조세심판원 심판청구 양도소득세

청구인이 지분 50%를 취득 후 사업장으로 영위하다가 약 7개월 후에 멸실된 쟁점구건물의 취득가액을 쟁점부동산의 자본적 지출로 보아 필요경비로 인정할 수 있는지 여부 등

사건번호 조심-2025-서-0729 선고일 2025.08.20

쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점구건물의 매매계약서에서 취득한 후 단시일 내 멸실하고 쟁점건물을 신축한다는 내용이 기재되어 있지 아니하는 점, 청구인은 쟁점구건물의 사업장 지분을 50% 취득하여 공동사업을 영위하게 되었던 점, 청구인이 쟁점토지만을 이용하려는 목적으로 쟁점구건물을 함께 취득한 후 단시일 내 쟁점구건물을 멸실‧철거하였는지에 대한 객관적 및 구체적인 입증이 미흡해 보이는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어려움 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점구건물 등을 취득하면서 쟁점사업장의 지분 50%를 인수하였고, 그 당시 쟁점사업장은 운영되고 있었던 점으로 보아 대표공동사업자로서 사업 대부분을 계획 및 운영해 오던 ㅇㅇㅇ에게 영업권 성격의 쟁점금액을 지급할 이유가 있어 보이는 점, 청구인은 부산지방국세청장이 실시한 본인과 배우자에 대한 자금출처조사(증여세 조사)에서 쟁점금액 등의 대금흐름을 소명하여 조사가 이루어졌다고 주장하고 있어 쟁점금액 수수 여부에 대하여 이를 포함하는 확인이 필요함이 상당해 보이는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점금액을 지급하였는지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다 할 것임

[주 문] AAA세무서장이 2024.10.10. 청구인에게 한 2023년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 청구인이 2011.8.10. 울산광역시 남구 OOO토지 및 건물 각 지분 50%를 취득하면서 매매계약서상 거래금액과는 별개로 a에게 영업권 명목으로 현금 OOO원을 지급한 것인지를 확인하여 필요경비에 산입하는 것으로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2011.8.10. 울산광역시 남구 OOO토지 및 건물각 지분 50%(토지와 건물을 이하 각 “쟁점토지”, “쟁점구건물”이라 하고, 토지와 쟁점구건물을 합하여 이하 “쟁점구건물 등”이라 한다)를 a(양도 전 지분 75%)와 b(양도 전 지분 25%)으로부터 지분 50%(a 25%, b 25%)를 OOO원(각 OOO원)에 취득하였고, 청구인과 a는 “OOO” 상호의 레스토랑을 운영하는 음식점의 공동사업자(지분 50: 50)로 변경‧등록하였다.
  • 나. 청구인과 a는 2012.3.26. 쟁점구건물을 멸실하고, 2012.10.29. 건물을 신축한 후 2012.11.19.부터 “OOO”라는 음식점을 등록‧운영하였으며, 2014.8.1. 건물을 증축(신‧개축한 건물 중 청구인 지분을 이하 “쟁점건물”이라 하고, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)하여 2014.12.18.부터 “OOO”이라는 상호로 스크린골프장을 운영하였다.
  • 다. 청구인은 2023.6.20. a에게 쟁점부동산을 OOO원에 양도한 후 2023.8.21. 쟁점부동산의 양도가액을 OOO원, 취득가액을 OOO원[취득가액 OOO원, a에게 지급한 현금 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)과 신축건물 건축비 등 OOO원을 합한 금액이다.]으로 하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고‧납부하였다. 이후 청구인은 2024.1.30. 쟁점금액(OOO원)과 감가상각비(OOO원)를 감안하여 신축건물 등의 가액을 OOO원으로 각각 감액하고 OOO원을 취득가액으로 하여 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 수정신고하면서 OOO원을 추가로 납부하였다.
  • 라. 처분청은 2024.4.17.부터 2024.7.10.까지 청구인의 쟁점부동산 양도에 대한 2023년 귀속 양도소득세 조사를 실시한 결과, 멸실된 쟁점구건물의 취득가액 OOO원, 쟁점금액(현금 OOO원)과 쟁점건물 신‧증축비용(OOO원)에서 객관적 증빙자료가 미흡한 금액(OOO원)을 각각 부인(취득가액 OOO원으로 경정)하는 등으로 하여 2024.10.10. 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.
  • 마. 청구인은 이에 불복하여 2025.1.3. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장

