쟁점거래처는 인적‧물적 기반이 없는 것으로 보이는 등 쟁점거래는 가공거래로 보이고, 청구법인은 쟁점주식을 취득한 사업연도에 그 취득가액 전액을 손상처리하여 가치가 없는 것으로 장부에 계상하는 등 쟁점주식가액은 시가보다 고평가된 가액으로 보이므로 합리적인 경제인 사이에서 거래되는 시가로 보기 어려움
쟁점거래처는 인적‧물적 기반이 없는 것으로 보이는 등 쟁점거래는 가공거래로 보이고, 청구법인은 쟁점주식을 취득한 사업연도에 그 취득가액 전액을 손상처리하여 가치가 없는 것으로 장부에 계상하는 등 쟁점주식가액은 시가보다 고평가된 가액으로 보이므로 합리적인 경제인 사이에서 거래되는 시가로 보기 어려움
[주 문] [이 유] 1.처분개요
(1) 청구법인은 2019.1.4. 주식회사 A(이하 “A”이라 한다)에 컨설팅용역비 OOO원을 계좌로 지급하고, A으로부터 공급가액 OOO원(부가가치세 OOO원)의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 하고, 쟁점세금계산서와 관련된 거래를 “쟁점거래1”이라 한다)를 교부받았다.
(2) 청구법인은 2019.1.4. 특수관계인인 B으로부터 주식회사 C(이하 “C”라 한다)이 발행한 주식 20만주(지분율 89.4%, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO원(1주당 OOO원, 이하 “쟁점주식가액”이라 한다)에 취득(청구법인이 쟁점주식을 취득한 이 거래를 이하 “쟁점거래2”라 한다)하였다.
(3) 청구법인은 2020.2.27. 특수관계인이 아닌 주식회사 D(이하 “D”라 한다)에게 쟁점주식 중 47,394주를 1주당 OOO원(총 OOO원, 이하 “쟁점주식가액”이라 한다)에 양도(청구법인이 쟁점주식 중 47,394주를 D에 양도한 이 거래를 이하 “쟁점거래3”이라 한다)하였다.
(1) 쟁점거래1과 관련하여, ① 청구법인이 A으로부터 컨설팅용역을 제공받은 사실이 없음에도 쟁점세금계산서를 수취하였으므로 2019년 제1기 부가가치세 및 2019사업연도 법인세를 경정하고, ② a 및 b이 2018년 12월 실시된 청구법인의 유상증자에 참여하여 청구법인 발행주식을 취득하면서 주금으로 납입한 금액은 쟁점거래1의 컨설팅용역비로 A에 지급된 후 제3자를 거쳐 마지막으로 다시 a 및 b에게 지급되었으므로, a 및 b에게 최종 귀속된 쟁점세금계산서에 따른 금액을 a 및 b의 기타소득으로 소득처분한 후 이에 대한 2020년 귀속 종합소득세(원천징수분)를 경정할 것
(2) 쟁점거래2와 관련하여, 청구법인이 특수관계인인 B으로부터 쟁점주식을 시가보다 고가에 취득하였으므로, 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인)를 적용하여 시가와 쟁점주식가액의 차액(OOO원)을 익금불산입(△유보)하면서 동 금액을 손금불산입(기타사외유출)하여 2019사업연도 법인세를 경정할 것
(3) 쟁점거래3과 관련하여, 쟁점주식에 대하여 2019사업연도에 익금불산입한 금액 중 D에 양도한 주식에 상당하는 금액에 대하여 △유보를 추인(익금산입․손금불산입)하여 2020사업연도 법인세를 경정하고, 쟁점거래3에 따른 증권거래세 신고를 하지 않았으므로 2020년 1월 증권거래세를 결정할 것
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점거래1과 관련하여 청구법인은 A으로부터 바이오사업관련 컨설팅용역을 제공받고 쟁점세금계산서를 수취하였으며, a 및 b에게 용역비를 지급하여 거래를 위장한 사실이 없으므로 이 부분에 대한 이 건 처분은 위법․부당하다. (가) 청구법인은 2019.1.3. A과 컨설팅용역계약을 체결하고 다음날(2019.1.4.) 부가가치세를 포함한 용역비(OOO원)를 지급하였고, A은 2010.3.2. 설립된 실체가 있는 정상법인으로 쟁점거래1을 허위거래로 볼 아무런 근거가 없으며, 이는 쟁점거래1이 이루어졌던 당시 청구법인의 대표이사인 c(현재 퇴직) 등이 일관된 진술로 인정하고 있는 사실이다. (나) 청구법인은 위와 같이 쟁점거래1이 허위거래가 아니어서, 쟁점세금계산서가 사실과 다른 것이라는 인식조차 하지 않았는데, 처분청은 A이 청구법인으로부터 용역비를 지급받은 후 이를 a와 b에게 바로 지급하였고, a와 b이 2018.12.27. 각 OOO원씩 청구법인의 유상증자에 참여한 사실과 A이 a와 b에게 용역비를 그대로 지급한 후 소득세를 원천징수하여 신고․납부하지 않은 점을 이유로 쟁점거래1을 허위거래로 판단한 것으로 보인다. 그러나 청구법인은 쟁점거래1 당시 사업다각화를 위해 신성장동력이 될 사업분야로 진출을 고민하던 중으로, 전문가의 조력이 필수적인 상황에서 A으로부터 OOO의 명망 높은 기관으로부터 거액의 투자를 받은 신약개발회사를 소개받았고, 아래 <표1>과 같이 이 회사의 보유기술의 가치가 최소 OOO원에서 최대 OOO원에 이르러 A에 컨설팅용역비를 지급한 것으로, 용역을 수행한 후 6년이 경과한 시점에서 구체적인 컨설팅보고자료를 보관하고 있지 않다는 이유로 조사청이 쟁점거래1을 허위거래라고 단정하는 것은 통상 사업소개나 컨설팅이 구두로 이루어지는 경우가 많은 현실에 비추어 잘못된 판단이라고 할 것이다. <표1> 신약개발회사 보유기술 가치평가 내역
○○○ (다) 한편 청구법인은 A과 용역계약을 체결하고 용역비를 A에 지급하였을 뿐이어서, A이 그 대금을 a와 b에게 지급한 사실을 알 수도 없고, 설령 알았더라도 이에 관여할 수도 없었으므로 이에 대하여 소득세를 원천징수하여야 하는 의무도 없다고 할 것이다. 그리고 청구법인은 용역비를 A에 지급하는 것과 a와 b에게 용역비를 지급하고 소득세를 원천징수하여 납부하는 것에 아무런 차이가 없어서, a 및 b에게 용역비를 지급한 거래를 A과의 거래로 위장할 아무런 이유도 없음에도 불구하고, A과 계약을 허위로 보고 쟁점거래1을 부인하기 위해서는 청구법인이 A이나 a 등과 통모하여 거래를 하였다는 점을 처분청이 입증하였어야 함에도 단순한 정황만으로 처분청은 쟁점거래1의 실체를 부인한 잘못을 하였다. (라) 설령 A이 정상적인 사업자로 판단되지 않더라도 실제 거래가 이루어진 이상 쟁점세금계산서를 섣불리 사실과 다른 세금계산서로 판단할 수 없는 것이다. 법원 도 재산을 저가에 양수도하여 증여세가 부과된 사안에서 그 거래행위를 부인하려면, “구 상속세 및 증여세법 제35조 제2항 에 따른 과세처분이 적법하기 위해서는 양수자가 특수관계인이 아닌 자로부터 시가보다 현저히 낮은 가액으로 재산을 양수하였다는 점뿐만 아니라 거래의 관행상 정당한 사유가 없다는 점도 과세관청이 증명하여야 한다(대법원 2011.12.22. 선고 2011두22075 판결 참조)”고 판시하여, 사적 자치에 따라 이루어진 개별 당사자의 거래행위를 부인하려면 단지 비정상적인 정황만이 아니라 거래의 관행상 정당한 사유가 없다는 점에 대하여 과세관청이 증명하여야 한다고 하고 있다.
