청구법인은 2021.6.28.을 임대시작일로 하여 임대사업자등록을 하였고, 2024.9.30. 주택임대업을 부업종으로 추가하여 사업자등록을 한 사실이 확인될 뿐, 2020년 및 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인은 “소득세법제168조 또는 법인세법제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자”에 해당하지 아니하여, 쟁점임대주택은 쟁점규정에 따른 합산배제 대상에 해당한다고 볼 수 없으므로, 처분청이 쟁점임대주택의 합산배제를 부인하여 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 처분청이 주택임대사업자등록 요건 미비를 사유로 쟁점임대주택이 합산배제 임대주택에 해당하지 아니한다고 본 것은 위법ㆍ부당하다. (가) 관할 지방자치단체장이 주택임대사업자등록증으로 칭하지 않고 임대사업자등록증으로 칭하고 있어, 그에 부합하게 관할 세무서에 임대사업자로 사업자등록을 신청한 사실, ‘임대’로 등재된 것이 ‘주택임대’와 비교해 볼 때 중요성의 원칙(세법적용의 원칙 중 기업회계존중의 원칙)을 해한다고 볼 수 없는 사실, ‘임대’라는 종목은 세세분류인 ‘주택임대’라는 개념도 포함하는 세분류에 해당하는 사실, 청구법인의 임대주택에 대한 각 사업연도 법인세에 대해 조세특례제한법 제97조 에 따른 장기임대주택 감면규정을 적용받아 온 사실, 국세기본법은 타 세법에 특례규정이 없는 한 우선 적용한다는 특별법적 지위에 있어 국세기본법상의 실질과세원칙은 이 부분에 대한 특례규정이 없는 종합부동산세법에 우선하여 적용되어야 하는 사실 등을 종합해 보면, 처분청이 쟁점임대주택을 합산배제 대상에서 제외한 것은 위법하다. (나) 2005년 종합부동산세법 제정 이후 주택임대사업자등록을 하지 않았다는 사유로 임대사업자등록을 한 자의 임대주택을 합산배제 임대주택에서 제외한 사례는 없고, 2021년 3월 국세청(부동산납세과)⋅행정안전부가 발간한 “주택과 세금” 112〜113쪽을 보면 주택임대사업자등록과 임대사업자등록을 혼용해서 쓰고 있어 이는 곧 국세청장의 공적인 견해표시로 볼 수 있으므로 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후 이제와서 쟁점임대주택을 합산배제 임대주택에서 제외하여 2020년 및 2021년 귀속 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 행정상의 소급과세 금지의 원칙에 반하는 것이다(OOO). (다) 우리 세법에는 사업자등록증상의 업태ㆍ종목과 실제 사업의 업태ㆍ종목이 다르거나 유사하거나 또는 사업자등록증에 없는 업태ㆍ종목을 영위하더라도 세제상 불이익이 없고, 2005년 종합부동산세법 제정 당시 제8조 제2항 제1호에서 사업자등록만을 규정하였다가 2008.1.1.부터 특별히 주택임대사업자를 명시하였는바, 이는 조리를 제한적으로 명문화한 것이어서 이런 문구는 임대주택사업자등록 시 그 구체적 기준을 제시한 것으로 보이고 세세분류가 아닌 세분류의 종목으로 사업자등록을 하는 것도 허용된다고 보아야 하므로 이런 차이를 근거로 쟁점임대주택을 합산배제 임대주택에 해당하지 아니한다고 본 것은 세법상 과잉금지의 원칙에 반한다 하겠다. (라) 처분청은 대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결을 원용하면서, ‘법문대로 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격해석’해야 한다는 의견이나, 이 판례는 양도소득세 감면에 관한 특혜규정에 대한 것으로서, 종합부동산세법 제8조 제2항 제1호 에 따른 합산배제 임대주택 요건 해석에는 인용될 수 없다. 합산배제 임대주택은 서민의 주거안정을 위한 일정율의 임대료 및 임대보증금에 대한 제한, 일정금액 이상의 임대보증금에 대한 주택금융보험가입 의무 등을 지는데 대한 반대급부로 임대주택의 합산배제로 인한 등가 혜택을 받는 것이지, 일방적 특혜를 받고있는 것이 아니다. 위 판례에 대비되는 국세기본법 제18조 제1항 을 보면 세법을 해석⋅적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 ‘엄격해석에 따라 세법조항의 의미를 명확히 할 수 없는 경우에는 과세형평과 그 조항을 둔 목적에 비추어 해석’해야 함을 알 수 있는바, 주택임대사업자등록과 임대사업자등록을 비교해 볼 때 세법조항의 의미를 명확히 알 수 없어 그 입법 취지에 비추어 합목적적으로 해석해야 할 것이다.
