1. 처분개요
- 가. 청구법인은 2005.12.30. 설립되어 경영자문 및 경영컨설팅 서비스업을 영위하는 법인(A 지분율 70%, B 지분율 30%)으로 청구법인의 최대주주인 A 및 B와 특수관계인 C(이하 합하여 “쟁점법인 기존주주”라 한다)이 지분 100%를 보유한 D 주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다)가 2023.10.12. 실시한 제3자 배정 유상증자(이하 “쟁점유상증자”라 한다)에 단독으로 참여하여 쟁점법인의 발행주식 OOO주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 1주당 가액 OOO원에 인수하여 이를 취득하였다.
- 나. ○○ 지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 청구법인이 쟁점주식의 1주당 가액을 산정함에 있어 쟁점법인의 순자산가액에서 차감한 유동성 파생상품부채(이하 “쟁점부채”라 한다) 합계 OOO원이 평가기준일(2023.10.12.) 당시 쟁점법인의 지급의무가 확정되지 않은 채무에 해당하는 것으로 보아 이를 쟁점법인의 순자산가액에 가산하여 상속세 및 증여세법(이하 “상증법”이라 한다)상 보충적 평가방법에 따라 평가기준일 당시 쟁점법인 발행주식의 1주당 가액을 재산정하고, 쟁점법인 기존주주가 쟁점법인으로 하여금 특수관계에 있는 청구법인에게 주주 배정 방식이 아닌 제3자 배정 방식으로 쟁점유상증자를 실시하도록 결의하여 청구법인이 쟁점주식을 처분청 시가 대비 저가로 취득한 것으로 보아 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여야 한다는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다.
- 다. 이에 따라 처분청은 상증법 시행령 제29조 제2항에 따라 쟁점유상증자로 청구법인이 분여받은 이익을 OOO원으로 산정한 후 이를 익금산입하여 2025.6.20. 청구법인에게 2023사업연도 법인세 OOO원을 경정․고지하였다.
- 라. 청구법인은 이에 불복하여 2025.7.11. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점부채가 발생하게 된 경위는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2016.11.25. E 유한회사(이하 “투자자”라 한다)와 F 주식회사(이하 “대상회사”라 한다)의 발행주식에 투자하기로 하는 주주간계약(이하 “쟁점주주간 계약”이라 한다)을 체결하면서, 대상회사에 투자한 후 5년 이내 대상회사를 기업공개(IPO)하지 못하여 투자자가 취득한 대상회사 발행주식 4,133,997주(이하 “대상주식”이라 한다)를 청구법인이 매수할 것을 청구하는 권리(이하 “매수청구권”이라 한다)를 행사하는 경우, 대상주식의 투자원금에 이자를 가산한 금액으로 이를 매수하기로 약정하였고, 2019.4.12. 쟁점주주간 계약서 1차 변경합의서를, 2020.2.4. 쟁점주주간 계약서 2차 변경합의서를 각각 체결하여 쟁점주주간 계약서의 계약당사자에 쟁점법인을 추가한 후 청구법인, 쟁점법인 및 투자자의 합의를 통해 대상회사의 기업공개 기한도 1년 연장할 수 있도록 하였다. (나) 이후 대상회사의 대규모 손실 및 유동성 부족 등 경영 실적 악화로 대상회사의 기업공개가 불가능하게 되자 투자자는 쟁점법인에게 매수청구권을 행사하겠다는 의사를 통지하였고, 청구법인, 쟁점법인 및 투자자는 2021.11.8. 매수청구권 행사 개시시점 및 대상회사 기업공개기한을 1년 연장하기로 합의(이하 “기한연장합의”라 한다)하였다. (다) 한편, 투자자가 기한연장합의에 따른 매수청구권 행사 개시시점이 지난 2022.12.1. 