조세심판원 심판청구 법인세

장애인고용부담금의 손금 여부

사건번호 조심-2025-서-0222 선고일 2025.02.24

장애인고용부담금은 법인세법이 정한 관련 법령 위반 등의무불이행에 따른 제재(制裁)로서, 부과되는 공과금으로 보이는바, 손금 인정은 어려워 보임

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 의료업을 영위하는 비영리재단법인으로, 장애인고용촉진 및 직업재활법(이하 “장애인고용법”이라 한다) 제28조 제1항에 따라 의무고용률 이상의 장애인고용의무를 부담하는 사업자이나 장애인고용법상 의무고용률을 달성하지 못하자, 같은 법 제33조 제1항에 따라 2018사업연도에 OOO원의 부담금(이하 “쟁점장애인고용부담금”이라 한다)을 납부하는 한편, 2018사업연도 법인세 신고 당시 쟁점장애인고용부담금을 손금불산입하였다.
  • 나. 청구법인은 2024.3.25. 처분청에 쟁점장애인고용부담금이 법인세법 제21조 제5호 에 따른 “법령에 따른 의무 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금”에 해당하지 않아 법인세 손금대상에 해당하므로, 과다납부한 2018사업연도 법인세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 장애인고용법 제33조 에 따라 납부하는 부담금(이하 “장애인고용부담금”이라 한다)은 법인세법 제21조 제5호 에 따라 손금불산입되는 공과금에 해당한다고 보아, 2024.4.17. 이를 거부하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2024.7.8. 이의신청을 거쳐 2024.12.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 (1) 법인세법 제19조 제1항 ㆍ제2항ㆍ제4항 및 같은 법 시행령 제19조 제10호에 의하면, 공과금은 손금의 일종이나, 법인세법 제21조 제5호 는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지 제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’은 손금에 산입하지 않는다고 하여 그 예외사항을 규정하고 있다. 이에 대하여 대법원도 공과금은 사업경비의 성격을 띠는 것으로 손금에 산입되는 것이 원칙이고, 예외적으로 그 성질상 비용으로 볼 수 없거나 조세정책적 또는 기술적 이유에 의하여 손금으로 산입하는 것이 바람직하지 않아 법률에서 정한 경우에 한하여 손금으로 보지 않는 입장(대법원 2004.3.18. 선고 2001두1949 전원합의체 판결)인바, 공과금이 법인세법 제21조 제5호 에 따른 요건에 해당하지 않는 경우에는 사업비용의 손금산입의 원칙으로 돌아가 이를 손금산입 대상으로 보아야 한다. 따라서, 특정 공과금이 법인세법 제21조 제5호 에 따라 예외적으로 손금불산입되는 공과금에 해당하려면, ① 법령에 따른 의무가 있고 이를 불이행하였을 것, ② 이에 대한 제재로서 공과금이 부과되었을 것이라는 2가지 요건을 모두 충족하여야 한다.