(2) 쟁점주식가액은 경제적 합리성에 따라 결정된 가액으로 쟁점거래2는 부당행위계산의 부인대상이 아니다. (가) 법인세법 제52조 는 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산하도록 규정하는 한편, 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 기준으로 하도록 규정하고 있다. 특수관계인이 아닌 D에 청구법인이 쟁점주식을 양도할 때에도 쟁점주식가액(1주당 OOO원)으로 거래를 한 사실을 보면, 쟁점주식가액(1주당 OOO원)은 쟁점거래1에서의 정상거래가액에 해당하는 것이므로 쟁점거래1에 부당행위계산의 부인 규정을 적용한 것은 잘못된 것이다. 부당행위계산의 부인 제도의 취지는 특수관계인과의 거래에서 그 행위 또는 계산이 사실에 합치되고 법률상 적법ㆍ유효하더라도, 그 행위가 경제적 합리성을 무시했다고 인정되는 비정상적인 것으로서 조세법적 측면에서 부당하다고 보일 때, 과세권자가 법인의 행위 또는 계산을 부인하고 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었다고 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피를 방지하려는 것에 있다(대법원 2006.1.10. 선고 2006두125 판결 참조). 즉, 부당행위계산의 부인 제도는 특수관계인과 거래에 있어서 경제인의 입장에서, 부자연스럽고 불합리한 행위나 계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시했다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이므로, 경제적 합리성이 있다면 부당행위계산의 부인대상이 되지 않는 것이다. 그리고 경제적 합리성의 유무는 해당 거래행위의 대가관계만을 따로 떼어내어 단순히 특수관계인이 아닌 자와의 거래에서는 통상적이지 않다고 하여 바로 이에 해당되는 것이 아니라, 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려해 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하되, 특수관계인이 아닌 자들 간의 거래가격, 거래당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 1996.7.26. 선고 95누8751 판결 참조). 이 건의 경우, 특수관계인이 아닌 D와 쟁점주식가액으로 거래하였고, 그 당시 사업다각화를 위해 유망한 신약개발회사의 특허권과 관련된 주식을 매입하기 위하여 외부 평가전문기관의 평가를 통하여 진행된 거래여서 쟁점거래2는 경제적 합리성을 결여한 비정상거래에 해당되지 않는다고 판단하는 것이 보다 합리적이다. 부당행위계산의 부인이란 특수관계에 있는 자와의 거래에서 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 따라 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것으로 경제적 합리성의 유무는 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 하므로 쟁점거래2가 이에 해당하는지를 살펴보아야 한다. (나) 쟁점거래2가 부당행위계산의 부인이 적용되지 않는 경제적 합리성이 있는 거래에 해당하는지 여부를 살펴보면 다음과 같다.
1. 청구법인은 텔레마케팅 대행서비스, 콜센터 운영 컨설팅 등을 주요 사업으로 영위하여, 미래의 신성장동력으로서 역할을 할 사업으로의 진출을 고민한 결과, 바이오사업이 신성장동력이 될 것이라는 판단하에 C가 발행한 쟁점주식을 매수하였으므로, 청구법인의 사업다각화를 위해 쟁점주식 매수는 필수적인 것이다.
2. OOO의 유망 신약개발회사인 E, 이하 “E”라 한다)는 OOO대학 생명공학 연구캠퍼스에서 창업하여, 전세계적으로 활발히 연구․개발되고 있는 OOO치료제 개발과 신약물질 발굴을 주된 사업으로 하고 있는 회사이다. 특히, E는 2018년 유럽연합에서 성장가능성이 크고 유망한 생명공학 회사에 수여하는 OOO를 수상하여 OOO원의 연구비를 지원받았고, 2020년 OOO 기반 신약 개발회사에 선정되는 등 세계적으로 그 기술력을 인정받은 회사로서, 2022년에도 10여개 이상의 신약개발을 진행하고 있으며, 개발 중인 신약물질(OOO, 이하 “평가대상기술”이라 한다)의 전용실시권의 50%를 보유하고 있다.
3. E가 보유하고 있는 평가대상기술의 가치에 대하여 청구법인은 쟁점거래2에 대한 의사결정을 하기 전부터 앞의 <표1>과 같이 공신력이 있는 국내외 평기기관으로부터 수차례 평가를 받았고, 이러한 가치평가 결과 청구법인과 E는 각각 국내 회계법인에서 산정한 가치평가액을 근거로 쟁점주식의 가치를 OOO원으로 결정하여 거래하게 된 것이다.
4. 청구법인은 바이오사업 운영 및 연구를 공동진행으로 하기 위하여 D와 쟁점주식 중 47,394주를 OOO원에 양도하는 계약을 맺고 이를 양도하였는데, 청구법인과 D는 쟁점주식 양수도계약을 하면서 쟁점거래2와 동일한 방법으로 각각 회계법인에 아래 <표2>와 같이 가치평가를 의뢰하여 거래가액을 결정하였다. <표2> 쟁점거래3 당시 가치평가내역
○○○ 위와 같이 가치평가 결과에 따라 쟁점주식을 쟁점거래2와 동일한 가격인 1주당 OOO원에 양도하였으며, 아무런 이해관계나 특수관계가 없는 D와 거래에서도 쟁점주식가액으로 거래하였는바, 쟁점주식가액은 시가를 적정하게 반영한 가치라는 것을 알 수 있다.
5. 시가가 불분명한 경우에만 상속세 및 증여세법(이하 “상증세법”이라 한다)에 따른 보충적 평가방법을 적용해야 한다. 비상장주식도 객관적 교환가치가 적정하게 반영된 정상적인 거래사례가 있는 경우 그 거래가격을 시가로 보아야 하고, 상증세법 시행령 제54조에 따른 비상장주식 평가방법은 보충적 평가방법에 불과하므로 이 방법으로 평가한 가액이 비상장주식의 가액에 해당한다고 볼 수 없고(대법원 2006.1.13. 선고 2004두183 판결 참조), 특수관계인과의 거래라고 하여도 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 가격으로 거래된 경우가 아니라면 이를 시가로 인정하는 것이 타당하다(국심 2007구3071, 2008.11.7. 참조). 쟁점거래2의 경우 객관적 교환가치를 평가한 회계법인의 평가내역이 있고, 쟁점거래2를 한 날부터 1년 이내에 특수관계인이 아닌 D와 같은 가격으로 거래하였으므로, 쟁점주식가액은 시가로 볼 수 있는 가액으로 보충적 평가방법을 적용해야 하는 사안이 아니다. 만약, 보충적 평가방법을 적용하여 쟁점주식을 평가하면 1주당 OOO원으로 평가되어 C 발행주식의 총가치는 OOO원에 불과하고, 이 경우 청구법인과 D 모두 OOO원에 불과한 주식을 OOO원과 OOO원에 취득한 것이 되어 보충적 평가방법을 적용하는 것이 오히려 경제적 합리성을 무시하는 결과를 초래한다.
