조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점법인의 주주이자 이사인 청구인과 쟁점법인 간의 쟁점주식의 거래가 특수관계인 간의 거래에 해당하는지 여부 등

사건번호 조심-2025-서-0590 선고일 2025.07.21

쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점주식 매매계약 체결일인 당시 쟁점법인의 등기임원인 사내이사이자 사용인(재고관리 등)으로 확인되고, 쟁점법인 발행주식을 청구인과 청구인의 동생이 90%를 보유하고 있어 쟁점법인과 국세기본법 시행령 제1조의2 제2항 제1호, 제3항 제1호 가목에 따른 특수관계인에 해당한다 할 것임 쟁점②에 대하여 살피건대, 쟁점매매사례가액은 쟁점주식 양도일부터 3개월을 초과하여 평가기간을 벗어난 점, 쟁점주식의 매매가액은 시가와의 차액이 3억원 이상인 점, 쟁점법인이 쟁점주식의 상증법상 평가액을 시가로 보아 그 차액을 익금산입한 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것임

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 동생 a(이하 “청구인 동생”이라 한다), b와 2006.11.6. 아래 <표1>과 같이 출자하여 ㈜c(이하 “쟁점법인”이라 한다)를 설립하였고, 2009년 균등 증자 후 보유 중이던 주식 8천주(1주당 액면가액 @OOO원, 이하 “쟁점주식”이라 한다)를 2020.11.25. 1주당 OOO원(총 OOO원, 이하 “쟁점거래가액”이라 한다)에 쟁점법인에 양도한 후, 같은 날 양도소득세 OOO원 및 증권거래세 OOO원을 신고하였다. <표1> 쟁점법인 설립 시 출자 현황 한편, 쟁점법인은 2018.9.6. 주주총회 의결로 d, e의 주식 각 2,000주(총 4,000주)를 1주당 OOO원(이하 “쟁점매매사례가액”이라 한다)에 매입하였다.
  • 나. 처분청은 2024.5.20.부터 2024.6.8.까지 청구인의 쟁점주식 양도에 대한 세무조사를 실시한 결과, 청구인과 쟁점법인이 특수관계에 해당하고, 청구인이 쟁점주식을 저가양도한 것으로 보아, 상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다)상 보충적 평가방법에 따라 쟁점주식을 OOO원(1주당 OOO원)으로 평가한 후 2024.6.17. 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 OOO원 및 증권거래세 OOO원을 경정⋅고지 하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.9.10. 이의신청을 거쳐, 2024.12.26. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 (1) 부당행위계산부인의 과세요건을 엄격하게 적용하지 않은 이 건 과세처분은 위법⋅부당하며, 이는 사적자치의 원칙과 공평과세를 위반한 처분이다. (가) 소득세법 제101조 제1항 은 양도소득의 부당행위계산을 규정하고 있는데, 이는 거주자가 특수관계인과의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 거래행위에 의하지 않고 소득세법 시행령 제167조 제3항 각 호에 열거된 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시킨 경우, 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정한 방법에 의하여 객관적으로 타당해 보이는 양도소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서(대법원 2017.1.25. 선고 2016두50686 판결 참조), 실질과세원칙을 구체화하여 공평과세를 실현하고자 하는 데에 그 입법 취지가 있다(대법원 1997 2.14. 선고 95누13296 판결 참조). 이처럼 부당행위계산부인은 사적자치의 원칙을 희생하더라도 공평과세를 실현하기 위한 특별한 규정이므로 그 요건인 ①특수관계인과의 거래인지 여부, ②정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의한 거래인지 여부, ③적정한 대가관계인지 여부 등을 모두 엄격하게 적용해야 할 것이다. (나) 이러한 내용을 쟁점주식 거래에 적용해 보면, ①쟁점법인의 경영에 청구인이 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 특수관계인인지를 판단한 후, ②거래행위의 제반사정을 고려하여 쟁점주식 거래가 정상적인 경제인의 합리적 거래행위가 아니라고 판단된다면, 비로소 ③대가관계를 검토하는 것이고, 그 대가관계는 먼저 제3자와의 일반적인 매매사례가액이 있다면 이를 적정한 대가인 ‘시가’로 인정하고, 매매사례가액이 없으면서 쟁점주식 거래가액이 정상적인 가격으로 인정되지 아니하는 경우에 한하여, 보충적 평가방법에 의한 평가액을 ‘시가’로 간주하여 부당행위 여부를 판단하는 것이다. (다) 그러나 처분청은 위 요건 대부분을 생략하거나 잘못 판단하였고, 마지막 단계인 보충적 평가방법을 기준으로 적용하여, 청구인이 저가양도 한 것으로 간주하여 부당행위계산부인 규정을 잘못 적용하였다.

