조세심판원 심판청구 부가가치세

특수관계법인 간 거래를 가공거래(끼워넣기)로 본 처분의 당부

사건번호 조심-2025-서-0797 선고일 2026.03.24 조세심판원

에코****의 대표 이OO이 청구법인과 관련법인들을 운영하였고, 직원들이 중복 근무하였으며, 세금계산서 발급 번호가 동일하는 등 각 법인들이 독립적으로 운영되었다고 보기 어려움, 형식적 유통단계를 추가함으로써, 이를 통해 매출이익을 4개의 법인에 분산시켜 법인 소득을 축소할 목적으로 쟁점세금계산서를 수수한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움

문서번호 조심-2025-서-0797 결정유형 경정 세목 부가 생산일자 2026.03.24. 귀속연도 2021 제목 특수관계법인 간 거래를 가공거래(끼워넣기)로 본 처분의 당부 요지 에코****의 대표 이OO이 청구법인과 관련법인들을 운영하였고, 직원들이 중복 근무하였으며, 세금계산서 발급 번호가 동일하는 등 각 법인들이 독립적으로 운영되었다고 보기 어려움, 형식적 유통단계를 추가함으로써, 이를 통해 매출이익을 4개의 법인에 분산시켜 법인 소득을 축소할 목적으로 쟁점세금계산서를 수수한 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려움 결정내용 결정 내용은 붙임과 같습니다.

관련법령

부가가치세 제39조, 국세기본법 제47조의3 상세내용 [주 문] OO세무서장이 2024.9.6. 청구법인에게 한 2021년 제2기 ~2023년 제2기 부가가치세 합계 OOO 원(<표1> 참고) 의 각 부과처분은 부정과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2021.2.3. 설립되어 강원도 원주시 OOO를 본점소재지로 하여 무역업을 영위하는 법인이고, A 주식회사, B 주식회사, C 주식회사(이하 “A”, “B”, “C”라고 하고, 3개 법인을 합하여 “관련법인들”이라 한다)은 청구법인과 특수관계법인이다.
  • 나. 청구법인 및 관련법인들은 2021년 제2기~2023년 제2기 과세기간에 수입한 금속원료(OOO 등)를 중간 도매상을 거쳐 국내 제철소(최종 매출처)에 공급하거나 해외로 수출하는 거래(일련의 거래를 이하 “쟁점거래”라고 한다)를 하면서 각 거래에 대하여 세금계산서를 수수하여 법인세 및 부가가치세를 각각 신고하였다.
  • 다. OO 세무서장(이하 “조사청”이라 한다)은 2024.2.19.~2024.7.11. 기간 동안 청구법인에 대한 부가가치세 조사를 실시한 결과, A의 대표 a이 청구법인 및 관련법인들을 실질적으로 운영하고, 청구법인, B, C는 사업장과 종사직원이 없는 명목상 법인이며, A가 쟁점거래를 실질적으로 수행한 것이므로, 청구법인이 2021년 제2기~2023년 제2기 과세기간 동안 관련법인들에게 발급한 공급가액 합계 OOO원의 매출세금계산서(이하 “쟁점매출세금계산서”라 한다) 및 관련법인들로부터 수취한 공급가액 합계 OOO원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 하고, 쟁점매출세금계산서와 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서라는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하고, 이에 처분청은 2024.9.6. 청구법인에게 아래 <표1>과 같이 2021년 제2기~2023년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(가산세 포함)을 각 경정․고지하였다. <표1> 부가가치세 고지 내역 (단위: 원)

○○○

  • 라. 청구법인은 이에 불복하여 2024.11.5. 이의신청을 거쳐 2025.1.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점거래의 동기·이유·목적 등은 아래와 같다. (가) 청구법인과 관련법인들의 실사업자인 a은 금속무역상사에서 실무자로 12년 이상 근무한 경력을 갖고, 국내의 금속 제련소에 대한 영업노하우를 갖고 있다. 엔드유저가 금속원료의 공급처를 알게 되면 중간 도매상을 배제하고 직거래를 하려고 하기 때문에 a은 계속적이고 안정된 사업을 유지하기 위해 원료 공급처를 엔드유저에 밝혀지지 않도록 다각도로 노력한 결과 쟁점거래와 같은 형태로 거래하게 되었다. (나) 국내에 OOO을 사용하는 제철소는 3개 회사밖에 존재하지 않고, a은 OOO에 소재하고 있는 D 주식회사(이하 “D”라고 한다)와 OOO에 소재하는 E 주식회사(이하 “E”라고 한다)에게 납품하려고 하였는데, D와 E는 서로 경쟁관계에서 ‘1사 1거래처 원칙’을 요구하여 A가 D와 E 모두에게 납품할 수 없었다. A가 수입통관업체로부터 매입한 후 물품납품계약에 따라 엔드유저에 인수를 요청하더라도, 엔드유저는 인수를 요청한 물량을 전부 납품받지 않은 경우가 빈번하게 발생한다. 중간 도매상의 입장에서는 수입통관을 거쳐 입항한 OOO 제품을 항구 선적장에 적치하고 막연하게 납품받기만을 기다릴 경우 관련 비용이 기하급수적으로 늘어나기 때문에 중간 도매상의 입장에서는 엔드유저가 물품계약대로 제품을 수취하지 않을 경우, 수취하지 않은 물량을 납품받을 수 있는 다른 납품처를 개척하여 물량을 소화해야 한다. 중간 도매상의 입장에서는 엔드유저 1곳만을 믿고 사업을 진행할 수 없는 구조이기 때문에 엔드유저는 ‘갑’의 지위에 있다.