쟁점법인에게 2023.3.16.자로 매수청구권을 행사 하겠다는 의사를 통지하자 청구법인, 쟁점법인 및 투자자는 2022.12.16. 매수청구권 행사일을 2023.12.16.로 유예하고, 2024.1.16. 쟁점법인이 대상주식을 매매대금 OOO원에 매수하기로 하는 매수청구권 행사 합의(이하 “쟁점합의”라 한다)를 체결하였고, 쟁점법인의 기존주주가 보유한 쟁점법인 발행주식을 투자자에게 담보로 제공하기로 하였다. (라) 이후 투자자는 2023.12.15. 쟁점법인에게 매수청구권을 행사한다는 내용의 통지를 하였고, 이에 따라 쟁점법인은 2024.1.16. 투자자에게 쟁점합의에 따른 채무(매매대금 OOO원)를 이행함과 동시에 대상주식의 소유권을 이전받았다. (마) 한편, 쟁점법인은 투자자의 매수청구권 행사 요건이 기업회계기준에 따른 파생상품 요건을 충족한 것으로 판단하여 2021사업연도 재무상태표상 이를 파생상품부채(쟁점부채)로 계상하고 해당 금액을 비용으로 회계처리하되 법인세법상 손익귀속시기가 도래하지 않은 것으로 보아 손금불산입(유보)으로 세무조정을 하였다. (2) 쟁점부채는 상증법 시행규칙 제17조의2 제3호 나목의 평가기준일 현재 지급의무가 확정된 부채에 해당하므로 쟁점법인의 순자산가액 산정 시 이를 차감하여야 한다. (가) 상증법 시행령 제55조 제1항에서는 ‘순자산가액은 평가기준일 현재 법인의 자산을 법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액’으로 규정하고 있고, 제2항에서는 ‘제1항의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 무형고정자산ㆍ준비금ㆍ충당금 등 기타 자산 및 부채의 평가와 관련된 금액은 이를 자산과 부채의 가액에서 각각 차감하거나 가산한다’고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제17조의2 제3호 나목은 평가기준일 현재 지급의무가 확정된 금액은 부채에 가산하도록 규정하고 있다. (나) 법원은 비상장주식에 대한 상증법상 보충적 평가방법 중 순자산가액 평가방법의 경우 법인이 청산될 것을 가정한 것이라는 입장(대법원 1996.2.15. 선고 94누16243 판결)으로, 비상장주식의 가액을 평가하기 위하여 순자산가액을 산정함에 있어 자산가액에서 공제되는 부채는 그 산정 당시 당해 회사가 종국적으로 부담하여 이행하여야 할 것이 확실하다고 인정되는 채무를 뜻한다고 할 것이고(대법원 2003.5.13. 선고 2002두12458 판결, 같은 뜻임), 이러한 취지에서 퇴직금추계액도 사원의 퇴직이라는 발생 시점이 불확정적일뿐 언젠가는 발생할 것이 예정되어 있는 이상 해당 시점에서 발생하는지 여부를 별론으로 하더라도 언젠가는 퇴직금을 지급할 의무를 부담하는 것이므로 이를 확정적인 부채로 인정할 수 있다고 판시(서울고등법원 2021.3.19. 선고 2020누38234 판결)하였는바, 청산가치에 의한 평가방법을 전제로 평가기준일 현재 언젠가는 발생될 것이 예정되어 있는 현존하는 채무로써 종국적으로는(언젠가는) 당해 회사가 부담하여 이행하여야 할 것이 확실하다고 인정되는 채무에 해당한다면 그 채무는 상증법 시행규칙 제17조의2 제3호 나목의 평가기준일 현재 지급의무가 확정된 금액에 해당한다고 할 것이다. (다) 2022.12.16. 체결된 쟁점합의에 따라 쟁점부채에 따른 채무이행금액과 이행시점이 확정된 이상 평가기준일(2023.10.12.) 현재 쟁점부채는 이미 현존하는 채무로서 쟁점법인이 반드시 지급해야 함이 확정적이므로 종국적으로 부담하여 이행하여야 할 것이 확실하다고 인정되는 채무에 해당한다.
