조세심판원 심판청구 종합부동산세

쟁점임대주택이 종합부동산세 과세표준 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부

사건번호 조심-2025-부-2916 선고일 2025.12.03

쟁점임대주택은 2018.3.31. 후에 사업자등록 등을 한 주택으로서 종부세법상의 종합부동산세 과세표준 합산배제 요건을 갖추지 못한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단됨

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 2018.6.21. 부동산임대업으로 사업자등록을 한 법인사업자로 2018.6.29. 부산광역시 서구 OOO 소재 다세대주택 40호(이하 “쟁점임대주택”이라 한다)를 매매로 취득한 후, 같은 날 쟁점임대주택을 관할지방자치단체인 부산광역시 서구청에 ‘단기민간임대주택(매입)’으로 하여 임대사업자 등록을 하고, 쟁점임대주택을 임대물건으로 하여 임대를 개시하였으며, 2020.12.11. 쟁점주택을 종합부동산세 합산배제 임대주택으로 신고하였다.
  • 다. 처분청은 2024년 종합부동산세 합산배제 사후관리 점검결과, 쟁점임대주택이 2018.6.29. 단기임대주택으로 등록되었을 뿐 2018.2.13. 대통령령 제28645호로 신설되어 2021.2.17. 대통령령 제31447호로 개정된 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제8호 의 ‘장기일반민간임대주택’으로 등록된 사실은 확인되지 않으므로, 종합부동산세법 제8조 제2항 에 따른 종합부동산세 과세표준 합산배제가 적용되지 않는 것으로 보아, 청구법인에게 2024.11.25. 및 2025.1.23. 아래 <표1>과 같이 종합부동산세 등 합계 OOO원을 걸정(경정)․고지하였다. <표1> 종합부동산세 등 경정․고지내역

○○○

  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.2.14. 이의신청을 거쳐 2025.7.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2018년 쟁점임대주택을 투기목적이 아닌 임대목적으로 매입하여 8년이 넘는 기간 동안 민간임대주택으로 사용하고 있는바, 사실상 현황이 장기임대주택에 해당하므로, 종합부동산세 합산배제 대상으로 보아야 한다. (가) 쟁점임대주택은 공동주택인 오피스텔(도시형생활주택)로 법인이 소유한 주택에 해당하기 때문에 종합부동산세 대상이나, 청구법인이 매매차익을 얻기 위한 투기성 목적이 아닌, 주택임대업을 영위함으로써 국민의 주거안정에 기여하기 위해 취득한 장기민간매입임대주택에 해당하므로 종합부동산세 합산배제 대상 주택에 해당한다. (나) 청구법인은 계속하여 쟁점임대주택을 임대할 예정이었으므로 종합부동산세 과세취지에 맞지 않는다고 보아 합산배제신고서를 처분청에 제출하였는바, 사업자등록과 합산배제신고에 대하여 관할 구청 및 관할 세무서 담당 공무원에게 수 차례 질문하며 충분한 자문을 구한 뒤 적절하게 신고하였다. (다) 청구법인의 합산배제 신고 이후 2020년부터 2023년까지 쟁점임대주택에 대한 종합부동산세 고지가 없었으므로 청구법인은 신고가 적법한 것으로 생각하였다. 하지만 2024년경 처분청은 갑자기 쟁점임대주택에 대한 종합부동산세 해명자료 제출을 요청하였고, 청구법인은 쟁점매입주택이 장기적으로 임대업만을 위해 취득한 주택에 해당한다는 해명자료를 제출하였으나, 처분청은 현황과는 관계없이 단지 관련 서식 상 ‘단기임대주택’이라고 기재되어 있다는 이유만으로 청구법인에게 2020년부터 2024년까지의 종합부동산세 등 합계 OOO원을 고지하였는바, 이는 잘못된 안내와 행정이 있었음에도 모든 오류를 오로지 납세자 탓으로 돌리는 행정편의적인 처분이다. (라) 또한 이 건 종합부동산세는 가산세는 제외하고 본세만 고지되었는데, 이는 합산배제신고서가 제출된 후 4년간 해당 신고서의 검토가 이루어지지 않았던 처분청의 잘못이 있었기 때문에 가산세를 과세하지 못했던 것으로 보인다.

