상증령 개정으로 18.2.13.부터 결손법인에 대해서도 순자산가치와 순손익가치의 가중평균값으로 주식의 시가를 평가하도록 변경되었음에도, 처분청은 순자산가치만으로 평가하였는바, 이 건 처분은 잘못이 있음
상증령 개정으로 18.2.13.부터 결손법인에 대해서도 순자산가치와 순손익가치의 가중평균값으로 주식의 시가를 평가하도록 변경되었음에도, 처분청은 순자산가치만으로 평가하였는바, 이 건 처분은 잘못이 있음
[주 문] OO 세무서장이 <별지1>과 같이 청구법인에게 한 법인세‧부가가치세 부과처분 및 소득금액변동통지는 청구법인이 2020.9.29. 주식회사 A에 양도한 주식회사 B 발행주식 20,000주의 법인세법제52조 제2항에 따른 시가를 000원으로 하여 같은 조제1항에 따른 청구법인의 소득금액을 재계산한 결과에 따라 그 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. [이 유]
(1) 청구법인은 2019.6.10. C 주식회사(이하 “쟁점매출처”라 한다)와 인테리어 공사용역(이하 “쟁점공사용역”이라 한다)에 대한 공급계약을 체결하고, 2019.8.30. 쟁점매출처 서울지점에 공급가액 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다)를 교부하였으며, 2019.7.25.～2020.10.26. 기간 동안 쟁점공사용역에 대한 하도급 업체인 D 등(이하 “쟁점매입처”라 한다)으로부터 공급가액 합계 OOO원의 세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하고, 쟁점매출세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였다.
(2) 청구법인은 2020.9.29. 주식회사 A(이하 “A”라 한다)에 청구법인이 주식회사 B(이하 “B”이라 한다) 발행주식 20,000주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 양도가액 OOO원(1주당 OOO원, 이하 “쟁점주식양도액”이라 한다)에 양도(이하 “쟁점양도거래”라 한다)하였다.
(3) 청구법인은 한옥을 신축하는 사업을 시행하기 위하여 E 주식회사(이하 “E”이라 한다) 및 b와 2018.7.31. 공동사업합의서를 작성하고, 한옥신축부지로 경기도 광주시 OOO 외 8필지의 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 2019.3.25. 취득한 후 그 위에 있는 건축물을 철거하였는데, 2023.9.2. 쟁점토지 중 경기도 광주시 OOO 외 6필지의 토지(이하 “쟁점토지1”이라 한다)를 b에게 OOO원에 양도하였고, 쟁점토지 중 나머지 토지(이하 “쟁점토지2”라 한다)는 현재까지 보유하고 있다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 아니다. (가) 법원은 “어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 한다”면서(대법원 2012.11.15. 선고 2010두8263 판결), 하도급의 유인이 존재하는 경우 하도급 구조의 용역의 각 구성 부분을 별개의 업체가 수행하는 것이 불필요하다거나 비합리적이라고 단정할 수 없다는 입장이다(인천지방법원 2023.4.27. 선고 2022구합50544 판결 참조). (나) 상거래에서 통상적으로 이루어지는 용역의 공급을 기준으로, ‘계약상 또는 법률상 원인’은 용역공급계약을 의미하고, ‘역무의 제공’은 직접 또는 하도급 등의 방식으로 이루어지며, 용역을 공급받은 상대방은 그 대가로 대금을 지급하는데, 청구법인은 쟁점매출처와 인테리어 공사 계약을 체결한 후 쟁점매입처와 순차적으로 관련 계약을 체결한 뒤, 쟁점매출처에 쟁점공사용역을 공급하여 쟁점매출처로부터 정상적으로 거래대금을 수취하였고, 거래의 실질 여부를 판단함에 중요 요소인 거래대금의 수수(국심 2006부3668, 2007.11.6. 등)와 관련하여, 쟁점공사용역 관련 거래대금의 지급 및 수취가 명확히 이루어진 사실은 쟁점공사용역이 실제로 공급되었음을 뒷받침한다. (다) 청구법인은 쟁점공사용역을 수행하기 위해 공사의 전문성 확보, 공정 관리 및 효율성 증대, 책임 분담을 통한 리스크 관리 및 효율성 증대 등을 위하여 널리 이용되는 인테리어 업계의 일반적인 상관행에 따라 하도급을 이용하여 시공하는 방법을 선택하였는바, 하도급 구조와 관련된 수많은 사업체를 직접 관리한다면 적지 않은 비용이 소모되므로, 하도급 구조에서 용역의 각 구성 부분을 별개 업체가 수행하는 것이 불필요하거나 비합리적이라고 단정할 수 없으며(인천지방법원 2023.4.27. 선고 2022구합50544 판결 참조), 하도급 공사와 관련하여 실제 대금이 이체되고 세금계산서를 발급․수취하는 점 등에 비추어 하도급 구조의 중간업체가 용역을 제공한 사실 자체를 부인하기는 어려우므로(국세청 심사부가2021-0035, 2021.9.16.), 청구법인이 쟁점공사용역을 하도급 방식으로 진행하는 것을 선택한 행위는 합리적이고 타당한 것이라고 할 수 있다. (라) 부가가치세법에서 사실과 다른 세금계산서에 대하여 불이익한 처분을 하는 취지는 거래 상대방의 과세자료의 노출을 회피하도록 함으로써 조세를 포탈하는 행위를 사전에 방지하기 위한 것인데(헌법재판소 2022.8.29. 선고 2000헌바50 결정 참조), 청구법인 등 거래당사자들은 쟁점공사용역과 관련하여 부가가치세를 성실하게 신고·납부하였고, 납세의무자는 경제활동을 할 때에 동일한 경제적 목적의 달성을 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 가장행위 또는 조세회피 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 이상 해당 거래는 유효하다고 보아야 하고(대법원 2011.4.28. 선고 2010두3961 판결), 과세관청은 당사자들이 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여야 하는바(대법원 2017.12.22. 선고 2017두57516 판결, 대법원 2017.4.7. 선고 2015두49320 판결 등), 쟁점공사용역은 ① 실제 용역을 공급하였고, ② 거래당사자의 독자적·합리적 동기에 따라 거래당사자 간 용역공급에 대한 의사합치가 있었으며, ③ 거래대금 및 세금계산서가 정상적으로 수수되었고, ④ 장부상 착오 외에 누락이나 허위기장도 없었으며, ⑤ 부정한 의도나 선의의 투자자에 대한 피해도 없었을 뿐만 아니라 ⑥ 관련 조세를 성실히 신고․납부하여 어떠한 조세회피 의도나 세금탈루도 없는 사안으로서, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다. (마) 한편 처분청은 청구법인을 쟁점매입처와 쟁점매출처 사이에 끼워서 쟁점세금계산서를 발급·수취한 것은 페이퍼컴퍼니인 청구법인의 매출실적을 발생시켜 법인의 정상적인 외관 형성에 목적이 있으므로 조세회피목적 유무와는 아무런 상관이 없다는 의견이나, 이는 실질과세의 일종으로 파악되는데, 이러한 실질과세원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있는(대법원 2012. 1. 19. 선고, 2008두8499 전원합의체 판결 등 참조) 한편, 부가가치세법에서 사실과 다른 세금계산서에 대하여 불이익한 처분을 하는 취지는 거래 상대방의 과세자료의 노출을 회피하도록 함으로써 조세를 포탈하는 행위를 사전에 방지하기 위한 것인데(헌법재판소 2022.8.29. 선고 2000헌바50 결정 참조), 청구법인 등 거래당사자들은 쟁점공사용역과 관련하여 부가가치세를 성실하게 신고·납부하였고, 납세의무자는 경제활동을 할 때에 동일한 경제적 목적의 달성을 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 가장행위 또는 조세회피 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 이상 해당 거래는 유효하다고 보아야 하고(대법원 2011.4.28. 선고 2010두3961 판결), 과세관청은 당사자들이 선택한 법적 형식에 따른 법률관계를 존중하여야 한다(대법원 2017.12.22. 선고 2017두57516 판결, 대법원 2017.4.7. 선고 2015두49320 판결 등). 즉, 처분청의 주장대로 이 건 공사 거래 구조에도 불구하고 청구법인이 이 건 공사에서의 역할이 존재하지 않다고 보아 부가가치세법의 사실과 다른 세금계산서에 대하여 불이익한 처분을 하기 위해서는 조세의 부담을 회피하는 조세포탈행위가 존재하여야 하므로, 법인의 정상적인 외관 형성 목적 여부가 아닌 조세회피목적 유무가 가장 중요하므로, 쟁점공사용역은 ① 실제 용역을 공급하였고, ② 거래당사자의 독자적·합리적 동기에 따라 거래당사자 간 용역공급에 대한 의사합치가 있었으며, ③ 거래대금 및 세금계산서가 정상적으로 수수되었고, ④ 장부상 착오 외에 누락이나 허위기장도 없었으며, ⑤ 부정한 의도나 선의의 투자자에 대한 피해도 없었을 뿐만 아니라 ⑥ 관련 조세를 성실히 신고․납부하여 어떠한 조세회피 의도나 세금탈루도 없는 사안으로서, 처분청이 조세회피목적은 차치하고 그 외의 세법과 관계없는 외관 형성 등의 목적을 이유로 쟁점공사용역과 관련된 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이루어진 이 건 부가가치세 부과처분은 위법하다.
(2) 쟁점양도거래에 부당행위계산의 부인에 대한 규정을 적용할 수 없다. (가) A는 청구법인의 2022.12.31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 법인세법(이하 “구 법인세법”이라 한다)에 따른 특수관계인이 아니다.
1. 처분청은 A가 2023.2.28. 대통령령 제33265호로 개정되기 전의 법인세법 시행령(이하 “구 법인령”이라 한다) 제2조 제5항 제4호에 따라 청구법인의 특수관계인에 해당한다는 의견이다.
2. 처분청은 청구법인이 구 법인령 제2조 제5항 제1호 내지 2호의 관계에 있는 자인 a(청구법인의 1인 주주)을 통하여 A의 경영에 지배적인 영향력을 행사하였으므로 청구법인과 A 사이에는 구 법인령 제2조 제5항 제4호에서 정한 특수관계에 있다고 판단한 것으로 보이나, 조세법률주의의 원칙상 과세요건사실이거나 비과세요건 사실이거나를 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는 바(대법원 1984.6.26. 선고 83누680 판결 등 다수), 처분청의 주장은 구 법인령 제2조 제5항 제4호를 독자적으로 해석한 것으로서 허용되기 어렵다.
2. 구 법인령 제2조 제5항 제4호는 “해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항 에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인”을 해당 법인과 특수관계에 있다고 규정하고 있는데, 여기서 말하는 ‘지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우’와 관련하여 지배적 영향력을 행사하는 주체가 해당 법인이어야 하는지, 해당 법인의 영향 없이 ‘그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자’가 독자적으로 지배적인 영향력을 행사하는 경우도 포함되는지 여부가 문제가 된 사건에서, 서울고등법원은 2017.3.28. 대통령령 제27958호로 개정되기 전의 지방세기본법 시행령(이하 “구 지기령”이라 한다) 제2조의2 제3항 제1호에서 정한 특수관계인의 범위가 쟁점이 되었는데, “본인이 친족관계 등에 있는 자의 의사결정에 영향력을 행사하여 법인의 경영에 대한 사항을 본인의 의사대로 결정할 수 있는 정도가 되어야 본인과 법인이 경영지배관계에 있다고 볼 수 있다”고 판단하였고, 대법원도 이 부분 원심의 판단이 정당하다고 보았는바(서울고등법원 2020.8.28. 선고 2020누33673 판결, 대법원 2021.5.7. 선고 2020두49324 판결). 동 판결에서 쟁점이 된 구 지기령 제2조의2 제3항 제1호는 아래 <표3>과 같이 구 법인령 제2조 제5항 제4호의 규정과 그 구조가 거의 동일하므로, 위 대법원의 판단은 이 사건에도 그대로 적용될 수 있으므로, 구 법인령 제2조 제5항 제4호에 따라 특수관계인이 되려면, 해당 법인이 직접 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하여야 하고, 같은 항 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통하여 해당 법인이 직접 행사하는 것과 동등하게 평가할 수 있는 정도로 영향력을 행사해야 한다. <표3> 구 지기령 제2조의2 제3항 및 구 법인령 제2조 제5항 비교 구 지기령 제2조의2 구 법인령 제2조
③ 법 제2조 제34호 다목에서 “주주·출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계”란 다음 각 호의 구분에 따른 관계를 말한다.
