①-1 쟁점금액이 실제 쟁점공사의 용역대가보다 과다하게 지급된 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 각 부과한 처분의 당부, ①-2 손금불산입한 금액을 임직원의 상여가 아니라 기타사외유출로 소득처분해야 한다는 청구주장의 당부, ①-3 부당과소신고가산세가 아니라 일반과소신고가산세를 적용해야 한다는 청구주장의 당부 등

[참조결정] 조심2015서5462 / 조심2015중1123 / 조심2018서0672

[주 문] 종로세무서장이 ＜별지2＞ 기재와 같이 청구법인 A 주식회사에게 2025.1.21. 한 2019년 제1기‧제2기 부가가치세 합계 OOO원의 부과처분, 2025.3.10. 한 2019∼2020사업연도 법인세 합계 OOO원의 부과처분과 대표이사 B‧C에 대한 상여로 소득처분한 OOO원 상당의 소득금액변동통지 및 2025.3.12. D 주식회사에게 한 2021∼2023사업연도 법인세 합계 OOO원의 부과처분은, 1.위 OOO원 상당액이 E 주식회사에게 귀속되어 각 사업연도의 소득을 구성한 것으로 보아 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 다목에 따른 기타 사외유출로 소득처분하고,

2. 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요 가.청구법인 A 주식회사(이하 “A”이라 한다)는 1947.6.28. “F 주식회사”라는 상호로 설립되어 건설사업, 석유화학사업 등을 영위하다가, 2021.1.4. 상호를 “A 주식회사”로 변경하고 A그룹(구 G)의 지주회사로 전환하면서, 건설사업부분을 청구법인 D 주식회사(이하 “D”, A과 합하여 “청구법인”이라 한다)로 하는 인적분할 등을 하였다. 나.청구법인은 아래 ＜표1＞ 기재와 같이 2014∼2024년 H 등 발주처로부터 OOO 건설공사(이하 각각 OOO라 하고, 이들 공사를 합하여 “쟁점공사1”이라 한다) 및 OOO건설공사(이하 “쟁점공사2”, 쟁점공사1과 합하여 ”쟁점공사“”라 한다)를 각 도급받고, E 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)에게 구조물공사 등 도급받은 공사의 일부를 하도급하면서 2019년 아래의 거래를 하고 관련한 부가가치세 및 법인세 신고를 하였다. ＜표1＞ 쟁점공사 내역

○○○ (1)A은 2019년 제1기 부가가치세 과세기간 중 쟁점법인으로부터 아래 ＜표2＞ 기재와 같이 쟁점공사1의 용역을 공급받은 것으로 하여 공급가액 합계 OOO원(이중 OOO원을 “쟁점금액1”이라 한다) 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서1”, 관련한 거래를 “쟁점거래1”이라 한다)를 수취하였다. ＜표2＞ 쟁점세금계산서1 내역

○○○ (2)A은 2019년 제2기 부가가치세 과세기간 중 쟁점법인으로부터 쟁점공사2의 용역을 공급받은 것으로 하여 공급가액 OOO원(이하 “쟁점금액2”, 쟁점금액1과 합하여 “쟁점금액”이라 한다) 상당의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서2”, 쟁점세금계산서1과 합하여 “쟁점세금계산서”, 관련한 거래를 “쟁점거래2”, 쟁점거래1과 합하여 “쟁점거래”라 한다)를 수취하였다. 다.서울지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)이 2024.9.25.∼2025.2.11. 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 2019.5.2. 쟁점법인이 A에게 ＜별지1＞ 기재와 같이 그동안 청구법인에게 지급받지 못한 공사수주지원금, 미수령 공사대금, 공상처리비 등 합계 OOO원의 지급을 요청하는 내용의 정산요청서[이하 “쟁점정산요청(서)”라 한다]를 송부하였고, 조사청은 쟁점세금계산서1의 공급가액 중 아래 ＜표3＞ 기재와 같이 쟁점금액1 및 쟁점세금계산서2의 공급가액 전부인 쟁점금액2가 쟁점공사와 무관하게 쟁점정산요청에 따라 쟁점법인에게 지급된 것으로 보아 다른 세무조사결과와 합하여 과세자료를 통보하자, 처분청은 ＜별지2＞ 기재와 같이 ①쟁점세금계산서의 공급가액 중 쟁점금액만큼 과다기재된 것으로 보아 2025.1.21. A에게 2019년 제1기‧제2기 부가가치세 합계 OOO원을 경정‧고지하고, ②쟁점금액만큼 공사원가를 과다하게 손금산입한 것으로 보아 그 상당액만큼 손금불산입하면서(2019사업연도), 이에 따라 변경된 공사진행률로 익금과 손금을 재산정하여(2020∼2022사업연도) 2025.3.10. A에게 2019∼2020사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정‧고지하면서 쟁점금액만큼 그 지급 당시 A의 대표이사였던 B(쟁점금액1) 및 C(쟁점금액2)의 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하였으며, 2025.3.12. D에게 다른 세무조사결과와 합하여 2020∼2022사업연도 법인세 합계 OOO원을 경정‧고지하였다. ＜표3＞ 쟁점세금계산서1 내역

○○○ 라.청구법인은 이에 불복하여 2025.4.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1)쟁점금액은 쟁점공사의 당초 하도급계약 외의 추가공사의 용역대금이고, 설령 이처럼 볼 수 없다 하더라도 그 상당액만큼 기타 사외유출로 소득처분하고, 일반과소신고가산세를 부과하여야 한다. (가) 쟁점금액은 쟁점공사 중 추가공사대금이다.

1. 쟁점금액의 지급 및 회계처리, 쟁점공사의 타절 등 경위

• 가) 쟁점금액1 청구법인은 그동안 다양한 분야에서 종합공사업을 영위한 대표적인 건설회사로 지방자치단체 등 여러 발주처로부터 토목공사 등의 도급을 받았고, 토목공사 분야의 전문성을 가진 쟁점법인에게 2011∼2018년 17건 상당의 공사를 하도급하여 왔다. 그런데 쟁점법인은 2018년부터 지속적으로 청구법인에게 쟁점공사1 등 하도급공사에 관한 추가공사대금의 지급을 요청하였고, 2019년 3월 청구법인에게 OOO원 상당의 추가공사비의 지급을 구하는 정산요구서를 제시하였는데, 청구법인으로서는 이러한 쟁점법인의 요청을 그 요청 당시 진행 중이던 쟁점공사1의 계약금액 증액을 위한 것으로 판단하여 2019년 4월까지 쟁점법인과 3∼4차례 관련한 협상을 진행했으나 합의에 이르지 못하였고, 그 당시 쟁점법인은 위 정산요청에 응하지 않을 경우 청구법인을 상대로 공정거래위원회의 제소, 소송 제기, 태업 등을 하겠다는 입장이었다. 청구법인은 이에 따라 쟁점공사1의 각 현장에 그동안 지급 또는 정산 요청 받은 것 중 지급 가능한 추가공사 비용 내역을 확인하도록 지시하였고, 2019.5.28., 2019.5.30. 각 현장으로부터 이에 관한 사전보고를 받았다. 청구법인은 이를 토대로 2019.6.10. 쟁점법인과 사이에 쟁점법인이 쟁점공사1을 타절하기로 하면서 쟁점법인에게 위 사전보고로 확인된 쟁점금액1을 쟁점공사의 당초 하도급계약 외의 추가공사 대금으로 지급하기로 합의하였고(다만 쟁점법인은 OOO공사를 타절을 하지 않고 진행‧완료하였다), 2019.7.9. 쟁점법인이 추가로 공사대금을 요청하지 못하도록 위 합의에 관한 서면[이하 “쟁점합의(서)”라 한다]을 작성하여 쟁점법인의 날인을 받았다. 한편 위 사전보고에 따라 산정된 쟁점금액1은 쟁점공사1의 하도급계약에 포함되지 않은 추가공사대금으로, 해당 사전보고(2019년 5월말) 및 그 지출 당시(2019년 5‧6월 기성분 지급시)에는 하도급계약상의 계정과목이 없었으므로 임시계정인 ‘대체기성’ 또는 하도급계약상 다른 공사의 계정과목으로 집행하였다가 추후 정확한 추가공사의 항목을 반영하여 해당 공사의 계정과목에 대체하면서 쟁점금액1과 정산하는 과정을 거쳐 회계처리를 하였다. 청구법인은 2019년 7월 이후에도 쟁점공사1의 타절 과정(OOO의 경우 ‘진행 과정’)에서 추가로 발생한 공사비용을 합산하여 최종적으로 쟁점법인에게 쟁점금액1 외에 OOO원을 합하여 합계 OOO원을 지급하고 쟁점공사 중 OOO를 제외한 나머지 공사를 타절하였다.
• 나) 쟁점금액2 쟁점공사2는 서울특별시 도심부의 지하를 굴착해야 하는 등 난이도가 높은 공사임에도(도로의 지하를 지나는 통상의 지하철 공사와 다르게 고속화를 위한 직선화가 필요하여 주거지역 등의 지하를 지나야 했다) 공기가 짧아서 신속한 착공이 필요한 상황(도급계약상 지체상금과 금융비용을 합하면 1개월 지체시마다 OOO원의 비용이 예상되었다)이었던 데다가, 서울 도심지 내 현장사무실 마련을 위한 고액의 임차료의 지출, 발파 등을 위한 특수 장비‧인력의 구비, 추가 발파 등 하도급계약에 포함시키기 어려운 비용 보전 등을 위하여 쟁점공사2를 하도급 받은 쟁점법인으로서는 초기 비용이 필요하였다. 이에 따라 청구법인은 쟁점법인에게 쟁점공사2의 하도급계약대금의 10% 상당인 쟁점금액2를 선급금으로 지급하기로 하고 2019.12.31. 쟁점세금계산서2의 발급, 2020.1.10. 쟁점금액2의 지급을 하였다. 한편 ①쟁점법인은 쟁점공사2가 마무리된 2024년 2월 청구법인에게 하도급계약대금 외에 민원발생(방음시설의 설치, 발파방법의 변경, 저소음장비의 사용 등에 OOO원 상당이 지출되었다), 굴착 난이도 상승(OOO원 상당이 지출되었다) 등에 대응하기 위한 비용으로 지출하였다면서 OOO원의 지급을 요청하였는데, 청구법인은 2024.4.26. 쟁점법인에게 OOO원을 추가공사대금으로 지급하되 그 지급은 쟁점공사2에서 정산하는 것으로 하고 하도급계약을 변경하였다. ②또한 쟁점법인은 2024년 5월 청구법인에게 기성공사대금(OOO원), 중대재해 발생에 따른 대응 비용(OOO원) 등 OOO원의 지급을 요청하였는데, 청구법인은 2024년 6월 위 기성(제53회)의 집행으로써 쟁점법인에게 OOO원을 추가공사대금으로 지급하되 쟁점금액2 중 잔액(OOO원)에서 정산하는 것으로 하였다. 참고로 쟁점법인은 2024년 6월 쟁점공사2의 하도급계약상 남은 공정을 계획대로 완료하려면 야간공사가 필요하고 이 경우 OOO원의 추가공사대금의 필요하다면서 그 지급의 요청과 더불어 미수용시 쟁점공사2를 타절하겠다고 하였고, 청구법인은 해당 지급요청 등이 과도하다고 판단하여 쟁점법인과 쟁점공사2를 타절한 후 2024년 7월까지 직영으로 남은 쟁점공사2를 완료하였다. 2)청구법인은 쟁점공사 중 추가공사의 내역을 구체적‧객관적으로 확인‧산정된 쟁점금액을 쟁점법인에게 지급하였다. 법인세법에 따른 손금은 ㉠사업관련성 및 통상성이 인정는 경우 또는 ㉡수익관련성이 인정되는 경우를 말하는 것으로, 여기에서 통상성이란 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하는데, 이에 해당하는지는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2017.10.26. 선고 2017두51310 판결 등, 같은 뜻임). 또한 사업자가 자기의 사업을 위하여 용역을 공급받고 세금계산서를 수취한 경우 그 세금계산서에 기재된 부가가치세액을 매입세액으로 공제받을 수 있다. 청구법인은 아래와 같이 사업과 관련하여 통상적으로 지출되는 비용으로서 쟁점법인으로부터 쟁점공사의 하도급계약 외의 추가공사 용역을 공급받고 그 대가로 쟁점금액을 지급한 사실을 구체적‧객관적으로 입증하였으므로, 쟁점금액은 청구법인의 부가가치세 및 법인세 산정시 매입세액 및 손금에 해당한다. 가)청구법인은 쟁점금액을 신속하게 지급할 사유가 있었다. 앞서 쟁점금액1의 지급경위에서 제시하였듯이 청구법인은 그동안 쟁점법인의 쟁점공사1과 관련한 추가공사대금의 지급요청을 ‘쟁점공사1의 계약금액 증액’을 위한 것으로 판단하여 그 요청을 수용하지 않아 왔는데, 2019년 3월 쟁점법인의 대표이사 I는 청구법인에게 ‘과거의 사정에 관한 지급요청(청구법인 임직원에게 제공한 불법자금과 그 세금 상당액의 회수, 과거에 타절한 공사의 미지급공사 대금, 쟁점법인 직원의 공상처리비 등)’을 하면서 갑작스럽게 해당 요청의 미수용시 쟁점공사1를 타절하겠다고 하였다. 청구법인으로서는 과거의 사정을 확인할 수 없어 위 지급요청을 받아들일 수 없었으나(㉠수주지원금에 대해서는 쟁점법인의 2011∼2017년 당기순이익이 OOO원 상당에 불과하고 그 기간 중 쟁점법인이 하도급공사를 맡은 공사현장이 51개에 달하는데 이중 17개 뿐인 청구법인에게만 OOO원에 달하는 불법자금을 지급했다는 주장이 설득력 없고 그 사실을 이미 이를 수취하였다는 청구법인 임직원이 퇴직한 상황에서 확인할 수도 없었으며, ㉡2018년 타절한 OOO 공사의 미지급기성금을 사후에 지급할 수는 없었다), 하도급자인 쟁점법인과의 분쟁시 하도급거래 공정화에 관한 법률(이하 “하도급법”이라 한다)에 따른 제재(공공기관이 시행하는 사업의 입찰참가제한, 영업정지 등)를 받을 소지가 있어서(위 쟁점법인의 요청을 받은 2019년 4월 현재 누적벌점이 6.75점이어서 위 영업정지의 기준인 10점에 임박한 상황이었다), 그 당시 진행 중이던 쟁점공사1의 추가공사대금을 지급하고 쟁점공사1을 완료하고자 수차례 쟁점법인과 협상을 하였다(청구법인측은 토목사업본부장 J 및 그 소속 P 실장이 참석하였다). 비록 청구법인은 쟁점법인과 사이에 쟁점공사1을 계약기간까지 완료하는 데까지는 합의에 이르지 못하였으나, 쟁점법인의 쟁점공사1에 대한 타절 의사를 수용하면서, 쟁점법인과의 관계를 ‘하도급법에 저촉되는 분쟁’으로 만들지 않기 위하여 그동안 청구법인이 쟁점법인의 지속적인 요청에도 불구하고 수용하지 않았던 쟁점공사1의 추가공사대금을 지급하기로 하였다. 이에 따라 청구법인은 2019년 4∼5월 쟁점공사1의 현장에 쟁점법인의 추가공사 및 미지급 대금의 현황을 파악하도록 지시하였고(통상 하도급자와 사이에 공사계약을 타절할 때 도급자의 본사에서 각 현장에 ‘하도급자가 주장하는 추가공사의 현황 파악’을 지시한다), 각 현장으로부터 아래 ＜표4＞ 기재와 같이 쟁점공사1과 관련하여 OOO원 상당의 추가공사가 진행되었음을 확인하였다. 청구법인은 이처럼 시급하게 확인한 추가 쟁점공사1 내역과 금액을 토대로 2019년 5월초 쟁점법인과 다시 협상을 개시하여 2019.6.10. 쟁점공사1의 추가공사대금으로 OOO원을 지급하되 즉시 집행가능한 쟁점금액1을 지급하는 것으로 합의하였고, 쟁점금액1은 아래 ＜표5＞ 기재와 같이 쟁점법인의 2019년 5‧6월 기성청구분과 더불어 임시계정목인 ‘대체기성’ 등의 항목으로 지급되었다. ＜표4＞2019년 4‧5월 쟁점공사의 현장으로부터 확인한 추가공사 내역

