쟁점임대주택은 2020.10.6. 자동말소되었는데, 쟁점임대주택의 등록말소는 2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 민간임대주택법 제6조 제3항의 법률 규정에 의하여 직접 이루어진 것일뿐 지방자치단체장의 등록말소 처분의 존재나 효력 여하에 영향을 받는다고 보기 어려운 점, 민간임대주택법 및 종합부동산세법의 부칙 등에서 민간임대주택에 대한 임대사업자 등록의 자동말소에 따른 구제에 대하여 별도의 경과규정을 두고 있지 않는 이상 쟁점임대주택은 종합부동산세 합산배제 대상에서 제외된다 할 것임
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(2) 2002.11.27. 현재 집합건축물대장을 보면, 3층〜6층은 다세대 주택으로 표기되어 있고, 쟁점임대주택은 신축시부터 다세대 주택으로 허가 및 사용승인을 받았는바, ○○구청장이 직권말소한 임대사업자등록증에는 컴퓨터 입력시 2020.6.28. 변경사유가 다세대호 분리라는 변경사유로 기재하며 임대사업자 등록증이 소급 작성되었던 것이고, 2020년 6월에 ○○구청으로부터 청구인에게 임대사업자등록이 되어있지 않다는 연락이 왔으며, 청구인은 임대사업자 등록은 건물 신축 할 때부터 등록하였고, 세무서에 사업자등록증이 되어 있으며, 그에 따른 종합소득세 등을 신고하고 있다고 하면서 임대사업자등록증과 신청서 사본을 제시하였다.
○○구청의 담당자는 2020.6.28. 그때서야 컴퓨터에 입력하면서 301호, 302호는 주택등록일을 임대사업자등록증에 나와 있는 날짜로 2002.11.28. 주택을 등록하였고 담당자 임의대로 건설 단기임대로 입력하였는 바, 303호, 401호, 402호, 403호, 501호, 502호, 503호는 최초등록일을 2020.6.28.로 임의 등록하고 건설 단기민간임대주택으로 등록하였으나, 이는 명백한 허위기재인바, 쟁점임대주택은 신축 시부터 다세대 주택이고, 2002년부터 임대사업자 등록을 하였다. 청구인의 임대사업자등록은 신청 당시 2002년도에 임대주택법제6조에 의하여 등록하였고, 조세특례제한법의 규정을 준용하였을 때 명백히 장기임대사업자임에도 불구하고 담당 공무원은 허위 공문서를 작성하여 이를 단기임대사업자로 만든 것이다.
(3) ○○구청장은 쟁점임대주택이 건설임대로 5년이라 8년이 안되기 때문에 자의적으로 단기임대사업자로 만들었으나, 청구인이 쟁점임대주택을 등록할 2002년 당시에는 5년은 장기임대사업자이며 2020년 법에는 8년이 장기임대사업자인데 2020년 현재법을 가지고 2002년 당시를 소급 적용한 것은 위법하다. 청구인의 임대사업자등록 변경사항에서 2020.10.6. 단기임대사업자이므로 이를 직권으로 말소하였고, ○○구청의 현재 담당자에게 항의를 하였으나 이제는 시간이 지나 자기들도 어떻게 할 수 없다는 말만 할 뿐이며, 청구인은 20년 동안 법에 의거하여 주택임대사업자를 신청하여 지금까지 변동사항이 없었는데 ○○구청 담당자의 오류로 인하여 청구인이 불이익을 당하고 있는바, 실질과세원칙에 의하여 청구인의 억울함을 풀어주시기를 간곡히 당부드린다.