(2) 청구법인은 명목상 법인이 아니고, 쟁점세금계산서의 수수로 회피된 조세가 없으며, 매출 부풀리기 등 끼워넣기 거래를 할 이유가 없고, 쟁점거래는 가공거래가 아닌 실질거래이다. (가) 청구법인은 아래 <표2>과 같이 2021∼2023사업연도 매출이익 합계 OOO원, 순이익 합계 OOO원으로 각 사업연도 법인세를 신고하였다. 그러나 이 건 처분과 같이 쟁점세금계산서를 가공거래로 본다면 청구법인은 매출이익 합계 OOO원, 순손실 합계 OOO원이 되고, 원가율이 2021년 106.7%, 2022년 34.4%, 2023년에는 금속임에도 폐기손실만 존재하는 등 정상적인 영업활동이 불가능한 법인이 된다. <표2> 법인세 신고 내역 및 경정 내역 (단위: 백만원)

○○○ 또한 청구법인과 관련법인들은 아래 <표3>과 같이 2021∼2023사업연도 법인세 신고서상 매출이익 합계 OOO원, 순이익 합계 OOO원으로 나타나는바, 이 건 처분과 같이 쟁점세금계산서를 가공거래로 부인한다면 청구법인과 관련법인들은 3년간 합계 OOO원의 순손실을 기록하게 된다. 자본금 OOO원 이하의 영세한 청구법인과 관련법인들은 원재료 매입이 불가능하여 영업활동을 할 수도 없고, 막대한 손실이 누적되어 계속 존속할 수도 없게 된다. <표3> 청구법인과 관련법인들의 매출 내역 (단위: 백만원)

○○○ (나) 명목상 법인이란 법인으로 등록은 되어 있으나 특별한 자산도 없고, 영업활동 하지 않으며, 탈세, 자금세탁 등의 용도로 사용되는 법인을 의미하는바, 청구법인은 폐자원재활용업을 목적으로 설립되어 영업하다가 업종변경을 하였으며, 청구법인 명의로 쟁점거래를 하였기 때문에 거래의 위험과 책임을 부담하였고, 아래 <표4>와 같이 청구법인의 영업활동으로 인한 이익과 자산을 청구법인에게 귀속하였으며, 각종 세무신고도 성실하게 하였기 때문에 청구법인은 명목상 법인에 해당하지 않는다. <표4> 청구법인의 손익계산서 및 재무상태표 내역 (단위: 백만원)

○○○ 청구법인과 관련법인들은 모두 개별적으로 금융계좌를 관리하고, 독립적으로 운영되는 회사로서 부가가치세와 법인세 또한 개별적으로 각각 납부하였다. 더욱이 청구법인과 관련법인들은 쟁점거래에 관한 이익과 비용을 모두 개별적·독립적으로 관리하여 귀속하였으며, 쟁점거래에 관하여 청구법인과 관련법인들 간에 물품거래계약을 체결하고, 물품 공급에 따른 대금을 지급한 후 해당 금액을 공급대가로 하여 세금계산서를 수수하였다. (다) 조사청의 세무조사 결과에는 모순점이 있는바, 수입한 금속원료를 중간 도매상을 거쳐 최종 매출처에게 공급하는 거래에서 ① 청구법인이 관련법인들이 아닌 수입업체로부터 금속원료를 매입한 거래의 매입세금계산서는 정상 거래로 보면서, 관련법인들에게 매출한 거래의 매출세금계서는 가공 거래로 보았고, ② 관련법인들로부터 금속원료를 매입한 거래의 매입세금계산서를 가공거래로 보면서, 관련법인들이 아닌 기타업체에게 매출한 거래의 매출세금계산서를 정상 거래로 보는 것은 매입거래를 가공으로 부인하면서 매출거래는 정상으로 인정하는 모순점이 있다. 청구법인은 엔드유저인 E와 실제로 거래를 하였고, 청구인과 E 간에 주고받은 메일에서도 E의 직원들은 청구법인을 거래상대방으로 인식하고 있으며, 청구법인과 E 간에는 법률상 유효한 거래관계가 성립하고 거래의 경제적 손익이 청구법인에게 귀속되었음을 부인할 수 없다. 처분청은 청구법인과 E 간의 매출거래는 정상 거래로서 재화에 관한 권리와 의무, 책임 등이 청구법인에게 귀속된 것으로 판단하면서 그 선행거래인 청구법인과 관련법인들 간의 거래에서는 청구법인이 거래의 당사자가 아니라고 판단한 객관적인 근거를 제시하지 못하고 있다. (라) 청구법인은 쟁점거래에 관한 법인세 및 부가가치세 등을 신고 납부하였는바, 청구법인이 신고·납부한 세액과 이 건 처분과 같이 쟁점세금계산서를 가공거래인 경우 최종 부담한 세액을 비교하면 청구법인은 이 건 처분보다 더 많은 법인세(약 OOO원) 및 부가가치세(약 OOO원)를 당초 신고·납부하였다. 처분청의 이 건 처분으로 청구법인의 법인세액이 감소하여 오히려 법인세를 환급하였는바, 청구법인이 쟁점세금계산서 수수에 관하여 회피된 조세가 없기 때문에 조세회피목적을 인정할 수 없다. <표5> 부가가치세 신고 및 경정 내역 (단위: 백만원)