1. 쟁점합의에 따르면 투자자가 2023.12.16. 매수청구권을 행사하고 쟁점법인이 투자자에게 대상주식 매매대금 OOO원을 지급하기로 확정하였고, 쟁점합의에 따른 쟁점법인의 채무 이행을 담보하기 위해 쟁점법인 발행주식을 투자자에게 담보로 제공하기로 합의한 후 투자자의 매수청구권 행사가 이미 확정된 사실임을 전제로 하여 2023.3.15. 쟁점법인의 기존주주와 투자자가 쟁점법인 발행주식에 대하여 근질권설정계약을 체결하였는바, 쟁점부채는 평가기준일 당시 쟁점법인이 이행하여야만 하는 확정적인 채무라는 점이 확인된다.
2. 또한 쟁점부채가 현존하는 부채인 이상 투자자가 매수청구권을 행사하였음에도 쟁점법인이 쟁점합의에 따른 채무를 이행하지 않을 경우 담보물인 쟁점법인 발행주식의 처분 등을 통해 쟁점법인의 채무 이행을 강제하고 있는 이상 평가기준일 당시 쟁점법인의 채무 이행이 확정적으로 예정되어 있었던 상태로 볼 수 있다.
3. 실제 투자자는 쟁점합의에 따라 평가기준일 이후 2023.12.16. 매수청구권을 행사하였고, 그에 따라 2024.1.16. 쟁점법인이 쟁점부채에 상당하는 금액을 투자자에게 지급하였다는 사실을 고려하면 쟁점부채가 평가기준일 현재 현존하는 부채로서 그 지급의무가 확정된 채무에 해당한다는 점이 확인된다. (라) 한편 처분청은 평가기준일 현재 투자자의 매수청구권 행사가 없었던 이상 미이행계약과 같은 상태로서 쟁점부채를 기업회계기준에 따른 부채로 인식하지 않으므로 해당 시점에 지급의무가 확정되지 아니한 부채라는 의견이나, 쟁점부채가 지급의무가 확정된 부채인지 여부는 조세법률주의의 원칙상 상증법에 정하고 있는 개별 규정과 그 규정을 해석한 대법원 판례에 따라 판단해야 하지, 이를 무시하고 기업회계기준을 준용하여 임의로 판단해서는 안되고, 쟁점합의가 매수청구권의 행사 의사표시와 쟁점법인의 채무 이행 내용을 담은 당사자간 구속력있는 계약이라는 점에서 쟁점합의가 체결된 2022.12.16. 쟁점부채가 쟁점법인이 종국적으로 반드시 부담하여 이행할 의무가 있는 확정된 채무에 해당한다고 볼 수 있는바, 처분청의 의견을 받아들이기 어렵다. (마) 또한 처분청은 법인세법상 손익귀속시기를 기준으로 쟁점법인이 쟁점부채를 손금불산입하여 세무조정을 한 이상 평가기준일 당시 쟁점부채의 지급의무가 확정되지 않았다는 의견이나, 법인세법제40조에서 규정하고 있는 ‘익금과 손금의 확정’이라는 개념은 문언 그대로 각 사업연도 소득금액을 구성하는 손익(익금과 손금)의 귀속 사업연도를 판단하는 기준을 규정한 것으로서 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도에 귀속된다는 뜻일 뿐이고, 상증법에 따라 비상장주식을 평가할 때 평가기준일 현재 부채가 현존(존재)하는지 여부 및 그러한 부채가 주식평가에 반영되어야 할 만큼 지급의무가 확정적인지를 판단하는 기준이 아니며, 비상장주식에 대한 상증법상 보충적 평가방법 중 순자산가치법의 경우 법인의 청산가치에 의한 평가방법을 전제로 한 것으로 법인세법상 손익귀속시기와 달리 평가기준일 당시 현존하는 채무로서 종국적으로 부담하여 이행하여야 할 것이 확실하다고 인정되는 채무인 경우 이를 법인의 순자산가액에서 차감하여야 하는 채무라고 보아야 한다. (바) 처분청은 2023.12.31. 