1. 본인이 개인인 경우: 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
⑤ 법 제2조 제12호에서 “경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.
4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항 에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
3. 따라서 청구법인이 A에 직접 영향력을 행사하는 것과 동등하게 평가할 수 있는 정도에 이르러야 A가 청구법인의 특수관계인이 되는데, 아래와 같이 처분청이 제출한 자료 대부분은 a이 청구법인의 영향 없이 독자적으로 A의 경영에 지배적인 영향력을 행사하였다는 것에 관한 것일 뿐, 처분청은 청구법인이 A의 경영에 어떠한 영향력을 행사하였는지 전혀 입증하지 못하고 있어서, 청구법인이 A의 경영에 지배적인 영향력을 행사했다고 볼 수 없으므로, 단지 a과 청구법인이 구 법인령 제2조 제5항 제1호 및 제2호의 관계에 있다는 점만으로 A가 청구법인의 특수관계인이라고 할 수 없다. <과세전적부심사결정문 중 일부발췌>
○○○
4. 한편, 처분청은 1인 주주인 회사의 경우 사실상 1인 주주의 의사와 회사의 의사가 일치하고, 1인 주주가 다른 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 경우 1인 주주인 회사가 해당 법인의 경영에 지배적 영향력을 행사하는 것으로 볼 수 있으므로 1인 주주인 회사와 해당 법인 사이에 특수관계가 인정된다는 의견이나, 주식회사는 소유와 경영이 분리되어 있으므로, 주주는 회사의 이익을 향유할 권리가 있을 뿐 관리·경영은 집행기관인 대표이사 등을 통하여 이루어지고, 1인 주주인 회사도 회사와 주주는 분명히 별개의 인격으로(대법원 1989.5.23. 선고 89도570 판결 등 참조), 1인 주주에게도 1인 주주인 회사에 대한 배임죄 내지 횡령죄가 성립하므로(대법원 1983.12.13. 선고 83도2330 전원합의체 판결, 대법원 1989.5.23. 선고 89도570 판결), 1인 주주인 회사의 의사와 1인 주주의 의사가 언제나 일치한다고 보는 것은 타당하지 않다. 따라서 앞서 살펴본 바와 같이, (i) 1인 주주인 회사는 1인 주주와 별개의 인격으로 반드시 그 의사가 일치한다고 볼 수 없는 점, (ii) 본인이 특수관계인을 통하여 해당 법인에 지배적인 영향력을 행사한다고 보기 위해서는, 법인세법의 문언상 그 영향력 행사의 주체는 특수관계인이 아닌 본인이어야 하는 점, (iii) 대법원은 국세기본법, 지방세기본법상 특수관계인 조항의 ‘통하여’라는 문언을 통일되게 해석하고 있으므로 이는 법인세법의 해석에 있어서도 동일하게 적용되는 점, (iv) 본인이 해당 법인의 경영에 영향력을 행사한 사실이 전혀 없음에도 1인 주주가 해당 법인에 지배적인 영향력을 행사하고 있다는 사정만으로 본인과 해당 법인 사이에 특수관계가 인정된다는 논리에 의하면 특수관계인의 범위가 과다하게 확장되어 부당한 점에 비추어 보면, 처분청 의견과 같이 특수관계인 해당 여부를 판단할 수 없으므로, 청구법인이 아닌 a이 A의 경영에 사실상 영향력을 행사하고 있다면 A의 경영에 대한 a의 지배적인 영향력 행사를 인정할 수 있을 뿐, 그러한 사정만으로 곧바로 청구법인이 a을 통하여 A의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한다고까지 인정할 수 없고, 이는 청구법인이 1인 회사의 경우에도 마찬가지이며, 청구법인이 A 임원의 임면권 행사, 사업방침 결정 등으로 A의 경영에 사실상 영향력을 행사하였다는 점은 과세관청인 처분청이 증명하여야 하나, 처분청이 청구법인이 A의 경영에 지배적인 영향력을 행사하였다는 점에 대하여 어떠한 증명도 하지 못하고 있으므로, A가 청구법인의 특수관계인이라는 전제에서 이루어진 이 건 법인세 부과처분은 위법하다. (나) 처분청은 쟁점주식의 가액을 상속세 및 증여세법(이하 “상증세법”이라 한다)에 따른 보충적 평가방법으로 산정하여 부당행위계산의 부인 대상이 되는 소득을 과다하게 산정하였다.
1. 처분청은 쟁점주식의 시가를 평가하면서, B이 보유한 F의 주식(이하 “OOO주식”이라 한다)에 대한 매매사례가액이 존재하지 않는다고 보아 상증세법 제63조 및 같은 법 시행령 제54조에 따른 비상장주식등의 평가방법에 따라 쟁점주식의 시가를 평가한 것으로 보이나, OOO주식은 매매사례가액이 있으므로 상증세법에 따른 보충적 평가방법의 적용대상이 아니다.
2. 비상장주식의 매매사례가액이 시가로 인정되기 위한 요건과 관련하여, 시장성이 적은 비상장주식의 경우에도 그에 대한 매매사실이 있는 경우에는 거래가액을 시가로 보아 주식의 가액을 평가하여야 하고 상증세법이 규정한 보충적 평가방법에 의하여 평가해서는 아니 된다고 할 것이나, 시가란 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적 교환가격을 의미하므로 그와 같은 매매사례가액이 시가로 인정되기 위해서는 당해 거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 증여일 당시의 객관적 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 사정이 인정되어야 한다(대법원 2012.4.26. 선고 2010두26988 판결 참조).
3. 그리고 상증세법 제60조 제1항의 평가기준일 시가는 평가기준일 전후 6개월(평가기간)이내의 기간 중 매매 등이 있는 경우, 특수관계인과의 거래 등에 해당하지 않고(상증세법 시행령 제49조 제1항 제1호 가목), 거래된 비상장주식의 가액(액면가액의 합계액을 말한다)이 해당 법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 1% 또는 3억 원 이상이라면(상증세법 시행령 제49조 제1항 제1호 나목), 해당 재산에 대한 매매사례가액으로 하는데, 상증세법 시행령 제49조 제1항 제1호 나목의 입법취지에 관하여 조세심판원은 “사전에 특수관계가 없는 자와 소액의 거래를 통해 매매사례가액을 조작하는 사례를 방지하되, 그 거래가 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립되는 시가를 반영하고 있는 경우에는 상증세법 제60조에 부합하도록 이를 시가에 포함하도록 하기 위한 것”이라고 보아 가격 조작 등이 없는 경우 비상장주식의 매매사례가액을 시가로 볼 수 있다고 판단하였으므로(조심 2021중3152, 2021.10.14. 등 다수 참조), 매매사례가액이 있음에도 이를 부인하고 바로 상증세법상 보충적 평가방법에 의하여 비상장주식의 가액을 평가해서는 안된다.
4. OOO주식은 OOO에서 2018년 10월부터 2021년 10월까지 수년간 평균체결가 OOO원에서 OOO원으로 거래되어 왔고, OOO 사이트에서도 2018년 10월부터 2019년 3월까지 OOO원에서 OOO원으로 거래되는 등, 장외거래가 활성화되어 있었고, 이러한 거래는 F의 소액주주들 사이에서 자유로이 이루어진 것으로 청구법인이 인위적으로 매매가액을 조작하였다고 볼만한 사정도 없고, OOO주식의 평가기준일(2020.9.29.) 전후 6개월 이내의 기간 중 특수관계인과의 거래가 아닌 불특정 다수인 사이에 이루어진 거래에 따른 매매사례가액이 존재하는바, OOO주식의 시가는 매매사례가액으로 평가하여야 한다. 그럼에도 처분청은 OOO주식의 매매사례가액에 대한 아무런 판단 없이, 매매사례가액이 없다고 보아 상증세법상 보충적 평가방법에 따라 OOO주식을 평가하고 이를 기준으로 쟁점주식의 시가를 평가하는 잘못을 저질렀다.
5. 설령 처분청 의견과 같이 장외거래시장에서 거래된 OOO주식의 가액은 시가로 인정되는 매매사례가액으로 볼 수 없고, 보충적 평가방법에 의하여 평가하여야 한다고 하더라도, 처분청이 산출한 F 주식의 시가에는 오류가 있다. 비상장주식의 경우, 상증세법 시행령 제54조 제4항 각 호에서 순자산가치로만 비상장주식의 가액을 평가하도록 규정한 예외적인 경우를 제외하고는, 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균하여 계산한 가액과 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 중 큰 금액으로 비상장주식의 가액을 평가하도록 규정하는 한편, 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 소송에서 처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 관한 입증책임은 과세관청에 있으므로(대법원 1998.5.26. 선고 98두1604 판결 등), 비상장주식의 시가를 평가함에 있어서 시가 확정의 기초가 되는 순손익액에 대한 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다. 처분청은 보충적 평가방법에 따라 OOO주식을 평가하면서, F의 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균하여 계산한 가액이 아닌 순자산가치로만 평가하여 OOO주식의 1주당 가액을 산출하였는데, 앞서 살펴본 바와 같이 비상장주식의 경우 가중평균치와 순자산가치의 80% 중 큰 금액으로 평가해야 하므로, 상증세법 시행령 제54조 제4항에 따라 순자산가치로만 평가하는 경우에 해당하지 않는 한 순자산가치로만 평가하는 것은 위법하다. 이 건에서 F은 계속적으로 영리활동을 하면서 손익이 발생하고 있는 법인이므로, 순자산가치 평가액만으로 1주당 가액을 평가하는 것은 적절하지 않고, F은 상증세법 시행령 제54조 제4항에 따라 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인(제1호), 사업개시 전 법인이거나 사업개시 후 3년 미만인 법인 또는 휴업·폐업 중인 법인(제2호), 부동산 자산평가액이 총자산의 80%이상인 법인(제3호), 주식평가액이 총자산의 80%이상인 법인(제5호), 잔여존속기한이 3년 이내인 법인(제6호) 중 어느 하나에도 해당하지 않기 때문에 F의 1주당 가액은 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 3:2로 가중평균한 금액과 순자산가치의 80% 중 큰 금액으로 평가하여야 한다. 그럼에도 처분청은 OOO주식의 1주당 순손익가치를 전혀 산출하지 않고 만연히 순자산가치로만 평가함으로써 F의 1주당 가액을 잘못 산출하였고, 그 결과 쟁점주식의 가액도 잘못 산출한 오류를 범하였다.
