조세심판원 심판청구 법인세

청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분의 당부

사건번호 조심-2025-부-3461 선고일 2026.02.09 조세심판원

청구인이 비록 쟁점법인의 대표이사와 형제관계에 있고, 쟁점법인의 주식등변동상황명세서에서 주주로 등재되어 있기는 하나, 쟁점법인의 경영에 주요 권한과 책임이 있는 임원에 등재된 이력이 확인되지 아니한 점, 청구인이 제출한 표준근로계약서에 의하면 청구인은 쟁점법인의 현장근로자로서 평균적인 임금을 받았을 뿐, 그 외 상여 또는 배당액을 받은 사실이 없는 점, 쟁점법인의 대출약정, 유치권 포기 등의 결정을 위한 이사회 의사록에도 청구인이 이사회 등에 출석하거나 의견을 제시한 사실이 없는 것이 확인되는 점, 청구인의 부친과 동생이 작성한 확인서에서도 청구인이 쟁점법인의 의사결정 등에 영향을 미친 사실이 없다는 점이 확인되는 반면, 처분청은 청구인이 쟁점법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하였다는 점에 대하여 달리 입증자료를 제시하지 못하는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점법인의 주주라는 사실만으로 쟁점법인의 업무에 권한과 책임을 지는 지배적인 영향력을 행사하였다고 보기는 어려움

[이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구인은 주식회사 a(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 주식을 청구인의 동생 b과 함께 2022.12.31. 기준 각 50%, 20,000주를 보유하였고, 쟁점법인은 건설업을 영위하는 법인으로 2017.12.20. 설립하였다가 2024.8.31. 폐업하였으며, 아래 <표1>과 같은 국세체납액이 발생하였다. <표1> 쟁점법인의 국세체납액 (단위: 원)
  • 나. 처분청은 쟁점법인의 납세의무성립일 현재 청구인과 형제(특수관계)인 b의 지분율을 합하면 쟁점법인의 과점주주에 해당하고, 청구인이 쟁점법인의 경영을 지배하는 것으로 보아, 2024.12.31. 청구인과 b을 쟁점법인의 제2차 납세의무자로 지정하고, 청구인에게 위 <표1>의 국세체납액을 청구인의 지분율(50%)에 해당하는 비율로 납부고지하였다.
  • 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.24. 이의신청을 거쳐 2025.8.5. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구인 주장 (1) 국세기본법 제39조 제2호 는 제2차 납세의무자의 요건으로 소유주식 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수의 100분의 50을 초과하면서, 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들로 규정하고 있고, 제2차 납세의무 부과는 사법상 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 엄격히 해석되어야 하는바, 청구인처럼 단순 지분 보유만 있고 경영에 실질적 영향력을 행사하지 않은 자에게 확대 적용하는 것은 법리상 허용되지 않는 것이고, 청구인은 과점주주에 해당하지 않아 이 건 처분은 국세기본법 제39조 제2호 의 명확한 법적 요건을 미충족한 것이다.

(2) 처분청은 답변서에 “청구인이 2022.10.7.∼2024.7.17. 기간 동안 쟁점법인의 사내이사였다”고 기재하였으나, 실제로 해당 기간 동안 사내이사는 b(청구인의 동생)이였고, 청구인은 단 한 번도 사내이사로 등재된 적이 없었으며, 처분청 담당자도 이 오류를 인정하였다. 사내이사 여부는 “경영에 대한 지배적 영향력 행사”를 판단하는 중요한 요소이므로, 이러한 기본적 사실관계 오류는 처분청 처분의 신뢰성에 의문을 제기한다.

