쟁점①에 대하여 살피건대, 쟁점계약서는 검인계약서로, 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 매매계약의 내용대로 작성된 것으로 추정되고, 검인계약서가 실제 계약 내용과 다르다는 주장에 대한 입증책임은 청구인에게 있으나, 청구인은 쟁점부동산의 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 있는 금융거래내역 등 구체적이고 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 이 건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단됨 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인의 형은 이 건 부동산의 지분 2분의 1에 대한 양도소득세 신고시 쟁점계약서상 매매대금에서 비품가액을 차감하지 아니한 000원을 취득가액으로 기재하였으며, 이를 실지취득가액으로 인정한 이상, 쟁점부동산의 취득가액도 이와 동일하다고 보는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점비품가액을 제외한 000원을 취득가액으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단됨
[주 문] aa세무서장이 2024.9.6. 청구인에게 한 2021년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 청구인이 취득한 광주광역시 북구 OOO 대지 및 그 지상 건축물의 지분 각 2분의 1의 취득가액을 OOO원으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다. [이 유]
(1) 쟁점부동산의 실지거래가액은 관련 서류 등에 의하여 확인되지 아니하여 불분명하므로, 쟁점부동산의 취득가액은 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 에 따라 환산취득가액을 적용하여야 한다. (가) 처분청이 실지취득가액에 대한 증빙으로 제시한 쟁점계약서 및 문답서는 청구인이 2022년 광주지방국세청장에게 제출했던 자료 중 일부로, 광주지방국세청장은 청구인이 제출한 자료만으로 실지취득가액의 확인이 어렵다고 보아 실지조사로 전환하였으나, 청구인이 제주도로 주소지를 이전하게 되어 처분청이 조사를 착수하게 되면서 종결되었다. 처분청은 북광주세무서장의 조사종결보고서 등에 대한 확인이 어렵고, 이 건 부동산의 전소유자 B의 세무조사결과에 따른 거래금액 OOO원은 처분청이 이 건 부동산의 실지취득가액으로 주장하는 OOO원과 일치하지 아니하며, 전소유자에 대한 조사종결보고서 등에 대한 확인도 이루어지지 아니하였다. 처분청이 제시한 문답서는 청구인의 모친이 진술한 내용으로, 쟁점부동산의 전 소유자인 B의 양도소득세 절감을 위해 청구인의 모친이 쟁점계약서에 맞추어 답변한 것으로 추측되고, 해당 문답서는 거래당사자들의 진술이 아닌 청구인의 어머니의 진술에 해당하여 이를 과세근거로 보기 어려우며, 쟁점부동산의 실지취득가액이 불명확한 경우에 해당한다고 보아야 한다. (나) 설령, 쟁점부동산이 환산취득가액 적용대상이 아니고 하더라도, 쟁점부동산의 취득가액은 쟁점계약서에 따른 금액이 아닌, 청구인이 당초 양도소득세 신고시 제출한 부동산매매계약서(이하 “신고계약서”라 한다)로 확인된 거래가액 OOO원을 쟁점부동산의 실지취득가액으로 보아야 한다. 청구인은 B의 요구로 3차례에 걸쳐 매매계약서를 작성하였고, 처분청이 과세근거로 삼은 쟁점계약서는 3차 작성분 계약서에 해당하여 이를 실지거래가액으로 보기 어려우며, 청구인이 당초 양도소득세 신고시 제출한 신고계약서는 2차 작성분 계약서로, 실지취득가액에 부합한 가액이 기재되어 있다. 청구인이 제출한 신고계약서상 가액을 부인하여 쟁점계약서상 가액을 적용하기 위하여는 처분청이 과세근거를 명확히 하여야 할 것이나, 처분청은 쟁점계약서상 거래금액이 실제취득가액에 해당한다는 점을 입증하지 못하고 있다.
(2) (예비적 청구) 쟁점부동산의 양도대금 OOO원에는 모텔사업에 관한 비품가액이 포함되어 있는바, 비품가액의 양도대금에 대응하는 필요경비로서 이 건 부동산 취득가액에 비품가액의 취득가액을 포함하여 인정해야 할 것이므로, 쟁점계약서상 비품가액에 청구인의 지분비율을 반영한 OOO원(이하 “쟁점비품가액”이라 한다)을 쟁점부동산의 취득가액에 포함하여야 한다.
