조세심판원 심판청구 부가가치세

쟁점판매금액이 부가가치세가 포함된 공급대가로 볼 수 있는지 여부

사건번호 조심-2025-서-0899 선고일 2025.07.21 조세심판원

청구법인이 제출한 매매계약서(일부)에는 “실판매가격(부가가치세 포함)”으로 명시되어당사자 간의 의사합치에 따른 계약내용을 존중할 필요가 있어 보이므로, 처분청은 청구법인이 제시한 매매계약서 외에 다른 매매계약서상의 기재내역도 추가 확인할 필요가 있음

--------------------------------------------------------------------------------- [제 목] 쟁점판매금액이 부가가치세가 포함된 공급대가로 볼 수 있는지 여부 [결정요지] 청구법인이 제출한 매매계약서(일부)에는 “실판매가격(부가가치세 포함)”으로 명시되어당사자 간의 의사합치에 따른 계약내용을 존중할 필요가 있어 보이므로, 처분청은 청구법인이 제시한 매매계약서 외에 다른 매매계약서상의 기재내역도 추가 확인할 필요가 있음 [관련법령] 부가가치세법 제29조 [참조결정] [따른결정] --------------------------------------------------------------------------------- [주 문] OO세무서장이 2024.11.11. 청구법인에게 한 2019년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 청구법인의 전체 자동차 판매계약서(특약사항 포함)를 대사‧확인하는 등의 방법으로 쟁점판매금액에 부가가치세가 포함되어 있는지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2003.9.17. 설립되어 방산 전자부품, 전기차 충전기 제조 및 전기버스의 수입판매를 주요사업으로 영위하고 있는 법인으로, 2016년부터 중국에서 생산된 전기버스를 수입하여 시내버스 운송사업자 등에게 공급하면서 조세특례제한법(이하 “조특법”이라 한다) 제106조 제1항 제9의2호에 따라 부가가치세가 면제되는 재화의 공급으로 보아 계산서를 발급하였다.
  • 나. 처분청은 2023.6.1.부터 2023.12.11.까지 청구법인에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 청구법인의 전기버스 공급이 조특법 제106조 제1항 제9의2호 각 목에서 규정하고 있는 부가가치세 면제조건을 충족하지 못한다는 내용을 청구법인에게 통보하였고, 이에 청구법인은 면세 수입금액으로 신고한 금액(OOO원, 이하 “쟁점판매금액”이라 한다)에 110분의 100을 곱한 금액(OOO원, 이하 “쟁점공급가액”이라 한다)을 공급가액으로 하여 2024.3.4. 2019년 제2기 부가가치세 OOO원을 수정신고하였다.
  • 다. OO지방국세청장은 2024.3.12.부터 2024.3.29.까지 처분청에 대한 종합감사를 실시한 결과, 청구법인이 2019년 제2기 부가가치세 수정신고 시 과세표준에 가산하여야 하는 공급가액은 쟁점공급가액이 아닌 쟁점판매금액이 되어야 한다는 감사 결과를 처분청에 통보하였고, 이에 처분청은 2024.12.11. 청구법인에게 2019년 제2기 부가가치세 OOO원을 경정‧고지하였다.
  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.1.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 쟁점판매금액은 부가가치세가 포함된 공급대가이므로, 쟁점판매금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 보아야 한다.

(1) 거래당사자 간의 계약 시 전기버스의 공급거래를 면세거래로 착각하여 부가가치세 부담에 대한 구체적인 약정을 하지 않았다면, 거래당사자가 그러한 착오가 없었을 때 약정하였을 것으로 보이는 내용으로 당사자의 의사를 보충하여 해석할 수 있는바, 이는 ① 전기버스 판매시장에서의 거래 관행, ② 계약의 목적, ③ 적용 법규 등에 비추어 거래당사자의 진정한 의사를 살펴야 할 것임에도 처분청은 이러한 사실관계에 대한 확인 절차를 생략한 채 ‘청구법인이 과세거래를 면세로 오인하여 계산서를 발급하는 거래를 하였다’는 단편적 사실에 기초하여 거래 당사자의 진의를 확정하는 오류를 범하고 있다 (가) ① 전기버스 판매시장의 거래 관행상 전기버스 가격은 구매 상대방이 면세사업자인지 과세사업자인지 여부와 관계없이 판매가격의 결정기준이 되는 가격은 환경부의 모델별 기준가격으로 동일하고, 계약서상의 실판매가격을 거래대금으로 인식하였던 점이 확인되는 점, ② 청구법인은 충전설비의 설치 및 배터리 재활용 사업을 궁극적인 사업 목적으로 하고 있는바, 청구법인이 전기버스를 판매하는 주된 목적은 전기버스 판매이익보다는 판매수량의 확대에 중점을 두고 있는 점, ③ 환경친화적 자동차의 개발 및 보급촉진에 관한 법률 및 ‘전기자동차 보급사업 보조금 업무처리지침’ 등 전기버스 구매자에 대한 보조금 지원을 위한 관련 법령 및 지침이 전기버스 판매가격에 영향을 미치고 있는 점 등이 고려되어야 한다. (나) 또한, 청구법인은 거래상대방인 운수회사 등에 대하여 부가가치세를 포기한 사실이 없고, 나아가 쟁점판매금액 외에 부가가치세가 별도로 존재한다고 해석한다면 청구법인은 거래상대방에게 부가가치세 상당액에 대한 지급을 청구할 수 없는바, 청구법인이 거래징수하지 아니한 부가가치세를 스스로 부담하게 되는 불합리한 점도 고려되어야 한다. (2) 부가가치세법 제29조 제7항 은 “사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다”고 명시하고 있으나, 처분청은 ‘부가가치세 집행기준 29-0-4’에서 규정하고 있는 ‘부가가치세 과세대상거래를 오인하여 영세율 또는 면세거래로 보아 공급가액만을 수수한 경우 공급가액과 세액이 불분명한 것으로 볼 수 없다’라는 조항을 근거로 이 건 부가가치세 부과 처분을 하였는바, 이는 ‘부가가치세 집행기준’에 법규성이 없음에도 불구하고 ‘부가가치세 집행기준’을 마치 부가가치세법의 의제 규정으로 간주하여 청구주장을 부인하고 있는 것이다.