(3) 쟁점토지는 청구법인의 업무에 직접 사용하는 부동산에 해당 한다. (가) 2021사업연도 법인세 신고시 쟁점토지에 대한 비용을 전액 손금불산입 세무조정한 것은 쟁점토지에 대한 비용이 아닌 G이라는 법인에 대한 가지급금의 인정이자에 해당한다. 처분청은 청구법인이 2021사업연도 법인세에 신고시 쟁점토지에 대한 비용을 전액 손금불산입하는 세무조정을 하였고, 이는 청구법인 스스로도 업무와 관련없이 사용한 것을 인정한 것으로 볼 수 있다는 의견이나, 해당 세무조정의 내용은 아래와 같이 청구법인의 2021사업연도 세무조정계산서 8페이지에 “비업무용 부동산 등에 관련한 차입금 지급이자를 손금불산입하고 기타사외유출로 처분함”이라고 기재되어 있으며, 여기서 ‘비업무용 부동산 등’은 반드시 ‘비업무용 부동산’ 그 자체를 의미하는 것이 아니라, 관련 비용이 손금불산입 처리되는 업무무관자산 전반을 포괄적으로 지칭하는 개념입니다. <청구법인의 2021년 세무조정계산서 8페이지 일부발췌>
○○○ 구체적으로 아래와 같이 해당 세무조정계산서 12페이지에 손금불산입 금액 OOO원의 산정 근거가 명시되어 있는데, 해당 금액은 비업무용 부동산에 기인한 것이 아니라, ‘G’이라는 회사에 대한 가지급금의 인정이자로 인해 발생한 것임을 확인할 수 있다. <청구법인 2021사업연도 세무조정계산서 12페이지 일부발췌>
○○○ 처분청은 OOO원의 손금불산입 세무조정에 대해 구체적인 내용까지 제대로 검토하지 않았고, 세무조정 내용에 ‘등’이라는 표현이 포함되어 있음에도 이를 오해하여 청구법인이 스스로 쟁점 토지를 비업무용 부동산으로 인정한 것처럼 판단하고 있는데, 위와 같은 사정을 종합할 때, 청구법인이 스스로 쟁점토지를 비업무용 부동산으로 인정하였다고 단정할 수 없고, 처분청의 주장은 세무조정 내용의 실질을 오해한 것으로서 타당하지 않다. (나) 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 가목에서는 유예기간이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산은 법인세법 제27조 에서의 업무와 관련이 없는 자산에서 제외하도록 규정하고 있고, 위 유예기간이란 같은 법 시행규칙 제26조 제1항 제1호에 따라 건축물 또는 시설물 신축용 토지의 경우 취득일로부터 5년이지만, 같은 법 시행령 제49조 제1항 제1호 나목에 따라 유예기간 중 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 않고 양도하는 부동산의 경우 업무와 관련이 없는 자산으로 규정하고 있는 한편, 같은 법 시행규칙 제26조 제9항 제1호에 의하면 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 기간 중 유예기간과 겹치는 기간을 제외하고 부동산이 업무와 관련이 없는 것으로 보는 기간을 판단하고 있다. 즉, 법인세법은 법인이 토지나 건물을 취득한 즉시 이용할 수 없어서, 업무용에 공하기 위한 준비기간, 건설기간 등을 참작하여 취득 후 일정한 기간 동안은 업무무관자산으로 보지 아니하는 것이며 이에 따라 부동산을 업무용으로 사용하지 않더라도 유예기간 경과전까지는 업무무관자산으로 보지 아니하는 것이다. 쟁점토지2의 경우 건축물이 있는 토지를 취득하였으나 기존 건축물을 철거하고 새로운 건축물을 신축하기 위해 취득한 경우에 해당하여 2년의 유예기간을 적용받는 기타 부동산이 아닌 5년의 유예기간을 적용 받는 건축물 또는 시설물 신축용 토지로 분류해야 하며, 청구법인은 쟁점토지2를 현재까지 보유하고 있으므로, 쟁점토지2는 취득일인 2019.3.25.로부터 5년인 2024.3.25.까지는 업무에 직접 사용하였는지 여부와 관계없이 업무무관자산에서 제외된다. (다) 청구법인은 목적사업 중 하나인 부동산개발을 하기 위하여 쟁점토지1을 취득하였으므로, 쟁점토지1은 법인의 업무에 직접 사용하지 않는 자산이 아니다. 청구법인의 법인등기 상 목적사업에 부동산임대업과 부동산개발업, 부동산개발시행업이 포함되어 있고, 청구법인은 목적사업인 부동산개발업으로 한옥 신축사업을 하기 위하여 개발계획을 수립하고 이행에 착수하고자 E 및 b와 공동사업 합의서를 작성하고 쟁점토지1을 취득하였으므로, 쟁점토지1도 법인세법 시행규칙 제26조 제2항 에 따른 ‘법인의 업무’인 부동산개발에 직접 사용하는 자산으로서 법인세법 제27조 제1호 에 따른 ‘법인의 업무’에 직접 사용하지 아니하는 부동산에 해당하지 않는다. 한편, 사업수행을 위해 특정한 기간 동안 체류하는 것은 사업을 준비하는 과정에서 부득이하게 발생한 것인데, 처분청은 OOO 프로그램에 출연하여 ‘노후의 여생을 마무리할 마지막 집’이라는 표현을 사용하였다는 이유로, 쟁점토지1 위에 신축한 한옥주택(이하 “쟁점주택”이라 한다)을 주거용으로 사용했다고 판단하고, 이를 근거로 쟁점토지1이 업무와 무관하게 개인적 용도로 사용되었다는 의견이나 이는 부당하며 과도한 해석이다. 해당 방송은 공익적 성격을 고려하여 쟁점토지1 및 쟁점주택을 활용한 사업과 관련된 홍보성 발언을 할 수 없고, 인터뷰 내용도 작가들과 협의하여 조정된 것으로 단순히 방송 출연만으로 쟁점주택이 위치한 쟁점토지1을 업무와 무관하게 사용된 토지로 보는 것은 부당하며, 처분청은 세무조사 기간 중에 쟁점주택을 현장 확인한 결과 OOO 방송프로그램 인터뷰 내용과 같이 실제 b 부부가 주거용으로 사용하고 있는 것을 확인했다고 하였으나, b가 쟁점주택에서 일정 기간 거주한 사실이 있더라도, 이는 쟁점주택을 활용한 사업을 준비하는 과정에서의 임시적 거주에 불과하며, 주거용 목적으로 거주하였다고 볼 수 없다. 그리고 b가 관리를 위해 생활에 필요한 비품, 세탁기, 옷가지 등을 옮겨두고 일정 기간 머물렀을 수 있으나, 사업의 운영 및 추진계획을 수행하기 위한 목적으로 체류한 사실을 건물을 개인적 용도로 사용했다고 보는 것은 과도한 해석으로, 사업활동과 쟁점주택은 불가분의 관계에 있고, 특정 기간 동안 머물렀더라도 이는 사업 준비 과정에서 부득이하게 발생한 사정에 불과하므로 이를 근거로 쟁점토지1가 업무와 무관하게 사용되었다고 볼 수 없다.
- 나. 처분청 의견
(1) 청구법인은 쟁점공사용역과 관련한 재화나 용역을 공급하거나 공급받은 사실이 없는 페이퍼컴퍼니에 불과하므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. (가) 중간에 끼어든 회사가 업무를 수행하기 위한 인적·물적 시설을 갖추고 있지 않고 재화와 용역의 공급과정에 있어 실질적인 업무 수행 내용 및 역할이 없다면, 이와 같은 끼워넣기 거래가 진정한 거래라고 보기 어려우며, 중간에 끼어든 회사가 발급·수취한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하는 것으로 판단하고 있는 바(서울고등법원 2021.12.1. 선고 2019누59365 판결, 대법원 심리불속행 기각 확정), 쟁점공사용역과 관련된 거래는 아래와 같이 청구법인은 아무런 용역을 공급하거나 공급받지 않았으므로 청구법인이 발급·수취한 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. <쟁점세금계산서 발행 및 용역 공급 개요도>
○○○ (나) 청구주장과 같이 하도급 형태로 용역을 수행하더라도 쟁점매입처와 쟁점매출처 사이에서 일정 조율 및 관리 감독을 수행할 최소한의 직원이라도 있어야 할 것이나, 청구법인은 직원이 없어서 청구법인의 실제 사주인 a이 영향력을 행사하는 다른 법인 소속 직원들(c, d, e)을 통하여 쟁점공사 업무를 수행하였고, 청구법인은 2017.8.1. 사업장을 공용오피스로 이전하였는데, 실제 직원 사용 이력 확인되지 않고 조사대상기간 중 대표자였던 f은 청구법인은 사업장이 없었으며 사실상 페이퍼컴퍼니였고 청구법인이 이러한 공사관련 업무를 수행할 능력이 없다고 진술하였으므로, 청구법인이 쟁점공사용역과 관련하여 아무런 역할을 수행하지 않고 단순히 쟁점세금계산서만 수수했을 뿐이다. a과 관련된 여러 형사소송에서 청구법인을 포함한 여러 법인들에 대하여 정상적으로 업무를 수행하는 법인이 아니라 a이 주식 시세를 조종하려는 목적에서 설립한 페이퍼컴퍼니로 판단하였고, 청구법인 전 대표였던 f의 진술을 보아도 청구법인이 인적, 물적 시설이 없는 페이퍼컴퍼니였다는 사실이 명백하며, 청구법인이 실제로 용역을 제공하였다고 볼 만한 구체적인 증빙도 없다. (다) 쟁점매입처 중 하나인 H는 쟁점공사용역 관련 견적서를 청구법인이 아닌 다른 법인 소속 직원인 c에게 보냈고, 청구법인에게 다른 쟁점매입처인 D은 쟁점공사용역 관련 견적서를 “OOO”에게 제출하였는데, D 대표 g은 쟁점공사용역 관련하여 청구법인 대표였던 f, h을 본 적 없고, 관련 실무자들과 통화하면서 인테리어 공사를 하였다고 진술하였다. 이를 보면 실제 D으로부터 용역을 공급받은 자는 쟁점매출처로, 쟁점매출처는 청구법인 소속이 아닌 다른 법인 직원들과 소통하면서 쟁점공사를 수행했음을 알 수 있는 반면, 청구법인이 쟁점공사용역을 쟁점매입처에 하도급한 사실은 어디에서도 확인할 수가 없으므로, 청구법인은 인적·물적 시설이 전혀 없는 페이퍼컴퍼니로서 쟁점세금계산서만 발급·수취하기 위해서 활용된 법인으로, 쟁점공사용역의 수행을 위한 이사회 회의나 내부 의사결정이 이루어진 사실이 전혀 없고 쟁점공사용역에 대해서 당시 대표자들도 알지 못하며, 쟁점매입처로부터 받은 견적서 등을 볼 때 청구법인이 쟁점공사용역에 대한 하도급을 주고 관리 감독을 했다는 것도 확인되지 않으므로, 청구법인은 쟁점공사용역에 대한 거래의 실질적 당사자가 아니어서 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. (라) 청구법인은 조세회피목적이 전혀 없어 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다고 주장하나, 쟁점공사용역과 관련하여 청구법인을 쟁점매입처와 쟁점매출처 사이에 끼워넣어 세금계산서를 발급·수취한 것은 페이퍼컴퍼니인 청구법인에 대하여 매출 실적을 발생시켜 법인의 정상적인 외관을 만들려는 목적으로 이루어진 것이므로 조세회피목적 유무와는 아무런 상관이 없는바, 청구법인이 쟁점공사용역에서 실제 역할 없이 중간에 끼어들어 사실과 다른 세금계산서를 발급하고 수취하였으므로 부가가치세법 제39조 규정에 따른 부가가치세 부과처분은 적법하다.
(2) 청구법인은 특수관계인인 A에 쟁점주식을 저가에 양도하였으므로 쟁점양도거래는 부당행위계산의 부인 적용대상 거래에 해당한다. (가) 아래와 같이 a은 청구법인의 1인 주주로서 특수관계인이고, A에 지배적 영향력을 행사하는 자이므로, A는 청구법인의 특수관계인에 해당한다. <청구법인과 A 간 특수관계인 범위 개요도>
○○○ (나) a은 쟁점양도거래 당시 청구법인에 직접적인 경영상 영향력을 행사하는 자로서 구 법인령 제2조 제5항 제1호에 따라 청구법인의 특수관계인에 해당하거나, 청구법인의 지분을 100% 보유한 자로서 구 법인령 제2조 제5항 제2호에 따라 청구법인의 특수관계인에 해당한다. (다) a은 A에 지배적 영향력을 행사하는 자로서 구 법인령 제2조 제5항 제4호에 따라 A는 청구법인의 특수관계인에 해당한다.
1. a은 A의 지분 100%를 제3자에게 명의신탁하여 보유하고 있는 자이다.