(2) 부가가치세법상 겸업사업자의 경우 사업자등록증에 부동산임대는 곧 주택임대도 포함된 개념이므로, 처분청이 청구법인의 사업자등록증상 주택임대업으로 등록되어 있지 않다는 이유로 쟁점임대주택을 합산배제하여 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 부당하다. (가) 청구법인은 2012.3.16. 및 2021.6.28. 임대사업자등록을 하였고, 2009.11.27. 부동산임대업을 업종에 추가하여 부가가치세법에 따른 사업자등록 정정신고를 하였으며, 주택임대 사업자등록에 관한 종합부동산세법이 2008년에 개정되기 이전에도 이미 상가, 주택 겸용 건물에 대해 부동산임대 외에 주택 부분에 대해 주택임대로 사업자등록증에 추가해야 한다는 국세청 예규가 있었는데, 조세심판원은 부동산임대로서 상가부분과 주택부분의 경우 “부가가치세법상의 사업자등록증에 부동산임대는 상가임대뿐 아니라 주택의 임대도 당연히 포함되는 것”으로 결정하였고(조심 2008서161, 2008.6.13.), 이러한 개념은 2008년 종합부동산세법 개정으로 사업자등록증상 주택 임대를 요건으로 하는 것과 무관하게 여전히 유효하다 하겠다. 조세심판원의 위 결정례는 과ㆍ면세 겸업사업자는 부가가치세법에 의거 사업자등록을 하여야 하고, 이 때 부동산임대업에 면세사업인 주택임대를 추가할 경우, 오히려 이 주택 임대부분에 대해서도 부가가치세 과세대상으로 오인할 수 있기 때문에, 부동산임대로만 사업자등록을 하는 것이 부가가치세법상 사업자등록의 합목적성에 더 부합한 것으로 판단하여 겸업사업자일 경우는 부동산임대업이면 곧 주택임대도 포함하는 것으로 본 것이라 하겠다. (나) 한편 청구법인은 사업용 고정자산 건축과정에서 공통매입세액에 대해 상가부분 면적과 주택부분 면적을 안분 계산하여 부가가치세 신고를 하여왔고, 주택부분 임대에 대해서는 서울특별시 관악구청장에게 임대사업자 등록을 하여 그 수익에 대해서는 수입금액 발생 시부터 장기간 주택 임대소득으로 법인세 감면을 적용받아 왔던 사실을 감안하면, 청구법인이 주택임대가 아닌 다른 업종을 영위하였다고 볼 근거는 없다. (다) 기획재정부의 ‘2007년 개정세법 해설(2008.7.)’에 의하면, 다른 업종의 사업자등록만으로는 합산배제 임대주택의 요건을 구비한 것으로 오인할 가능성이 있어 그 요건을 명확히 할 필요에 따라 주택임대로 사업자등록하도록 종합부동산세법 시행령을 개정하였는바, 청구법인의 경우 실질과세 측면에서 처음부터 오인의 가능성은 없었고, 청구법인과 같이 과ㆍ면세 겸업사업자는 부가가치세법에 의거 사업자등록을 하여야 하고, 이 때 청구법인과 같이 부동산임대업을 영위하는 납세자는 주택임대업도 당연히 포함되는 것으로 이해하고 있었다. (라) 처분청이 제시한 대법원 판결(2004.5.28. 선고, 2003두7392)과 관련하여, 임대주택에 대한 비과세 문제가 쟁점인 이 건의 경우 국세기본법 제14조 의 실질과세 규정과 제18조의 세법해석의 기준 및 소급과세의 금지 규정이 적용되어야 하고, 사업자등록증상 업종과 무관하게 실질적으로 주택을 임대하고 있는 청구법인에게 위 판례에 따른 엄격해석의 원칙이 적용될 사안은 아니다. 또한 임대주택 합산배제는 임차인의 주거 안정을 도모하고자 하는 취지도 있는바, 법문의 엄격해석원칙을 이에 적용할 수는 없고, 상가를 실제로는 주택으로 사용한 데 대해 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하는 것과 같이 법규정의 엄격해석보다 서민의 주거안정에 중점을 두어 실질과세원칙을 적용하는 것이 타당하다. (마) 처분청이 제시한 서울행정법원 판결(서울행정법원 2013.3.8. 선고, 2013구합32710)과 관련하여, 위 판결은 과세기준일 현재 관할 지방자치단체에 임대사업자로 등록하였을 뿐 관할세무서에 주택임대업 사업자등록을 하지 않은 경우로서 이 건과 사실관계가 달라 원용하기 어렵고, 처분청이 제시한 심판청구 결정례(조심 2021인1592, 2021.11.29.)는 주택만 임대하면서 과세 기준일 현재 주택임대업 사업자등록을 하지 않은 경우로서 이 건과 사실관계가 다르다.