(3) 청구법인의 판매계약서상 “실판매가격”은 부가가치세가 포함된 금액이다. (가) 청구법인은 과세 판매분과 면세 판매분에 대하여 동일한 형식의 판매계약서를 통해 계약을 체결하였으며, 동 계약서를 살펴보면 아래 <표1>과 같이 과세거래에 해당하는 경우 “실판매가격”에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 하여 세금계산서를 발행하였고, 면세거래에 해당하는 경우 “실판매가액” 전액을 공급대가로 하여 계산서를 발급하였다. <표1> 판매계약서 비교(과세 판매분, 면세 판매분) (나) 환경부가 고시한 보조금 기준가격이 동일한 판매 모델(OOO)의 과세판매분과 면세판매분 계약서를 비교해 보면, “실판매가격”은 환경부 보조금 지원을 위한 기준이 되는 판매가격으로서, 아래 <표2>와 같이 과세인지 면세인지 여부와 관계없이 동일하며, 이는 시장에서 통용되는 가격이다. <표2> 실판매가격 비교(과세 판매분, 면세 판매분) 위 <표2>에 나타난 바와 같이, 과세거래임을 인식하고 있는 거래상대방 (주)A나 면세거래로 인식하고 있는 거래상대방 B(주) 모두 환경부의 보조금지급 기준가격을 토대로 실판매가격을 결정하고, 실판매가격을 공급대가로 하여 세금계산서 또는 계산서를 발급하였다. (다) 청구법인은 아래 <표3>과 같이 해당 거래를 면세거래로 인식하여 실판매가격을 공급대가로 하여 계산서를 발급해 오다가 처분청의 처분으로 해당 거래가 과세거래임을 알게 되고 난 이후에도 실판매가격을 공급대가로 세금계산서를 발급한 실제 사례도 있다. <표3> 청구법인의 판매내역 도원교통과 2022.9.20. 계약서를 작성한 건을 예시로 들면, 청구법인은 도원교통과 전기버스의 실판매가격을 OOO원으로 하여 판매계약을 체결하였고, 계약 당시 청구법인은 동 거래가 면세거래에 해당하는 것으로 알고 있었기에 공급시기 도래 시 계산서를 발급할 예정이었으나, 실제 공급시기에 이르러 동 거래가 과세거래에 해당하는 것을 인지하게 되어 세금계산서를 발급하면서 계약서상 “실판매가격”에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 하여 세금계산서를 발행하였다.

(4) 법원 판례 등에서도 면세거래를 과세거래로 전환하면서 거래대금에 110분의 100을 곱하여 공급가액을 계산한 것을 전제로 한 판례(대구고등법원 2010.3.19. 선고 2009누875 판결 등)가 다수 있는 점 등을 고려할 때, 처분청이 이 건 거래의 본질을 조사하거나 확인하지 아니한 채 쟁점판매금액을 부가가치세가 포함되지 않은 금액으로 보아 쟁점판매금액을 공급가액으로 간주한 것은 위법‧부당하다.

(5) 처분청은 부가가치세 면세대상(국민주택)이 과세대상(오피스텔)으로 전환되는 경우 당초 발급한 계산서상 공급가액에 부가가치세가 포함되어 있는지 여부를 쟁점으로 다룬 조세심판원 결정례(조심 2021인2677, 2021.11.26.)를 처분청 의견의 근거로 제시하고 있으나, 전기버스는 국민주택과 달리 원칙적으로 과세 재화이며 특정한 요건을 갖춘 경우에만 면세가 적용되므로 위 심판례를 원용하는 것은 적합하지 않다.

