청구인이 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 쟁점주식을 양도하기 전까지 쟁점주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있었다고 보이는 점, 주주권이 제한되었다는 입증자료도 부족한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어려움
청구인이 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 쟁점주식을 양도하기 전까지 쟁점주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있었다고 보이는 점, 주주권이 제한되었다는 입증자료도 부족한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어려움
○○○ <표2> 체납세액 및 제2차 납세의무 지정내역
○○○
- 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.5.14. 이의신청을 거쳐 2025.7.11. 심판청구를 제기하였다.
(1) 청구인이 체납법인의 과점주주로 등재된 경위는 다음과 같다. (가) 청구인은 2012.7.5. OO광역시 OOO에서 B과 각 50% 지분을 출자하여 C(주)를 설립하고, 공동대표이사로서 상가건물인 ‘D’을 신축하여 분양하는 사업을 개시하였다. (나) 2016.1.21. D 신축공사가 완료됨에 따라 C(주)를 분할하여 체납법인을 신설하였고, 존속법인인 C(주)의 대표이사는 B으로 하되, 청구인은 체납법인의 대표이사로 재직하게 되었다. 청구인은 2019년 상반기까지 분양을 위해 노력하였으나, 전체 OOO개 호실 중 OOO개 호실이 미분양되어 과중한 지급이자의 부담을 견디지 못하고 D의 미분양 호실 전체를 일괄 매각하기로 결정하였다. (다) 2019.10.15. B은 D을 매각하고 사업에서 철수하기 위해 E와 F(이하 “양수인들”이라 한다)과 D 양도·양수 약정서(이하 “쟁점약정서”라 한다)를 체결하였다. 쟁점약정서 체결 이후 계약서 내용에 따라 체납법인의 모든 권리와 의무행위 주체는 양수인들에게 넘어갔다. (라) 청구인은 개인 연대보증 해지와 주식매매대금 청산에 대한 불확실성 및 인계인수 잔무정리를 지원해 주고자, 2019.11.14. 대표이사직에서 사임하였고, 2020.1.13. 체납법인의 주식을 최종 E, F, G에게 양도하는 주식매매계약을 체결하고, 같은 날 주식대금을 정산하면서 명의개서가 이루어졌다.
(2) 2019년 납세의무 성립일에도 과점주주의 의미를 2020년 개정된 법률과 같이 “법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 자”로 해석해야 한다. (가) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것) 제39조 제2호(이하 “쟁점규정”이라 한다)는 발행주식총수의 50%를 초과하여 그 권리를 실질적으로 행사하는 자를 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 규정하고 있다. 국세기본법 기본통칙 39-0-2 또한 단순히 주주명부에 등재되어 있다는 형식적 사실만으로는 과점주주로 인정될 수 없으며, 주주총회 참석 등 실제 운영에 참여하여 법인을 실질적으로 지배할 수 있는 위치에 있어야 함을 전제하고 있다. (나) 과점주주의 제2차 납세의무는 법인의 재산으로 국세 등을 충당해도 부족할 경우, 법인의 경영을 실질적으로 지배하는 주주에게 보충적 책임을 지우려는 것이다. 이는 주주의 유한책임 원칙에 대한 예외로, 조세채권 확보라는 입법 목적을 달성하기 위한 제도이다. 이러한 취지에 따라 세법은 세 차례 개정을 거치면서 과점주주의 범위와 요건을 합리적으로 조정해 왔다. (다) 헌법재판소에서, 과점주주의 범위를 제도의 취지에 맞게 제한하지 않으면 위헌 소지가 있다고 판단하였다(헌법재판소 1997.6.26. 선고 93헌바49 결정, 참조). 즉, 주식회사를 실질적으로 운영하면서 조세회피 수단으로 이용할 수 있는 지위에 있는 자, 곧 발행주식총수의 51% 이상을 사실상 지배하는 자로 제한하는 것이 타당하다고 보았다. 