(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면, 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2004.9.20. 개업하여 법률영어교육서비스업(업종코드 OOO)으로 사업자등록하였다가, 2005.6.24. 서적도소매업(업종코드 OOO)으로 주업종을 정정하였고, 2009.11.27. 부동산임대업(OOO)으로 주업종을 정정하고(부동산매매업 및 경영상담서비스업을 부업종으로 추가), 2012.2.24. 서울특별시 관악구 OOO 소재 건물[제2종근린생활시설 139.62㎡(2층), 도시형생활주택 36세대(3〜8층)]을 건설취득하여 2012.3.16. 서울특별시 관악구청에 임대사업자 등록(등록번호 2012-관악구-임대사업자-897)을 한 후 위 건물을 임대물건으로 하여 임대업(단기임대)을 영위하였고, 위 임대사업자등록은 2021.2.17. 자동말소 되었다 (나) 청구법인은 2021.6.28.을 임대시작일로 하여 서울특별시 관악구청장에게 임대사업자등록(등록번호: 2021-관악구-임대사업자-471)을 한 후 아래 <표1> 명세에 나타나는 쟁점임대주택(총 34세대)을 임대물건으로 하여 임대업(장기일반임대 10년)을 영위하였다. <표1> 쟁점임대주택 내역 ㅇㅇㅇ (다) 국세통합전산망(NTIS)에서 확인되는 쟁점임대주택에 관한 사업자등록내역에 의하면, 상호는 ㈜A, 소재지는 서울특별시 관악구 OOO, 개업일은 2021.6.28.로 확인되며, ㈜A의 주업종과 부업종 등록사항은 아래 <표2>와 같은바, 주업종은 부동산임대업이고, 2024.9.30. 부동산 주택임대업을 부업종으로 등록한 사실이 확인된다. <표2> 청구법인의 주ㆍ부업종 등록 내역 ㅇㅇㅇ (라) 청구법인은 2012.3.16.부터 부동산임대업을 영위하면서 과세매출과 공통매입세액 면세사업분을 구분하여 신고하였는바, 청구법인의 부가가치세 신고현황은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구법인의 부가가치세 신고 현황 ㅇㅇㅇ (마) 청구법인은 2021.9.28. 처분청에 쟁점임대주택 34세대에 대한 합산배제 신고서를 제출하였고, 같은 건물 중 2세대(302호, 501호)에 대해서는 ‘민간임대주택에관한특별법제2조 제2호에 따른 민간건설임대주택 2호 이상 보유하고 있는 임대사업자로서 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택’으로 법인 주택분 종합부동산세 일반세율 적용 신청서를 제출하였다.
(2) 국세청 “업종코드-한국표준산업분류 연계표”상 부동산 임대(업종코드 OOO)와 부동산 주택임대(업종코드 OOO)에 대한 내용은 아래 <표4>와 같다. <표4> 업종코드-한국표준산업분류 연계표 내역 ㅇㅇㅇ * 2009.11.27. 청구법인 주업종으로 정정 ** 2024.9.30. 청구법인 부업종으로 추가
(3) 2008년 6월 발간된 기획재정부의 “2007 간추린 개정세법 해설”[544페이지 12. 합산배제 임대주택 사업자요건 명확화(영§3①)]의 내용은 아래 <표5>와 같다. <표5> 2007 간추린 개정세법 내용 일부 발췌
○개정내용 종 전 개 정
□ 합산배제 임대주택 사업자 요건
○ 임대 주택법 제2조 제4호 의 규정에 따른 임대사업자 등록
○소득세법제168조 또는 법인세 법제111조의 규정에 따른 사업자 등록
□ 합산배제 임대주택 사업자 요건 <좌동>
○소득세법제168조 또는 법인세 법제111조의 규정에 따른 주택임 대 사업자등록
○개정이유
• 현행 합산배제 임대주택 사업자는 주택임대사업자 등록을 할 것이 요구되나, 조문상 ‘사업자등록’이라 표기되어 있어
• 다른 업종의 사업자등록만으로 합산배제임대주택의 요건을 구비한 것으로 오인할 가능성이 있어 요건을 명확히 할 필요
(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 조세법률주의원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장하거나 유추하는 것은 허용되지 아니하며 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정인 것 은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합(OOO)하는바, 2008.2.22. 개정된 종합부동산세법 시행령 제3조 에 의하면, 합산배제 임대주택의 요건으로 “과세기준일 현재 소득세법제168조 또는 법인세법제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자”라고 하여 그 형식요건을 명확히 하고 있고, 기획재정부에서 발간한 ‘2008 간추린 개정세법’상의 개정이유를 보면 “현행 합산배제 임대주택 사업자는 주택임대사업자 등록을 할 것이 요구되나, 조문상 ‘사업자등록’이라 표기되어 있어, 다른 업종의 사업자등록만으로 합산배제임대주택의 요건을 구비한 것으로 오인할 가능성이 있어 요건을 명확히 할 필요”라고 설명하고 있다. 이 건의 경우 청구법인은 2021.6.28.을 임대시작일로 하여 임대사업자등록을 하였고, 2024.9.30. 주택임대업을 부업종으로 추가하여 사업자등록을 한 사실이 확인될 뿐, 2020년 및 2021년 귀속 종합부동산세 과세기준일(6.1.) 현재 청구법인은 “소득세법제168조 또는 법인세법제111조에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자”에 해당하지 아니하여, 쟁점임대주택은 쟁점규정에 따른 합산배제 대상에 해당한다고 볼 수 없으므로, 처분청이 쟁점임대주택의 합산배제를 부인하여 종합부동산세를 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 종합부동산세법 제7조(납세의무자)
① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 제8조(과세표준)
① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액에서 6억원을 공제한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.
1. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택
③ 제2항의 규정에 따른 주택을 보유한 납세의무자는 해당 연도 9월 16일부터 9월 30일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 해당 주택의 보유현황을 신고하여야 한다. (2) 종합부동산세법 시행령(2008.2.22. 대통령령 제20625호로 일부개정된 것) 제3조(합산배제 임대주택)
① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 공공주택 특별법제4조에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법제2조 제7호에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법제168조 또는 법인세법제111조에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다. (각 호 생략) (3) 소득세법 제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여)
① 새로 사업을 시작하는 사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. (4) 소득세법 시행령(2019.2.12. 대통령령 제29523호로 일부개정된 것) 제220조(사업자등록 및 고유번호의 부여)
① 법 제168조 제1항에 따라 사업자등록을 하려는 자는 사업장마다 사업 개시일부터 20일 이내에 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 사업자등록신청서를 사업장 소재지 관할 세무서장에게 제출해야 한다.
② 법 제168조 제1항에 따라 사업자등록을 하려는 자 중 주택임대사업을 하려는 자는 제1항에 따른 사업자등록신청서를 제출할 때 기획재정부령으로 정하는 임대주택명세서를 첨부해야 한다. 이 경우 임대주택명세서에 갈음해 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제4조 제5항 에 따른 임대사업자 등록증 사본을 첨부할 수 있다.
③ 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말한다)에게 임대사업자 등록을 신청하면서 법 제168조 제1항에 따른 사업자등록을 위해 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제4조 제3항 에 따른 신청서에 제1항에 따른 사업자등록신청서를 함께 제출한 경우에는 법 제168조 제1항에 따른 사업자등록을 신청한 것으로 본다. 이 경우 부가가치세법 시행령 제11조 제5항 본문에 따른 발급기한은 사업자등록신청서가 국세정보통신망에 도달한 때부터 기산한다. (5) 법인세법 제111조(사업자등록)
① 신규로 사업을 시작하는 법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 등록하여야 한다. 이 경우 내국법인이 제109조 제1항에 따른 법인 설립신고를 하기 전에 등록하는 때에는 같은 항에 따른 주주등의 명세서를 제출하여야 한다.
② 부가가치세법에 따라 사업자등록을 한 사업자는 그 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.
(6) 민간임대주택에 관한 특별법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택〔토지를 임파하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다〕으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.
2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.
7. “임대사업자”란 공공주택 특별법제4조 제1항에 따른 공공주택사업자(이하 “공공주택사업자”라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 제5조(임대사업자의 등록)
① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장·특별자치도지사·시장·군수 또는 구청장(구청장은 자치구의 구청장을 말하며, 이하 “시장·군수·구청장”이라 한다)에게 등록을 신청할 수 있다. (7) 민간임대주택에 관한 특별법 시행령(2023.9.26, 대통령령 제33764호로 일부개정되기전의 것) 제4조(임대사업자 등록 및 변경신고 등)
③ 법 제5조 제1항에 따라 임대사업자로 등록하려는 자는 신청서에 국토교통부령으로 정하는 서류를 첨부하여 임대사업자의 주소지를 관할하는 특별자치시장, 특별자치도지사, 시장, 군수 또는 자치구청장(이하 "시장ㆍ군수ㆍ구청장"이라 한다) 또는 해당 민간임대주택의 소재지를 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제출하여야 한다.
(8) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.