○○○ (마) 쟁점거래의 관행상 업체 간 금속원료를 물리적으로 이전하지 않고, 수입통관을 거친 후 최종 매출처에게 공급하는 방식으로 납품된다. OOO 등은 그 부피나 중량 때문에 실물의 현실적 이동에 많은 비용과 시간이 소요되는 관계로 거래관행상 중간 도매상 간에는 점유개정, 목적물반환청구권 양도와 같이 단축급부 형식으로 최종 매출처에게 납품한다. 수입통관업체로부터 중간 도매상을 거쳐 최종구매자에게 납품되기까지 물품이 각 업체로 물리적으로 이동하지 않고, 단축급부 형식으로 이전하는 것이다. OOO 제품은 실제로 수입통관을 거쳐 항만의 컨테이너 박스에서 보관되어 있었고, 중간 도매상들 간 거래를 거쳐 최종 매출처로 직접 이전되었는바, 각 업체 간 OOO 등 제품이 물리적으로 이동하지 않았다고 하여, 이를 가공거래로 볼 수 없다. (바) 쟁점거래는 수입통관업체가 물품을 국내에 통관을 한 이후, 수입통관업체가 중간 도매상에게 물품을 판매하고, 여러 개의 중간 도매상을 거쳐 엔드유저에 물품이 납품되는 과정에서, 각 거래시마다 물품 대금을 지급하지 않고 엔드유저로부터 대금을 지급받은 후 순차적으로 선행업체에 대금을 지급하는 것이 일반적이다. A와 D 간에 작성한 물품공급계약서에 기재된 바와 같이, OOO 등 제품의 사양 조건을 요구하기 때문에 엔드유저는 제품을 공급받더라도 공급대가를 바로 지급하는 것이 아니라, 사양 조건에 충족하는지 검사한 후 조건을 충족시키는 경우에만, 최종 납품을 받고 대금을 지급하고, 위 조건을 충족시키지 못하는 경우 물품을 반품처리하고 대금을 지급하지 않는다. 또한 사양 조건을 충족시키더라도 엔드유저의 자금 사정에 따라 기존 대금을 함께 지급을 하거나, 소위 ‘甲’의 지위에서 대금 지급을 자의적으로 지연하는 경우도 많다. 따라서 물품의 품질 검사 절차와 대금 지급 지연과 같은 사정으로 물품 인도 시점과 상이하게 대금이 지급되었다. 대금지급 여부가 확정되지도 않은 시점에서 물품 공급 일자에 맞추어 세금계산서를 발급한다는 것은 오히려 실질 거래의 모습과 상반되는 것이다. (사) 조사청은 청구법인과 관련법인들 간의 거래를 가공거래로 보아 강원특별자치도경찰청에 고발하였는바, 조세범 처벌법제3조를 적용하지 않았다. 처분청의 의견과 같이 청구법인 및 관련법인들이 쟁점거래를 분산함으로써 회피된 조세가 있다면 이는 전형적인 조세포탈행위에 해당되는데, 처분청은 청구법인과 관련법인들의 쟁점세금계산서 수수행위가 조세포탈행위에 해당하지 않는다고 판단한 점을 고려하면 청구법인에게 조세회피 목적이 있었다고 보는 것은 모순된다. 강원특별자치도경찰청(사건번호OOO, 2025.3.11.)은 ‘물품매매계약시에 검수 후 청구서를 발행한 날로부터 10일 이내에 대금을 지급한다는 내용이 기재된 점, 거래 내역으로 확인되는 물품대금과 세금계산서의 가액은 동일한 것으로 확인된 점으로 보아 조세를 포탈하거나 환급, 공제를 받을 목적이 있었다고 볼 증거가 부족하고 혐의 입증할 단서가 없다’하여 혐의 없음(증거 불충분)으로 결정하였다.

(3) B이 2022.7.1. F 주식회사(이하 “F”이라 한다)으로부터 공급가액 OOO원에 매입한 OOO의 일부를 ① C → 청구법인 순서로 중간도매상을 거쳐 E에게 납품한 거래와 남은 일부를 ② 청구법인 → C 순서로 중간도매상을 거쳐 D에게 납품한 거래를 중복거래라는 처분청의 의견에 대해 다음과 같이 반박한다. 처분청의 의견은 B이 매입한 OOO을 A와 동시에 청구법인에게 매출 거래를 할 수 없다는 전제에서 비롯된 것이다. 그런데 B은 F으로부터 매입한 금속원료를 분량적으로 나누어 A와 청구법인에 매출한 것이므로, 중복거래가 아니다. 또한 해당 OOO은 모두 최종 매출처인 E와 D에 나누어져 매출되었다. 예를 들어, B이 100톤의 OOO을 F으로부터 매입하여, 80톤은 청구법인에, 20톤은 A에 분할하여 매출한 후 다른 순서의 중간 도매상을 거쳐 최종 매출처인 E와 D에 각 매출이 된 것이므로 중복거래가 아니다.