이러한 결정의 취지가 1998년, 2011년, 2020년의 국세기본법 개정에 반영되었다. (라) 2019.12.31. 당시 적용되던 국세기본법 제39조 제2호 는 ‘출자총액의 50%를 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자’를 과점주주로 규정하고 있었으나, 이후 2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 국세기본법 제39조 제2호 에서 이를 ‘법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 자’로 수정하여 제2차 납세의무자의 범위를 보다 합리적으로 조정하였다. 그러나 처분청은 여전히 개정 이전의 법리를 근거로 해석·집행하면서 실질적 과세 원칙을 제대로 반영하지 못하고 있다. (마) 실제로 부산지방국세청장도 청구인의 이의신청을 기각하면서, 주주권 행사 여부는 현실적인 행사 실적이 아니라 행사할 수 있는 지위에 있으면 충분하다는 종전 대법원 판례(대법원 2008.9.11. 선고 2008두983 판결 등)에 의존하였다. 그러나 이미 2011년 개정에서 주주권의 실질적 행사 및 법인 지배 요건이 반영되어 있음에도 불구하고, 2008년과 그 이전의 대법원 판례만을 근거로 적용하는 것은 개정 취지를 몰각시키는 것이다. (바) 과점주주 요건 해석에서 실질적 지배 여부를 도외시한 행정 집행은 국세기본법 제14조 의 실질과세 원칙, 제18조의 합목적적 세법해석 원칙을 위반하는 것이다. 세법은 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 않도록 형평과 합목적성을 고려하여 해석·적용되어야 한다. (사) 이러한 행정집행의 미비를 보완하기 위하여 2020년 개정을 통해 ‘법인의 경영에 지배적인 영향력을 행사하는 자’라는 문구가 보완되었으나, 부칙 제2조에서 이를 2021.1.1. 이후 성립하는 납세의무에만 적용하도록 하여, 그 이전에 발생한 납세의무자들은 보호받지 못하게 되었다. 그러나 합리적인 제도개선이라면 개정 전 법 집행의 위헌적 요소를 시정한다는 취지에서, 시행일 이후 결정되는 분부터 적용되어야 한다. 이는 세법 해석과 집행의 부당성을 바로잡는 것이기 때문이다.
(3) 쟁점약정서 체결 이후 실질적으로 주권 행사 및 체납법인의 경영에 대한 의사결정권 등을 양수인들이 이행하였다. (가) 체납법인과 C(주)가 공동으로 신축하여 소유한 D을 매각하고 사업에서 철수하기 위하여, 청구인은 양수인들과 2019.10.15. 쟁점약정서를 작성하였는데, 주요 내용은 다음과 같다.
1. 계약 당사자는 양도인 B, 양수인 E·F이며, 양수인 측 보증인으로 H·I·J가 기명되었다.
2. B은 C(주), 체납법인, 청구인을 대표하여 권한을 위임받아 쟁점약정서를 체결하였다.
3. 실제 계약을 주도한 H과 I는 신용불량 상태로 경제활동이 제약되었기 때문에, 그들과 특수관계에 있는 E와 F을 계약 당사자로 내세우고 자신들은 보증인으로 날인하였다.
4. 양수인들은 체납법인의 자산가치를 약 OOO원으로 평가하고, 부채를 공제한 금액을 주식가치로 산정하여 주식을 양수·양도하고자 하였다. 그 목적은 D 미분양 OOO개 호실의 분양권을 확보하여 분양수익을 실현하는 것이었다. (나) 쟁점약정서 체결 직후인 2019.10.21. 체납법인과 C(주)는 양수인들과 특수관계에 있는 자들과 분양계약을 체결하였고, 이들은 계약서를 제출하고 금융기관 차입을 통해 분양대금을 전액 납부하였다. 그러나 이후 분양대금 과다 책정에 대한 이견이 발생 하여, 체납법인은 2019.12.31. OOO 세금계산서를 발급하게 되었다. (다) 체납법인 주식 매매계약서는 단순히 양도소득세 신고용으로 인터넷에서 구할 수 있는 일반 양식에 불과하였다. 실질적으로는 쟁점약정서에 따라 양수인들이 주주권과 운영권을 인수하였으며, 청구인은 단지 법인 차입금 OOO원에 대한 대표이사 개인 연대보증의 해지와 주식대금 청산을 위한 최후 수단으로 명의개서를 하였을 뿐이다. 따라서 청구인은 명의상 주주였을 뿐 실제 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있지 않았고, 배당·임원 선임 등 법인 운영에 관여하지 않았다. 또한 분양계약 체결과 OOO 세금계산서 발급이라는 과세 원인행위에도 전혀 관여하지 않았다.