(2) 처분청은 청구인이 쟁점법인에게 쟁점주식을 저가로 양도하여, 이익을 분여하고 양도소득세를 회피하였다고 보아 부당행위계산부인을 적용하였으나, 청구인은 쟁점주식 거래와 관련하여 쟁점법인에 영향력을 행사할 수 없는 쟁점주식의 ‘가격 수용자’에 불과하고, 본인보다 경제적 우위에 있는 쟁점법인에게 이익을 분여할 이유가 없으며, 쟁점주식을 고가로 양도할 경우, 그 양도차익이 추가적인 세 부담을 상회하는바, 이를 회피할 이유도 없어, ‘저가양도의 이익분여와 조세회피’라는 비정상적인 거래행위를 할 이유가 없다. (가) 쟁점주식은 비상장주식으로, 쟁점법인 외 양수할 자가 없었으며, 법인의 자기주식 매수는 주주총회 의결사항이지만, 아래 <표2>와 같이 양도 당시 청구인은 지분율이 낮은 ‘이사’의 직책에 있어 쟁점주식 가격결정에 영향력을 행사할 수 없었다. <표2> 2019년 말 쟁점법인의 주식보유 현황 (나) 또한, 쟁점법인 및 쟁점법인의 주주입장에서는 쟁점주식의 저가 매수가 더 유리하고, 청구인은 고가 양도가 유리하기 때문에 쟁점법인과 청구인의 이해관계가 상충하여 이익분여를 할 이유가 없었으며, 이익분여의 대상이 없는데도 쟁점주식의 가격이 저가에 결정된 것은 오히려 청구인이 쟁점법인에 영향력을 행사할 수 없었다는 증거로 쟁점주식 양도거래는 부당행위에 해당하지 않는다.

(3) 쟁점주식 양도거래는 제3자 매매사례를 참고하여 가격을 결정한 것으로 사회통념이나 상관행에 비추어 ‘경제적 합리성’을 갖춘 정상적인 행위인데, 처분청은 쟁점주식 거래행위가 경제적 합리성을 결여하였는지 여부에 대한 입증 없이, 비정상적이고 부당한 행위로 판단하였다. (가) 대법원 판례(2010.1.14. 선고 2009두12822 판결)는 “경제적 합리성의 유무에 관한 판단은 그 거래행위의 ‘대가관계’만을 따로 떼어내어 볼 것이 아니라, 거래행위의 제반사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 ‘경제적 합리성’을 결여한 비정상적인 것인지 여부에 따라 판단하여야 한다”고 판시하였다. 그러나 처분청은 단지 보충적 평가액 OOO원을 기준으로 ‘대가관계’의 적정성 여부를 판단하여, 쟁점주식거래를 비정상적이고 부당한 행위로 판단하였다. (나) 청구인은 2023년 말 퇴직을 앞두고, 배당이 없는 주식을 보유하는 것 보다, 쟁점주식을 처분하여 현금화하는 게 낫다고 판단하여 쟁점법인에 쟁점주식의 매수를 요청하였고, 쟁점법인은 소규모 비상장 기업으로 회계법인 등을 통한 별도의 평가는 진행하지 않았으며, 쟁점주식은 고가의 비상장주식으로 청구인 동생이나 제3자는 매수 실익이 없어 쟁점법인에 매수요청한 것이며, 쟁점주식의 가격은 쟁점법인이 퇴직주주에게 자기주식을 매수한 2년 전 사례를 참고하여 결정한 것이다. 쟁점주식 양도 당시 상황을 살펴보면, 플랜트 업계의 어려움으로 쟁점법인의 영업이익이 직전년도 OOO 원에서 OOO 원으로 97.1% 하락하였고, 영업을 전담하는 청구인 동생(1965년생)의 노령화로 향후 매출 전망 역시 밝지 않은 상태였으며, 청구인은 아래 <표3>과 같이 청구인 동생과의 지분비율 차이에 비해 상당히 많은 급여를 받고 있었기 때문에 쟁점법인으로부터 충분한 보상을 받고 있다고 느끼고 있었고, 쟁점법인은 주주에게 배당 대신 충분한 급여를 지급하는 무배당 정책을 시행하고 있어 쟁점주식에 대한 배당 기대수익 또한 “OOO”이었다. <표3> 청구인과 청구인 동생의 연간 급여 내역(2018∼2020년) (단위:원) (다) 쟁점매매사례가액은 2년 전 쟁점법인이 주주로부터 자기주식을 매입할 때 변호사를 선임하여 공정한 자산평가를 통해 확정한 가격이고, 이를 참고하여 청구인의 쟁점주식 양도가격을 결정한 것이며, 쟁점주식 거래 당시 법인 자산은 2년 전과 유사하고 이익은 오히려 감소한 상태로 전술한 바와 같이 쟁점법인의 상황이 좋지 않았던 점 등을 감안하면, 쟁점거래가액은 정상적인 거래에서 적용될 것으로 판단되는 가액이다. 또한, 쟁점거래가액은 2006년 출자 시 1주당 OOO원 대비 15배(연 평균 100% 이상) 상승한 가격으로, 쟁점법인이 부담한 법률비용까지 고려하면 청구인이 받아들일 수 있는 정상적이고 합리적인 가격이었고, 쟁점거래가액 합의과정에서 보충적 평가액 OOO원은 고려하지 못했으나, 쟁점거래가액이 보충적 평가액보다 OOO원 낮다고 경제적 합리성을 부인할 수는 없으며, 사회통념이나 상관행에 비추어 정상적인 가격으로 보아야 한다.