① A 및 OOO 소재 법인의 명의상 주주이자 대표인 h은 a의 지시 및 부탁에 따라 A를 설립하고 당일에 OOO 소재 법인에 지분을 넘겼다고 진술한 점, ② h은 쟁점양도거래를 하고 B 대표로 취임하게 된 경위 등이 a에 의한 것이라고 진술한 점, ③ h은 A의 사업이나, 쟁점양도거래의 거래가액 및 계약조건 등에 대하여 알지 못하고, A의 현황이나 여러 업무진행 사실에 대하여도 전혀 알지 못하는 점, ④ a의 부친이 근무하는 장소에서 A 인감도장을 보관하고 있는 점, ⑤ “정확한건 기억이 안나는데, 저희 아들이 A를 만들면서 그쪽으로 지분을 몰려고 했던 것 같습니다”라는 a 부친의 진술 등 여러 사정을 종합적으로 보면 h은 A의 명의상 주주에 불과하고 a이 A 및 OOO 소재 법인을 실제로 지배·관리하는 실지 주주라고 보는 것이 합리적이며, 그렇다면 A는 a이 실제로 지분 100%를 보유하는 명의신탁 법인이므로 a은 A에 지배적인 영향력을 행사하는 자이다.
2. 설령 A 지분의 실제 소유자가 a이 아니라도 a은 A 대표로 h을 선임하여 실제 임원임면권을 행사하거나 쟁점주식 양수와 같은 사업방침을 결정하는 등 A의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있다.
3. 종합하면, 청구법인은 특수관계 있는 a을 통해 A에 지배적인 영향력을 행사하고 있는 바, A는 구 법인령 제2조 제5항 제4호에 따라 청구법인의 특수관계인에 해당한다.
4. 청구법인이 제시한 서울고등법원 2020.8.28. 선고 2020누33673판결(대법원 2021.5.7. 선고 2020두49324 판결로 확정)은 ‘본인이 개인인 경우’로서 ‘본인이 법인인 경우’에 해당하는 이 사건과는 사실관계 및 적용법조가 달라 그대로 적용될 수 없다. 다만, “법인에 지배적인 영향력을 행사하는 주체는 어디까지나 ‘본인’(A)으로 해석되어야 하고, 본인이 직접 영향력을 행사하지 않고 친족관계 등에 있는 자(B)를 통하여 영향력을 행사하는 경우에는 이를 본인이 직접 행사하는 것과 동등하게 평가할 수 있는 정도에 이르러야 본인과 법인이 경영지배관계에 있다고 인정할 수 있을 것이다”라는 판시내용을 이 건에 적용하면, ‘청구법인이 직접 영향력을 행사하지 않고 a을 통하여 영향력을 행사하는 경우에는 이를 청구법인이 직접 행사하는 것과 동등하게 평가할 수 있는 정도에 이르러야 청구법인과 A가 경영지배관계에 있다고 인정할 수 있을 것이다’는 것으로 치환되는데, 법인의 의사는 독자적으로 판단하는 자연인과 달리, 이사회나 주주총회 등의 기관이나 지배주주 등을 통하여 정해지고, 한 사람이 발행주식 전부를 보유하는 1인 주주인 회사의 경우에는 1인 주주가 주주총회에 출석하면 전원 총회로서 성립하고 그 주주의 의사대로 결의가 될 것임이 명백하므로 따로 총회소집절차가 필요 없고, 실제로 총회를 개최한 사실이 없었다 하더라도 그 1인 주주에 의하여 의결이 있었던 것으로 주주총회의사록이 작성되었다면 특별한 사정이 없는 한 그 내용의 결의가 있었던 것으로 볼 수 있으므로(대법원 2004.12.10. 선고 2004다25123 판결 참조), 1인 주주인 회사의 경우에는 사실상 1인 주주의 의사대로 회사의 의사가 결정될 것이고 1인 주주는 당연히 그와 같이 결정된 회사의 의사에 따를 것이므로 1인 주주인 회사와 1인 주주의 의사는 일치할 것이어서, 1인 주주가 다른 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 것은 1인 주주인 회사가 직접 다른 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 것과 동등하게 평가할 수 있을 것이다. 즉, 1인 주주인 회사의 경우에는 1인 주주의 의사대로 회사의 의사가 결정되고 1인 주주도 회사의 의사와 동일하게 자신의 의사를 형성할 것이어서, 1인 주주가 회사의 의사결정에 영향을 미치는 것처럼 회사도 1인 주주의 의사결정에 영향을 미친다고 보아야 한다. 그렇다면 해당 법인의 100% 주주가 다른 법인에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 경우에는 해당 법인이 다른 법인에 직접 지배적인 영향력을 행사하는 것과 동등하게 평가할 수 있어 해당 법인과 다른 법인은 특수관계에 있다고 보아야 할 것이고, 그렇게 해석하는 것이 조세심판원의 결정(조심 2020중8377, 2021.11.23.) 취지에도 부합하고, ‘특수관계는 조세부담을 경감시키는 데에 있어 이해관계가 상충되지 않는 관계 또는 당사자 쌍방의 이해관계가 대부분 서로 일치하여 거래형식을 임의로 형성하여 조세부담을 경감시키기 쉬운 관계’(헌법재판소 2017.5.25. 선고 2016헌바269 결정 참조)라는 세법상 특수관계의 의미에도 부합한다. 앞서 살펴본 바와 같이, a은 쟁점주식 양수도 거래 당시 청구법인의 주식 100%를 보유한 1인 주주로서 a과 청구법인은 경제적 이해관계 및 의사가 사실상 동일할 것인바, a이 A의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 것은 청구법인이 직접 A의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 것과 다름없는 한편, a의 의사대로 청구법인의 의사가 결정될 뿐만 아니라, a도 청구법인의 의사와 동일한 의사로 행동할 것이어서, a이 청구법인의 의사에 영향을 미칠 뿐만 아니라 청구법인도 a의 의사에 영향을 미치는 것으로 볼 수 있으므로, 역시 a이 A의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 것은 청구법인이 직접 A의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 것과 동등하게 평가할 수 있다.
5. 쟁점양도거래와 관련하여 구체적으로 살펴보면, a이 사실상 지배하는 청구법인과 A 사이에 쟁점주식을 양도하였으므로, 청구법인은 a의 의사에 따라 쟁점주식을 A에게 양도하기로 결정하고, 이러한 청구법인의 의사를 실현하기 위해 a은 A에 쟁점주식을 양수하도록 영향력을 행사하였을 것이므로, 청구법인은 a을 통하여 A의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 특수관계에 있다고 보는 것이 구체적 타당성의 관점에서도 합당하므로, A는 청구법인의 법인세법상 특수관계인에 해당한다.
6. 청구법인이 제시한 판례(대법원 2024.7.25. 선고 2022두63386 판결)는 양도소득세 관련된 사항으로 본인이 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 관계에 있는지 여부를 판단하는 구체적인 기준을 제시한바 없으며, 본인이 친족관계자의 의사결정에 지배적인 영향력을 행사한다고 인정되기 위한 요건이나 그 정도에 관하여 따로 판단하지 않은 반면, 최근 본인(A)이 친족관계 등에 있는 자(B)를 통하여 어느 법인(C)의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한다고 인정되기 위한 요건에 관하여, ‘법인(C)에 지배적인 영향력을 행사하는 주체는 어디까지나 본인(A)으로 해석되어야 하고, 본인이 직접 영향력을 행사하지 않고 친족관계 등에 있는 자(B)를 통하여 영향력을 행사하는 경우에는 이를 본인이 직접 행사하는 것과 동등하게 평가할 수 있는 정도에 이르러야 본인과 법인이 경영지배관계에 있다고 인정할 수 있을 것이다’는 취지의 판결들이 연이어 선고되고 있어서(대법원 2021.5.7. 선고 2020두49324 판결, 대법원 2022.1.14. 선고 2021두51973 판결, 대법원 2024.10.8. 선고 2024두46255 판결 등), 해당 법인(A)의 주주 등(B)이 다른 법인(C)에 지배적인 영향력을 행사하는 것을 해당 법인(A)이 직접 다른 법인(C)에 지배적인 영향력을 행사하는 것과 동등하게 평가할 수 있는 사정이 있다면 해당 법인(A)과 다른 법인(C) 간에 특수관계가 인정되는 것으로, 1인 주주 회사의 경우 1인 주주가 회사의 의사를 형성하게 되고 1인 주주는 그와 같이 형성된 1인 회사의 의사에 따르게 되므로 1인 주주가 1인 회사의 의사에 영향력을 미칠 뿐만 아니라 1인 주주도 그 의사결정에 회사의 영향을 받는다고 볼 수 있어 A가 B를 통해서 C에 영향력을 행사하는 것은 A가 직접 C에 영향력을 행사하는 것과 동등하게 평가할 수 있는바, 이 사건의 경우 a이 청구법인의 지분을 100% 보유하고 있어 청구법인의 주주인 a이 A에 지배적인 영향력을 행사하는 것을 청구법인이 직접 A에 지배적인 영향력을 행사하는 것과 동등하게 평가할 수 있는 사정이 확인되므로 A는 청구법인의 법인세법상 특수관계인에 해당한다. 지방세기본법 또는 소득세법상 특수관계인에 관한 것이 아닌 법인세법상 특수관계인에 대하여 판단한 대법원 2024.10.8. 선고 2024두46255판결에서는 주주의 법인에 대한 지분율이 4.2%에 불과하여 반드시 주주의 의사대로 법인의 의사가 결정된다거나 결정된 법인의 의사에 주주가 따를 것이라고 보기 어렵다는 점에서 주주의 청구법인에 대한 지분율이 100%인 이 사건과는 차이가 있다. 청구법인의 경우 별도의 실질적인 이사회나 주주총회가 개최되어 법인의 의사가 결정되거나, 또는 회사의 관리·경영이 대표이사를 통해서 이루어졌음을 인정할 수 있는 근거는 없는 반면, a이 청구법인을 실질 지배 경영하면서 a의 의사대로 청구법인의 의사가 형성되고 실행되었음을 관계자들(c, f)의 확인·진술을 통해서 명확하게 알 수 있다.
7. 조사청은 청구법인의 법인격을 부인하지 않으며, 1인 주주인 회사와 1인 주주의 의사는 일치하는 것이 일반적이어서 1인 주주인 회사와 1인 주주의 의사가 일치한다고 볼 수 없다는 청구주장은 타당하지 않으며, 청구법인이 제시하는 1인 주주도 배임죄 내지 횡령죄가 성립한다는 판결은 별개의 인격에 해당하는 법인에 대한 개인의 불법행위에 관한 사항으로 이 사건에 적용하기에는 부적절하다. 청구법인은 ‘특수관계인의 범위가 과다하게 확장되어 부당하다’는 취지로 주장하나, 1인 주주로서 주주와 본인의 의사가 일치하는 사실은 판례에서 판시한 특수관계로 인정되는 사정에 해당하는 것이며, 구 법인령 제2조 제5항 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자가 본인인 법인을 지배하는 자임을 고려하면 본인이 주체가 되어 본인을 지배하는 제1호부터 제3호까지의 자를 매개로 활용하여 어느 법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 경우를 상정하기 어렵고 결국 구 법인령 제2조 제5항 제4호는 사실상 무용한 규정이 되어버리는바, 이 건과 같이 1인 주주인 청구법인의 경우 A를 특수관계인으로 인정하는 것은 법에 따른 것일 뿐, 특수관계인의 범위를 과다하게 확장하는 적용으로 볼 수 없다. (나) 쟁점주식에 대한 처분청의 평가액은 적정한 시가에 해당한다.
