쟁점임대주택이 종부세 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부 등

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 1981.6.24. 설립되어 운동용품 제조 및 주택 임대업 등을 영위하는 법인으로 2017.9.8. 서울특별시 강서구 OOO(지하1층〜지상7층, 근린생활시설 및 다세대주택)을 신축하여 2～3층은 본사 사무실로 직접 사용하고, 4～6층(다세대주택 6채, 401호․402호․501호․502호․601호․602호, 이하 “쟁점임대주택”이라 한다)에 대해서는 임대사업에 사용하고 있다.
• 나. 청구법인은 쟁점임대주택에 대하여 2017.8.31. 민간임대주택에 관한 특별법(이하 “민간임대주택법”이라 한다) 제5조 등에 따라 서울특별시 강서구청장에게 의무임대기간이 4년인 임대사업자[단기임대, 다세대주택(건설)]로 신청‧등록을 하였고, 2018.9.28. 종합부동산세법 제8조 및 같은 법 시행령 제3조에 따라 처분청에 임대주택 합산배제 신고서를 제출하였다.
• 다. 2020.8.18. 민간임대주택법이 개정(법률 제17482호)되어 단기민간임대주택과 아파트 장기일반민간매입임대주택 유형이 폐지됨에 따라 서울특별시 강서구청장은 청구법인의 쟁점임대주택(6채)에 관한 임대사업자등록을 2021.9.24.〜2022.1.25. 기간 동안 순차적으로 자동말소하였는데, 이후 청구법인은 2022년〜2023년 기간 동안에는 임대사업자 (재)등록을 하지 않았다가, 2024.9.30. 쟁점임대주택에 대하여 장기일반민간임대주택(10년)으로 임대사업자 등록을 하였다.
• 라. 처분청은 2024년 11월경 민간임대주택법 개정에 따른 등록말소 임대주택의 종합부동산세 합산배제 사후관리 점검을 한 결과, 쟁점임대주택이 2022년〜2023년 귀속 종합부동산세 과세기준일 현재 합산배제 임대주택에 해당하지 아니하는 것으로 보아, 쟁점임대주택을 종합부동산세 주택분 과세대상 물건에 포함하고 종합부동산세법 제9조 제2항 에 따른 세율(2022년 귀속분 6%, 2023년 귀속분 5%)을 적용하여, 2025.1.8. 청구법인에게 2022년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원, 2023년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세 합계 OOO원을 각 경정·고지하였다.
• 마. 청구법인은 이에 불복하여 2025.3.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인에 대한 2022년⁓2023년 귀속 종합부동산세 산출 시 쟁점임대주택을 합산배제 임대주택으로 보아야 한다. (가) 청구법인의 쟁점임대주택은 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제1호 에 따른 민간건설임대주택에 대한 합산배제 주택요건을 충족하므로 합산배제가 적용되어야 한다.

1. 민간건설임대주택에 대한 임대주택 합산배제 규정은 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제1호 단서에서 민간임대주택법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자등록과 사업자등록을 한 주택으로 한정한다고 규정하고 있다. 국세청 서면해석(서면-2023-부동산-2171)에 따르면, 민간매입임대주택도 2018.3.31. 이전에 민간임대주택법에 따른 임대사업자등록과 소득세법에 따른 주택임대업 사업자등록을 모두 마친 경우 임대의무기간이 경과하였는지 여부와 관계없이 합산배제 임대주택에 해당한다고 하였다.

2. 청구법인은 2018.3.31. 이전인 2017.8.31. 민간임대주택법 제5조 에 따른 임대주택 사업자등록을 하였을 뿐만 아니라 2018.3.31. 이전인 1981.6.24.에 처분청에 사업자등록을 함으로써 종합부동산세법 제3조 제1항 제1호 단서의 요건을 충족하였다.