(4) 쟁점거래가액은 제3자 간 거래가격이자, 청구인과 쟁점법인 간 자유의사가 합치된 정상적인 가격이므로 법인세법 제52조 제2항 의 ‘시가’에 해당하여, 이 건 양도거래는 경제적 합리성이 결여된 ‘시가가 불분명한 경우’에 해당하지 않는다. (가) 보충적 평가방법은 평가요소의 불완전성으로 인해 그 사용이 제한적이고 보충적이어야 한다. 대법원 판례(2011.12.27. 선고 2011두21539 판결)는 주식의 교환가치란 회사의 자산과 손익을 기준으로 한 실질가치뿐 아니라 회사의 전망, 수익성, 주식의 거래가능성 등 다양한 요소들에 의하여 결정되는 것인데, 보충적 평가방법은 회사의 순자산(또는 순손익)을 기준으로 한 특정시점에서의 주식의 실질가치 계산에 초점이 맞춰져 있으므로 가격결정 요소를 총체적으로 반영할 수 있는 방법이 아니므로 주식의 교환가치와는 ‘상당한 괴리’가 발생할 수 있다고 하면서 그 불완전성을 지적하였다. (나) 개인과 법인 간의 거래 시 적용되는 법인세법 시행령 제89조 제2항 은 보충적 평가방법을 적용하기 위해서는 반드시 “시가가 불분명한 경우”로 한정하고 있어, 시가가 불분명한 경우에 해당하지 않는데도 보충적 평가방법을 적용한 것은 위법하고, 쟁점주식 거래금액 1주당 OOO원은 법인세법 제52조 제2항 의 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격에 해당하여 시가가 불분명한 경우에 해당하지 않는다. 만약, 청구인이 쟁점법인에 처분청 평가액인 1주당 OOO원에 매수 요청했다면 2년 만에 주식 가치가 1.77배 상승할 만한 특별한 이유가 없었기 때문에 쟁점법인은 이를 거부했을 것이므로 처분청이 주장하는 OOO원으로 쟁점주식을 거래할 가능성은 “OOO”이다. 오히려 처분청이 주장하는 보충적 평가액은 경제적 합리성이 결여된 것이며, 이를 강제하는 것은 ‘사적자치의 원칙’에 반하는 것으로, 앞서 설명한 ‘회사의 수익이나 전망, 주식의 거래 가능성’을 배제한 것이며, 쟁점법인 입장에서는 2년 만에 1.77배 상승한 가격 OOO원에 매수할 이유가 없고, 이를 수용하는 것은 매매사례와 비교할 때 오히려 친족 특혜에 해당하며, 회사의 형편은 고려하지 않고 당해 가격으로 강제된다면 세법이 사인(私人) 간 합리적 의사결정에 부당하게 간섭하게 되어 사적자치의 원칙에 반한다.