(1) 청구인은 처분청이 경정한 쟁점부동산의 취득가액이 사실과 다르고 실지거래가액 등의 확인이 서류 등에 의하여 입증되지 아니하였으므로 소득세법 시행령 제176조의2 제2항 에 따라 취득가액을 환산하여 경정할 것을 청구하였으나, 북광주세무서장이 쟁점부동산의 전소유자에 대한 세무조사시 확인한 쟁점계약서 및 문답서 등에는 쟁점부동산의 거래금액이 정확하게 기재되어 있고, 문답서에 보충적으로 설명이 되어 있는 등 실지거래가액을 확인할 수 있으므로 쟁점부동산의 취득가액은 추계결정 및 경정대상에 해당하지 않는다. 북광주세무서장은 B에 대한 세무조사 후, 이 건 부동산의 양도가액을 실지가액 OOO원으로 결정하였으나, 이는 조사종결보고서의 부존재로 확인이 불가하다. 그러나, 쟁점계약서의 2페이지에 기재된 특약사항을 살펴보면, 총 매매대금 OOO원 중 비품대금이 OOO원에 해당한다고 기재되어 있어 매매계약서상 이 건 부동산의 실거래금액은 OOO원으로 확인되고, 이는 문답서를 통해서도 확인되는 내용으로, 해당 문답서는 당시 세무대리인 C 세무사의 입회하에 정상적으로 작성된 서류인 것으로 나타난다. 한편, 청구인과 이 건 부동산을 공동으로 취득한 청구인의 형 A은 2011.5.12. 이 건 부동산의 나머지 지분을 청구인에게 양도하면서 취득가액을 OOO원(OOO원의 2분의1)으로 신고하였는데, 이는 쟁점계약서 특약사항에 기재된 비품가액을 확인하지 아니하고, 거래대금 전액을 취득가액으로 보아 신고한 것으로 판단된다. 따라서 청구인과 A이 B으로부터 취득한 이 건 부동산의 실지취득가액은 OOO 원에 해당하고, 이에 청구인의 지분비율 2분의1을 반영하여 쟁점부동산의 취득가액을 OOO원으로 산정하여 청구인이 2021년 귀속 양도소득세 신고시 쟁점부동산의 취득가액을 과다하게 산정한 것으로 보아 이 건 양도소득세 등을 부과한 처분은 적법하다.
(2) (예비적 청구) 청구인은 쟁점부동산의 양도대금에 비품가액이 포함되어 있으므로, 양도가액에 대응하는 쟁점비품가액을 쟁점부동산의 취득가액으로 인정해달라는 주장이나, 당초 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 세무조사시 OOO지역주택조합에 양도된 비품가격에 대한 확인을 요청하였고, 그 회신내용을 살펴보면, “우리 OOO조합에서 매입한 광주광역시 북구 OOO 외 3필지 토지 및 건물 취득과 관련하여 요청하신 와모텔의 비품들은 별도의 가액을 책정하지 않고 양도받았으며, 우리 조합에서는 전체 폐기물로 처분하였다”고 답변하였다. 따라서 쟁점비품가액이 이 건 부동산의 양도가액에 대응하는 필요경비에 해당한다고 인정하기 어려우므로 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다.