○○○ ＜표5＞쟁점금액1의 지급 내역

○○○ 이러한 청구법인과 쟁점법인 간의 협상 및 쟁점금액1의 지급 등 과정을 보면 쟁점금액1이 쟁점법인의 쟁점공사1 추가공사대금 지급요청에 따라 지출된 것임을 알 수 있으므로 쟁점금액1은 청구법인의 업무관련성이 인정된다 할 것이다. 한편 ①처분청은 쟁점정산요청서 및 이에 관하여 쟁점법인측이 조사청에 한 진술 등을 근거로 쟁점금액이 그동안 쟁점법인이 청구법인 임직원에게 제공한 불법자금의 환수액이라는 의견이나, 앞서 제시하였듯이 쟁점법인은 2018년부터 쟁점공사 추가공사대금 지급에 관하여 청구법인과 대립하여 온 만큼 쟁점법인측의 진술을 그대로 신뢰하기 어렵고, 쟁점법인의 당기순이익 규모 등을 감안할 때 쟁점정산요청서에 기재된 불법자금이 실제로 제공되었다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 그 구체적인 근거도 없다. ②처분청은 청구법인과 쟁점법인과 사이에 쟁점공사1의 각 현장별로 타절합의서를 작성하였으면서 쟁점합의서를 작성한 것을 두고 후자가 가공거래를 위한 이면약정에 해당되고 쟁점법인이 작성한 문서에 쟁점금액을 ‘상생비용’으로 기재하는 등 쟁점금액을 쟁점공사의 추가공사대금으로 볼 수 없다는 의견이나, 앞서 제시하였듯이 청구법인으로서는 쟁점법인이 청구법인에게 추가로 자금 지급을 요청하거나 쟁점정산요청과 관련한 불복을 제기하는 것을 방지하기 위하여 쟁점법인으로부터 쟁점합의서를 징구한 점(쟁점정산요청서에 기재된 ‘공상비’ 항목을 쟁점합의서에 기재한 이유도 같은 취지이다), 청구법인으로서는 쟁점법인이 쟁점금액1에 대하여 내부적으로 기재한 내역을 알 수 없는 점(다만 쟁점법인이 그 지급 당시 쟁점금액1을 ‘상생비용’으로 기재한 것은 청구법인이 그 상당액만큼 하도급변경계약에 반영하는 등 구체적인 추가공사 내역이 확정되기 전까지는 그 지급 당시 쟁점금액1을 임시계정과목으로 계상한 것과 같은 사유라 할 것이고, 쟁점금액1의 실질이 쟁점법인이 내부문서에 기재한 대로 정해진다고 볼 수 없다) 등을 감안할 때 위 처분청 의견은 부당하다. 나)쟁점금액이 쟁점공사의 추가공사대금임이 입증된다. 통상 하도급자가 도급자에게 청구하는 기성공사대금은 ‘하도급계약에 포함된 공사’에 한정되므로 하도급자가 하도급계약에 포함되지 않은 추가공사가 필요한 경우 일단 도급사의 작업지시에 따라 추가공사를 시행하고 그 공사대금은 하도급계약의 변경으로 반영하여 도급자로부터 지급받는 것이 원칙이다. 그러나 계약변경 과정은 시간이 소요되므로(길게는 6개월 정도이다) 신속한 추가공사의 시행을 위해(공사지연시 막대한 지체상금 및 금융비용이 지출되기 때문이다) 도급자가 하도급자에게 그 계약변경 전에 추가공사대금을 지급한다. 이때 앞서 제시하였듯이 임시계정과목인 대체기성 또는 하도급계약상 다른 공사의 계정과목을 각 사용하여 지급된 추가공사대금의 회계처리를 하였다가, 추후 계약변경에 반영된 추가공사의 계정과목으로 대체하는 회계처리를 하는바, 쟁점공사1의 추가공사대금인 쟁점금액1도 앞서 제시하였듯이 쟁점법인이 요청한 쟁점공사1의 추가공사대금을 신속히 지급하여야 했으므로 이러한 방법의 회계처리를 하였다. 쟁점금액1이 쟁점공사1의 추가공사대금으로서 그 지급시 위와 같은 임시계정과목 등의 회계처리를 거쳐 실제로 지출되었다는 사실은 아래와 같이 입증된다[쟁점금액2에 대해서는 위 1) 나) 기재와 같다].

① 충주댐공사 청구법인은 2015.7.30. 쟁점법인과 사이에 공사기간을 ‘2015.7.30.∼2019.2.12.(변경계약에 따라 2019.9.30.까지로 연기)’로 하여 ‘도류부 터널공사’의 하도급계약을 체결하였는데, 2016년 7월 발파시 자연석면 발견에 따른 공사지연(공사중지명령 및 민원발생에 기인한다)과 2019년 5월까지 이와 관련한 추가공사(터널 내에 발파한 쇄석의 반출 중지명령으로 터널 근처에 쇄석인 ‘암버럭’을 가적치하고 발파현장 근처에 방음벽 및 울타리를 설치하는 등)가 필요하였다. 따라서 앞서 제시하였듯이 이 경우 도급자인 청구법인의 현장소장이 쟁점법인에게 위 추가공사에 관한 작업지시를 하고 쟁점법인은 이에 따라 자신의 비용으로 추가공사를 한 후 청구법인에게 그 지급을 요청하는 것이 불가피하였다. 즉 쟁점법인은 2018.10.29. 청구법인에게 암버럭 반출 등의 추가공사대금의 지급을 요청하였으나 청구법인이 수용하지 않았고(청구법인의 예산상 그 지급이 불가했고 추후 설계변경 또는 공사완료 시점에서 정산 가능하다고 보았기 때문이다), 2019년 3월에도 암버럭 반출, 공기연장(앞서 제시한 자연석면 발견 등에 따라 15개월 상당 연장)으로 인한 추가공사대금을 요청하였으나 청구법인이 위와 같은 사유로 수용하지 않았다. 그러던 중 앞서 제시한 2019년 4∼5월 청구법인 본사의 지시에 따른 현장의 사전보고를 반영하여 충주댐공사의 추가공사대금으로 OOO원(쟁점금액1에 포함된다)을 산정하였고, 이를 2019년 5‧6월 기성공사대금과 함께 지급하면서 임시계정과목인 ‘대체기성’으로 회계처리하였다. 이후 2019년 7월 기성공사대금의 청구 및 타절 시점에서 충주댐공사의 추가공사대금을 OOO원으로 증액하고(사전보고 후 추가공사내역 반영) 기지출한 위 OOO원을 공제하면서 추가공사대금의 계정과목을 ‘갱내버럭가적치’로 대체하는 회계처리를 하고 2019.9.30. 이에 관한 하도급계약변경을 체결하였다. 나아가 청구법인은 2019.12.30. 발주자(H)로부터 OOO의 추가공사대금으로 OOO원 상당을 지급받았다. 이러한 사실은 위 추가공사의 내용과 금액이 기재된 작업지시서, 사전보고서, 여건보고서 등 청구법인의 내부문서뿐만 아니라 쟁점법인이 청구법인에게 송부한 계약해지 요청서(추가공사대금으로 ‘도류부 터널공사 대금’으로 기재되어 있다), 관련 기관의 공문 등을 통해 입증된다.

② OOO공사 청구법인은 2015.11.5. 쟁점법인과 사이에 공사기간을 ‘2015.11.10.∼2020.9.30.’로 하여 ‘2공구 터널‧구조물 공사 등’의 하도급계약을 체결하였고, 통상 터널공사는 계약 당시 시추환경을 모두 파악하여 공사 항목을 포함할 수 없어 공사를 진행하면서 추가공사를 반영하는데, 특히 OOO공사의 대상지역은 특이한 지질이어서 공사난이도 상승[우리나라에서 시공선례를 찾기 어려운 모래자갈토층이어서 물막이(차수; 遮水) 공사의 난이도가 상승하였다]에 따른 추가공사(‘차수그라우팅’ 공정의 확대)가 필요하였다. 쟁점법인은 2019년 1월부터 이에 관한 추가공사대금(2019년 1월 23건 OOO원, 2019년 2월 12건 OOO원 상당)의 지급을 요청하였으나 청구법인이 수용하지 않았다(미수용 사유는 위 ① 기재와 같다). 그러던 중 앞서 제시한 사전보고를 반영하여 OOO공사의 추가공사대금을 OOO원으로 산정하였고, 2019년 5‧6월 기성공사대금과 함께 위 OOO원 중 지급 가능한 OOO원(쟁점금액1에 포함된다)을 지급하면서 임시계정과목인 ‘대체기성’으로 회계처리하였다. 이후 2019년 8월 기성공사대금의 청구 및 타절 시점에서 OOO공사의 추가공사대금을 OOO원 상당으로 증액하고(사전보고 후 추가공사내용 반영) 기지출한 위 OOO원을 공제하면서 추가공사대금의 계정과목을 ‘차수그라우팅’으로 대체하는 회계처리를 하였다. 한편 청구법인은 발주자(K)와 사이에 위 OOO공사의 추가공사와 관련한 설계변경을 허가받았으나 발주처로부터 위 추가공사대금의 지급은 받지 못하였다.