쟁점법인 장부에 계상된 미지급금 잔액과 실제 쟁점부채 이행에 따른 지급금액의 차이가 있어 평가기준일 당시 쟁점부채가 지급의무가 확정된 부채가 아니라는 의견이나, 이는 투자자의 매수청구권 행사에 대응하는 대상주식의 공정가치에 해당하는 금액을 미지급금에서 차감하고 파생상품정산이익으로 계상한 것일 뿐, 2024.1.16. 쟁점합의에 따라 투자자에게 매매대금을 지급하여 쟁점부채 이행을 완료한 사실은 변함이 없고, 쟁점부채의 이행이 완료됨에 따라 대상주식의 소유권이 확정되어 이를 공정가치 기준으로 자산(지분법적용투자주식)으로 계상한 것인바, 처분청의 의견을 받아들이기 어렵다. (사) 처분청은 비상장주식 평가시 파생상품의 평가손익의 경우 당해 파생상품계약이 만료되어 권리와 의무가 확정되기 이전 상태일 경우 자산가액에서 차감하는 부채로 볼 수 없으므로 쟁점부채 또한 평가기준일 당시에는 계약이 만료되지 않았다는 의견이나, 이 건의 경우 기한연장합의에 따른 매수청구권 행사기간이 이미 만료되어 쟁점부채의 지급의무가 확정된 상태에서 쟁점합의를 통해 채무 이행시기를 지연한 것일 뿐이고, 쟁점합의 체결일 기준 매수청구권과 관련된 풋옵션 계약이 이미 종료되었다고 할 것이므로 평가기준일 당시 쟁점부채의 경우 지급의무가 확정된 부채이다.
(3) 한편 처분청은 평가기준일 당시 쟁점부채를 확정된 부채로서 순자산가액에 차감하더라도 그에 대응되는 대상주식이 쟁점법인의 자산에 가산하는 ‘평가기준일 현재 지급받을 권리가 확정된 가액’에 해당하고, 그 가액이 쟁점부채와 동일한 금액으로 평가하는 것이 타당하다 할 것이므로, 쟁점법인의 순자산가액에는 변동이 발생하지 않아 이 건 처분은 정당하다는 의견이나, 비상장주식인 대상주식에 대하여도 상증법상 보충적 평가방법에 따라 산정된 시가(1주당 OOO원)를 기준으로 자산가액을 산정하여야 하고, 이러한 경우 쟁점법인의 순자산가액을 재산정하여 그에 따른 이 건 법인세 부과처분의 과세표준과 세액을 경정하여야 한다.
(1) 쟁점부채는 쟁점주식의 평가기준일 당시 지급의무가 확정되지 아니한 채무로서 쟁점주식에 대한 상증법상 보충적평가방법에 따른 시가 평가시 쟁점법인의 자산가액에서 차감하여야 하는 부채에 해당하지 않는다. (가) 상증법상 비상장법인의 발행주식에 대한 시가 평가시 순자산가치는 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 상증법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 평가기준일 현재 확정된 부채를 차감한 금액으로 하는 것으로서, 평가기준일 현재 확정된 부채란 그 산정 당시 당해 법인이 종국적으로 부담하여 이행하여야 할 것이 확실하다고 인정되는 채무를 말한다(대법원 2003.5.13. 선고 2002두12458 판결, 같은 뜻임). (나) 한편 한국회계기준원의 “K-IFRS 재무보고를 위한 개념체계(2019.4.19.)”에 따르면 부채는 과거사건의 결과로 기업이 경제적 자원을 이전해야 하는 현재의 의무로 규정하면서, 현재의무는 ① 기업이 이미 경제적 효익을 얻었거나 조치를 취했고, ② 그 결과로 기업이 이전하지 않아도 되었을 경제적 자원을 이전해야 하거나 이전하게 될 수 있는 경우에만 과거사건의 결과로 존재하는 것으로 규정하고 있고, 미이행계약에 대하여는 계약당사자 모두가 자신의 의무를 전혀 수행하지 않았거나 계약당사자 모두가 동일한 정도로 자신의 의무를 부분적으로 