6. 한국채택국제회계기준(K-IFRS) 제1113호(공정가치 측정) 문단24에 따르면, 자산의 매입가격은 직접 관측할 수도 있지만 다른 가치평가기법을 사용하여 추정할 수 있다고 정하고 있고, 한국채택국제회계기준 제1028호 문단10은 관계기업에 대한 투자를 최초 인식 시 원가로 인식하도록 정하고 있으므로, 비상장주식에 대하여 직접적인 거래가격이 없는 경우 합리적인 방법으로 시가를 추정할 수 있고, 이러한 회계처리방법은 증권선물위원회 등 회계감독당국에서도 허용하고 있으며 실무적으로도 타당한 방법으로 인정받고 있다. 청구법인은 위 회계처리기준에 따라 쟁점주식에 대하여 F 및 G으로부터 쟁점주식의 총 거래가액(OOO원)이 중요성 관점에서 부적정하다고 판단 할 만한 근거가 발견되지 않았다는 의견을 받았는바, 청구법인이 쟁점주식의 취득원가로 쟁점주식가액을 산정한 것은 회계처리기준에 따른 정당한 회계처리이다. 한편, 현재도 성장가능성이 높은 비상장주식의 매매거래는 계속되고 있는데, 이러한 비상장주식의 거래에 적용되는 취득가액을 보충적 평가방법으로 평가하면, 모든 비상장주식 거래에 대하여 거래와 관련한 투자의사를 결정한 이사회가 배임행위를 저지른 결과를 초래할 수 있다는 점도 감안되어야 한다. 법인세법 제43조 는 자산‧부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정‧타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 법인세법이나 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고 그 기업회계기준 또는 관행에 따르도록 규정하고 있고, 외부감사인인 H은 2019.3.18. 2018년 재무제표에 대하여 적정의견의 감사보고서를 제출하였는데, 이 감사의견은 회계감독기관의 조사나 사법당국의 수사 등으로 인하여 부인된 적이 없었으므로 이를 존중하여 과세처분을 해야 한다.
(3) 처분청의 답변에 대한 청구법인의 항변은 다음과 같다. (가) 처분청은 A을 실체가 없는 페이퍼컴퍼니라는 의견이나, A은 2010.3.2. 상법에 따라 설립되어 대표이사 및 사내이사가 등록된 정상법인으로, 세법상 그 법인격이 부인된 사실이 없어 A과 청구법인의 거래는 실체가 있는 거래이다. 한편, 처분청은 A이 컨설팅용역의 결과보고서 등을 제시하지 못하였음을 이유로 거래의 실체를 부정하였으나, 이러한 거래에서 당사자간 합의로 그 최종결과보고서의 제출이 생략될 수 있고 대금의 지급도 합의에 따라 언제든지 할 수 있는 것이며, 컨설팅 용역의 특성상 결과물이 없는 경우도 많아 이를 이유로 쟁점거래1의 실체를 부인할 수는 없는 것이다. 그리고, 검찰의 진술조서는 형사상 유무죄를 가리는 일부 증거에 불과하여 형사공판에서 모든 진술조서를 증거로 채택하는 것도 아니고, 최종 판결도 선고되지 않은 상태에서 진술조서를 근거로 과세하는 것은 타당하지 않으므로, 검찰에서의 진술을 근거로 이 건 과세처분이 정당하다는 처분청의 의견은 잘못된 것이다. (나) 처분청은 쟁점거래2의 경우 특수관계인들 사이의 경제적 합리성이 결여된 거래로 그 가액은 시가로 볼 수 없다는 의견이나, 청구법인은 D와 쟁점거래3에서도 쟁점거래2와 마찬가지로 쟁점주식가액으로 거래하였고 사업다각화를 위해 외부전문기관의 평가를 거쳐 신약개발회사의 주식을 취득하였으므로 쟁점거래2를 경제적 합리성이 없는 거래라고 보기 어려울 뿐만 아니라, 청구법인의 입장에서 쟁점주식의 취득은 유망한 신성장동력을 얻기위한 불가피한 선택이었으므로 쟁점주식가액은 정당한 시가에 해당한다. (다) 한편, 처분청은 B이 쟁점주식 양도대금의 대부분을 청구법인의 유상증자에 주금으로 납입하거나 청구법인에게 대여하여 반환하였다는 의견이나, B이 쟁점주식 양도대금을 어떻게 사용하였는지는 쟁점거래2에서 주식을 취득한 것과 관계 없고, 두 법인은 서로 다른 법인격을 갖는 법인으로 쟁점거래2에서 B이 독립적 의사결정을 하였으므로 그 대금이 다시 청구법인에게 투자되었다고 하여 쟁점거래2가 허위라고 볼 수 없다. 그리고, 처분청은 관리종목 지정을 회피하기 위하여 청구법인이 쟁점거래2를 통해 쟁점주식을 고가에 취득하였다는 의견이나, 이는 관리종목 지정을 회피하기 위한 다양한 노력을 하지 말라는 것과 같아 쟁점법인의 경영자들에게는 허용될 수 없는 의견이다. (라) 처분청은 외부기관이 평가한 가액은 쟁점주식의 객관적 교환가치를 반영한 것이 아니라는 의견이나, 모든 비상장주식의 거래는 외부평가를 통해 이루어지고 있고 이러한 거래에 대하여 감독당국(증권선물위원회)도 객관성을 갖췄다고 보아 용인하고 있다. 한편, 처분청은 D와의 쟁점거래3도 세법상 그 매매사례가액으로 인정될 수 없다는 의견이나, 청구법인은 독립된 제3자인 D가 외부기관의 감정을 통해 적정가액으로 판단한 금액으로 쟁점거래3을 하였고, 현재도 비장상주식을 취득가액이나 액면가액으로 거래하는 경우가 일반적인 점, 필요한 경우에만 외부평가를 거치는 거래 및 회계관행이 존재하는 점, 시가가 불분명한 경우에 한하여 감정가액이나 보충적 평가방법을 적용하도록 하는 법인세법 규정 등을 고려하면 쟁점거래3의 거래가액은 정당한 시가에 해당한다. (마) 처분청은 쟁점주식의 ‘공정가치’가 OOO원에 수렴하는 것으로 표기하였음에도 청구법인이 쟁점거래3의 거래가액을 ‘공정가치’에 따라 산정하였다고 하는 것은 모순된 주장이라는 의견이나, 이는 쟁점거래3이 2020년 2월에 이루어졌고, 2019년 감사보고서는 2020.3.23.에 작성되었다는 사실을 처분청이 간과한 의견이고, 감사보고서는 취득 이후에 손상금액이 확인된 경제적 사실관계를 반영한 것임에도 처분청이 사후에 확인되는 결과에 근거하여 취득가액의 공정성을 판단하고 있는 것이어서, 처분청은 회계적으로 인정된 거래 관행을 어떤 근거에서 부인하는지 밝혀야 할 것이다. (바) 처분청은 쟁점거래3의 거래가액은 현금흐름할인법으로 산정하여 세법이 인정하는 시가가 아니라는 의견이나, 법인세법 제43조 에 따라 기업회계기준과 관행은 법인소득의 계산에도 적용되므로, 회계기준에 따른 시가가 법인세법상의 시가에 우선하므로 현금흐름할인법을 적용한 회계처리 결과에 따라 쟁점주식의 가액을 산정한 것은 정당하다. (사) 처분청은 검찰의 수사자료를 근거로 이 건 과세처분이 정당하다는 의견이나, 형사상 증거가 반드시 과세근거가 된다고 볼 수 없고, 검찰 수사에서 관련자들이 형사처벌을 면하기 위해 사실과 다르게 진술하였을 가능성도 있음에도, 이를 배제하고 과세를 위해 수사자료를 활용하는 것은 잘못된 것이다.