③ OOO공사 청구법인은 2016.11.15. 쟁점법인과 사이에 공사기간을 ‘2016.11.15.∼2020.12.14.’로 하여 ‘5개 터널 및 2개 도로의 각 확장’에 관한 하도급계약을 체결하였는데, OOO공사는 OOO라고 하는 도서지역의 특성에 따라 계약 당시 예측하지 못한 변수(발파작업에 따른 잦은 민원 및 이에 따른 공기연장, 물적‧인적 자원의 확보상 한계, 단단한 암석으로 이루어진 전석의 파쇄작업의 난이도 상승, 쇄석인 ‘암버럭’의 적치장소 확보 곤란 등)가 끊임없이 발생하여 추가공사(전석 터파기, 암버럭 적치‧운반, 항만공, 펌프카 사용, 태풍피해 복구 등) 비용이 과도하게 발생하였다. 쟁점법인은 2019.4.20. 이에 관한 추가공사대금(35건 OOO원 상당)의 지급을 요청하였으나 청구법인이 수용하지 않았다(미수용 사유는 위 ① 기재와 같다). 그러던 중 앞서 제시한 사전보고를 반영하여 위 추가공사 중 ‘전석 터파기’와 관련한 비용을 OOO원(쟁점금액1에 포함된다)으로 산정하였고, 2019년 5월 기성공사대금과 함께 위 OOO원을 지급하면서 임시계정과목인 ‘대체기성’으로 회계처리하였다. 이후 2019년 7월 기성공사대금의 청구 및 타절 시점에서 OOO공사의 추가공사대금을 OOO원 상당으로 증액하고(사전보고 후 추가공사내용 반영) 기지출한 위 OOO원을 공제하면서 추가공사대금의 계정과목을 ‘전석 터파기’로 대체하는 회계처리를 하였다.

④ OOO공사 청구법인은 2018.3.16. 쟁점법인과 사이에 공사기간을 ‘2019.3.19.∼2022.12.14.’로 하여 ‘도로 및 교량 공사’에 관한 하도급계약을 체결하였는데, OOO공사는 교량 다리 부분 건설의 난이도 상승(굴착한 공간으로 모래와 연약한 돌이 무너져 내리는 현상이 발생한데 기인한다), 발주시 제외된 종점부 토공의 추가로 추가공사(RCD 공벽보강, 종점부 토공) 비용이 발생하였다. 쟁점법인은 앞서 제시한 청구법인의 OOO공사 현장의 사전보고(2019.5.28.) 전에 이에 관한 추가공사대금의 지급을 요청하지 않았으나, 청구법인은 해당 사전보고를 반영하여 위 추가공사의 비용을 OOO원으로 산정하였고, 2019년 5‧6월 기성공사대금과 함께 위 OOO원 중 OOO원(쟁점금액1에 포함되고, ‘RCD 공벽보강’과 관하여 OOO원, ‘종점부 토공’과 관련하여 OOO원이다)을 지급하면서 임시계정과목인 ‘대체기성(RCD 공벽보강)’ 또는 ‘기타부대공’에 관한 계정과목(종점부 토공)으로 회계처리하였다. 이후 2019년 6월 앞서 임시로 회계처리한 계정과목을 본래의 계정과목으로 대체하고[대체기성은 ‘RCD 공벽보강’으로, 기타부대공 계정과목은 ‘상부공’ 계정과목(접속교, 주경간교, 램프래 등)으로 각 변경하였다], 2019.7.22., 2019.12.26. 각 하도급변경계약시 앞서 지급된 ‘RCD 공벽보강’ 및 ‘종점부 토공’에 관한 추가공사대금을 반영하였다.

3. 관련한 조세포탈의 고발사건에 대해 불기소처분을 받았다. 조사청은 청구법인에 대한 조세범칙조사 후 쟁점금액에 관한 허위거래로 손금을 과다하게 산출하여 법인세를 포탈하였다는 혐의로 청구법인의 임원(쟁점금액의 지급 당시 A 토목사업본부의 실장과 본부장으로 재임한 P)을 검찰에 고발하였으나, 검찰은 2025.12.9. 위 청구법인 임원 P의 일관된 진술(쟁점금액은 쟁점법인과 사이에 쟁점공사의 타절 등을 하면서 쟁점공사의 추가공사대금으로 지급하였다는 것), 청구법인이 제출한 증빙자료 및 청구법인 소속의 쟁점공사 현장소장들의 진술 등을 근거로 ‘쟁점금액이 쟁점공사의 추가공사대금’이라는 피의자 P의 변소가 상당한 점, 설령 쟁점금액에 기존 공사비를 보전하는 합의금의 성격이 있다 하더라도 법인세법상 손금에 해당할 수 있는 점 등을 감안하여 위 조사청의 피의사실에 대해 불기소처분을 하였다. 행정심판에 있어서 확정된 형사판결의 사실판단 부분을 채용하기 어렵다고 볼 특별한 사정이 없는 한 이와 배치되는 사실을 인정할 수 없다 할 것인바(대법원 1991.1.29. 선고 90다11028 판결 등, 같은 뜻임), 이 건 심판청구의 판단에 있어서도 위 쟁점금액에 관한 조세포탈의 고발사건에 대하여 검찰이 ‘쟁점금액을 법인세법상 손금에 해당한다’는 취지의 불기소처분을 한 것을 감안하여야 한다. (나)(예비적으로) 쟁점금액 상당액을 기타 사외유출로 소득처분하여야 한다. 소득의 귀속자가 누군인지를 가리는 경우로서 익금에 산입하거나 손금불산입한 금액이 사외유출이 된 것으로 보는 경우에 있어서 해당 법인 외의 귀속자가 있음이 명백히 드러난다면 ‘기타 사외유출’ 또는 ‘기타소득’에 해당될 수는 있어도 이를 바로 귀속불분명의 경우라 하여 해당 법인의 대표자에 대한 상여로 인정할 수는 없다 할 것인바(대법원 1991.7.23. 선고 90누6163 판결, 같은 뜻임), 쟁점금액이 쟁점법인에게 지급되어 귀속되어 관련한 부가가치세 및 법인세의 신고·납부를 하였음이 확인되므로 쟁점금액은 그 지급 당시 청구법인의 대표이사에 대한 상여가 아니라 ‘기타 사외유출’로 소득처분되어야 한다. (다)(예비적으로) 이 건 과세처분시 일반과소신고가산세를 적용하여야 한다.

① 조세범 처벌법상 형사처벌 대상인 ‘사기 기타 부정한 행위로써 조세를 포탈한 경우’와 부당무신고 가산세 부과 요건인 ‘사기 기타 부정한 행위 등 부당한 방법으로 무신고한 과세표준이 있는 경우’에 있어서 ‘사기 기타 부정한 행위’는 같은 의미로 해석될 수 있고(대법원 2019.7.25. 선고 2017두65159 판결, 같은 뜻임), 장기의 국세부과제척기간을 적용하는 요건인 ‘사기 기타 부정한 행위’는 형사처벌의 구성요건으로 되어 있으므로, 어떠한 행위가 조세법상 ‘사기 기타 부정한 행위’에 해당하는지 여부를 가림에 있어서도 형사처벌 법규의 구성요건에 준하여 엄격하게 해석하여야 할 것이다(대법원 2014.5.16. 선고 2011두29168 판결, 같은 뜻임). ②한편 ‘사기 그 밖의 부정한 행위’라 함은 조세의 포탈을 가능하게 하는 행위로서 사회통념상 ‘부정’이라고 인정되는 행위, 즉 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 그 밖의 부정한 적극적 행위를 의미하므로, 다른 행위를 수반함이 없이 단순히 세법상의 신고를 하지 아니하거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 이에 해당하지 않지만(대법원 2003.2.14. 선고 2001도397 판결 등, 같은 뜻임), 수입이나 매출 등을 고의로 장부에 기재하지 아니하는 행위 등 ‘적극적 은닉의도’가 나타나는 사정이 객관적으로 드러나서 ‘조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것’으로 인정할 수 있다 할 것이다(대법원 2012.3.15. 선고 2011도13605 판결, 대법원 2012.6.14. 선고 2010도9871 판결 등). ③조세부과처분이 적법한지 여부와 별개로, 적어도 당사자 간의 합의 내용대로 거래하고 그에 따라 세무신고를 한 것은 부정행위가 아니다(대법원 2022.11.17. 선고 2021도12658 판결, 같은 뜻임). 요컨대 부당과소신고가산세의 요건으로서 ‘부정행위’가 인정되려면, 단순히 납세자의 신고 내용이 세법에 부합하지 않는다는 사실만으로는 부족하고, 이외에 조세의 부과와 징수를 현저히 어렵게 하기 위한 적극적인 행위가 수반되어야 한다 할 것이다.

① 쟁점금액은 청구법인과 쟁점법인 사이의 합의에 따라 지급된 것일 뿐, 실제 지급 없이 허위로 손비를 계상하였다거나 합의와 다르게 다르게 지급한 금액을 손비로 계상한 사실 없는 점, ②앞서 제시하였듯이 청구법인은 쟁점법인으로부터 쟁점정산요구를 받은 후 쟁점법인과 수차례 협상을 진행하여 구체적인 근거가 없는 수주지원금 등을 신빙성이 없다고 판단하되, 그 요청 당시 진행 중인 쟁점공사1에서 추가공사비용이 발생하여 그 지급요청을 받았음을 감안하여 사전보고를 거쳐 쟁점금액1을 지급한 점, ③청구법인은 쟁점법인이 쟁점공사2의 현장에서 신속한 착공을 하도록 쟁점법인과의 합의하에 통상적인 수준(공사대금의 10% 상당)의 선급금으로 쟁점금액2를 지급한 점, ④이 과정에서 장부 조작, 이중장부 작성, 허위증빙 작성 등의 적극적 부정행위가 없었다 할 것인 점 등을 감안할 때, 설령 쟁점금액의 수수가 쟁점공사의 추가공사에 비하여 과다하게 지급된 것으로 보아야 한다 하더라도 이는 단순 과소신고에 불과할 뿐 부정행위로는 볼 수 없으므로, 이 건 과세처분시 일반과소신고가산세를 적용하여야 한다. (2)쟁점금액을 쟁점공사의 용역대금으로 볼 수 없다 하더라도 쟁점법인에 대한 손해배상금으로 보아 전액 손금에 해당된다. (가)쟁점금액은 ‘손해배상금’인 손금에 해당된다.

① 신탁업을 겸영하던 은행이 실적배당신탁계정의 손실에 대한 ‘보전금’을 고유계정에서 지급한 것은 외환위기 상황에서 신탁겸영은행이 수탁고 격감, 기존 신탁계약 등의 대규모 해지·인출사태 등을 방지하기 위한 것으로서 사업상 필요에 따라 지출한 것으로서 통상성이 인정되므로 손금으로 인정된다 할 것이고(대법원 2009.6.23. 선고 2008두7779 판결), ②㉠구매자가 불공정 담합행위를 이유로 판매가격과 관련하여 제기한 소송을 해결하기 위하여 지출한 화해금(조심 2015서5462, 2017.3.21.), ㉡투자자에게 발생한 손해를 배상하는 합의금(조심 2018서672 2022.8.18.), ㉢경영손실이 예상되는 하청업체와의 도급계약을 조기 해지하기 위해 지급한 비용(조심 2015중1123, 2016.3.16.)도 손금으로 인정되며, ③㉠수급인이 도급인에게 지급하는 민사소송 합의금(국세청 법규과-1046, 2024.4.30.), ㉡특수시설에 대한 자산가치가 분양계약과 다르다는 이유로 수분양자들과의 분쟁이 있는 사안에서 분양자가 지급한 합의금(국세청 법인46012-342, 1995.2.8.)도 손금에 해당된다 할 것이다. 설령 쟁점금액이 쟁점공사의 추가공사비용에 해당되지 않는 것으로 보아야 한다 하더라도, 앞서 제시하였듯이 청구법인은 쟁점법인이 쟁점정산요구를 미수용할 경우 하청업자로서 도급자인 청구법인에게 하도급법에 따른 제재(공정거래위원회의 벌점 부과에 따른 영업정지 등)를 야기할 수 있는 모든 수단의 불복(공정거래위원회 제소 등)을 제기하였다는 입장이어서 청구법인으로서는 쟁점법인과의 분쟁을 원만히 해결하고 추가 손실을 막기 위하여 쟁점금액을 손해배상금 명목으로 지급한 것으로 볼 수 있다. (나)쟁점금액이 불법자금인 수주지원금에 대한 보상금 또는 배상금이라 하더라도 손금에 해당한다.

