조세심판원 심판청구 부가가치세

쟁점세금계산서 발급의 적법 여부

사건번호 조심-2025-부-1828 선고일 2025.09.24 조세심판원

계약해제무효확인 소송 판결문에서 쟁점부동산 매매계약이 해제된 사실이 확인되고, 등기상에서도 청구법인이 아닌 제3자에게 쟁점부동산 소유권이 이전되는 등 매도인이 발급한 부의 수정세금계산서는 적법한 세금계산서로 봄이 타당함

[주 문] 심판청구를 기각한다. [이 유]

1. 처분개요
  • 가. 청구법인은 ⃝ ⃝ 광역시 ⃝ ⃝ ⃝ 구에서 부동산업을 영위하고 있는 법인으로 2022.4.25. (주)a(이하 “b”라 한다)로부터 ⃝ ⃝ 광역시 ⃝ ⃝ ⃝ 구 OOO(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 매수하는 계약(이하 “쟁점매매계약”이라 한다)을 체결하면서 계약금 지급 후, b로부터 공급가액 OOO원, 세액 OOO원의 세금계산서를 수취하여 2022.7.22. 2022년 제1기 부가가치세 신고 시 OOO원의 환급을 신청하였으며, 처분청은 2022.8.8. 청구법인에게 환급금을 지급하였다. 이후 b는 계약의 해제 사유로 2022.11.21.(세금계산서 작성일자 2022.11.1.) 청구법인에게 공급가액 (-)OOO원, 세액 (-)OOO원의 수정세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 발급하였으며, 청구법인은 2023.1.18. 쟁점세금계산서를 반영하여 2022년 제2기 부가가치세를 신고하였으나 무납부하였다.
  • 나. 청구법인은 2024.6.3. 쟁점세금계산서 발급은 매도자의 일방적인 계약해지에 따른 것으로 원인무효에 해당하여 쟁점세금계산서 발급과 관련된 부가가치세를 취소해달라는 취지로 2022년 제2기 부가가치세 경정청구를 제기하였으나 처분청은 2025.1.14. 이를 거부하였다.
  • 다. 청구법인은 이에 불복하여 2025.4.1. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2022.4.25. 공급자 b와 쟁점매매계약을 체결하면서 계약금(OOO원)을 지급하였고, b로부터 건물분 세금계산서(공급가액 OOO원, 부가가치세 OOO원)를 교부받아 2022년 제1기 부가가치세 신고 후 매입세액을 환급받았다. (가) 이후 청구법인은 잔금을 지급하고자 하였으나, b의 대출은행 중 OOO에서 청구법인(매수자)이 대환대출로 잔금을 청산하는 것에 동의하지 않아 청구법인은 잔금을 청산할 수 없었고, 이는 계약서상 공급자 귀책사유에 해당함에도 b는 청구법인에게 계약해지 관련 통보도 없이 2022.11.1.을 작성일자로 하여 쟁점세금계산서를 발행하였고, 청구법인은 이를 반영하여 2022년 제2기 부가가치세를 신고하였으나 관련 세액을 납부하지는 않았다. 청구법인은 이 건과 관련하여 계약해지의 귀책사유를 명확히 하고자 행정안전부에 민원을 접수하여 2024.5.29. OOO으로부터 민원에 대한 회신을 받은 후, 쟁점세금계산서 신고와 관련한 2022년 제2기 부가가치세 신고에 대해 경정청구한 사실이 있지만 사실상 소송이나 민원내용은 이 건 부가가치세와는 무관하다고 판단된다. (나) 처분청은 2025.1.14. 