쟁점건물을 과세사업에 전용하였으므로 쟁점매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

• 가. 청구인 A(이하 “청구인1”이라 한다)은 2019.7.31. 서울특별시 동작구 OOO(이하 “쟁점소재지①”이라 한다)에서 ‘B’이라는 주택임대업(면세)을 개업한 후, 건물[지하1층∼지상4층・옥탑1층, 단독(다중)주택 및 근린생활시설로서 총면적 391.26㎡이며, 이하 “쟁점건물①”이라 한다]을 신축하여 2020.2.13. 소유권보존등기하였으며, 2023.2.20. 쟁점소재지①에 ‘B’이라는 상호로 단독주택건설업(과세)을 주업으로 하고, 개업일을 2019.7.31.로 하여 사업자등록을 신청하였다. 1)
• 나. 청구인 C은 청구인1과 함께(이하 “청구인들”이라 한다) 2020.7.15. 서울특별시 동작구 OOO(이하 “쟁점소재지②”라 한다)에서 주택임대업(면세)을 개업한 후, 건물[지하1층∼지상5층・옥탑1층, 단독(다중)주택 및 제2종근린생활시설(사무소)로서 총면적 642.28㎡이고, 이하 “쟁점건물②”라 하며, 쟁점건물①과 합하여 “쟁점건물”이라 한다]을 신축하여 2021.5.18. 소유권보존등기하였으며, 2023.2.20. 쟁점소재지②에 단독주택건설업(과세)을 주업으로 하고, 개업일을 2020.7.15.로 하여 사업자등록을 신청하였다. 2)
• 다. 이후 2024.11.5. 청구인1은 쟁점건물①을 신축하면서 부담한 매입부가가치세 OOO원(이하 “쟁점매입세액①”이라 한다)을, 청구인들은 쟁점건물②를 신축하면서 부담한 매입부가가치세 OOO원(이하 “쟁점매입세액②”라 한다), 합계 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 과세전환 감가상각자산의 매입세금계산서로 하여 2023년 제1기 부가가치세 경정청구를 각각 제기하였다.
• 라. 처분청은 청구인들의 경정청구서를 검토한 결과, 부가가치세법 제43조 등에 따른 매입세액공제가 적정하지 아니한 것으로 보아 2024.12.31. 이 건 경정청구를 각각 거부하였다.
• 마. 청구인들은 이에 불복하여 2025.3.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인들 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구인들 주장

(1) 청구인들은 면세사업을 과세사업으로 전환하고, 쟁점건물을 과세사업인 단독주택건설업 3) 으로 전용하였으므로 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제되는 매입세액에 해당한다. (가) 청구인들은 ㈜D에 건축공사를 맡겨 쟁점건물을 신축하여 취득하였는데, 이때 청구인1이 부담한 건축비와 관련한 매입부가가치세는 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점건물① 관련 매입부가가치세 (단위: 원) OOO (나) 청구인들이 쟁점건물②를 신축하며 부담한 건축비와 관련한 매입부가가치세는 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점건물② 관련 매입부가가치세 (단위: 원) OOO

(2) 청구인들은 쟁점건물을 부가가치세 면세사업인 주택임대업으로 사용하다가 과세사업인 단독주택건설업에 전용하였다. (가) 청구인들은 쟁점건물을 취득하고 바로 주택임대사업을 하였고, 임대사업에 대한 종합소득세 신고를 하였다. 청구인들은 2023.2.20. 쟁점건물을 판매하는 사업을 하기 위해 처분청에 부가가치세 과세사업인 단독주택건설업의 사업자등록을 신청하였고, 처분청은 2023.2.21. 청구인1, 2023.2.23. 청구인들에게 일반과세자 사업자등록증을 발급하였다. (나) 따라서, 청구인들은 처분청이 일반과세자 사업자등록증을 교부한 날부터 부가가치세법상 과세사업자가 되었으므로 사업자등록증을 교부한 날이 쟁점건물을 과세사업에 전용한 것이 되는 것이고, 청구인들은 쟁점건물을 판매하게 되면 건물공급에 대한 부가가치세를 납부하여야 한다. 이에 따라 청구인1은 쟁점건물①을 판매하고 건물분 공급가액 OOO원, 부가가치세 OOO원으로 하여 2024년 제1기 부가가치세를 신고・납부하였다.