(3) 청구인이 쟁점법인의 지분을 50% 보유한 것은 사실이지만, 회사 경영의 모든 핵심 영역에서 철저히 배제되었고, 단순 현장작업만 수행하였다. (가) 이사회 의사록 4건에서 확인되듯이 청구인은 단 한번도 이사회에 참석하지 않았고, OOO원의 투자유치, 거액의 대출약정 및 유치권 포기 등 회사 존립에 관한 모든 중대 사안에서도 배제되는 등 이사회 구성 및 의사결정에서 완전히 배제되었다. (나) 금융거래 및 자금운용에 대한 권한이 전혀 없었고, 회사 은행계좌에 대한 접근 권한도 없었으며, 오히려 청구인은 개인 카드론을 받아 c(청구인의 부, 쟁점법인의 대표이사)에게 대여해 주기도 한바, 이는 일반적인 경영 참여자와 정반대되는 상황으로 볼 수 있다. (다) 세무신고, 노무신고, 허가신청 등 모든 행정업무에서도 배제되었고, 계약 체결, 거래처 관리 등 대외업무에도 전혀 관여하지 않았으며, 급여에 있어서도 일반적인 현장 직원이 받는 급여와 동일한 월 OOO원을 수령하였고, 배당⋅상여 등 경영 참가자가 받을 수 있는 이익의 분배 또한 전혀 받지 않았다. (라) 청구인이 수행한 업무는 순수하게 “자재 운반 및 현장 노무자 관리”에 국한되었고, 현장에서도 시공계획, 예산책정, 하도급업체 선정 등 업무가 아닌 단순 작업지시 및 현장 인부 관리와 자재 배송만 담당한바 사무실 업무에는 일체 관여하지 않았다. c과 b의 확인서에서도 “모든 경영상 의사결정은 본인 c과 b에 의해 이루어졌으며, 청구인은 어떠한 경영 의사결정에도 관여하지 않았다”고 명시되어 있고, 이는 c과 b이 함께 각자대표이사로 취임하여 회사를 이끌어갈 계획이었으나, 청구인을 의도적으로 사내이사로도 취임시키지 않고 경영진에서 배제한 것임을 보여주는 것이며, “주주총회에서 사용되는 인감도장은 본인 c이 상시 보관하고 있었으며, 청구인은 실질적으로 주주권을 행사할 수 없었다”는 사실은 청구인이 50% 지분을 보유했음에도 불구하고 실질적인 주주권 행사가 구조적으로 불가능했음을 명확히 증명한다. 상기 사실들은 청구인이 “주식에 관하여 의결권 등을 통하여 주주권을 실질적으로 행사하여 법인의 운영을 지배”하지 않았음을 명백히 보여주는 것이며, 대법원 2019.5.16. 선고 2018두36110 판결 등에서도 이를 명확히 한바 있다. (마) 처분청은 “가족회사에서 50% 지분 보유자가 경영에 참여하지 않는 것은 현실적이지 않다”고 추정하고 있으나 이는 법리적 근거가 없는 주장이고, 대법원 2024.7.25. 선고 2022두63386 판결에서도 “친족관계만으로는 지배적 영향력을 인정할 수 없고, 본인이 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 관계에 있어야만” 특수관계를 인정할 수 있다고 판시하여 이러한 추정 논리를 명확히 배척하였고, 청구인의 지분 취득은 주식회사 d 합병에 따른 수동적 취득으로, 적극적 경영 참여 의도와는 무관하다. 또한 객관적 증거(등기부등본, 이사회 의사록, 근로계약서, 확인서)에서 보듯이 청구인은 쟁점법인의 경영에서 배제되었음이 명확하고, 이러한 사실을 단순한 추정이나 가능성으로는 이를 뒤집을 수 없는 것이다. (바) 처분청은 청구인이 사내이사가 아니었고, 대표이사도 아니었으며, 이사회에도 참여하지 않았고, 실질적 경영은 c과 b이 했다는 사실을 인정하면서도, 청구인이 “지배적 영향력을 행사할 지위에 있었다”고 주장하고 있는데, 이는 객관적 근거 없는 판단이고, 이에 기초한 처분청의 부과 처분은 법령상 요건을 충족하지 않는 위법한 처분이다. 또한 국세기본법 제39조 제2호 에서도 “지배적인 영향력을 행사하는 자”라고 명시한바, “행사할 수 있는 지위에 있는 자”와는 다른 개념으로 구분되어야 하고, 처분청이 주장하는 “지위론”은 법조문의 명확한 문언에 반하는 확대해석이다. (사) 청구인은 납세의무자로서 책임을 회피하려는 것이 아니라, 자신이 실질적으로 행사하지도 않았고 구조적으로도 행사할 수 없었던 권한을 근거로 과세처분이 이루어진 점에 대해 법률적 시정을 구하는 것으로, 본건 처분은 국세기본법의 요건을 충족하지 못할 뿐만 아니라, 최신 대법원 판례의 판단 기준에도 명백히 위배되는 위법한 처분으로서 즉시 취소되어야 한다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 청구인은 쟁점법인의 경영에 실질적으로 참여하지 않았고, 실질경영자는 청구인과 특수관계자들인 b과 c이 하였다는 확인서를 제출하였으나, 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한 자가 청구인이 아닌 청구인의 부(父) c이라고 인정할 만한 객관적이고 구체적인 증빙자료가 없다. 또, 청구인의 근로소득 원천징수영수증 및 근로소득 지급명세서에 의하면 쟁점법인으로부터 2023년에 OOO원의 근로소득이 발생한 것으로 나타나고, 쟁점법인의 발행주식 총수의 50%를 초과하는 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 주주집단의 일원으로, 국세기본법 제39조 제2호 에 따른 과점주주에 해당하는바, 그에 대하여 법인의 제2차 납세의무를 지우는 것은 그 소유주식 수에 따라 주주총회에서 의결권 행사 등을 통해 회사경영을 사실상 지배할 가능성이 있는 지위에 있다고 보기 때문이므로, 동 규정에서 말하는 50%를 초과하는 주식에 관한 권리행사란 반드시 현실적으로 주주권을 행사할 것을 요구하는 것이 아니고, 단지 국세의 납세의무성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다고 보아야 할 것이다.