- 나. 처분청 의견
(1) 쟁점세금계산서는 용역거래를 가장하여 실제 용역을 제공받지 않고 수수한 사실과 다른 세금계산서이다. (가)국세청 전산자료에 따르면, A은 2017.8.22. 사업자등록하여 개업한 후 쟁점세금계산서에 따른 매출을 빼면 ‘경영컨설팅’ 명목으로 발생한 매출이 없고 쟁점거래1에 따른 매출이 발생한 2019년을 기준으로 ‘경영컨설팅’ 업무를 수행할 수 있는 직원 신고 내역 또한 전무하다. (나) a와 b은 2018.12.27. 청구법인의 유상증자에 참여하여 각 OOO원씩을 주금으로 납입한 후 71,814주를 취득하였고, 2019.1.4. 청구법인은 OOO원(부가가치세 포함)을 A으로 송금하자, A은 쟁점세금계산서를 발행하였으며, 청구법인은 쟁점거래1의 내역에 대하여 거래전표에 ‘컨설팅 용역비용 지급(지급수수료)’으로 처리하였다. (다) 청구법인이 2019.1.4. A으로 송금한 OOO원은 L 계좌를 거쳐 주식회사 I(이하 “I”이라 한다)의 계좌로 입금된 후, 최종적으로 a와 b의 계좌로 돌아온 것으로 나타나다. 2022년 4월경 검찰에서 작성된 진술조서에 따르면, a는 위 계좌 흐름과 관련하여, ‘에이전트 수수료’ 명목으로 C에서 지급 받아야 할 대금 OOO원을 청구법인의 발행주식으로 받는 것으로 협의한 후, 대금을 받기 전 주금으로 납입해야 하는 OOO원은 d으로부터 차입하여 납입한 후 청구법인이 이를 다시 a에게 지급하는 방향으로 진행하되, OOO원을 돌려줄 때, 청구법인 대표이사 c이 a의 개인명의로 직접 받는 것보다 A에 이체하여 수취할 것을 제안하여 쟁점거래1이 이루어졌다고 진술하였다. 한편, b도 검찰에서 위 계좌흐름에 대해 ‘에이전트수수료’ 명목으로 C에서 지급받아야 할 대금을 청구법인 발행주식으로 받는 것으로 협의하였다고 a와 동일하게 진술하였고, 당시 청구법인 대표이사였던 c 역시 검찰에서 a의 진술이 사실이라고 시인하였다. (라) 따라서 청구법인은 b과 a가 유상증자로 납입한 금액을 되돌려주기 위해 쟁점거래1을 하였므로, 쟁점세금계산서는 용역제공 없이 발행된 사실과 다른 세금계산서라는 것이 상당한 정도로 증명되어, 이에 반하는 주장을 입증할 책임은 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 청구법인에게 있다. (마)청구법인은 A과 a․b 사이의 계약과 거래내역을 알 수 없었고, 조사청이 쟁점세금계산서 사실과 다른 것임을 입증하지 못하였으므로 쟁점세금계산서는 정상거래에 따른 정상 세금계산서라고 주장하나, 청구법인의 등기상 사내이사 및 대표이사인 c의 지위를 감안할 때 c은 A과 a․b 사이의 거래 등 쟁점거래1의 전반을 진행하는 위치에 있는 것으로 보여 충분히 청구법인의 대금흐름 및 계약내용 등에 대하여 알 수 있었던 것으로 보이고, c이 검찰에서 쟁점거래1에 대하여 “기본적으로 저희측에서 자금을 구해다가 b과 a에게 지급하고, 그 돈을 다시 청구법인 자금으로 변제하는 구조로 진행한 것을 알고 있다”고 진술한바 있으며, a도 검찰에서 ‘c 대표가 개인으로 이체하는 것보다는 법인으로 이체할 것을 제안해서 제 지인 회사로 진행하였다’고 진술한 사실도 확인되므로, 청구법인이 a․b에게 유상증자 대금을 반환하기 위하여 고의로 통정하여 가공거래를 진행한 사실이 입증되었다고 보는 것이 타당하다. (바) 과세관청이 특정거래가 가공거래임을 상당한 정도로 증명하고 있으면, 이후부터는 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자에게 입증책임이 있으므로(대법원 2009.8.20. 선고 2007두1439 판결 외 다수 참조), 위와 같이 조사청은 상당한 정도로 청구법인이 실제 용역의 거래 없이 쟁점세금계산서를 수수한 사실을 입증하였는바, 청구법인은 A으로부터 제공받은 컨설팅용역의 결과나 중간보고서 등 구체적인 증빙을 제시하여 실제 거래가 있었음을 입증하여야 함에도 현재까지 이에 대한 자료를 제출한 바 없다.
(2) 청구법인은 특수관계인인 B으로부터 쟁점주식을 고가에 취득하였으므로 쟁점거래2는 경제적 합리성이 없는 거래로 법인세법 제54조 에 따른 부당행위계산의 부인이 적용되는 거래에 해당한다. (가)쟁점거래2는 청구법인의 주가조작 및 관리종목 지정 회피, 청구법인에 대한 지배력 강화 등을 목적으로 하여 당시 청구법인의 사주 e 등의 주도 하에 쟁점주식을 고가에 취득한 것으로 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 특수관계인들 사이의 거래에 해당한다.
1. 청구법인은 쟁점거래2는 회사의 신성장동력을 갖추기 위해 유망한 신약개발회사인 C에 투자한 것으로, 이 과정에서 외부기관을 통해 쟁점주식의 가치를 객관적으로 평가하여 거래금액을 결정하였으므로 쟁점거래2는 경제적 합리성을 갖추었다고 주장한다. 2) 경제적 합리성의 유무는 ‘거래당시’를 기준으로 판단하되(대법원 1989.6.13. 선고 88누5273 판결 참조), 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단해야 한다(대법원 2017.1.25. 선고 2016두50686 판결 참조). 3)검찰의 공소장에서 밝히고 있듯이 청구법인은 바이오사업에 진출할 의사나 능력도 없었던 상황에서, 청구법인 발행주식의 주가를 부양하여 관리종목 지정을 회피하려는 목적으로 고가로 쟁점주식을 취득하였다. 청구법인은 쟁점주식을 취득한 사실 외에 E에 직접 투자하거나 바이오사업 관련 조직설립, 연구시설투자 등 바이오사업을 진행하기 위한 어떠한 행위도 하지 않았던 한편, B은 쟁점주식을 양도하고 수취한 양도대금 OOO원을 2018.12.27. 청구법인의 유상증자에 주금으로 납입(OOO원)하거나 다른 법인(J, K)을 거쳐 청구법인에 우회대여(OOO원)하는 등 청구법인에 대한 사주(e)의 지배력을 강화하는데 사용하였다.