(5) 쟁점주식 거래는 개인과 법인 간 거래이므로 매매사례가액은 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 가 아닌 법인세법 시행령 제89조 를 적용해야 한다. (가) 처분청은 개인 간 거래에 적용하는 소득세법 시행령 제167조 제5항 에 근거하여, 2년 전 쟁점거래가액이 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 제1항 제1호 의 “양도일 전후 3개월 매매사례가액”에 해당하지 않는다고 보아 ‘시가’에서 배제했으나, 제5항은 개인 간 거래에 적용하는 것이고, 쟁점주식은 개인과 법인 간 거래가 명확하므로 같은 조 제6항을 우선 적용해야 한다. (나) 법인세법 시행령 제89조 제1항 은 평가기간을 제한하지 않고, “해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다”고만 규정한바, 쟁점주식 거래가액은 매매사례가액에 해당하고, 이 경우 법인세법 제52조 에 해당하지 않으므로, 소득세법 시행령 제167조 제6항 규정에 의거 소득세법 제101조 제1항 역시 적용되지 않는다. 참고로 거래 주체에 따른 두 조항의 차이를 요약하면 아래 <표4>와 같다. <표4> 개인과 개인, 개인과 법인 간 거래 시 평가방법의 차이

(6) 처분청이 적용한 보충적 평가방법은 전년도 자산과 손익이므로, 쟁점주식 거래일 2020.11.8.의 재무적 상황을 정확히 반영한 것으로 볼 수 없고, 거래일이 속한 2020년의 재무적 상황을 고려하여 쟁점거래가액의 적정성을 보아야 한다. 아래 <표5>와 같이 쟁점주식 거래일의 당해 사업연도 기업회계자료에 의하면 순손익은 오히려 감소(△138%)하고, 순자산은 OOO여 원 증가(3.6%)하였는데, 처분청은 보충적 평가방법으로 쟁점주식의 가격을 산정하면서, 쟁점주식의 양도가 발생한 2020년 세법상 순손익보다 오히려 시간적 거리가 큰 2019년 세법상 순손익을 더 큰 비중으로 반영함에 따라 거래 당시 재무상황을 왜곡하였다. <표5> 2018⋅2020년 당기순손익 및 순자산 비교 (단위:원) 쟁점주식 거래일 2020.11.8.의 재무상황은 쟁점주식 거래일이 속하는 2020년의 순손익이 2019년 세법상 순손익보다 적절하게 반영하고 있는 것이므로, 거래가격 1주당 OOO원은 오히려 ‘시가’보다 다소 높으며, 보충적 평가액 1주당 OOO원은 지나치게 과다하여 이를 경제적 합리성을 갖춘 시가로 볼 수는 없다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점주식 매매계약 체결일인 2020.11.8. 당시 쟁점법인의 등기임원인 사내이사이자 사용인인 것으로 확인될 뿐 아니라, 쟁점법인 발행주식을 청구인(20%)과 청구인 동생(70%)이 90%를 보유하고 있었고, 국세기본법 시행령 제1조의2 제2항 제1호 에서 ‘임원과 그 밖의 사용인’을 해당법인의 특수관계으로 규정하고 있고, 제3항 제1호 가목에서 ‘본인이 개인인 경우 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인’을 특수관계인으로 규정하면서, 같은 조 제4항에서 영리법인의 경우 ‘발행주식 총수의 100분의 30 이상을 출자’한 경우를 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 보도록 규정하고 있으므로, 청구인과 쟁점법인은 특수관계자에 해당하며, 또한 쌍방관계설적 입장에서도 청구인이 쟁점법인의 주식을 1% 이상 보유한 비소액주주에 해당하므로 특수관계자에 해당한다.

(2) ‘개인과 법인 간의 매매거래’이므로 법인세법 시행령 제89조 제1항 에 따라 2년 전 가격인 쟁점매매사례가액을 시가로 보아야 한다는 청구인의 주장은 다음과 같은 사유로 받아들일 수 없다. (가) 법인세법상 시가를 준용한다 하더라도 쟁점법인이 쟁점주식 거래와 유사한 상황에서 거래한 가격만이 시가에 해당(법인세법시행령 제89조 제1항)한다고 할 것인바, 쟁점법인이 2018.9.6. 자기주식을 쟁점매매사례가액으로 계약한 상황과 2020.11.8. 쟁점주식 거래 상황은 아래 <표6>과 같이 유사하지 않다. <표6> 거래시기에 따른 쟁점법인 순손익 비교 (단위: 원) (나) 청구인은 ‘가격수용자’에 불과하여 ’저가양도의 이익 분여와 조세회피‘라는 비정상적 거래 행위가 불가능하였다고 주장하지만, 쟁점주식의 양도에 앞서 공신력 있는 회계법인을 통하여 쟁점주식의 적정한 가치를 평가하거나, 쟁점매매사례가액 기준일인 2018.9.6.부터 약 2년 2개월이 지난 상황에서 양도일까지의 별도로 가치변동분의 평가 등을 거친 것도 아니었으며, 자기주식을 취득하려는 쟁점법인과 가격협상을 하고자 하는 충분한 노력이 없었던 점 등을 종합판단해 볼 때, 2년 2개월 전인 쟁점매매사례가액으로 쟁점주식을 특수관계인 쟁점법인에게 양도한 것은 조세회피를 위한 저가양도로 경제적 합리성이 결여된 것이다.

