조세심판원 심판청구 양도소득세

쟁점주택의 양도에 대하여 개정된 소득령§154을 그대로 적용하는 것은 조세법률주의, 소급과세금지원칙 등에 위배된다는 청구주장의 당부

사건번호 조심-2025-서-0070 선고일 2025.03.31

대법원이 소득령§154에 대하여 무효로 판단한 사실이 없으므로 이 건 처분은 잘못이 없음

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 2006.12.21. 배우자 명의의 서울특별시 송파구 OOO(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 2016.10.14. 세종특별자치시 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)의 분양권에 관한 계약을 체결(분양가 OOO원)한 후 2017.6.13. 종전주택을 매도하였고, 이후 2019년 쟁점주택이 준공되자 2019.5.31. 쟁점주택에 대한 소유권이전등기를 경료하였으며, 2023.4.11. 매매가액 OOO원에 쟁점주택을 양도한 후 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세에 해당한다고 보아 양도소득세 예정신고를 하지 않았다.
  • 나. 처분청은 청구인이 2017.9.19. 개정된 소득세법 시행령 제154조 제1항 의 거주기간 2년의 요건을 충족하지 못하였으므로 쟁점주택의 양도가 1세대 1주택 비과세 적용 대상이 아니라고 보아 청구인에게 2023년 귀속 양도소득세 기한후신고를 안내하였고, 이에 2024.5.31.청구인은 쟁점주택의 양도에 관하여 OOO원의 양도소득세 기한후신고를 하였으나, 2024.8.7. 쟁점주택 양도가 1세대 1주택 비과세에 해당한다는 취지의 경정청구를 제기하였으며, 처분청은 2024.9.4. 이를 거부하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.11.25. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 청구인은 거주요건 2년을 충족하지 못하였으나 개정된 소득세법 시행령 제154조 를 그대로 적용하는 것은 조세평등주의, 소급과세금지원칙 등에 위배되므로 쟁점주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용하는 것이 타당하다.

(1) 청구인은 쟁점주택 분양권을 취득한 지 8개월 만에 종전주택을 처분하여 무주택 상태였다가 이후 쟁점주택 준공으로 소유권이전등기가 되면서 쟁점주택만을 보유하고 있다가 세종특별자치시가 조정대상지역에서 해제(2022.11.14.)된 이후 2023.4.11. 쟁점주택을 양도하였는데, 쟁점주택의 양도가 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하는지 여부는 개정된 소득세법 시행령 제154조 에 따라 판단하여야 하고, 개정된 소득세법 시행령 제154조 는 종전 규정과 달리 취득 당시 조정대상지역에 있는 주택에 대해서는 거주기간 요건이 신설되어 보유기간 및 거주기간이 2년 이상일 것을 요구하고 있으므로 처분청은 쟁점주택에 대하여 거주요건을 충족하지 못한 청구인이 1세대 1주택 비과세 요건을 충족하지 못한다고 판단하여 청구인의 경정청구를 거부하였다.