3. 그러나, 처분청은 청구법인이 민간임대주택법 제6조 제5항 의 규정에 의하여 2021.12.31. 임대주택 등록이 말소되어 과세기준일인 2022.6.1. 및 2023.6.1. 현재 민간임대주택법 제2조 제7호 의 임대사업자[“임대사업자”란 공공주택 특별법 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택 사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대를 하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다]에 해당한다고 볼 수 없어 쟁점임대주택은 같은 법 제2조 제2호의 민간건설임대주택에 해당하지 아니하므로 합산배제 임대주택에 해당하지 않는다는 의견이다.

4. 처분청의 의견대로 청구법인의 임대사업자등록 말소 이후에는 쟁점임대주택에 합산배제를 적용할 수 없는 것이라면, 청구법인에게 2022년과 2023년 종합부동산세 부과 시 합산배제를 적용하지 아니하여야 했으나, 처분청은 쟁점임대주택에 대해 해당 과세기간 동안 2년 연속하여 합산배제를 적용하여 청구법인에게 종합부동산세를 부과하였다.

5. 청구법인은 2022년 합산배제 신청기한 내인 2022.9.22. 합산배제를 추가 신청하였고, 더욱이 국세청 서면해석(서면5팀-1245 등 다수)에 따르면, 합산배제 요건을 충족한 경우 임대사업자가 합산배제 임대주택을 종합부동산세 신고기한이 경과한 이후에 합산배제를 신청하더라도 합산배제 임대주택 규정을 적용한다고 하였다. 따라서 청구법인은 2022년에 기한 내 제출한 임대주택 합산배제신청이 계속 유효하게 적용되는 것으로 믿었다.

6. 그러므로 처분청이 2024년에 내부점검 결과로 발견한 쟁점임대주택에 대한 합산배제 적용 오류를 이유로 청구법인에게 다시 과세하는 것은 신의성실의 원칙에 반하는 처분이다. (나) 청구법인은 민간임대주택법 제6조 제6항 에 따른 간주 임대사업자로서 합산배제 요건을 충족하였다. 1) 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 에서 합산배제 임대주택은 민간임대주택법에 따른 임대사업자로서 세법에 따라 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하고 있는 주택으로 규정하고 있다.

2. 처분청은 민간임대주택법 개정으로 단기민간임대주택 제도가 폐지되어 같은 법 제6조 제5항에 따라 청구법인의 단기민간임대 사업자등록이 2021.12.31.자로 자동말소되었고, 청구법인이 2024.9.30. 장기임대사업자로 등록하여 2022〜2023년은 민간임대주택법상 임대사업자가 아니므로 쟁점임대주택의 합산배제 요건을 충족하지 못하였다는 의견이나, 2020.8.18. 민간임대주택법의 개정 시 제6조 제6항에 따르면, 제5항에 따라 등록이 말소된 경우에는 임대차계약의 기간이 끝날 때까지 임차인에 대한 관계에서 같은 법에 따른 임대사업자로 보고 있다. 민간임대주택법에서 “임대사업자”란 공공주택사업자가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 등록한 자를 말한다. 따라서 단기민간임대사업자 제도의 폐지로 인하여 임대사업자등록이 자동말소되었다고 하더라도 말소일 현재 임대차 기간이 남아있는 경우 민간임대주택법에 따른 임대사업자의 지위를 인정하는 것으로 보아야 한다.

3. 처분청은 합산배제의 요건으로 ‘민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 할 것뿐만 아니라 임대사업자 등록을 유효하게 유지할 것을 요한다’라는 과거 판시사항에 따라 청구법인에게는 합산배제가 적용되지 않는다는 의견이나, 처분청이 인용한 판시사항(부산지법 2014.10.2. 선고 2014구합20248 판결)은 민간임대주택 제도 폐지 이전에 일어난 사건이며 납세의무자가 임대인으로서 부과된 의무를 이행하지 않은 데 대한 제재로 해당 관할구청에서 납세의무자의 임대사업자등록을 취소하여 관할 처분청이 종합부동산세 합산배제를 적용하지 않은 사건이었다. 납세의무자의 임대사업자등록이 취소되었으므로 잔여 임대 기간에 대해서는 임차인 보호를 위한 간주규정을 적용하였고 합산배제를 위한 의무임대기간을 충족하지 못하게 된 납세의무자에게 세제혜택을 줄 수 없으므로 유효한 임대등록자일 것을 요건으로 판시한 사건이었다.