4. 한편, 청구법인은 쟁점주식을 취득한 2019년 감사보고서에 쟁점주식 장부가액 OOO원을 손상차손으로 인식하였는데, 이는 청구법인이 취득단계부터 쟁점주식의 가치가 쟁점주식가액에 미치지 못하고 있음을 인지하고 있었다는 증거이다. 5)이상과 같이 쟁점주식 취득거래는 청구법인의 주가조작 및 관리종목 지정 회피, 청구법인에 대한 지배력 강화 등을 위하여 e 등 전(前)경영진의 주도로 가치없는 쟁점주식을 고가에 취득한 것이므로 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 거래에 해당한다. (나)청구법인이 제시한 외부기관의 평가액은 쟁점주식의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하지 못하므로 세법상 시가로 볼 수 없다. 1)청구법인은 국내외 4개 평가기관을 통해 E가 보유한 평가대상기술의 가치를 적정하게 평가하였다고 주장한다. 2)시가로 인정되려면 그 거래가 일반적이고 정상적이어야 하고 그 기준시점의 구체적인 상황에 따라 평가된 객관적인 교환가치를 적정하게 반영한 것이어야 하며, 자산의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하지 못한 경우에는 비록 제3자 사이의 거래가격이라도 시가로 볼 수 없다(대법원 2008.7.24. 선고 2008두3197판결, 대법원 2005.6.23. 선고 2005두3066 판결 참조) 3)4개의 평가기관 중에서 G만 쟁점주식의 가치를 평가하였는데, G의 평가보고서에는 C가 이 사건 신약물질의 권리 50%를 평가기준일 현재 보유하고 있다는 가정 하에 주식가치를 계산하였으나, ① C는 이 사건 투자계약을 조건부 계약으로 인식하고 있었는데 쟁점거래1의 계약일에 C가 지급한 투자금은 약정금액의 10%(OOO유로)에 불과하여 C가 신약물질의 권리를 온전히 보유하고 있었다고 볼 수 없고, ② 약정기한까지 투자금 납부를 못하여 2020.7.31. C와 E 사이에 신약물질 권리를 20%로 변경하는 합의서가 작성된 점을 볼 때 신약물질 권리에 대한 지분은 2019.1.4. 쟁점주식의 취득 후 상당한 기간이 경과한 2020.7.31.에 확정된 것으로 보이며, ③ 쟁점거래1 계약 이후 C 또는 청구법인이 부담해야 할 약정투자금 90%(OOO유로)에 대한 고려 없이 평가한 주식가치는 근본적으로 미지급된 약정투자금액 만큼 주식가치를 과다하게 산정할 수밖에 없는 점을 볼 때, G의 평가금액은 쟁점주식의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 없다. (다) 청구법인이특수관계인이 아닌 D와의 쟁점주식 중 일부를 양도한 쟁점거래3의 거래금액은 쟁점주식에 대한 매매사례가액이 될 수 없다. 1)청구법인은 쟁점거래3의 주식거래금액이 쟁점거래2에서 쟁점주식의 매매사례가액에 해당하므로 상증세법상 보충적 평가방법에 우선하여 이를 쟁점주식의 시가로 적용해야 한다고 주장한다. 2) 법인세법 시행령 제88조 제2항 은 그 행위 당시를 기준으로 부당행위계산의 부인 규정을 적용할지에 대하여 판단하도록 규정하고 있으며, ‘그 행위 당시’란 주요 거래조건을 확정하고 거래당사자 간 구속력 있는 합의가 있는 매매계약일을 의미하므로, 부당행위계산의 부인 대상의 기준이 되는 시가도 부당행위계산의 부인을 적용할지 여부에 대한 판단시기와 동일해야 한다.
3. 따라서 쟁점거래2의 계약일(2018.12.26.)로부터 약 1년 2개월 경과한 2020.2.27. D와 체결한 주식양도계약에 따른 쟁점거래3의 거래가액은 부당행위계산의 부인을 적용할 ‘그 행위 당시’의 가격에 해당하지 않으므로 ‘시가’로 볼 수 없다.
4. 한편, 부당행위계산의 부인 규정에서 시가란 불특정다수인과의 계속적 거래 또는 제3자 사이의 일반적인 거래가격을 의미하고, 매매사례가액이 시가로 인정되려면 당해 거래가 일반적이고 정상적인 방법으로 이루어져 거래 당시의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 수 있는 사정이 인정되어야 한다(대법원 2008.12.24. 선고, 2008두16445 판결, 대법원 2012.4.26.선고 2010두26988 판결 참조). D와의 쟁점거래3은 청구법인 사주 e 등이 2019년 청구법인의 회계감사에 대하여 회계감사인의 의견거절을 막는 한편, D의 주가조작에 제공한 자금을 회수하기 위하여 주식거래의 외관을 갖춘 것이므로 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 제3자 사이의 일반적인 거래가격이 될 수 없다. (라) 현금흐름할인법에 따른 평가는 세법에서 허용하는 시가에 해당하지 않고, 상증세법에 따른 보충적 평가방법으로 계산한 조사청 평가액이 쟁점주식의 시가에 해당한다. 1)청구법인은 G 등 4개 평가기관의 평가대상기술에 대한 가치평가를 근거로 쟁점주식의 취득가액을 결정하였으므로 쟁점주식가액(OOO원)은 적정가액이라고 주장한다. 2) 법인세법 시행령 제89조 는 비상장주식에 대해서는 특수관계인이 아닌 자들 사이의 정상적인 거래가액을 시가로 하되, 그 시가가 불분명한 경우에는 상증세법상 보충적 평가액을 시가로 사용하도록 규정하고 있는 한편, 상증세법 시행령 제54조 제6항은 평가심의위원회 심의를 거쳐 현금흐름할인법에 의한 평가액이 시가에 해당하는지에 대하여 심의를 요청할 수 있지만, 이는 상증세법 상의 보충적 평가방법에 따른 주식평가액의 100분의 70에서 100분의 130까지 범위안의 가액인 경우에 한하여 적용한다고 규정하고 있다. 3)G의 평가대상기술에 대한 평가액은 현금흐름할인법을 적용한 것으로, 쟁점주식에 대한 상증세법상 보충적 평가액의 130%를 초과하는 금액으로서 평가심의위원회 심의를 통해 시가로 인정될 수 있는 범위에 포함되지 않는 금액이고, F 등 3개 외부기관의 평가액은 쟁점주식이 아닌 E가 개발 중인 신약물질을 평가대상으로 하고 있어 쟁점주식에 대한 시가로 볼 수 없다.
