쟁점건물의 장부가액의 경우 청구인이 2002년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 동안 고정자산과 관련하여 수취한 매입세금계산서상 공급가액 합계 및 쟁점건물의 시공사가 제출한 고용보험 가입 증명원상 쟁점건물 신축공사의 총 공사금액 등을 고려할 때 이는 장부 및 기타 증빙서류에 따른 쟁점건물의 실지취득가액에 해당한다고 볼 수 있는 점, 청구인이 쟁점건물의 장부가액을 기준으로 종합소득세를 신고․납부하여 왔고, 위 장부가액이 허위로 계상되었다거나 실지취득가액으로 볼 수 없다는 점에 대하여 청구인이 쟁점건물 신축공사 도급계약서 및 금융거래 증빙자료 등을 통해 입증하지 못하는 이상 쟁점건물의 장부가액이 취득 당시 쟁점건물의 기준시가보다 낮다는 이유만으로 이를 허위로 계상된 가액이라고 단정하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어, 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨
[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]
(1) 소득세법제97조 제1항은 양도자산의 필요경비 계산시 취득가액을 실지거래가액을 기준으로 하되, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한하여 매매사례가액, 감정가액, 환산가액을 적용하도록 규정하고 있고, 소득세법 시행령제176조의2 제2항에 따르면 환산취득가액은 실지거래취득가액을 확인할 수 없는 경우 실지양도가액을 기준으로 취득당시 양도자산의 기준시가로 환산하는 방법으로 양도당시 기준시가에서 취득당시 기준시가가 차지하는 비율을 실지양도가액에 곱하여 환산취득가액을 산정하도록 규정하고 있다.
(2) 청구인은 2002년경 쟁점건물을 신축하여 취득하였고, 취득 당시에는 기준시가에 의한 양도소득세 과세가 원칙이었던 상황에서 기준시가를 기준으로 취득세를 신고하는 것이 통상의 관행이어서 이러한 관행에 따라 쟁점건물에 대한 취ㆍ등록세 과세표준 신고시 실지거래가액보다 낮은 가액으로 취․등록세를 신고하였으며, 쟁점건물을 임대사업을 영위하는 쟁점사업장의 고장자산으로 사용하면서 장부에 기준시가보다도 낮은 가액을 계상하였다.
(3) 한편 청구인은 청구인의 가족들과 쟁점부동산을 양도한 이후 이에 대한 양도소득세 신고를 하면서 쟁점부동산의 취득과 관련된 증빙자료가 부실하여 우선 쟁점사업장의 대차대조표상 계상된 쟁점건물에 대한 장부가액을 기준으로 청구인 건물 소유분의 실지취득가액을 산정하여 양도소득세를 신고하였고, 이후 취득과 관련된 객관적인 증빙자료를 확보한 후 실지취득가액을 기준으로 경정청구를 제기하고자 하였으나, 취득일로부터 오랜 시간이 경과한 관계로 관련 증빙자료를 확보하지 못하여 환산취득가액을 적용하여 이 건 경정청구를 제기한 것이다.
(4) 처분청은 청구인의 경정청구를 거부하면서 그 사유로 쟁점사업장의 대차대조표상 쟁점건물의 장부가액을 고려할 때 청구인이 당초 이를 기준으로 신고한 청구인 건물 소유분의 취득가액이 실지취득가액에 해당하는 것으로서 실지취득가액이 불명확한 경우에 해당하지 않는다는 의견이나, 쟁점건물의 관할 지방자치단체장을 통해 조회한 청구인의 쟁점건물에 대한 취득세 신고내역에 따르면 쟁점건물의 가액을 OOO원으로 하여 취득세를 신고한 것으로 확인되고, 이는 쟁점사업장의 표준대차대조표상 쟁점건물의 장부가액보다 높은 가액으로서 위 장부가액을 실지가액으로 인정하기는 어렵다.