(4) 청구법인에게 조세회피목적이 인정되지 않으므로 청구법인이 선택한 법률관계를 존중해야 하고, 실질과세의 원칙을 적용하여 쟁점세금계산서를 ‘끼워넣기 거래’로 볼 수 없다. (가) 조세심판원 선결정례(조심 2022부6403, 2023.10.20.)는 실질과세의 원칙을 적용하여 “끼워넣기 거래”로 보려면 조세회피목적이 있었음이 입증되어야 할 것인데, 처분청이 제시한 자료만으로는 실제 조세회피목적이 있었다고 단정하기는 어려워 보이므로, 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분은 잘못이 있다고 결정하였다. 또한 법원은 기업 대표인 납세자가 새로운 회사를 형식적으로 설립하여 실제로는 그 회사가 아무런 거래도 하지 않았음에도 불구하고 마치 거래가 존재하는 것처럼 가장하여 허위 세금계산서를 발급하였다는 이유로 기소된 사안에서, “과세관청은 납세자가 선택한 법적 형식이 가장행위라거나 조세회피 목적이 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세자가 선택한 법적 형식에 따는 법률관계를 존중해야 한다”며 무죄를 선고하였고, 대법원은 최근 서울고등법원의 판단이 정당하다고 보아 무죄 판결을 확정하였다(대법원 2023.5.18. 선고 2022도13690 판결, 서울고등법원 2022.10.14. 선고 2021노1714 판결). (나) 쟁점거래는 ‘금지금’ 거래와 유사한데, 법원은 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래 과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하는지 여부가 문제된 사안에서, 금지금의 폭탄영업에 관여한 수출업자의 ‘금지금’ 매입은 명목상의 거래가 아닌 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급에 해당하므로, 그 과정에서 교부받은 세금계산서는 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의2호의 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하지 않는다고 판시하였고, 이 사건 ‘금지금’이 수입되어 수출되기까지의 일련의 전체거래가 모두 하루 또는 이틀 만에 이루어지고, 그 중간 단계에 부가가치세가 면제되는 ‘금지금’을 매입한 다음 면세 추천받지 아니한 자에게 부가가치세 과세대상이 되는 ‘금지금’으로 공급하면서 세금계산서를 작성·교부하고 그 부가가치세 상당액을 납부하지 않는 이른바 폭탄업체가 존재하고 있는 점 등의 사정만으로는 이 사건 일련의 거래 중의 하나인 이 사건 거래가 세금계산서만을 발행하여 수수하거나 실제 ‘금지금’이 인도되거나 대금이 지급되었더라도 폭탄영업을 실제거래로 위장하기 위한 명목상의 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 단정짓기는 어렵다고 판시하였다(대법원 2008.12.11. 선고 2008두9737 판결).

(5) 청구법인에게 조세회피목적을 인정할 수 없고, 쟁점세금계산서는 정상 거래에 관하여 수수하였는바, 국세기본법제47조의3 제1항 제1호 가목의 부정행위가 인정되지 않으므로 부정과소신고 가산세를 부과한 처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점거래에서 중간 도매상을 거쳐야 할 사업상 정당한 목적을 인정하기 어렵고, 청구법인과 관련법인들의 실운영자는 a으로 쟁점세금계산서는 공급시기와 공급가액이 사실과 다른 세금계산서이다. (가) A는 2019년에는 OOO을 매입하여 최종 매출처인 D에 직접 공급하는 단순한 거래구조이었는데, 2020년 하반기에는 B이, 2021년 하반기에는 C 등이 쟁점거래에 참여하였다. C의 대표자인 c는 A의 직원이기도 하고, 청구법인과 관련법인들의 쟁점거래에 관한 세금계산서 발행 및 대금 지급 등의 업무를 a의 지시에 따라 수행하였다고 진술하였다. 청구법인이 제출한 E와 주고받은 이메일에 기재된 청구법인의 직원 b은 2021년경 A에 입사하여 계속 근무 중인 것으로 확인된다. 이와 같이 A가 쟁점거래를 실질적으로 수행하고 주도한 것으로 확인되었다. (나) 이 건 세무조사시, 청구법인은 쟁점세금계산서의 공급가액 산정방법, 거래 및 계약의 체결과 이 과정에서 의사결정 주체에 관하여 관련자료를 제출하지 못하였고, 청구법인이 중간 도매상의 지위에서 물품의 소유권을 보유하거나 거래상의 위험(멸실, 납품지연에 대한 손해배상책임)을 실질적으로 부담하였다고 볼 만한 입증서류도 제출하지 않았다. 이는 관련법인들간의 거래에서 재화에 관한 권리와 의무, 책임 등이 실질적으로 이전되지 않는 명목상 거래임을 입증하는 것이다. 청구법인과 관련법인들은 중간 도매상을 거칠 때마다 거래단계별로 일정 비율의 이익을 배분하여 세금계산서 공급가액을 결정하였는바, 이러한 세금계산서 수수 행위는 청구법인과 관련법인들의 실질적인 의사결정권자인 a의 지시에 의해 A의 경리과장인 c가 세금계산서를 발급하고, 금융거래를 실행함으로써 완성되었다. 결과적으로 쟁점거래의 매출이익이 4개 법인으로 분산되었고, 쟁점거래의 주된 사업자인 A에게 모두 귀속되는 것이 타당하고, a이 쟁점거래를 4개 법인으로 분산함으로써 법인세 등을 부당하게 과소신고․납부하고자 하는 적극적인 행위에 해당한다. (다) 청구법인의 쟁점세금계산서 수수내역을 살펴보면, 쟁점세금계산서 발행일자는 실제 공급시기와 상관없이 공급시기 이후 임의의 날짜로 발행되었으며, 재화의 공급가액도 거래단계별로 차등을 두어 배분하는 방법으로 결정되었다. 특히 동일한 재화를 최종 매출처에 공급하면서 관련법인들의 순서만 달리하여 세금계산서를 수수하는 비상식적인 거래를 하였다. 청구법인의 책임하에 쟁점세금계산서의 공급가액을 결정하거나 거래조건 협상, 납품 및 사후관리 등의 업무를 수행한 적이 없었기 때문에 청구법인은 쟁점거래의 진정한 거래당사자의 지위에 있다고 볼 수 없다. (라) A는 2019~2021년에는 대체로 최종 매출처인 D에 세금계산서를 발행하였다가 이후 청구법인과 관련법인들을 거쳐 쟁점세금계산서를 수수하는 구조로 변화되었다.

