조세심판원 심판청구 기타

납부지연가산세 감면의 정당한 사유

사건번호 조심-2025-서-1309 선고일 2026.03.03

2022.12.22. 국세청 예규를 근거로 하여 2022.12.22.까지 납세의무 성립시기가 도래한 부분의 인지세 납부의무를 이행하지 아니한 데에 ‘`정당한 사유’가 있음

[주 문] 00세무서장이 2024.11.25. 청구법인에게 한 2019년 9월 ~ 2023년 12월 기간분 인지세 합계 OOO원(<표1> 참조) 부과처분 중 2022.12.22.까지 납세의무 성립시기가 도래한 부분의 납부지연가산세(수입인지미첨부)를 가산하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고 나머지 청구는 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 1996.12.3. 설립된 부동산신탁업 등을 수행하는 부동산신탁회사로, 2019년부터 2023년까지 관리형 토지신탁 사업을 수행하면서 사업주체가 위탁자(부동산개발사업의 사업시행자)에서 수탁자인 청구법인으로 변경됨에 따라 위탁자(사업시행자)가 시공사 등과 체결한 공사도급 등(공사도급, 감리용역, 설계용역)에 대한 승계계약서(이하 “쟁점승계계약서”라 한다) 총 582건을 작성하였다.
  • 나. 00지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.8.8.부터 2024. 10.17.까지 청구법인에 대하여 법인세 통합 세무조사를 실시한 결과, 청구법인이 작성한 쟁점승계계약서가 인지세 과세문서에 해당하는 것으로 보아 00세무서장(이하 “처분청”이라 한다)에 과세자료를 통보하였고, 처분청은 2024.11.25. 아래 <표1>과 같이 2019년 9월~2023년 12월 기간분 인지세 합계 OOO원을 결정․고지하였다. <표1> 인지세 과세처분 내역 (단위: 건, 원)

○○○

  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점승계계약서는 인지세 과세대상이 되는 문서에 해당하지 않는다. (가) 쟁점승계계약서는 건설산업기본법제22조에 따라 작성하는 도급문서가 아니다. 1) 인지세법 제3조 제1항 제3호, 같은 법 제2조의3은 열거규정으로 도급 또는 위임에 관한 증서라고 하여 이를 모두 인지세 과세대상으로 규정하지 않고, 시행령에 열거된 도급문서 및 수임계약서만 인지세 과세대상이며, 공사도급계약 등 승계계약서는 건설산업기본법 제22조 에 따라 작성하는 도급문서에 해당하지 않는다. 2) 건설산업기본법 제22조 에 따라 작성하는 도급문서는 건설공사에 관한 도급계약을 체결함에 따라 작성하는 문서이나, 승계계약은 계약당사자 간의 지위를 이전하는 계약으로, 공사도급계약 등 승계계약은 기체결한 공사ㆍ설계ㆍ감리도급계약상 도급인의 지위를 신탁사로 승계하는 것을 목적으로 하므로 공사도급계약 등 승계계약서는 공사도급 자체를 규율하는 문서가 아니며, 기존 계약당사자를 승계ㆍ변경함에 따라 작성하는 문서라는 점에서, ‘ 건설산업기본법 제22조 에 따라 작성하는 도급문서’와는 본질적으로 다른 성격을 가진다. (나) 신탁재산의 관리ㆍ처분ㆍ운용ㆍ개발로 인해 발생하는 손익과 신탁재산에 대한 권리ㆍ의무는 위탁자 혹은 수익자에게 귀속되는데 반해, 수탁자(신탁사)에게 귀속되는 재산은 신탁계약에서 정한 신탁보수에 국한된다. 1) 신탁법 제2조 의 의하면 신탁이란 신탁을 설정하는 자(위탁자)가 신탁을 인수하는 자(수탁자)에게 특정의 재산을 이전하는 등 처분을 하여 수탁자로 하여금 그 재산의 관리, 처분, 운용, 개발 등 신탁목적의 달성을 위하여 필요한 행위를 하게 하는 법률관계를 말하며, 신탁법제101조 제1항에 의하면 신탁계약에 따라 수탁자는 신탁재산에 대한 권리·의무의 귀속주체이자 계약당사자로서 지위를 가지지만, 신탁계약이 종료된 후 신탁재산은 수익자에게 귀속되므로, 신탁계약의 종료 후 신탁재산이 수익자에게 귀속된다는 것은 신탁재산의 관리ㆍ처분ㆍ운용ㆍ개발로 인해 발생하는 손익과 신탁재산에 대한 권리ㆍ의무가 수익자에게 귀속됨을 의미한다. 2) 국세기본법 제14조 는 과세의 대상이 되는 소득, 재산, 거래 등의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 그 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여, 실질내용에 따라 과세표준을 산정한다고 규정함으로써, 이른바 ‘실질과세의 원칙’을 천명하고 있으며, 법인세법 제5조 제1항, 소득세법 제2조의3 제1항 은 신탁재산의 실질적인 귀속자가 수익자임을 전제로, 신탁재산에 귀속되는 소득은 그 신탁의 수익자가 그 신탁재산을 가진 것으로 본다고 규정한다.