(3) 청구인이 쟁점매매사례가액으로 양도가액을 신고한 것은 경제적 합리성이 결여된, 조세부담을 회피하기 위한 특수관계자 간의 저가양도이기에 부당행위계산부인을 적용하고, 시가산정에 있어서는 쟁점주식 양도당시 시가를 산정하기 어려운 경우로 보아 상증법상 보충적 평가방법을 적용하여 경정⋅고지한 처분청의 이 건 처분은 적법․타당하다.

(4) 쟁점매매사례가액은 쟁점주식 거래와 유사한 상황에서 발생한 것도 아니고, 계속적으로 거래한 가격도 아니므로 시가에 해당하지 아니한다. (가) 소득세법 시행령 제167조 제6항 은 ‘개인과 법인 간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 법인세법 시행령 제89조 의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 법인세법 제52조 의 규정이 적용되지 아니한 경우에는 법 제101조 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.’라고 규정하고 있고, 법인세법 제15조 제2항 제1호 규정의 도입 취지가 ‘개인이 유가증권을 특수관계에 있는 법인(특히 가족소유기업)에게 무상에 가까운 저가로 양도하는 방법으로 상속·증여세 등을 회피하는 사례가 발생함에 따라 이를 방지하기 위함’인데, 쟁점법인은 2020사업연도 법인세 신고 시 법인세법 제15조 제2항 제1호 를 적용하여 쟁점주식 매입가액과 시가와의 차액 OOO원을 익금산입한바, 이는 쟁점법인 스스로가 쟁점거래가액이 법인세법상 시가가 아님을 시인하는 것이므로 쟁점거래가액은 시가에 해당하지 아니한다. (나) 소득세법 시행령 제167조 제5항 에서 양도소득의 부당행위계산 규정 적용 시 시가는 상증법 제60조 및 같은 법 시행령 제49조에 따라 평가한 가액에 따른다고 규정하고 있으므로 쟁점주식의 시가를 청구인이 주장하는 법인세법 시행령 제89조 에 따라 평가할 여지는 없는 것이고, 쟁점매매사례가액은 계속적인 거래가 아닌 1회 거래한 가격에 불과하여 해당 가격을 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격인 시가로 보기 어려울 뿐 아니라, 소득세법 시행령 제167조 제5항 의 평가기간, 즉 ‘양도일 또는 취득일 전후 각 3개월의 기간’을 벗어난 기간의 거래가격에 해당하여 쟁점주식 양도당시 쟁점주식의 시가로 보기 어렵다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점

