쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과한 처분의 당부

[주 문] 00세무서장이 2025.2.12. 청구법인에게 한 2024년 제1기 부가가치세 OOO원(가산세 포함)의 부과처분은 이를 취소한다. [이 유]

• 가. 청구법인은 2022.6.16. 개업하여 서울특별시 OOO을 본점 소재지로 하고 도소매업(컴퓨터 주변기기 및 의류 부자재 판매)을 영위하는 법인사업자이며, 현재는 주소지를 서울특별시 OOO로 변경하고, 계속 사업을 영위하고 있다.
• 나. OO지방국세청 조사1국(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.10.29.부터 2025.1.12.까지 청구법인에 대한 2024년 제1기 부가가치세 세목별조사(범칙조사전환일: 2024.12.9., 이하 “쟁점조사”라 한다)를 실시하여, 청구법인이 주식회사 A(이하 “쟁점매출처”라 한다)에게 실물거래 없이 2024년 제1기 공급가액 OOO원의 사실과 다른 세금계산서를 발급하고, B 주식회사(이하 “쟁점매입처1”이라 한다) 및 주식회사 C(이하 “쟁점매입처2”라 한다, 쟁점매입처1과 쟁점매입처2를 합쳐 “쟁점매입처들”이라 한다)로부터 실물거래 없이 공급가액 OOO원의 사실과 다른 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취했다고 보고 처분청에 자료통보하였으며, 조세범 처벌법 위반 혐의로 청구법인의 대표자인 D을 고발하였다.
• 다. 처분청은 2025.2.12. 청구법인에게 2024년 제1기 부가가치세 OOO원(가산세 포함)을 경정·고지하였다.
• 라. 이에 청구법인은 2025.3.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 매입처들로부터 메모리카드 등(이하 “쟁점제품”이라 한다)을 구입해 같은 날 매출처에 판매하면서 쟁점제품 1개당 평균 OOO원의 영업이익을 남겼다. 청구법인이 상대적으로 낮은 영업이익률에도 불구하고 이러한 거래방식을 선택한 주된 이유는 재무적 안정성 확보에 있다. 만약 청구법인이 물품을 직접 매입하여 즉시 판매하지 못하는 상황이 발생할 경우, 재고 보유에 따른 창고 임차료 및 관리비용이 추가로 발생하게 되며, 물품 매입 대금만큼의 자금이 재고로 묶이게 되므로 운영자금의 유동성이 심각하게 저해된다. 이러한 재무적 위험을 최소화하고 안정적인 사업 운영을 도모하기 위해 청구법인은 위와 같은 거래 방식을 불가피하게 선택하게 되었으며, 이는 단순한 조세회피 목적이 아닌 신생기업으로서의 생존과 지속가능한 경영을 위한 합리적인 경영판단에 기인한 것이었다.

(2) 청구법인과 쟁점매입처1과의 계약은 최초에는 전화 주문을 통해서 하다가, 2024.4.11. 이후부터 주로 카카오톡으로 주문하는 방식으로 바뀌었다. 구체적인 거래방법은 청구법인이 거래일 당일 또는 전일에 구매를 원하는 상품과 수량을 제시하면, 쟁점매입처1의 대표이사 E이 가격을 제시하고 청구법인이 이를 수락하면 계약이 성립되는 방식이었다.

(3) 청구법인과 주요 쟁점매출처 사이의 계약은 주로 카카오톡으로 주문하는 방식이었다. 구체적으로, 청구법인이 판매 가능한 상품과 수량, 거래단가를 F 사이트에 등록해 놓으면, 쟁점매출처의 임직원이 이를 열람한 후 구입하고 싶은 상품과 수량을 적어 카카오톡으로 주문했다. 청구법인이 쟁점매출처에게 물건을 판매할 경우, 청구법인의 대표이사 또는 직원이 직접 쟁점매출처에게 그 물건을 카트로 운반하여 배송하였다. 청구법인 사무실에 있는 PC로 F 사이트에 로그인한 이력이 다수 확인된다.