4. 그러나, 쟁점임대주택의 경우 청구법인의 임대사업자등록 말소는 정부 정책 변경에 따른 단기민간임대주택 제도의 폐지로 인한 것으로 청구법인이 의무임대기간 동안 임대인으로서의 의무불이행에 따른 제재로 등록말소 된 것이 아니다. 따라서, 정부 정책으로 민간임대사업자등록을 자동말소하면서 임차인 보호를 위해 임대인으로서의 의무를 말소 후 잔여임대기간 동안 그대로 이행하도록 민간임대주택법상 임대사업자로 보는 간주규정을 적용하면, 그러한 간주규정에 따른 임대사업자의 지위를 인정하여 세제상 혜택을 적용하여야 한다.

5. 임대인과 임차인이 동일하게 예견할 수 없었던 단기민간임대제도의 폐지라는 법 개정에 대하여 임대기간 종료 시까지 임차인만을 보호하고 민간임대사업자로서 의무를 충실히 이행해 온 임대인은 민간임대주택법 폐지와 무관한 판시사항을 인용하여 임대사업자 자동말소 후 즉시 합산배제 혜택에서 제외하는 것은 임대기간 동안 임대인으로서 의무를 이행하고 경제적 실질이 변동되지 않은 사항에 대해 달리 과세하는 것으로써 실질과세 원칙에 부합하지 않으며, 임대인으로 의무를 이행한 다른 민간임대사업자와 달리 과세하여 조세형평에도 어긋나는 것이라 할 수 있다.

6. 그러므로 청구법인은 등록말소 이전에 체결된 임대차계약의 효력에 따라 민간임대주택법상의 의무를 부담하고 있어 청구법인의 임대사업자 지위가 실질적으로 유지되고 있었으므로 쟁점임대주택(총 6세대)에 대하여 개별 세대별로 판단하여 2021.12.31. 자동말소일 현재 임대기간이 2022년과 2023년에 각각 종료하는 세대에 대해서는 합산배제를 적용하는 것이 타당하다.

• 가) 청구법인의 임대현황을 보면, 임대사업자 등록말소일인 2021.12.31. 현재(그러나 종합부동산세법상 임대의무기간 5년으로 보면 2022.12.31.) 임대차계약이 종료되지 아니하고 임대가 계속 진행 중인 임대주택은 첨부한 임대차계약 현황표와 같으며, 402호는 2022년과 2023년 귀속분에 대하여, 602호는 2023년 귀속분에 대하여 각각 임대사업자등록이 말소된 후, 새로운 임대차계약이 이루어졌으므로 이 법에 의한 임대주택사업자로 볼 수 없어 합산배제 임대주택으로 볼 수 없다고 보여진다.
• 나) 그러나 나머지 임대주택은 임차인을 보호하기 위하여 임대차계약이 종료되는 날까지의 기간에 대하여는 임대사업자로서의 임대주택 요건을 충족하고 있으므로 임대사업자로서 지위를 부여하여 합산배제 임대주택으로 보아야 한다. (다) 청구법인이 2024.9.27. 쟁점임대주택에 대하여 장기민간임대사업자로 변경 등록함에 따라 합산배제 요건인 10년의 의무임대기간은 쟁점임대주택의 최초 사용승인일인 2017.9.15.부터 기산되므로 2022〜2023년에는 모두 합산배제 임대주택에 해당한다.

1. 국세청 유권해석(서면-2023-부동산-2263, 2024.6.26.)에 따르면, 쟁점임대주택은 민간건설임대주택 중 단기민간임대주택의 법령에 따른 폐지로 2021.12.31. 자동 말소된 후 2024.9.27. 장기일반민간임대주택으로 재등록되어 다음의 사유로 합산배제 임대주택에 해당한다.