(2) 장애인고용법상 장애인고용부담금은 법인세법상 손금불산입 요건 중 두 번째 요건인 ‘제재로서 부과되는 공과금’에 해당하지 않으므로, 청구법인이 납부한 쟁점장애인고용부담금은 ‘의무 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’으로 볼 수 없다. 법원의 판례에 의하면, 법인세법상 공과금은 ‘국가 등에 의하여 국민에게 강제적으로 부과되는 모든 공적 부담’을 의미하고, 장애인고용법에 따른 장애인고용부담금은 국세기본법, 법인세법 및 장애인고용법의 해석을 통하여 국세기본법, 법인세법상 공과금에 해당한다. 이 때 청구법인은 이 건 과세기간 동안의 장애인 고용률이 장애인고용법상 의무고용률에 미달하여 쟁점장애인고용부담금을 납부한 것이므로, 쟁점장애인고용부담금이 첫 번째 요건인 ‘법령에 따른 의무가 있고, 이를 불이행하였을 것’이라는 요건을 충족하였다는 점에 대해서는 청구법인도 이견이 없다. 그러나 장애인고용부담금은 장애인고용법 등 관련 법령의 체계와 그 부과 목적을 고려할 때, ‘제재로서 부과되는 공과금’이 아니라 ‘정책 목적 달성을 위해 독립적으로 부과되는 금전지급의무’에 불과하다. 특히, 장애인고용부담금을 산정할 때 장애인 고용률에 따라 부담기초액을 차등적으로 정한다는 사정만으로 해당 부담금이 제재적 성격의 공과금에 해당한다고 볼 수는 없다. 장애인고용법의 위임에 따라 매년 장애인고용부담금 산정기준을 정하고 있는 고용노동부 고시(제2018-92호 등)에 의하면, 사업주가 납부하는 장애인고용부담금은 부담기초액에 더하여 고용의무 인원 대비 실제 고용하고 있는 장애인 근로자 비율을 고려하여 월 부담금이 산정되고, 그 연간 합계액이 사업연도별로 부과되는 구조이다. 과세관청은 최근 유사사례에서 부담기초액의 경우 최저임금법상 최저임금액의 60% 이상 범위 내에서 장애인 고용의무 불이행의 ‘중한 정도’에 따라 그 금액이 ‘가산’되는 구조이므로 장애인고용부담금이 징벌적 성격을 가진다는 의견을 제시하였으나, 법원은 ① 장애인 고용률에 따라 부담기초액을 차등하여 정한 것은 장애인 고용촉진이라는 정책목표를 달성하기 위한 수단(의무고용률에는 미달하는 경우라도 더 많은 장애인을 채용하도록 촉진하기 위한 정책수단)인 점, ② 최고 가산 구간의 부담기초액이 적용된다 하더라도 그 금액이 최저임금액 수준에 그치므로, 위와 같은 부담기초액 가산 체계가 징벌적 성격을 나타내는 것이라고 단정하기는 어려운 점, ③ 최고 가산 구간을 적용받지 않는 결과가 부당하다고 보더라도 이는 구 장애인고용법의 범주 내에서 부담기초액의 액수 및 구간 등을 합리적으로 조정하는 방식을 고려할 수 있고 세법의 해석을 통해 장애인고용부담금을 손금불산입하는 방식으로만 접근할 문제는 아닌 것으로 보이는 점 등을 고려하여, 위와 같은 과세관청의 의견을 배척(서울행정법원 2023.5.2. 선고 2022구합65757 판결)하였고, 이러한 법원의 판결은 해당 사건의 상급심(제2심)에서도 동일하게 유지되었다(서울고등법원 2023.12.5. 선고 2023누45325 판결). 이러한 법원의 최근 입장을 고려하면, 장애인고용부담금을 산정할 때 장애인 고용률에 따라 차등적으로 부담기초액을 정하였다는 사정만으로 장애인고용부담금이 제재적 성격의 공과금이라고 볼 수는 없다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 장애인고용부담금이 ‘정책 목적 달성을 위해 독립적으로 부과되는 금전지급의무’에 불과하다고 주장하나, 장애인고용법은 그 목적을 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 꾀하는 것으로 명시(제1조)하고 있고, 이에 따라 각 사업주에게 장애인 고용의무를 이행하도록 강조(제28조)하면서, 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부하도록 규정(제33조)하는 한편, 장애인 고용률이 법령상 의무고용률에 미치지 못하는 사업주는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부해야 하고, 납부기한까지 이러한 부담금을 납부하지 않을 경우 고용노동부장관은 사업주로부터 장애인고용부담금을 징수할 수 있도록 하고 있다. 이와 같은 규정들을 통해 알 수 있듯이, 장애인고용부담금 제도는 그 자체가 고용의무를 성실히 이행하는 사업주와 그렇지 않은 사업주 간의 경제적 부담의 불균형을 조정하는 기능을 하고, 장애인 고용 촉진을 주된 목적으로 하는 유도적ㆍ조정적 특별 부담금 제도의 성격이 강하기 때문에, 장애인고용부담금은 다수의 사례에서 손금으로 불산입되는 공과금으로 인정되고 있다(헌법재판소 2003.7.24. 선고 2001헌바96 결정, 기획재정부 법인세제과-145, 2018.2.21. 등).