(1) 청구인은 쟁점건물을 신축할 계획으로 쟁점구건물을 투자하여 취득한 후 멸실한 것이므로 쟁점구건물의 취득가액은 쟁점부동산의 자본적 지출에 해당한다. 청구인 배우자는 OOO의 부총재로서 동 모임에서 당시 사무총장직인 a를 알게 되었고, a는 쟁점구건물 소재지에서 ‘OOO’이라는 상호로 레스토랑을 운영하는 자로 2011년 8월경 쟁점구건물을 멸실하고 건물을 신축할 계획을 세우고 투자자를 찾고 있었다. 그러던 차에 청구인은 a의 권유로 배우자와 함께 쟁점구건물의 사업장을 방문하여 건물 신축에 동의하여 지분을 취득하였다. 쟁점구건물은 예전에 찜질방으로 사용하던 건물을 레스토랑으로 사용하던 건물로서 곳곳에 균열이 발생하고 비가 새는 등 그대로 사용하는 것이 불가능한 상태여서 멸실 후 신축을 진행할 수밖에 없었는데, 쟁점구건물은 건축물대장(폐쇄)에서 2001.5.16. 사용승인 후 2006.11.6. 용도가 찜질방에서 음식점으로 변경되었고, 외관상 레스토랑 형태이나 찜질방 용도로 구조적 문제로 인해 곳곳에 균열이 발생하고 비가 새는 상태였다. 청구인이 직접 쟁점구건물 현장을 방문해 보니 a로부터 들었던 것보다 건물 노후화가 심하여 추가 자금을 투입하여 신축 후 운영하는 것이 낫다고 판단하여 a와 의논하여 쟁점구건물을 멸실한 후 신축하여 사업을 진행하는 것으로 결정하였다. a가 작성한 확인서(2024.9.10.)를 보면 “2010년 이후 계속 운영이 어려워 새로운 건물을 신축하기 전에 고급 레스토랑으로 운영하고자 동업자를 찾게 되었고 2011년 5월에 청구인과 공동 경영을 하게 되었다”는 내용이 있다. 이후 예상과 달리 건축허가를 받는 데에만 6개월 이상이 소요되었고, 신‧증축으로 OOO원이 넘는 비용이 추가 발생하였다. 대법원은 구건물을 취득 후 멸실한 경우로서 새 건물을 신축하려는 목적이었음이 명백한 경우 구건물의 취득가액은 자본적 지출로서 필요경비로 인정하고 있다(대법원 1992.9.8. 선고 92누7399 판결). 위 판례를 보면, “토지와 그 지상건물을 함께 취득하였다가 토지만을 이용하기 위하여 건물을 철거하고 나대지 상태로 토지만을 양도하는 경우, 취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 때에는 철거된 건물의 취득가액과 철거비용 등을 토지의 취득가액에 포함되는 양도자산의 필요경비로 산입할 수 있는 것이며, 낡은 지상건물이 있는 대지를 취득하는 경우 그 대지 취득 시 지출한 그 지상건물의 매입대금 및 정지공사비용은 소득세법 시행령 제94조 제2항 의 개량비 내지는 그 제3항의 자본적 지출액에 해당하므로 필요경비로서 공제되어야 하는 것이다”라고 설시하였다. 또한 “기존건물을 철거하여 나대지 상태로 양도하지 아니하고 그 지상에 새 건물을 건축하여 양도하는 경우에도 위와 같은 요건을 갖춘 때에는 기존건물의 취득가액이나 철거비용 등은 양도소득의 필요경비로서 공제하는 것이 옳을 것인바, 토지와 그 지상의 기존건물을 취득하는 사람의 목적은 토지를 취득하여 이용하려는 데에 있는데 그 지상에 기존건물이 있어 이를 철거하지 않으면 안 되는 것이어서 철거를 전제로 토지와 함께 기존건물을 매수하는 것이고, 기존건물을 철거하여야 그 토지를 목적하는 용도에 이용할 수 있는 것이므로, 이와 같은 경우 기존건물의 매수비용이나 철거비용은 소득세법 제45조 소정의 취득가액이나 경우에 따라서는 개량비나 자본적 지출에 해당한다고 보는 것이 상당하다”고 판시하였다. 위와 같이 청구인은 a의 제안으로 쟁점구건물을 멸실하고 새 건물을 신축하여 사업을 영위할 목적이었던 것이 분명하고, 실제 2011.8.10. 쟁점구건물을 취득한 후 불과 7개월만인 2012.3.26. 멸실하고 2012.10.29. 건물을 신축하였으므로 쟁점구건물의 취득가액은 자본적 지출액에 해당하는 것으로 보아야 한다.