청구법인의 2022년 제2기 부가가치세 경정청구를 거부처분 하였고, 그 이유를 “환급받을 매입세액이 아닌 것으로 판단”하였는데, 청구법인은 처분청의 처분을 이해할 수 없고, 이 건 계약서에 계약이 이루어진 후 그 계약이 이행되지 못하면 매수인이 계약금을 몰취하고 매도인은 계약금을 배상하도록 되어 있지만, 부가가치세를 매도자가 몰취할 수는 없는 것으로, 세무서장은 공급자에게 부가가치세를 징수할 의무를 준 것이고, 결국 징수권자는 국가(세무서장)이기 때문에, 처분청은 청구법인이 2022년 제1기 부가가치세를 경정청구 하였을 때, 이와 관련한 b의 부가가치세 신고납부 여부를 확인하고 고지 등 필요한 처분을 통해 징수하였어야 하며 지금이라도 관련 세액을 추징하여야 하는 것이다. (다) 처분청은 b의 2022년 제2기 부가가치세 경정청구 당시, 청구법인과 b간 거래는 계약무효로 보이고, 쟁점부동산이 청구법인이 아닌 제3자에게 소유권 이전된 것으로 확인되므로 결국 청구법인과 b의 계약은 “재화의 이동이 없다”라고 판단하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 것은 정당하다고 하였고, 청구법인 측은 계약일(세금계산서 발행일)인 2022.4.25.부터 쟁점세금계산서를 발행한 2022.11.1.까지 또는 2022년 제2기 확정신고기한까지는 부가가치세 납세의무자는 b이고 징수권자는 처분청이었다고 유선상으로 서로의 입장을 표명하였는데, 추후 ⃝ ⃝ 지방국세청으로 이첩되어 경정청구 거부처분 결과 통보를 받았다. (라) 현재 처분청은 청구법인이 2022년 제1기 부가가치세 신고 내용 중 쟁점부동산과 관련하여 환급받은 부가가치세를 다시 납부하라고 청구법인에게 고지하였고, 청구법인의 입장에서 이는 공급받지도 못한 건물에 대한 부가가치세를 2번(b와 처분청에 각 부가가치세를 납부함) 징수하는 것으로, 이 건 부가가치세는 국고에 귀속되지 않고, b에 귀속되어 있다. <청구법인 제출 부가가치세 흐름도> (마) 이 건과 관련하여 b와 ㈜c(청구법인은 원고보조참가인)은 “계약해제무효확인” 소송이 진행 중이며, 2025.4.3. ⃝ ⃝ 고등법원 제6-2 민사부는 이 건에 대해 화해권고 결정한바, 이는 확정판결과 동일한 효력을 가지고, 이 건 계약해지가 청구법인의 잘못이 아닌 b의 부당한 계약해지임을 보여주는 것이다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 귀책사유를 불문하고 쟁점매매계약이 해제된 이상 청구법인과 b 간 쟁점부동산 공급거래는 발생하지 않은 것이며, 처분청은 b에게 부가가치세를 부과할 수도, 청구법인에게 부가가치세를 환급할 수도 없다. (가) 부가가치세는 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급거래, 재화의 수입거래를 과세대상으로 하여 부과하는 거래세로 원칙적으로 거래가 발생하지 않으면 부가가치세를 과세할 수 없으나, 예외적으로 거래가 발생하기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가를 받았다면 그 받은 대가에 대하여 세금계산서를 발급할 수 있으며(이하 “선발급 세금계산서”라 한다), 선발급 세금계산서를 발급한 후, 계약이 해제되어 재화 또는 용역의 공급거래가 발생하지 않았다면 계약해제일을 작성일자로 하여 음의 수정세금계산서를 발급하여야 하고, 계약 당사자(매수자, 매도자)는 계약이 해제됨에 따라 종국적으로 부가가치세를 부담하지 않는 것이다. (나) 청구법인은 2022.4.25. b로부터 쟁점부동산을 매수하는 쟁점매매계약 체결 후 b에게 OOO원(계약금 OOO원, 건물분 부가가치세 OOO원)을 지급하였고, b는 청구법인에게 계약금에 대한 세금계산서를 발급하였다. 이후 b는 청구법인에게 “청구법인이 최종 잔금지급기일인 2022.10.25.까지 잔금지급을 하지 않았으므로 이 건 매매계약을 해제하고 청구법인이 기지급한 계약금은 위약벌로 귀속된다”는 내용으로 통지를 하였고, 2022.11.1.을 작성일자로 하여 쟁점세금계산서를 발급하였다. (다) b가 계약 당시 발급한