① 쟁점부동산의 실지취득가액을 쟁점계약서로 확인된 거래가액으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분의 당부
② (예비적 청구) 쟁점부동산의 취득가액에 쟁점비품가액을 포함하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인은 2001.6.27. B으로부터 쟁점부동산(이 건 부동산의 지분 2분의1)을 취득하였고, 이에 대한 실지취득가액을 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고하면서 그 증빙으로 신고계약서를 제출하였다. (나) 청구인과 청구인의 형은 2001.5.27. B으로부터 이 건 부동산을 OOO원에 매매하는 내용의 쟁점계약서(부동산매매계약서)를 체결하였고, 쟁점계약서는 검인계약서로, 그 특약사항에서 이 건 부동산의 매매대금 OOO원에 비품대금 OOO원이 포함된 것으로 기재되어 있다. <쟁점계약서 및 특약사항> ㅇㅇㅇ (다) 처분청이 제출한 D(청구인의 모)에 대한 문답서를 살펴보면, D은 이 건 부동산의 거래대금을 OOO원으로 하여 매매계약을 체결하였으나, 이 건 부동산의 주변환경 등을 고려하여 거래대금을 OOO원으로 재계약하였다고 답변한 것으로 나타난다. (라) 이 건 부동산의 전 소유자인 B은 2000.9.8. 이 건 부동산을 취득한 후, 2001.6.27. 청구인과 A에게 이 건 부동산을 양도하였고, 이 건 부동산의 양도가액을 기준시가 OOO원으로 하여 양도소득세를 신고하였으나, 북광주세무서장은 2002년 6월 B에 대한 세무조사를 실시한 후, B이 이 건 부동산을 1년 이내 단기 양도함에 따라 양도가액을 실거래가액 OOO원으로 보아 양도소득세를 경정한 것으로 나타나고, 처분청은 B에 대한 조사종결보고서를 분실 등의 사유로 제출하지 아니하였다. (마) 청구인은 2001.6.27. 청구인의 형 A과 공동으로 이 건 부동산을 취득한 후 2011.3.10. 청구인의 형 A으로부터 이 건 부동산의 나머지 지분 2분의1을 취득하였고, 청구인의 형은 2011.5.12. 이 건 부동산의 나머지 지분 2분의1에 대한 양도소득세 신고시 이 건 부동산의 취득가액을 쟁점계약서에 기재된 OOO원(OOO원의 지분 2분의1)로 신고하였다. (바) 처분청이 제출한 양도소득세 조사종결보고서는 아래와 같다. <양도소득세 조사종결보고서 중 일부> ㅇㅇㅇ (사) 청구인은 이 건 부동산의 계약금 및 잔금을 지급한 증빙으로, 아래 <표>와 같이 수표지급내역을 제출하였다. <표> 이 건 부동산의 거래대금 지급 관련 수표지급증빙 일부 ㅇㅇㅇ (아) 청구인과 OOO 지역조합주택이 체결한 매매계약서상 비품에 관한 양도가액은 별도로 구분 기재되어 있지 아니하고, 처분청이 제출한 공문(2024.6.3.자)에 따르면, OOO 지역주택조합은 이 건 부동산 양도시 비품에 관한 가액을 확정하지 아니하였고 양도받은 후 이를 폐기물로 처분한 것으로 답변하였다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 실지취득가액은 쟁점계약서가 아닌 신고계약서에 기재된 가액에 해당하고, 신고계약서와 쟁점계약서에 기재된 거래가액이 상이하므로 쟁점부동산의 취득가액이 불분명하다고 주장하나, 소득세법 제97조 의 규정에 의한 양도소득의 필요경비 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증하게 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요가 납세의무자에게 있다 할 것인바OOO, 청구인의 형 A은 쟁점계약서에 기재된 매매가액을 실지취득가액으로 하여 양도소득세를 신고한 것으로 확인되고, 처분청이 제출한 문답서에 따르면 청구인의 모 D은 이 건 부동산의 매매가액을 쟁점계약서에 기재된 가액인 OOO원으로 인정한 것으로 나타나는 바, 이를 취득 당시 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 증빙서류가 없거나 중요한 부분이 미비된 경우로 보기 어려운 점, 쟁점계약서는 검인계약서로, 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 매매계약의 내용대로 작성된 것으로 추정되고, 검인계약서가 실제 계약 내용과 다르다는 주장에 대한 입증책임은 청구인에게 있으나, 청구인은 쟁점부동산의 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 있는 금융거래내역 등 구체적이고 객관적인 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점 등에 비추어, 위의 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 쟁점계약서 특약사항에 기재된 쟁점비품가액을 쟁점부동산의 취득가액에서 제외하여야 한다는 의견이나, 쟁점계약서상에는 거래대상 물건을 쟁점부동산으로 하여 매매대금 총액이 OOO원으로 기재되어 있고, 특약사항에 쟁점비품가액이 OOO원으로 기재되어 있으나, 특약사항에서 관련 비품의 목록이나 현황 등이 구체적으로 명시되어 있지 않고, 별도로 비품가액을 정산한 사정도 나타나지 아니하여 청구인은 이 건 부동산과 관련 비품을 일체로서 양수한 것으로 보이는 점(조심 2019부1642, 2019.10.17., 같은 뜻임), 청구인은 청구인의 형과 이 건 부동산의 지분 각 2분의 1씩을 취득하였고, 청구인의 형은 이 건 부동산의 지분 2분의 1에 대한 양도소득세 신고시 쟁점계약서상 매매대금에서 비품가액을 차감하지 아니한 OOO원을 취득가액으로 기재하였으며, 이를 실지취득가액으로 인정한 이상, 쟁점부동산의 취득가액도 이와 동일하다고 보는 것이 타당해 보이는 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점부동산의 취득가액을 OOO원이 아닌, 쟁점 비품가액을 제외한 OOO원으로 보아 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 등
(1) 소득세법(1998.12.28. 법률 제5580호로 일부개정된 것) 제96조(양도가액) 양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.