(2) 청구인은 이 건 심판청구 이전 과세전적부심사청구 당시 다음과 같이 주장의 의사전달에 있어 오류가 있어 다음과 같이 수정한다. 청구인은 ‘매수 후 6개월이 지나 합의 후 건물 멸실 및 신축을 했다’고 하였으나, 이는 12여 년 전 일을 설명하면서 잘못 전달된 것으로 사실과 다르다. 청구인은 2011.8.10. 쟁점구건물 등을 취득하였으나, 레스토랑을 2012년 1월부터 영업하지 않고 2012년 3월 쟁점구건물을 멸실하였는데, 당초 과세전적부심사 주장대로라면 2012년 2월초 합의하고 한달 만에 건물이 멸실되었다는 것이나, 이는 2012년 1월부터 영업하지 않은 것과 맞지 아니한 내용이고, 아무런 준비없이 건물을 한달 내 멸실할 수도 없다. 쟁점구건물은 총 연면적 1,333㎡(403평)의 3층 건물로서 철거 허가 대상인데, 사전 준비부터 철거 허가 신청, 안전조치 및 공사준비, 본 철거공사, 멸실 신고 및 대장 말소까지 최소 2~3개월이 소요되는바, 2012.3.16. 건축물대장 말소 처리된 점을 감안하면 2012년 2월경 건물 멸실 및 신축에 대한 합의가 있었다는 점은 맞지 아니한 내용이다.

(3) 쟁점구건물의 멸실부터 건물 신축까지는 장시간이 소요되므로 4개월간 레스토랑을 운영하여 매출이 발생하였다고 하여 멸실 후 신축하려는 목적이 없었다고 볼 수 없다. 청구인은 a의 제안으로 2011.8.10. 쟁점구건물 등을 취득하여 a와 함께 공동사업을 영위하게 되었고, 처음부터 쟁점구건물을 철거하고 새 건물을 신축할 목적이었지만 당장 철거 및 공사가 진행된 상황은 아니었다. 건물멸실 후 신축까지는 아래 <표1>과 같이 설계‧허가‧착공‧준공의 각 절차 단계별로 시간이 많이 소요되는데, 그 동안 a가 운영해오던 레스토랑을 운영하였을 뿐이었다. <표1> 건물 멸실 후 신축까지 예상소요기간 처분청이 확인한 대로 2011년 8월부터 12월까지 쟁점구건물 등에서 운영한 레스토랑에서 약 OOO원의 신용카드 매출이 발생하였고, 이는 쟁점구건물의 규모 및 과거 매출에 비해 매출이 많이 줄어든 상황이었으며, 2012년 1월부터는 신용카드 매출은 발생하지 않았고, 2012년 3월경에 쟁점구건물이 멸실되었다. 청구인은 당초부터 신축 목적으로 쟁점구건물을 구입하였고, 단계별 과정을 거치며 사업을 진행하다 보니 쟁점구건물 멸실부터 신축까지 시간이 소요되었다.