(2) 청구법인은 장애인고용법에 따른 의무고용률을 준수할 의무가 있음에도 이를 준수하지 않아 쟁점장애인고용부담금을 납부한 것이므로, 쟁점장애인고용부담금은 청구법인의 “법령에 따른 의무를 불이행”에 대하여 징벌적으로 부과된 것이라고 보아야 하고, 나아가 앞서 살펴본 바와 같이 청구법인이 쟁점장애인고용부담금을 납부하지 않았다면, 고용노동부장관이 국세 체납처분의 예에 따라 청구법인으로부터 이를 징수하였을 것이므로, 결국 쟁점장애인고용부담금은 의무 위반에 대한 제재로서, 법인세법 제21조 제5호 의 손금불산입 대상 공과금에 해당한다고 보아야 한다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 장애인고용부담금이 법인세법 제21조 제5호 의 손금불산입 대상 공과금에 해당하는지 여부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2019.1.28. 장애인고용법 제28조 제1항 에 따라 의무고용률 이상의 장애인고용의무를 부담하는 사업자이나 장애인고용법상 의무고용률을 달성하지 못하자, 미달고용인원 444명에 대한 쟁점부담금을 한국장애인고용공단에 신고・납부하고, 2018사업연도 법인세 신고 당시 쟁점장애인고용부담금을 손금불산입하였다.

(2) 청구법인은 2024.3.25. 처분청에 쟁점장애인고용부담금이 법인세법 제21조 제5호 에 따른 “법령에 따른 의무 불이행 또는 금지·제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금”에 해당하지 않아 법인세 손금대상에 해당하므로, 과다납부한 2018사업연도 법인세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 제기하였으나, 처분청은 장애인고용법 제33조 에 따라 납부하는 부담금(이하 “장애인고용부담금”이라 한다)은 법인세법 제21조 제5호 에 따라 손금불산입되는 공과금에 해당한다고 보아, 2024.4.17. 이를 거부하였다.

(3) 장애인고용부담금의 손금산입여부에 관한 법인세법령 등의 개정경과는 다음과 같다. <표> 손금산입여부에 관한 법인세법령 등의 개정경과 1997.12.31.이전 1997.7.16. 1997.12.31. 2001.12.5. 2018.2.21. 구 법인세법 시행령 제25조 구 법인세법 시행령 제25조 위헌결정 (헌재 96헌바36) 법인세법 시행령 개정(제15564호) 국세청 해석례 서이46012-10673, 2001.12.5. (기존 유권해석) 기획재정부 해석례 법인세제과-145, 2018.2.21. (유권해석 변경) 공과금의 손금불산입을 원칙으로 하고, 손금산입대상을 법령에 열거 손금산입이 원칙인 공과금을 손금불산입하는 것은 위헌 손금불산입 대상 공과금 범위를 포괄적으로 규정 장애인고용부담금은 손비로 인정되는 공과금임 장애인고용부담금은 손금불산입 대상임(예규회신일 이후 신고・납부분부터 적용)

(4) 기획재정부가 2024.2.27. 발표한 보도자료에 의하면, 당초 2023년 세법개정 당시(2024.1.23.) 법인세법 시행령 제21조 의 손금불산입 대상에 장애인고용부담금을 추가하기로 하였다가 현행 유지로 수정한 것으로 확인된다.

