에게 지급되었는지와 관련한 내용은 자료 보관기간이 도래하여 확인할 수 없는 것으로 답변하였다. (사) 청구인은 쟁점공사비용을 입증하기 위해 동종업종 사업자들로부터 당시 평당 건축비가 약 OOO원에 해당한다고 작성한 확인서를 받아 제출하였고, 2013.1.1. 국토해양부 고시 제2012-974호는 과밀부담금 부과를 위한 2013년도 표준건축비를 OOO원/㎡로 아래와 같이 고시하였다. <국토해양부 고시 2012-974호>
(2) 처분청은 청구인이 외조모로부터 빌려 a에게 지급한 공사대금 등을 포함하여 지출 사실이 입증되었다고 확인되는 OOO원에 대하여는 필요경비로 인정하였고, 청구인이 쟁점공사와 무관한 것으로 인정한 OOO원과 청구인은 쟁점공사비용이라고 주장하지만 출금 후 사용처가 불분명하거나 거래시기가 상이한 쟁점금액 OOO원에 대하여는 필요경비로 인정할 수 없다고 판단하였으며, 쟁점공사와 관련하여 처분청이 부인한 필요경비 내역은 아래 <표4>와 같다. <표4> 처분청이 부인한 필요경비 쟁점금액 내역 (단위: 원) (3) 소득세법 시행령 제163조 제3항 은 2016.2.17. 아래와 같이 일부 개정되었고, 부칙 제11조에서 제163조 제3항의 개정규정은 이 영 시행 이후 지출하는 분부터 적용한다고 하면서 부칙 제24조에서 이 영 시행 전의 자본적 지출액 등에 대해서는 제163조 제3항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다고 되어 있다. (4) 청구인은 2025.8.21. 우리 원 조세심판관회의에 출석하여 10년이 넘게 지난 일이라 청구인이 관련 금융증빙을 제출하기 어려운 상황이며, 인건비 및 식대 등은 현금 출금하여 결제하였고, 특수유리의 경우 주문생산으로 인하여 청구인이 지급한 시점과 물건을 받은 시점이 차이가 있어 공급시기가 불일치된 것이나 대체 출금하여 계좌 송금한 것이며, 엘리베이터의 경우 청구인이 현금 출금하여 업체에 직접 대금을 지급하였다고 소명하였다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인이 주장하는 필요경비는 구체적이고 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있으므로 인정할 수 없다는 의견이나, 2016.2.17. 개정된 소득세법 시행령 제163조 제3항 제3호 는 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것이란 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용으로서 그 지출에 관한 증명서류를 수취·보관하는 경우를 말한다고 규정하고 있으나, 개정 전에는 청구인에게 증명서류를 수취·보관하는 의무를 요구하고 있지 아니하는바, 쟁점건물은 주민센터를 취득하여 증축 및 근린생활시설로 용도변경한 것으로, 이를 위해 지출한 공사비용은 자본적 지출에 해당하는 것으로 보이는 점, 쟁점계약서 원본은 쟁점건물 공사 당시에 작성한 것으로 나타나고 있고, 그 원본에 쟁점공사비용이 기재되어 있는 점, 청구인은 쟁점공사비용 중 약 75%에 해당하는 금액을 소명하여 필요경비로 인정받은 점, 쟁점계약서 원본에서 확인되는 쟁점공사비용은 공사 당시 국토해양부 고시의 표준건축비 등을 감안할 때 합리적인 금액으로 보이는 점, 유리공사 대금의 지급시기 불일치는 특수유리의 주문시기와 설치시기가 상이하여 발생한 것으로 소명하고 있고 대체출금되어 계좌 송금된 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점계약서 원본에 기재된 쟁점공사비용 대부분을 실제 공사대금으로 사용한 것으로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 다만, 쟁점금액 중 엘리베이터 공사대금 OOO원의 경우 청구인은 현금으로 출금하여 업체에 직접 대금을 지급하였다고 주장하고 있으나 그 대금이 견적서상 금액과 상이하고 현금으로 출금되어 실제 엘리베이터 공사대금으로 지급하였는지 여부도 불투명한 점 및 승강기 안전관리법 등에 따른 설치업자의 신고의무에도 불구하고 지출과 관련한 사항이 확인되지 않는 점 등에 비추어 이를 인정하기는 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청은 쟁점금액 중 현금 출금된 OOO원을 제외한 공사비용을 필요경비로 인정하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
00세무서장이 2024.12.23. 청구인에게 한 2020년 귀속 양도소득세의 부과처분은 처분청이 필요경비 부인한 OOO원 중 OOO원을 필요경비로 인정하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.