(5) 또한 청구인이 쟁점토지 지상에 소재한 기존 건물을 멸실한 후 쟁점건물을 신축하여 취득하였는바, 기존 건물의 취득비용 및 철거비용 모두 쟁점토지의 자본적 지출에 해당함에도 관련 증빙자료가 없어 이 건 양도소득세 계산시 필요경비로 반영하지 못한 것을 고려할 때 이 건 양도소득세 신고시 적용한 취득가액이 실지취득가액에 해당하지 않는 것으로 볼 수 있으므로, 소득세법 시행령제176조의2 제2항 제2호에 따라 환산취득가액을 적용하여 양도소득세 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다.
(1) 양도소득세의 과세표준 및 세액은 실지거래가액에 의하여 결정하는 것이 원칙이고, 환산가액을 기준으로 하기 위해서는 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 있어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 실지거래가액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용된다고 보아야 할 것이다(대법원 2024.3.10. 선고 2023두59452 판결 참조).
(2) 청구인은 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우에 해당하므로 청구인 건물 소유분에 대하여 환산취득가액을 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인이 양도소득세 신고시 쟁점건물의 장부가액을 기준으로 산정한 청구인 건물 소유분의 취득가액은 실지취득가액에 해당한다고 볼 수 있으므로, 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우로서 환산취득가액을 적용하여야 한다는 청구인의 주장을 받아들이기 어렵다. (가) 청구인은 쟁점건물을 신축한 이후 쟁점사업장의 대차대조표상 쟁점건물의 장부가액을 OOO원으로 계상하고, 이를 기초로 감가상각비를 계상한 뒤 필요경비로 공제하여 종합소득세를 신고하였고, 이 건 양도소득세 신고시에도 위 장부가액을 기준으로 청구인 건물 소유분에 대한 실지취득가액을 산정하여 과세표준 및 세액을 산정하였으며, 쟁점건물의 시공사가 제출한 증빙자료(고용보험 가입 증명원)에도 쟁점건물의 공사금액이 OOO원으로 확인되므로, 청구인이 당초 쟁점건물의 장부가액을 기준으로 신고한 취득가액을 실지취득가액에 해당한다고 볼 수 있다. (나) 청구인은 쟁점건물의 기준시가에 비해 쟁점사업장의 표준대차대조표상 계상된 쟁점건물의 장부가액이 낮으므로 이를 실지취득가액에 해당한다고 볼 수 없다고 주장하나, 납세의무자가 종합소득세 신고시 성실하게 작성ㆍ제출된 장부를 부인하도록 허용한다면 조세의 신고ㆍ납부체계의 근간을 뒤흔들게 되고, 증빙서류의 보관기간인 5년이 지난 이후에 실지거래가액을 기준으로 한 양도차익 산정이 불리하다고 판단되는 경우 납세의무자가 증명서류 미보관 등을 이유로 환산취득가액을 취사선택할 경우 조세회피에 부당하게 사용될 우려가 있는바(서울고등법원 2014.8.20. 선고 2014누40038 판결 참조), 쟁점사업장의 표준대차대조표상 계상된 쟁점토지의 장부가액의 경우 매매계약서상 매매가액과 관련 취ㆍ등록세를 합한 금액과 일치하고 있는 점을 고려할 때 쟁점건물의 장부가액만이 실지취득가액과 다르게 계상되었다고 보기도 어렵고, 청구인이 당초 종합소득세 신고시 제출된 쟁점사업장의 표준대차대조표상 계상된 쟁점건물의 장부가액이 과소 계상되었다는 점에 대하여 객관적인 증빙자료를 통해 이를 입증하지 못한 이상 청구인의 주장을 인정하기는 어렵다.