1. F은 2018년경 상장폐지 되어 쟁점양도거래 당시에는 비상장법인이었고, 이에 조사청은 청구법인 측 세무대리인의 확인을 거쳐 OOO주식 역시 상증세법상 보충적 평가방법으로 평가하여 쟁점주식의 시가를 산정하였는데, 청구법인은 OOO 사이트의 F 발행주식의 거래가격을 제시하며, 이들 금액을 OOO주식의 매매사례가액으로 사용해야 한다고 주장하고 있다. 그러나, 상증세법은 평가기간 이내의 거래금액은 특별한 사유가 없는 경우 해당 자산의 매매사례가액으로 볼 수 있다고 규정하였는데, 시장성이 적은 비상장주식이라 하더라도 그에 대한 매매사실이 있는 경우에는 보충적 평가방법에 우선하여 그 매매가액을 시가로 적용하는 것이나(대법원 2012.4.26. 선고 2010두26988 판결 참조), 2012.2.2. 상증세법 시행령 제49조 제1항 제1호가 개정되면서 거래된 비상장주식의 가액이 ① 특수관계인과의 거래 등으로 그 거래가액이 객관적으로 부당한다고 인정되는 경우 ② 액면가액 합계액으로 계산한 법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 1% 미만이거나 OOO원 미만에 해당하는 경우에는 시가로 보는 매매사례가액에서 제외되었다. 청구법인이 제시한 OOO의 F 주식 거래가격은 2018년 10월부터 2019년 3월까지 거래로 평가기간 내의 거래금액이 존재하지 아니하며, OOO 거래가격 중 평가기간 내 거래가격은 아래 <표3>과 같이, 평가기간 내(2020년 4월～2021년 3월)의 일자별 거래주식 액면가액은 OOO원으로 액면가액 기준 출자총액의 0.002%～0.005%에 불과하고, 평가기간 내 주식거래를 모두 합산하여 계산하더라도 액면가액 기준 출자총액의 0.1%에 불과하여 청구법인이 제시한 거래가격은 상증세법 시행령 제49조 제1항 제1호 나목 에 따른 비상장주식 매매사례가액의 요건을 충족하지 못한다. <표1> 평가기간 F 발행주식 거래내역(액면가 OOO원) (단위: 주, 원)
○○○
2. 또한, F 주요 대주주인 B과 I는 총발행주식의 50.98%를 보유하여, 소규모 주식거래가 주요 대주주인 B이 보유한 주식의 가치를 적정하게 반영하고 있다고 보기 어렵고, B이 2020년에 F 주식 1,304,000주를 매각한 사실도 있어 상기 제시한 사설사이트의 주식거래에 B의 F 매각이 포함되어 있을 가능성도 존재하므로, 청구법인이 제시한 거래가격을 단순히 불특정 다수인 간의 일반적인 거래에 따른 매매사례가액으로 단정하기에는 무리가 있다. 그리고 청구법인이 제시한 조세심판원 결정례(조심 2021중3152, 2021.10.14.)의 경우 매매사례가액이 보충적 평가액의 70% 이상이고, 총주주가 457명이면서 1% 이상 대주주가 21명으로 대주주 지분율 합계가 총발행주식의 4.6%에 불과하여 사설사이트를 통한 불특정인들의 소규모 거래와 주주들의 주식거래 간에 유의미한 정도로 거래가격의 차이가 발생할 여지가 적은 반면, F 주식은 B 외 1인이 총발행주식의 50% 이상을 보유하고 있고 청구법인이 제시한 매매가액(전후 6개월 평균 OOO원)은 조사청이 제시한 상증세법상 비상장주식 평가액(OOO원)의 70%에 미치지 못하는 등 사실관계가 서로 달라 이 건에 적용할 수 없는 한편, 국세청 예규(사전-2021-법령해석법인-0107, 2021.2.26.)는 사설 장외거래사이트에서 형성된 시세를 비상장주식 시가로 볼수 있는지에 대해서 “비상장 내국법인 임직원이 주식매수선택권을 행사하는 경우, 해당 비상장주식의 시가를 산정함에 있어서 비상장주식의 사설 장외거래 사이트에서 매도자와 매수자의 호가를 기준으로 형성되어 있는 시세는 시가로 볼 수 없으며, 금융감독원의 전자공시시스템에 공시된 자료에 해당 비상장주식에 대한 특수관계인이 아닌 제3자간의 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우로서 해당 주식거래일 이후 주식매수선택권 행사일까지의 기간이 비교적 단기간이며 해당기간 동안 주식의 거래가 없고 시가의 변동을 초래할 만한 특별한 사실이 없는 경우에는 그 거래가액을 시가로 볼수 있는 것”이라고 해석하였다. (다) 다만, 쟁점주식 평가 과정에서 B이 보유한 F 주식에 대한 평가에 오류가 있어, 평가금액을 재계산하여 법인세를 재경정함이 타당하다. F은 2018년 10월 상장폐지된 법인으로 쟁점주식 거래 직전 3개 사업연도(2017～2019사업연도) 계속하여 결손법인이었는데, <표2> F 평가기준일 직전 3개 사업연도 순손익 내역 (단위: 원)
○○○ 2018.2.13. 대통령령 제28638호로 상증세법 시행령 제54조 제4항 제3호가 개정되면서, 2018.2.13.부터 결손법인에 대해서도 순자산가치와 순손익가치를 가중평균한 값과 순자산가치의 80% 중 큰 금액을 비상장주식의 시가로 평가하도록 변경되었으므로, 당초 조사팀은 ‘주식회사 G 순자산가치 평가보고서’를 근거로 OOO주식을 순자산가치로 평가하였으나, 이는 처분청이 2018년 시행령 개정을 간과하여 평가기준일의 실제 주식 평가액보다 과다계산하였다. <주식회사 G(現 B) 순자산가치 평가보고서 제11쪽>
○○○ 즉, 개정된 상증세법 시행령 제54조을 반영하여 F의 비상장주식을 재평가하면 쟁점주식의 저가양도액은 OOO원으로 조사청이 산정한 저가양도액이 과도하게 계산되었다는 청구법인의 주장은 타당하다. <표3> F 비상장주식 평가금액 재계산내역 (단위: 원, 주)
○○○ <표4> B 비상장주식 평가금액 재계산내역 (단위: 원, 주)
○○○ <표5> B 비상장주식 저가양도 소득금액 재계산내역 (단위: 원, 주)
○○○ 따라서 청구법인의 F에 대한 보충적평가방법 오류 주장은 이유 있으므로 재경정할 필요가 있다.
(3) 쟁점토지는 청구법인의 업무와 무관한 자산에 해당한다. (가) 청구법인은 쟁점토지1을 업무에 사용하지 않고 법인세법에서 정한 유예기간 중 양도하였으므로 취득일로부터 양도일까지의 기간을 업무와 관련 없는 기간으로 보아 관련 비용을 전액 손금불산입한 이 사건 처분은 정당하다.
1. 쟁점토지1은 a과 그의 모친인 b가 거주하기 위한 주택 2동을 신축하기 위하여 취득하고 보유한 토지로 법인의 목적사업과는 무관하게 사용되었다. a과 b는 각각 2019년 5월 경기광주세무서에 주택신축판매업 개인사업자등록을 하고 각자 명의로 각각 1동씩 총 2동의 한옥 단독주택 신축 인허가를 받아 신축하여 2023.6.30. 준공·사용승인을 받았는데, b는 쟁점토지1 위에 단독주택을 신축하고 완공한 후인 OOO 방송된 OOO이라는 시사/교양 프로그램 ‘OOO’편에 배우자와 함께 출연하여 “본인의 처음이자 노후의 여생을 마무리할 마지막 집”이라고 설명하면서, “현재는 건강하지만 노후를 위해 현관 앞 휠체어용 리프트를 매립해 두었으며, 휠체어용 경사로를 만들고 실내에 1층과 지층을 연결하는 엘리베이터를 설치하였다”, “아들집(쟁점토지2에 신축한 단독주택)도 같이 지었다. 아들(a)이 이사오기 전까지는 손님들을 위한 공간으로 내놓을까 한다”라고 설명한바, 앞서 본인의 집이라고 인터뷰한 내용처럼 자가(自家)를 신축하기 위해 처음부터 설계된 것으로 볼 수 있다. 또한, 처분청이 세무조사 당시에 쟁점주택을 현장확인하였는 바, OOO 방송 인터뷰와 같이 실제 b 부부가 주거용으로 사용하고 있는 것을 확인하였다. 더불어, 처분청은 b로부터 제출받은 실제 이사한 날짜(2024년 4월)를 확인할 수 있는 ‘이사견적 및 계약서’를 보면, 실제로도 쟁점 주택을 거주목적으로 신축하였다는 것을 알 수 있다. 청구법인은 2021사업연도 법인세 신고시 쟁점토지에 대한 비용을 전액 손금불산입하여 세무조정하였는데, 이는 청구법인도 업무와 관련없이 사용한 것을 인정한 것으로 볼 수 있으며, 처분청은 청구법인의 대표자로부터 쟁점토지를 업무와 무관하게 취득·보유·양도하였다는 사실을 작성한 확인서를 제출받았다.
2. 청구법인은 법인등기 상 목적사업 중 하나인 부동산개발업을 위하여 쟁점토지1을 취득하였다고 주장하며 ‘공동사업 합의서’를 제출하였으나 이는 다음과 같이 신빙성 없는 주장에 불과하다.
- 가) 공동사업 합의서 제1항은 청구법인은 합의 내용과 달리 토지·도로사용승낙서를 E이 아닌 b에게 제공하여 b 개인 명의로 인허가를 받아 건물을 신축할 수 있도록 토지를 사용하도록 하는 등 합의서의 내용은 사실과 다름을 알 수 있다.
- 나) 공동사업 합의서 제4항부터 제8항까지에 따라 실제 공동사업자간의 수익과 비용에 대한 배분을 하였는지 살펴보면, 2023.9.4. 쟁점토지1을 b에게 OOO원에 양도하였으며 토지의 양도차익, 한옥 신축사업 분양대금, 토지 취득·보유에 들어간 제세공과금, 이자 비용 등에 대하여 청구법인의 주장과 달리 공동사업 합의서와 같이 수익을 배분하지 않았는데, 공동사업 합의서와 같이 공동사업을 하였다면 신축한 쟁점주택을 b에게 분양한 것이므로 공동사업자들 사이에 분양수익에 대한 수익․비용 등을 배분하여야하는데, 쟁점주택의 신축부터 양도까지 이를 전혀 이행한 사실이 없어서, 공동사업 합의서는 형식상의 서류에 불과한 것으로 판단된다.
- 다) b는 이 건 심판청구와 별도로 ‘쟁점주택에 부가가치세 재화의 공급 특례 적용 여부’에 대한 쟁점으로 다른 심판을 청구하여 진행 중인데, b의 청구이유서에는 ‘쟁점주택은 한옥체험업 용도로 건설되고 실제로는 공간임대업 용도로 사용되었다’라는 문구가 있어서 청구법인이 공동사업 합의서를 통해 법인등기 상 목적사업인 부동산개발업을 영위하기 위해 쟁점주택을 매각목적으로 신축한 것이라는 주장과도 상충된다.
- 라) 쟁점토지1은 법인세법에서 정한 유예기간 중에 양도되었으므로 취득일부터 양도일까지의 기간을 업무와 관련하여 사용하였는지 보아야 하는데, 청구법인은 공동사업합의서 외 쟁점토지1을 업무와 관련하여 사용하였다는 것을 입증할 다른 증거자료를 제시하지 못하고 있다.
- 마) 청구법인은 사업을 수행하기 위해 특정 기간 체류한 것은 사업 준비 과정에서 부득이하게 발생한 것이며, 이를 근거로 쟁점토지1이 업무와 무관하게 개인적 용도로 사용되었다는 처분청의 의견은 부당하며 과도한 해석이라고 주장하나, 쟁점토지1은 유예기간 중에 양도되어 취득부터 양도까지 쟁점법인의 업무와 관련되어 사용되었는지 여부가 중요한 것이지 쟁점토지1이 양도된 이후의 사용용도는 더이상 이 사건 심판청구와는 관계가 없으므로, ‘쟁점토지1’은 부동산개발 목적으로 취득한 것이 아닌 최대주주의 가족이 개인적인 용도로 사용할 목적으로 법인의 업무와 관련 없이 취득·관리하다가, 법인세법에서 정한 유예기간 중에 양도하였으므로 취득일부터 양도일까지의 발생한 비용 전액을 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않아야 한다. (나) 청구법인이 취득한 쟁점토지2는 업무에 사용하지 못하는 부동산으로 법인세법 제27조 에 입법취지를 고려하여 유예기간을 적용하지 않고 전체기간을 업무와 관련 없는 기간으로 보아 관련 비용을 전액 각 사업연도 소득금액에서 손금불산입해야 한다.