(2) 쟁점주택의 양도에 소득세법 시행령 제154조 제1항 의 거주요건을 그대로 적용하는 것은 아래와 같은 이유로 조세평등주의, 과잉금지원칙, 소급과세금지원칙, 헌법합치적 법률해석 등에 반하므로 이 건 거부처분은 취소하는 것이 타당하다. (가) 정부는 2017.8.2. 주택시장 안정화 등을 목적으로 ‘투기과열지구의 지정, 양도소득세 강화, 서민을 위한 주택공급 확대’ 등을 주요 내용으로 하는 부동산대책을 발표하였고, 해당 내용이 반영된 소득세법령을 개정하면서 조정대상지역에 있는 주택을 취득하는 경우 1세대 1주택 비과세 적용시 거주요건을 추가하였는데, 이에 따라 취득 당시 주택 소재지가 조정대상지역인 경우 2년의 거주요건을 충족하여야만 양도소득과 관련하여 1세대 1주택 비과세를 적용받을 수 있게 하면서 부칙에 2017.8.2. 이전에 취득한 주택(제1호), 2017.8.2. 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택(해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)(제2호), 2017.8.3. 이후 취득하여 이 영 시행 전에 양도한 주택(제3호) 중 어느 하나에 해당하는 주택에 대해서는 개정 규정에도 불구하고 종전의 규정을 적용하도록 하였으나, 개정 전 소득세법 시행령 제154조 제1항 은 보유기간 2년만을 요건으로 하고 있었을 뿐 주택이 조정대상 지역인지 여부나 거주기간을 요건으로 정하고 있지 않았다. (나) 조세평등주의는 조세의 부과와 징수가 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어져야 하고, 합리적인 이유 없이 특정의 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 아니한다는 원칙이며, 조세감면의 우대조치의 경우에 있어서도 특정 납세자에 대하여만 감면조치를 하는 것이 현저하게 비합리적이고 불공정한 조치라고 인정될 때에는 조세평등주의에 반하여 헌법에 위반(헌법재판소 2011.6.30. 선고 2010헌바430 결정)되는바, 2017.9.19. 대통령령 제28293호로 개정된 소득세법 시행령제154조 제1항 제5호는 1세대 1주택 비과세 적용을 하기 위해서 조정대상지역에 있는 주택을 취득할 경우 거주요건을 추가하면서 부칙에 경과규정을 두었고, 이에 대하여 처분청은 부칙 제2조 제2항에서 무주택자로 한정한 경우는 실수요 목적의 주택구입 유도를 목적으로 무주택자가 거주자의 조정지역 지정 공고일 이전 매매계약 체결 및 계약금 지급 내역이 확인되는 경우 거주요건 적용을 면제하는 것이 시행령 개정 사유라고 하면서 청구인의 경정청구를 거부하였는데, 소득세법 시행령 제155조 제1항 은 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(종전의 주택)을 양도하기 전에 다른 주택(신규 주택)을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우, 일정 요건이 충족되면 1세대 1주택 비과세 특례 적용을 받고 있고, 기획재정부 재산세제과-735(2019.10.30.)는 무주택자가 2017.8.2. 이전에 여러 개의 주택분양권을 취득하고 취득한 조정대상지역 내 주택분양권이 완공되어 해당 주택을 양도하는 경우에도 거주요건 적용을 받지 않는다고 해석하여 무주택자가 여러 개의 분양권을 취득하는 경우에도 실거주 요건을 적용하지 않고 있으나, 개정된 소득세법 시행령은 청구인과 같이 1주택자가 대체주택 취득을 위해 분양권을 계약한 경우 실질적인 차이가 없음에도 합리적인 이유 없이 다르게 취급하도록 규정하고 있다. 무엇보다 기존 주택을 처분하고 무주택 상태에서 분양계약을 체결한 자와 1주택자가 먼저 분양계약을 하고 2017.8.2. 이전에 기존 주택을 양도하여 무주택자인 자를 차별하여 취급하도록 한 소득세법령은 자의적이고 임의적이라 할 것이고, 이는 조세평등주의에 반할 뿐만 아니라 청구인의 재산권을 부당하게 침해된 결과를 초래하였으므로 이는 국세기본법 제18조 제1항 에도 위배되며, 헌법상 과잉금지원칙에도 반한다고 보여진다. (다) 양도소득의 과세요건 성립 시점은 재산의 양도 시이고, 재산 취득의 법률행위인 계약 시점에는 종전 소득세법 시행령이 적용되는 상황이었음에도 시행령을 개정하여 무주택자 중 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 자만 거주요건의 제한을 받지 아니하도록 규정하였는데, 이는 새로운 규정을 과거 계약 시점으로 소급하여 적용하는 규정으로서 개정된 시행령이 무주택자만 혜택을 주기 위한 목적이라면 계약 시점에 무주택자인지 여부를 따져볼 것이 아니라 시행령 시행 시점의 무주택자인지 여부를 판단해야만 시행령 개정 전에 재산을 취득·계약한 자의 신뢰가 보호될 수 있을 것인바, 이러한 개정 법령을 적용하는 것은 소급과세금지원칙에 위배된다할 것이다. (라) 법률의 해석은 헌법 규정과 그 취지를 반영하여야 하고 어떤 법률조항을 그 문언, 체계와 입법경위 등에 비추어 해석한 결과 불합리하거나 부당한 결론이 도출된다면 위와 같이 헌법을 고려하는 헌법합치적 법률해석을 해야 하는 것(대법원 2020.9.3. 선고 2016두32992 전원합의체 판결 등)인바, 주택의 취득과 동일한 분양권을 계약 한 경우 개정된 법령이 적용되어 해당 주택에 거주를 해야만 양도소득세 비과세의 혜택을 받게 된다고 하는 것은 동일한 경제 행위를 한 주택 취득자와 차별하여 각 세대의 사정을 전혀 고려하지 않은 것으로, 그 세대의 사정에 반하여 거주하는 장소를 강제하는 것과 다르지 않으므로 이는 일반상식에 벗어난 것으로 기본권 침해가 발생하고 있으므로 받아들이기가 어렵고, 개정된 법령을 그대로 적용할 경우 기본권을 보장하는 규정한 헌법에 합치되도록 법률을 해석하도록 한 원칙에 반하므로 개정된 소득세법 시행령을 그대로 적용하여 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세를 배제한 처분은 타당하지 아니하다.