○○○ 이와 같은 쟁점거래에 대해 청구법인은 엔드유저에게 청구법인과 A가 실질적으로 같은 회사인 점을 숨기고, 엔드유저가 청구법인과 A가 공급하는 재화의 매입처를 알지 못하게 하려는 목적에서 쟁점세금계산서를 수수하였다고 주장한다. 그러나 최종 매출처 D의 담당직원 d과 E 담당자 e의 확인서에는 최종 매출처의 요구사항으로 다른 경쟁업체에 판매하지 않을 것을 요구하였을 뿐이며, 쟁점거래와 같이 복잡한 거래단계를 요구하는 것이 아니라는 것을 알 수 있어 청구법인의 주장을 믿기 어렵다. 특히 2023년 3월부터 쟁점거래의 거래단계가 기존 4단계에서 B을 제외하고 3단계로 변동되었다. 이는 B이 국세청의 전자세금계산서 조기경보 발령으로 인하여 a은 소명자료 제출을 요구받았고 a은 국세청이 B을 가공세금계산서를 수수한 혐의로 면밀하게 검토하고 있음을 의식하여 의도적으로 B을 거래단계에서 배제한 것이다. 그렇다면 청구법인이 주장하는 바와 같이 4단계의 쟁점거래가 반드시 필요한 것은 아니라는 의미이고, 청구법인과 관련법인들을 지배하는 a이 실제 재화의 공급 없이 임의로 쟁점세금계산서를 수취하고 발행한 것으로 볼 수 있다.

(2) 아래 <그림1>과 같이 쟁점세금계산서 중 일부거래를 살펴보면, B은 2022.7.1. 공급가액은 OOO원에 OOO을 최종 매출처인 E와 D에 각각 공급하는 거래 흐름인데, 중간 도매상의 순서를 다르게 하여 세금계산서가 수수되었다. 1번 거래는 B→A→C→청구법인을 거쳐 2022.5.31. E에게 공급되었고, 2번 거래는 같은 날 B→청구법인→C→A를 거쳐 2022.6.30. D에게 공급되었다. 최종 매출처인 E와 D에게 공급된 날짜가 다른데, 중간 도매상에게 발급된 쟁점세금계산서는 모두 같은 날짜(2022.7.1.)이다. <그림1> 쟁점세금계산서 중 일부 거래(1)

○○○ 위 세금계산서 발급내역과 같이 청구법인과 관련법인들이 실제로 거래를 하였다면, 청구법인은 B이 매입한 OOO을 같은 날 ① C로부터 매입하고, ② C로 매출하는 거래를 하였다는 것인바, 이는 같은 재화를 동일한 거래처에 매입하고 동시에 매출하는 모순된 거래형태이므로 해당 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수밖에 없다. 또한 중간 도매상 간에 수수한 세금계산서 공급시기는 2022.7.1.으로 동일하나, 실제 최종 매출처에 재화의 공급일자는 ①번 거래는 2022.5.31.이고 ②번 거래는 2022.6.30.로 확인되어 쟁점세금계산서상 공급시기가 임의로 기재된 것으로 볼 수 있다.

(3) 아래 <표6>과 같이 쟁점세금계산서 중 일부거래를 살펴보면, A가 2022.11.21. OOO을 수출하였으나, 그 선행거래의 세금계산서는 2023.1.2.~2023.1.3. 발행되었다. 조사청이 OOO 수입신고필증 등을 확인한 결과 청구법인은 2022년 3월, 6월, 9월에 해당 OOO을 수입하였다. 청구법인은 적어도 2022년 제2기 과세기간 중 해당 OOO 거래에 대한 매출세금계산서를 발행했어야 하는데 사업연도가 바뀐 2023.1.2. 매출세금계산서를 발행함으로써 청구법인의 2022사업연도 회계장부에는 사실상 A가 수출한 OOO이 재고자산으로 계상되었다고 볼 수 있다. 즉, A가 세관을 통해 수출한 거래의 공급시기(2022.11.21.)보다 더 늦은 2023.1.2. 선행거래의 세금계산서를 수수한 것은 실제 재화의 공급과 상관없이 공급일 이후에 세금계산서를 수수하였으므로 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. <표6> 쟁점세금계산서 중 일부 거래(2) (단위: 천원)

○○○

(4) B(매도인)과 청구법인(매수인)이 2022.4.25. 작성한 물품매매계약서 등을 제출하였으나 쟁점매출세금계산서와 관련한 매매계약서와 쟁점매입세금계산서와 관련한 매매계약서는 계약 당사자인 매도인, 매수인만 다를 뿐 실질적으로 동일한 문서로 보여 신뢰할 수 없으므로 법률상 유효한 거래관계가 있었다고 보기 어렵다.