1. 업무와 무관한 비업무용 부동산의 구체적인 범위와 해당 여부는 관련 법령의 입법 취지를 고려하여 판단하여야 하고 있고, 청구주장 처럼 유예기간을 주는 입법취지는 업무용에 공하기 위한 준비기간, 건설기간 등을 참작하여 취득 후 일정한 기간 동안을 업무무관 여부의 판단을 유예하는 것이지, 유예기간 동안 업무와 상관없이 사용하여도 된다는 무제한 적인 인정은 아니며, 특별히 사업에 공하지 못하는 부득이한 사유가 없는 업무무관 부동산이 명백하여도 단지 건물 신축용 토지라고 하여 유예기간을 적용하여 업무무관자산으로 보지 않는다면 납세자는 마치 유예기간 동안 무제한으로 업무와 관련 없이 사용할 수 있는 기간으로 인식할 위험을 초래하며, 당초 법인세법 제27조 의 입법취지와 어긋나게 된다(대법원 2006.2.10. 선고 2005두12527 판결, 대법원 2008.9.25. 선고 2008두10942 판결 등 참조).
2. 이러한 법인세법 제27조 의 입법취지 고려하여, 다음과 같이 쟁점토지2는 유예기간의 적용 없이 업무무관으로 보아야 한다고 판단하였다.
- 가) 쟁점토지2는 취득 이전부터 상수원관리규칙에 의해서 상수도보호구역으로 지정된 지역으로 동 규칙에 따라 법인이 주택을 신축하거나 개발행위를 할 수 없는 토지이다. 상수원관리규칙은 상수도보호구역으로 지정된 구역에 주택을 신축하거나 증축·용도 변경하기 위해서는 원거주자 또는 보호구역에 6개월 이상 실제 거주하는 주민이어야 하며, 여기에는 일반법인(영농법인 제외)은 포함되지 않는데, 청구법인은 개발규제가 있는 쟁점토지2를 취득하여 최대주주인 a에게 무상으로 사용할 수 있도록 무상사용승낙서를 제공하였고, 이후 a은 2019년 5월 단독사업자로 주택신축판매업 개인사업자등록을 하였으며, 본인 명의로 한옥주택 신축 인허가, 2023.6.30. 쟁점주택 준공·사용승인을 받았다. 법인세법 제27조 의 입법취지를 고려하면, 쟁점토지2는 청구법인이 개발할 수 없는 토지를 취득한 것으로 취득 당시부터 업무와 관련하여 사용되거나 사용될 수 없는 부동산이므로 업무에 공하기 위한 준비기간, 건설기간을 참작한 유예기간을 적용받을 수 없다.
- 나) 쟁점토지2는 실제로 최대주주 a의 자가(自家)를 신축하기 위해 취득하였다. 쟁점토지에 신축한 쟁점주택이 ‘OOO’, ‘OOO’편을 통해 방영되었는데, a의 부모님은 “본인 집 옆에 아들집도 같이 지었다. 아들(a)이 이사오기전까지는 손님들을 위한 공간으로 내놓을까 한다”라고 설명하였는데, 이는 청구법인이 a의 자가(自家)를 신축하기 위해 쟁점토지2를 취득한 사실을 입증하는 것으로 보인다.
- 다) 청구법인은 상수원관리규칙에 의하여 일반법인(영농법인제외)이 농가주택을 취득할 수 없는데, a 명의의 쟁점토지2 위에 쟁점주택을 매매예약하여 가등기한 것이 확인되는바, 이는 a은 오랜기간 국세 고액체납으로 개인 명의의 재산은 국세징수법에 의해 강제징수가 불가피하여, 쟁점토지2를 청구법인 명의로 취득한 후 쟁점주택의 준공 후 건물등기와 동시에 법인의 명의로 매매예약 가등기 설정하여, 체납관서의 강제징수를 위한 압류에 대비하여 선순위로 등기하여 체납정리를 회피한 정황이 있다.
- 라) 청구법인은 쟁점토지2를 업무와 관련하여 사용하거나 사용하려 하였다는 점에 대한 아무런 근거를 제시하지 못하고 단지법인세법상 유예기간이 경과하지 않아 이 처분이 위법하다고만 주장할 뿐이어서 법인등기상 청구법인의 업무인 부동산개발업을 하였다고 보기 어렵다.
- 마) 청구법인은 2021사업연도 법인세 신고시 쟁점토지에 대한 비용을 전액 손금불산입하여 세무조정하였는데, 이는 청구법인 스스로도 업무와 관련없이 사용한 것을 인정한 것으로 볼 수 있다.
- 바) 처분청은 청구법인의 대표자로부터 쟁점토지가 업무와 무관하게 취득·보유·양도하였다는 사실을 작성한 확인서를 제출받았다. 따라서 쟁점토지2는 취득목적부터 실제 사용용도까지 명백히 업무와 무관하게 사용되는 부동산에 해당하므로 법인세법 제27조 의 입법 취지를 고려하여 유예기간을 적용하지 않고, 취득일로 소급하여 업무무관자산의 기간을 인식하여야 한다.
① 재화 또는 용역의 거래 없이 쟁점세금계산서를 발급‧수취하였는지 여부
② 청구법인이 자신의 특수관계인에 해당하는 A에 쟁점주식을 저가로 양도한 것으로 보아 부당행위계산의 부인을 적용하여 과세한 처분의 당부
③ 쟁점토지를 업무무관자산으로 볼 수 있는지 여부
(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
(2) 법인세법(2022.12.31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
12. "특수관계인"이란 법인과 경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다. 제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입) 내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.
1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액
2. 제1호 외에 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령으로 정하는 금액 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.
③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 법인세법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33265호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) ⑤ 법 제2조 제12호에서 "경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.
1. 임원(제40조 제1항에 따른 임원을 말한다. 이하 이 항, 제10조, 제19조, 제38조 및 제39조에서 같다)의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자(상법 제401조의2 제1항 에 따라 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족(국세기본법 시행령 제1조의2 제1항 에 따른 자를 말한다. 이하 같다)
2. 제50조 제2항에 따른 소액주주등이 아닌 주주 또는 출자자(이하 "비소액주주등"이라 한다)와 그 친족
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자 및 이들과 생계를 함께하는 친족
4. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항 에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
5. 해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제4호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항 에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
6. 해당 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인에 100분의 30 이상을 출자하고 있는 법인이나 개인 제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등) ① 법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 다음 각호의 자산을 말한다.
1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부동산, 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이한 사유가 있는 부동산을 제외한다.
② 제1항 제1호의 규정에 해당하는 부동산인지 여부의 판정 등에 관하여 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.
③ 법 제27조 제1호에서 "대통령령으로 정하는 금액"이란 제1항 각호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다. 제88조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산을 과대상각한 경우
2. 무수익 자산을 매입 또는 현물출자받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우
3. 자산을 무상 또는 시가보다 낮은 가액으로 양도 또는 현물출자한 경우. 다만, 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 주식을 양도하는 경우는 제외한다.
③ 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호(제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호 및 제7호에 준하는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다.
④ 제3항은 주권상장법인이 발행한 주식을 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 한국거래소(이하 "한국거래소"라 한다)에서 거래한 경우에는 적용하지 아니한다. 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.
② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.
1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등은 제외한다.
2. 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 조세특례제한법 제101조 를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다. (4) 법인세법 시행규칙 제26조(업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위) ① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서 "기획재정부령이 정하는 기간"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간(이하 이 조에서 "유예기간"이라 한다)을 말한다.
1. 건축물 또는 시설물 신축용 토지: 취득일부터 5년(산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 제2조 제1호 의 규정에 의한 공장용 부지로서 산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률 또는 중소기업 창업지원법에 의하여 승인을 얻은 사업계획서상의 공장건설계획기간이 5년을 초과하는 경우에는 당해 공장건설계획기간)
2. 부동산매매업[한국표준산업분류에 따른 부동산 개발 및 공급업(묘지분양업을 포함한다) 및 건물 건설업(자영건설업에 한한다)을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산: 취득일부터 5년
3. 제1호 및 제2호 외의 부동산: 취득일부터 2년
② 영 제49조 제1항 제1호 가목 및 나목에서 "법인의 업무"란 다음 각 호의 업무를 말한다.
1. 법령에서 업무를 정한 경우에는 그 법령에 규정된 업무
2. 각 사업연도 종료일 현재의 법인등기부상의 목적사업(행정관청의 인가ㆍ허가등을 요하는 사업의 경우에는 그 인가ㆍ허가등을 받은 경우에 한한다)으로 정하여진 업무
③ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다.
1. 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다). 다만, 천재지변ㆍ민원의 발생 기타 정당한 사유없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간동안 업무에 사용하지 아니한 것으로 본다.
2. 제1항 제2호의 규정에 의한 매매용부동산을 유예기간내에 양도하는 경우
⑨ 영 제49조 제1항 제1호 각목의 1에 해당하는 부동산에 대하여 업무와 관련이 없는 것으로 보는 기간은 다음 각호에 의한다.
1. 영 제49조 제1항 제1호 가목에 해당하는 부동산: 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 기간중 유예기간과 겹치는 기간을 제외한 기간. 다만, 당해 부동산을 취득한 후 계속하여 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우에는 취득일(유예기간이 경과되기 전에 제5항 제2호 가목 및 나목에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 제8항 제1호의 규정에 의한 기간계산의 기산일)부터 양도일까지의 기간
2. 영 제49조 제1항 제1호 나목에 해당하는 부동산: 취득일(제5항 제2호 가목 및 나목에 해당하는 경우에는 제8항 제1호의 규정에 의한 기간계산의 기산일)부터 양도일까지의 기간 (5) 국세기본법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33276호로 개정되기 전의 것) 제1조의2(특수관계인의 범위) ④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.
1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
(7) 상속세 및 증여세법 제60조(평가의 원칙 등) ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. 이 경우 다음 각 호의 경우에 대해서는 각각 다음 각 호의 구분에 따른 금액을 시가로 본다.
1. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장으로서 대통령령으로 정하는 증권시장에서 거래되는 주권상장법인의 주식등 중 대통령령으로 정하는 주식등(제63조 제2항에 해당하는 주식등은 제외한다)의 경우: 제63조 제1항 제1호 가목에 규정된 평가방법으로 평가한 가액
② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격·공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.
③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다. 제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.
1. 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
1. 액면가액의 합계액으로 계산한 해당 법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 1에 해당하는 금액
2. 3억원
② 제1항을 적용할 때 제1항 각 호의 어느 하나에 따른 가액이 평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다) 이내에 해당하는지는 다음 각 호의 구분에 따른 날을 기준으로 하여 판단하며, 제1항에 따라 시가로 보는 가액이 둘 이상인 경우에는 평가기준일을 전후하여 가장 가까운 날에 해당하는 가액(그 가액이 둘 이상인 경우에는 그 평균액을 말한다)을 적용한다. 다만, 해당 재산의 매매등의 가액이 있는 경우에는 제4항에 따른 가액을 적용하지 아니한다.
1. 제1항 제1호의 경우에는 매매계약일
③ 제1항 각호의 가액에 2 이상의 재산가액이 포함됨으로써 각각의 재산가액이 구분되지 아니하는 경우에는 각각의 재산을 법 제61조 내지 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액에 비례하여 안분계산하되 각각의 재산에 대하여 감정가액(동일감정기관이 동일한 시기에 감정한 각각의 감정가액을 말한다)이 있는 경우에는 감정가액에 비례하여 안분계산한다. 다만, 토지와 그 토지에 정착된 건물 기타 구축물의 가액이 구분되지 아니하는 경우에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산한다. 제54조(비상장주식등의 평가) ①법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 “비상장주식등”이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(소득세법 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 다만, 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 가액으로 한다. 1주당 가액 ＝ 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)
③ 제1항 및 제2항을 적용할 때 법 제63조 제1항 제1호 나목의 주식등을 발행한 법인이 다른 비상장주식등을 발행한 법인의 발행주식총수등(자기주식과 자기출자지분은 제외한다)의 100분의 10 이하의 주식 및 출자지분을 소유하고 있는 경우에는 그 다른 비상장주식등의 평가는 제1항 및 제2항에도 불구하고 법인세법 시행령 제74조 제1항 제1호 마목에 따른 취득가액에 의할 수 있다. 다만, 법 제60조 제1항에 따른 시가가 있으면 시가를 우선하여 적용한다.