3. 반면, 신탁법 제27조 의 의거 신탁재산의 관리, 처분, 운용, 개발, 멸실, 훼손, 그 밖의 사유로 수탁자가 얻은 재산은 신탁재산에 속하는 바, 수탁자(신탁사)에게 귀속되는 재산은 신탁계약에서 정한 신탁보수에 국한될 뿐이다. (다) 공사도급계약 등 승계계약서를 작성하더라도 이로 인해 재산권의 실질적인 창설, 이전, 변경이 이루어지지 않으므로, 공사도급계약 등 승계계약서의 작성은 인지세 과세대상에 해당하지 않는다. 1) 인지세법 제1조 제1항 은 재산에 관한 권리 등의 창설ㆍ이전 또는 변경에 관한 계약서나 이를 증명하는 그 밖의 문서를 작성하는 자는 그 문서에 대한 인지세를 납부할 의무가 있다고 규정하므로, 인지세가 과세되는지 여부는 계약서 등 문서의 작성으로 인해 재산권이 창설ㆍ이전 또는 변경되는지를 기준으로 판단하여야 한다.

2. 도급은 당사자 일방(수급인)이 어느 일을 완성할 것을 약정하고 상대방(도급인)이 그 일의 결과에 대하여 보수를 지급할 것을 약정함으로써 성립하는 계약이며(민법제664조), 건설공사에 관한 도급계약서는 건설공사의 도급인과 수급인 사이에서 발생하는 재산권의 창설, 이전, 변경을 표상하는 문서로서 인지세 과세문서에 해당한다.

3. 공사ㆍ설계ㆍ감리의 도급으로 인한 재산권은 위탁자(도급인)와 시공사 등(수급인)이 공사ㆍ설계ㆍ감리도급계약서를 작성한 시점에 이미 창설되었으며, 이후 공사도급계약 등 승계계약서의 작성은 신탁계약상의 목적을 달성하기 위해 도급인의 명의를 위탁자에서 신탁사로 변경하는 외형적인 절차에 지나지 않는다.

4. 신탁재산의 실질적인 귀속자는 수익자이며, 신탁사에게 귀속되는 재산은 신탁계약에서 정한 신탁보수에 국한되며, 신탁재산과 관련하여 신탁사에게 귀속되는 재산은 없다.

5. 신탁재산에 대한 공사도급계약 등의 승계와 관련하여서도 신탁사에게 실질적으로 귀속되는 소득은 없으며, 재산권의 실질적 이전이나 변경 역시 이루어지지 않아 공사도급계약 등 승계계약서의 작성은 인지세 과세대상에 해당하지 않는다. (라) 공사도급계약 등 승계계약서의 작성은 신탁재산의 포괄적 승계에 따라 계약당사자 간의 명의를 변경하는 절차에 불과하므로, 이를 인지세 과세대상인 재산권의 이전이나 변경으로 볼 수 없다.

1. 국세청은 상속인ㆍ합병존속ㆍ신설법인ㆍ사업양수인이 피상속인ㆍ합병소멸법인ㆍ사업양도인이 작성하여 사용하던 문서를, 권리ㆍ의무를 포괄적으로 승계하는 상속인ㆍ합병존속ㆍ신설법인ㆍ사업양수인의 명의로 변경하여 계속 사용하더라도 새로운 문서를 작성한 것으로 보지 아니한다고 해석하였으며(인지세법 기본통칙 1-1…5), 같은 취지의 질의회신 사례도 존재한다(서면-2020-소비-388, 2020.1.23.).

2. 권리ㆍ의무가 포괄적으로 승계되는 상속ㆍ합병ㆍ사업양수도의 경우, 피상속인ㆍ합병소멸법인ㆍ사업양도인이 작성하였던 문서의 명의를 상속인ㆍ합병존속ㆍ신설법인ㆍ사업양수인으로 변경하는 것이 불가피하다.

3. 위와 같은 국세청 유권해석은 포괄적 승계로 말미암아 발생하는 계약서상의 명의변경을 인지세 과세대상인 재산권의 이전이나 변경으로 보지 않겠다는 데에 그 취지가 있다.

4. 공사도급계약 등 승계계약서는 신탁재산에 관한 권리ㆍ의무의 포괄적 승계에 따라 계약당사자의 명의가 변경된다는 측면에서 상속ㆍ합병ㆍ사업양수도와 다르지 않다.

5. 따라서 공사도급계약 등 승계계약서의 작성은 신탁재산의 포괄적 승계에 따라 계약당사자 간 명의를 변경하는 절차로서 인지세 과세대상인 재산권의 이전이나 변경에 해당하지 않는다. (바) 공사도급계약 등 승계계약서 작성에 대해 인지세를 납부한다면, 하나의 도급계약에 대해 인지세를 이중으로 부담하는 불합리한 상황이 발생한다.