(2) 쟁점임대주택은 종합부동산세법 제8조 제2항 및 같은 법 시행령 제3조에 따른 합산배제 대상 주택에 해당한다. (가) 종합부동산세법 제8조 2항 및 같은 법 시행령 제3조는 다음과 같이 합산배제 대상 주택을 규정하고 있다. < 종합부동산세법 제8조 제2항 및 같은 법 시행령 제3조 내용>

민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자로서

법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록을 한 자가

③ 과세기준일 현재 임대하고 있는 ④의 주택

민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택으로서 ⑤의 요건을 모두 갖춘 주택

⑤ -1 공시가격 3억원 이하,

⑤ -2 5년 이상 계속하여 임대할 것,

⑤ -3 임대료 및 임대보증금 증가율이 5%를 초과하지 않을 것 (나) 위 규정과 쟁점임대주택을 비교하여 보면 아래 <표2>와 같이 요건을 충족함을 알 수 있는바, ① 쟁점임대주택은 관할지자체에 적법하게 임대사업자로 등록되어 있고, ② 법인세법 제111조 에 따라 주택 임대사업자 등록을 마쳤으며, ③ 2018년부터 2025년까지 임대주택으로서만 사용하고 있고, 다른 용도로 사용하기 위해서 임대를 강제로 종료한 바 없다. ④ 쟁점임대주택은 청구법인이 매매로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택에 해당하고, ⑤ 공시가격이 3억 원을 초과하지 않으며 매입일부터 현재까지 8년이라는 기간 동안 계속 임대하고 있으며, 임대료 및 임대보증금 증가율도 법에 정한 기준을 충족하고 있다. <표2> 쟁점임대주택의 합산배제 요건 충족 여부 구분 종합부동산세법 청구법인 충족여부

① 임대사업자 임대사업자 등록함 충족

② 주택임대업 사업자등록 주택 임대사업자 등록함 충족

③ 과세기준일 현재 임대 각 과세연도 과세기준일 현재 임대 중 충족

④ 민간매입임대주택 임대사업자가 매매로 소유권 취득 충족

⑤ -1 공가가격 3억이하 해당함 충족

⑤ -2 5년 이상 계속임대 8년째 계속하여 임대 중 충족

⑤ -3 증가율 5% 미초과 해당함 충족 (다) 종합부동산세는 재산세의 규정을 준용하여 과세하고 있으므로 재산세의 ‘현황부과 원칙’에 따라야 하고, 청구법인은 임대사업자 신고를 마친 후 임대사업을 개시하였고, 2018년 이후 2025년까지 쟁점임대주택을 장기간 임대주택으로 사용하고 있기 때문에 공부상 현황이 아닌 사실 현황에 따라 과세하는 것이 타당하다. 또한 처분청이 해당주택의 용도가 주택인지 상가인지, 임대목적인지 매매목적인지, 단기임대인지 장기임대인지, 합산배제 대상 주택인지를 공부상 내용만 확인할 것이 아니라 건물의 실내외 현황, 임대인의 임대기간, 보증금 및 임대료 증가요율 등 구체적 사항 등을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2023.4.13. 선고 2023두31140 판결 등 참조). (라) 청구법인은 납세자로서의 협력의무를 성실히 이행하였고, 실질적으로는 장기임대의 의도와 운영을 지속하고 있음에도 불구하고, 당시 부동산시장 상황과 정책 변화 가능성을 고려하여 단기임대를 선택했을 뿐이다. 만약 그 당시 담당 직원으로부터 장기임대에 대한 정확한 안내가 있었다면, 청구법인은 장기임대 등록을 선택했을 것이인바, 이는 고의적인 조세 회피가 아니라, 오히려 제도를 정확히 이해하지 못한 상태에서의 판단이었음을 고려하여야 한다. 행정기관의 검토 지연과 안내 오류 등 제도 운용상의 미비를 납세자에게만 일방적으로 부담시키는 것은 조세 정의에 반한다.