(4) 체납법인의 과점주주로서 실질적으로 주주권을 행사한 이는 청구인이 아닌 양수인들이다. (가) 체납법인의 제3자 주주와 이해관계자들이 쟁점약정서 체결 이후 기존 주주들이 체납법인의 주주권을 행사할 수 없었다고 진술하였다.
1. 청구인과 같이 체납법인의 주식을 매도한 K(청구인과 특수관계가 없음)는 2019.10.15. 쟁점약정서 체결시 주주의 권리를 양수인들게 이전하였고, 주주명부 명의개서는 양수인들의 사정에 의하여 미루어졌을 뿐, 쟁점약정서 체결 이후 명의개서일까지는 사실상 명의신탁 상태였다고 진술하였다.
2. 체납법인의 본부장 L(2015년 11월부터 2020년 1월까지 체납법인 근무)은 쟁점약정서 체결 이후, 청구인이 양수인들의 요청이 있는 경우 사용하라고 인감도장 및 인감증명서 등을 본인에게 맡겼고, 양수인들이 요청할 때마다 양수인들에게 전달하였다고 진술하였다.
3. 양수인 E는 쟁점약정서 체결 이후 체납법인 업무 전반에 관해 정보를 주고 받았으며, 체납법인의 각종 영업서류, 회계자료 및 인감도장 등도 받아가서 업무처리를 하였다. (나) 쟁점약정서 체결 이후 청구인은 주주권을 행사한 사실이 없다.
1. 체납법인 정관상 정관변경 및 이사와 대표이사의 선임은 주주총회 의결에 따르도록 되어 있으나, 2019.11.14. 정관변경 및 대표이사, 사내이사 선임 시 청구인은 주주권을 행사한 사실이 없다.
2. 청구인은 주주의 권리 중 하나인 임원 추천권을 사용하지 않았다. 변경된 대표이사 F 및 사내이사 H이 양수인들 또는 관련자인 것을 보면 임원 추천권을 행사한 것은 양수인들이다.
3. 정관변경, 이사와 대표이사의 선임과 관련하여 변경된 정관만 있을 뿐, 주주총회의사록이나 이사회회의록 등의 작성이나 회의도 없었고, 양수인들이 일방적으로 주주권을 행사하여 진행하였다는 체납법인 본부장 L의 진술이 있다. (다) 양수인들이 체납법인의 자금을 인출하였다. 체납법인의 2019년 단기대여금 원장을 살펴보면, 주주가 변경되어 명의개서가 된 2020.1.13. 전인 2019.11.22.부터 2019.12.31.까지 양수인 E가 체납법인의 대표이사가 아님에도 체납법인의 자금 OOO원을 차입한 것은 주주로서 권리를 행사한 것이 아니면 설명할 수 없는 행태이다. (라) 양수인들은 2019.12.31. 이전에도 체납법인의 대출 금융기관 담당자 정보, 회계장부와 서류, 인감증명서, 본점소재지 변경과 법인도장 변경서류 등을 요구하였다. 이는 양수인들이 이미 회사의 경영 상태를 감시하는 등 주주로서의 권리를 행사한 것이다. (마) 양수인들이 2019.10.15. 이후 이미 주주권을 실질적으로 행사하였으나, 2019년 12월 양수인의 개인적인 사정으로 명의개서가 지연된 것으로 납세의무 성립일 2019.12.31.에는 매도인 청구인은 사실상 명의신탁 상태였다.