1. 공사ㆍ설계ㆍ감리의 도급으로 인한 재산권은 위탁자(도급인)와 시공사 등(수급인)이 공사ㆍ설계ㆍ감리도급계약서를 작성한 시점에 창설되었으며, 이때 위탁자(도급인)과 시공사(수급인)은 인지세 납부의무를 부담한다.

2. 수탁자는 신탁사무의 처리에 관하여 필요한 비용을 신탁재산에서 지출할 수 있는바(신탁법 제46조), 일반적으로 신탁재산에 관한 제세공과금 등 신탁사무의 처리에 필요한 제비용은 신탁재산에서 지출하거나 수익자가 부담하게 되므로, 처분청의 주장과 같이 공사도급계약 등 승계계약서 작성에 대해 인지세를 납부해야 한다면, 위탁자·수익자와 시공사 등은 하나의 도급계약에 대해 인지세를 두 번 납부해야 하는 불합리한 상황이 발생한다.

3. 신탁계약을 체결하지 않을 경우 공사ㆍ설계ㆍ감리도급계약서 작성에 대해서만 인지세를 납부한다는 점을 감안한다면, 공사도급계약 등 승계계약서에 대해 인지세를 한 번 더 부담하도록 하는 처분은 과세형평을 저해하는 처사로서 부당하다.

(2) (예비적 청구) 설령 쟁점승계계약서가 인지세 과세대상 문서에 해당한다고 하더라도, 국세청 유권해석(서면-2022-소비-5002, 2022.12.22.)이 생성되기 전까지는 청구법인에게 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재하므로, 국세청 유권해석(서면-2022-소비-5002, 2022.12.22.)이 생성되기 이전에 납부기한이 경과한 인지세 미납분에 대한 가산세 부과처분은 취소되어야 한다. (가) 납세자가 신고ㆍ납부의무를 이행하지 아니하였더라도, 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세가 부과될 수 없다. 1) 국세기본법 제48조 제1항 제2호 는 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 세법에 따른 가산세를 부과하지 아니한다고 규정한다.

2. 이와 관련하여, ‘납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세가 부과될 수 없다’는 것이 다수 판례에서의 일관된 입장이다(대법원 1993.11.23. 선고 93누15939 판결 등 다수 참조). (나) 조세심판원은 인지세 과세대상 여부가 명시되지 않았고, 과세관청이 인지세 과세대상으로 분류하거나 관리하지 않았던 문서의 경우, 비록 인지세를 납부하지 않았더라도 가산세를 부과하지 않는 것이 타당하다고 판단하였다.

1. 게임사이트 이용자에게 게임머니를 구입할 수 있는 PIN번호가 기재된 문서가 인지세 과세대상에 해당하는지 여부가 쟁점이 된 사안에서, 조세심판원은 쟁점문서는 상품권으로서 인지세를 부과한 처분은 타당하나, 가산세 부과처분은 타당하지 않다고 하면서 다음과 같이 결정하였다.

○○○ (다) 설령 쟁점승계계약서가 인지세 과세대상에 해당한다고 하더라도, 국세청 유권해석(서면-2022-소비-5002, 2022.12.22.)이 생성되기 이전까지는 청구법인에게 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 존재한다. 1) 인지세법 제3조 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제2조의 3 제1호는 ‘건설사업기본법 제22조에 따라 작성하는 도급문서’를 인지세 과세문서로서 열거하고 있는바, 도급인과 시공사 등(수급인) 간에 공사 등 도급계약을 체결하기 위해 작성하는 일반적인 도급문서와, 신탁사가 위탁사로부터 도급인의 지위를 승계하기 위해 위탁자 및 시공사 등과 작성하는 공사도급계약 등 승계계약서는 계약의 주체, 목적 및 내용에 있어 차이가 있어 납세자 입장에서 공사도급계약 등 승계계약서는 인지세 과세문서에 해당하지 않는 것으로 이해할 여지가 상당하다.

2. 공사도급계약 등 승계계약서는 인지세 과세대상 문서에 해당한다는 국세청 유권해석(서면-2022-소비-5002, 2022.12.22.)이 생성되기 전까지, 과세관청은 공사도급계약 등 승계계약서가 인지세 과세대상 문서에 해당한다는 취지의 견해를 표명하지 않았을 뿐 아니라, 청구법인을 비롯하여 인지세를 납부하지 않았던 부동산 신탁업자들에게 미납 인지세를 부과처분하지도 않았다. 즉, 장기간에 걸쳐 공사도급계약 등 승계계약서가 작성되어 왔음에도 불구하고, 2022.12.22. 이전까지 과세관청이 공사도급계약 등 승계계약서를 인지세 과세문서로 분류ㆍ포섭하거나 관리한 정황은 확인되지 않는다.

3. 이와 같이 공사도급계약 등 승계계약서가 인지세 과세대상에 해당하지 않는다는 이해와 인지세를 납부하지 않는 관행이 오랜 기간 받아들여져 왔던 상황에서, 2022.12.22. 이전까지 청구법인이 스스로 쟁점승계계약서를 과세문서로 분류하여 인지세를 납부하는 것을 기대하기는 어렵다.