  • 나. 처분청 의견 청구인은 거주요건 2년을 충족하지 못하였으므로 쟁점주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 적용을 거부한 처분은 타당하다.

(1) 청구인은 쟁점주택의 분양권을 취득할 당시 배우자 명의의 종전주택을 보유하고 있었고, 이는 소득세법 시행령 제154조 제1항 제5호 의 “거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의해 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 않는 경우”에 해당하지 않으므로 이에 쟁점주택은 소득세법 시행령 제154조 에 따라 거주기간의 제한을 받지 않는 주택에 해당하지 않는다.

(2) 또한, 조세법률주의상 감면규정 등 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 명백하고 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합하는 것인바, 이 건의 경우 조정대상지역 지정 이전에 쟁점주택 분양권을 취득하였으나, 계약시점에 종전주택을 보유하고 있었으므로 거주요건의 제한을 받지 않는 소득세법 시행령 제154조 제1항 제5호 를 적용할 수 없고, 청구인은 쟁점주택 취득 후 2년 이상 거주요건을 충족하지 못하였으므로 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 대상에 해당하지 않는다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 타당하다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점주택의 양도에 대하여 개정된 소득세법 시행령 제154조 제1항 을 그대로 적용하는 것은 조세법률주의, 소급과세금지원칙 등에 위배되므로 쟁점주택의 양도에 1세대 1주택 비과세를 적용하여야 한다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령

(1) 헌법 제107조 ① 법률이 헌법에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 법원은 헌법재판소에 제청하여 그 심판에 의하여 재판한다.

② 명령ㆍ규칙 또는 처분이 헌법이나 법률에 위반되는 여부가 재판의 전제가 된 경우에는 대법원은 이를 최종적으로 심사할 권한을 가진다.

(2) 국세기본법 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무, 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. (3) 소득세법 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 발생하는 소득

  • 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
  • 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택 (4) 소득세법 시행령(2017.9.19. 대통령령 제28293호로 일부개정된 것) 제154조(1세대 1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

5. 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우 제155조(1세대 1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 제2호 가목 및 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 아니하며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다. 부 칙 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(1세대 1주택 비과세 요건에 관한 적용례 등)

① 제154조 제1항, 제2항 및 같은 조 제8항 제3호의 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택에 대해서는 제154조 제1항, 제2항 및 같은 조 제8항 제3호의 개정규정 및 이 조 제1항에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

1. 2017년 8월 2일 이전에 취득한 주택

2. 2017년 8월 2일 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택(해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)

3. 2017년 8월 3일 이후 취득하여 이 영 시행 전에 양도한 주택

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 주택보유 및 양도소득세 신고 등 현황은 아래와 같다. (가) 청구인은 2006.12.21. 청구인의 배우자 명의로 종전주택을 취득하여 2017.6.13. 양도하였고, 쟁점주택 분양계약서 및 등기사항전부증명서에 의하면 청구인은 2016.10.14. 분양권 취득매매를 원인으로 하여 2019.5.31. 청구인 명의로 쟁점주택을 취득하였다가 2023.4.11. 이를 양도하였으나 양도소득세 예정신고를 하지 아니하였다가 2024.5.31. 기한후신고를 하였다. (나) 청구인은 2024.8.7. 쟁점주택 양도가 1세대 1주택 비과세 취지의 경정청구를 제기하였으나 처분청은 이를 거부하였다. (다) 청구인의 주민등록등본에 의하면 청구인은 2009.2.4. 이후 현재 까지 서울특별시 소재 주소지에 거주한 것으로 나타난다.