(3) 청구법인의 항변에 대한 처분청의 추가답변은 다음과 같다. (가) 청구법인은 A은 실체가 있는 법인이라고 주장하나, 2019.1.3. 작성된 쟁점거래1에 대한 계약서에는 용역수행기간을 2019.12.31.까지로 하고 그 기간 완료와 동시에 최종보고서를 제출한다고 되어 있음에도 최종보고서를 제출한 사실이 없었고, 용역의 진행과 무관하게 쟁점거래1에 대한 용역계약을 체결한 다음날(2019.1.4.) 쟁점세금계산서를 발행하고 용역대금이 입금된 것은 매우 이례적이어서 이는 쟁점거래1에 대한 계약이 사실상 자금을 유용하기 위해 형식적으로 체결한 것에 불과함을 나타낸다. (나) 청구법인은 위와 같이 쟁점거래1이 자금을 유용하기 위한 형식적 거래에 불과한 점이 입증되어도, 자신의 주장을 입증할 어떠한 증거도 제출하지 않았고, 조사청의 세무조사 당시 청구법인의 대표이사인 f은 쟁점거래1과 관련하여 A으로부터 어떠한 용역도 받지 못했다는 확인서를 제출하였다. (다) 청구법인은 사업다각화를 위해 쟁점주식을 취득하였으므로 쟁점거래2는 경제적 합리성을 갖춘 거래라고 주장하나, 경제적 합리성 판단의 고려요소인 거래 당시의 특수한 사정으로는 당해 거래가 당사자 간의 합리적 경제의사에 따라 자발적으로 행하여진 것인지, 정부의 정책지침이나 행정지도 또는 관계회사의 압력, 거래처와의 관계 등에 의해 타율적으로 행하여진 것인지 여부, 당해 거래가 당해 거래 자체로서 직접 달성하고자 하는 경제적 목적 외에 다른 외부적 목적을 가지고 있는지 여부 등을 고려하여야 하는데(대법원 2010.10.28. 선고 2008두15541 판결 참조), B은 주식 양도대금 OOO원 중에서 대부분을 수령 즉시 청구법인 유상증자에 주금납입 대금으로 사용(OOO원)하거나 청구법인에 대여금 형태로 입금(OOO원)하여 대부분 청구법인에 반환하였고, 청구법인이 바이오사업을 위해 투자한 금액은 아래 <표3>과 같이 2019년부터 2020년까지 E에 지급한 투자금 OOO유로 중 C에 대여한 OOO 유로가 유일하며 그 외 바이오사업 진출을 위해 어떠한 투자활동도 하지 않았다. <표3> E에 투자한 금액 (단위: 원)
○○○ 그리고당시 청구법인의 임직원이나 회계감사인의 진술에 따르면, 쟁점주식을 거래한 것은 청구법인이 관리종목에 선정되지 않기 위하여 자본금(OOO원)을 충당하려는 목적의 거래였고, 그 결과 사주 e의 청구법인 지배력만 강화되었다. (라) 청구법인은 쟁점거래2와 관련하여 4개 외부평가기관의 평가액은 쟁점주식의 객관적 교환가치라고 주장하나, 위 평가기관 평가액은 2018.12.26. 계약체결 당시 C가 신약물질 지분 50%를 확보한다는 가정에 근거한 것으로, 쟁점주식의 매매 시에는 C가 신약물질의 지분을 제대로 확보하지 못하였고 청구법인이 투자약정금의 90%를 부담할 것으로 예상되는 상황임에도, 쟁점주식 가액을 신약물질의 50%를 이미 확보하였다는 가정에 따라 평가한 것은 합리적인 경제인이 선택할 만한 객관적인 교환가치에 해당하지 않는다. (마) 청구법인은 조사청이 증거로 이용한 검찰의 공소장 및 신문조서, 진술조서 등에 대하여 그 증거력을 가지고 있지 아니하다고 주장하나, 다수 판례에서 과세관청은 검찰 수사자료 등으로 그 신고 내용에 대한 오류나 탈루 혐의가 있음이 인정되는 경우 그 내용을 바탕으로 과세할 수 있다고 하고 있으므로, 조사청이 제시한 검찰의 공소장은 ① 청구법인은 바이오산업에 정상적으로 진출할 의사나 능력이 없고 ② C의 주식가치가 부풀려진 상황을 검찰에서 인지한 내용이 있으므로 이를 근거로 과세할 수 있고, 관련자의 진술조서 등수사자료들은 모두 자유로운 의사에 반하지 않는 진실성이 충분히 인정되는 자료이므로 당연히 과세자료로 삼을 수 있다.
① 쟁점거래1 관련, 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 수수한 세금계산서에 해당되는지 여부
② 쟁점거래2에 대하여, 청구법인이 쟁점주식을 특수관계인으로부터 고가에 취득한 것으로 보고 부당행위계산의 부인규정을 적용하여 과세한 처분의 당부
(1) 쟁점거래1과 관련한 사실관계를 살펴보면 다음과 같다. (가) 청구법인은 2019.1.3. 아래 계약서의 내용과 같이 A과 컨설팅용역계약을 체결하였는데, 그 내용을 보면, 용역수행기간은 계약일부터 2019.12.31.까지로 되어 있고, 계약의 체결과 동시에 용역에 대한 보수금 OOO원을 현금으로 지급하기로 되어 있으며, 용역에 대한 원리보고서를 미제출할 경우 용역보수금을 즉시 반환해야 한다고 되어 있다. <청구법인과 A 간의 용역계약서(일부발췌)>
○○○ (나) 쟁점거래1과 관련하여 A이 청구법인에게 발급한 쟁점세금계산서는 아래와 같으며, 2019.1.4.를 작성일자로 품목을 “경영컨설팅”으로 하여 발급된 것으로 나타난다.
○○○ (다) A의 등기사항전부증명서(목적 부분 일부발췌)를 살펴보면 아래와 같다.
○○○ (라) C는 2018.8.7. b과 E와의 특허권 취득관련 계약의 중개 등의 업무에 대하여 위임계약을, a와 에이전트계약을 체결하였으며, 그 내용은 아래와 같다. <b과 위임계약서>
○○○ <C와 a의 에이전트계약서>
○○○ (마) 처분청이 제출한 자료에 따르면, A은 2017.8.1. 소 매업/인터넷전자상거래로 사업자등록을 한 법인으로, 이 건 심판청구 시 기준으로 계속사업자로 등록되어 있으나, 2019사업연도 이후 법인세 신고를 한 이력이 없고, 2019년 귀속 지급명세서 상 신고된 직원이 없으며, 신고된 근로소득 등 소득지급내역도 없는 것으로 나타난다. <표4> 2019년 귀속 A 지급명세서상 직원 및 급여 내역 (단위: 명, 원) 구분 근로소득 사업소득 기타소득 일용소득 근무이력 직원수
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• - (바) 조사청이 확인한 쟁점세금계산서 발급 전후에, 청구법인, A 및 a, b 등 관련자들 사이의 대금 및 세금계산서 흐름을 정리하면 아래와 같이, 2018.12.27. a 및 b으로부터 청구법인에게 지급된 금액(계좌흐름 ①)이 A, 주식회사 L을 거쳐 다시 b과 a(a는 L에서 I을 거쳐 입금)에게 회수되는 것으로 나타났다. <쟁점거래1 관련 자금 및 세금계산서 흐름>
○○○ (사) 2022년 4월 작성된 a의 검찰 진술조서는 아래와 같고, 이에 따르면, a는 C에서 지급받아야 할 대금은 그에 상당하는 청구법인 발행주식(OOO원 상당)으로 받았 고, 당시 청구법인의 대표이사였던 c이 개인명의로 직접 받는 것보다 A 명의로 대금을 지급받는 방안을 제안하여 청구법인의 유상증자에 참여하게 되었다고 진술한 것으로 나타난다. <a의 검찰진술조서(일부 발췌)>
○○○ (아) b은 2023년 2월 검찰에서 a의 진술과 동일하게 OOO의 E와 C의 중개 업무를 명목으로 지급 받아야 할 대금을 청구법인의 c 대표가 OOO원 상당의 청구법인 주식을 받는 것으로 제안하여 청구법인 유상증자에 참여하였다고 진술하였다.
○○○ (자) 청구법인의 전 대표이사 c은 아래와 같이, 2022년4월경 검찰에서 위 a의 진술이 대체로 맞으며, “기본적으로 저희 측에서 자금을 구해다가 b과 a에게 지급하고 그 돈을 다시 청구법인의 자금으로 변제하는 구조로 진행한 것으로 알고 있다”고 진술한 것으로 나타난다.