4. 이러한 사정과 조세심판원의 선결정례 등에 비추어볼 때, 청구법인이 쟁점승계계약서에 대하여 인지세를 납부하지 않았더라도, 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유는 존재한다고 할 것이므로 2022.12.22. 이전에 납부기한이 경과한 인지세 미납분에 대한 가산세 부과처분은 취소되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점승계계약서는 인지세 과세대상 문서이다. (가) 쟁점승계계약서로 인해 모든 계약의 권리와 의무의 귀속주체가 수탁자인 청구법인으로 변경되었으며 계약당사자를 변경하기 위해 새로운 문서를 작성하였으므로 인지세법 제3조 제1항 제3호 에 따른 과세문서에 해당한다.

1. 관리형 토지신탁은 사업시행자인 위탁자가 사업과 관련된 권리의무를 수탁자인 신탁회사에 이전하여 수탁자가 신탁재산에 대한 권리와 의무의 귀속주체로서 부동산 개발사업을 진행하는 신탁행위이다.

2. 토지의 소유권 뿐만 아니라 건축주 명의를 포함한 모든 인허가 명의, 공사도급계약, 설계 및 감리계약 등 모든 계약의 당사자가 수탁자인 신탁회사로 변경되었다.

3. ‘계약당사자’가 누구인지는 문서에 있어서 중요한 부분에 해당하므로, ‘계약당사자’의 변경은 문서의 중요한 부분의 변경에 해당하는 것이며, 쟁점승계계약서는 계약의 당사자를 변경시키는 문서로서 계약 문서에 관하여 ‘별개의 과세사항을 추가 또는 부기한 것’에 해당하므로, 인지세법에서 정하고 있는 과세문서에 해당한다. (나) 기존 계약과는 별개로 재산에 관한 권리관계를 창설·변경하는 문서는 인지세 과세대상에 해당하며, 쟁점승계계약서는 새로운 권리·의무 관계를 창설하는 계약서이고, 이는 새로운 문서를 작성한 것으로 봄이 타당하다.

1. 인지세법은 ‘재산에 관한 권리 등의 창설·이전 또는 변경에 관한 계약서’에 대해 인지세 납부의무를 부여하고 있고, 인지세법 기본통칙 2-2…1[정의]에서 “계약서”를 계약당사자간에 있어서 계약의 성립의 사실을 증명할 목적으로 작성하는 문서로 정의하고 있으며, 인지세법 기본통칙 2-2…2[하나의 문서의 의의]에서는 과세문서를 작성한 후 당해 문서의 내용과 관계없이 별개의 과세사항을 추기 또는 부기한 때에는 새로운 문서를 작성한 것으로 보고 있다.

2. 쟁점승계계약은 위탁자와 시공사 간에 이미 체결한 공사도급계약을 수탁자로 사업주체를 변경한 후, 3자 간 승계계약을 체결하기로 명시한 신탁계약에 의해 사업주체를 변경하고 기존 공사도급계약에 대한 권리와 의무를 위탁자로부터 새로운 사업주체인 수탁자로 변경하기 위함이다.

3. 대법원도 신탁회사가 수탁자로서 사업시행자의 지위를 승계하여 신탁된 토지에서 개발사업을 시행한 경우에 개발이익은 수탁자에게 실질적으로 귀속된다고 보고 있다.

4. 또한, ‘위탁자와 신탁회사(수탁자) 등 간에 체결한 관리형 토지신탁 계약에 의해 사업주체가 변경됨에 따라 작성하는 공사도급계약 승계계약서는 도급계약의 계약당사자를 변경하기 위해 새로운 문서를 작성하는 것이므로 인지세법 제3조 제1항 제3호 에 따른 과세문서에 해당한다’는 예규가 있다[서면 2022소비5002, 2022.12.22. 참조].

5. 쟁점승계계약서는 기존 도급공사 등 계약서에 따라 창설된 권리·의무 관계를 수탁자로 계약당사자를 변경하여 새로운 권리·의무 관계를 창설하는 계약서이고 이는 새로운 문서를 작성한 것으로 봄이 타당하며 기존 계약과는 별개로 재산에 관한 권리관계를 창설·변경하는 문서는 인지세 과세대상에 해당한다. (다) 청구법인이 선례라며 주장한 사안들(상속, 합병, 사업양수도)은 이 건과 근본적인 차이가 있어 준용될 수 없다.

1. 분할(신설, 합병)계약·영업양수도계약과 달리 공사도급계약 승계계약은 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는 것이 아니라 공사도급계약 등에 한정하여 건축주의 법적 지위를 신탁회사가 승계하는 것이므로 청구법인이 제시한 인지세법 기본통칙 1-1…5[상속인, 합병법인 또는 사업양수인이 계속 사용하는 문서]는 상속·합병 또는 사업양수도라는 특수한 경우에 해당되는 것으로 청구법인의 사실관계와 본질적으로 차이가 있어 새로운 세법해석으로 볼 수 없다.