(3) 그 밖에 처분청의 의견에 대하여 항변하면, 다음과 같다. (가) 청구인들은 쟁점건물을 취득한 후 주택임대사업(면세)을 하였고, 주택임대소득에 대한 종합소득세 신고를 하였다. 청구인들은 2023.2.20. 쟁점건물을 판매하기 위해 단독주택건설업(과세)의 사업자등록을 신청하였고, 처분청은 청구인들에게 사업자등록증을 발급하였다. 청구인들은 2023년 2월경 서울특별시 동작구 OOO에 위치한 공인중개사에게 쟁점건물 매각을 의뢰하였다. 청구인1은 쟁점건물①을 2024년 제1기 부가가치세 과세기간 중에 판매하여 건물분 부가가치세를 신고・납부하였다. 청구인들은 쟁점건물②에서 법인사업장을 영위하고 있으며, 쟁점건물②는 쟁점건물①보다 규모가 크고 값이 비싸서 투자자들이 쉽게 투자를 하려고 하지 않아 아직 판매되지 않았다. (나) 처분청은 청구인들이 과세사업으로 전환하는 과세기간에 감가상각자산신고서를 제출하지 않았다는 의견이나, 청구인들은 처분청에 이 건 경정청구를 하면서 쟁점건물에 대한 과세전환 감가상각자산신고서를 제출하였다. 그러나, 감가상각자산신고서를 제출하였는지 여부는 과세사업 전환에 따른 매입세액공제를 받을 수 있는 요건이 아니다. 매입세액공제금액 계산 시 면세사업을 하다 과세사업으로 전환된 경우 경과한 과세기간의 수에 따라 공제금액이 달라지도록 되어 있어 감가상각의 여부가 매입세액공제를 결정하는 것도 아니다(부가가치세법 시행령 제85조 제1항 참고). 그리고 대법원은 “구 조세감면규제법(1995.12.29. 법률 제5038호로 개정되기 전의 것) 제63조 제1항 제1호 또는 제2호에 따라 그 감면요건이 충족되면 당연히 감면되고 감면신청이 있어야만 감면되는 것은 아니라고 할 것이고, 그 감면신청에 관한 규정인 같은 법 제63조 제4항은 양수인인 당해 공공사업 또는 재개발사업의 시행자로 하여금 과세표준 및 세액을 결정함에 있어 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로, 감면신청서의 제출이 없다고 하더라도 같은 법 제63조 제1항 제1호 또는 제2호 소정의 감면요건에 해당되는 경우에는 양도소득세 등을 감면하여야 한다.”고 판시(대법원 2003.5.16. 선고 OOO 판결)한 바 있다. 따라서 이 건도 감가상각자산신고서를 제출하여야만 매입세액공제가 가능한 것으로 해석할 수는 없다. (다) 처분청은 청구인들이 과세사업자등록을 한 이후에도 쟁점건물에서 주택임대소득이 발생하였으므로 청구인들이 면세사업을 과세사업으로 전환한 것으로 볼 수 없다는 의견이나, 청구인들이 과세사업자등록을 한 이후에도 쟁점건물을 판매할 때까지 주택임대차계약은 계속 유지되고 있었고, 쟁점건물을 쉽게 판매하기 위해서 주택임대차계약을 유지한 것이다. 처분청은 과세사업자인 주택건설업자가 주택을 임대하다가 판매하는 경우 해당 주택은 과세사업이 아닌 면세사업에 사용한 것이 되므로 해당 주택 취득과 관련된 매입세액은 공제할 수 없는 매입세액이라는 의견이나, 이 경우에도 과세사업인 주택건설업에 대한 매입세액에 해당하여 매출세액에서 공제된다. 따라서 이와 같은 처분청의 의견은 부가가치세법에 따른 매입세액공제 규정을 잘못 이해한 것이다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구인들은 쟁점건물을 면세사업인 주택임대업으로 사용하던 중 쟁점건물을 판매하기 위해 과세사업자등록을 신청하였고, 처분청은 2023.2.21. 및 2023.2.23. 청구인들에게 사업자등록증을 교부하였으므로, 청구인들은 사업자등록증을 교부받은 날부터 쟁점건물을 과세사업에 전용한 것이 되므로 2023년 제1기의 부가가치세 매입세액을 공제하여야 한다고 주장한다.

(2) 그러나, 부가가치세법 시행령 제85조 제5항 에 따르면 “사업자가 법 제43조에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비할 때에는 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세사업전환 감가상각자산 신고서를 작성하여 각 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.”고 규정하고 있고, 부가가치세 집행기준 43-85-2 제3호에도 “과세사업 또는 과세사업과 면세사업 등에 공동으로 사용・소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 시 ‘과세사업전환 감가상각자산신고서’에 의해 사업장 관할세무서장에게 신고할 것” 이라고 명시하고 있으나 청구인들은 2023년 제1기 부가가치세 신고 시 ‘과세사업전환 감가상각자산신고서’를 제출한 사실이 없다.