(1) 납세의무 성립일 기준으로 법 규정을 판단하고 해석하는 것은 정당하고, 이 건 처분은 소급하여 과세하여서는 안된다는 법 규정에 따른 정당한 처분이다. (가) 처분청은 청구인이 주장하는 국세기본법 제14조 와 ‘세법을 해석‧적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다’라고 규정되어 있는 같은 법 제18조에 따라 소급하여 과세하지 않기 위하여 납세의무 성립일인 2019.12.31. 현재 기준으로 법 규정을 해석하여 과점주주를 쟁점규정에 따라 청구인을 제2차납세의무자로 지정하여 납부고지를 하였다. (나) 부칙<제17650호, 2020.12.22.> 제1조에서 ‘이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다’, 제2조(출자자의 제2차 납세의무에 관한 적용례)에서 ‘제39조의 개정규정은 이 법 시행 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다.’라고 되어 있어 납세의무 성립일 기준으로, 쟁점규정에 따라 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들로 과점주주를 판단하는 것은 위법한 판단이라고 볼 수 없다.
(2) 청구인은 납세의무 성립일 현재 체납법인의 주식을 소유하고 있어 주주권을 행사할 수 있는 위치에 있었으므로 과점주주에 해당한다. (가) 주식매매계약서의 주식매매계약일 및 양도소득세 신고서상 주식양도일이 2020.1.13.인 점, 체납법인의 주식등변동상황명세서에도 청구인의 주식변동은 2020년에 발생한 것으로 확인되는 점, 증권거래세 신고 부속서류인 주권 또는 지분의 양도거래명세서의 주식매매일자 또한 2020.1.13.인 점 등으로 보아 납세의무성립일 현재 청구인이 체납법인의 주식을 소유하고 있었던 사실이 확인된다. 또한 청구인이 2020.1.23. 제출한 주식매매에 대한 양도소득세 신고서에 첨부된 주식매매계약서 제1조에서 ‘청구인의 주식은 의결권이 있는 기명식 보통주이고, 청구인은 체납법인의 주식을 정당하게 소유·매도에 관한 모든 권리를 보유하고 있으며, 양도 후 매수인이 증자, 배당 등과 같은 주주로서의 모든 권리를 행사할 수 있도록 협력해주어야 한다’, 제3조에서는 ‘청구인은 매매대금 수령과 동시에 주권을 양수인에게 교부하고 양수인 명의로 주식명의개서 절차를 완료한다’고 정하고 있어 2020.1.13.에서야 청구인의 주식이 양도되었으며 그전까지 는 청구인이 주식에 관한 모든 권리를 보유하고 있었음이 확인된다. (나) 2019년 제2기 부가가치세의 납세의무 성립일은 2019.12.31.이므로 쟁점규정을 적용하여야 한다. 쟁점규정은 과점주주의 범위를 ‘주주와 그의 특수관계에 있는 자들로서 그들의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들’로 규정하고 있고, 2020.12.22. 법 개정으로 ‘주주와 그의 특수관계에 있는 자의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 변경하였으나, 이는 2021.1.1. 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터 적용하도록 하였다. (다) 쟁점규정을 적용함에 있어 과점주주에 해당하는지 여부는 특수관계에 있는 100분의 51 이상 주식의 소유집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하며, 그 스스로가 법인의 경영에 관여하여 이를 사실상 지배하거나 당해 법인의 발행주식총수의 100분의 51 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자일 필요는 없다(대법원 2008.9.11. 선고 2008두983 판결 등, 참조). 과점주주 중 발행주식 총수의 100분의 51 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 과점주주에 해당하는 자들은 모두 제2차 납세의무를 부담하되, 다만 그 책임 범위는 자신의 소유지분 범위 내로 제한된다는 취지로 보는 것이 타당하고, 과점주주에 해당하는 주주 1인이 100분의 51 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하여 달라고 요구하는 것은 아니며(대법원 2008.1.10. 선고 2006두19105 판결 등, 참조), 위 가목에서 말하는 100분의 51 이상의 주식에 관한 권리 행사는 반드시 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 할 것을 요구하는 것은 아니고, 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족한다(대법원 2008.9.11. 선고 2008두983 판결 등 참조). (라) 다수의 대법원 판례 역시 주주명부에 적법하게 주주로 기재되어 있는 자는 주주권을 행사할 수 있고, 회사 역시 주주명부상 주주 외에 실제 주식을 인수하거나 양수하고자 하였던 자가 따로 존재한다는 사실을 알지 못하였더라도 주주명부상 주주의 주주권 행사를 부인할 수 없으며, 주주명부에 기재를 마치지 아니한 자의 주주권 행사를 인정할 수도 없다고 일관되게 판시하고 있으므로 청구인이 납세의무성립일 현재 소유하고 있던 의결권 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있었다고 봄이 타당하다. (마) 청구인의 주장은 사실관계에 따라 확인할 사항이나, 청구인이 납세의무성립일 현재 체납법인의 주식을 소유하고 있어 주주권을 행사할 수 있는 위치에 있었다.