① 법인세법은 익금과 손금의 범위를 예시하면서 포괄적으로 규정하고, 그 특례규정으로서 손금불산입과 손금산입의 각 사항을 열거하여 규정하고 있으므로, 원칙적으로 자산총액을 감소시킨 것은 손금불산입 등으로 열거되어 있지 않은 한 손금이 된다고 보아야 하는바(대법원 2009.6.23. 선고 2008두7779 판결, 같은 뜻임), 손해배상금은 법인세법에 손금불산입 대상으로 열거되어 있는 경우가 아닌 한 손금에 해당한다 하겠다. ②법인세법 시행령 별표 1에서 특정한 법령에 따라 발생하는 ‘징벌적 손해배상액’ 중에서 실제 발생한 손해액을 초과하는 금액만을 손금불산입하도록 규정하는데(법인세법 제21조의2, 같은 법 시행령 제23조 제1항 제1호) 이처럼 징벌적 손해배상금에 대해서도 실제 발생한 손해 부분은 손금으로 인정하고 있으며, 이를 반대 해석하면 손금불산입 대상으로 규정되지 않은 일반적인 손해배상금은 원칙적으로 전액 손금에 해당한다. ③㉠‘위반행위 과정에서 위반행위 자체를 유발하기 위하여 직접적으로 지출된 금원’은 해당 금원의 지출이 사회질서에 심히 반하는지 여부에 따라 손금 해당 여부를 판단하나, ㉡‘위반행위 결과 피해자에게 발생한 손해를 배상하기 위하여 지출한 금원’은 손금으로 인정된다 할 것인바, 손해배상금 지급의 직접 원인이 되는 행위와 그 피해를 보전하기 위한 행위는 구분된다 할 것이다. 요컨대 직접적으로 위법소득을 얻기 위하여 지출한 비용과 위법한 행위로 인하여 거래상대방에게 발생한 손해를 보전할 목적으로 지출한 비용을 명확하게 구분되고, 후자는 손금에 해당한다 할 것이다. 만약 쟁점법인의 주장대로 청구법인의 퇴직임원들이 쟁점법인으로부터 수주지원금 명목의 불법자금을 받았고 그 과정에서 쟁점법인에게 금전적인 손실이 발생하였다면, 청구법인은 사용자 배상책임(민법 제756조)에 따라 쟁점법인에 대한 손해배상의무를 부담하는데, 이는 청구법인의 정상적인 업무수행의 일환으로서 위와 같은 법적 책임을 다하기 위하여 쟁점법인에게 쟁점금액을 손해배상금으로 지급한 것으로 보아야 한다. 즉, 쟁점금액은 청구법인이 직접적으로 위법소득을 얻기 위하여 지출한 비용이 아니라, 위법한 행위로 인하여 상대방에게 발생한 손해를 배상할 목적으로 지출된 비용이므로 손금에 해당한다. 또한 법인이 사용자로서 책임을 지고 임직원의 불법행위로 인하여 피해를 입은 제3자에게 손해를 배상하는 것은 일반적이고, 다른 법인들도 지출하였을 것으로 보이는 통상적인 비용으로 볼 수 있으며 이에 대한 사회적 비난가능성도 없다 할 것이다. 나아가 설령 청구법인이 쟁점금액을 ‘위법소득을 얻기 위하여 지출한 비용’으로 보아야 한다 하더라도, 위법소득을 얻기 위하여 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용의 경우에도 곧바로 손금성을 부인하는 것이 아니라 ‘손금산입을 인정하는 것이 사회질서에 심히 반하는 등 특별한 사정이 있는지 여부’에 따라 손금산입 여부를 판단하는 것이라 할 것이고(대법원 2009.6.23. 선고 2008두7779 판결, 같은 뜻임). 이때 ‘사회질서에 위반하여 지출된 비용’에 해당하는지 여부는 그러한 지출을 허용하는 경우 야기되는 부작용, 그러한 지출이 거래에 미칠 영향, 이에 대한 사회적 비난의 정도, 규제의 필요성과 향후 법령상 금지될 가능성, 상관행과 선량한 풍속 등 제반 사정을 종합적으로 고려하여 사회통념에 따라 합리적으로 판단하여야 하는바(대법원 2015.1.15. 선고 2012두7608 판결 등), 앞서 제시하였듯이 쟁점금액은 ㉠민법상 사용자 배상책임에 따른 청구법인의 법적 의무의 이행, ㉡분쟁 조기 해결을 통한 사업의 정상화, ㉢기업 신뢰도 및 평판 보호, ㉣영업정지 등 행정제재의 방지, ㉤막대한 지체상금 및 추가 손실 방지 등을 위해 지급된 것이므로, 이를 사회질서에 심히 반하는 행위로 볼 수 없다 할 것이다.

• 나. 처분청 의견 (1)쟁점금액은 쟁점공사와 무관하게 지출된 리베이트의 반환액이고, 그 귀속이 불분명한 만큼 청구법인의 대표자 상여로 소득처분하여야 하며, 부당과소신고가산세를 부과하여야 한다. (가)쟁점금액은 쟁점공사와 무관하게 그동안 쟁점법인이 청구법인에게 제공한 리베이트를 반환한 금액이다. ‘일반적으로 인정되는 통상적’인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 하는데, 특별한 사정이 없는 한 사회질서를 위반하여 지출된 비용은 여기에서 제외되고(대법원 2009.11.12. 선고 2007두12422 판결 등, 같은 뜻임), 리베이트 약정은 허위의 세금계산서 발행이라는 법규 위반 행위를 그 수단으로 하는 것으로서, 법규 위반의 행위를 당사자 간에 통모하여 하였다는 점에서 수단에 있어서 사회질서에 반할 뿐만 아니라, 공사금액을 허위로 부풀리는 기망적 요소를 포함하고 있고, 공사원가를 왜곡하여 건전한 거래질서를 어지럽히게 되며, 리베이트가 비자금으로 조성되고 집행되는 위법으로까지 이어지게 되어 그 내용에 있어서도 반사회적이라고 아니할 수 없으므로 위 리베이트 약정은 무효로 함이 타당하다 할 것이다(서울고등법원 2012.5.23. 선고 2011나37270, 37287 판결, 같은 뜻임). 쟁점법인은 2019.5.2. 청구법인에게 등기우편으로 ①2011∼2017년 청구법인 임직원들에게 지급하였다는 공사수주지원금(OOO원 상당)의 일부인 OOO원 및 그 자금 마련을 위해 쟁점법인의 대표이사 I가 부담한 제세 OOO원 상당, ②2018년 타절한 ‘OOO’ 건설공사의 미수령 기성공사대금 OOO원 상당, ③쟁점법인 근로자의 산재사고에 따른 공상처리비 OOO원 합계 OOO원 상당의 지급을 요청하는 내용의 쟁점정산요청서를 송달하였는바, 해당 내용 및 아래의 쟁점법인 및 청구법인의 각 관련인의 진술, 사실관계 등을 감안하면, 하도급자인 쟁점법인이 도급자인 청구인으로부터 토목공사를 수주하고 업계 관행상 청구법인의 임원 또는 공사현장의 감독관에게 ‘공사수주지원금’이라는 명목으로 금전을 제공하고 추후 공사를 진행하면서 발생하는 기성금에 추가하는 방식으로 기지급한 공사수주지원금을 돌려받는 행위는 일종의 ‘리베이트’를 제공하는 행위에 해당한다 할 것인바, 쟁점금액만큼 공급가액을 과다하게 기재된 쟁점세금계산서의 매입세액은 부가가치세 매출세액에서 공제할 수 없고, 쟁점금액의 지출은 사회질서에 심히 반하는 비용으로서 통상성과 수익관련성을 충족하지 못하므로 법인세법상 손금에 해당하지 않는다.

1. 쟁점금액은 이른바 ‘리베이트’에 해당하는 공사수주지원금 등을 반환한 금액에 해당한다. 가)쟁점금액이 리베이트의 반환임이 입증된다.

① 쟁점법인의 대표이사인 I는 조사청의 조사 당시인 2025.1.15. 조사청에게 쟁점정산요청서를 통하여 청구법인에게 지급을 요청한 금액에 대하여 “원래대로라면 쟁점법인이 청구법인의 임직원들에게 지급한 공사수주지원금은 청구법인으로부터 공사기성금으로 보전받아야 하나 청구법인이 그 보전을 해주지 않았고, 그럼에도 청구법인과의 거래 유지를 위해 감내하였으나, 2019년 청구법인의 쟁점법인에 대한 공사 타절의 통지로 거래가 단절됨에 따라 그동안 지출한 공사수주지원금 등에 대한 정산을 절박하게 요구한 것”라는 취지로 진술하였다. 한편 I는 쟁점비용이 쟁점공사의 공사대금이 아니라는 본인의 진술에 따라 세금계산서 수수의무 위반으로 벌금(OOO원)의 통고처분을 받아 그 이행을 하는 등의 불이익을 감수하면서 쟁점세금계산서가 공급가액이 과다하게 발급된 것임을 인정하였는바(요컨대 ‘일부러 손해를 보기 위해 거짓으로 진술을 한다’는 것은 상정하기 어렵다) I의 진술을 신빙성 있는 것으로 보아야 한다.

② 청구법인의 토목사업본부장 P은 조사청의 조사 당시인 2025.1.14. 조사청에게 “쟁점법인의 대표이사 I가 쟁점정산요청서와 비슷한 내용의 문서를 제시하면서 금전의 지급을 요청한 사실이 있고, 2019년 5월 청구법인이 쟁점정산요청서를 받았다는 사실을 들어서 인지하고 있다”라는 취지로 진술하였다.

③ 쟁점정산요청문서에 기재된 ‘쟁점법인 근로자의 산재사고에 따른 공상처리비 OOO원’과 쟁점법인의 작성‧보유한 관련 문서인 “2007∼2018년 산재사고 공상처리 집계표’, 및 쟁점합의서에 기재된 ‘공상처리비 OOO원’의 각 금액이 일치하고, I가 2011∼2018년 부담한 국세(종합소득세 및 양도소득세)가 OOO원 상당인데 이에 지방소득세를 합하면 쟁점정산요청문서의 ‘공사수주지원금에 대한 국세 및 지방세 합계 OOO원’과 거의 일치한다.

④ 쟁점법인의 대표이사인 I는 위 조사청에 대한 진술시 ”쟁점공사2와 무관하게 공사수주지원금 등에 대한 쟁점정산요청에 따라 쟁점금액2를 지급받은 것으로 알고 있다“라는 취지로 진술하였고, I의 자녀인 L도 조사청의 조사 당시인 2024.11.7. 조사청에에게 쟁점금액2에 대하여 “쟁점합의서 작성 당시 추가 일거리를 주겠다는 구두 약속의 일환으로 인식하고 있다”라는 취지로 진술하였다. 나)쟁점합의는 쟁점정산요청에 따라 이루어졌다. 청구법인과 쟁점법인 간에 작성된 쟁점합의서는 청구법인이 쟁점법인으로부터 쟁점정산요청을 받고 쟁점법인과의 사이에 하도급법에 따른 분쟁 예방, 공정지연 등을 방지하기 위해 작성되었다 할 것인바, 쟁점정산요청이 없었다면 작성될 필요가 없었다 할 것이므로 쟁점합의서와 쟁점정산요청서는 직접 연관된 것으로 보아야 한다. 이러한 사실은 ㉠청구법인이 그동안 공사 타절시 각 공사현장에서 정산합의서(통상 정산금액, 잔여기성금액 및 지급시기, 미·체불금 변제, 이의제기 등에 관한 사항이 기재된다)를 작성하여 왔으므로, 공사현장 외에 본부에서 별도로 정산합의서를 작성할 필요가 없는 점, ㉡각 현장별 정산합의서의 작성일(2019.7.10. 또는 2019.7.22.)과 쟁점합의서의 작성일(2019.7.9.) 간의 차이가 거의 없는 점, ㉢쟁점합의서에 청구법인측만 날인하지 않은 채로 쟁점법인에게 이를 교부하지도 않았음을 보면 청구법인이 쟁점법인에게 공사수주지원 등을 반환하기 위해 쟁점금액1을 지급한 사실이 알려지는 것을 은폐하려는 목적이 있었다고 보이는 점(청구법인이 쟁점정산요청사실이 공개될 경우 공정거래위원회의 조사 등의 위험이 있게 되는바, 쟁점공사의 기성금을 과다하게 부풀릴 동기가 있었음은 청구법인의 내부문서 및 P의 진술로 뒷받침된다), ㉣쟁점법인의 대표이사 I가 위 조사청에 대한 진술시 ”쟁점금액1의 산정근거를 알지 못하고 쟁점공사1의 추가공사와 연동하여 쟁점합의서의 금액이 조정 또는 변경될 수 있다는 이야기를 들은 사실이 없다”라는 취지로 진술한 점, ㉤I의 자녀인 L도 위 조사청에 대한 진술시 “쟁점비용1의 산정근거가 딱히 없고, 쟁점법인이 청구법인에게 정산을 요청한 금액은 더 많지만 하도급자인 쟁점법인으로서 어쩔 수 없이 청구법인과 쟁점합의를 하면서 절충된 금액이 쟁점금액1”이라는 취지로 진술한 점, ㉥청구법인의 도로교량팀 소속 직원(O)은 조사청의 조사 당시인 2024.11.12. 조사청에게 “토목사업본부장 P 등의 지시로 쟁점합의서를 작성하였다”라는 취지로 진술한 점, ㉦쟁점합의서의 제5호를 보면 ‘쟁점법인이 합의서의 내용을 위반한 경우 쟁점금액1을 청구법인에게 반환’하도록 규정되어 있는데 만약 쟁점금액이 쟁점공사1의 추가공사대금이라면 위 조건을 이유로 쟁점금액1이 수수될 이유가 없는 점 등으로 뒷받침된다.