(4) 청구법인은 2024.2.1.부터 2024.3.18.까지 기간 중 청구법인의 사무실을 녹화한 CCTV 영상 중 일부를 보존하고 있는데, 2024.2.1. 영상에는 쟁점매입처1의 대표이사 E이 쟁점제품을 청구법인의 사무실에서 인도하는 모습이 촬영되었고, 2024.2.28. 영상에는 쟁점매입처2의 직원이 쟁점제품 400개를, 쟁점매입처1의 직원이 쟁점제품 600개를 청구법인에게 배송한 뒤, 청구법인의 대표이사 D이 이를 박스 4개로 합치는 모습이 촬영되었다. 이는 청구법인이 쟁점매입처1과 주고받은 카카오톡, 통화내역, 문자메세지에 기재된 메모리 수량과 일치한다.

(5) 청구법인은 쟁점매입처1로부터 쟁점제품을 매입할 때, 소형박스 위에 거래명세표를 올려두면서 시리얼넘버 스티커가 보이도록 사진 기록을 남겼다.

(6) 청구법인은 매입대금을 각 매입처들의 사업용 계좌를 통해 투명하게 이체하였고 매출대금도 청구법인의 사업용 계좌를 통해 투명하게 이체받았다. 따라서 청구법인의 사업용 계좌의 입출금 내역을 확인해 보면, 실제로 매입·매출 대금이 오고갔다는 사실을 알 수 있다.

(7) 쟁점매입처1이 불법적인 형태로 부가가치세를 체납하였다 하더라도 청구법인은 그들의 불법행위에 협력하거나 방조한 사실이 없으며, 오히려 청구법인은 그와 무관하게 실질적 거래를 하고 그에 따라 세금계산서를 수수한 것이므로 본 건 과세처분은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

(1) 세금계산서 매매흐름을 검토한바 청구인에게 메모리 등 컴퓨터 부품을 공급하였다고 세금계산서를 발급한 쟁점매입처1과 쟁점매입처2는 폭탄업체인 G로부터 컴퓨터 부품을 구매한 것으로 확인되어 청구법인이 쟁점매입처들로부터 정상적으로 물품을 매입하였다고 보기 어렵다. 또한, 거래흐름에 대하여 청구법인이 당일 오전 주문 시 당일 오후에 물품을 수령하였다고 진술한 것과 다르게 쟁점매입처들은 청구법인으로부터 주문을 받고 오픈마켓에서 물품을 매입하여 약 하루의 기간이 소요된 뒤에 청구법인에게 물품을 공급했다고 진술한바 실질적 거래가 있었다는 것을 신뢰하기 어렵다.

(2) 청구법인이 실질적 거래가 있었다는 증거로 제시한 거래 관련 문자메시지로는 주문 당시 상황이나 선주문, 선입금 등 거래내용을 유추할 수 없는 일반적인 내용들로, 가격변동이 심한 메모리 등 거래에서 일반적으로 보이는 가격협상, 거래취소 등의 내용이 확인되지 않으며, 실질거래 증거로 제시한 전화통화 내역에서 청구인의 매출처 전화번호를 확인할 수 없는바 실질적 거래가 있었는지 확인할 수 없다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서가 재화의 공급 없이 발급된 사실과 다른 세금계산서 인지 여부
• 나. 관련 법률: <별지> 기재
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 법인등기사항전부증명서에 따르면, 청구법인은 2022.6.8. 설립되어 현재 서울특별시 OOO를 본점 소재지로 하고 컴퓨터 및 주변기기 도소매업 등을 영위하는 법인사업자이며, 대표자는 D이다. (나) 청구법인은 쟁점매입처1로부터 2024.2.1.부터 2024.6.8.까지 쟁점제품을 매입하였고 총 공급가액은 OOO원이며, 쟁점세금계산서 수취 및 대금 이체 내역은 아래 <표1>과 같다. <표1> 쟁점매입처1로부터 발급된 세금계산서 및 대금지급일

○○○ (다) 청구법인은 쟁점매입처2로부터 2024.2.2.부터 2024.6.21.까지 쟁점제품을 매입하였고 총 공급가액은 OOO원이며, 쟁점세금계산서 수취 및 대금 이체 내역은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점매입처2로부터 발급된 세금계산서 및 대금지급일