(3) 이 건 종합부동산세 부과처분은 과세당국의 검토가 미흡하여 발생한 사안으로 부당한 처분이다. (가) 청구법인은 담당 공무원의 안내에 따라 관련 신고를 마쳤음에도 담당 공무원의 안내는 국세청의 공식적인 입장이 아니라고 하며 모든 책임을 납세자에게 돌리는 것은 부당하고, 처분청이 2020년 청구법인의 합산배제 신고 이후 4년간 신고내용을 전혀 검토하지 않은 상태에서 2024년에야 4년치 종합부동산세를 부과하는 것은 과도하다. (나) 최초 합산배제 신고가 있었던 2020년 종합부동산세는 별론으로 하더라도 이후 과세기간까지 과세하는 것은 신고서 수령 이후 아무런 검토 없이 방치한 과세관청의 행정적 과오에서 기인한 문제이다. 이 건 부과처분은 처분청이 합산배제신고서가 적절히 작성되지 않았을 경우 추후 거액의 종합부동산세가 부과될 수 있다는 사실을 알고 있었음에도 이를 정정하거나 보완할 수 있도록 통지하거나 조치하지 않은 결과이다. 따라서 이는 조세법률주의에 따라 보호되어야 할 국민의 재산권을 심각하게 침해하는 행위이고, 행정의 책임을 납세자에게 전가하는 부당한 조치이다. (다) 청구법인은 모든 행정적인 절차(관할 구청 및 관할 세무서에 임대사업자 등록 등)를 마쳤고, 종합부동산세에 대한 합산배제신고까지도 이행하였는바, 공부상 착오가 있더라도 사실 현황은 합산배제가 되는 장기임대주택에 해당한다고 보아야 하고, 처분청이 합산배제 신고를 받은 후 신고서 접수 당시에 이를 검토하여 오류를 체크하였다면, 지금과 같은 문제가 일어나지 않았을 것이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 쟁점임대주택은 종합부동산세 합산배제 임대주택에 해당하지 않으므로 이 건 과세처분은 정당하다. (가) 청구법인은 2018.6.29. 관할지자체에 단기매입임대주택으로 임대사업 등록한 것으로 임대사업자 등록증에 의해 확인되는바, 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제2호 단서에 의하면, 합산배재 적용 대상 주택을 “민간임대주택에 관한 특별법(이하 “민간임대주택법”이라 한다) 제2조 제3호에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록을 한 주택”으로 한정하고 있으므로, 2018.6.29. 임대사업 등록한 쟁점임대주택의 경우 합산배제 적용을 받을 수 없음이 명확하다. (나) 청구법인은 쟁점임대주택을 장기임대목적으로 취득하였으나, 임대사업등록 시 담당공무원의 안내에 따라 임대주택 등록한 것이고, 현재까지 계속하여 장기임대하고 있으므로 합산배제 제외는 부당하다고 주장하나, 담당공무원이 안내하였는지 여부가 불분명할 뿐만 아니라, 설령 공무원의 잘못된 안내가 있더라도 세무공무원의 안내는 일반적인 상담행위에 불과한 것으로 과세관청의 공적인 견해표명으로 볼 수 없다. (다) 조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석 하는 것은 허용되지 아니하며 특히 감면요건 규정 중 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2002.4.12. 선고 2001두731 판결 등). 청구법인은 당초 2018.6.29. 단기민간임대주택(매입)으로 임대사업자 등록하였다가, 2024.11.5. 장기일반민간임대주택(10년)으로 변경등록하였는바, 장기일반민간임대주택으로 변경하였다고 하여 당초부터 장기임대로 볼 수는 없으므로 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제2호 단서에 따라 합산배제 적용을 받는 주택에 해당하지 않는다.

(2) 가산세 부과처분 여부는 본세의 부과처분과 별개의 처분으로 본세에 영향을 미치지 않는다. (가) 청구법인은 가산세가 부과되지 않았으므로 본세 부과처분이 부당하다고 주장하나, 종합부동산세는 부과과세방식의 세목으로 부과과세방식의 경우 당초 고지에 착오 등이 있는 경우에는 일반적으로 무신고 가산세 등이 적용되지 않는다. (나) 설령 가산세 부과에 오류가 있다고 하더라도 가산세는 세법상 의무를 위반한 납세자에게 부과하는 행정상 제재로, 징수절차 편의상 당해 세법이 정하는 국세의 세목으로 그 세법에 의하여 산출한 본세의 세액에 가산하여 함께 징수하는 것일 뿐, 국세와 본질적으로 성질이 다르므로 가산세가 부과되지 않았다 하여 본세 부과가 잘못된 것은 아니다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁점 쟁점임대주택이 종합부동산세 과세표준 합산배제 임대주택에 해당하는지 여부
  • 나. 관련 법령