2. 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석 하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 아니하므로 분할계약이나 영업양수도계약에 대한 해석을 공사도급계약 등 승계계약서에 유추해석할 수 없다. (라) 청구법인은 공사도급계약 등 승계계약서 작성에 대해 인지세를 납부한다면 하나의 도급계약에 대해 인지세를 이중으로 부담하여 불합리하다고 주장하나,

1. 위탁자와 신탁회사가 체결한 관리형 토지신탁계약과 위탁자 및 신탁회사 그리고 시공사가 체결한 공사도급계약 승계계약서는 계약체결 주체가 다르고 계약의 본질적 내용이 달라 서로 다른 과세문서에 해당하는바, 공사도급계약 승계계약서를 관리형 토지신탁계약의 부수적 문서에 불과하다고 볼 수 없고, 도급계약 당사자를 변경하는 새로이 작성된 재산에 관한 권리 등의 변경에 관한 계약서나 이를 증명하는 그 밖의 문서로 봄이 타당하므로 공사도급계약 승계계약서에 대한 인지세 부과를 이중과세라고 볼 수 없다.

(2) 이 건의 경우, 청구법인의 단순한 법률의 부지 또는 착오에 의한 것에 불과하여 가산세 부과를 면할 정당한 사유가 있는 때에 해당한다고 볼 수 없다. (가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재인바(대법원 2005.11.25. 선고 2004두930 판결 등 참조), 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다 할 것이다(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결 등 참조). (나) 청구법인은 이와 같은 법리에 기반하여 사실관계가 동일한 사안에 대해 ‘과세관청이 종전에는 인지세를 잘 과세하지 않아 왔었다’거나, ‘상속, 합병, 사업양수도 과정에서 작성된 계약문서가 명의변경 목적의 문서가 아닌 것으로 본 사례들이 있다’라고 마치 정당한 사유가 있는 것처럼 주장하나, 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004.6.24. 선고 2002두10780 판결 등 참조). (다) 유권해석(서면-2022-소비-5002, 2022.12.22.)은 인지세법 및 인지세에 관한 납세의무의 성립․확정에 관한 법리를 고려하여 법문에 따라 충실히 해석한 것이다. 즉, 새로운 법리를 창안했다거나 기존의 유권해석을 변경한 것도 아니다. 청구법인의 주장과 같이 ‘과세관청이 종전에는 인지세에 관한 과세를 잘 하지 않았다’는 사실이 있다고 할지라도, 이는 과세관청의 단순과세누락에 해당하는 것으로 설령 평가될 수 있을지언정, 과세관청 스스로 과세를 하지 않겠다는 공적인 견해표명을 한 적도 없다. (라) 또한 청구법인은 유사한 선례라며 ‘상속, 합병, 사업양수도’ 사례를 제시하였으나, 이는 승계에 관한 법률적 효과를 오인한 주장에 불과하다. ‘상속인-피상속인’, ‘합병법인-피합병법인’, ‘분할회사-분할신설회사’, ‘사업포괄양도인-사업포괄양수인’ 사이에서는 권리의무가 당연히 포괄적으로 승계되고, 이들 관계는 별도의 계약문서에 의해 법률관계가 승계된다기보다는 법률적 효과에 의해 당연 승계되는 사안이다. 그러나, 이 건의 경우 청구법인이 별도로 쟁점승계계약서를 작성하지 않는다면, 당연 승계되지 않는다는 점에 있어서 근본적으로 동일한 사안이라고 보기 어렵다. (마) 따라서 청구법인의 여러 주장들을 감안하더라도, 청구법인이 이 건 부과처분과 같은 내용으로 인지세 납세의무를 이행하지 않은 것은 단순한 법률의 부지 또는 착오에 의한 것에 불과하여 가산세의 부과를 면제할 정당한 사유가 있는 때에 해당한다고 볼 수 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점

① (주위적 청구) 관리형 토지신탁계약에 따른 쟁점승계계약서가 인지세 과세대상 문서에 해당하는지 여부

② (예비적 청구) 가산세 감면의 정당한 사유가 있는지 여부

  • 나. 관련 법령

(1) 인지세법 제1조(납세의무) ① 국내에서 재산에 관한 권리 등의 창설ㆍ이전 또는 변경에 관한 계약서나 이를 증명하는 그 밖의 문서를 작성하는 자는 이 법에 따라 그 문서에 대한 인지세를 납부할 의무가 있다.

② 2인 이상이 공동으로 문서를 작성하는 경우 그 작성자는 해당 문서에 대한 인지세를 연대(連帶)하여 납부할 의무가 있다. 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “증서”란 재산에 관한 권리의 창설ㆍ이전 또는 변경에 관한 계약서나 그 밖에 이를 증명할 목적으로 작성하는 문서를 말한다.