○○○ (라) 청구법인은 쟁점매출처에게 2024.2.27.부터 2024.6.28.까지 쟁점제품 등을 매입하였고 총 공급가액은 OOO원이며, 쟁점세금계산서 발급 및 대금 이체 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 쟁점매출처에게 발급된 세금계산서 및 대금지급일

○○○ (마) 청구법인은 쟁점기간 중 쟁점매입처1과 제품 주문을 위해 카카오톡 대화를 주고받았고 그 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 쟁점매입처1과 나눈 쟁점제품 구매 대화(일부)

○○○ (바) 청구법인은 쟁점기간 중 쟁점매출처와 제품 주문을 위해 카카오톡 대화를 주고받았고 그 내용은 아래 <표5>와 같다. <표5> 쟁점매출처와 나눈 제품 구매 대화(일부)

○○○ (사) 청구법인이 쟁점매입처1로부터 물품을 공급받는 모습이 청구법인의 사무실 내부 CCTV를 통해 확인되며 아래 <표6>은 이를 캡쳐한 것이다. <표6> 쟁점매입처1로부터 쟁점제품을 공급받는 CCTV 화면

○○○ (아) 청구법인이 쟁점매입처2로부터 물품을 공급받는 모습이 청구법인의 사무실 내부 CCTV를 통해 확인되며 아래 <표7>은 이를 캡쳐한 것이다. <표7> 쟁점매입처2로부터 쟁점제품을 공급받는 CCTV 화면

○○○ (자) 청구법인이 제출한 F 로그인 자료에는 청구법인의 대표 D이 쟁점기간 중 수시로 F에 로그인한 것으로 나타난다. (차) 청구법인은 쟁점기간 중 F 이용요금으로 매달 OOO원을 납부하고 세금계산서를 수취한 것으로 확인된다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점세금계산서가 실물거래 없이 발급된 사실과 다른 세금계산서라는 의견이나, 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하는 것인데(대법원 2012.11.15. 선고 2010두8263 판결, 같은 뜻), 청구법인이 쟁점매입처들로부터 수취한 쟁점세금계산서상의 공급가액 및 공급일자와 일치하는 금원이 쟁점매입처에게 계좌이체된 것으로 확인되는 점, 청구법인은 쟁점매출처에게 발급한 쟁점세금계산서상에 기재된 공급가액 상당의 금액을 계좌이체 받은 것으로 확인되는 점, 청구법인이 쟁점매입처1 및 쟁점매출처와 나눈 카카오톡 대화 등에서 일부 확인되는 쟁점제품 주문 일자와 금액은 쟁점세금계산서의 공급일자 및 공급가액과 일치하는 점, 청구법인의 CCTV 화면을 통해서 청구법인이 쟁점매입처들로부터 쟁점제품을 공급받았음이 일부 확인되는 점, 청구법인의 주장대로 청구법인이 F 프로그램 사용료를 지급하고 세금계산서를 수취한 것이 확인되는 점, 과세처분에 관한 과세원인 및 과세표준금액 등 과세요건이 되는 사실에 관하여는 특별한 사정이 없는 한 과세관청에 그 입증책임이 있는데(대법원 2007.2.22. 선고 2006두6604 판결, 같은 뜻임), 처분청은 위와 같은 실물거래가 있는 것으로 볼 수 있는 사정과는 달리 쟁점세금계산서가 실물 거래 없이 사실과 다르게 발급된 세금계산서라는 사정에 대한 입증을 다하지 못하고 있는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 부가가치세법 제38조(공제하는 매입세액) ① 매출세액에서 공제하는 매입세액은 다음 각 호의 금액을 말한다.

1. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액(제52조 제4항에 따라 납부한 부가가치세액을 포함한다)

2. 사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액

② 제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.

③ 제1항 제2호에 따른 매입세액은 재화의 수입시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다. 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

4. 사업과 직접 관련이 없는 지출로서 대통령령으로 정하는 것에 대한 매입세액

5. 개별소비세법 제1조 제2항 제3호 에 따른 자동차(운수업, 자동차판매업 등 대통령령으로 정하는 업종에 직접 영업으로 사용되는 것은 제외한다)의 구입과 임차 및 유지에 관한 매입세액

6. 기업업무추진비 및 이와 유사한 비용으로서 대통령령으로 정하는 비용의 지출에 관련된 매입세액

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

② 제1항에 따라 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.