• 가) 국세청 서면해석에 의하면 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제1호 를 적용받던 민간임대주택법(2020.8.18. 법률 제7482호로 개정되기 전의 것) 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택이 자동 말소된 후 해당 주택을 보유한 자가 그 주택을 같은 법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것) 제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택 중 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 재등록한 경우, 종전에 단기민간임대주택으로 등록되었는지와 관계없이 재등록한 이후의 장기일반민간임대주택을 기준으로 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제7호 각 목에 따른 요건을 새로이 충족하여야 한다.
• 나) 다만, 제3조 제1항 제7호 나목에 따른 임대기간은 민간건설임대주택의 경우 건축법 제22조 에 따른 사용승인을 받은 날(2017.9.15.) 또는 주택법 제49조 에 따른 사용 검사 후 사용검사필증을 받은 날부터 민간임대주택법 제43조 에 따른 임대의무기간의 종료일까지의 기간(해당 주택은 보유한 기간에 한정함) 동안은 계속 임대하는 것으로 보아 계산한다고 하는 해석에 따라, 청구법인의 경우 2021.12.31. 단기민간임대주택의 등록이 말소됨에 따라 2024.9.27. 장기 민간임대주택으로 등록하였고, 임대의무기간은 사용승인일인 2017.9.15.부 터 임대의무기간의 종료일인 10년이 되는 날에 임대의무기간이 종료되므로 2022〜2023년은 장기민간임대주택 기간에 포함되어 쟁점임대주택은 모두 합산배제 임대주택에 해당된다. (2) 처분청의 과세가 타당하다고 가정하더라도 청구법인에 대한 종합부동산세 과세표준 및 세액계산 시 일반세율이 적용되는 법인으로 보아 개인에게 적용되는 일반 누진세율을 적용해야 한다. (가) 청구법인은 민간건설임대주택을 2호 이상 보유하고 있는 임대사업자로서 민간건설임대주택을 보유하고 있으므로 일반 누진세율이 적용되는 법인에 해당한다.

1. 법인이 종합부동산세법 제9조 제2항 제3호 나목의 3주택 이상을 소유한 경우 1000분의 50의 세율이 적용되나, 같은 법 시행령 제4조의4 제1항 제5호에서 정한 민간임대주택법 제2조 제2호 의 민간건설임대주택을 2호 이상 보유하고 있는 법인에 해당하는 임대사업자로서 민간건설임대주택을 보유한 경우 개인과 동일하게 일반 누진세율을 적용하고 있다.

2. 청구법인의 쟁점임대주택은 2016.12.22. 착공 후 2017.8.31. 관할 구청에 임대사업자등록 후 총 6세대를 임대하고 있는 민간건설임대법인에 해당하므로 일반 누진세율이 적용되어야 한다. (나) 개정된 민간임대주택법에 따라 향후 단기민간임대주택 제도가 부활하고 같은 법 부칙의 종전 단기민간임대주택에 대한 특례규정에 따라 쟁점임대주택은 최초 등록 당시의 임대주택으로 그 지위를 회복하는 것이 가능해졌으므로 일반 누진세율이 적용되어야 한다.

1. 2024.12.3. 민간임대주택법 개정으로 같은 법 제2조 제6호의2에 따라 단기민간임대주택 제도를 도입하면서 같은 법 부칙 제4조 특례에 따라 이미 등록한 단기민간임대주택의 의무개시일을 종전의 규정(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부 개정 법률에 따라 개정되기 전을 말한다)에 따른 등록 당시의 기준을 적용하도록 하였다. 이 같은 개정사항은 단기민간임대사업자 폐지 이후에도 실질적으로 임대사업을 운영하는 단기민간임대사업자를 보호하는 조치이다.