(4) 청구인은 공동사업자로 지분투자를 하고 쟁점구건물 멸실 전 레스토랑에서 발생한 수익이 있어서 종합소득 과세표준 및 세액 신고 시 이를 포함해서 한 것이다. 청구인은 배우자와 공산품 오퍼업을 장기간 운영한 사업자로서 음식점 운영에 지식과 경험이 없고 지분투자에 따른 공동사업을 하였을 뿐 레스토랑의 실질적인 운영은 a가 담당하였으며, 쟁점구건물 멸실 전 기간은 물론 쟁점부동산 최종 매각하기까지 약 10년간 a로부터 레스토랑, 골프시설 운영의 결과 보고만 받았다. 청구인은 현행 세법상 공동사업을 위해 쟁점구건물 지분 매입 후 신축허가를 받고 멸실 전까지 공동명의로 등록하고자 동업계약서를 작성하였고, 2011년 귀속 공동사업분배명세서에 쟁점구건물 지분 매입에 따른 공동사업자로 등재되었다고 하여 건물 신축 목적 없이 사업을 운영할 목적이었다는 근거로 삼기에는 불합리하다.

(5) 조세심판원 선결정례 및 법원 판례에서, 구건물 취득 후 장기간 기존 용도로 사용하다 멸실한 경우 구건물의 취득가액을 자본적 지출액으로 인정하지 않았으나, 이 건은 착공 준비기간 4개월만 기존 용도대로 사용한 것일 뿐이므로 이를 인정하지 않는 것은 불합리하다. 조심 2012서3551(2012.10.29.) 및 조심 2018중3787(2018.12.7.) 각 결정에서 구건물을 취득하여 4년간 사용하다가 새로운 건물을 신축할 목적으로 구건물 멸실한 경우 구건물의 취득가액을 자본적 지출액으로 인정하지 아니하였다. BBB행정법원 2024.11.27. 선고 2023구단74461 판결은 구건물 취득 후 1년 9개월 뒤 철거된 경우를, 수원지방법원 2022.1.12. 선고 2019구단8352 판결은 구건물을 취득하여 10년간 사용한 경우를, 광주지방법원 2011.8.11. 선고 2011구합1153 판결은 구건물을 취득하여 3년간 사용한 경우에 있어 이를 자본적 지출액으로 인정하지 아니하였다. 쟁점구건물의 경우 2011.8.10. 취득 후 레스토랑으로 4개월만 영업을 하다가 취득일부터 7개월이 지난 2012.3.26. 멸실하였고, 2012.10.29. 쟁점건물을 신축하였는바, 이는 종전 심판결정례나 법원 판례에 비추어 보아도 쟁점구건물의 취득가액을 자본적 지출액으로 인정하지 않는 것은 불합리하다.