① 쟁점법인의 주주이자 이사인 청구인과 쟁점법인 간의 쟁점주식의 거래가 특수관계인 간의 거래에 해당하는지 여부

② 청구인이 쟁점매매사례가액으로 신고한 쟁점거래가액을 법인세법 시행령 제89조 제1항 에 따른 시가로 볼 수 있는지 여부

  • 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 처분청의 청구인에 대한 2020년 귀속 양도소득세 및 증권거래세 경정 주요 내용은 아래 <표7>⋅<표8>과 같다. <표7> 양도소득세 경정 주요내용 (단위: 원) <표8> 증권거래세 경정 주요내용 (단위: 원) (나) 쟁점법인 등기부등본에 따르면, 쟁점법인은 2006.11.6. 설립된 법인으로, ○○도 ○○시에서 비철금속 등의 제조업 등을 영위하고 있고, 쟁점주식 양도일(2020.11.8.) 현재 등기임원은 대표이사 a(청구인 동생)과 사내이사 f, 청구인이 재직 중이었다. (다) 쟁점법인의 2018 및 2020사업연도 주식변동상황명세서 주요 내용은 아래 <표9>⋅<표10>과 같으며, 2018∼2023사업연도 중 아래 주식변동 외 다른 변동은 없었다. <표9> 2018사업연도 자본금(출자금) 세부 변동 내역 (단위: 주, %) <표10> 2020사업연도 자본금(출자금) 세부 변동내역 (단위: 주, %) (라) 한편, 쟁점법인은 2018 및 2020사업연도 법인세 신고 시 자기주식의 시가와 취득가액의 차액을 아래 <표11>⋅<그림1>과 같이 익금산입하고 유보처분하였다. <표11> 쟁점법인 익금산입 및 유보처분 금액 계산 (단위:원) <그림1> 2018 및 2020사업연도 법인세 신고 내용 (마) 2015∼2020사업연도 쟁점법인의 재무제표 순자산⋅순손익 현황은 아래 <표12>와 같다. <표12> 쟁점법인의 재무제표 순자산⋅순손익 현황 (단위: 천원) (바) 쟁점법인 발행주식의 상증법상 보충적 평가방법에 따른 1주당 평가액은 아래 <표13>과 같다. <표13> 쟁점법인의 보충적 평가방법에 따른 1주당 평가액

(2) 청구인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구인은 g에서 사무담당 관리업무를 담당하다가 회사의 파산으로 퇴직 후 ○○○도 ○○군에서 버섯농사를 하던 중 청구인 동생이 근무 중이던 회사에서 독립하면서 2006.11.6. 국내외 산업플랜트 현장에 보온단열재를 납품하는 쟁점법인을 설립하게 되어 쟁점법인에 출자 및 취직하였고, 청구인 동생은 대표이사로서 매출처 영업과 자재 개발 및 구매 등 모든 업무를 총괄관리하고, 청구인은 ○○○도 ○○시 ○○읍 소재의 쟁점법인 창고에서 자재의 재고관리 및 출하⋅납품을 담당하였다. (나) 청구인 동생은 2008년 1월 입사한 h의 배우자에게 쟁점법인의 지분 10%를 주었고, 2010년 말 퇴사한 h은 배당 요구와 함께 손해배상청구(주주대표소송) 등 여러 소송을 제기하였으나 각하된바, 쟁점법인이 사실상 승소하였으나 쟁점법인은 더 이상 분쟁을 원치 않아 양측 변호사의 중재로 h의 배우자 주식을 아래 <표14>와 같이 쟁점매매사례가액으로 매수하기로 합의하였고, 2018.9.6. <그림2>와 같이 임시주주총회 의결을 거쳐 매수하였으며 당시 쟁점법인의 평가는 <그림3>에 따른 것이다. <표14> 2018년 쟁점법인의 주식거래 요약 (단위: 천원) <그림2> 주주총회 의사록 일부 발췌 <그림3> 2018년 주식 양도 시 쟁점법인 주식 평가서 (다) 쟁점주식 양도와 관련하여, 2020.11.8. 임시 주주총회 의사록 및 2020.11.25. 체결한 주식매매계약서를 제출한바, 쟁점법인 주식 8,000주를 1주당 OOO원(총 OOO원)에 주주총회에서 승인된 회사의 이익잉여금으로 매입한 것이 확인된다. (라) 청구인 동생은 청구인의 아들 i을 2020년 2월 쟁점법인에 입사시켜 정년퇴직 예정인 청구인의 업무를 인수하도록 배려하였고, 청구인은 2023.12.31. 쟁점법인에서 퇴사한 사실이 확인된다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점주식 매매계약 체결일인 2020.11.8. 당시 쟁점법인의 등기임원인 사내이사이자 사용인(재고관리 등)으로 확인되고, 쟁점법인 발행주식을 청구인과 청구인의 동생이 90%를 보유하고 있어 쟁점법인과 국세기본법 시행령 제1조의2 제2항 제1호, 제3항 제1호 가목에 따른 특수관계인에 해당한다 할 것이다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점주식이 비상장주식이고, 쟁점주식 양도일 현재 쟁점법인의 업황 등을 고려하면 쟁점매매사례가액은 경제적 합리성이 결여되었다고 보기 어려우므로 법인세법 시행령 제89조 에 따라 쟁점매매사례가액을 쟁점주식의 시가로 보아야 한다고 주장하나, 소득세법 제101조 제1항 및 같은 법 시행령 제167조 제3항과 제5항에서 부당행위계산 부인과 시가를 규정하고 있고, 제6항에서 개인과 법인간에 재산을 양도 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 법인세법 시행령 제89조 의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 법인세법 제52조 의 규정이 적용되지 아니한 경우에는 소득세법 제101조 제1항 의 규정을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는바, e이 2018.4.26. 쟁점법인의 주식 2,000주를 주주 d으로부터 1주당 OOO원에 취득한 이후 쟁점법인은 2018.9.6. 주주총회 결의로 주주 e, d으로부터 각 2,000주를 1주당 OOO원에 인수하기로 하였으나 개인 간에 1주당 OOO원에 거래된 쟁점법인의 주식을 4개월 후에 쟁점법인이 1주당 OOO원에 취득하였음에도 객관적인 산정근거가 확인되지 아니한 점, 쟁점법인이 2018.9.6. 자기주식을 취득할 당시 상증법상 보충적 평가방법에 따라 계산된 쟁점법인의 1주당 평가액과 인수가액의 차액인 OOO원을 익금산입하였고, 2020.11.25. 쟁점주식을 1주당 OOO원에 취득하고 상증법상 보충적 평가방법에 따른 평가액과의 차액 OOO원을 익금산입하여, 쟁점매매사례가액을 법인세법 시행령 제89조 의 시가로 보지 아니하고 법인세법 제15조 및 제52조에 따라 시가보다 낮은 가액으로 매입한 경우로 보아 그 차액을 익금산입한 것으로 나타나는 점, 쟁점매매사례가액은 직원 h과 소송 이후 주주인 h의 배우자와 거래된 1회성 거래가액이며, 쟁점주식 매매일부터 2년 2개월 이전 거래로서 쟁점법인의 각 사업연도 순자산·순손익 변동 등으로 법인세법 시행령 제89조 에서 규정한 쟁점주식 거래 당시와 경제적 상황이 유사하다고 보기 어려운 점, 소득세법제101조 제1항 및 같은 법 시행령 제3항에서 특수관계인과의 거래로 인하여 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우란 시가와 거래가액의 차액이 OOO원이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로 규정하고 있고, 제5항에서 시가는 상증법령을 준용하며, 매매사례가액의 경우 양도일 전후 각 3개월 기간으로 한다고 규정하고 있는바, 쟁점매매사례가액은 쟁점주식 양도일부터 3개월을 초과하여 평가기간을 벗어난 점, 쟁점주식의 매매가액은 시가와의 차액이 OOO원 이상인 점, 상증법상 보충적 평가방법에 의한 쟁점주식의 가액은 1주당 OOO원으로 계산된 점, 쟁점법인이 쟁점주식의 상증법상 평가액을 시가로 보아 그 차액을 익금산입한 점 등에 비추어 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점주식의 양도에 대하여 부당행위계산부인 규정을 적용하여 청구인에게 2020년 귀속 양도소득세 등을 부과한 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등 (1) 소득세법 제101조(양도소득의 부당행위계산) ① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자의 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다.