2. 쟁점금액1을 쟁점공사1의 추가공사대금으로 볼 수 없다.

• 가) 쟁점금액1은 쟁점공사1의 (추가)공사대금이 아니다. 청구법인은 쟁점금액1을 쟁점공사1의 추가공사대금으로 하여 지급하였다고 주장하나, ㉠쟁점법인이 작성한 ‘월별 자금청구서 검토사항’을 보면 쟁점금액1이 ‘상생자금’으로 기재되어 있는데, 이에 대해 쟁점법인의 L은 위 조사청에 대한 진술시 해당 상생자금으로 기재된 쟁점금액1에 대하여 “그 산정근거가 없고 단지 청구법인과 합의한 금액을 받기 위해서 맞춘 금액이고, 이에 대응하는 공사내역 없이 청구법인에게 기성금의 청구시 발행한 쟁점세금계산서1에 쟁점금액1을 포함하였다”라는 취지로 진술하였고, I는 위 조사청에 대한 진술시 “재료비, 노무비 등으로 기재하지 못하여 상생자금으로 기재했던 것 같다”라는 취지로 진술한 점, ㉡만약 청구법인이 쟁점법인에게 쟁점공사1의 추가공사대금으로 쟁점금액1을 지급하였다면, 발주자에게 그 보전을 받았어야 하나 쟁점공사1 중 충주댐공사(쟁점금액1에 포함된 OOO원 중 OOO원만 받았다) 외에 나머지는 그 보전을 받지 못한 점(쟁점공사2도 동일하다) 등을 감안할 때, 쟁점금액은 쟁점공사1의 추가공사대금이 아니라 청구법인이 쟁점합의에 따라 쟁점법인에게 쟁점정산요청서에 기재된 공사수주지원금 등을 반환하기 위해 쟁점세금계산서1의 공급가액을 과다하게 기재한 금액으로 보아야 한다.
• 나) 청구법인은 쟁점금액1의 지급근거를 작출하였다. 청구법인은 아래와 같이 내부문서인 ‘여건보고’를 통하여 기성내역을 조정하는 등 서류를 허위로 작성하는 방법으로 쟁점금액1의 지급근거를 작출하였다.

① 충주댐공사 청구법인은 OOO공사의 타절시 ‘갱내버럭 가적치 운반진행의 건’, ‘공기단축을 위한 터널굴착 계획변경의 건’, ‘하도급 공기연장에 따른 간접비 반영’ 등의 사유로 여건보고 후 OOO원을 추가로 집행하였는데, 이는 기성내역을 조작하여 실제 발생한 공사기성금에 쟁점합의서 상의 충주댐공사와 관련된 OOO원(쟁점금액1에 포함된다)을 추가한 것이다. 즉 ㉠2019년 5월 기성내역 중 대체기성 항목을 보면 ‘전회누계’에 ‘OOO 민원처리(OOO원)’ 등의 구체적인 내역이 기재되어 있는 반면에, ‘금회기성’에는 단순히 ‘2019년 5월 대체기성’으로만 기재되어 있는 점(2019년 6월 기성금 내역도 동일하다), ㉡특히 2019년 6월 기성내역에는 ‘2019년 5월 대체기성’ 및 ‘갱외버럭처리 단가차이분(상차 + 운반거리)’이라고 구분‧기재되어 있는데 반하여, 쟁점합의서에 기재된 충주댐공사의 쟁점금액1에 해당하는OOO원에 대해서만 구체적 내역 없이 단순히 대체기성으로만 기재되어 있는 점, ㉢2019년 7월 기성내역에는 전월까지 기재되어 있던 ‘OOO 민원처리(OOO원)’ 외 13개의 대체기성 항목이 ‘터널암 갱내버럭처리 반영 외 2건’ 여건보고로 대체처리되는 등 여건보고의 사유와 무관한 ‘OOO 민원처리’ 등과 같은 대체기성 항목이 한꺼번에 여건보고로 대체되는 점 등을 감안할 때, 청구법인이 여건보고를 통하여 공종별 수량‧단가를 조정하여 원하는 금액인 위 OOO원을 작출한 것으로 보아야 한다.

② OOO공사 청구법인은 OOO공사의 타절시 ‘터널 갱내 차수그라우팅 추가공사’ OOO원, ‘터널 보강그라우팅 하부 여굴처리’ OOO원 합계 OOO원을 여건보고 후 추가로 집행하였는데, 이는 기성내역을 조정하여 실제 발생한 공사기성금에 쟁점합의서 상 OOO공사와 관련된 OOO원(쟁점금액1에 포함된다)을 추가한 것이다. 즉 ㉠OOO 2019년 5월 기성내역 중 대체기성 항목에 ‘효율저하 등’, 2019년 6월 기성내역 중 대체기성 항목에 ‘여건보고’ 항목이 각 기재되어 있는데, 이는 동일한 대체기성 항목에 ‘터널TYPE 변경관련 내역초과수량 반영’이라고 구체적으로 기재된 점과 구별되고, 청구법인이 2019.5.28. 이미 ‘갱내차수그라우팅 추가실시’에 따라 대체기성으로 OOO원을 집행한다는 내용의 사전보고한 사실을 보면 대체기성 내역을 구체적으로 기재하지 않을 사유가 없는바, 이는 쟁점합의서 상의 OOO공사와 관련된 위 OOO원을 쟁점법인에게 지급하고 난 후에 추가 그 지급한 금액을 맞추고자 사전보고서를 소급하여 작성하였음을 뒷받침한다. ㉡쟁점법인이 OOO공사의 추가공사대금에 대한 계약변경을 요청하면서 청구법인에 제출한 내역은 ‘갱내차수그라우팅’을 포함하여OOO원인바, 해당 금액은 ‘갱내차수그라우팅’에 따른 대체기성 집행금액 OOO원에 미달하는바, 청구법인은 쟁점법인에게 실제 공사대금보다 더 많은 금액을 지급한 것이라 하겠다. ㉢청구법인과 쟁점법인 간에 OOO공사의 타절시 작성한 정산합의서(2019.7.10.)의 제5호에는 “2019년 6월 기성금 OOO원에서 OOO원을 차감한 금액만을 미‧체불금 변제에 사용토록 한다”라고 규정되어 있는데, 그 차감대상인 OOO원은 쟁점합의서 상의 2019년 6월 기성금액과 동일한 액수로서 이는 실제 OOO공사와 무관하게 쟁점정산요청에 따라 지급된 금액이어서 위 미‧체불금 변제 의무에서 제외한 것으로 봄이 타당하다.

③ OOO공사 청구법인은 OOO공사의 타절시 ‘전석터파기 공법 변경’ 외 3건의 사유로 여건보고 후 OOO원을 추가로 집행하였는데, 이는 기성내역을 조정하여 실제 발생한 공사 기성금에 쟁점합의서 상 OOO와 관련된 OOO원(쟁점금액1에 포함된다)을 추가한 것이다. 즉 청구법인은 2019.5.30. ‘전석터파기 공법 변경’에 따라 예상공사비가 OOO원이고, 2019년 5월 기성금으로 OOO원 집행하는 것으로 사전보고하였는데, 쟁점법인이 2019.4.20. 청구법인에게 제출한 것으로 추정되는 엑셀파일을 보면, 청구법인은 청구법인에게 ‘전석터파기’로 OOO원, ‘5‧6지구 가도 추가 조성비’로 OOO원을 요청하였으나 청구법인이 이에 대하여 ‘반영불가’ 통보한 사실이 확인되나, 청구법인이 작성한 ‘쟁점법인 여건보고 해당 내용’에는 ‘전석터파기 검토금액’이 OOO원으로 사전보고서상의 OOO원과 OOO원만큼 차이가 나고, ‘5‧6지구 가도 추가 조성비 쟁점법인 요청금액’이 OOO원으로, 쟁점법인이 작성한 엑셀파일의 OOO원과 OOO원만큼 차이가 발생하는데, 위 차액의 합계 OOO원은 쟁점 합의서 상 OOO와 관련된 금액인 OOO 원과 거의 비슷하다. 이를 볼 때, 청구법인이 OOO공사의 실제 공사에 따라 쟁점법인에게 지급하여야 하는 기성공사대금에 쟁점정산요청으로 추가로 지급해야 하는 위 OOO원을 작출한 것으로 보아야 한다. 이러한 사실은 청구법인이 작성한 2019년 7월 여건보고에, 2021년 A과 D가 인적분할 하기 전이었음에도, ‘D 검토 금액’이라는 문구가 적혀 있는 것을 통해 뒷받침된다.

④ OOO공사 청구법인은 2019년 5월 및 2019년 6월 각 기성금에 쟁점합의서 상의 OOO공사와 관련된 OOO원(쟁점금액1에 포함된다)을 추가하여 지급하고, 2019년 12월 쟁점법인과 사이에 하도급계약을 변경하였는데, 이는 실제 공사와 무관하게 위 OOO원을 작출한 것이다. 즉 ㉠청구법인은 2019.5.28. ‘RCD 공벽보강’, ‘종점부 토공’의 대체기성을 집행하는 내용의 사전보고를 하였는데, 이는 2018년 6월 OOO 1차 변경 실행예산의 작성시의 당초 설계에서 누락된 ‘종점부 토공’의 공종을 ‘기타부대공’의 공종으로 반영한 것이다. 그런데 2019년 5‧6월 기성 내역상 수행된 공사는 대부분 ‘구조물공(세부적으로는 거푸집공, 철근가공 및 조립, 콘크리트타설 및 교량배수시설 공사)’인바, 위 2018년 6월 1차 변경 실행예산에 반영된 ‘기타부대공’과 위 2019년 5월 대체기성 및 사전보고한 종점부 토공과는 전혀 무관하다. 따라서 2019년 5‧6월 기성 내역상 종점부 토공이 없었음에도 허위로 대체기성 및 사전보고한 것이거나 실제 사전보고한 대로 종점부 토공이 있었다면 2019년 5‧6월 기성내역을 허위로 작성한 것으로, 청구법인이 허위로 OOO공사의 추가공사 내역을 조작한 것이라 하겠다. ㉡2019년 12월 종점부 토공 등을 도급금액에 반영하는 하도급계약의 변경 후 당월 기성 내역에는 위 2019년 5‧6월 기성 내역으로 있던 ‘구조물공’의 내역을 ‘기타부대공’으로 변경하였는바, 이처럼 기존의 기성 내역을 없던 것으로 하고 다른 공종으로 변경한 것을 두고 상식적인 것으로 보기는 어려우므로, 이러한 청구법인의 회계처리를 신뢰하기 어렵다(하도급계약 외의 추가공사가 발생하는 경우 사전보고 및 대체기성의 회계처리를 하고 추후 본 기성으로 대체하거나 2018년 6월 실행예산으로 편성된 기타부대공으로 처리하고 추후 증액 변경계약을 해야 함에도, 이와 다르게 구조물공으로 기성내역을 작성한 사유가 합리적으로 제시되지 않았다). 나아가 2019년 7월 기성 내역의 자료 중 ‘계약 외 공사 관리대장’에 계약 외 공사에 해당하는 ‘종점부 토공’에 관한 내용이 전혀 없고, 종점부 토공과 관련된 것으로 추정되는 계약 외 공사 내역은 ‘토공(타공구 접속부 준설 운반)’ 공종의 OOO원에 불과하다. ㉢또한 2019.6.28. OOO공사 작업일보 상 ‘기초사석 쌓기’ 누계 작업수량은 9,445㎥인데 반하여 2019.4.18. 작업지시서 상 종점부 토공에 대한 작업수량은 ‘사석 및 피복석: 7만㎥’에 달하는바, 공종이 정확하게 일치하지 않는 점을 감안하더라도 수량에서 7∼8배나 차이가 나는 것을 보면 2019. 5‧6월 중 실제로 종점부토공이 이루어진 것으로 보기는 어렵다.

3. 쟁점금액2를 쟁점공사2의 선급금으로 볼 수 없다.