(6) 청구인이 a에게 현금으로 지급한 쟁점금액(OOO원)은 취득가액에 가산하여야 한다. 청구인은 a에게 프리미엄 성격으로 쟁점금액을 지급하였고, 다른 지분(25%) 소유자인 b도 모르게 지급하였는데, 계좌이체가 아닌 현금으로 지급한 사안이다보니 금융증빙을 제출할 수는 없으나 청구인이 a에게 지급하지도 않은 금원을 주었다고 할 아무런 이유가 없다. 이 건 심판청구 준비 과정에서 청구인은 a에게 쟁점금액을 받은 사실에 대해 확인서를 써달라고 요청하였으나, a는 쟁점금액 지급을 인정하면서도 부과제척기간 경과 여부 등 자체적으로 검토를 한 후 본인에게 피해가 있을 수 있다고 생각해서인지 거절하였다. 또한 2014년 부산지방국세청장이 실시한 청구인에 대한 자금출처조사에서 쟁점토지와 쟁점구건물 취득가액 OOO원과 쟁점금액(OOO원)을 조사하여 그 지급사실을 확인한 바 있다. 그 당시 조사청은 청구인의 배우자로부터 증여받은 것을 확인하면서, 재산평가명세서상 평가기준에 ‘상기 제외’라는 기재하였는데, 이는 쟁점구건물 등의 계약금액 OOO원을 제외하고 별도로 쟁점금액(OOO원)의 대금 흐름이 있었다는 것을 인정한 것이므로 이를 반영해야 한다. 추가로 청구인은 a와 동업을 하면서, 최초 지분 투자액 OOO원(계약서상 OOO원 + 현금 OOO원 - 대출금승계 OOO원), 레스토랑 건물 및 스크린골프 관련 공사비용 OOO원, 스크린 골프 기계비용 OOO원, 관련 이자 OOO원 총 OOO원에 가까운 자금을 실제 투입하였고, 그외 직‧간접 비용으로 많은 자금을 투여하였다. 청구인은 a의 권유로 사업을 시작하였지만 계속되는 투자 권유로 그만두고 싶은 순간이 한 두 번이 아니었으나, 조금만 더 투자하면 상황이 나아질까 하는 마음으로 계속 사업을 유지하다 결국에 큰 손실을 보며 a에게 지분을 양도하였다. 청구인은 일련의 투자로 인해 막대한 손실을 보았는데도 억울하게 양도소득세까지 부담해야 하는 상황이 되었는바, 청구인이 지출한 비용 중 기계장치 구입이나 소모성 지출은 제외하더라도 쟁점구건물 등 자본적 지출액은 약 OOO원이고 a에게 송금한 금융내역을 다 갖추고 있다. 하지만 처분청은 청구인이 부담한 공사비용에 대해 a가 수령한 정규증빙만 집계하여 OOO여원 정도만을 비용으로 인정하였는데, 이 부분은 너무 억울하나 투자자로서 송금내역만 있는 청구인 입장에서는 입증에 한계가 있으므로 이에 대한 주장은 포기하였지만, 실제 a에게 지급한 쟁점금액은 분명한 사실이므로 이를 인정받지 못하는 것은 억울하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점구건물 취득 당시부터 쟁점구건물을 철거하고 쟁점토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 경우에 한하여 멸실된 쟁점구건물의 취득가액을 쟁점토지의 취득가액에 포함하는 양도자산의 필요경비로 인정할 수 있다. 대법원은 건물 취득 후 단시일 내 철거에 착수하는 등 토지와 건물의 취득이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 경우 철거된 구건물의 취득가액과 철거비용 등을 토지의 취득가액에 포함되는 양도자산의 필요경비로 산입할 수 있다고 판시하였다(대법원 1992.12.22. 선고 92누7580 판결, 대법원 2013.12.27. 선고 2013두18216 판결, 대법원 1990.1.25. 선고 89누53 판결). 청구인은 쟁점구건물을 멸실하고 새로 건물을 신축할 계획으로 투자하였다고 주장하나, 취득 시 작성한 부동산 매매계약서에 쟁점토지와 쟁점구건물을 각각 표시하였고, 쟁점구건물 멸실에 대한 특약사항 등이 없으며, 취득 후 건물멸실 전까지 ‘OOO’ 상호의 레스토랑을 운영하여 OOO원의 신용카드 매출이 발생하였다. 청구인은 음식점 사업에 사용하기 위해 쟁점구건물을 취득하였으므로 멸실된 쟁점구건물의 취득가액을 필요경비에서 부인하는 것이 정당하다.

(2) 청구인은 과세전적부심사 청구이유서에서 2011.8.10. 쟁점부동산 취득 후 동업자 a의 주장과 달리 운영이익이 현저히 낮고 건물의 구조적인 문제가 있어 양자 간 합의하에 신축 허가를 받고 구건물을 멸실하였다고 주장하였으나, 이 건 심판청구 시는 의사전달 오류라며 쟁점건물을 신축할 목적으로 투자하였다고 당초 주장을 번복하였다. 청구인은 쟁점구건물을 멸실하고 쟁점토지만을 이용할 목적으로 쟁점부동산을 취득하였다는 증빙으로 2024.9.10. 공동사업자 a가 작성한 “OOO공동사업 전반내역 확인서”를 제출하였으나, 동 확인서에 쟁점구건물의 멸실에 관한 내용은 확인되지 아니한다. 청구인은 a로부터 쟁점건물의 신축을 위한 투자 제안을 받았다고 주장하나, 건물 신축 비용을 감안한 투자 제안서 등 청구인의 주장을 뒷받침할 만한 어떠한 객관적 증빙이 제출되지 아니하였다.

