쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점규정 표2에 따른 보유 및 거주기간별 공제율 적용대상은 납세자인 개인이 양도자산의 요건을 충족(1세대 1주택)하는 경우에 적용하는 것으로서 동일세대원의 보유기간까지 포함한다고 보기 어려운 점, 같은 조 제4항은 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다고 규정하고 있고, 단서에서 예외로 보유기간 기산일을 명시하고 있으나 상속주택의 양도시 동일세대원인 피상속인의 보유기간까지 통산한다고 명시하고 있지 아니한 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 관련 법령상 법문과 입법 취지 등을 종합해 볼 때, 쟁점규정의 표2에 따른 보유기간별 및 거주기간별 공제율을 적용함에 있어 동일세대인 청구인과 피상속인의 보유 및 거주기간을 통산하여야 함에도 처 분청은 쟁점주택의 취득일을 상속개시일로 보아 각 공제율을 100분의 12로 적용하여 청구인에게 양도소득세를 부과하였는바, 이 건 처분은 위법․부당하다. (가) 청구인은 시부모와 시동생 3명을 부양하는 상황에서 피상속인이 직업군인(원사 제대)으로 소득이 변변치 않아 아이들의 교육까지 겹쳐 청구인이 온갖 장사를 하여 쟁점주택을 마련하였으나, 가부장적인 문화 때문에 남편 명의로 불가피하게 소유권이전등기를 하였다. (나) 쟁점규정의 1세대 1주택 장기보유 특별공제제도의 입법 취지는 1세대 1주택의 경우 국민의 주거생활 안정에 필수적인 요소임을 감안하여 마련한 제도이다. (다) 관련 법령상 1주택 보유의 주체는 인별이 아닌 세대인바 쟁점규정 표2의 보유 및 거주기간도 당연히 세대 보유기간을 적용하여야 한다. (라) 처분청과 같이 쟁점주택의 취득일을 상속개시일로 적용한다면 입법 취지를 해치는 모순이 발생하고 상속의 의미와 배치된다. (마)소득세법제89조 및 같은 법 시행령 제154조 제8항 제3호 등에 따르면, 1세대 1주택 양도소득세 비과세 적용대상을 판단함에 있어 상속받은 주택의 경우 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대일 때는 상속개시 전에 상속인과 피상속인이 동일세대로서 거주하고 보유한 기간을 통산하고 있는바, 이 건 장기보유특별공제액을 계산할 때도 상속개시일 당시 동일세대인 청구인과 피상속인의 보유 및 거주기간을 통산하여 쟁점규정의 표2를 적용하여야 한다.
(2) 청구인은 2021년도 기획재정부 유권해석을 근거로 이 건 양도소득세 신고·납부를 하였기에 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하므로 쟁점가산세는 취소되어야 한다.
(1) 청구인은 상속개시일 당시 청구인과 피상속인이 동일세대이므로 쟁점규정 표2의 보유기간별 및 거주기간별 공제율을 적용함에 있어 청구인과 피상속인의 보유기간 및 거주기간을 통산하여 장기보유특별공제율 및 공제액을 계산하여야 한다고 주장하나,소득세법제95조 제4항에 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제98조 및 같은 법 시행령 제162조 제1항 제5호는 상속으로 취득한 자산의 취득시기를 상속개시일로 규정하고 있는바, 쟁점규정 표2의 ‘보유기간 및 거주기간별 공제율’은 상속개시일 이후 청구인이 보유 및 거주한 기간만을 기준으로 적용하는 것이 타당하므로, 쟁점주택의 장기보유특별공제율을 100분의 24(보유기간별 공제율 100분의 12, 거주기간별 공제율 100분의 12를 합한 것)로 적용하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 적법․정당하다.
(2) 청구인은 이 건 양도소득세 신고·납부를 함에 있어 단순한 법률의 부지나 오해로 그 의무위반을 하였기에 청구인에게 귀책사유가 없었다고 보기는 어려우므로 청구주장을 받아들일 수 없다.