- 나. 처분청 의견
(1) 청구인은 조세특례제한법제97조 및 같은 법 시행령 제97조에 따라 쟁점임대주택이 장기임대주택이라고 주장하나, 청구인이 주택임대사업자를 등록한 시점인 2002.11.27.에는 아래 <표1>에 따라 장기주택임대 사업자 유형이 없었음을 확인할 수 있으며, 2013년 이후 임대주택법에서 매입임대주택 외에 10년 이상 임대할 것을 요건으로 하는 ‘준공공임대주택’의 개념이 처음 등장하였고 민간임대주택에 관한 특별법으로 개정되며 ‘장기일반민간임대주택’이 도입되었기에 청구인은 장기주택임대사업자가 아닌 단기주택 임대사업자로 봐야함이 타당하다. <표1> 민간임대주택의 개정연혁 등록 시점 임대 의무기간 단기 장기(장기일반·공공지원) 1993.12.27. 매입: 3년 / 건설: 5년 장기유형 없음 2005.9.16. 매입·건설 구분 없이 5년 2013.12.5.〜 2015.12.28. 5년 10년 준공공(장기일반민간) 임대주택 신설 2015.12.29. 〜2020.8.17. 4년 8년 기업형(공공지원민간) 임대주택 신설 2020.8.18.〜 (폐지) 10년 * 아파트 장기일반 매입 폐지
(2) 청구인은 서울특별시세감면조례 제28조에 의하여 장기임대주택으로 취득세를 100% 감면받았다고 주장하나, 서울특별시세감면조례 제28조는 시세를 감면받고자 하는 자가 감면을 신청할 수 있다는 내용만 규정하고 있을 뿐이고, 임대주택에 대한 감면을 규정하고 있는 서울특별시세감면조례 제13조에서도 주택의 면적에 따라 취·등록세의 감면율을 정하고 있을뿐 장기주택임대이기 때문에 취·등록세를 감면한다고 규정되어 있지 않다.
(3) 청구인은 2020.6.28. ○○구청장이 303호, 401호, 402호, 403호, 501호, 502호, 503호를 최초 등록하면서 다세대호 분리라는 변경사유로 임의로 단기민간임대주택으로 입력하였다고 주장하나, 위 변경사유는 기존 주택임대 사업자등록증의 임대주택 소재지가 ○○○시 ○○구 OOO(법정명)로 되어 있었으나 위 7개의 호수를 최초 등록하면서 소재지를 ○○○시 ○○구 OOO(도로명)로 변경하였는데, 해당 도로명 소재지는 ○○○시 ○○구 OOO와 ○○구 OOO가 동시에 조회되는 소재지이기 때문에 발생하게 된 것이다. 또한, 주택임대사업자등록증을 확인해보면, 자동말소 이외의 다른 변동 사항이 없었고, 301호와 302호는 다른 호와 다르게 2002.11.28. 등록되어 있음을 확인할 수 있는 바, 이 2개의 호수도 등록 당시에 주택 종류가 단기 임대주택으로 구분되어 있다는 점은 청구인이 주택임대사업등록을 할 때부터 단기주택임대사업자로 등록되었음이 확인되는 것이다. 따라서, 2020.8.18. 개정된 민간임대주택법에서는 단기민간임대주택이 임대주택 유형에서 삭제되었고(제2조 제6호), 단기민간임대주택의 경우 임대의무 기간이 종료한 날 등록이 말소된다(제6조 제5항)고 규정되어 있는바, 단기임대주택으로 등록되어 있던 쟁점임대주택은 자동말소되었고, 이에 따라 합산배제 되었던 임대주택들을 종합부동산세 과세표준에 합산하여 과세한 이 건 처분은 정당하다.
(2) 청구인의 임대사업자등록증(쟁점임대주택) 및 주요 변경사항은 아래 <표2>·<표3>과 같다. <표2> 임대사업자등록증 호실 주택종류 주택등록일 등록이력 301호, 302호 단기 임대 2002.11.28. 최초 303호, 401호 402호, 403호 501호, 502호 503호 단기민간임대주택 2020.6.28. 최초 <표3> 주요 변경사항 변경연월일 변경사항 변경사유 2002.11.28. 영업구분: 등록영업중 성명: 청구인 주소: ○○○시 ○○구 OOO 종류: (건설) 2020.6.28. 소재지: ○○○시 ○○구 OOO 403호, 501호, 502호, 503호, 402호, 303호, 301호, 302호, 401호 종류: 단기민간임대주택(건설) 다세대호분리 2020.10.6. 영업구분: 폐업 전체말소를 통한 폐업처리 법인·기타 임대사업자 일제 정비에 의한 자료정비 폐 지유형 자동말소 말소사유비고: 폐지유형 * 자동 말소 (2020.8.18.) (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인은 이 건 종합부동산세 과세처분이 부당하다고 주장하나, 종합부동산세법제8조 제2항 제1호 및 같은 법 시행령 제3조 제1항을 보면 종합부동산세 합산배제가 적용되는 임대주택은 민간임대주택법 제2조 제7호 및 제5조에 따라 주택임대사업 영위를 목적으로 관할 지방자치단체체장에게 임대사업자등록을 한 자로서 과세기준일 현재소득세법에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가 임대하고 있는 주택이어야 하는데, 여기서 ‘임대업사업자등록을 한 자’는 민간임대주택법에 따른 임대사업자 등록뿐만 아니라 그 등록을 유효하게 유지하고 있을 것까지를 포함한다 할 것인 점, 청구인은 2002.11.28. ○○구청장에게 쟁점임대주택을 구임대주택법제6조 등에 따라 민간건설임대주택으로 임대사업자 등록을 하였으나, 쟁점임대주택은 2020.10.6. 