(2) 상기와 같이 청구인과 형제인 b은 쟁점법인의 체납액 납세의무 성립일 현재 발행 주식의 100%를 소유하고 있어 국세기본법 제39조 제2호 에 의한 과점주주에 해당되고, 쟁점법인의 경영에 실질적으로 참여하지 않았다고 주장하는 객관적 사실도 확인되지 않으며, 청구인이 제시한 증거들만으로는 청구인의 주장을 인정하기에 부족하므로 청구인을 쟁점법인의 과점주주이면서 경영에 지배력을 행사한 것으로 보아 쟁점법인에 대한 출자자의 제2차 납세의무자 납부고지한 처분은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 청구인을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분의 당부
  • 나. 관련 법령: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 이 건 회사의 법인별 주주현황조회에 의하면 청구인과 동생 b은 쟁점법인의 국세체납액 납세의무성립일 현재 총 발행주식 40,000주를 각각 20,000(50%)씩 합계 100%를 보유한 것으로 나타나며 2020년부터 2024년까지 각 연도말 쟁점법인의 주주현황은 아래 <표2>와 같다. <표2> 쟁점법인의 2020∼2024사업연도 주주현황 (단위: 주, %) (나) 청구인은 쟁점법인의 사내이사 등 임원을 지낸 적이 없으며 쟁점법인의 폐업 시에는 아래 <표3>과 같이 청구인의 부친 c과 동생 b이 각자대표로 되어 있는 사실이 확인된다. <표3> 쟁점법인의 대표자 현황 (다) 2017년부터 발생한 청구인의 소득은 모두 근로소득으로 그 이력은 아래 <표4>와 같이 확인된다. <표4> 청구인의 소득발생 이력 (단위: 원) (라) 쟁점법인의 등기사항전부증명서는 아래와 같다. <그림 삽입을 위한 여백>

(2) 청구인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 쟁점법인의 이사회 회의록은 아래와 같고 제출된 회의록 총 4회 중 청구인이 참석한 회의는 없는 것으로 확인된다. <제1회 이사회 의사록> <제2회 이사회 의사록> <제3회 이사회 의사록> <제4회 이사회 의사록> (나) 청구인은 쟁점법인과 일반 현장근로자와 동일한 조건으로 계약했음을 증명하기 위해 아래 근로계약서를 제출하였다. <청구인과 쟁점법인간 근로계약서> (다) 아래 c과 b이 작성한 확인서에서 청구인은 경영에 실질적으로 관여하지 않았고, 현재 쟁점법인으로부터 미수임금이 있으며, c에게 대여한 돈을 회수받지 못했다는 사실을 확인할 수 있다. <청구인의 부친과 동생이 작성한 확인서>

(3) 2020.12.22. 국세기본법 개정 시 출자자에 대한 제2차 납세의무 규정이 일부 개정되었고, 기획재정부가 발간한 ‘2020년 간추린 개정세법’의 내용은 아래 <표5>와 같다. <표5> 2020년 간추린 개정세법의 관련 내용