(5) 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서이므로 부정과소신고가산세를 적용한 이 건 부과처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① (주위적 청구) 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 처분의 당부

② (예비적 청구) 부정과소신고 가산세를 부과한 처분의 당부

  • 나. 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제47조의3(과소신고ㆍ초과환급신고가산세) ① 납세의무자가 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고(예정신고 및 중간신고를 포함하며, 교육세법 제9조 에 따른 신고 중 금융ㆍ보험업자가 아닌 자의 신고와 농어촌특별세법에 따른 신고는 제외한다)를 한 경우로서 납부할 세액을 신고하여야 할 세액보다 적게 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “과소신고”라 한다)하거나 환급받을 세액을 신고하여야 할 금액보다 많이 신고(이하 이 조 및 제48조에서 “초과신고”라 한다)한 경우에는 과소신고한 납부세액과 초과신고한 환급세액을 합한 금액(이 법 및 세법에 따른 가산세와 세법에 따라 가산하여 납부하여야 할 이자 상당 가산액이 있는 경우 그 금액은 제외하며, 이하 “과소신고납부세액등”이라 한다)에 다음 각 호의 구분에 따른 산출방법을 적용한 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로 과소신고하거나 초과신고한 경우: 다음 각 목의 금액을 합한 금액

  • 가. 부정행위로 인한 과소신고납부세액등의 100분의 40(역외거래에서 발생한 부정행위로 인한 경우에는 100분의 60)에 상당하는 금액

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 호에 따른 금액을 가산세로 한다.

1. 부정행위로

소득세법 제70조 및 제124조 또는 법인세법 제60조, 제76조의17 및 제97조에 따른 신고를 과소신고한 자가 복식부기의무자 또는 법인인 경우: 다음 각 목의 금액 중 큰 금액에 제1항 제1호 나목에 따른 금액을 더한 금액

  • 가. 제1항 제1호 가목에 따른 금액

(2) 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액) ① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제54조 제1항 및 제3항에 따라 매입처별 세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별 세금계산서합계표의 기재사항 중 거래처별 등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우 그 기재사항이 적히지 아니한 부분 또는 사실과 다르게 적힌 부분의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액(공급가액이 사실과 다르게 적힌 경우에는 실제 공급가액과 사실과 다르게 적힌 금액의 차액에 해당하는 세액을 말한다). 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 제60조(가산세) ③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 각 호에 따른 금액을 납부세액에 더하거나 환급세액에서 뺀다.

1. 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서 또는 제46조 제3항에 따른 신용카드매출전표등(이하 "세금계산서등"이라 한다)을 발급한 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

2. 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 세금계산서등에 적힌 공급가액의 3퍼센트

3. 재화 또는 용역을 공급하고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자 또는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급한 경우: 그 공급가액의 2퍼센트

4. 재화 또는 용역을 공급받고 실제로 재화 또는 용역을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 세금계산서등을 발급받은 경우: 그 공급가액의 2퍼센트

5. 재화 또는 용역을 공급하고 세금계산서등의 공급가액을 과다하게 기재한 경우: 실제보다 과다하게 기재한 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

6. 재화 또는 용역을 공급받고 제5호가 적용되는 세금계산서등을 발급받은 경우: 실제보다 과다하게 기재된 부분에 대한 공급가액의 2퍼센트

④ 사업자가 아닌 자가 재화 또는 용역을 공급하지 아니하고 세금계산서를 발급하거나 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급받으면 사업자로 보고 그 세금계산서에 적힌 공급가액의 3퍼센트를 그 세금계산서를 발급하거나 발급받은 자에게 납세지 관할 세무서장이 가산세로 징수한다. 이 경우 제37조 제2항에 따른 납부세액은 0으로 본다. (3) 국세기본법 시행령 제12조의2(부정행위의 유형 등) ① 법 제26조의2 제2항 제2호 전단에서 “대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위”란 조세범 처벌법 제3조 제6항 에 해당하는 행위를 말한다.

(4) 조세범 처벌법(2020.12.29. 법률 제17758호로 개정된 것) 제3조(조세 포탈 등) ⑥ 제1항에서 "사기나 그 밖의 부정한 행위"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기장

2. 거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취

3. 장부와 기록의 파기

4. 재산의 은닉, 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

6. 조세특례제한법 제5조의2제1호 에 따른 전사적 기업자원 관리설비의 조작 또는 전자세금계산서의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인 및 처분청이 제시한 심리자료 등에 의하면, 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인과 관련법인들 간에 수수한 쟁점세금계산서 내역은 아래 <표7>과 같다. <표7> 쟁점세금계산서 내역 (단위: 원)