1. 제94조 제1호ㆍ제2호 및 제5호(大統領令이 정하는 資産을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.
(2) 소득세법(2021.3.16. 법률 제17925호로 일부개정된 것) 제96조(양도가액) ① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실지거래가액에 따른다. 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것
3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것
② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.
1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.
2. 그 밖의 경우의 필요경비는 제1항 제1호 나목(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다), 제7항(제1호 다목이 적용되는 경우는 제외한다) 또는 제114조 제7항(제1호 나목이 적용되는 경우는 제외한다)의 금액에 자산별로 대통령령으로 정하는 금액을 더한 금액. 다만, 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하는 경우로서 가목의 금액이 나목의 금액보다 적은 경우에는 나목의 금액을 필요경비로 할 수 있다.
⑤ 제94조 제1항 제1호에 따른 자산의 양도로 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 하여야 할 자(이하 이 항에서 “신고의무자”라 한다)가 그 신고를 하지 아니한 경우로서 양도소득 과세표준과 세액 또는 신고의무자의 실지거래가액 소명(疏明) 여부 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당할 때에는 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 제4항에도 불구하고 부동산등기법 제68조 에 따라 등기부에 기재된 거래가액(이하 이 항에서 “등기부 기재가액”이라 한다)을 실지거래가액으로 추정하여 양도소득 과세표준과 세액을 결정할 수 있다. 다만, 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 등기부 기재가액이 실지거래가액과 차이가 있음을 확인한 경우에는 그러하지 아니하다.
⑥ 제4항을 적용할 때 양도가액 및 취득가액을 실지거래가액에 따라 양도소득 과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 그 신고가액이 사실과 달라 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 경우에는 그 확인된 가액을 양도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득 과세표준과 세액을 경정한다.
⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (3) 소득세법 시행령(1999.2.8. 대통령령 제16112호로 개정된 것) 제166조(양도차익의 산정) ④ 법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 “당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.
1. 단기매매차익을 목적으로 다음의 자산을 양도하는 경우
1. 제89조 제1항을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호에 따른 현재가치할인차금과 부가가치세법 제10조 제1항 및 제6항에 따라 납부하였거나 납부할 부가가치세를 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)
2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권등을 확보하기 위하여 직접소요된 소송비용ㆍ화해비용등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액
3. 제1호를 적용할 때 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다. 다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.
4. 제1호를 적용할 때 합병으로 인하여 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하거나 합병으로 신설되는 법인(이하 이 호에서 “합병법인”이라 한다)으로부터 교부받은 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 합병 당시 해당 주주가 보유하던 피합병법인의 주식을 취득하는 데 든 총금액(법인세법 제16조 제1항 제5호 의 금액은 더하고 같은 호의 합병대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 합병으로 교부받은 주식수로 나누어 계산한 가액으로 한다.
5. 제1호를 적용할 때 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인의 주주가 분할신설법인 또는 분할합병의 상대방 법인으로부터 분할 또는 분할합병으로 인하여 취득하는 주식의 1주당 취득원가에 상당하는 가액은 분할 또는 분할합병 당시의 해당 주주가 보유하던 분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방 법인의 주식을 취득하는 데 소요된 총금액(법인세법 제16조 제1항 제6호 의 금액은 더하고 같은 호의 분할대가 중 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액은 뺀 금액으로 한다)을 분할로 인하여 취득하는 주식 수로 나누어 계산한 가액으로 한다.
③ 법 제97조 제1항 제2호에서 “자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 그 지출에 관한 법 제160조의2 제2항에 따른 증명서류를 수취ㆍ보관하거나 실제 지출사실이 금융거래 증명서류에 의하여 확인되는 경우를 말한다.
⑫ 법 제97조 제1항 제1호 나목에서 “대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”이란 제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다. 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 제2조제4호 에 따른 감정평가업자(이하 이 조에서 “감정평가업자”라 한다)가 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우
② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 취득가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 취득가액을 말한다.
2. 법 제96조 제1항에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다.
심판청구 결정내용은 붙임과 같습니다. [참조결정] 조심2019부1642