(1) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것) 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.
② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. 제21조【납세의무의 성립시기】② 제1항에 따른 국세를 납부할 의무의 성립시기는 다음 각 호의 구분에 따른다.
1. 소득세ㆍ법인세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 청산소득에 대한 법인세는 그 법인이 해산을 하는 때
4. 부가가치세: 과세기간이 끝나는 때. 다만, 수입재화의 경우에는 세관장에게 수입신고를 하는 때를 말한다. 제39조【 출자자의 제2차 납세의무 】법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.
2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 “과점주주”라 한다)
(2) 국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정된 것) 제39조【 출자자의 제2차 납세의무 】법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다.
1. 무한책임사원으로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원
2. 주주 또는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다) 부칙 <법률 제17650호, 2020.12.22.> 제1조(시행일) 이 법은 2021년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(출자자의 제2차 납세의무에 관한 적용례) 제39조의 개정규 정은 이 법 시행 이후 법인의 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. (3) 소득세법 제98조【양도 또는 취득의 시기】자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. (4) 소득세법 시행령 제162조【양도 또는 취득의 시기】① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.
1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일
2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일
(1) 체납법인의 주식변동내역은 아래와 같다. (가) 체납법인이 제출한 주식등변동상황명세서에 따르면, 위 <표1>과 같이 청구인은 2016년말부터 2019년말까지 체납법인의 주식 88.5%를 보유하고 있는 것으로 나타난다. (나) 체납법인의 대표이사 변경이력은 아래 <표3>과 같고, 청구인은 설립시부터 대표이사로 재직하였다가 2019.11.14. 사임한 것으로 나타난다. <표3> 체납법인 대표이사 변경내역
○○○
(2) 청구인의 양도소득세 신고내용은 아래와 같다. (가) 처분청이 제출한 양도소득세 신고서 및 국세통합전산망 등에 따르면 청구인은 2020.1.23. 아래 <표4>와 같이 2020.1.13.을 양도일자로 하여 양도소득세 OOO원(2020.8.31. 수정신고함)과 증권거래세 OOO원을 신고한 것으로 나타난다. <표4> 양도소득세 신고내역
○○○ (나) 청구인이 위 양도소득세 신고시 첨부한 주식매매계약서(2020.1.13. 체결)는 아래와 같고, 제1조에 “갑(매도인)은 체납법인 주식을 정당하게 소유하고 있고, 매도에 관한 모든 권리를 갑이 보유하고 있으며, 갑은 위 주식에 대하여 양도 후 발생할 수 있는 유무상 증자, 배당 등과 같은 주주로서의 모든 권리를 행사할 수 있도록 매수인에게 적극 협력해 주어야 한다”라고 기재되어 있으며, 제3조에 “매매대금 수령(계약체결일에 매매대금과 교환한다)에 주권을 교부하고, 을(매수인)의 명의로서 주식명의개서 절차를 완료하여야 한다.”라고 기재되어 있다. <주식 매매계약서, 2020.1.13.>
○○○
(3) 청구인은 2019.10.15. 쟁점약정서를 체결한 이후, 체납법인의 경영에 관한 의사결정권 및 주주권을 행사할 수 없었다고 주장하며 아래 자료를 제출하였다. (가) 쟁점약정서 체결에 앞서 2019.9.25. B과 F은 아래와 같은 양해각서를 작성하였고, 그 주요 내용은 쟁점약정서의 체결을 전제로 한 상호간의 역할 및 책임 분담에 관한 사항이다. <양해각서, 2019.9.25.>