  • 나. 처분청 의견 쟁점판매금액은 부가가치세가 포함되지 않은 공급가액으로 보아야 한다.

(1) 쟁점판매금액은 환경부가 전기버스에 대한 보조금 지급을 승인하는 과정에서 보조금의 상한액을 검토하는 기준가격으로 활용되는 것으로, 환경부가 승인 또는 결정한 금액이 아니라 청구법인과 구매자 간의 가격협상을 통해 임의로 산정된 금액이다. (가) 환경부의 ‘2019년 보조금 업무처리지침’의 전기승합차 보조금 산출방식을 살펴보면 아래 <표4>와 같이 쟁점판매금액은 고려되지 않는다. <표4> 2019년∼2020년 전기승합차 보조금 산출방식 ㅇ 기본보조금 × {(0.6×에너지소모율계수)+(0.4×배터리계수)} × 차량규모계수 (나) 2021년부터 전기승합차 보조금 산출방식은 아래 <표5>와 같이 변경되었으나, 환경부는 보조금의 지급조건 및 상한액을 검토하기 위해 전기승합차 판매자로부터 관련 자료를 제출받는 것일 뿐, 환경부가 기준가격을 승인하거나 결정하는 것이 아니다. <표5> 2021년 이후 전기승합차 보조금 산출방식 ㅇ {(성능보조금+배터리안전보조금) × 배터리효율계수 × 배터리환경성계수 × 사후관리계수} × 차량규모계수 ※ 구매자는 차량 구매를 위해 최소 1억원 이상(최소 자부담금) 부담하고, 최소 자부담금과 전체 보조금의 합이 차량가격을 초과할 수 없음 ※ 전체 보조금의 합은 차량가격의 70%를 초과할 수 없음

(2) 처분청은 청구법인이 전기버스를 부가가치세가 면제되는 재화로 판단하여 부가가치세를 거래징수하지 않았기에 쟁점판매금액에는 부가가치세가 포함되어 있지 아니하므로, 쟁점판매금액을 부가가치세 과세표준으로 보아 부가가치세를 부과한 것이다. 청구법인은 전기버스 시장의 거래 관행으로 부가가치세 과세 또는 면세 여부와는 무관하게 전기버스 판매가격이 결정된다고 주장하나, 청구법인이 작성한 매매계약서를 보면 과세거래 시에는 공급가액과 부가가치세가 구분하여 기재되어 있으나, 면세거래 시에는 부가가치세가 구분되어 기재되어 있지 않다.

(3) 관련 법령, 법원 판례 및 조세심판원 결정례 등을 보더라도 쟁점판매금액은 부가가치세가 포함되지 않은 공급가액으로 보아야 한다. (가) 부가가치세법제29조 제7항은 “사업자가 재화를 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다”고 규정하고 있으나, 쟁점판매금액에는 부가가치세가 포함되어 있지 않은 사실이 확인되므로(부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에 해당하지 않음), 동 규정을 적용할 수 없다. (나) ‘부가가치세 집행기준’도 “부가가치세 과세대상 거래를 오인하여 영세율 또는 면세거래로 보아 공급가액만을 수수한 경우 공급가액과 세액이 불분명한 것으로 볼 수 없다”고 규정하고 있는바, 이 건 거래는 공급가액과 세액이 불분명한 경우로 볼 수 없으므로 부가가치세법제29조 제7항을 적용할 수 없다. (다) 대법원은 “부가가치세를 별도로 수수할 수 있었음에도 공급가액만을 수령하여 부가가치세를 포기한 경우에는 공급가액과 세액이 불분명한 것으로 볼 수 없다”고 판시한 바 있고(대법원 2017.11.23. 선고 2017두59291 판결), 조세심판원도 “납세자가 계산서를 발급하였고, 이에 대하여 면세매출로 신고한 사실로 볼 때 그 거래금액에 부가가치세가 포함되어 있지 않음이 명백해 보이므로 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에 해당되지 않는다”고 결정한 바 있다(조심 2021인2677, 2021.11.26.).