수행한 계약이나 그 계약의 일부를 말하는 것으로, 미이행계약에 따른 의무를 부채로 인식하지 않는다고 보고 있다. (다) 평가기준일 현재 쟁점법인과 투자자는 모두 대상주식의 대가인 매매대금을 쟁점법인이 지급하였다거나 투자자가 대상주식을 쟁점법인에게 인도하는 등의 자신의 의무를 전혀 수행하지 않은 상태로 미이행계약과 같은 상태였는바, 이러한 미이행계약에서 부채를 인식하기 위해서는 상대방의 이행이 뒤따라야 할 것이고, 투자자가 대상주식을 쟁점법인에게 이전해 주어야 쟁점법인에게 대상주식 취득에 따른 의무를 이행할 책임이 발생하는 것이며, 이때 쟁점부채를 부채로 인식할 수 있으므로 미이행계약에 따른 의무인 쟁점부채는 회계상 부채의 정의에 부합하지 않는다고 할 것이다. (라) 한편, 쟁점법인은 재무상태표상 쟁점부채를 부채로 계상하였는데, 이는 관련 지급의무가 성립된 상태가 아니었으나 기업회계기준 등에 따라 위험회피활동을 반영하기 위한 회계처리 결과에 불과할 뿐 세무상 확정된 부채에도 해당하지 않고, 평가기준일 당시 쟁점법인이 종국적으로 부담하여 이행하여야 할 것이 확실하다고 인정되지 않으므로, 쟁점주식의 시가 평가시 쟁점법인의 자산가액에서 차감할 대상인 부채에 해당한다고 볼 수 없다. (마) 또한 쟁점법인도 2019.4.2. 쟁점주주간 계약 1차 변경합의서 작성 이후 평가기준일까지 대상주식을 평가하여 쟁점주주간 계약상 투자자에게 지급하기로 약정한 대상주식 매매대금에서 대상주식의 공정가치를 차감한 금액을 파생상품부채와 파생상품평가손익으로 회계처리하여 반영하였는데, 쟁점법인의 파생상품부채는 쟁점법인이 추후 투자자에게 지급한 대상주식의 매매대금과 다른 금액으로서 논리적으로도 쟁점부채가 확정된 부채라고 할 수 없고, 쟁점법인이 계상한 파생상품평가손익과 이에 대응되는 파생상품부채는 당해 파생상품계약이 만료되어 권리와 의무가 확정되기 이전 상태인 ‘파생상품의 평가’에 관한 것이므로, 파생상품의 평가손익을 쟁점법인의 자산가액에서 차감하는 부채로 볼 수 없으며, 쟁점법인도 이러한 파생상품부채와 파생상품평가손익을 각 사업연도 법인세 신고 시 모두 부인하는 세무조정을 하였으므로 실제 쟁점부채를 세무상 부채로도 인식하지 않았다. 실제 평가기준일 이후 2023사업연도말 회계처리시 쟁점부채를 모두 미지급금 계정으로 대체하면서 미지급금을 투자자에게 지급하기로 확정한 금액보다 적은 금액을 계상하여 쟁점부채의 가액이 변동되었음이 확인되었는바, 2022년 10월경 쟁점합의서 작성 시 쟁점부채가 확정되었다는 청구법인의 주장도 받아들이기 어렵다. (바) 이와 관련하여 법원도 파생상품부채를 재무상태표상 부채로 계상하였다고 하더라도 평가손익이 확정되기 전에는 이를 법인세법상 익금 또는 손금에 산입하는 것이 허용되지 않고, 채무불이행 및 해지시 정산하는 규정이 있더라도 채무불이행 사유 및 해지사유가 발생하였다는 점을 인정할만한 증거가 없다면 파생상품평가손실이 확정된 채무에 해당하지 않는다고 판시(서울고등법원 2009.1.14. 