자동말소되었는데, 쟁점임대주택의 등록말소는 2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 민간임대주택법 제6조 제3항 에 의하여 직접 이루어진 것일뿐 지방자치단체장의 등록말소 처분의 존재나 효력 여하에 영향을 받는다고 보기 어려운 점, 민간임대주택법 및 종합부동산세법의 부칙 등에서 민간임대주택에 대한 임대사업자 등록의 자동말소에 따른 구제에 대하여 별도의 경과규정을 두고 있지 않는 이상 쟁점임대주택은 종합부동산세 합산배제 대상에서 제외된다 할 것인 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점임대주택을 종합부동산세 합산배제대상으로 보아 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 종합부동산세법(2021.9.14. 법률 제18449호로 개정된 것) 제8조 [과세표준] ① 주택에 대한 종합부동산세의 과세표준은 납세의무자별로 주택의 공시가격을 합산한 금액［과세기준일 현재 세대원 중 1인이 해당 주택을 단독으로 소유한 경우로서 대통령령으로 정하는 1세대 1주택자(이하 "1세대 1주택자"라 한다)의 경우에는 그 합산한 금액에서 5억원을 공제한 금액］에서 6억원을 공제(납세의무자가 법인 또는 법인으로 보는 단체로서 제9조 제2항 각 호의 세율이 적용되는 경우는 제외한다)한 금액에 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 100분의 60부터 100분의 100까지의 범위에서 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 한다. 다만, 그 금액이 영보다 작은 경우에는 영으로 본다.
② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다.
1. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택 제17조[결정과 경정] ① 관할세무서장 또는 납세지 관할 지방국세청장(이하 "관할지방국세청장"이라 한다)은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 종합부동산세를 새로 부과할 필요가 있거나 이미 부과한 세액을 경정할 경우에는 다시 부과ㆍ징수할 수 있다.
⑤ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제8조 제2항에 따라 과세표준 합산의 대상이 되는 주택에서 제외된 주택 중 같은 항 제1호의 임대주택 또는 같은 항 제2호의 가정어린이집용 주택이 추후 그 요건을 충족하지 아니하게 된 때에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 경감받은 세액과 이자상당가산액을 추징하여야 한다. (2) 종합부동산세법 시행령(2021.2.17. 대통령령 제31447호로 개정된 것) 제3조[합산배제 임대주택]
① 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주택"이란 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조 제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.
1. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택과 공공주택 특별법 제2조 제1호 의2에 따른 공공건설임대주택(이하 이 조에서 "건설임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제2호 에 따른 민간건설임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록등"이라 한다)을 한 주택으로 한정한다.
민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제4호 에 따른 공공 지원민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택(이하 이 조에서 "장기일반민간임대주택 등"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택. 다만, 종전의 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제6호 에 따른 단기민간임대주택으로서 2020년 7월 11일 이후 같은 법 제5조 제3항에 따라 같은 법 제2조 제4호에 따른 공공지원 민간임대주택 또는 같은 조 제5호에 따른 장기일반민간임대주택으로 변경신고한 주택은 제외한다.
(3) 임대주택법(2000.1.12. 제6167호로 일부개정된 것) 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.
1. "임대주택"이라 함은 임대목적에 제공되는 건설임대주택 및 매입임대주택을 말한다.
2. "건설임대주택"이라 함은 다음 각 목의 1에 해당하는 주택을 말하며, 그 종류는 대통령령으로 정한다.
4. "임대사업자"라 함은 국가·지방자치단체·대한주택공사나 지방공기업법 제49조 의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 "地方公社"라 한다) 또는 제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자를 말한다. 제6조(임대사업자의 등록) ① 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장ㆍ군수 또는 구청장(自治區의 區廳長을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다.