(1) 종합부동산세법 제8조【과세표준】 ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택은 제1항에 따른 과세표준 합산의 대상이 되는 주택의 범위에 포함되지 아니하는 것으로 본다. 1.민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간임대주택, 공공주택 특별법에 따른 공공임대주택 또는 대통령령으로 정하는 다가구 임대주택으로서 임대기간, 주택의 수, 가격, 규모 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주택 제17조【결정과 경정】 ① 관할세무서장 또는 납세지 관할 지방국세청장(이하 "관할지방국세청장"이라 한다)은 과세대상 누락, 위법 또는 착오 등으로 인하여 종합부동산세를 새로 부과할 필요가 있거나 이미 부과한 세액을 경정할 경우에는 다시 부과·징수할 수 있다.

③ 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 이를 경정 또는 재경정하여야 한다. (2) 종합부동산세법 시행령 제3조【합산배제 임대주택】① 법 제8조 제2항 제1호에서 "대통령령이 정하는 주택"이란 공공주택 특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자 또는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제7호 에 따른 임대사업자(이하 "임대사업자"라 한다)로서 과세기준일 현재 소득세법 제168조 또는 법인세법 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 이 조에서 "사업자등록"이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지, 제5호부터 제8호까지의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 "합산배제 임대주택"이라 한다)을 말한다. 이 경우 과세기준일 현재 임대를 개시한 자가 법 제8조제3항에 따른 합산배제 신고기간 종료일까지 임대사업자로서 사업자등록을 하는 경우에는 해당 연도 과세기준일 현재 임대사업자로서 사업자등록을 한 것으로 본다.

2. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택과 공공주택 특별법 제2조 제1호 의3에 따른 공공매입임대주택(이하 이 조에서 "매입임대주택"이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택의 경우에는 2018년 3월 31일 이전에 같은 법 제5조에 따른 임대사업자 등록과 사업자등록을 한 주택으로 한정한다.

  • 가. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제8항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원[수도권정비계획법제2조제1호에 따른 수도권(이하 "수도권"이라 한다) 밖의 지역인 경우에는 3억원] 이하일 것
  • 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것
  • 다. 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항 및 공공주택 특별법 시행령 제44조 제3항 에 따라 정한 기준을 준용한다.

8. 매입임대주택 중 장기일반민간임대주택등으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택. 다만, 1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 새로이 취득한 조정대상지역(주택법 제63조의2 제1항 제1호 에 따른 조정대상지역을 말한다. 이하 같다)에 있는 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제5호 에 따른 장기일반민간임대주택[조정대상지역의 공고가 있은 날 이전에 주택(주택을 취득할 수 있는 권리를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)을 취득하거나 주택을 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 사실이 증빙서류에 의하여 확인되는 경우는 제외한다]은 제외한다.

  • 가. 해당 주택의 임대개시일 또는 최초로 제9항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원(수도권 밖의 지역인 경우에는 3억원) 이하일 것
  • 나. 8년 이상 계속하여 임대하는 것일 것. 이 경우 임대기간을 계산할 때 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 제3항 에 따라 같은 법 제2조 제6호의 단기민간임대주택을 장기일반민간임대주택등으로 변경 신고한 경우에는 제7항 제1호에도 불구하고 같은 법 시행령 제34조 제1항 제3호에 따른 시점부터 그 기간을 계산한다.
  • 다. 임대료등의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것. 이 경우 임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못하고, 임대사업자가 임대료등의 증액을 청구하면서 임대보증금과 월임대료를 상호 간에 전환하는 경우에는 민간임대주택에 관한 특별법 제44조 제4항 에 따라 정한 기준을 준용한다.