선고 2008누25359 판결)하였는바, 파생상품부채는 권리의 행사 여부와 손익의 발생여부, 손익액 등이 달라질 수 있어 회사가 종국적으로 부담하여 이행하여야 할 것으로 확정된 채무라고 볼 수 없다는 입장이다. (사) 한편 청구법인은 쟁점부채에 대하여법인세법상 손익의 귀속시기가 도래하지 아니하였더라도 상증법상 채무 해당 여부에 따라 판단하여야 하고, 상증법 시행규칙 제17조의2 제3호 나목에 따른 평가기준일 현재 기타 지급의무가 확정된 금액으로서 이를 쟁점법인의 자산가액에서 차감하여야 할 채무에 해당한다고 주장하나, 파생상품 거래와 관련한 상증법상 비상장주식의 평가에서 법인세법상 자산‧부채 평가 규정과 다른 방식을 적용하지 않고 있고, 쟁점부채와 같은 풋옵션 파생상품의 경우 법인세법상 대금결제일을 손익의 귀속시기로 규정하고 있는 이상, 쟁점부채의 경우에도 대금지급일을 기준으로 지급의무가 확정된 시기로 보는 것이므로, 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵고, 상증법상 청산가치법에 따르더라도 쟁점법인이 평가기준일 당시 대상주식을 취득하지 않은 상태이므로 그에 대응되는 매매대금을 지급할 의무도 존재하지 않아 쟁점부채 또한 확정된 채무라고 볼 수 없다. (아) 또한 청구법인은 쟁점합의에 따라 쟁점부채의 금액과 지급일을 확정하였고, 이를 담보하기 위해 쟁점법인의 주주와 투자자가 쟁점법인의 발행주식에 대한 근질권설정 계약을 체결하여 쟁점법인 발행주식을 투자자에게 담보로 제공한 이상 쟁점합의 체결일에 쟁점부채와 관련된 옵션 계약이 만료된 것이며, 평가기준일 당시 쟁점부채가 확정된 채무에 해당한다고 주장하나, 민법제536조는 쌍무계약의 당사자 일방은 상대방이 그 채무이행을 제공할 때까지 자기의 채무이행을 거절할 수 있다고 동시이행관계에 있어 동시이행 항변권을 규정하고 있는데, 일방의 채무 이행기가 도래하더라도 상대방의 채무 이행제공이 있을 때까지는 그 채무를 이행하지 않아도 이행지체의 책임이 발생하지 않는 것인바, 이 건의 경우 쟁점합의에 따라 장래의 특정 시점에 발생할 채무액과 이행기를 정한 것일 뿐이고, 쌍무계약의 동시이행관계에 있는 쟁점법인과 투자자가 쟁점합의를 이행하는 시기에 각자의 채무와 자산이 확정된다고 할 것이므로, 이행기가 도래하기 이전인 평가기준일에는 대상주식이 쟁점법인에게 이전되거나 투자자에게 매매대금 등이 지급되지 않는 이상 쟁점부채가 확정되는 부채에 해당한다고 볼 수 없다.
(2) 또한 청구법인은 쟁점부채의 이행에 따라 대상주식이 쟁점법인의 자산에 가산하는 ‘평가기준일 현재 지급 받을 권리가 확정된 가액’에 해당한다면 자산에 가산할 가액은 대상주식을 상증법상 보충적 평가방법에 따라 평가한 가액(OOO원)이라고 주장하나, 청구법인의 주장을 인정하더라도 상증법 시행령 제55조 제1항에서는 당해법인의 자산을 법 제60조 제3항 및 법 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액이 장부가액(취득가액에서 감가상각비를 차감한 가액)보다 적은 경우에는 장부가액으로 하되 장부가액보다 적은 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있고, 위 규정은 자산가치를 해당 법인의 자산을 평가기준일 현재 시가로 평가하되, 시가가 불분명한 경우 보충적 평가방법에 의하더라도 최소한 취득원가(장부가액)로 평가해야 한다는 의미인바, 평가기준일 당시 쟁점부채에 대응한 대상주식을 인도받아야 하는 쟁점법인의 투자자에 대한 채권도 확정된 자산으로서 그 자산가액도 쟁점부채와 동일한 금액으로 평가하는 것이 타당하다 할 것이므로, 쟁점법인의 순자산가액에는 변동이 발생하지 않아 이 건 처분은 정당하다.