○○○ (차) 청구법인은 세무조사 당시 아래와 같이 쟁점세금계산서와 관련하여 용역을 받은 사실 및 관련 서류가 없음을 확인한다는 내용의 확인서를 조사청에 제출한 것으로 나타난다.
○○○ (카)전자공시 시스템의 청구법인 2019.1.9. 주요사항보고서(유상증자결정)에 따르면, 아래와 같이 a와 b은 제3자배정을 통하여 청구법인 발행주식을 각각 71,814주 취득한 것으로 나타난다.
○○○ (타) 이의신청 결정서에 따르면, C의 등기사항전부증명서에 당시 청구법인 대표이사 c과 b은 C 설립(2018.4.3.)할 때 각각 대표이사 및 사내이사로 등기되어 있는 것으로 나타난다.
(2) 쟁점거래2 및 쟁점거래3과 관련한 사실관계를 살펴보면 다음과 같다. (가) 아래 <표5>와 같이 당시 청구법인의 직원 c, g을 출자조합원으로 하여 2018.3.16. 설립된 B은 2018.4.5. 자본금 OOO원(20만주, 100%)을 출자하여 C를 설립하였고, 이후 2018.10.1. 주식회사 M이 c의 B 출자지분을 양수하면서 OOO원을 추가출자하고, 주식회사 N도 OOO원을 추가 출자하였다. <표5> B의 출자자 구성 (단위: 원, %)
○○○ (나) B이 2018.4.5. 자본금 OOO원을 출자하여 설립한 C의 국세청 전산을 통해 확인되는 법인개요를 살펴보면 아래와 같다. <C의 개요>
○○○ (다) 청구법인이 쟁점주식 가액산정 기준으로 사용하였다고 주장하는 G 등의 가치평가 내용은 위 <표1>, <표2>와 같다. (라) 조사청 제출자료에 따르면, C는 OOO의 E가 개발 중인 평가대상기술에 대해 C가 지분 50%를 보유하는 조건으로 2019.5.15.까지 5회에 걸쳐 E에게 OOO 유로를 지급하기로 하였으나, 실제 OOO 유로만 지급하여 2020.7.31. C와 E는 C의 평가대상기술에 대한 보유지분을 20%만을 갖는 내용으로 변경합의서를 작성한 것으로 나타난다. (마) 조사청이 제출한 자료에 따르면, 아래 B의 전표에서 같이 B은 청구법인으로부터 지급받은 쟁점주식 양도대금(OOO원) 중 OOO원을 2019.12.27. 청구법인의 2차 유상증자 대금납입에 OOO원을 OOO 및 K에 대한 선급금 지급 및 부채를 상환하는데 사용한 것으로 나타난다.
○○○ (바) 이의신청 결정서에 따르면, 2020년 청구법인의 사업보고서 주석 ‘9. 종속기업 및 관계기업투자’에는 청구법인은 쟁점주식(200,000주)을 취득한 연도인 2019년에 장부가액 OOO원을 전액 손상처리한 것으로 나타나고, 2020년 D 사업보고서 ‘1. 계열회사의 현황’에 따르면, D도 청구법인으로부터 쟁점거래3을 통하여 취득한 쟁점주식 중 47,394주에 대해 취득연도인 2020년에 장부가액 OOO원 중 OOO원을 손상처리 한 것으로 나타난다. (사) 이의신청 결정서에 따르면, D는 청구법인을 상대로 2021.9.17. 쟁점주식 중 47,394주의 매매대금 OOO원의 반환을 청구하는 내용증명을 발송하고, 2022.1.27. 주식매매대금 OOO원과 지연배상금 OOO원을 우선청구하는 내용의 소(서울중앙지방법원 OOO 사건)를 제기하여 심판관회의 개최통지일 기준 변론이 진행 중에 있으며, 그 내용증명 및 소송 제기 내용은 아래와 같다. <D의 내용증명(2021.9.17., 일부발췌)>
○○○ <D의 부당이득 반환 소송 제기 내용(2022.1.27., 일부발췌)>
○○○ (아) 2023.3.27. 작성된 c의 검찰진술조서 및 2023.4.6. 작성된 h의 검찰진술조서에 따르면, 아래와 같이 e은 청구법인이 관리종목에 지정되는 문제를 해결하기 위해 청구법인의 외부감사인(공인회계사 i)을 설득하여 쟁점주식의 가치를 OOO원 으로 하여 인수하는 거래를 만들었고, 이 가치를 정당화 하기 위하여 D와의 쟁점거래3을 진행하였다고 진술한 것으로 나타난다. <c의 검찰진술조서(2023.3.37., 일부발췌)>
○○○ <h의 검찰조서(2023.4.6., 일부발췌)>
○○○ (자) 서울남부지방검찰청은 e과 청구법인의 전(前)경영진들을 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 “자본시장법”이라 한다) 위반 및 배임 등의 혐의로 기소하였다(현재 재판이 진행 중임). e 등에 대한 검찰의 공소장에 따르면, e 등은 가치가 부풀려진 C 발행 쟁점주식을 자산으로 계상하여 청구법인의 재무상태가 호전되고 실제로 바이오산업에 진출하는 것처럼 만들어 주가를 부양시키고 청구법인이 관리종목으로 지정되는 것을 피하려고 한 것으로 기재되어 있다. <e 등에 대한 검찰의 자본시장법 위반 등 공소장(일부발췌)>
○○○
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 다음과 같이 살펴본다. (가) 쟁점①과 관련하여, 청구법인은 신성장 동력으로 바이오 산업에 진출하는 과정에서 A으로부터 관련된 컨설팅용역을 제공받아 쟁점세금계산서를 교부받았으므로 쟁점세금계산서는 사실과 다른 거짓 세금계산서가 아니라고 주장한다. 그러나, A은 2019사업연도 이후 법인세 과세표준 신고를 한 사실이 없고, 근로소득 지급명세서 등 원천징수 신고내역 상 근무하는 직원이 없는 것으로 나타나는 법인으로 청구법인에게 컨설팅용역을 제공할 인적‧물적 기반이 없는 것으로 보여 A이 컨설팅용역을 제공하였다고 보기 어려운 점, 청구법인의 당시 대표이사였던 c, C와 특허권 관련 위임계약을 체결한 a 및 b의 검찰진술과 관련 자금의 흐름을 살펴보면, a와 b이 청구법인의 유상증자에 참여하면서 납입한 주금(각 OOO원 씩)을 반환받는 과정에서 c의 제안에 따라 A을 중간에 끼워넣어 쟁점세금계산서를 발급하게 함으로써 관련거래의 외형을 정상적 매출거래처럼 꾸민 것으로 보이는 점 등에 비추어 쟁점세금계산서는 실물거래에 따라 주고 받은 것이라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 쟁점②와 관련하여, 청구법인은 쟁점거래2에서 쟁점주식의 거래가액은 평가대상기술에 대하여 회계법인 등 외부 전문기관으로부터 객관적으로 평가받은 가치에 따라 거래한 가액으로, 쟁점거래3에서 청구법인의 특수관계인이 아닌 D와도 동일한 가액으로 거래한 사실에 비추어 경제적 합리성이 인정되는 가액으로 부당행위계산의 부인이 적용되는 거래라고 볼 수 없다고 주장한다. ‘시가’라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 말하는 것이지만, 그와 같은 시가를 확인하기 어려울 때에는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 시가로 볼 수 있으나, 부당행위계산부인의 적용기준이 되는 시가에 관한 입증책임은 부당행위계산부인을 주장하는 과세관청에게 있으나(대법원 2005.5.12. 선고 2003두15287 판결 등 참조), 조세부과처분 취소소송의 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀진 경우에는 과세처분의 위법성을 다투는 납세의무자가 문제된 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다거나 해당사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점 등을 증명하여야 하지만, 그와 같은 경험칙이 인정되지 아니하는 경우에는 원칙으로 돌아가 과세요건사실에 관하여 과세관청이 증명하여야 하므로(대법원 2015.9.10. 선고 2015두41937 판결 참조), 처분청이 경험칙에 비추어 쟁점주식가액이 적정한 시가로 볼 수 없다고 추정되는 사실을 밝혔다면, 처분청이 추정하는 사실에 반하여 쟁점주식가액이 시가에 해당하는 특별한 사정 등이 있다는 점에 대해서는 청구법인이 입증해야 할 것이다. 쟁점주식의 가치에 대하여 G으로부터 평가를 받았으나, 평가대상기술 지분의 50%를 C가 보유하게 되었을 경우를 가정하여 평가한 가액으로서, C는 평가대상기술 지분의 대가로 당초 약정한 가액(OOO 유로) 중 일부(OOO 유로)만 지급하여 평가대상기술 지분 20%만 보유하게 되어, G의 쟁점주식 평가액이 실제보다 과다하게 평가된 것으로 보이는 점, 청구법인이 쟁점주식 가치를 평가한 외부기관의 평가라고 주장하는 나머지 기관의 평가는 평가대상기술의 가치를 평가한 것으로 보여 평가대상기술의 지분 20%만 보유한 C가 발행한 쟁점주식의 가치라고 보기에는 지나치게 고액으로 나타나는 점, 청구법인은 쟁점주식을 취득한 2019사업연도에 쟁점주식의 취득가액 OOO원을 전액 손상처리하여 쟁점주식의 가치가 없는 것으로 장부에 계상한 점 등에 비추어 보면, 쟁점주식가액은 쟁점주식의 시가보다 고평가된 가액으로 보여진다. 