2. “통장”이란 하나의 문서로서 반복적인 거래 사실을 표시할 수 있도록 철한 문서를 말한다. 제3조(과세문서 및 세액) ①인지세를 납부하여야 할 문서(이하 “과세문서”라 한다) 및 세액은 다음과 같다. 과세문서 세액

1. 부동산․선박․항공기의 소유권 이전에 관한 증서 기재금액이 1천만원 초과 3천만원 이하인 경우: 2만원 기재금액이 3천만원 초과 5천만원 이하인 경우: 4만원 기재금액이 5천만원 초과 1억원 이하인 경우: 7만원 기재금액이 1억원 초과 10억원 이하인 경우: 15만원 기재금액이 10억원 초과하는 경우: 35만원

3. 도급 또는 위임에 관한 증서 중 법률에 따라 작성하는 문서로서 대통령령으로 정하는 것 제1호에 규정된 세액

② 제1항 각 호의 과세문서는 통장의 경우 1권마다, 통장 외의 과세문서의 경우 1통마다 해당 인지세를 납부하여야 한다.

③ 제1항 각 호의 과세문서에는 전자문서 및 전자거래 기본법 제2조 에 따른 전자문서(주식ㆍ사채 등의 전자등록에 관한 법률 제2조 제1호 나목에 따른 사채로서 같은 법 제59조 각 호의 요건을 모두 갖추고 전자등록된 것 등 대통령령으로 정하는 전자문서는 제외하며, 이하 “과세대상 전자문서”라 한다)를 포함한다.

④ 제1항 각 호의 과세문서에 대해서는 명칭이 무엇이든 그 실질적인 내용에 따라 이를 적용한다.

⑤ 제1항부터 제4항까지에서 규정한 사항 외에 과세문서의 판단 및 구분에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 인지세법 시행령 제2조의3(도급 및 위임 문서의 범위) 법 제3조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 건설산업기본법 제22조 에 따라 작성하는 도급문서

(3) 건설산업기본법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “건설용역업”이란 건설공사에 관한 조사, 설계, 감리, 사업관리, 유지관리 등 건설공사와 관련된 용역(이하 “건설용역”이라 한다)을 하는 업(業)을 말한다.

4. “건설공사”란 토목공사, 건축공사, 산업설비공사, 조경공사, 환경시설공사, 그 밖에 명칭과 관계없이 시설물을 설치ㆍ유지ㆍ보수하는공사(시설물을 설치하기 위한 부지조성공사를 포함한다) 및 기계설비나 그 밖의 구조물의 설치 및 해체공사 등을 말한다. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 공사는 포함하지 아니한다.

  • 가. 전기공사업법에 따른 전기공사
  • 나. 정보통신공사업법에 따른 정보통신공사
  • 다. 소방시설공사업법에 따른 소방시설공사
  • 라. 국가유산수리 등에 관한 법률에 따른 국가유산 수리공사 제22조(건설공사에 관한 도급계약의 원칙) ① 건설공사에 관한 도급계약(하도급계약을 포함한다. 이하 같다)의 당사자는 대등한 입장에서 합의에 따라 공정하게 계약을 체결하고 신의를 지켜 성실하게 계약을 이행하여야 한다.

② 건설공사에 관한 도급계약의 당사자는 계약을 체결할 때 도급금액, 공사기간, 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항을 계약서에 분명하게 적어야 하고, 서명 또는 기명날인한 계약서를 서로 주고받아 보관하여야 한다.

③ 국토교통부장관은 계약당사자가 대등한 입장에서 공정하게 계약을 체결하도록 하기 위하여 건설공사의 도급 및 건설사업관리위탁에 관한 표준계약서(하도급의 경우는 하도급거래 공정화에 관한 법률에 따라 공정거래위원회가 권장하는 건설공사표준하도급계약서를 포함한다. 이하 “표준계약서”라 한다)의 작성 및 사용을 권장하여야 한다.

④ 건설사업자는 국토교통부령으로 정하는 바에 따라 건설공사에 관한 사항을 건설공사대장에 적어야 한다.

⑤ 건설공사 도급계약의 내용이 당사자 일방에게 현저하게 불공정한 경우로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 부분에 한정하여 무효로 한다.

1. 계약체결 이후 설계변경, 경제상황의 변동에 따라 발생하는 계약금액의 변경을 상당한 이유 없이 인정하지 아니하거나 그 부담을 상대방에게 떠넘기는 경우

2. 계약체결 이후 공사내용의 변경에 따른 계약기간의 변경을 상당한 이유 없이 인정하지 아니하거나 그 부담을 상대방에게 떠넘기는 경우

3. 도급계약의 형태, 건설공사의 내용 등 관련된 모든 사정에 비추어 계약체결 당시 예상하기 어려운 내용에 대하여 상대방에게 책임을 떠넘기는 경우

4. 계약내용에 대하여 구체적인 정함이 없거나 당사자 간 이견이 있을 경우 계약내용을 일방의 의사에 따라 정함으로써 상대방의 정당한 이익을 침해한 경우

5. 계약불이행에 따른 당사자의 손해배상책임을 과도하게 경감하거나 가중하여 정함으로써 상대방의 정당한 이익을 침해한 경우

6. 민법 등 관계 법령에서 인정하고 있는 상대방의 권리를 상당한 이유 없이 배제하거나 제한하는 경우

⑥ 건설사업자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제4항에 따른 건설공사대장의 기재 사항을 발주자에게 통보하여야 한다.