① 상속받은 쟁점주택의 양도에 따른 장기보유특별공제액 계산 시 상속개시일 당시 동일세대인 청구인과 피상속인의 보유 및 거주기간을 통산한 공제율을 적용할 수 있는지 여부
② 쟁점가산세를 감면할 만한 정당한 사유가 있는지 여부
(1) 주민등록 및 국세청 전산자료 등에 의하면, 청구인과 피상속인의 쟁점주택 보유 및 거주기간은 아래 <표1>과 같고, 청구인은 피상속인이 쟁점주택을 취득한 후인 1996.6.24.부터 상속개시일까지 동일세대를 구성하며 약 21년 11개월간 함께 거주하였으며, 쟁점주택 외에 다른 주택은 보유하지 아니한 것으로 나타난다. <표1> 상속개시일 현재 쟁점주택 보유 및 거주기간
(2) 청구인은 2023.7.31. 쟁점주택을 양도한 후 피상속인과의 보유 및 거주기간을 통산하여 장기보유특별공제율을 100분의 80으로 적용하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 예정신고·납부하였고, 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 청구인의 쟁점주택 취득일을 상속개시일인 2020.7.23.부터 기산하여 보유 및 거주기간별 장기보유특별공제율(각 100분의 12)을 적용하여 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO 원을 경정․고지하였다.
(3) 쟁점규정 의 개정연혁 등을 보면, 2020.8.18. 법률 제17477호로 개정되기 전에는 ‘표2의 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액’을 장기보유특별공제액으로 계산하였다가, 개정 후에는 ‘표2의 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것’으로 개정되었고, 기획재정부에서 발간한 ‘2020 간추린 개정세법’을 보면, 쟁점규정(아래 <표2> 참조)의 개정 이유에 대하여 “보유주택에 거주하는 실수요자 중심으로 제도 전환” 등으로 설명하고 있는 것으로 나타난다. (가) 2018.10.23. 대통령령 제29242호로 소득세법 시행령제159조의3 개정 시 종전에는 1세대 1주택자가 보유기간에 따라 쟁점규정 표2의 1세대 1주택 장기보유특별공제를 적용받았으나, 2020.1.1. 이후 양도하는 분부터 2년 이상 거주한 경우에 한하여 1세대 1주택 장기보유특별공제를 적용받도록 요건을 강화하였다. (나) 2020.8.18. 법률 제17477호로 쟁점규정 개정 시 실거주 목적의 주택 소유를 유도하기 위해 종전에 1세대 1주택자의 보유기간에 비례하여 적용하던 장기보유특별공제 공제율에 거주기간을 추가하여 보유기간에 따른 공제액과 거주기간에 따른 공제액을 합산하여 장기보유특별공제액을 계산하도록 하되, 동 개정 규정은 2021.1.1. 이후 양도하는 분부터 적용하도록 하였다. <표2> 쟁점규정의 신ㆍ구조문 비교
(4) 쟁점규정의 ‘장기보유특별공제’와 관련한 기 획재정부의 유권해석은 다음과 같다.
(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 피상속인으로부터 상속받은 쟁점주택의 양도에 따른 장기보유특별공제액 계산 시 쟁점규정 표2의 보유 및 거주기간별 공제율을 적용함에 있어 동일세대원인 청구인과 피상속인의 보유 및 거주기간을 통산하여야 한다고 주장하나, 소득세법제95조의 장기보유특별공제제도는 납세자가 장기간에 걸쳐 형성된 양도소득을 단일 누진세율체계로 과세함에 있어서 장·단기 보유에 따른 세부담의 균형을 유지할 필요가 있고, 또한 장기보유를 유도하여 부동산투기 억제효과를 거두기 위한 것이며, 여기에서 장기보유라 함은 납세자가 해당 자산을 자기 명의로 보유한 기간을 의미하고, 납세자가 아닌 피상속인의 보유기간까지 포함시킬 경우 단기간 보유한 납세자인 상속인이 고액의 특별공제를 받을 수 있어 조세 형평성에 문제가 발생할 수 있다 할 것이다. 쟁점규정 표2에 따른 보유 및 거주기간별 공제율 적용대상은 납세자인 개인이 양도자산의 요건을 충족(1세대 1주택)하는 경우에 적용하는 것으로서 동일세대원의 보유기간까지 포함한다고 보기 어려운 점, 같은 조 제4항은 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다고 규정하고 있고, 단서에서 예외로 보유기간 기산일을 명시하고 있으나 상속주택의 양도시 동일세대원인 피상속인의 보유기간까지 통산한다고 명시하고 있지 아니한 점, 같은 법 시행령 제162조 제1항 제5호에서 상속으로 취득한 자산의 취득시기는 상속개시일로 규정하고 있는 점, 납세자가 상속주택 양도시 상속받은 쟁점주택의 취득가액은 상속개시일(2020.7.23.) 당시 취득가액으로 하여 양도소득을 계산하면서, 장기보유특별공제액 계산시에 납세자의 보유기간이 아닌 피상속인이 취득한 시점부터 통산하는 것은 동 제도의 취지에 배치되는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 이 건 양도소득세 신고·납부에 있어 그 의무위반을 탓할 만한 귀책이 청구인에 없으므로 쟁점가산세를 감면하여야 한다고 주장하나, 세법해석상 의의(疑義)로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는바(대법원 2013.6.27. 선고 2011두17776 판결 등, 같은 뜻임), 쟁점규정에 대한 기획재정부 유권해석 (재산세제과-37, 2023.1.19.)이 쟁점주택의 양도일(2023.7.31.) 이전인 2023. 1.19. 상속개시 전 상속인과 피상속인이 동일세대로서 보유 및 거주한 기간은 상속개시 이후 상속인이 보유 및 거주한 기간과 통산할 수 없는 것으로 해석한 점, 양도소득세 는 납세자의 신고에 의하여 그 과세표준과 납부할 세액이 확정되는 세목으로 신고·납부의 1차적 책임이 청구인에게 있는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령
(1) 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우
2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우
3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2) 국세기본법 시행령 제10조(세법 해석에 관한 질의회신의 절차와 방법) ① 기획재정부장관 및 국세청장은 세법의 해석과 관련된 질의에 대하여 법 제18조에 따른 세법해석의 기준에 따라 해석하여 회신하여야 한다. 제28조(가산세의 감면 등) ① 법 제48조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우
(3) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.