(3) 청구인이 쟁점부동산 취득 과정에서 매매계약과 별도로 추가로 지급하였다는 쟁점금액(OOO원)은 객관적 증빙자료가 부족하므로 필요경비로 인정할 수 없다. 청구인은 쟁점구건물 등을 b과 a에게 각각 OOO원을 지급하며 총 OOO원에 취득하면서 매매계약과는 별도로 사업장의 실질 운영자인 a에게 일종의 프리미엄 명목으로 쟁점금액(현금 OOO원)을 추가로 지급하였다고 주장한다. 하지만 쟁점구건물 등의 양도자 b과 a는 각각 양도가액을 OOO원으로 양도소득세를 신고·납부하였고, 청구인은 쟁점금액을 증명할 수 있는 인출내역·계약서 및 현금영수증 등 자료를 제출하지 아니하였다. 또한 청구인은 2014년경 부산지방국세청장의 자금출처 조사에서 2011.8.10.(쟁점구건물 등 취득일) 배우자로부터 현금 등 시가 OOO원을 증여받은 것으로 확인하여 증여재산을 확정하였다며 재산평가명세서 평가기준에 ‘상기제외’라고 기재되어 있는바, 이를 통해 쟁점구건물 등의 매매금액 OOO원 외 별도로 쟁점금액이 있다는 것이 조사되어 별도 현금 지급사실이 있었다고 주장한다. 하지만 그 당시 조사청의 쟁점구건물 등 취득 검토서에서 쟁점구건물 등의 거래금액이 OOO원으로 기재되어 있고, 취득자금 OOO원이 아닌 OOO원에 대한 자금출처조사 결과 자금출처 부족액 OOO원에 대한 증여세가 결정된 것이었다. 덧붙여 재산평가명세서상 ‘평가기준’에 기재된 ‘상기 제외’는 증여세 결의서 작성 시스템상 증여재산 평가방법으로 열거된 평가방법 중 한 가지로, 매매계약서상 금액 OOO원 외에 별도로 쟁점금액이 필요경비에 산입되어야 한다는 의미는 아니다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 멸실된 쟁점구건물의 취득가액을 쟁점부동산의 자본적 지출로 보아 필요경비로 인정할 수 있는지 여부

② 청구인이 부동산 취득 시 거래금액과는 별도로 a에게 지급한 쟁점금액(현금 OOO원)을 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 쟁점구건물 등을 취득하고 쟁점부동산(쟁점토지와 쟁점건물)을 양도한 경위는 다음과 같다. (가) 청구인은 2011.8.10. ‘OOO’ 레스토랑의 사업장으로 사용되는 쟁점구건물 등을 a와 b으로부터 OOO원(각 OOO원)에 취득(부동산 전체 지분의 50% 소유)하였고, b(25%)은 공동대표자에서 탈퇴하였으며, 청구인과 a가 지분 각 50%씩 공동대표자로 등록‧변경되었다. (나) 쟁점구건물의 사업장(‘OOO’ 상호 음식점)은 2011년 8월부터 2011년 12월까지 운영되며 매출이 발생하였고, 2012년 1월부터 매출 발생은 없다. (다) 쟁점구건물은 2012.3.26. 멸실‧철거되었고, 쟁점건물은 2012.10.29. 신축되었으며, 2012.11.19.부터 사업장(OOO상호의 음식점)으로 사용되었고, 2014.8.1. 쟁점건물의 증축 후 스크린골프장(‘OOO’ 상호)으로 업종이 변경‧사용되었다. (라) 청구인은 2023.6.20. a에게 쟁점부동산을 OOO원에 양도한 후 2023.8.21. 2023년 귀속 양도소득세를 신고‧납부하였고, 이후 2024.1.30. 취득가액을 경정하여 수정신고하고 추가 세액을 납부하였다. (마) 처분청은 2024.4.17.~2024.7.10. 기간 동안 쟁점부동산에 대한 양도소득세 세무조사를 실시한 결과, ① 쟁점구건물의 취득가액 OOO원, ② 쟁점금액(현금 OOO원)과 쟁점건물 신‧증축비용에서 증빙 불비한 금액을 쟁점부동산의 취득가액에서 차감하여 2024.10.10. 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세를 부과하였다.