위와 같이 쟁점주식이 시가보다 고평가된 가액으로 보여지는 사실에 반하여 청구법인은 쟁점주식 중 일부를 청구법인의 특수관계인이 아닌 D에게 쟁점주식가액과 동일한 가액으로 양도하였으므로 쟁점주식가액은 시가에 해당한다고 주장하나, D는 쟁점주식 중 일부를 취득한 2020사업연도에 취득가액 OOO원 중 OOO원을 손상처리하여 장부상 가액을 크게 감액한 점, D는 2021.9.17. 청구법인을 상대로 쟁점주식 중 47,394주를 취득하면서 지급한 양도가액 OOO원의 반환을 청구하는 내용증명을 발송한 후, 2022.1.27. 청구법인을 상대로 주식매매대금 OOO원과 지연배상금 OOO원을 우선 청구하는 내용의 소(서울중앙지방법원 OOO 사건)를 제기한 점, 청구법인의 전 대표이사 c의 2023.3.27.자 검찰진술조서 및 청구법인의 전 재무팀장 h의 2023.4.6.자 검찰진술조서에 따르면, e은 청구법인이 관리종목에 지정되는 문제를 해결하기 위해 청구법인의 외부감사인(공인회계사 i)을 설득하여 쟁점주식의 가치를 OOO원 으로 하여 인수하는 거래를 만들었고, 이 가치를 정당화 하기 위하여 D와의 쟁점거래3을 진행하였다고 진술한 것으로 나타나는 점 등에 비추어, 청구주장과 달리 D가 쟁점주식 중 47,394주를 취득하면서 청구법인에게 지급한 가액이 정상적인 거래에서 합리적인 경제인 사이에서 이루어지는 시가라고 볼 수 없다고 보이므로, 청구법인이 특수관계인인 B으로부터 쟁점주식을 고가에 취득한 것으로 보고 부당행위계산의 부인규정을 적용하여 법인세, 종합소득세 및 증권거래세를 부과하고 소득금액변동통지를 한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과청구주장이 이유 없으므로 ｢국세기본법｣ 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과같이 결정한다. <별지1> 심판청구 대상 처분내역 1.과세처분 내역 (단위: 원)
○○○
2. 청구법인에 통지된 소득금액변동통지 내용 (단위: 원)
○○○ <별지2> 관련 법령 (1) 부가가치세법 제38조(공제하는 매입세액) ①매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다 1.사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다) 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ①제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다 2.세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.
(2) 법인세법 제52조(부당행위계산의 부인) ①납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래를 위하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도 소득금액을 계산한다
② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하여, 이하 “시가”라 한다)을 기준으로 한다
④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 제40조(손익의 귀속사업연도) ①내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연동는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다
② 제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 (3) 소득세법 제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산하라 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다 (4) 법인세법 시행령 제68조(자산의 판매손익 등의 귀속사업연도) ①법 제40조 제1항 및 제2항을 적용할 때 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각호의 날이 속하는 사업연도로 한다 3.상품 등외의 자산의 양도:그 대금을 청산한 날ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른날로 한다 제88조(부당행위계산의 유형 등) ①법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다 1.자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산을 과대상각한 경우
② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만, 제1항 제8호 가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다
③ 제1항 제1호ㆍ제3호ㆍ제6호ㆍ제7호 및 제9호는 시가와 거래가액 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다 제89조(시가의 범위 등) ①법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간의 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다
② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다
1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인 등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액. 다만, 주식등 및 가산자산은 제외한다
2. 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. (5) 상속세 및 증여세법 제60조(평가의 원칙 등) ①이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가에 따른다
② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감졍가격 등 대통령령으로 정하는 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다
③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다 제63조(유가증권 등의 평가) ①유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다 1.주식등의 평가
- 나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다 (6) 상속세 및 증여세법 시행령 제54조(비상장주식등의 평가) ①법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 “비상장주식등”이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 금액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과1의 비율로 가중평가한 금액으로 한다. 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식 등의 가액으로 한다
② 제1항이 규정에의한 1주당 순자산가치는 다음의 산식에 의하여 평가한 금액으로 한다 1주당가액 = 당해법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수(이하 “순자산가치”라 한다)
④ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제1항에도 불구하고 제2항에 따른 순자산가치에 따른다
2. 사업개시 전의 법인, 사업기시 후 3년 미만인 법인 또는 휴업ㆍ폐업 중인 법인의 주식 등
⑥ 비상장주식등을 평가할 때 납세자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 평가한 평가가액을 첨부하여 제49조의2 제1항에 따른 평가심의위원회에 비상장주식등의 평가가액 및 평가방법에 대한 심의를 신청하는 경우에는 제54조 제1항ㆍ제4항, 제55조 및 제56조에도 불구하고 평가심의위원회가 심의하여 제시하는 평가가액에 의하거나 그 위원회가 제시하는 평가방법 등을 고려하여 계산한 평가가액에 의할 수 있다. 다만, 납세자가 평가한 가액이 보충적 평가방법에 따른 주식평가액의 100분의 70에서 100분의 130까지의 범위 안의 가액인 경으로 한정한다 2.향후 기업에 유입될 것으로 예상되는 현금흐름에 일정한 할인율을 적용하여 평가하는 방법
결정 내용은 붙임과 같습니다.