• 가) 쟁점금액2를 쟁점공사2의 선급금으로 지급할 이유가 없다. ㉠청구법인은 쟁점법인이 쟁점공사2의 준비자금으로 계약금액의 10% 상당인 쟁점금액2를 선급금 명목으로 지급하였다고 주장하나, 쟁점법인의 분개장을 보면 쟁점공사2의 초기에 자금이 투입된 사실이 없으므로OOO, 쟁점금액2를 선급금으로 지급할 이유가 없는 점(쟁점법인이 작성한 ‘2019년 12월 자금청구서 검토사항’에는 쟁점공사2 자체가 없다). ㉡청구법인이 2019.12.23. 쟁점법인과 사이에 체결한 쟁점공사2의 하도급계약서에는 선급금이 없는 것으로 기재되어 있는 점, ㉢통상의 선급금은 해당 공사와 관련한 자재의 발주 등 사용처가 정해져 있으나 쟁점금액2는 이러한 제한이 없는 점, ㉣통상 선급금이 지급된 공사계약은 선급금을 보증할 보증계약이 체결되나 쟁점금액2의 경우 이러한 사실이 없는 점, ㉤통상 선급금은 이후에 지급될 공사기성금과 공제되나 쟁점금액2의 경우에는 이러한 사실을 인정할 수 없는 점[이에 대해서는 아래 나) ㉠에 기재하였다], ㉥쟁점법인 소속 쟁점공사2의 현장소장(M)은 조사청의 조사기간 중 작성한 확인서를 통하여 “쟁점금액2는 쟁점공사2를 해서 받은 것도, 쟁점공사2의 공사비로 사용하지도 않은 등 쟁점공사2와 무관하다”라는 취지의 확인을 한 점 등을 감안할 때, 쟁점금액2는 쟁점공사2의 선급금이 아니라 청구법인이 쟁점합의에 따라 쟁점법인에게 쟁점정산요청서에 기재된 공사수주지원금 등을 반환하기 위해 쟁점세금계산서2의 공급가액을 과다하게 기재한 금액으로 보아야 한다.
• 나) 청구법인은 쟁점금액2의 지급근거를 작출하였다. 청구법인은 아래와 같이 과거에 수취한 공사수주지원금 등을 쟁점법인에게 반환하고자 쟁점법인의 쟁점정산요청에 대하여 구두로 약속한 금원을 지급하기 위하여 쟁점공사2와 무관하게 쟁점금액2를 지급하고 추후 이로 인해 부족하게 된 실제 공사비만큼을 하도급계약의 변경시 계약금액을 증액한 것으로 보아야 한다. ㉠청구법인은 2019년 12월 쟁점공사2와 관련하여 쟁점법인으로부터 쟁점금액2만큼 과다기재된 쟁점세금계산서2를 수취하면서 쟁점법인에게 그 상당액을 2019년 12월 기성금으로 우선 지급하고, 추후 여건보고를 통한 하도급계약의 변경으로 쟁점법인에게 지급해야 할 공사대금과 정산하는 것처럼 처리하였다. 한편 청구법인이 적정한 사유도 없이 쟁점금액2를 기성금으로 집행함에 따라 2019년 12월 기성내역에는 ‘현장관리비(기타)’로 기재되었고, 이는 2024년 4월 하도급계약 변경시 하도급대금이 증액되고 2024년 5월 기성 내역에서 여건보고된 여러 항목으로 대체되기 전까지 유지되었는데, 청구법인과 쟁점법인이 각 제출한 2024년 5월 기성 내역의 항목들이 서로 불일치하는바, 당사자의 필요에 따라 기성내역을 임의로 작성할 수 있는 것으로 보인다. ㉡청구법인의 쟁점공사2 현장소장은 조사청의 조사 당시인 2025.1.7. 조사청에게 “2019년 12월 기성금으로 지급한 쟁점금액2를 계속해서 발생하는 추가공사비로 사용하였다”라는 취지로 진술하였는데, 2024년 4월 추가공사비를 반영해서 OOO원 상당이 증액되는 하도급계약의 변경이 이루어지는바, 하도급사인 쟁점건설의 입장에서는 2019년 12월 수령한 쟁점금액2와 2024년 4월 증액된 금액인OOO원 상당을 추가공사비 명목으로 이중으로 수령하고, 청구법인 입장에서는 동일한 추가공사비를 이중으로 지급하게 되어 불합리하다. ㉢쟁점법인의 쟁점공사2 현장소장(M)은 위 조사청에 제출한 확인서에서 “쟁점법인이 청구법인에게 쟁점금액2의 선지급을 요청한 사실이 없고, 쟁점금액2는 쟁점공사와 무관하며, 실제로 쟁점공사2의 공사비로 사용하지도 않았다”는 취지의 확인을 하면서, “2024년 4월 여건보고로 증액되는 계약금액은 쟁점금액2에 대한 증빙을 만들고자 작성한 것으로 생각한다”라는 취지로 진술하였다. (나)쟁점금액 상당액을 청구법인의 대표자 상여로 소득처분하여야 한다. 쟁점금액은 청구법인이 과거에 쟁점법인으로부터 수취한 공사수주지원금 등을 반환하고자 쟁점공사의 공사대금을 부풀려서 과다하게 지급한 것으로서 이를 손금으로 볼 수 없고 청구법인의 사외로 유출되었으므로 귀속자에 따라 소득처분하여야 하고, 그 귀속자를 밝히기 위해서는 청구법인이 공사수주지원금을 수취한 시점부터 자금의 흐름을 검토하여야 하나, 쟁점법인이 청구법인에게 송부한 쟁점정산요청서를 보면 청구법인이 2011∼2017년 공사수주지원금을 받은 것을 공사수주‘비자금’으로 표현하고 수령일, 금액, 청구법인 소속 임원의 이름 등이 기재되어 있는데, 청구법인은 이처럼 수취한 공사수주지원금을 비자금으로 조성하여 사용한 것으로 추정되나 공사수주지원금을 사용한 일시, 사용자, 사용처 등은 명확히 확인되지 않는바, 청구법인은 그 귀속이 불분명하다 할 것이므로 대표자에게 상여 처분하는 것이 타당하다. (다)이 건 과세처분시 부당과소신고가산세를 적용하여야 한다. 청구법인은 단순히 세법상 신고를 하지 않거나 허위의 신고를 하는데 그친 것이 아니라 쟁점공사의 기성 내역에 관한 문서들을 조작하여 실제로 발생하지도 않은 추가 공사비가 발생한 것처럼 꾸며 공사대금을 부풀리고 쟁점금액만큼 공급가액을 과다 기재한 허위의 세금계산서를 수취하는 등 ‘거래를 조작’하거나(조세범 처벌법 제3조 제6항 제5호) ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서를 작성 또는 수취’(조세범 처벌법 제3조 제6항 제2호)하는 방법으로 쟁점금원이 추가 공사대금으로 지급된 것처럼 가장하여 쟁점금액만큼 비용을 과다계상하여 법인세를 신고하였던바, 신고납부 방식의 조세(법인세)에 있어서 이러한 청구인의 행위는 사회통념상 조세의 부과와 징수를 불능 또는 현저히 곤란하게 만든 것으로서 국세기본법 제47조의3 제1항 제1호의 ‘부정행위’에 해당한다고 할 것이므로, 이 건 과세처분시 부당과소가산세를 적용한 것은 적법‧정당하다. (2)쟁점금액은 손해배상금으로 볼 수도 없다. (가)쟁점금액을 손해배상금으로 볼 근거가 없다. ㉠쟁점금액1은 청구법인과 쟁점법인이 쟁점합의서에 따라 지급되었는데, 쟁점합의서는 쟁점금액1을 쟁점공사1의 하도급계약금액에 추가하여 지급하기로 한다고 기재되어 있을 뿐, 합의금 또는 손해배상금 명목으로 OOO원을 지급한다는 취지의 내용은 전혀 없다. ㉡쟁점금액2도 쟁점공사2의 선급금 형식으로 지급되었다가 나중에 청구법인이 허위로 부풀린 공사대금으로 대체되었을 뿐, 쟁점금액2가 합의금 또는 손해배상금 명목으로 지급되었다고 볼 근거도 전혀 없다. ㉡상식적으로 보더라도 만약 청구법인이 실제로 쟁점법인에게 합의금 또는 손해배상금을 지급할 의도였다면 합의금 또는 손해배상금 지급사유를 명시한 합의서를 작성하고 그에 따라 합의금이나 손해배상금을 지급하면 될 것이지, 쟁점공사의 추가공사대금을 지급하는 것처럼 가장하여 쟁점금액을 지급할 이유가 전혀 없다. (나)허위로 공사대금을 부풀린 하도급변경계약에 따라 지출된 쟁점금액을 손금으로 인정할 수 없다. 공사대금을 부풀린 하도급계약은 법인과 하수급업체의 가장행위에 해당한다고 볼 수 있어 이를 무시하고 그 뒤에 숨어 있는 거래의 실질에 따라 입찰가를 실제 공사대금으로 하는 하도급계약 거래관계에 따라 과세하여야 한다 할 것인바, 실제 공사대금보다 부풀린 공사금액이 지출된 사업연도에 그 차액이 손금으로 과다계상되어 위 법인의 법인세 과세소득이 감소되었다면 그 차액을 그 해당 사업연도에 손금불산입하여 누락된 소득에 대한 포탈세액을 산정하여야 하고, 공사대금을 부풀린 가장의 하도급계약에 따라 과다하게 지급된 공사금액 중 그 차액은 손금산입의 요건인 ‘그 법인의 사업과 관련하여 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것’이라고 볼 수 없어 이를 공사금액이 지출된 사업연도의 손금에 산입할 수 없다 할 것인바(대법원 2020.5.28. 선고 2018도16864 판결), 청구법인이 쟁점법인과 사이에 쟁점공사의 추가공사대금을 실제보다 부풀려서 체결한 하도급변경계약은 가장행위에 해당하고 거래의 실질에 따라 실제 추가공사대금에 따라 과세가 이루어져야 하므로 청구법인이 허위로 부풀린 추가공사대금인 쟁점금액을 손금으로 인정될 수 없다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

① -1쟁점금액이 실제 쟁점공사의 용역대가보다 과다하게 지급된 것으로 보아 청구법인에게 부가가치세 및 법인세(상여처분 포함)를 각 부과한 처분의 당부

① -2(예비적으로)손금불산입한 금액을 임직원의 상여가 아니라 기타 사외유출로 소득처분해야 한다는 청구주장의 당부

① -3(예비적으로)부당과소신고가산세가 아니라 일반과소신고가산세를 적용해야 한다는 청구주장의 당부

② 쟁점금액을 손해배상금으로 보아 전액 손금산입하여야 한다는 청구주장의 당부

• 나. 관련 법령 등: ＜별지3＞ 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 확인한 사실관계는 아래와 같다. (가)청구법인은 1947.8.28. 설립되었고, 2021.1.1. 건설사업 부문을 인적분할하여 D를, 석유화학사업 부문을 물적분할하여 N 주식회사를 각 설립하고 지주회사로 전환하였다. (나)청구법인과 사이에 쟁점공사를 하도급받은 쟁점법인은 미장·방수·포장·토공사 등 건설업을 영위할 목적으로 1984.10.22. 설립되어 청구법인 대형건설사로부터 토공사, 주로 터널공사 및 구조물공사를 도급받아 공사를 수행하고 있다. (다) 쟁점법인은 2019.5.2. 청구법인에게 그동안 지급받지 못한 금전의 정산을 요청하는 ＜별지1＞ 기재의 쟁점정산요청서를 발송하였고, 이를 보면 2011∼2017년 청구법인의 임직원들에게 지급하였다는 공사수주지원금(OOO원 상당) 중 일부인 OOO원 상당, ‘OOO’ 미수령 기성금 OOO원 상당, 쟁점법인 근로자의 산재사고에 대한 공상처리비 OOO원, 위 공사수주지원금 마련을 위해 부담한 국세 및 지방세(쟁점법인의 대표이사 I가 부담한 것) OOO원 상당 합계 OOO원 상당의 금액이 기재되어 있다. (라) 처분청(조사청)이 쟁점금액을 불법자금인 이른바 ‘리베이트’로 본 근거는 아래와 같다. 1)처분청은 ①쟁점법인의 대표이사인 I 및 그 자녀인 L(I는 쟁점정산요청서가 그동안 공사기성금으로 보전받아야 할 2011∼2017년 공사수주지원금의 지급액을 보전받지 못한 상태에서 청구법인의 공사 타절의 통지로 거래가 단절되어 그 정산을 요청하였고, 쟁점공사2와 무관하게 공사수주지원금 등에 대한 쟁점정산요청에 따라 쟁점금액2를 지급받은 것으로 알고 있다는 취지로, L은 쟁점금액2에 대하여 쟁점합의서 작성 당시 추가 일거리를 주겠다는 구두 약속의 일환으로 인식하고 있다는 취지로 각 진술하였다), ②청구법인의 토목사업본부장 P(I가 쟁점정산요청서와 비슷한 내용의 문서를 제시하면서 금전의 지급을 요청한 사실이 있었다는 취지로 진술하였다)의 각 진술을 근거로 쟁점금액에 대하여 쟁점법인이 그동안 청구법인에게 지급한 이른바 ‘리베이트’인 공사수주지원금을 반환한 것에 해당하는 것으로 보았다. 2)처분청은 쟁점정산요청문서에 기재된 ‘쟁점법인 근로자의 산재사고에 따른 공상처리비 OOO원’과 쟁점법인의 작성‧보유한 관련 문서인 ‘2007∼2018년 산재사고 공상처리 집계표’ 상의 금액 및 쟁점합의서에 기재된 ‘공상처리비 OOO원’의 각 금액이 일치하고, I가 2011∼2018년 부담한 국세(종합소득세 및 양도소득세)가 OOO원 상당으로, 이에 지방소득세를 합하면 쟁점정산요청문서의 ‘공사수주지원금에 대한 국세 및 지방세 합계 OOO원’과 거의 일치하는 점 등을 감안할 때, 쟁점금액이 쟁점정산요청서에 기재된 공사수주지원금을 반환한 것에 해당한다는 위 1) 기재의 I 등의 진술이 뒷받침되는 것으로 보았다. 3)처분청은 ①청구법인이 그동안 공사 타절시 각 공사현장에서 정산합의서(통상 정산금액, 잔여기성금액 및 지급시기, 미·체불금 변제, 이의제기 등에 관한 사항이 기재된다)를 작성하여 왔으므로, 공사현장 외에 본부에서 별도로 정산합의서를 작성할 필요가 없는 점, ②각 현장별 정산합의서의 작성일(2019.7.10. 또는 2019.7.22.)과 쟁점합의서의 작성일(2019.7.9.) 간의 차이가 거의 없는 점, ③쟁점합의서에 청구법인측만 날인하지 않은 채로 쟁점법인에게 이를 교부하지 않았음을 보면 청구법인이 쟁점법인에게 공사수주지원 등을 반환하기 위해 쟁점금액1을 지급한 사실이 알려지는 것을 은폐하려는 목적이 있었다고 보이는 점(청구법인의 내부문서 및 P의 진술을 통하여 청구법인이 쟁점정산요청사실이 공개될 경우 공정거래위원회의 조사 등의 위험이 있게 되는 등 쟁점공사의 기성금을 과다하게 부풀릴 동기가 있었음이 확인된다), ④I가 위 조사청에 대한 진술시 “쟁점금액1의 산정근거를 알지 못하고 쟁점공사1의 추가공사와 연동하여 쟁점합의서의 금액이 조정 또는 변될 수 있다는 이야기를 들은 사실이 없다“라는 취지로 진술한 점, ⑤L도 위 조사청에 대한 진술시 “쟁점비용1의 산정근거가 딱히 없고, 쟁점법인이 청구법인에게 정산을 요청한 금액은 더 많지만 하도급자인 쟁점법인으로서 어쩔 수 없이 청구법인과 쟁점합의를 하면서 절충된 금액이 쟁점금액1”이라는 취지로 진술한 점, ⑥청구법인의 도로교량팀 소속 직원(O)은 조사청의 조사 당시인 2024.11.12. 조사청에게 “토목사업본부장 P 등의 지시로 쟁점합의서를 작성하였다”라는 취지로 진술한 점, ⑦쟁점합의서의 제5호를 보면 쟁점법인이 합의서의 내용을 위반한 경우 쟁점금액1을 청구법인에게 반환하도록 규정되어 있는데 만약 쟁점금액이 쟁점공사1의 추가공사대금이라면 위 조건을 이유로 쟁점금액1이 수수될 이유가 없는 점 등을 감안할 때, 청구법인과 쟁점법인 간에 작성된 쟁점합의서는 쟁점정산요청서와 직접 연관된 것으로 보았다. (마) 처분청(조사청)이 쟁점금액에 대하여 쟁점공사의 추가공사대금이 아니라고 본 근거는 아래와 같다.