쟁점건물의 실지취득가액이 확인되지 아니하는 경우로 보아 환산취득가액을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구이유서 및 처분청 답변서 등의 이 건 심리자료를 종합하면, 아래와 같은 사실들이 나타난다. (가) 청구인은 2002.1.18. 쟁점토지 및 쟁점토지 지상의 건물(664.72㎡)을 매매가액 OOO원에 취득하고, 쟁점토지 취득가액을 기준으로 취득세 및 등록세 과세표준을 산정하여 취․등록세 합계 OOO원을 신고․납부한 것으로 확인된다. (나) 청구인은 쟁점토지 지상의 건물(664.72㎡)을 멸실한 후 2002.3.11. 쟁점건물에 대한 건축허가를 받아 쟁점건물을 신축하여 2002.11.12. 사용승인을 받아 이를 취득하였고, 쟁점건물 신축공사와 관련된 도급계약서는 확인되지 않으나, 2002.11.28. 쟁점건물 관할 지방자치단체에 아래 <표1>과 같이 쟁점건물에 대한 과세표준을 OOO원으로 산정하여 취․등록세를 신고․납부한 것으로 확인되며, 처분청이 쟁점건물 건축물대장상 시공사인 주식회사 이평종합건설에 쟁점건물 건축공사와 관련된 증빙자료 제출을 요청하여 제출받은 고용보험 가입 증명원에 따르면 쟁점건물에 대한 건축공사 공사금액은 OOO원으로 확인된다. <표1> 쟁점건물 취ㆍ등록세 신고내역
○○○ (다) 쟁점사업장의 2002년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고내역은 아래 <표2>와 같고, 복식부기의무자로서 2002년 귀속 종합소득세 신고시 제출된 쟁점사업장의 표준대차대조표상 쟁점부동산 관련 내역은 아래 <표3>과 같으며, 2021년 기준 쟁점사업장의 대차대조표상 건물의 장부가액의 경우 OOO원(기초가액 OOO원 및 감가상각누계액 OOO원)으로 확인된다. <표2> 2002년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고내역
○○○ <표3> 2002년 쟁점사업장 표준대차대조표(일부 발췌)
○○○ (라) 청구인은 2022.7.26. 쟁점건물을 9개 호실로 구분된 집합건축물로 변경한 후 아래 <표4>와 같이 2022.9.6. 청구인의 가족들에게 일부 호실 및 부속토지를 증여한 것으로 확인되고, 2022.9.23. 청구인 및 <표4> 기재의 청구인의 가족이 쟁점부동산을 양도가액 합계 OOO원에 일괄 양도한 것으로 확인되며, <표5>의 매매계약에 따른 쟁점부동산 각 호실 및 그 부속토지의 양도가액 상세내역은 아래 <표6>과 같다. <표4> 쟁점부동산 소유자 상세내역
○○○ <표5> 쟁점부동산 매매계약서
○○○ <표6> 쟁점부동산 양도가액 상세내역
○○○
(2) 청구인은 2022.11.30. 청구인 소유분에 대하여 취득가액을 실지거래가액(토지분 취득가액 OOO원 및 건물분 취득가액 합계 OOO원)으로 하여 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다가, 2024.2.8. 청구인 건물 소유분에 대한 취득가액이 불분명한 경우에 해당하므로 소득세법 시행령제176조의2 제2항 제2호의 규정에 의한 환산가액을 취득가액으로 적용하여 아래 <표7>과 같이 기신고․납부한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 환급해달라는 취지로 경정청구를 제기하였고, 처분청은 청구인의 쟁점사업장 관련 2001년 제1기 및 제2기 부가가치세 신고내역상 쟁점건물관련 매입 공급가액(고정자산 관련 매입 공급가액 합계 OOO원) 및 종합소득세 신고시 제출된 쟁점사업장의 표준대차대조표 기재 내용(건물 장부가액 OOO원) 등을 고려할 때 쟁점건물의 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 보기 어렵다는 이유로 청구인의 경정청구를 거부하였다. <표7> 환산취득가액 적용시 양도소득세 산정내역
○○○
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 취득가액과 관련하여 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 있는 장부 등이 허위 또는 미비한 경우에 해당하므로 환산취득가액을 기준으로 청구인 건물 소유분의 취득가액을 산정하여 양도소득세 과세표준 및 세액을 경정하여야 한다고 주장하나, 소득세법 시행령제176조의2 제1항 제1호는 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우 취득가액을 환산가액 등으로 결정할 수 있다고 규정하고 있는바, 쟁점건물의 장부가액(OOO원)의 경우 청구인이 2002년 제1기 및 제2기 부가가치세 과세기간 동안 고정자산과 관련하여 수취한 매입세금계산서상 공급가액 합계 OOO원 및 쟁점건물의 시공사가 제출한 고용보험 가입 증명원상 쟁점건물 신축공사의 총 공사금액(OOO원) 등을 고려할 때 이는 장부 및 기타 증빙서류에 따른 쟁점건물의 실지취득가액에 해당한다고 볼 수 있는 점, 청구인이 쟁점건물의 장부가액을 기준으로 종합소득세를 신고․납부하여 왔고, 위 장부가액이 허위로 계상되었다거나 실지취득가액으로 볼 수 없다는 점에 대하여 청구인이 쟁점건물 신축공사 도급계약서 및 금융거래 증빙자료 등을 통해 입증하지 못하는 이상 쟁점건물의 장부가액이 취득 당시 쟁점건물의 기준시가보다 낮다는 이유만으로 이를 허위로 계상된 가액이라고 단정하기는 어려워 보이는 점 등에 비추어, 청구인의 위 주장을 인정하기는 어려우므로, 처분청이 환산취득가액을 적용할 수 있는 경우에 해당하지 않는 것으로 보아 청구인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 소득세법(2022.12.31. 법률 제19196호로 개정되기 전의 것) 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.