(3) 또한, 부가가치세법 제43조 는 “그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간에 매입세액을 공제할 수 있다”고 규정하고, 면세전용으로 사용 또는 소비되던 감가상각자산을 과세사업에 사용 또는 소비하게 되는 경우 과세사업에 사용 또는 소비된 날이 속하는 과세기간에 매입세액으로 공제할 수 있는바(국세청 서면OOO, 2016.8.19. 외 다수 참조), (가) 쟁점건물①은 사용승인일인 2020.2.12. 이후부터 폐업일까지 주택으로 사용하였고, 2024.3.19. 쟁점건물①을 인수한 사업자 또한 ‘주택임대’ 면세사업으로 확인되어, 2023년 제1기 부가가치세 과세기간에 쟁점건물①이 과세사업에 사용・소비되었다고 볼 수 없다. (나) 쟁점건물②는 사용승인일이 속하는 2021.5.12.부터 2025년 3월 현재까지 부가가치세 매출신고내역이 없고, 주택임대에 대한 면세수입금액 신고만이 존재하며, 과세사업자로 등록한 2023년 제1기 이후에도 부가가치세 신고서상 과세매출 없이 면세수입만 존재하는 등 실질적으로는 건물사용승인 후 현재까지 약 46개월간 계속하여 면세용역인 다중주택으로 임대하고 있다. 따라서, 청구인들은 단순히 사업자등록증상의 개업일을 소급하여 사업자등록증을 전환하였을 뿐 실질적으로는 주택임대인 면세사업을 계속하여 영위하였으므로 청구인들의 주장은 부당하다.

(4) 더욱이, 쟁점건물②의 경우 2021.5.23.부터 지하 1층에 ㈜D 4), ㈜E 5) 가 입주한 것으로 나타나나, 이들 사업장의 대표는 청구인들로 실제 입주하여 임대를 개시하였는지 여부가 불분명하고, 임대 관련한 부가가치세 신고내역이 확인되지 아니한다. 만약 실제로 이들 법인에게 임대가 이루어졌다면 청구인들은 당초부터 면세사업이 아닌 과세사업자(과・면세 겸영사업자)로 사업자등록을 하였어야 하며, 쟁점매입세액은 부가가치세법 제39조 제1항 제8호 에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액(등록 전 매입세액)에 해당하여 공제하지 아니하는 매입세액이므로, 부가가치세법 제43조 규정에 따른 면세사업 등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례를 적용할 여지가 없다.

• 가. 쟁점 쟁점건물을 과세사업에 전용하였으므로 쟁점매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부
• 나. 관련 법령: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심리자료에 의하면, 다음과 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구인들의 사업자등록 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구인들의 사업자등록 내역 OOO (나) 청구인들은 쟁점건물 신축공사와 관련하여 ㈜D로부터 아래 <표4>와 같은 세금계산서를 수취한 것으로 나타난다. <표4> 쟁점건물과 관련한 매입세금계산서 (단위: 원) OOO (다) 쟁점건물과 관련한 청구인들의 부가가치세 신고내역은 아래 <표5>와 같고, 과세사업으로 전환한 2023년 제1기 과세기간 이후부터 부가가치세 신고를 하였다. <표5> 쟁점건물 관련 부가가치세 신고내역 (단위: 원) OOO (라) 청구인들이 쟁점건물의 공제세액으로 계산한 내역은 아래 <표6>과 같고, 2023년 제1기 부가가치세에 대해 경정청구한 금액은 당초 신고 시 면세관련 하여 공제받지 못할 매입세액으로 신고한 금액을 합하여 쟁점건물①은 OOO원, 쟁점건물②는 OOO원, 합계는 OOO원이다. 6) <표6> 청구인들의 쟁점건물별 경정청구 세액 계산 내역 (단위: 원) OOO (마) 쟁점건물의 건축물대장의 주요내용은 아래 <표7>과 같고, 쟁점소재지②의 사업자등록 현황은 아래 <표8>와 같다. 쟁점건물①의 경우 2020.2.12. 사용승인되었고, 2024.3.22. 청구인에서 G 외 1인으로 소유권이전 등기되었으며, 변경된 소유자는 쟁점건물①을 주거용건물임대업(면세)으로 사업자등록한 것으로 확인된다. 쟁점건물②의 경우 2021.5.12. 사용승인되었다. <표7> 쟁점건물 일반건축물대장 주요내용 (단위: ㎡) OOO <표8> 쟁점소재지②의 사업자등록 현황 OOO (바) 청구인1은 쟁점건물①을 양도하고 신고한, 2024년 제1기 부가가치세신고서를 제출하였는데, 건물가액 계산내용 중 아래 <그림1>과 같은 설명이 있다. <그림1> 쟁점건물① 양도 시 계산내용 일부 발췌 (사) 청구인들은 쟁점건물을 매각하고자, 공인중개사 H에게 매각 의뢰를 하였고, 아래 <그림2>와 같이 H이 작성한 확인서를 증빙으로 제출하였다. <그림2> 2025년 5월 H 확인서 OOO (아) 처분청은 청구인들이 쟁점건물을 사용승인일 이후에도 계속 주택임대로 사용했음을 입증하기 위해 아래 <그림3-1>, <그림3-2>와 같이 쟁점건물의 거주이력을 제출하였다. <그림3-1> 쟁점건물①의 거주이력 OOO <그림3-2> 쟁점건물②의 거주이력 OOO