1. 쟁점금액1 가)처분청은 ①쟁점법인이 작성한 ‘월별 자금청구서 검토사항’을 보면 쟁점금액1을 ‘상생자금’으로 기재되어 있는데, 이에 대해 쟁점법인의 L은 조사청에게 해당 상생자금으로 기재된 쟁점금액1에 대하여 “그 산정근거가 없고 단지 청구법인과 합의한 금액을 받기 위해서 맞춘 금액이고, 이에 대응하는 공사내역 없이 청구법인에게 기성금의 청구시 발행한 쟁점세금계산서1에 쟁점금액1을 포함하였다”라는 취지로 진술하였고, I는 위 조사청에 대한 진술시 “재료비, 노무비 등으로 기재하지 못하여 상생자금으로 기재했던 것 같다”라는 취지로 진술한 점, ②만약 청구법인이 쟁점법인에게 쟁점공사1의 추가공사대금으로 쟁점금액1을 지급하였다면, 발주자에게 그 보전을 받았어야 하나 쟁점공사1 중 충주댐공사(쟁점금액1에 포함된 OOO원 중 OOO원만 받았다) 외에 나머지는 그 보전을 받지 못한 점(쟁점공사2도 동일하다) 등을 감안할 때, 쟁점금액은 쟁점공사1의 추가공사대금이 아니라 청구법인이 쟁점합의에 따라 쟁점법인에게 쟁점정산요청서에 기재된 공사수주지원금 등을 반환하기 위해 공사대금을 부풀린 것으로 보았다. 나)처분청은 청구법인이 쟁점법인에게 쟁점정산요청에 따른 공사수주지원금의 반환 자금을 마련하기 위해 청구법인의 현장에게 사전보고 형식으로 위 ＜표4＞‧＜표5＞ 기재와 같이 쟁점공사1의 추가공사 내역 및 공사대금을 취합하여 그 일부를 대체기성 또는 당초 계약의 공종으로 지출하는 방법으로 쟁점금액1을 지출하였으나, 청구법인의 내부문서(사전보고서, 여건보고서, 2019년 월별 기성내역, 공사현황, 실행예산총괄표, 계약 외 공사관리대장, 작업일보, 작업지시서), 2019년 7월 청구법인과 쟁점법인 간에 작성된 각 합의서 등을 보면, 쟁점공사1의 추가공사내역을 작출한 사실이 확인되는 것으로 보았다. 2)처분청은 쟁점금액2와 관련하여, ①적정한 사유도 없이 쟁점금액2를 기성금으로 집행하면서 2019년 12월 기성내역에는 ‘현장관리비(기타)’로 기재(2024년 4월 하도급계약 변경시 하도급대금이 증액되고 2024년 5월 기성 내역에서 여건보고된 여러 항목으로 대체되기 전까지 유지되었다)하였으나 청구법인과 쟁점법인이 각 제출한 2024년 5월 기성 내역의 항목들이 서로 불일치하는바, 당사자의 필요에 따라 기성내역을 임의로 작성할 수 있는 것으로 보이는 점, ②청구법인의 쟁점공사2 현장소장이 조사청의 조사 당시인 2025.1.7. 조사청에 “2019년 12월 기성금으로 지급한 쟁점금액2를 계속해서 발생하는 추가공사비로 사용하였다”라는 취지로 진술한 점, ③2024년 4월 추가공사비를 반영해서 OOO원 상당이 증액되는 하도급계약의 변경이 이루어지는데, 하도급사인 쟁점건설의 입장에서는 2019년 12월 수령한 쟁점금액2와 2024년 4월 증액된 금액인 OOO원 상당을 추가공사비 명목으로 이중으로 수령하고, 청구법인 입장에서는 동일한 추가공사비를 이중으로 지급하게 되어 불합리한 점, ④쟁점법인의 쟁점공사2 현장소장(M)은 조사청에 제출한 확인서에서 “쟁점법인이 청구법인에게 쟁점금액2의 선지급을 요청한 사실이 없고, 쟁점금액2는 쟁점공사와 무관하며, 실제로 쟁점공사2의 공사비로 사용하지도 않았다”라는 취지의 확인을 하면서, “2024년 4월 여건보고로 증액되는 계약금액은 쟁점금액2에 대한 증빙을 만들고자 작성한 것으로 생각한다”라는 취지로 진술한 점 등을 감안할 때, 청구법인이 과거에 수취한 공사수주지원금 등을 쟁점법인에게 반환하고자 쟁점법인의 쟁점정산요청에 대하여 구두로 약속한 금원을 지급하기 위하여 쟁점공사2와 무관하게 쟁점금액2를 지급하고 추후 이로 인해 부족하게 된 실제 공사비만큼을 하도급계약의 변경시 계약금액을 증액한 것으로 보았다.