2. 처분청은 청구법인의 임대사업자등록이 2022〜2023년 종합부동산세 과세기준일 현재 말소된 상태이므로 민간임대주택법에서 정의하는 임대사업자로 볼 수 없어 일반 누진세율 적용 대상에 해당하지 않는다는 의견이나, 향후 쟁점임대주택은 개정된 민간임대주택법의 부칙에 의해 종전규정에 따라 2017.8.31.자로 최초로 등록한 때부터 단기민간임대주택의 지위를 유지할 수 있게 되었다. 즉, 이미 민간임대주택법에 따라 등록한 단기민간임대주택은 종전규정에 따른 등록 당시의 기준을 따르도록 함으로써 비록 2020.8.18. 단기민간임대주택의 폐지에 따라 청구법인의 단기민간임대주택사업자 등록이 2021.12.31.자로 말소되었더라도 특례에 따라 2022〜2023년에도 쟁점임대주택은 정상적으로 등록된 임대주택에 해당하는 것으로 볼 수 있다. 따라서 2022〜2023년 귀속 종합부동산세 과세 시 일반 누진세율을 적용하는 것이 타당하다. (다) 쟁점임대주택의 종합부동산세 산출 시 각 세대별로 임대주택요건을 충족하였는지에 따라 법인의 단일세율과 개인의 일반 누진세율을 각각 적용하는 것이 타당하다. 쟁점임대주택 총 6세대 중 임대사업자등록 자동말소일(2021.12.31.) 현재 임대차계약이 종료되지 아니하고 임대가 계속 진행 중인 임대주택에 대해서는 일반 누진세율을 적용해야 한다. ① 임대가 진행 중인 세대는 개인의 일반 누진세율(2022년은 1.2%부터 6%까지 6단계의 누진세율과 2023년은 0.5%부터 5%까지 7단계의 누진세율)을 적용하여 산출세액을 계산하고, ② 임대가 종료되어 그 후에 임대를 개시한 세대는 3주택 이상 단일세율(2022년은 6%, 2023년은 5%)을 적용한 후 임대주택에 대한 재산세 상당액을 공제하여 종합부동산세 산출세액을 계산하여야 한다. (라) 법인이 일반 누진세율을 적용받기 위해서 일반 누진세율 적용신고서와 임대사업자등록증 사본을 제출해야 하는 규정은 강제사항이 아닌 훈시규정에 해당하므로 일반세율 적용신청서를 제출하지 아니하더라도 처분청 직권으로 사실관계를 확인하여 종합부동산세를 결정할 수 있다.