⑦ 건설공사 도급계약의 당사자는 고용보험 및 산업재해보상보험의 보험료징수 등에 관한 법률에 따른 보험료, 국민연금법에 따른 국민연금보험료, 국민건강보험법에 따른 건강보험료, 노인장기요양보험법에 따른 노인장기요양보험료 등 그 건설공사와 관련하여 건설사업자가 의무적으로 부담하여야 하는 비용의 금액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 건설공사의 도급금액 산출내역서(하도급금액 산출내역서를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)에 분명하게 적어야 한다. 이 경우 그 건설공사의 도급금액 산출내역서에 적힌 금액이 실제로 지출된 보험료 등보다 많은 경우에 그 정산에 관한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑧ 둘 이상의 건설사업자가 공동으로 국가, 지방자치단체 또는 대통령령으로 정하는 공공기관 외의 자가 발주하는 공사를 도급받기로 발주자와 약정한 후 그 건설사업자 중에서 발주자에게 약정내용의 변경을 요청하는 경우에는 요청일 10일 전까지 그 사유를 다른 건설사업자에게 서면으로 통보하여야 한다. (4) 건설산업기본법 시행령 제25조(공사도급계약의 내용) ①법 제22조 제2항에 따라 공사의 도급계약에 분명하게 적어야 할 사항은 다음 각 호와 같다.

1. 공사내용

2. 도급금액과 도급금액 중 임금에 해당하는 금액

3. 공사착수의 시기와 공사완성의 시기

4. 도급금액의 선급금이나 기성금의 지급에 관하여 약정을 한 경우에는 각각 그 지급의 시기ㆍ방법 및 금액

5. 공사의 중지, 계약의 해제나 천재ㆍ지변의 경우 발생하는 손해의 부담에 관한 사항

6. 설계변경ㆍ물가변동 등에 기인한 도급금액 또는 공사내용의 변경에 관한 사항

7. 법 제34조 제2항의 규정에 의한 하도급대금지급보증서의 교부에 관한 사항(하도급계약의 경우에 한한다)

8. 법 제35조 제1항의 규정에 의한 하도급대금의 직접지급사유와 그 절차 8의2. 법 제40조 제1항에 따른 건설기술인의 배치에 관한 계획

9. 산업안전보건법 제72조 에 따른 산업안전보건관리비의 지급에 관한 사항

10. 법 제87조 제1항의 규정에 의하여 건설근로자퇴직공제에 가입하여야 하는 건설공사인 경우에는 건설근로자퇴직공제가입에 소요되는 금액과 부담방법에 관한 사항

11. 산업재해보상보험법에 의한 산업재해보상보험료, 고용보험법에 의한 고용보험료 기타 당해 공사와 관련하여 법령에 의하여 부담하는 각종 부담금의 금액과 부담방법에 관한 사항

12. 당해 공사에서 발생된 폐기물의 처리방법과 재활용에 관한 사항

13. 인도를 위한 검사 및 그 시기

14. 공사완성후의 도급금액의 지급시기

15. 계약이행지체의 경우 위약금ㆍ지연이자의 지급 등 손해배상에 관한 사항

16. 하자담보책임기간 및 담보방법

17. 분쟁발생시 분쟁의 해결방법에 관한 사항

18. 건설근로자의 고용개선 등에 관한 법률 제7조의2 에 따른 고용 관련 편의시설의 설치 등에 관한 사항

(5) 국세기본법 제47조의4(납부지연가산세) ⑨ 인지세법제8조 제1항에 따른 인지세(같은 법 제3조 제1항 제1호의 문서 중 부동산의 소유권 이전에 관한 증서에 대한 인지세는 제외한다)의 납부를 하지 아니하거나 과소납부한 경우에는 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 300에 상당하는 금액을 가산세로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우(과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 납부하는 경우는 제외한다)에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다.

1. 인지세법에 따른 법정납부기한이 지난 후 3개월 이내에 납부한 경우: 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 100

2. 인지세법에 따른 법정납부기한이 지난 후 3개월 초과 6개월 이내에 납부한 경우: 납부하지 아니한 세액 또는 과소납부분 세액의 100분의 200 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (6) 국세기본법 시행령 제28조(가산세의 감면 등) ① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 관리형 토지신탁계약에 관한 내용은 아래와 같다. (가) 청구법인이 제출한 관리형 토지신탁계약서는 아래 <표2>와 같고, 관리형 토지신탁계약의 특약사항(청구법인)에 관한 내용은 아래 <표3>과 같다. <표2> 관리형 토지신탁계약서