(4) 청구법인이 판매하는 전기버스는 판매가격이 OOO원∼OOO원인 고가의 재화로 청구법인과 구매자가 판매가격을 결정할 때 부가가치세 거래징수 여부를 사전에 충분히 고려하여 판매가격을 산정하였을 것으로 판단되는 점도 고려되어야 한다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점판매금액이 부가가치세가 포함된 공급대가로 볼 수 있는지 여부
  • 나. 관련 법률: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 청구법인은 C(과세 판매분) 및 (주)D(면세 판매분)와 각 체결한 매매계약서를 제출하였으며, 동 계약서의 주요내용은 아래 <표6>과 같다. <표6> 자동차 매매계약서 주요내용(C, 주식회사 D) (나) 청구법인은 A(주)(과세 판매분) 및 ㈜B(면세 판매분)과 각 체결한 매매계약서를 제출하였으며, 동 계약서의 내용은 아래 <표7> 및 <표8>과 같다. <표7> 자동차 매매계약서(A(주)) <표8> 자동차 매매계약서(B(주)) (다) 청구법인은 E(주)와 체결한 아래 <표9>의 자동차 매매계약서(면세 판매분)를 제출하였으며, 동 계약서상 판매가격은 “실판매가격(VAT포함) OOO원”이라고 기재되어 있는 것으로 나타난다. <표9> 자동차 매매계약서(E(주)) (라) 청구법인은 F 주식회사와 체결한 아래 <표10>의 자동차 매매계약서(면세 판매분)를 제출하였으며, 동 계약서상 계약 추가 특기사항에는 “판매가는 부가세가 포함된 금액에서 보조금을 제외한 금액으로 한다”고 기재되어 있는 것으로 나타난다. <표10> 자동차 매매계약서(F 주식회사)

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. 부가가치세법 제29조 제7항 은 “사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다”고 규정하고 있다. 처분청은 청구법인이 운수사업자 등과 전기버스 공급계약을 체결하면서 매매계약서에 부가가치세를 별도로 표기하지 아니한 것으로 보이고, 쟁점판매금액을 면세매출로 신고하였으므로, 이 건의 경우 부가가치세법 제29조 제7항 에서 규정하고 있는 “재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우”에 해당한다고 보기 어려우므로, 쟁점공급가액이 아닌 쟁점판매금액을 공급가액으로 보아야 한다는 의견이나, 청구법인은 심판청구 과정에서 운수사업자 등과 작성한 자동차 매매계약서를 증거자료로 제출하였고, 당사자 간의 의사의 합치에 의하여 성립한 계약내용은 사적자치의 원칙에 따라 존중되어야 하는바, 동 매매계약서에는 “실판매가격(VAT포함)”이라고 명시되어 있거나 “판매가는 부가세가 포함된 금액에서 보조금을 제외한 금액으로 한다”고 기재되어 있는 등 쟁점판매금액은 부가가치세가 포함된 공급대가라는 청구주장 에 신빙성이 있어 보이는 점 등에 비추어, 처분청은 청구법인의 전체 자동차 매매계약서의 기재내용(특약사항 등 포함)을 대사‧확인하는 등의 방법으로 쟁점판매금액에 부가가치세가 포함되어 있는지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법률 (1) 부가가치세법 제29조(과세표준) ⑦ 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다.

(2) 조세특례제한법 제106조(부가가치세의 면제 등) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다. 9의2. 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 버스

  • 가. 환경친화적 자동차의 개발 및 보급 촉진에 관한 법률 제2조제3호 에 따른 전기자동차 또는 같은 조 제6호에 따른 수소전기자동차로서 같은 조 제2호 각 목의 요건을 갖춘 자동차
  • 나. 여객자동차 운수사업법 및 같은 법 시행령에 따른 시내버스, 농어촌버스 및 마을버스 운송사업용으로 공급하는 버스

(3) 환경친화적 자동차의 개발 및 보급 촉진에 관한 법률 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

2. “환경친화적 자동차”란 제3호부터 제8호까지의 규정에 따른 전기자동차, 태양광자동차, 하이브리드자동차, 수소전기자동차 또는 대기환경보전법 제46조 제1항 에 따른 배출가스 허용기준이 적용되는 자동차 중 산업통상자원부령으로 정하는 환경기준에 부합하는 자동차로서 다음 각 목의 요건을 갖춘 자동차 중 산업통상자원부장관이 환경부장관과 협의하여 고시한 자동차를 말한다.

  • 가. 에너지소비효율이 산업통상자원부령으로 정하는 기준에 적합할 것
  • 나. 대기환경보전법 제2조 제16호 에 따라 환경부령으로 정하는 저공해자동차의 기준에 적합할 것
  • 다. 자동차의 성능 등 기술적 세부 사항에 대하여 산업통상자원부령으로 정하는 기준에 적합할 것

3. “전기자동차”란 전기 공급원으로부터 충전받은 전기에너지를 동력원(動力源)으로 사용하는 자동차를 말한다.

OO세무서장이 2024.11.11. 청구법인에게 한 2019년 제2기 부가가치세 OOO원의 부과처분은 청구법인의 전체 자동차 판매계약서(특약사항 포함)를 대사‧확인하는 등의 방법으로 쟁점판매금액에 부가가치세가 포함되어 있는지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)