(2) 청구법인이 제출한 심리자료는 아래와 같다. (가)청구법인은 쟁점공사1의 각 현장에 2019년 4‧5월 현재 그동안 지급 또는 정산 요청을 각 받은 것 중 지급 가능한 추가공사 비용 내역을 확인하도록 지시하였고, 2019.5.28., 2019.5.30. 각 현장으로부터 이에 관한 사전보고를 받았으며, 이를 토대로 2019.6.10. 쟁점법인과 사이에 쟁점법인이 쟁점공사1을 타절하기로 하면서 쟁점법인에게 위 사전보고로 확인된 쟁점금액1을 쟁점공사의 당초 하도급계약 외의 추가공사 대금으로 지급하기로 합의하였고, 2019.7.9. 쟁점법인이 추가로 공사대금을 요청하지 못하도록 위 합의에 관한 쟁점합의서를 작성하여 쟁점법인의 날인을 받았으며, 위 사전보고에 따라 산정된 쟁점금액1은 쟁점공사1의 하도급계약에 포함되지 않은 추가공사대금으로, 해당 사전보고(2019년 5월말) 및 그 지출 당시(2019년 5‧6월 기성분 지급시)에는 하도급계약상의 계정과목이 없었으므로 임시계정인 ‘대체기성’ 또는 하도급계약상 다른 공사의 계정과목으로 집행하였다가 추후 정확한 추가공사의 항목을 반영하여 해당 공사의 계정과목에 대체하면서 쟁점금액1과 정산하는 과정을 거쳐 회계처리를 하였다고 주장하면서, 위 사전보고서 및 쟁점합의서를 제출하였다. (나)청구법인은 쟁점공사2가 서울특별시 도심부의 지하를 굴착해야 하는 등 난이도가 높은 공사임에도 공기가 짧아서 신속한 착공이 필요한 상황이었던 데다가, 서울 도심지 내 현장사무실 마련을 위한 고액의 임차료의 지출, 발파 등을 위한 특수 장비‧인력의 구비, 추가 발파 등 하도급계약에 포함시키기 어려운 비용의 보전 등을 위하여 쟁점법인에게 쟁점공사2를 위한 초기 비용이 필요하다고 보아, 쟁점법인에게 쟁점공사2의 하도급계약대금의 10% 상당인 쟁점금액2를 선급금으로 지급하기로 하고 2019.12.31. 쟁점세금계산서2의 발급, 2020.1.10. 쟁점금액2의 지급을 한 사정, 쟁점법인이 쟁점공사2가 마무리된 2024년 2월 청구법인에게 하도급계약대금 외에 민원발생, 굴착 난이도 상승 등에 대응하기 위한 비용으로 지출하였다면서 OOO원의 지급을 요청하였는데, 청구법인은 2024.4.26. 쟁점법인에게OOO원을 추가공사대금으로 지급하되 그 지급은 쟁점공사2에서 정산하는 것으로 하고 하도급계약을 변경한 사정, 쟁점법인이 2024년 5월 청구법인에게 기성공사대금(OOO원), 중대재해 발생에 따른 대응 비용(OOO원) 등 OOO원의 지급을 요청하였는데, 청구법인은 2024년 6월 위 기성(제53회)의 집행으로써 쟁점법인에게 OOO원을 추가공사대금으로 지급하되 쟁점금액2 중 잔액(OOO원)에서 정산한 사정 등에 대하여 주장하면서, 이에 관한 여건보고서 및 기성금 청구서를 제출하였다. (다)청구법인은 쟁점정산요청서에 기재된 공사수주지원금에 대해서 쟁점법인의 2011∼2017년 당기순이익이 OOO원 상당에 불과하고 그 기간 중 쟁점법인이 하도급공사를 맡은 공사현장이 51개에 달하는데 이중 17개 뿐인 청구법인에게만 OOO원에 달하는 불법자금을 지급했다는 주장이 설득력 없고, 이를 수취하였다는 청구법인 임직원이 퇴직한 상황에서 그 사실 여부를 확인할 수도 없었으며, 하도급자인 쟁점법인과의 분쟁시 하도급법에 따른 제재를 받을 소지가 있었는데, 위 쟁점법인의 요청을 받은 2019년 4월 현재 누적벌점이 6.75점이어서 위 영업정지의 기준인 10점에 임박한 상황이었다고 주장하면서, 쟁점법인이 지급하였다는 공사수주지원금과 쟁점법인의 당기순이익 비교, 공정거래위원회 벌점 소명요청의 각 내역을 제출하였다. (라)청구법인은 통상 하도급자가 도급자에게 청구하는 기성공사대금은 ‘하도급계약에 포함된 공사’에 한정되므로 하도급자가 하도급계약에 포함되지 않은 추가공사가 필요한 경우 일단 도급사의 작업지시에 따라 추가공사를 시행하고 그 공사대금은 하도급계약의 변경으로 반영하여 도급자로부터 지급받는 것이 원칙이나, 계약변경 과정은 시간이 소요되므로 신속한 추가공사의 시행을 위해 도급자가 하도급자에게 그 계약변경 전에 추가공사대금을 지급하고, 이때 임시계정과목인 대체기성 또는 하도급계약상 다른 공사의 계정과목을 각 사용하여 지급된 추가공사대금의 회계처리를 하였다가, 추후 계약변경에 반영된 추가공사의 계정과목으로 대체하는 회계처리를 하는바, 쟁점공사1의 추가공사대금인 쟁점금액1도 쟁점법인이 요청한 쟁점공사1의 추가공사대금을 신속히 지급하여야 했으므로 이러한 방법의 회계처리를 하였다고 주장하면서, 추가공사가 발생하게 된 원인에 관한 서류(관련 기관의 공문), 청구법인과 쟁점법인이 각 작성하거나 공동작성한 문서(청구법인 각 현장의 작업지시서‧실정보고서, 쟁점법인의 비용보전 요청서‧추가공사 검토요청서, 청구법인과 쟁점법인 간에 작성된 하도급계약 변경계약서, 청구법인 각 현장의 사전보고서‧여건보고서, 청구법인과 쟁점법인 간의 회의록), 추가공사대금의 보전에 관한 문서(발주자의 추가공사금액 지급 승인서) 등을 제출하였다. (마)청구법인은 조사청이 청구법인에 대한 조세범칙조사 후 쟁점금액에 관한 법인세의 포탈 혐의로 청구법인의 임원(쟁점금액의 지급 당시 A 토목사업본부의 실장과 본부장으로 재임한 P)을 검찰에 고발하였으나, 검찰은 2025.12.9. 위 조사청의 피의사실에 대해 불기소처분을 하였는바, 이 건 심판청구에서 해당 불기소처분의 취지를 감안하여야 한다고 주장하면서, 위 불기소처분에 관한 서류(조세범칙 통고서, 불기소이유서, 항고기각이유서)를 제출하였다. (3)이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가)먼저 쟁점①-1에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점금액1에 대하여 쟁점법인이 쟁점공사1의 하도급계약 외의 추가공사를 수행하면서 지출한 비용을 청구법인에게 요청하였으나 청구법인 예산상의 어려움, 공사완료시 정산 가능한 사정 등을 감안하여 그 수용을 하지 않았다가, 쟁점정산요청의 직전에 쟁점법인 측의 쟁점정산요청과 유사한 요청 및 쟁점공사1의 타절 의사 등에 따라 청구법인이 쟁점공사1의 각 현장에 위와 같이 수용하지 않은 쟁점공사1의 추가공사대금의 현황을 사전조사하여 이 중 지급가능한 쟁점금액1을 해당 추가공사대금으로 지급하였고, 이러한 사실이 사전보고, 여건보고 및 위 추가공사와 관련한 문서 등의 증빙자료를 통하여 입증된다고 주장한다. 또한 청구법인은 쟁점금액2에 대하여 쟁점법인이 서울특별시의 도심부를 관통하는 등 공사의 난이도가 있는 쟁점공사2를 다른 지하철공사 등과 비교시 단기간인 공기 동안 원활하게 수행할 수 있도록 통상의 수준, 즉 쟁점공사2의 하도급계약대금의 10% 상당인 쟁점금액2를 선급금으로 지급하기로 하였고, 이러한 사실이 여건보고 등의 증빙자료를 통하여 입증된다고 주장한다. 그러나 납세의무자가 신고한 어느 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청에 의하여 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자측이 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대해서는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 이를 입증할 필요가 있다 할 것인바(대법원 1997.9.26. 선고 96누8192 판결, 같은 뜻임), 쟁점금액을 지급받은 쟁점법인의 대표이사 I 및 그 자녀인 L은 조사청의 세무조사 당시 조사청에게 쟁점금액1에 대하여 ‘과거 청구법인의 임직원에게 지급한 공사수주지원금의 반환, 이미 타절한 공사현장의 미지급 기성금의 지급 등을 위한 명목일 뿐 쟁점공사1과 무관하다’라는 취지로 진술하였고, 쟁점금액2에 대해서도 ‘쟁점합의서 작성 당시 추가 일거리를 주겠다는 청구법인의 구두 약속의 일환으로 인식하고 있다’는 취지로 진술한 점(이에 더하여 쟁점금액2의 경우 쟁점법인측 현장소장 M이 조사청에게 ‘쟁점법인이 청구법인에게 쟁점금액2의 선지급을 요청한 사실이 없다’는 취지로 진술하였다), 쟁점금액이 쟁점공사의 추가공사대금임을 입증하기 위하여 청구법인이 제출한 증빙서류는 청구법인이 쟁점법인과 사이에 하도급법 위반과 관련한 분쟁의 예방을 위하여 2019년 4‧5월 중 단기간에 쟁점공사의 추가공사대금 현황을 파악한 것이라 하더라도, 위 쟁점법인측이 조사청에 한 진술을 부인하고 쟁점공사의 추가공사대금으로 인정하기에는 부족해 보이는 점(처분청이 제시한 사정, 즉 쟁점금액1의 지출 당시 사전보고를 반영하여 대체기성 또는 하도급계약에 포함된 공사항목으로 회계처리를 한 내역과 여건보고 및 이에 따른 계약변경의 당시에 실제 현황을 반영한 회계처리 내역 간의 항목별 금액과 물량 등 차이, 쟁점금액2와 관련하여 그 정산 당시로 보이는 2024년 5월 청구법인과 쟁점법인이 각 작성한 기성 내역 간의 차이 등이 일반적인 하도급공사에서도 인정되는 수준이라고 단정하기 어렵다) 등에 비추어, 쟁점금액은 쟁점공사의 추가공사대금이 아니라 쟁점법인이 과거에 청구법인에게 지급한 공사수주지원금의 반환 등의 명목으로 지급한 것으로 봄이 타당하므로, 위 청구법인의 주장을 받아들이기는 어렵다 하겠다. 따라서 처분청이 쟁점금액만큼 쟁점세금계산서의 공급가액이 과다하게 기재된 것으로 보아 관련한 매입세액의 공제를 부인하고 공사원가를 과다하게 손금산입한 것으로 보아 그 상당액만큼 손금불산입 등을 하여 청구법인에게 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나)다음으로 쟁점①-2에 대하여 살피건대, 쟁점금액은 청구법인으로부터 사외유출되어 쟁점법인에게 귀속되어서 쟁점법인의 각 사업연도 소득을 구성한 것으로 보이고, 이에 대해서는 청구법인과 처분청 간의 다툼이 없는 것으로 보이는 점 등에 비추어, 쟁점금액은 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 다목에 따라 ‘기타 사외유출’로 소득처분함이 타당하므로, 처분청이 쟁점금액만큼 그 지급 당시 A의 대표이사였던 B(쟁점금액1) 및 C(쟁점금액2)의 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지한 것은 잘못이라고 판단된다. (다)다음으로 쟁점①-3에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점법인과 사이에 작성된 쟁점합의에 따라 쟁점금액을 지급하였을 뿐, 실제 지급 없이 허위로 손비를 계상하였다거나 합의와 다르게 지급한 금액을 손비로 계상한 사실이 없다는 등의 사유로 부당과소신고가산세를 적용한 이 건 과세처분은 위법‧부당하다고 주장하나, 앞서 (가)에서 살펴보았듯이 쟁점금액의 경우 쟁점공사의 추가공사대금이 아니라 쟁점법인이 과거에 청구법인에게 지급한 공사수주지원금의 반환 등을 위하여 지급된 것으로 보이는바, 청구법인이 쟁점금액을 쟁점공사의 추가공사대금으로 인정받기 위하여 관련한 장부 등을 거짓으로 작성한 것으로 보이고, 이는 국세기본법 제47조의3 제1항 제1호의 ‘부정행위’에 해당한다고 할 것인 점 등에 비추어, 위 청구법인의 주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (라)마지막으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점금액에 대하여 쟁점법인과 사이에 하도급법상 분쟁을 원만히 해결하기 위해 쟁점법인에게 지급한 손해배상금으로서 손금에 해당하고, 설령 쟁점금액이 쟁점정산요청서에 기재되었듯이 불법자금인 공사수주지원금의 반환 등 명목으로 지급된 것으로 보더라도 청구법인의 사용자 배상책임에 따라 쟁점법인의 손실을 배상하는 손해배상금으로서의 손금에 해당된다고 보아야 한다고 주장하나, 손해배상금을 인정하기 위해서는 손해의 내용과 이에 대한 보상의 근거, 그 손해에 대한 금전적 평가 또는 배상액의 산정 내역 등이 제시되어야 한다 할 것이나, 쟁점금액을 손해배상금으로 볼 구체적‧객관적인 근거가 제시되지 않은 점(청구법인이 쟁점법인과 사이에 분쟁 발생시 하도급법상 벌점 부과에 관한 청구법인의 영업정지의 가능성이 있었다는 사정을 보태어 보더라도, 청구법인과 쟁점법인 간에 작성된 쟁점합의서는 제4호에 ‘쟁점법인은 하도급계약과 관련하여 추후 금전적인 청구 등을 제기하지 않기로 한다’라고만 기재되어 있을 뿐 쟁점금액의 산정근거가 제시되지 않았고, 쟁점법인의 날인만 있을 뿐 청구법인의 날인은 없는 등 손해배상금에 관한 합의서 등의 문서로 인정하기 어렵다), 쟁점금액을 불법자금인 공사수주지원금의 반환으로 보는 경우 법인세법상 손금의 요건인 ‘법인의 사업과 관련하여 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것’이라고 보기 어려운 점 등에 비추어, 위 청구법인의 주장도 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지1＞ 쟁점정산요청서

○○○ ＜별지2＞ 이 건 과세처분 등

○○○ ＜별지3＞ 관련 법령 등

(1) 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 2.세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2) 법인세법 제19조(손금의 범위) ①손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 "손비"(損費)라 한다]의 금액으로 한다.

② 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 제21조의2(징벌적 목적의 손해배상금 등에 대한 손금불산입) 내국법인이 지급한 손해배상금 중 실제 발생한 손해를 초과하여 지급하는 금액으로서 대통령령으로 정하는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다. 제67조(소득처분) 다음 각 호의 법인세 과세표준의 신고ㆍ결정 또는 경정이 있는 때 익금에 산입하거나 손금에 산입하지 아니한 금액은 그 귀속자 등에게 상여(賞與)ㆍ배당ㆍ기타 사외유출(其他社外流出)ㆍ사내유보 (社內留保) 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다.

2. 제66조 또는 제69조에 따른 결정 또는 경정

(3) 법인세법 시행령 제23조(징벌적 목적의 손해배상금 등의 범위) ① 법 제21조의2에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액(이하 이 조에서 “손금불산입 대상 손해배상금”이라 한다)을 말한다. 1.별표 1 각 호의 어느 하나에 해당하는 법률의 규정에 따라 지급한 손해배상액 중 실제 발생한 손해액을 초과하는 금액 법인세법 시행령 별표 1 손금불산입 대상 손해배상금에 관한 법률(제23조 제1항 제1호 관련)

1. 가맹사업거래의 공정화에 관한 법률 제37조의2 제2항 7.대규모유통업에서의 거래 공정화에 관한 법률 제35조의2 제2항

8. 대리점거래의 공정화에 관한 법률 제34조 제2항

9. 대ㆍ중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률 제40조의2 제2항

10. 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제109조 제2항

12. 부정경쟁방지 및 영업비밀보호에 관한 법률 제14조의2 제6항

20. 중대재해 처벌 등에 관한 법률 제15조 제1항

23. 파견근로자 보호 등에 관한 법률 제21조 제3항

24. 하도급거래 공정화에 관한 법률 제35조 제2항 제106조(소득처분) ①법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대해서도 또한 같다. 1.익금에 산입한 금액(법 제27조의2 제2항에 따라 손금에 산입하지 아니한 금액을 포함한다)이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 제43조제8항에 따른 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 대표자가 2명 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 이 조에서 같다)에게 귀속된 것으로 본다. 가.귀속자가 주주등(임원 또는 직원인 주주등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당 나.귀속자가 임원 또는 직원인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여 다.귀속자가 법인이거나 사업을 영위하는 개인인 경우에는 기타 사외유출. 다만, 그 분여된 이익이 내국법인 또는 외국법인의 국내사업장의 각 사업연도의 소득이나 거주자 또는 소득세법 제120조에 따른 비거주자의 국내사업장의 사업소득을 구성하는 경우에 한한다. 라.귀속자가 가목 내지 다목외의 자인 경우에는 그 귀속자에 대한 기타소득 2.익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

(4) 하도급거래 공정화에 관한 법률 제35조(손해배상 책임) ① 원사업자가 이 법의 규정을 위반함으로써 손해를 입은 자가 있는 경우에는 그 자에게 발생한 손해에 대하여 배상책임을 진다. 다만, 원사업자가 고의 또는 과실이 없음을 입증한 경우에는 그러하지 아니하다.

② 원사업자가 제4조, 제8조 제1항, 제10조, 제11조 제1항ㆍ제2항, 제12조의3 제4항 및 제19조를 위반함으로써 손해를 입은 자가 있는 경우에는 그 자에게 발생한 손해에 대하여 다음 각 호에서 정한 범위에서 배상책임을 진다. 다만, 원사업자가 고의 또는 과실이 없음을 입증한 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 제4조, 제8조 제1항, 제10조, 제11조 제1항ㆍ제2항 및 제19조를 위반한 경우: 손해의 3배 이내

2. 제12조의3 제4항을 위반한 경우: 손해의 5배 이내