⑤ 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2) 소득세법 시행령 제98조(부당행위계산의 부인) ① 법 제41조 및 제101조에서 “특수관계인”이란 국세기본법 시행령 제1조의2 제1항, 제2항 및 같은 조 제3항 제1호에 따른 특수관계인을 말한다. 제167조(양도소득의 부당행위 계산) ③ 법 제101조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 때를 말한다. 다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우로 한정한다.

1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때

⑤ 제3항 및 제4항을 적용할 때 시가는 상속세 및 증여세법 제60조 부터 제66조까지와 같은 법 시행령 제49조, 제50조부터 제52조까지, 제52조의2, 제53조부터 제58조까지, 제58조의2부터 제58조의4까지, 제59조부터 제63조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액에 따른다. 이 경우 상속세 및 증여세법 시행령 제49조 제1항 각 호 외의 부분 본문 중 "평가기준일 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다) 이내의 기간"은 "양도일 또는 취득일 전후 각 3개월의 기간"으로 본다.

⑥ 개인과 법인간에 재산을 양수 또는 양도하는 경우로서 그 대가가 법인세법 시행령 제89조 의 규정에 의한 가액에 해당되어 당해 법인의 거래에 대하여 법인세법 제52조 의 규정이 적용되지 아니하는 경우에는 법 제101조 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. (단서 생략) (3) 국세기본법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

20. “특수관계인”이란 본인과 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다. 이 경우 이 법 및 세법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.