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다.
1. 법 제67조 및 법 제68조에 따른 상속세 및 증여세 과세표준신고기한 이내에 평가대상 법인의 청산절차가 진행 중이거나 사업자의 사망 등으로 인하여 사업의 계속이 곤란하다고 인정되는 법인의 주식등
2. 사업개시 전의 법인, 사업개시 후 3년 미만의 법인 또는 휴업ㆍ폐업 중인 법인의 주식등. 이 경우 법인세법 제46조의3, 제46조의5 및 제47조의 요건을 갖춘 적격분할 또는 적격물적분할로 신설된 법인의 사업기간은 분할 전 동일 사업부분의 사업개시일부터 기산한다.
소득세법 제94조 제1항 제4호 다목 1) 및 2)의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등
4. 삭제 <2018. 2. 13.>
5. 법인의 자산총액 중 주식등의 가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등
6. 법인의 설립 시 정관에 존속기한이 확정된 법인으로서 평가기준일 현재 잔여 존속기한이 3년 이내인 법인의 주식등
⑤ 제2항을 적용할 때 “발행주식총수”는 평가기준일 현재의 발행주식총수에 따른다.
(1) 청구법인, A의 대표이사 및 주주의 변동내역은 다음과 같다. (가) 청구법인의 대표이사들의 재직기간 및 주주변동내역은 아래와 같다. <표6> 청구법인 대표이사 재직내역
○○○ <표7> 청구법인 주주 변동내역(사업연도말 기준) (단위: %)
○○○ (나) A는 2020.9.25. 설립된 후부터 현재까지 h이 대표이사로 있으며, 주주변동내역(사업연도 말 기준)은 아래 <표8>과 같다. <표8> 주주변동내역 (단위: %)
○○○
(2) 쟁점①과 관련한 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인이 쟁점공사용역과 관련하여 수수한 쟁점세금계산서의 내역은 아래 <표9>와 같다. <표9> 쟁점세금계산서 내역 (단위: 원)
○○○ (나) 조사청이 제출한 국세청 전산자료에 따르면, 청구법인은 2019년～2023년 기간 동안 근로소득(일용근로 포함)‧사업소득‧기타소득에 대한 지급명세서가 제출되지 않은 것으로 나타나고, 이에 조사청은 청구법인이 쟁점공사용역을 관리‧수행할 직원이 없다는 의견이다. (다) 청구법인이 쟁점매출처와 작성한 쟁점공사용역에 대한 공사계약서 및 과세전적부심사에서 청구법인이 쟁점공사용역을 실제 수행하였다고 주장하며 제출한 쟁점공사용역계약서와 a과 c(OOO)의 SNS 대화내용(텔레그램 대화, 과세전적부심사 결정서 발췌)은 아래와 같다. <쟁점공사용역 계약서>
○○○ <a과 c의 SNS 대화내용(과세전적부심사 결정서 발췌)>
○○○ (라) 청구법인이 쟁점공사용역을 수행한 사실에 대한 입증자료로 아래와 같이 견적서, 공사완료확인서 및 공사총괄공정표 등을 제출하였다. <견적서>
○○○ <공사완료 확인서>
○○○ <공사총괄공정표>
○○○ (마) 처분청은 쟁점공사용역에 대한 업무을 수행한 자는 청구법인이 아니라 a이 실제 지배하는 다른 법인의 직원인 c 등이 수행하였다는 의견으로, 다음과 같은 자료를 제출하였다.
1. 처분청은 c이 a을 보좌하여 청구법인의 주요 업무를 수행하였다는 사실을 확인하는 c의 확인서를 제출하였다.
○○○
2. 처분청이 제출한 자료에 따르면, 청구법인의 쟁점공사용역 관련 쟁점매입세금계산서의 공급받는자 이메일 주소가 아래와 같이 청구법인 직원이 아닌 d와 e의 이메일 주소로 나타나는 것으로 보인다.
○○○
3. 처분청은 쟁점공사용역에 대한 실제 업무를 수행한 것으로 나타난 c, d, e이 청구법인의 직원이 아니고 다른 법인의 직원으로 해당 타 법인으로부터 급여 등을 받은 사실을 입증하는 자료로 지급명세서 상 소득 지급내역을 아래와 같이 제출하였다. <표10> c, d 및 e 지급명세서 상 소득내역 (단위: 원)
○○○
4. 처분청은 청구법인의 대표이사 f이 청구법인은 사업장이나 직원이 없는 사실상 페이퍼컴퍼니로서 쟁점공사용역을 수행할 수 없고, 쟁점공사용역의 진행을 결정하는 이사회 역시 개최된 사실이 없다는 내용의 문답서(2024.9.4. 작성)를 아래와 같이 작성하였다는 의견이다.
○○○
5. 처분청이 제출한 a에 대한 법원 판결문에는 아래와 같이 a이 주가조작 등을 위하여 설립 및 이용한 페이퍼컴퍼니에 대한 부분이 있으며, 동 판결문에 따르면 청구법인은 주가조작을 위하여 a이 이용한 페이퍼컴퍼니 중 하나였기 때문에 최소한의 물적시설도 갖추지 못한 것으로 나타난다. <서울남부지방법원 2021.2.3. 선고 OOO 판결문 일부>
○○○
6. 처분청은 청구법인이 쟁점공사용역 외에 공사관련 매출이 없고, 인테리어 공사 관련 업종이 전혀 등록되어 있지 않다는 의견으로, 아래와 같이 청구법인의 매출에 대한 세금계산서 발급내역을 제출하였다. <표11> 청구법인 매출에 대한 세금계산서 발급 내역(공급가액 기준) (단위: 원)
○○○
7. 과세전적부심사 결정서에 따르면, 아래와 같이 쟁점매입처 중 하나인 H가 쟁점공사용역과 관련한 견적서를 c에게 보낸 것으로 보이고, D은 수신자를 지정하지 않은 견적서를 제출한 것으로 나타난다. <H 견적서>
○○○ <D 견적서>
○○○
8. D 대표 g은 쟁점공사용역과 관련하여 청구법인 대표이사(f, h)와 만난적을 없지만 직원들과 통화하면 업무를 진행하였다는 내용의 확인서를 작성한 것으로 나타난다.
(3) 쟁점②와 관련한 사실관계는 다음과 같다. (가) 쟁점양도거래와 관련하여 쟁점주식 거래내역 및 조사청이 쟁점주식을 저가양도한 것으로 판단한 금액은 아래와 같다. <표12> 쟁점주식 거래내역 (단위: 원)
○○○ <표13> 조사청이 판단한 쟁점주식 저가양도 내역 (단위: 원)
○○○ (나) 청구법인이 a 등을 통하여 A에 지배적 영향력을 행사하였는지와 관련한 사실관계는 다음과 같다.
1. a은 2020.12.16. 청구법인이 유상증자를 하기 전까지 지분 100%를 보유한 1인 주주로였으나, 유상증자를 통하여 A가 청구법인 발행주식 14,000주를 취득하여 70%의 지분을 보유하게 된 것으로 나타난다.
2. 청구법인은 쟁점양도거래에 대한 계약서를 아래와 같이 제출하였다.
○○○
3. 과세전적부심사 결정서에 따르면, 처분청은 a의 부친 i이 근무하는 E의 사무실에서 청구법인, A 및 그 외 다수 관련법인들의 인감도장을 사실이 있다는 의견을 제시하면서, 아래와 같이 확인서 등을 증빙으로 제출한 것으로 나타난다.
○○○
4. 처분청이 제출한 문답서에 따르면, 아래와 같이 청구법인의 대표였던 f은 청구법인은 a의 영향력을 이야기할 필요가 없을 정도로 a의 회사였다고 진술한 것으로 나타난다.
○○○
5. 처분청 의견에 따르면, a은 2024.2.29. 자본시장과 금융투자업에 관한 법률위반, 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률위반 등으로 대법원에서 유죄를 선고받아 징역 20년 및 벌금 OOO원에 처해졌으며(대법원 2024.2.29. 선고 OOO 판결), 원심 판결에 따르면 a은 2020년 2월경 라임사건과 관련하여 J 등에 대한 압수수색으로 수사가 개시되자 도주하였는바, 도주한 이후에도 OOO 재무이사에게 텔레그램 대화방을 통하여 관계 법인의 자금 송금을 지시하였고, 관계 법인 재무이사 j은 ‘a 지시에 따라 OOO 등 법인 계좌에서 자금을 빼서 청구법인, OOO 등으로 송금하였다’고 진술한 바 있다고 하면서 아래와 같이 법원 판결문(서울고등법원 OOO 판결)을 제출하였다.
○○○
6. 과세전적부심사 결정서에는 a과 청구법인 및 A의 대표이사 h의 관계를 입증하기 위하여 h이 서울남부구치소에 구속수감되어 있는 a을 접견한 기록이 있는데, 2022.7.8.～2023.12.13. 기간 동안 총 7차례 접견한 것으로 나타난다.
7. 과세전적부심사 결정서에 따르면 조사청에서 a이 A 경영에 관한 의사결정을 하였다는 입증자료로 아래와 같은 h의 진술서를 제출한 것으로 나타난다.
○○○
8. 과세전적부심사 결정서에 따르면, 조사청은 a이 A 경영에 관한 의사결정을 하였다는 의견을 입증하기 위하여 아래와 같이 a의 진술서 등을 제출한 것으로 나타난다.
○○○ (다) 쟁점주식의 시가평가와 관련한 사실관계는 다음과 같다.
1. 처분청은 OOO주식을 상증세법 상 보충적 평가방법으로 평가하여 1주당 OOO원을 시가로 보아 쟁점주식을 평가하였다.
2. 청구법인은 F 발행주식은 OOO에서 거래된 가액이 있으므로 이 가액을 매매사례가액으로 보고 OOO주식과 쟁점주식을 다시 평가해야 한다고 주장하며, 아래와 같이 OOO주식이 OOO에서 거래된 내역을 제출하였는데, OOO거래의 경우 일별 총거래금액이 F의 총발행주식의 액면가 총액(OOO원)의 0.1% 미만으로 보이고, OOO 거래는 평가기간(2020.3.29.～2021.3.29.) 외의 기간에 대한 거래로 보인다(평가심의위원회 심의는 없었음). <표14> OOO F 발행주식 거래내역 (단위: 원, 주)
○○○ <표15> OOO F 발행주식 거래내역 (단위: 원, 주)
○○○
3. 처분청은 당초 OOO주식에 대하여 F이 3개 사업연도 이상 결손법인에 해당한다고 보고, 상증세법 시행령 제54조 제4항 제3호에 따라 순자산가치에 따라 평가하였으나, 아래와 같이 2018.2.3. 대통령령 제28638로호 상증세법 시행령 제54조 제4항 제3호 및 제4호가 개정되면서 3개 사업연도 이상 결손법인도 순자산가치와 순손익가치의 가중평균을 적용하도록 개정되어 OOO주식에 대해서도 가중평균을 적용하여 부당행위계산의 부인대상 소득을 산정해야 한는 것으로 나타나고, 이에 처분청은 당초 익금산입․손금불산입한 금액을 OOO원에서 OOO원을 감액하여 OOO원으로 감액해야 한다는 의견을 제시하였다. 2018.2.3. 대통령령 제28638호로 개정되기 전의 것 2018.2.3. 대통령령 제28638호로 개정된의 것 제54조(비상장주식등의 평가) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다.
3. 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 내의 사업연도부터 계속하여 법인세법상 각 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 결손금이 있는 법인의 주식등
4. 소득세법 제94조 제1항 제4호 라목에 해당하는 법인의 주식등 제54조(비상장주식등의 평가) ④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다.