○○○ (나) 쟁점약정서는 C(주), 체납법인, 청구인의 권한을 위임받은 B(갑)과 양도양수 진행을 주관하는 E·F(을), 을의 보증인 H·I·J 간에 체결된 것으로, C(주)와 체납법인이 소유한 D 및 주식의 거래를 위해 절차와 권한관계를 규정하고 있다. 한편, 쟁점약정서 제5호에는 “약정 이후 주식 거래시까지 갑(B)은 기존 비용 및 권한 승계를 위한 준비와 기존 인력 및 업무인수인계를 위한 행위를 진행하고, 다른 모든 행위는 을(양수인들)의 책임하에 진행하는 것을 원칙으로 한다”라고 기재되어 있으며, 제7호에는 “본 약정서 체결일 이후에 병(체납법인)에게 일어난 모든 행위에 관한 것은 을이 진행한 것이므로 그에 따른 모든 책임 또한 을이 지는 것으로 한다”라고 명시되어 있다. <쟁점약정서, 2019.10.15.>
○○○ (다) 인수인 E와 체납법인 직원 L의 카카오톡 대화 내용은 아래와 같다. <인수인과 체납법인의 직원의 대화>
○○○ (라) K(체납법인 주주) 및 L(체납법인 직원)의 진술서에 기재되어 있는 내용은 각 아래와 같다. <K 진술서, 2025.9.11. 작성>
○○○ <L 진술서, 2025.9.15. 작성>
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(4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점규정[국세기본법(2020.12.22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것) 제39조 제2호]에 의하면, 주주 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 ‘그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들’은 해당 법인이 체납한 국세에 대한 제2차 납세의무자인 ‘과점주주’에 해당하고, 쟁점규정의 ‘주식에 관한 권리 행사’는 반드시 현실적으로 주주권을 행사할 것을 요구하는 것은 아니고, 국세의 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다고 할 것이다(대법원 2004.10.15. 선고 2003두8418 판결, 참조). (나) 청구인은 2019년 제2기 부가가치세 및 2019사업연도 법인세 납세의무 성립일 현재 체납법인의 경영에서 배제되었고, 체납법인의 과점주주로서 실질적으로 주주권을 행사한 이는 청구인이 아닌 양수인들이므로, 청구인이 체납법인의 과점주주임을 전제로 한 이 건 처분은 취소되어야 한다고 주장하나, 체납법인의 주식등변동상황명세서에 따르면, 청구인은 2019년 말까지 쟁점주식을 보유하고 있다가 2020년 중 쟁점주식을 양도한 것으로 나타나는 점, 청구인은 2020.1.23. 쟁점주식의 양도일을 2020.1.13. 로 하여 양도소득세와 증권거래세를 신고·납부한 것으로 나타나는 점, 2020.1.13. 체결된 쟁점주식 양수도 계약서에는, 계약 체결일에 매매대금 수령과 동시에 주권을 교부하고 주식명의개서 절차를 완료한다고 기재되어 있으며, 청구인은 체납법인의 주식을 정당하게 소유하고 있고, 양도 후 발생할 수 있는 주주로서의 모든 권리를 행사할 수 있도록 양수인에게 적극 협력한다는 내용이 기재되어 있는바, 청구주장과 같이 2019.10.15. 이후 청구인이 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 2020.1.13. 쟁점주식을 양도하기 전까지는 쟁점주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있었다고 보이는 점, 청구인은 쟁점약정서 체결일 이후 실질적 주주권 행사는 양수인들이 하였다고 주장하나, 실질적으로 권한을 행사하지 않았다고 하여, 곧바로 주주 지위가 형식적인 것으로서 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있지 않았다고 보기 어렵고, 주주권이 제한되었다는 입증자료도 부족한 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본 법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.
심판청구를 기각한다.