○○○ <표3> 관리형 토지신탁 계약 특약사항

○○○

(2) 가산세 감면에 대하여 청구법인이 제시한 해석사례는 아래와 같다. (가) 인지세법 기본통칙 1-1…5에 ‘상속인, 합병으로 존속하거나 신설되는 법인 또는 사업양수인이 피상속인・소멸법인 또는 사업양도인이 작성하여 사용하던 문서를 권리의무를 포괄적으로 승계하는 상속인 등의 명의로 명의변경하여 계속 사용하더라도 새로운 문서를 작성한 것으로 보지 아니한다’고 규정하고 있다. (나) 국세청은 “분할신설법인 명의로 도급계약서를 변경하는 경우 인지세법 기본통칙 1-1…6의 규정을 준용하여 새로운 문서를 작성한 것으로 보지 아니한다”고 회신(소비세과-OOO, 2013.6.12.)하였다. (다) 국세청은 “사업양수인이 사업양도인이 사용하던 상품권을 권리의무를 포괄적으로 승계하는 양수인의 명의로 변경하여 재발행하는 경우 새로운 문서를 작성한 것으로 보지 아니한다”고 회신(서면-2022-소비-OOO, 2020.1.23.)하였다. (라) 국세청은 ‘위탁자와 신탁회사(수탁자) 등 간에 체결한 관리형 토지신탁 계약에 의해 사업주체가 변경됨에 따라 작성하는 공사도급계약 승계계약서는 도급계약의 계약당사자를 변경하기 위해 새로운 문서를 작성한 것이므로 인지세법제3조 제1항 제3호에 따른 과세문서에 해당하는 것’이라고 회신(서면-2022-소비-OOO, 2022.12.22.)하였다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점승계계약서는 건설관리기본법제22조에 따라 작성하는 도급문서가 아니고 위탁자로부터 권리․의무를 포괄적으로 승계받아 명의만 변경하여 작성한 것일 뿐이므로 인지세 과세대상 문서가 아니라고 주장하나, 청구법인이 제출한 관리형 토지신탁계약서 및 특약사항 등을 보면 위탁자․수탁자(신탁회사)․시공사 등이 계약의 당사자로서 각자가 수행하는 업무를 약정하면서 공사비를 포함한 공사도급과 그 범위 등에 대하여 정한 것으로 보이는바, 쟁점승계계약서는건설산업기본법제22조 및 같은 법 시행령에 따라 작성된 도급문서로 보이는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점승계계약서를 인지세 과세대상 문서로 보아 청구법인에게 이 건 인지세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납부 등 각종 의무를 위반한 경우에 부과되는 행정상의 제재이고, 그와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 가할 수 없다 할 것(조심 2011서1923, 2012.6.8. 같은 뜻임)인바, 청구법인의 관리형 토지신탁계약의 특약사항 제14조 제2항에 따르면 청구법인에게 부과되는 제세공과금은 사업비 운영계좌에서 집행되므로 인지세를 위탁자의 비용으로 지급할 수 있는 청구법인의 입장에서는 쟁점승계계약서 작성에 따른 인지세를 납부하지 않을 이유가 없어 보이는 점, 국세청은 2022.12.22. 신탁회사의 질의에 대하여 ‘관리형 토지신탁에 의해 사업주체가 변경됨에 따라 위탁자와 신탁회사 등 간에 작성하는 공사도급계약 승계계약서는 계약당사자를 변경하기 위해 새로운 문서를 작성한 것’으로 해석하여 회신한 점, 위 국세청의 질의회신이 있기 전까지 신탁회사가 관리형 토지신탁을 체결하면서 장기간에 걸쳐 공사도급계약 승계계약서를 작성하고 있음에도 과세관청에서는 위 문서를 과세대상으로 보아 인지세를 부과한 사실이 없었던 것으로 보이는 점, 이러한 상황에서 청구법인 스스로 쟁점승계계약서를 과세문서로 분류하여 인지세를 신고할 것을 기대하기는 어려워 보이는 점, 당초 인지세 도입 시 종이인지 첨부방식에 따른 세원포착의 어려움을 전제로 납세자의 자발적인 납부를 유인하기 위하여 미납부세액의 300% 상당액을 해당 인지세의 납부지연가산세로 부과하도록 규정한 것은 다른 세목에 비해 가산세액이 지나치게 높아 과세 형평성 및 비례의 원칙에도 부합하지 아니한 점(조심 2024서4659, 2025.11.6., 같은 뜻임), 처분청도 국세청의 예규(서면-2022-소비-5002, 2022.12.22.)가 생산되기 전까지는 공사도급계약 등 승계계약서가 인지세 과세대상문서에 해당한다는 취지의 견해를 표명하지 않았던 것으로 보이는점 등에 비추어 청구법인이 쟁점승계계약서에 대하여 인지세 수입인지를 첨부하여 납부하지 아니하였다 하더라도 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다 할 것이므로 이 건 인지세 부과처분은 2022.12.22. 국세청 예규를 근거로 하여 2022.12.22.까지 납세의무 성립시기가 도래한 부분의 납부지연가산세(수입인지미첨부)를 가산하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)