• 나. 처분청 의견 (1) 쟁점임대주택은 종합부동산세법 시행령 제3조 에 따른 합산배제 임대주택에 해당하지 아니한다. (가) 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항에 따르면, 합산배제 임대주택의 요건으로 민간임대주택법 제2조 제7호 및 제5조에 따라 관할 지방자치단체에 임대사업자등록을 한 자로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 주택으로 규정하고 있는바, 종합부동산세법 시행령 제3조 가 적용되기 위해서는 임대주택법에 따른 임대사업자 등록을 할 것뿐만 아니라 임대사업자 등록을 유효하게 유지하고 있을 것을 요건으로 한다. 그러나 청구법인은 2021.12.31. 관할 지방자치단체인 서울특별시 강서구청장으로부터 “임대의무기간 만료 폐지유형 등록임대주택 자동말소 알림” 통지서를 수령한 후, 2022〜2023년에는 주택임대사업자 재등록을 하지 않았고, 2024.9.30. 장기일반민간임대주택(10년)으로 재등록하였으므로 쟁점임대주택은 과세기준일인 2022.6.1. 및 2023.6.1. 현재 종합부동산세 과세표준에서 합산배제되는 임대주택 요건을 충족하지 못하였다. (나) 청구법인은 이 건 처분이 신의성실의 원칙에 반하는 처분이라고 주장하나, 과세대상 누락이나 위법 또는 착오 등으로 인하여 과소부과된 세액이 있다고 하더라도 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 처분청은 이를 경정 또는 재경정할 수 있고, 과세를 하지 않겠다는 처분청의 공적 견해 표명이 있었다거나 이에 대한 납세자의 신뢰를 저버리고 과세처분이 이루어졌다는 등의 사정이 존재하지 않으며, 청구법인이 2022〜2023년 귀속 종합부동산세 부과 전에 장기민간주택임대사업자로 사업자등록을 재등록하지 못한 것을 처분청의 귀책사유로 보기도 어려우므로 이 건 부과처분이 신의성실의 원칙에 위배되는 위법․부당한 처분이라고 할 수 없다. (다) 청구법인은 민간임대주택법 제6조 제6항 에 따라 등록이 말소된 경우 그 임대사업자를 이미 체결된 임대차계약이 끝날 때까지 임대사업자로 본다고 규정하고 있으므로 쟁점임대주택은 합산배제 임대주택에 해당한다고 주장하나, 민간임대주택법 제6조 제6항 의 입법 취지 등에 비추어 볼 때, 임차인의 주거안정을 위해 임대사업자가 남은 임대차계약상 임차기간 동안 민간임대주택법상 의무를 준수하라는 취지에서 규정된 것이지 종합부동산세법상 합산배제 요건에 적용되는 임대사업자를 규정한다고 보기 어려우며, 쟁점임대주택은 과세기준일 현재 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록이 말소되었으므로 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 에 따른 합산배제 임대주택에 해당한다고 할 수 없다. (라) 청구법인은 임대사업자등록이 말소되었다 하더라도 실질적으로 계속 임대 중일 경우 합산배제 임대주택에 해당한다고 주장하나, 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하기 위해서는 과세기준일 현재 소득세법 또는 법인세법 상의 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유한 주택이어야 하는 것인바, 청구법인은 서울특별시 강서구청장에 의해 임대사업자 등록이 말소된 경우이므로 비록 청구법인이 실질적으로 쟁점임대주택을 계속하여 임대하고 있다고 하더라도 위의 법령에 따른 합산배제 임대주택에 해당한다고 할 수 없다. (마) 청구법인은 2024.9.30. 장기민간임대사업자로 재등록하였으므로 국세청 유권해석에 따라 임대의무기간이 2017.9.15.부터 10년이 되는 날 종료되어 쟁점임대주택은 2022⁓2023년 과세기준일 현재 장기민간임대주택에 해당한다고 주장하나, 해당 해석례 등은 재등록한 이후의 장기일반민간주택을 기준으로 임대기간 산정에 관한 해석이며, 임대사업자 재등록 시 소급하여 재등록 전 기간에 대하여 합산배제를 적용할 수 있다고 보기 어렵고, 조세법률주의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장하고자 유추하는 것은 허용되지 아니하며 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정인 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는 점(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결 외 다수, 같은 뜻임) 등을 고려하면, 청구법인의 쟁점임대주택을 2022년⁓2023년 귀속 종합부동산세 주택분 과세대상 물건으로 보아 종합부동산세 등을 부과한 이 건 처분은 정당하다. (2) 청구법인은 종합부동산세법 제9조 제2항 및 같은 법 시행령 제4조의3 제1항 제5호에 따른 일반 누진세율 적용 대상에 해당하지 아니한다. 종합부동산세법 제9조 제2항 에 따라 법인은 원칙적으로 단일세율(3주택 이상 2022년 6%, 2023년 5%) 적용대상이고, 예외적으로 같은 법 시행령 제4조의3 제1항 제5호에 따라 민간임대주택법 제2조 제2호 의 민간건설임대주택을 2호 이상 보유하고 있는 임대사업자인 경우 일정 요건을 충족하면 종합부동산세법 제9조 제2항 에도 불구하고 일반 누진세율을 적용하여 주택분 종합부동산세를 계산하도록 규정하는 것으로 처분청이 쟁점임대주택에 대하여 2022년 귀속 종합부동산세에 대하여 6%의 세율을 적용하고, 2023년 귀속 종합부동산세에 5%의 세율을 적용하여 부과한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

① 쟁점임대주택이 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부

② 청구법인이 종합부동산세 일반 누진세율 적용대상에 해당하는지 여부

• 나. 관련 법령 (1) 종합부동산세법(2021.9.14. 법률 제18449호로 개정된 것) 제8조(과세표준) ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조 제2항 각 호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택 제9조(세율 및 세액) ② 납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체(공공주택특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자 등 사업의 특성을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우는 제외한다)인 경우 제1항에도 불구하고 과세표준에 다음 각 호에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액을 주택분 종합부동산세액으로 한다.