3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득
② 제1항에서 "장기보유특별공제액"이란 제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것 및 제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권(조합원으로부터 취득한 것은 제외한다)에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다. 다만, 대통령령으로 정하는 1세대 1주택(이에 딸린 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 다음 표2에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액과 거주기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 합산한 것을 말한다.
④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조의2 제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산(起算)하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다. 제97조의2(양도소득의 필요경비 계산 특례) ① 거주자가 양도일부터 소급하여 5년 이내에 그 배우자(양도 당시 혼인관계가 소멸된 경우를 포함하되, 사망으로 혼인관계가 소멸된 경우는 제외한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 직계존비속으로부터 증여받은 제94조 제1항 제1호에 따른 자산이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 자산의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 제97조 제2항에 따르되, 취득가액은 그 배우자 또는 직계존비속의 취득 당시 제97조 제1항 제1호에 따른 금액으로 한다. 이 경우 거주자가 증여받은 자산에 대하여 납부하였거나 납부할 증여세 상당액이 있는 경우에는 제97조 제2항에도 불구하고 필요경비에 산입한다. (4) 소득세법 시행령 제154조(1세대 1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에주택법제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 "조정대상지역"이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다.
⑧ 제1항에 따른 거주기간 또는 보유기간을 계산할 때 다음 각 호의 기간을 통산한다.
2. 비거주자가 해당 주택을 3년 이상 계속 보유하고 그 주택에서 거주한 상태로 거주자로 전환된 경우에는 해당 주택에 대한 거주기간 및 보유기간
3. 상속받은 주택으로서 상속인과 피상속인이 상속개시 당시 동일세대인 경우에는 상속개시 전에 상속인과 피상속인이 동일세대로서 거주하고 보유한 기간 제159조의4(장기보유특별공제) 법 제95조 제2항 표 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 1세대 1주택"이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택(제155조ㆍ제155조의2ㆍ제156조의2ㆍ제156조의3 및 그 밖의 규정에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택을 포함한다)을 보유하고 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것을 말한다. 이 경우 해당 1주택이 제155조 제3항 각 호 외의 부분 본문에 따른 공동상속주택인 경우 거주기간은 같은 항 각 호 외의 부분 단서에 따라 공동상속주택을 소유한 것으로 보는 사람이 거주한 기간으로 판단한다. 제160조(고가주택에 대한 양도차익등의 계산) ① 법 제95조 제3항에 따른 고가주택에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 다음 각 호의 산식으로 계산한 금액으로 한다. 이 경우 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지가 그 보유기간이 다르거나 미등기양도자산에 해당하거나 일부만 양도하는 때에는 12억원에 해당 주택 또는 이에 부수되는 토지의 양도가액이 그 주택과 이에 부수되는 토지의 양도가액의 합계액에서 차지하는 비율을 곱하여 안분계산한다.
1. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 양도차익 법 제95조 제1항에 따른 양도차익 × (양도가액 – 12억원) / 양도가액
2. 고가주택에 해당하는 자산에 적용할 장기보유특별공제액 법 제95조 제2항에 따른 장기보유특별공제액 × (양도가액 – 12억원) / 양도가액 제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.
5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날
결정 내용은 붙임과 같습니다.