(5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대 청구법인은 쟁점장애인고용부담금이 법인세법 제21조 제5호 의 공과금에 해당하지 않는다고 주장하나, 법인세법상 공과금은 국가 또는 공공단체에 의하여 국민 또는 공공단체의 구성원에게 강제적으로 부과되는 모든 공적부담으로 법인의 일정한 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반하여 강제적으로 부과되는 것이기 때문에 사업경비의 성격을 띠는 것이어서 손금에 산입됨이 원칙이고 예외적으로 그 성질상 비용성을 갖지 않거나 조세정책적 또는 기술적 이유에 의하여 손금에 산입함이 바람직하지 않아 법률이 정한 경우에 한하여 손금산입이 부정되는 것으로 보는 것(대법원 2004.3.18. 선고 2001두1949 판결)이며, 이때 어떠한 공과금이 법인세법 제21조 제5호 에서 정하고 있는 ‘법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지제한 등의 위반에 대한 제재로서 부과되는 공과금’에 해당하여 손금불산입 대상이 되는지 여부는 단순히 그 명칭만을 가지고 판단할 것이 아니라 그 공과금을 부과하는 목적과 그로 인한 효과, 공과금의 성격, 공과금이 강제하고자 하는 행정법상의 의무 및 의무불이행의 내용, 근거 법령의 제개정 경위 내지 연혁, 규정 형식과 내용(문언) 해당 공과금에 관한 실질적인 내용을 두루 종합하여 판단함이 타당한바(서울고등법원 2020.1.31. 선고 2019누35635 판결, 같은 뜻임), 장애인고용법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활이라는 목적(제1조)을 달성하기 위하여 각 사업주에게 장애인고용의무를 이행하도록 강제(제28조)하면서 이러한 의무를 불이행한 사업주에게 장애인고용부담금을 납부(제33조)하도록 하고 있는 점, 쟁점장애인고용부담금은 장애인고용법 제33조 에 따라 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주를 대상으로 고용노동부장관이 징수하는 부담금으로 이는 법인세법 제21조 제5호 의 “법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금”에 해당하는 것으로 보이는 점(조심 2021서711, 2021.8.6. 및 조심 2022서1526, 2022.5.2. 같은 뜻임), 기획재정부도 해석을 통하여 장애인고용부담금을 손금불산입 대상 공과금으로 보고 있는 점(기획재정부 법인세제과-145, 2018.2.21.) 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점장애인고용부담금을 법인세법제21조 제5호의 손금불산입 대상 공과금으로 보아 청구법인에게 이 건 법인세를 부과한 것은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 법인세법 제21조[세금과 공과금의 손금불산입] 다음 각 호의 세금과 공과금은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.

5. 법령에 따른 의무의 불이행 또는 금지ㆍ제한 등의 위반에 대한 제재(制裁)로서 부과되는 공과금

(2) 장애인고용촉진 및 직업재활법 제1조(목적) 이 법은 장애인이 그 능력에 맞는 직업생활을 통하여 인간다운 생활을 할 수 있도록 장애인의 고용촉진 및 직업재활을 꾀하는 것을 목적으로 한다. 제28조(사업주의 장애인 고용 의무) ① 상시 50명 이상의 근로자를 고용하는 사업주(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 공사 실적액이 고용노동부장관이 정하여 고시하는 금액 이상인 사업주)는 그 근로자의 총수(건설업에서 근로자 수를 확인하기 곤란한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 공사 실적액을 근로자의 총수로 환산한다)의 100분의 5의 범위에서 대통령령으로 정하는 비율(이하 "의무고용률"이라 한다) 이상에 해당(그 수에서 소수점 이하는 버린다)하는 장애인을 고용하여야 한다. 제33조(사업주의 부담금 납부 등) ① 의무고용률에 못 미치는 장애인을 고용하는 사업주(상시 100명 미만의 근로자를 고용하는 사업주는 제외한다)는 대통령령으로 정하는 바에 따라 매년 고용노동부장관에게 부담금을 납부하여야 한다.

② 부담금은 사업주가 의무고용률에 따라 고용하여야 할 장애인 총수에서 매월 상시 고용하고 있는 장애인 수를 뺀 수에 제3항에 따른 부담기초액을 곱한 금액의 연간 합계액으로 한다.

③ 부담기초액은 장애인을 고용하는 경우에 매월 드는 다음 각 호의 비용의 평균액을 기초로 하여 고용정책심의회의 심의를 거쳐 최저임금법에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액의 100분의 60 이상의 범위에서 고용노동부장관이 정하여 고시하되, 장애인 고용률(매월 상시 고용하고 있는 근로자의 총수에 대한 고용하고 있는 장애인 총수의 비율)에 따라 부담기초액의 2분의 1 이내의 범위에서 가산할 수 있다. 다만, 장애인을 상시 1명 이상 고용하지 아니한 달이 있는 경우에는 그 달에 대한 사업주의 부담기초액은 최저임금법에 따라 월 단위로 환산한 최저임금액으로 한다.