1. 2주택 이하를 소유한 경우(조정대상지역 내 2주택을 소유한 경우는 제외한다): 1천분의 30

2. 3주택 이상을 소유하거나, 조정대상지역 내 2주택을 소유한 경우: 1천분의 60 (2) 종합부동산세법 시행령(2022.2.15. 대통령령 제32425호로 개정된 것) 제3조(합산배제 임대주택) ① 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택과 공공주택 특별법 제2조 제1호 의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 "건설임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 공공주택 특별법 제49조 제4항 에 따라 임대보증금 또는 임대료(이하 이 항에서 "임대료등"이라 한다)를 증액하는 경우에는 다목 전단을 적용하지 않으며, 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 주택으로 한정한다.

4. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택

민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제4호 에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택등"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 종전의 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제6호 에 따른 단기민간임대주택으로서 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 주택은 제외한다. 제4조의3(일반 누진세율이 적용되는 법인 등) ① 법 제9조 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 경우"란 납세의무자가 다음 각 호의 법인 또는 법인으로 보는 단체인 경우를 말한다.

1. 공공주택 특별법 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자

2. 상속세 및 증여세법 제16조 제1항 에 따른 공익법인등

3. 주택법 제2조 제11호 의 주택조합

4. 도시 및 주거환경정비법 제24조 부터 제28조까지 및 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법 제17조 부터 제19조까지의 규정에 따른 사업시행자

5. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 의 민간건설임대주택을 2호 이상 보유하고 있는 임대사업자로서 해당 민간건설임대주택과 다음 각 목에서 정하는 주택만을 보유한 경우

• 가. 법 제6조 제1항에 따라 재산세 비과세 규정을 준용하는 주택 및 지방세법 제109조 에 따라 재산세 비과세 대상인 주택
• 나. 공공주택 특별법 제2조 제1호 가목에 따른 공공임대주택
• 다. 제4조 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택

(3) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

• 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택

5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6. “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

(4) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

2. “민간건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.

• 가. 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택
• 나. 주택법 제4조 에 따라 등록한 주택건설사업자가 같은 법 제15조에 따라 사업계획승인을 받아 건설한 주택 중 사용검사 때까지 분양되지 아니하여 임대하는 주택

5. “장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택(아파트를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다)을 말한다.

6. 삭제 <2020.8.18>

7. “임대사업자"란 공공주택 특별법 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 제5조(임대사업자의 등록) ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택 제6조(임대사업자 등록의 말소) ① 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 임대사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 등록의 전부 또는 일부를 말소할 수 있다. 다만, 제1호에 해당하는 경우에는 등록의 전부 또는 일부를 말소하여야 한다.

11. 제43조에도 불구하고 종전의 민간임대주택에 관한 특별법(법률 제17482호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률에 따라 개정되기 전의 것을 말한다. 이하 이 조에서 같다) 제2조 제5호의 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 또는 제2조 제6호의 단기민간임대주택에 대하여 임대사업자가 임대의무기간 내 등록 말소를 신청(신청 당시 체결된 임대차계약이 있는 경우 임차인의 동의가 있는 경우로 한정한다)하는 경우

⑤ 종전의 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다. <개정 2020.8.18.>

⑥ 제1항 각 호(제5호 중 제43조제2항에 따라 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도하는 경우는 제외한다) 및 제5항에 따라 등록이 말소된 경우에는 그 임대사업자(해당 주택을 양도한 경우에는 그 양수한 자를 말한다)를 이미 체결된 임대차계약의 기간이 끝날 때까지 임차인에 대한 관계에서 이 법에 따른 임대사업자로 본다. <개정 2020.8.18> 부칙 ＜법률 제17482호, 2020.8.18.＞ 제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제6조 제1항 제12호, 제48조 제2항 및 법률 제17452호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 제5조, 제5조의6, 제5조의7, 제6조, 제43조, 제67조의 개정규정은 2020년 12월 10일부터 시행한다. 제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조 제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다.