③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 등록 및 신고의 기준과 절차 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
(4) 임대 주택법 시행령(2002.9.11. 제17737호로 일부 개정된 것) 제2조[건설임대주택의 종류] 법 제2조 제2호의 규정에 의한 건설임대주택의 종류는 다음 각호와 같다.
1. 공공건설임대주택: 국가 또는 지방자치단체의 재정으로 건설하거나 국민주택기금에 의한 자금을 지원받아 건설하여 임대하는 주택을 말한다.
2. 민간건설임대주택: 제1호 외의 건설임대주택을 말한다. 제9조[임대주택의 임대의무기간 등] ① 법 제12조 본문에서 "대통령령이 정하는 기간"이라 함은 다음 각호의 기간을 말한다. <개정 1998.11.13, 2002.9.11>
3. 제1호 및 제2호 외의 공공건설임대주택과 민간건설임대주택은 당해 임대주택의 임대개시일부터 5년
4. 매입임대주택은 당해 임대주택의 임대개시일부터 3년 (5) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정되기 전의 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. “민간임대주택”이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 “준주택”이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.
2. “민간건설임대주택”이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.
5. “장기일반민간임대주택”이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.
6. “단기민간임대주택”이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.
(6) 민간임대주택에 관한 특별법(2020.8.18. 법률 제17482호로 개정된 것) 제2조[정의] 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.
2. "민간건설임대주택"이란 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 민간임대주택을 말한다.
3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.
5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 10년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택[아파트(주택법 제2조 제20호 의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택은 제외한다]을 말한다.
6. 삭제 <2020. 8. 18.>
7. "임대사업자"란 공공주택 특별법 제4조 제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 제6조[임대사업자 등록의 말소] ⑤ 종전의 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택 중 아파트(주택법 제2조 제20호 의 도시형 생활주택이 아닌 것을 말한다)를 임대하는 민간매입임대주택 및 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택은 임대의무기간이 종료한 날 등록이 말소된다. <개정 2020.8.18., 2021.3.16.> 부칙 ＜법률 제17482호, 2020.8.18.＞ 제1조(시행일) 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제6조 제1항 제12호, 제48조 제2항 및 법률 제17452호 민간임대주택에 관한 특별법 일부개정법률 제5조, 제5조의6, 제5조의7, 제6조, 제43조, 제67조의 개정규정은 2020년 12월 10일부터 시행한다. 제7조(자동 등록 말소 관련 경과조치) 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 이 법 시행일 당시 종전의 제2조 제6호에 따른 단기민간임대주택 또는 제2조 제5호에 따른 장기일반임대주택 중 아파트를 임대하는 민간매입임대주택의 임대의무기간이 이 법 시행일 전에 경과된 경우에는 이 법 시행일에 그 임대주택의 등록이 말소된 것으로 본다. (7) 조세특례제한법(2001.12.29. 제6538호로 개정된 것) 제97조[장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면] ① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 "임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택중 5년 이상 임대한 임대주택과 동 법에 의한 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. <개정 2000.12.29, 2001.12.29>
1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간중 신축된 주택
2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택
(8) 서울특별시감면조례(2002.3.20. 제3978호로 개정된 것) 제13조[임대주택에 대한 감면] ① 임대 주택법 제2조 제4호 에 의한 임대사업자(임대주택의 취득일부터 30일이내에 임대사업자로 등록한 자를 포함하며, 이하 이 조에서 "임대사업자"라 한다)가 임대할 목적으로 건축한 공동주택(아파트·연립주택 및 다세대주택을 말하며, 당해 공동주택의 부대시설 및 복리시설을 포함하되 분양하거나 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하지 아니하는 복리시설을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 의하여 시세를 감면한다. (개정 2002.3.20)
1. 전용면적 60제곱미터 이하인 공동주택에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 당해 공동주택을 과세기준일 현재 영구임대주택용으로 사용하는 경우에는 도시계획세와 공동시설세를 면제한다.(개정 2001.6.15)
2. 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 공동주택에 대하여는 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감한다.(개정 2001.6.15) 제28조[감면신청 등] ① 이 조례에 의하여 시세를 감면받고자 하는 자는 별지서식에 의한 서울특별시세감면신청서 및 그 사실을 증명할 수 있는 서류를 갖추어 구청장에게 신청하여야 한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.