1. 장애인을 고용하는 경우 필요한 시설·장비의 설치, 수리에 드는 비용

2. 장애인의 적정한 고용관리를 위한 조치에 필요한 비용

3. 그 밖에 장애인을 고용하기 위하여 특별히 드는 비용 등

④ 고용노동부장관은 제22조의4 제1항에 따라 인증을 받은 장애인 표준사업장 또는 장애인복지법 제58조 제1항 제3호 의 장애인 직업재활시설에 도급을 주어 그 생산품을 납품받는 사업주에 대하여 부담금을 감면할 수 있다.

⑤ 사업주는 다음 연도 1월 31일(연도 중에 사업을 그만두거나 끝낸 경우에는 그 사업을 그만두거나 끝낸 날부터 60일)까지 고용노동부장관에게 부담금 산출에 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 적어 신고하고 해당 연도의 부담금을 납부하여야 한다.

⑥ 고용노동부장관은 사업주가 제5항에서 정한 기간에 신고를 하지 아니하였을 때에는 이를 조사하여 부담금을 징수할 수 있다.

⑦ 고용노동부장관은 제5항에 따라 부담금을 신고(제8항에 따른 수정신고를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 납부한 사업주가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이를 조사하여 해당 사업주가 납부하여야 할 부담금을 징수할 수 있다.

1. 사업주가 신고한 부담금이 실제로 납부하여야 할 금액에 미치지 못하는 경우

2. 사업주가 납부한 부담금이 신고한 부담금에 미치지 못하는 경우

3. 사업주가 신고한 부담금을 납부하지 아니한 경우

⑧ 사업주는 제5항에 따라 신고한 부담금이 실제 납부하여야 하는 부담금에 미치지 못할 때에는 해당 연도 2월 말일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정신고하고 그 부담금의 차액을 추가로 납부할 수 있다.

⑨ 고용노동부장관은 사업주가 납부한 부담금이 실제 납부하여야 할 부담금을 초과한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 초과한 금액에 대통령령으로 정하는 이자율에 따라 산정한 금액을 가산하여 환급하여야 한다.

⑩ 부담금은 대통령령으로 정하는 대로 분할 납부를 하게 할 수 있다. 이 경우 분할 납부를 할 수 있는 부담금을 제5항에 따른 납부 기한에 모두 납부하는 경우에는 그 부담금액의 100분의 5 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 금액을 공제할 수 있다.

⑪ 제4항에 따른 도급의 기준, 그 밖에 부담금 감면의 요건·기준 등에 필요한 사항은 고용노동부장관이 정한다. 제37조(독촉 및 체납처분) ① 고용노동부장관은 부담금, 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부 의무자가 납부하지 아니하였을 때에는 기한을 정하여 독촉하여야 한다.

② 고용노동부장관은 제1항에 따라 독촉을 하는 경우에는 독촉장을 발부하여야 한다. 이 경우에는 10일 이상의 납부 기간을 주어야 한다.

③ 제1항에 따라 독촉을 받은 자가 그 납부 기한까지 부담금이나 그 밖에 이 법에 따른 징수금을 납부하지 아니하였을 때에 고용노동부장관은 국세 체납처분의 예에 따라 징수할 수 있다.

(3) 부담금관리 기본법 제2조(정의) 이 법에서 “부담금”이란 중앙행정기관의 장, 지방자치단체의 장, 행정권한을 위탁받은 공공단체 또는 법인의 장 등 법률에 따라 금전적 부담의 부과권한을 부여받은 자(이하 “부과권자”라 한다)가 분담금, 부과금, 기여금, 그 밖의 명칭에도 불구하고 재화 또는 용역의 제공과 관계없이 특정 공익사업과 관련하여 법률에서 정하는 바에 따라 부과하는 조세 외의 금전지급의무(특정한 의무이행을 담보하기 위한 예치금 또는 보증금의 성격을 가진 것은 제외한다)를 말한다. 제3조(부담금 설치의 제한) 부담금은 별표에 규정된 법률에 따르지 아니하고는 설치할 수 없다.

(4) 국세기본법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

8. "공과금"(公課金)이란 국세징수법에서 규정하는 강제징수의 예에 따라 징수할 수 있는 채권 중 국세, 관세, 임시수입부가세, 지방세와 이와 관계되는 강제징수비를 제외한 것을 말한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)