• 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인이 제출한 종합부동산세 결정결의서 등 심리자료를 보면, 아래와 같은 사실이 나타난다. (가) 청구법인의 이 건 종합부동산세 과세물건(쟁점임대주택) 현황은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점임대주택 현황 ㅇㅇㅇ (나) 청구법인의 쟁점임대주택에 대한 임대사업자 등록, 자동말소 및 재등록 현황은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점임대주택의 임대사업자등록 및 자동말소 이력 ㅇㅇㅇ (다) 청구법인이 제출한 쟁점임대주택의 임대차 계약현황은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점임대주택 임대차 계약현황 (2021⁓2023년) ㅇㅇㅇ (1) 종합부동산세법 시행령 제3조 에서 종합부동산세 합산배제 임대주택은 ‘ 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 과세기준일 현재 임대하거나 소유하고 있는 주택’으로 규정하고 있는데, 2020.8.18. 민간임대주택법(법률 제17482호)의 개정으로 단기민간임대주택과 주택시장 과열요인이 될 수 있는 아파트 장기일반민간매입임대주택 유형을 폐지하는 한편, 민간임대주택의 임대의무기간을 종전 8년 이상에서 10년 이상으로 연장하였다. (2) 위 법령 개정으로 장기일반민간임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택 및 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소되는데, 청구법인의 쟁점임대주택(6채)에 대한 임대사업자 등록은 2021.9.24.⁓2022.1.25. 기간에 말소되었다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점임대주택에 대한 이 건 종합부동산세 등 부과처분이 부당하다고 주장하나, 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항을 보면, 종합부동산세 합산배제가 적용되는 임대주택은 민간임대주택법 제2조 제7호 및 제5조에 따라 주택임대사업 영위를 목적으로 관할 지방자치단체체장에게 임대사업자등록을 한 자로서 과세기준일 현재 법인세법 제111조 등에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 임대하고 있는 주택이어야 하는데, 여기서 ‘임대업사업자등록을 한 자’는 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록뿐만 아니라 그 등록을 유효하게 유지하고 있을 것까지를 포함한다고 할 것인 점, 청구법인은 2017.8.31. 서울특별시 강서구청장에게 쟁점임대주택을 민간임대주택법 제5조 등에 따라 의무임대기간이 4년인 임대사업자[단기임대, 다세대주택(건설)]로 신청‧등록을 하였으나, 동 임대사업자 등록은 2021.9.24.⁓2022.1.25. 기간에 말소된 것으로 나타나는 점, 민간임대주택법 및 종합부동산세법의 부칙 등에서 민간임대주택에 대한 임대사업자 등록의 자동말소에 따른 구제에 대하여 별도의 경과규정을 두고 있지 않는 이상 쟁점임대주택은 종합부동산세 합산배제 대상에서 제외된다 할 것인 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점임대주택을 종합부동산세 합산배제대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 청구법인에게 종합부동산세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점임대주택에 대하여 종합부동산세가 부과된다고 하더라도 그 세율 적용은 종합부동산세법 시행령 제4조의4 에 따라 일반 누진세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 해당 법령에서 일반 누진세율이 적용되는 법인 등은 민간건설임대주택을 2호 이상 보유하고 있는 임대사업자로서 해당 민간건설임대주택과 재산세가 비과세되는 주택 등만을 보유한 경우에 적용되는 것으로서 청구법인의 경우 앞서 살펴본 바와 같이 쟁점임대주택에 대하여 2022⁓2023년 과세기간에 임대사업자의 지위에 있었다고 보기는 어려우므로 위와 같은 청구주장도 받아들이기는 어렵다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.