(2) 쟁점주택 관련 정부대책과 소득세법 시행령 개정 내용은 아래와 같다. (가) 쟁점주택이 소재한 세종특별자치시는 2017.8.3. 조정대상지역으로 지정되었다가 2022.11.14. 해제된 것으로 나타나고, 2017.8.2. 국토교통부에서 발표한 실수요자 보호와 단기 투기수요 억제를 통하나 주택시장 안정화 방안에 의하면 서민 주거안정 및 실수요자 보호를 최우선의 가치로 삼아 집은 투자가 아닌 거주대상으로 투기수요를 철저히 차단하기 위하여 1세대 1주택 양도세 비과세요건을 강화하였는데 조정대상지역 내 1세대 1주택 비과세 요건에 보유요건(2년)에 덧붙여 2년 이상 거주할 것을 요건으로 추가하였다. (나) 2017.9.19 대통령령 제28293호로 일부개정된 소득세법 시행령 제154조 개정이유에 의하면 실수요 목적의 주택 구입을 유도하기 위하여 주택 분양 등이 과열되어 있거나 과열될 우려가 있는 일부 지역에 소재하는 주택의 경우에는 1세대 1주택 양도소득세 비과세의 요건을 적용할 때 종전의 2년 이상 보유 요건에 더하여 2년 이상 실제 거주하여야 하는 요건을 추가하되, 거주자가 임대사업자에 해당하는 경우이거나 무주택자인 거주자가 조정지역의 지정 공고일 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙자료에 의하여 확인되는 경우에는 거주요건을 적용하지 아니하는 예외사유를 정하려는 것이라고 규정하면서, 부칙 제2조 제2항 제2호에 2017년 8월 2일 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 주택(해당 주택의 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니하는 경우로 한정한다)고 정하고 있다. (다) 소득세법 시행령 제154조 제1항 이나 부칙 제2조에 대하여 대법원이 무효로 판단한 사실이 확인되지 아니한다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구인 쟁점주택 양도시 거주요건 2년을 충족하지 못하였으나, 개정된 소득세법 시행령 제154조 를 쟁점주택 양도에 적용하는 것은 조세평등주의, 소급과세금지원칙 등에 위배되므로 쟁점주택 분양권 취득당시 종전 소득세법 시행령을 적용하여야 한다고 주장하나, 2017.9.19 대통령령 제28293호로 개정된 소득세법 시행령 제154조 제1항 에 의하면 1세대 1주택 비과세를 적용받기 위한 요건으로 1세대가 주택 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 동 주택 취득 당시 조정대상지역에 있는 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상 이상일 것을 규정하고 있는데, 다만 같은 항 제5호 및 부칙 제2조 제2항 제2호는 거주자가 조정대상지역의 공고가 있은 날 이전과 2017년 8월 2일 이전에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우로서 해당 거주자가 속한 1세대가 계약금 지급일 현재 주택을 보유하지 아니한 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다고 규정하고 있는바, 쟁점주택이 소재한 세종특별자치시는 2017.8.3. 조정대상지역으로 지정되었고, 청구인은 조정대상지역으로 지정되기 전인 2016.10.14. 쟁점주택의 분양권을 취득하였으나, 개정된 소득세법 시행령은 실수요자 보호를 위하여 거주요건을 추가하여 1세대 1주택 양도세 비과세 요건을 강화한 것으로 청구인은 쟁점주택을 취득(2019.5.31.)한 이후 2년 이상 쟁점주택에서 거주한 사실이 없어 거주요건을 충족하지 못한 상황에서 쟁점주택을 양도한 점, 청구인은 쟁점주택 분양권 계약시점에 청구인의 배우자 명의의 종전주택을 보유하고 있던 것으로 나타나므로 거주요건의 제한을 받지 않는 소득세법 시행령 제154조 제1항 제5호 및 부칙 제2조 제2항 제2호를 적용할 수도 없는 점, 대통령령이 헌법이나 법률에 위반되는지 여부는 대법원이 이를 최종적으로 심사할 권한을 가지고 있고, 대법원이 해당 규정을 무효로 판단하기 전까지는 처분 당시 법령에 따라 처분을 하여야 하는 것인바, 개정된 소득세법 시행령 제154조 제1항 이나 부칙 제2조 제2항 제2호에 대하여 대법원이 무효로 판단한 사실이 나타나지 아니하여 처분청이 동 규정에 따라 경정청구를 거부한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점주택의 양도가 1세대 1주택 비과세 대상에 해당하지 않는다고 보아 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)