○○○ (나) 국세청 전산자료에 따르면 청구법인과 관련법인들의 사업자등록 내역은 아래 <표8>과 같고, 청구법인은 2024.9.3. 사업장소재지를 강원도 원주시에서 서울특별시 강남구 OOO으로 변경하였으며, 주업종을 제조업/금속가공에서 도매업/무역으로 변경하였고, 2024.9.2. 사업부진을 이유로 폐업 신고하였다가 2024.11.4. 폐업 취소하고, 대표자를 f에서 a으로 변경한 것으로 나타난다. <표8> 사업자등록 기본사항

○○○ (다) 청구법인의 2021년 제2기~2023년 제2기 부가가치세 및 2021~2023사업연도 법인세 신고 내역과 처분청의 경정 내역은 아래 <표9>, <표10>과 같다. <표9> 부가가치세 신고 및 경정 내역 (단위: 백만원)

○○○ <표10> 법인세 신고 및 경정 내역 (단위: 백만원)

○○○ (라) 조사청은 2024.2.19.~2024.7.11. 기간 동안 청구법인에 대하여 다음과 같이 조사한 것으로 나타난다.

1. 청구법인의 법인등기부에는 f이 대표이사로 기재되어 있으나 f은 a의 업무지시를 받아 스크랩 분리작업과 스크랩 샘플 택배 발송 업무를 수행하고, a이 청구법인의 실질 대표자로서 주요 의사결정을 한 것으로 나타나며, a의 총 사업내역은 아래 <표11>와 같고, a의 국가별 체류 일수는 아래 <표12>과 같다. <표11> a의 총사업내역

○○○ <표12> a의 국가별 체류 일수

○○○

2. 실사업자인 a은 2024.4.18. 조사청에 출석하여 작성한 문답서에는 다음과 같이 기재되어 있는바, a은 청구법인 및 관련법인들의 업무를 관할하고 있으며, E와 D가 제시한 요건인 ‘1사 1거래처 원칙’ 때문에 청구법인 및 관련법인들을 통해 유통 과정을 추가하였다는 취지로 진술한 것으로 나타난다. <a의 문답서>

○○○

3. 조사청의 조사종결보고서에는 다음과 같이 기재되어 있다.

  • 가) 청구법인은 고철 등 폐자원 재활용업을 목적으로 설립되어 수집된 폐기물을 분해하고 재분류하여 2차 폐기물 수집업체에 공급하였고, 당초 고철스크랩을 국내에서 수집하여 해외에 판매하려고 하였으나 거래하기로 했던 업체와의 거래 중단 및 관리책임자의 퇴사로 폐자원 재활용사업을 정리하고, 2021년 제2기 과세기간부터 무역업을 추가하여 금속원료를 매입 또는 수입하여 비철금속 전문 제련소 등에 납품하는 것으로 나타난다. 청구법인이 2021년말경 스크랩 가공업에 관한 기계장치를 모두 매각하고, f은 사실상 퇴사하였으며, 본점소재지에 위치한 사업장의 임대차계약이 해지되어 사실상 폐업상태에서 2021.12.23.부터 관련법인들과 실물거래 없이 거래단계를 추가하는 끼워넣기 거래를 하였다.
  • 나) A는 2019년 1월경 설립되어 비철금속 제조 및 무역업을 영위하며 OOO 등에서 OOO 등 비철금속원료를 수입하여 국내 OOO제련소 등에 공급하고 OOO 등 동남아시아에 수출도 병행하고 있다. A의 대표자인 a은 국내 3곳에 불과한 비철금속 제련소 중 D와 E에 공급하고 있다. A의 상호로 경쟁 관계인 두 회사에 원료를 공급할 수 없기 때문에 청구법인과 관련법인들을 이용하여 끼워넣기 거래를 하였다고 진술하였다.
  • 다) B은 2019년경 a이 음식업을 영위하기 위해 설립하였으나 2021년 6월경부터 F 등으로부터 OOO 등을 매입하여 A, C 등에 매출하는 등 끼워넣기 거래에 가담하였고, B은 사업장과 종사직원이 없어 사업자등록만 유지하는 페이퍼 컴퍼니로 판단된다.
  • 라) C는 A의 경리담당 직원인 c를 대표자로 하여 2021년 7월경 설립되었고, c는 a의 지시에 따라 세금계산서 발행업무와 금융거래업무를 수행하고 있으며, B과 마찬가지로 사업장과 종사직원이 없어 끼워넣기 거래를 위해 사업자등록만 유지한 페이퍼 컴퍼니로 판단된다.
  • 마) F은 도소매(무역) 업체로 주된 사업은 OOO 공급업이고, 2020년 1월경부터 OOO을 수입하여 관련법인들에게 매출하였는바, B은 F으로부터 세금계산서 20건, 공급가액 합계 OOO원을 수취하고, 청구법인은 2023년 3월과 4월경 F으로부터 세금계산서를 2건 공급가액 합계 OOO원을 수취하고, 모두 C에 매출한 것으로 확인되며, 청구법인과 C 간의 거래는 끼워넣기 거래로 확정되었으므로 청구법인이 F으로부터 수취한 세금계산서(2건, 공급가액 합계 OOO원)도 가공거래이다.
  • 바) 청구법인과 관련법인들의 쟁점세금계산서 발급 IP내역을 조회한바, 발급 IP주소와 랜카드 고유번호, CPU 고유번호가 모두 동일한 것으로 확인된다.