(2) 쟁점구건물 등과 쟁점부동산의 각 매매계약 내용과 건축물대장 내용은 다음과 같다. (가) 쟁점구건물 등에 대한 매매계약서(2011.5.17.) 2부의 각 내용은 다음과 같다. (나) 쟁점구건물 등의 일반건축물대장(말소, 2024.6.27. 발급)에서 확인되는 내용은 다음과 같다. (다) 쟁점부동산의 매매계약서(2023.6.15.) 내용은 다음과 같다.

(3) a가 2024.9.10. 작성한 ‘OOO공동사업 전반내역 확인서’는 다음과 같다. (가) 청구인은 위 확인서에 대하여 쟁점건물을 신축하여 a와 공동사업을 영위하고자 쟁점구건물을 취득한 후 단시일 내 멸실한 것이고, 쟁점건물 신축 전까지 쟁점구건물에서의 기존사업(음식점)에 관여하지 아니하였다고 주장한다. (나) 반면 처분청은 위 확인서에 쟁점구건물 멸실에 대한 내용은 확인되지 아니한다는 의견이다.

(4) 청구인은 울산세무서장의 청구인에 대한 2011.8.10. 증여분 증여세 결정 관련 ‘쟁점구건물 등의 부동산 취득 검토내용’과 ‘재산평가명세서’를 다음과 같이 제출하였다. (가) 청구인은 2014년경 부산지방국세청장의 자금출처조사에서 재산평가명세서 평가기준에 ‘상기 제외’라고 기재되어 있는바, 쟁점구건물 등의 매매금액 OOO원을 제외한 별도로 쟁점금액(OOO원)의 대금흐름 실체를 조사한 것이라고 주장한다. (나) 반면 처분청은 자금출처조사에서 OOO원에 대한 자금출처 부족액 OOO원에 대한 증여세를 결정하였고, 아래 <그림>과 같이 ‘상기 제외’는 증여재산평가방법으로 열거된 방법 중 하나인 ‘현금 등 시가(상기 제외)’로 쟁점금액 추가 지급과는 무관하다는 의견이다. <그림> 국세청 전산망 중앙처리웹 증여세 재산평가명세서 작성 화면

(5) 쟁점구건물 등 내 OOO 음식점업(610-21-505**)의 2011년 8월~12월 기간 신용카드 등 이용대금 결제금액은 아래 <표2>과 같다. <표2> 결제대금 내역 (단위: 건, 원) (가) 청구인은 2011.8.10. 쟁점구건물 등을 취득하고 2012.3.26. 쟁점구건물을 멸실하였는데, 쟁점구건물 취득 후 멸실까지 약 7개월 기간은 통상적 멸실을 위한 예상소요기간(6‧7개월)에 부합하고, 당초 a가 쟁점구건물에서 사업장을 운영하고 있어 동업자로서 공동사업에 대한 수익을 수취한 것이며, 2012년 1월부터는 매출이 발생하지 아니하였으므로 쟁점구건물 취득은 사업을 운영하기 위한 목적이 아닌 쟁점구건물 멸실 후 쟁점건물을 신축하여 레스토랑을 운영하기 위한 목적이었따고 주장한다. (나) 처분청은 2011년 8월부터 2011년 12월까지 신용카드 매출이 발생한 것으로 보아 청구인이 쟁점구건물 등을 취득하고 사업을 영위하였고, 쟁점구건물을 단시일 내 멸실하여 쟁점건물을 신축하고자 할 목적는 없었다는 의견이다.