소득세법 제94조 제1항 제4호 다목 1) 및 2)의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 80 이상인 법인의 주식등
4. 삭제 <2018.2.13>
(4) 쟁점③과 관련한 사실관계는 다음과 같다. (가) 청구법인의 등기사항일부증명서 상 목적사업 부문에는 아래와 같이 부동산개발업이 포함되어 있는 것으로 나타난다.
○○○ (나) 청구법인은 청구법인, E 및 b가 체결한 공동사업합의서를 제출하였으며, 그 주요내용을 정리하면 아래와 같다.
○○○ (다) 청구법인은 업무와 관련있는 용도로 쟁점토지를 사용하기 우하여 그 위의 건축물을 철거하였다면서 제출한 건축폐기물 처리계획신고증명서 및 건축물해체공사계획서(과세전적부심사 결정서 발췌)는 아래와 같다. <건축물해체계획서>
○○○ <건축폐기물 처리계획신고증명서>
○○○ (라) a과 b가 각각 2019년 5월 경기광주세무서장에게 주택신축판매업 개인사업자등록을 하고 각자 명의로 각각 1동씩 2동의 한옥 단독주택 신축 인허가를 받아 신축하여 2023.6.30. 준공 및 사용승인을 받은 것으로 나타난다. (마) 과세전적부심사 결정서에 따르면, 조사청은 공동사업합의서 내용과 달리 쟁점토지1은 b에게, 쟁점토지2는 a에게 사용할 수 있독하는 승낙서를 청구법인이 아래와 같이 작성하였다는 의견과 함께 사용승낙서를 제출한 것으로 나타난다.
○○○ (바) OOO에서 “OOO”에 쟁점주택에 거주하는 청구인의 부친 i과 b가 출연한 것으로 나타나며, 해당 프로그램의 화면은 아래와 같다. <방송화면1>
○○○ <방송화면 2>
○○○ <방송화면3>
○○○ (사) 조사청이 현장확인을 통해 확인한 쟁점주택 내부 모습은 아래와 같다.
○○○ (아) 처분청은 아래와 같이 거주주택을 신축하려는 b에게 쟁점토지를 양도하였다는 내용이 있는 청구법인 대표인 h의 확인서와 ‘이사견적 및 계약서’를 제출하였다.
○○○ (자) 처분청은 쟁점토지를 업무와 무관하게 취득․보유․양도한 사실이 있다고 기재한 청구법인 대표이사 h의 확인서를 아래와 같이 제출하였다.
○○○ (차) 쟁점토지는 상수원보호구역 내에 있는 토지로서 법인이 개발행위를 할 수 없다는 내용을 입증하기 위하여 처분청이 제출한 법제처의 유권해석(법제처-18-0221, 2018.7.9.)은 아래와 같다. 【질의요지】 상수원관리규칙 제15조 제2호 각 목 외의 부분에 따라 환경정비구역에 같은 호 나목에 따른 종교집회장(기도원은 제외하며, 이하 같음)을 신축 또는 증축할 수 있는 “원거주민 또는 주민”에 “법인”이 포함되는지? ＜ 질의 배경 ＞ 환경부는 “법인”이 상수원관리규칙 제15조 제2호 각 목 외의 부분에 따라 환경정비구역에 같은 호 나목에 따른 종교집회장을 신축 또는 증축할 수 있는지 의문이 있어 법령해석을 요청함. 【회답】 이 사안의 종교집회장을 신축 또는 증축할 수 있는 “원거주민 또는 주민”에 “법인”은 포함되지 않습니다. (카) 처분청은 a이 국세체납에 대한 강제징수를 예방하기 위하여 쟁점토지 및 쟁점주택에 가등기를 하였다의 의견에 대한 입증자료로 아래와 같이 쟁점주택에 대한 등기사항전부증명서 일부를 제출하였다.
○○○
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 이 건에 대하여 다음과 같이 살펴본다. (가) 쟁점①과 관련하여, 청구법인은 하도급을 통하여 쟁점공사용역을 공급하였으므로 쟁점세금계산서는 실제 재화 또는 용역을 거래하고 발급‧수취한 정상적인 세금계산서에 해당한다고 주장하나, 2019사업연도부터 2023사업연도까지 일용근로를 포함한 근로소득, 사업소득 및 기타소득에 대한 지급명세서가 제출되지 않아 청구법인이 쟁점공사용역을 관리하거나 수행할 직원이 없는 것으로 보이는 점, 청구법인의 직원이 아닌 청구법인의 사주인 a이 사실상 지배하는 다른 법인의 직원이 쟁점공사용역과 관련하여 거래처와 쟁점세금계산서 및 견적서 등을 주고받은 것으로 나타나는 점, 청구법인의 세금계산서 발급 내역 등을 살펴보면 쟁점공사용역을 제외할 경우 공사용역에 대한 매출이 거의 없는 것으로 나타나 실제 쟁점공사용역을 수행할 시공능력이 있는 법인으로 보기 어려운 점 등에 비추어, 쟁점세금계산서를 사실과 다른 것이 아니라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 쟁점②와 관련하여, 청구법인은 A를 청구법인의 특수관계인으로 볼 수 없고, 설령 특수관계인으로 볼 수 있더라도 쟁점주식을 평가할 때 B이 보유한 OOO주식의 경우 시가로 볼 수 있는 매매사례가액이 있어서, 처분청이 상증법상 보충적 평가방법을 적용하여 OOO주식을 평가한 후 이에 따라 쟁점주식을 저가 양도한 것으로 보고 부당행위계산의 부인 규정을 적용한 것은 부당하다고 주장한다.
1. 우선, A가 청구법인의 특수관계인에 해당하는지를 살펴보면, 특수관계인에 해당하는 법인세법 제2조 제12호 에 따른 “경제적 연관관계 또는 경영지배관계 등 대통령령으로 정하는 관계에 있는 자”의 범위를 구체적으로 규정한 같은 법 시행령 제2조 제5항은, 제1호에서 “임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 해당 법인의 경영에 대해 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자와 그 친족”을, 제4호에서 “해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통해 어느 법인의 경영에 대해 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항 에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인”을 규정하는 한편, 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항 제1호 는 “해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것”으로 보는 영리법인에 대하여, 가목에서 “법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우”를, 나목에서 “임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우”를 규정하고 있다. 이 건에서 비록 청구법인은 보유한 A의 지분이 없는 등 외형상으로 A에 대하여 지배력을 행사할 수 있는 법인으로 보이지 않지만, a이 청구법인의 지분 100%를 보유하고 있고, 청구법인의 경우 대표이사 h을 포함하여 실제 청구법인의 업무를 수행하면서 근로소득을 지급받는 직원이 없는 것으로 보여, 청구법인이 a로부터 실질적으로 독립된 법인격을 갖추고 있다고 보기 어려운 점, 실제 h, c 등의 문답서나 확인서 등을 통해 살펴보면, a은 단독으로 청구법인 및 A의 주요 경영에 관한 의사결정을 한 것으로 보이는 점, 청구법인과 A의 대표이사 h은 쟁점주식의 양수도 거래 등 두 법인의 경영과 관련하여 자신이 아는 것이 없고, 대표이사로 취임한 것 등도 a의 요구에 따라 한 것이라고 진술한 점, 청구법인, A 등 관련법인의 법인인감을 a의 부친 i이 운영하는 E의 사무실에 보관하고 있었던 점 등에 비추어 보면, a과 청구법인은 실질적으로 하나의 인격처럼 의사를 결정하고 행동한 것으로 보여, 청구법인은 a과 공동 또는 a을 통하여 A에 경영상 지배적인 영향력을 행사하는 법인으로 보이는바, A는 청구법인의 특수관계인에 해당하는 것으로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다.
2. 다음으로 쟁점주식의 평가액에 대하여 살펴보면, 청구법인은 F의 발행주식은 2018년 1월부터 2021년 10월까지 OOO에서 평균체결가 OOO원에서 OOO원에 거래되어 왔고, 비상장주식을 거래하는 사이트인 OOO에서도 2018년 10월부터 2019년 3월까지 OOO원에서 OOO원에 거래되어 이 거래액을 OOO주식의 매매사례가액으로서 시가로 보아야 한다고 주장하나, OOO은 상증세법 제63조 제1항 제1호 가목에 따라 그 시세가액이 시가로 인정되는 자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따라 거래소허가를 받은 거래소로 볼 수 없고, OOO주식과 같은 비상장주식의 경우, 상증세법 시행령 제49조 제1항 제1호 나목에 따라 거래된 비상장주식의 가액이 액면가액의 합계액으로 계산한 해당 법인의 발행주식총액 또는 출자총액의 100분의 1에 해당하는 금액과 3억원 중 적은 금액 미만인 경우에는 매매사실이 있더라도 그 매매사례가액을 시가로 보지 않으므로, 위의 <표14>에서 볼 수 있듯이 OOO에서 거래된 F 발행주식의 일별 총 거래금액이 액면가액의 합계액으로 계산한 F 발행주식총액(OOO원)의 0.1%에도 미치지 않고 최대 거래액도 OOO원을 넘지 않는 한편, 지방국세청 평가심의위원회의 심의를 받은 사실도 없어 OOO에서 거래된 가액을 시가로 인정하기는 어려워 보이므로, 처분청이 상증세법상 보충적 평가방법을 적용하여 OOO주식의 시가를 평가한 것은 잘못이 없는 것으로 보인다. 다만, 처분청이 상증세법 시행령 제54조 제2항을 적용하여 순자산가치만으로 OOO주식의 시가를 평가한 것으로 보이나, 상증세법 시행령 제54조 제4항 제3호가 2018.2.3. 대통령령 제28638호로 개정되어 2018.2.13.부터 평가기준일이 속하는 사업연도 전 3년 내의 사업연도부터 계속하여 결손이 발생한 법인에 대해서도 같은 조 제1항을 적용하여 순자산가치와 순손익가치의 가중평균액으로 해당 주식의 시가를 평가하도록 변경되었으므로, 쟁점주식의 양도일인 2020.9.29.에는 개정된 규정을 적용하여야 하므로 처분청이 OOO주식을 순자산가치만으로 평가한 것은 잘못된 것으로 보이고, 이러한 평가의 오류로 쟁점주식의 시가를 과다산정한 것으로 나타나므로, 쟁점주식의 법인세법제54조 제2항에 따른 시가를 OOO원으로 하여 쟁점주식 양도에 대하여 법인세법 제54조 제1항 에 따라 계산되는 소득금액을 재계산하고 그 결과에 따라 청구법인의 법인세 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다. (다) 마지막으로 쟁점③과 관련하여, 청구법인은 쟁점토지의 경우 청구법인의 목적사업 중 하나인 부동산개발을 하기 위하여 취득한 토지로서 업무와 관련없는 자산으로 볼 수 없다고 주장하나, 앞서 살펴보았듯이 청구법인은 부동산개발사업과 관련된 업무를 수행할 수 있는 직원이 없는 법인으로 보이고, 청구법인 대표이사 h은 쟁점토지는 업무와 무관하게 취득‧보유‧양도하였다는 내용으로 확인서를 작성하여 처분청에 제출한 점, 법제처 유권해석에 따르면, 쟁점토지는 법인이 부동산개발을 위하여 취득할 수 없는 상수원보호구역 내에 있는 토지로 취득 시부터 청구법인이 부동산개발에 쟁점토지를 사용할 수 없었던 점(법제처-18-0221, 2018.7.9. 참조), a의 부친 i이 실사주로 있는 E과 a의 모친인 b가 쟁점토지를 개발하는 공동사업계약서를 작성하였으나, 쟁점토지 위에 청구법인의 실사주인 a과 a의 부모가 거주하는 쟁점주택만 짓고 이들이 거주하고 있어서, 쟁점토지는 당초부터 a과 그 부모가 거주하기 위한 주택을 건설할 목적으로 취득한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지를 업무무관자산으로 보고 법인세 등을 부과하고 소득금액변동통지를 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.