4. 쟁점거래에 관한 세금계산서 및 물품대금 계좌이체 내역을 확인하여 정리한 자료에 따르면, 청구법인과 관련법인들은 아래 <표13>과 같이 수입업체가 수입한 금속원료를 중간 도매상을 거쳐 최종 매출처에 공급되는 형태로 세금계산서를 수수하였다.

  • 가) 세금계산서의 발행 날짜를 살펴보면, 최종 매출처가 금속원료를 공급받고 세금계산서를 수취하고, 그 이후에 각 거래의 중간 도매상 간에 세금계산서를 수수하는바, 거래의 순서와 세금계산서 발행일 순서가 다른 것으로 나타난다.
  • 나) 최종 매출처는 선행 업체로부터 물품을 공급받은 후 세금계산서를 수취하고, 공급대가를 지급하였으며, 중간 도매상들인 청구법인과 관련법인들은 대체로 같은 날, 비슷한 시각에 공급대가를 지급하였는바, 매출거래의 역순으로 공급대가를 지급한 것으로 나타난다. <표13> 쟁점거래의 세금계산서 수수 내역

○○○ (마) 청구법인이 제출한 자료는 다음과 같다.

1. 청구법인 및 관련법인들의 표준재무상태표, 손익계산서는 아래 <표14>와 같다. <표14> 손익계산서 내역 (단위: 백만원)

○○○

2. 청구법인이 제출한 D의 직원 d이 2024.10.18. 작성한 사실확인서 및 E 직원 e(Sales Director)가 2024.11.2., 2025.3.6. 작성한 사실확인서에는 아래와 같이 기재되어 있고, 청구법인은 2022년 4월경부터 2023년까지 E에게 OOO을 납품하는 계약을 체결하고, A는 2018년 10월부터 D에게 OOO을 납품하는 계약을 체결한 것으로 나타난다. <D의 직원 d의 사실확인서>

○○○ <E 직원 e의 확인서>

○○○

3. 청구법인이 제출한 A(매도인)와 D(매수인) 간에 2021.12.27. 작성한 물품매매계약서에는 아래와 같이 기재되어 있고, 청구법인과 E 간의 물품매매계약서를 제출하지 않았다. <A와 D 간의 물품매매 계약서>

○○○

4. B(매도인)과 청구법인(매수인) 간에 2022.4.25. 작성한 물품 매매계약서에는 다음과 같이 기재되어 있다. <B과 청구법인 간의 물품매매 계약서>

○○○

5. 청구법인은 청구법인 직원 b과 E 직원 간에 2022.4.12., 2022.3.23., 2022.9.26. 주고 받은 이메일을 제출하였고, 입고 일정 및 수량을 협의하는 내용이 기재되어 있다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구법인은 경영상 목적으로 쟁점세금계산서를 수수하였고, 쟁점거래가 가공거래(끼워넣기 거래)가 아니라고 주장하나, A의 대표 a이 청구법인과 관련법인들을 운영하였고, A의 직원들이 청구법인의 직원으로 중복하여 근무하면서 a의 지시에 의해 쟁점세금계산서를 수수하였으며, 쟁점세금계산서 발급에 관한 랜카드 및 CPU 고유번호가 동일한 것으로 확인되는 등 청구법인과 관련법인들이 독립적으로 운영되었다고 보기 어려운 점, 쟁점거래의 중간 도매상인 청구법인과 관련법인들은 쟁점거래의 최종 매출처에서 대금이 입금되면 중간 도매상에게 순차적으로 출금과 입금이 바로 이루어지고, 해당 대금을 공급대가로 하는 쟁점세금계산서를 수수하였으나 청구법인이 제출한 관련법인들 간에 작성한 계약서만으로 청구법인과 관련법인들 간에 지급된 공급대가의 근거를 알 수 있는 객관적 자료 제시가 부족한 점, 관행상 최종 매출처가 대금을 지급하면 순차적으로 중간도매상과 수입업체에게 대금을 지급하더라도 쟁점세금계산서상 공급시기는 대금 지급일과 일치하지 않고, 최종 매출처의 물품 공급시기와도 일치하지 않으며, 쟁점세금계산서 중 일부는 과세기간을 달리하여 발행된 점, 청구법인은 쟁점거래와 관련하여 실물 이동에 관한 운임내역 등의 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하였고, 관행상 실물 이동이 필요하지 않더라도 정상적인 거래로 보기 어려운 점, 청구법인은 거래구조를 복잡하게 만들 경영상 목적이 있다고 주장하나, a이 지배하는 청구법인과 관련법인들을 이용하여 형식적 유통단계를 추가함으로써 이를 통해 매출이익을 4개의 법인에게 분산시켜 법인소득을 축소할 목적으로 실물거래 없이 쟁점세금계산서를 수수한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점세금계산서를 실물거래 없이 수수한 사실과 다른 세금계산서로 보아 과세한 이 건 처분은 타당한 것으로 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라 하더라도 청구법인과 관련법인들은 부가가치세를 신고․납부하였으므로 실제 국가의 조세수입의 감소가 발생하지 아니한 점, 쟁점세금계산서상의 부가가치세 납세의무를 면탈하게 하고 청구법인이 쟁점세금계산서에 의한 매입세액의 공제를 받아 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 것에 대한 구체적인 인식이나 의도가 있었다고 단정하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어 이 건 과세처분은 부정과소신고가산세가 아닌 일반과소신고가산세를 적용하여 그 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)