(6) 쟁점구건물 사업장 운영과 관련하여 2011년 귀속 공동사업자별 분배명세서 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 공동사업자별 분배명세서 (단위: 원)

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지 위 쟁점건물을 신축할 계획으로 쟁점토지와 쟁점구건물을 함께 취득하였다가 단시일 내에 쟁점구건물을 철거하였으므로 쟁점구건물의 취득가액이 쟁점부동산의 자본적 지출에 해당한다고 주장하나, 소득세법 제97조 제1항 에서 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비는 그에 대응하는 ‘해당 토지와 관련된 취득가액, 자본적 지출액, 양도비 등’을 규정하고 있는바, 토지와 별개의 자산인 건물의 취득가액은 원칙적으로 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비에 해당하지 아니하는 것이나 예외적으로 ‘토지 취득 후 단시일 내에 건물의 철거에 착수’하는 등 토지와 건물을 함께 취득한 것이 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 경우, 건물의 취득가액을 토지의 양도가액에서 공제할 필요경비로 볼 수 있다(대법원 1992.9.8. 선고 92누7399 판결, 같은 뜻임)할 것인바, 쟁점구건물의 매매계약서에서 쟁점구건물을 취득한 후 단시일 내 멸실하고 쟁점건물을 신축한다는 내용이 기재되어 있지 아니하는 점, 청구인은 2011.8.10. a와 b으로부터 쟁점토지와 쟁점구건물을 취득하면서, 쟁점구건물의 사업장 지분을 50% 취득하여 a와 수익분배비율을 ‘50:50’으로 공동사업을 영위하게 되었던 점, 쟁점구건물의 ‘OOO’ 상호 음식점에서 2011년 8월부터 12월까지 신용카드 등 매출이 발생하였고, 청구인은 2011년 귀속 종합소득 과세표준 및 세액 신고 시 본인 지분에 대한 수입금액과 소득금액을 분배받아 공동사업자별 분배명세서를 제출하였던 것으로 보이는 점, 2011년 하반기 발생한 쟁점구건물 사업장 매출이 청구인과는 무관한 a 단독 운영에 의한 것이고, 그 수익이 a에게 전부 귀속되었는지가 불분명해 보이는 점, 청구인이 쟁점토지만을 이용하려는 목적으로 쟁점구건물을 함께 취득한 후 단시일 내 쟁점구건물을 멸실‧철거하였는지에 대한 객관적 및 구체적인 입증이 미흡해 보이는 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점금액에 대한 객관적 증빙이 부족하므로 양도자산의 필요경비로 인정하기 어렵다는 의견이나, 청구인은 2011.8.10. a 등으로부터 쟁점구건물 등을 취득하면서 쟁점사업장의 지분 50%를 인수하였고, 그 당시 쟁점사업장은 운영되고 있었던 점으로 보아 대표공동사업자로서 사업 대부분을 계획 및 운영해 오던 a에게 영업권 성격의 쟁점금액을 지급할 이유가 있어 보이는 점, 청구인은 a가 쟁점금액 지급을 인정하면서도 확인서를 작성해주지 아니하였다고 주장하고 있는 점, 청구인은 조세심판관회의(2025.7.17.)에 참석하여 쟁점구건물 등 취득 당시 a를 직접 만나 쟁점금액을 건네주었다고 진술한 점, 청구인은 2014년경 부산지방국세청장이 실시한 본인과 배우자에 대한 자금출처조사(증여세 조사)에서 쟁점금액 등의 대금흐름을 소명하여 조사되었다고 주장하고 있어 쟁점금액 수수 여부에 대한 확인이 필요해 보이는 점 등에 비추어, 청구인이 본인 명의 계좌에서 현금을 출금하여 a에게 직접 방문을 통해 쟁점금액을 지급하였는지를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로국세기본법제80조의2, 제65조 제1항 제1호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 국세기본법 제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

(2) 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.

  • 가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액
  • 나. 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액을 순차적으로 적용한 금액

2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

  • 가. 제1항 제1호 가목에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.

⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (3) 소득세법 시행령 제163조(양도자산의 필요경비) ③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적 지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액 제67조(즉시상각의 의제) ② 제1항에서 “자본적 지출”이란 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 해당 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위해 지출한 수선비를 말하며, 다음 각 호에 해당하는 지출을 포함하는 것으로 한다.

1. 본래의 용도를 변경하기 위한 개조

2. 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치

3. 빌딩 등의 피난시설 등의 설치

4. 재해 등으로 인하여 건물ㆍ기계ㆍ설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구

5. 기타 개량ㆍ확장ㆍ증설 등 제1호 내지 제4호와 유사한 성질의 것

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)