2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산취득가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.
③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다.
⑤ 취득에 든 실지거래가액의 범위 등 필요경비의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제100조(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산할 때 양도가액을 실지거래가액(제96조 제3항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액 등을 포함한다)에 따를 때에는 취득가액도 실지거래가액(제97조 제7항에 따른 가액 및 제114조 제7항에 따라 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액이 적용되는 경우 그 매매사례가액ㆍ감정가액ㆍ환산취득가액 등을 포함한다)에 따르고, 양도가액을 기준시가에 따를 때에는 취득가액도 기준시가에 따른다. 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령(2023.2.28. 대통령령 제33267호로 개정되기 전의 것) 제163조(양도자산의 필요경비) ⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산취득가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등(이하 이 조에서 “감정평가법인등”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우
② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.
2. 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호 가목에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다. 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가(제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가)
③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차적으로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 않는다)하여 산정한 가액에 따른다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 않는다.
1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액
2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 기준시가가 10억원 이하인 자산(주식등은 제외한다)의 경우에는 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 하나의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 경우 그 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)으로 한다.
3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액
(3) 지방세법(2002.12.30. 법률 제6838호로 개정되기 전의 것) 제111조 (과세표준) ① 취득세의 과세표준은 취득당시의 가액으로 한다. 다만, 년부로 취득하는 경우에는 년부금액으로 한다.
② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.
2. 토지외의 과세대상에 대한 시가표준액은 당해지방자치단체의 장이 거래가격, 수입가격, 신축ㆍ건조ㆍ제조가격등을 참작하여 정한 기준가격에 종류ㆍ구조ㆍ용도ㆍ경과년수등 대통령령이 정하는 과세대상별 특성을 감안하여 결정한 매년 1월 1일 현재의 가액. 다만, 시가표준액이 결정되지 아니한 과세대상의 경우에는 납세의무성립일 현재를 기준으로 결정한 가액을 시가표준액으로 하고, 이미 결정된 시가표준액이 기준가격의 변동 또는 기타 사유로 현저하게 불합리하다고 인정되는 경우에는 시가표준액을 변경하여 결정할 수 있다.
③ 건축물을 건축(新築 및 再築을 제외한다) 또는 개수한 경우와 대통령령이 정하는 선박ㆍ차량 및 기계장비의 종류변경 또는 토지의 지목을 사실상 변경한 경우에는 그로 인하여 증가한 가액을 각각 과세표준으로 한다. 이 경우 제2항의 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 신고가액이 대통령령이 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다.
결정 내용은 붙임과 같습니다.