  • 가. 혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계
  • 나. 임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계
  • 다. 주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계 (4) 국세기본법 시행령 제1조의2(특수관계인의 범위) ① 법 제2조 제20호 가목에서 “혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “친족관계”라 한다)를 말한다.

1. 4촌 이내의 혈족

2. 3촌 이내의 인척

3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자ㆍ직계비속

5. 본인이 민법에 따라 인지한 혼인 외 출생자의 생부나 생모(본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 사람 또는 생계를 함께하는 사람으로 한정한다)

② 법 제2조 제20호 나목에서 “임원ㆍ 사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “경제적 연관관계”라 한다)를 말한다.

1. 임원과 그 밖의 사용인

2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 자

3. 제1호 및 제2호의 자와 생계를 함께하는 친족

③ 법 제2조 제20호 다목에서 “주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계”란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 “경영지배관계”라 한다)를 말한다.

1. 본인이 개인인 경우
  • 가. 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
  • 나. 본인이 직접 또는 그와 친족관계, 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인

④ 제3항 제1호 각 목, 같은 항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 다음 각 호의 구분에 따른 요건에 해당하는 경우 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다.

1. 영리법인인 경우
  • 가. 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 출자한 경우
  • 나. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 경우 (5) 법인세법 제15조(익금의 범위) ② 다음 각 호의 금액은 익금으로 본다.

1. 특수관계인인 개인으로부터 유가증권을 제52조 제2항에 따른 시가 보다 낮은 가액으로 매입하는 경우 시가와 그 매입가액의 차액에 상당하는 금액 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (6) 법인세법 시행령 제89조(시가의 범위 등) ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다. (단서 생략)

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등 및 가상자산은 제외한다.

2. 상속세 및 증여세법 제38조 ㆍ제39조ㆍ제39조의2ㆍ제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가할 때 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 거래소 최종시세가액으로 하며, 상속세 및 증여세법 제63조 제2항 제1호 ㆍ제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항ㆍ제2항을 준용할 때 “직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)”은 각각 “직전 6개월”로 본다. (7) 상속세 및 증여세법 제60조(평가의 원칙 등) ① 이 법에 따라 상속세나 증여세가 부과되는 재산의 가액은 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 현재의 시가(時價)에 따른다. (후단 생략)

② 제1항에 따른 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된다고 인정되는 가액으로 하고 수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것을 포함한다.

③ 제1항을 적용할 때 시가를 산정하기 어려운 경우에는 해당 재산의 종류, 규모, 거래 상황 등을 고려하여 제61조부터 제65조까지에 규정된 방법으로 평가한 가액을 시가로 본다. 제63조(유가증권 등의 평가) ① 유가증권 등의 평가는 다음 각 호의 어느 하나에서 정하는 방법으로 한다.

1. 주식등의 평가
  • 나. 가목 외의 주식등은 해당 법인의 자산 및 수익 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 방법으로 평가한다. (8) 상속세 및 증여세법 시행령 제49조(평가의 원칙등) ① 법 제60조 제2항에서 “수용가격ㆍ공매가격 및 감정가격 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것”이란 상속개시일 또는 증여일(이하 “평가기준일”이라 한다) 전후 6개월(증여재산의 경우에는 평가기준일 전 6개월부터 평가기준일 후 3개월까지로 한다. 이하 이 항에서 “평가기간”이라 한다)이내의 기간 중 매매ㆍ감정ㆍ수용ㆍ경매(민사집행법에 따른 경매를 말한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 공매(이하 이 조 및 제49조의2에서 “매매등”이라 한다)가 있는 경우에 다음 각 호의 어느 하나에 따라 확인되는 가액을 말한다.(단서 생략)

1. 해당 재산에 대한 매매사실이 있는 경우에는 그 거래가액.(단서 생략) 제54조(비상장주식등의 평가) ① 법 제63조 제1항 제1호 나목에 따른 주식등(이하 이 조에서 “비상장주식등”이라 한다)은 1주당 다음의 계산식에 따라 평가한 가액(이하 “순손익가치”라 한다)과 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율[부동산과다보유법인(소득세법 제94조 제1항 제4호 다목에 해당하는 법인을 말한다)의 경우에는 1주당 순손익가치와 순자산가치의 비율을 각각 2와 3으로 한다]로 가중평균한 가액으로 한다. 그 가중평균한 가액이 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액 보다 낮은 경우에는 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액을 비상장주식등의 가액으로 한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)