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인들은 주택임대업(면세)으로 사용하던 쟁점건물을 판매하기 위하여 과세사업자등록을 신청하였고, 처분청으로부터 사업자등록증을 교부받았으므로 과세사업자로 등록한 날에 쟁점건물이 과세사업으로 전용된 것으로 보아 부가가치세법 제43조 에 따른 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비한 것으로 보아야 한다고 주장하나, 면세전용으로 사용 또는 소비되던 감가상각자산을 과세사업에 사용 또는 소비하게 되는 경우 과세사업에 사용 또는 소비된 날이 속하는 과세기간에 매입세액으로 공제할 수 있는바, 쟁점건물①은 사용승인일부터 매각될 때까지 주택임대로 사용되었음이 거주이력, 부가가치세 신고 등으로 나타나고, 쟁점건물①을 취득한 사업자 또한 쟁점건물①을 주택임대로 사용하고 있으며, 쟁점건물②는 사용승인일부터 현재까지 부가가치세 매출신고 내역이 없고, 주택임대에 대한 면세수입금액 신고만 확인되어, 청구인들이 주장하는 2023년 제1기 부가가치세 과세기간에 쟁점건물이 과세사업에 사용 또는 소비하게 되는 경우라고 보기 어려운 점, 부가가치세법 시행령제85조 제5항에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비할 때에는 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 기획재정부령이 정하는 과세사업전환 감가상각자산 신고서를 작성하여 신고하여야 하나, 청구인들은 이 건 경정청구 시 과세사업전환 감가상각자산 신고서를 제출한 점, 쟁점건물②의 경우 일반건축물대장상 제2종근린생활시설이 존재하는 것을 볼 때 해당 세금계산서를 수취할 당시부터부가가치세법상 과・면세 겸업사업장으로 사업자등록을 하였어야 할 것으로 보이고, 그렇다면 쟁점매입세액은 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액으로 공제하지 아니하는 매입세액에 해당하여 부가가치세법 제43조 규정에 따른 면세사업 등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례를 적용할 여지가 없는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 부가가치세법 제39조 (공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

7. 면세사업 등에 관련된 매입세액(면세사업 등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조 제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다. 제43조(면세사업 등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액공제 특례) 사업자는 제39조 제1항 제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 면세사업 등을 위한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다. (2) 부가가치세법 시행령 제85조(면세사업 등을 위한 감가상각자산의 과세사업 전환 시 매입세액 공제 특례) ① 사업자가 법 제39조 제1항 제7호에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비하는 경우 법 제43조에 따라 공제되는 세액은 다음 각 호의 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 경과된 과세기간의 수에 관하여는 제66조 제2항 후단을 준용한다.

공제되는 세액 = 취득당시 해당 재화의 면세사업등과 관련하여 공제되지 아니한 세액×(1-5/100×경과된 과세기간의 수)

⑤ 사업자가 법 제43조에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 감가상각자산을 과세사업에 사용하거나 소비할 때에는 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 과세사업전환 감가상각자산 신고서를 작성하여 각 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. 1) 도로명 주소는 서울특별시 동작구 /상도로00길 /이다. 2) 도로명 주소는 서울특별시 동작구 /상도로00길 /이다. 3) 주거용 건물을 건설하여 분양(판매)하는 업종으로 직접 건설 활동을 수행하지 않더라도 건설공사에 대한 총괄적인 책임을 지면서 하도급을 주어 전체적으로 건설공사를 관리하는 경우 포함한다(국세청 기준・단순경비율 책자 참고). 4) 사업자등록상 대표자는 청구인1이다. 5) 현재는 주식회사 F로 상호가 변경되었으며, 입주당시 대표자는 청구인1이다. 6) 경정청구 거부 통지서상 /75,025,000/원으로 기재되어있으나, 당초 신고서 및 경정청구 검토서 등으로 볼 때 경정청구 금액은 /75,052,000/원으로 확인된다.