(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 국세기본법 제39조 제2호 는 2020.12.22. 개정(법률 제17650호)시 제2차 납세의무를 지는 과점주주에 대하여 ‘주주와 그의 특수관계에 있는 자의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 규정한바, 이는 조세징수의 확보를 위하여 원래의 납세의무자인 법인의 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수하여야 할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우에 사법질서를 어지럽히는 것을 최소화하면서 실질적으로 법인의 운영을 지배할 수 있는 출자자에 한하여 법인으로부터 징수할 수 없는 금액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담케 하는 제2차 납세의무 제도의 취지에 부합하도록 제2차 납세의무를 지울 수 있는 과점주주의 범위를 법인의 임원 임면권 행사, 사업방침 결정 등 사실상 법인 경영에 영향력을 행사하였다고 인정되는 경우 등인 ‘법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 한정한 것으로 보인다(조심 2022부5834‧6898, 2023.1.11. 등, 같은 뜻임). (나) 처분청은 쟁점법인의 국세체납액 납세의무성립일 현재 청구인이 체납법인 발행주식의 50%를 소유한 주주로서 쟁점체납액에 대한 제2차 납세의무자에 해당한다는 의견이나, 청구인이 비록 쟁점법인의 대표이사와 형제관계에 있고, 쟁점법인의 주식등변동상황명세서에서 주주로 등재되어 있기는 하나, 쟁점법인의 경영에 주요 권한과 책임이 있는 임원에 등재된 이력이 확인되지 아니한 점, 청구인이 제출한 표준근로계약서에 의하면 청구인은 쟁점법인의 현장근로자로서 평균적인 임금을 받았을 뿐, 그 외 상여 또는 배당액을 받은 사실이 없는 점, 쟁점법인의 대출약정, 유치권 포기 등의 결정을 위한 이사회 의사록에도 청구인이 이사회 등에 출석하거나 의견을 제시한 사실이 없는 것이 확인되는 점, 청구인이 제출한 확인서에서도 청구인의 부친과 동생은 청구인이 쟁점법인의 의사결정 등에 영향을 미친 사실이 없다 취지로 확인한 것으로 보이는 반면, 처분청은 청구인이 쟁점법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하였다는 점에 대하여 달리 입증자료를 제시하지 못하는 점 등에 비추어, 청구인이 쟁점법인의 주주라는 사실만으로 쟁점법인의 업무에 권한과 책임을 지는 지배적인 영향력을 행사하였다고 보기는 어렵다 할 것이다. (다) 따라서 처분청이 쟁점법인의 체납세액 중 청구인의 지분율(50%) 해당액에 대하여 청구인을 제2차 납세의무자로 지정하고 납부고지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령

(1) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 일부개정 전) 제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.

1. 무한책임사원

2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

(2) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 일부개정된 것) 제39조(출자자의 제2차 납세의무) 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주 또는 제3호에 따른 과점조합원의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주 또는 과점조합원이 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액(제3호 단서의 경우 그 부족한 금액과 과점조합원 간에 정한 손익분배비율을 곱한 금액으로 한다)을 한도로 한다.

1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원

  • 가. 합명회사의 사원
  • 나. 합자회사의 무한책임사원

2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)

  • 가. 합자회사의 유한책임사원
  • 나. 유한책임회사의 사원
  • 다. 유한회사의 사원 (3) 국세기본법 시행령 제18조의2(짜고 한 거짓 계약으로 추정되는 계약의 특수관계인의 범위) 법 제35조 제6항 각 호 외의 부분 후단에서 “특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자”란 해당 납세자와 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.
2. 경제적 연관관계

3. 경영지배관계 중 제1조의2 제3항 제1호 가목 및 같은 항 제2호 가목 및 나목의 관계. 이 경우 같은 조 제4항을 적용할 때 같은 항 제1호 가목 및 제2호 나목 중 “100분의 30”은 “100분의 50”으로 본다. 제20조(출자자의 제2차 납세의무의 적용 범위) ② 법 제39조 제2호에서 “특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자”란 해당 주주 또는 법 제39조 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원과 제18조의2 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계에 있는 자를 말한다.

(4) 상법 제382조(이사의 선임, 회사와의 관계 및 사외이사) ① 이사는 주주총회에서 선임한다.

[주 문] OO세무서장이 2024.12.31. 청구인에게 한 주식회사 a의 체납세액에 대한 제2차 납세의무자 지정 및 납부고지 처분은 이를 취소한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)