(3) 민간임대주택에 관한 특별법 제2조【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. "민간임대주택"이란 임대 목적으로 제공하는 주택[토지를 임차하여 건설된 주택 및 오피스텔 등 대통령령으로 정하는 준주택(이하 "준주택"이라 한다) 및 대통령령으로 정하는 일부만을 임대하는 주택을 포함한다. 이하 같다]으로서 임대사업자가 제5조에 따라 등록한 주택을 말하며, 민간건설임대주택과 민간매입임대주택으로 구분한다.

3. "민간매입임대주택"이란 임대사업자가 매매 등으로 소유권을 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

5. "장기일반민간임대주택"이란 임대사업자가 공공지원민간임대주택이 아닌 주택을 8년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

6. "단기민간임대주택"이란 임대사업자가 4년 이상 임대할 목적으로 취득하여 임대하는 민간임대주택을 말한다.

7. "임대사업자"란 공공주택 특별법 제4조제1항 에 따른 공공주택사업자(이하 "공공주택사업자"라 한다)가 아닌 자로서 1호 이상의 민간임대주택을 취득하여 임대하는 사업을 할 목적으로 제5조에 따라 등록한 자를 말한다. 제5조【임대사업자의 등록】 ① 주택을 임대하려는 자는 특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장ㆍ군수 또는 구청장에게 등록을 신청할 수 있다.

② 제1항에 따라 등록하는 경우 다음 각 호에 따라 구분하여야 한다.

2. 민간건설임대주택 및 민간매입임대주택

3. 공공지원민간임대주택, 장기일반민간임대주택

  • 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청과 청구법인이 제출한 심리자료 등에서 아래와 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인에 대한 종합부동산세 결정내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구법인에 대한 종합부동산세 결정내역

○○○ (나) 청구법인은 쟁점주택에 대하여 2018.6.29. 관할지자체에 민간임대주택법 제5조, 같은 법 시행령 제4조 제5항에 따라 ‘단기임대’로 사업자등록을 하였고, 2024.11.4. 당초 임대사업자등록(OOO)이 자동으로 등록말소 되었으며, 2024.11.5. 민간임대주택법 제2조 제5항 에 따라 ‘장기일반민간임대주택’으로 재등록하였는바, 주택유형은 ‘오피스텔 및 도시형생활주택’으로 신고한 것으로 나타난다. (다) 청구법인은 2020.12.11. 쟁점임대주택을 종합부동산세 과세표준 합산배제 대상으로 신고한 후 쟁점임대주택에 대한 2021⋅2022년 귀속 종합부동산세를 납부하지 아니하였다. (라) 청구법인의 2020년도 임대주택 합산배제 신고서를 보면, 임대사업자 등록증상 임대구분은 ‘단기민간임대주택’으로 되어 있으나, 위 신고서의 임대구분에는 ‘매입장기민간임대주택’으로 기재되어 있는 것으로 나타난다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점임대주택을 투기목적이 아닌 임대목적으로 매입하여 8년이 넘는 기간 동안 민간임대주택으로 사용하고 있는바, 사실상 현황이 장기임대주택에 해당하므로, 쟁점임대주택을 종합부동산세 과세표준 합산배제 임대주택으로 보아 이 건 종합부동산세 등 부과처분을 취소하여야 한다고 주장하나, 조세법률주의의 원칙상 그 과세요건이거나 비과세 요건 또는 조세감면요건을 막론하고 그 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면 요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 공평원칙에도 부합한다 할 것인바(대법원 2007.10.26. 선고 2007두9884판결 등 같은 뜻임), 쟁점임대주택은 2018.3.31. 후에 사업자등록 등을 한 주택으로서 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제2호 단서 요건을 충족하지 못하고, 쟁점임대주택은 2018.6.29. 관할 지방자치단체에 ‘단기민간임대주택’으로 등록되었을 뿐, 종합부동산세법 시행령 제3조 제1항 제8호 등에 따른 ‘장기일반민간임대주택’으로 등록되지는 아니하여, 종합부동산세법 제8조 제2항 에 따른 종합부동산세 과세표준 합산배제 요건을 갖추지 못한 것으로 보이는 점 등에 비추어, 종합부동산세 합산배제 대상 임대주택에 해당하지 아니하는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

심판청구를 기각한다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)