① 선발급 세금계산서와 계약이 해제됨에 따라 발급한

② 쟁점세금계산서의 부가가치세 부담 효과를 주체별로 정리하면 아래 <표1>과 같은바, b와 청구법인은 계약이 해제됨에 따라 부가가치세를 부담하지 않았고 쟁점매매계약으로 인해 국가에 귀속된 부가가치세도 없다. <표1> 계약 당사자, 국가별 부가가치세 부담 효과 (단위: 원) (라) 청구법인은 처분청이 b로부터 부가가치세를 추징하고 청구법인에게 부가가치세를 환급하여야 한다고 주장하나, 귀책사유를 불문하고 쟁점매매계약이 해제됨에 따라 쟁점부동산의 공급거래가 발생하지 않은 이상, 처분청은 b에게 추가로 부가가치세를 부과할 수 없고, 마찬가지로 청구법인에게 부가가치세가 환급되어야 할 이유도 없다.

(2) 처분청은 쟁점부동산과 관련하여 청구법인에게 부가가치세를 부과한 사실이 없고, 쟁점부동산에 대해 부가가치세를 두 번 징수한 사실도 없다. (가) 부가가치세는 납세의무자가 과세표준과 세액을 정부에 신고했을 때에 납세의무가 확정되며, 납세자가 납세협력의무를 이행하지 않는 등 특별한 경우를 제외하고는 납세자가 제출한 신고서 등이 진실한 것으로 추정된다. (나) 청구법인은 쟁점매매계약으로 인해 2022년 제1기 부가가치세 확정신고 시 이 건 선발급 세금계산서에 대해 OOO원을 매입세액 공제하여 2022.8.8. 처분청으로부터 부가가치세 OOO원을 환급받았으며, 2022년 제2기 부가가치세 확정신고 시 쟁점세금계산서에 대해 OOO원을 매입세액에서 차감하여 OOO원의 부가가치세액을 신고하였으며, 2023.1.18. 청구법인의 신고로 인해 청구법인의 2022년 제2기 부가가치세 납세의무가 확정되었다. 청구법인은 2022년 제2기 부가가치세 확정신고 후 무납부하였으며, 이에 처분청은 확정된 부가가치세를 징수하기 위해 2023.3.8. 고지서를 발송하였을 뿐 청구법인에게 쟁점부동산에 대해 부가가치세를 부과한 사실은 물론이고 청구법인에게 쟁점부동산에 대해 부가가치세를 두 번 징수한 사실도 없다.

3. 심리 및 판단
  • 가. 쟁 점 쟁점세금계산서는 계약 당사자 간 계약해제에 대한 상호합의 없이 공급자가 일방적으로 발급한 세금계산서이므로 이를 근거로 한 이 건 부가가치세 부과처분은 부당하다는 청구주장의 당부
  • 나. 관련 법령 등: <별지> 기재
  • 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청과 청구법인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구법인은 2022.4.25. 아래와 같이 계약을 체결하면서, b에게 쟁점부동산에 대한 계약금 OOO원과 건물분 부가가치세 OOO원을 지급을 지급하였다. b는 2022.4.25. 청구법인에게 공급가액 OOO원, 세액 OOO원의 전자세금계산서를 발행하였으며, 청구법인은 해당매입세액을 반영하여 2022.7.22. 2022년 제1기 부가가치세를 신고하여, 2022.8.8. 처분청으로부터 부가가치세 OOO원을 환급받았다. (나) 청구법인은 ㈜c과 b와의 “계약해제무효확인” 소송에 원고보조참고인으로 참여하였고, ⃝ ⃝ 지방법원 민사소송 (2023가합OOOOO)에서 패소하였다가, ⃝ ⃝ 고등법원 민사소송(2024나OOOOO)에서 화해권고결정 받았고, 2025.4.18. 해당 결정이 확정된 사실이 확인된다. (다) b는 쟁점부동산의 잔금지급과 관련하여 ㈜c과 수 차례 잔급지급시기를 연장하는 것으로 협의해 오다가, 잔금지급 지체를 이유로 이 건 매매계약을 해제하고, “위 계약서 제16조 제1항에 따라 기지급된 계약금은 b에 위약벌로 귀속된다”고 2022.10.26. 청구법인에게 통지하였다. (라) b는 2022.11.21. 계약의 해제 사유로 발급일자를 2022.11.1.로 기재하여 청구법인에게 쟁점세금계산서를 발급하였다. (마) 처분청은 b의 2022년 제2기 부가가치세 환급신고에 대해 검토 후 정상환급처리 하였다. (바) 청구법인은 2023.1.18. 쟁점세금계산서를 반영하여 2022년 제2기 부가가치세를 신고하였으나 관련세액을 납부하지는 않았고, 2024.6.3. 쟁점세금계산서를 부인해달라는 취지로 경정청구를 제기하였으며, 처분청은 2025.1.14. 이를 거부하였다. (사) 한편 이 건 매매계약 해제 후 쟁점부동산은 2023.5.30. d 주식회사에 소유권 이전 등기되었음이 확인된다. <그림 삽입을 위한 여백> (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서는 b에서 일방적인 계약해제 후 발행한 것으로, 적법하게 발급된 수정세금계산서가 아니기 때문에 부가가치세를 납부할 의무가 없다고 주장하나, 부가가치세법 제32조 및 같은 법 시행령 제3조에 의하면, 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우 계약이 해제된 때에 수정세금계산서를 발급하도록 규정하고 있고, 공급계약이 취소된 때가 속하는 과세기간에 부가가치세를 신고·납부하도록 하고 있다. 청구법인이 원고보조참가인으로 참여하여, 2025.4.18. 확정된 ○○고등법원 2024나OOOOO 계약해제무효확인 소송 판결문과 등기사항전부증명서에서 청구법인과 b 간의 쟁점매매계약이 해제된 사실이 확인되는 점, 현재 쟁점부동산의 소유권이 d 주식회사로 이전된 사실이 확인되는 점 등에 비추어 청구법인이 b로부터 교부받은 쟁점세금계산서는 쟁점매매계약이 해제됨에 따라 적법하게 발행된 세금계산서로 보는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 부가가치세법 제4조(과세대상) 부가가치세는 다음 각 호의 거래에 대하여 과세한다.

1. 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급 제9조(재화의 공급) ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다. 제15조(재화의 공급시기) ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각 호의 구분에 따른 때로 한다. 이 경우 구체적인 거래 형태에 따른 재화의 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우: 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우: 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호를 적용할 수 없는 경우: 재화의 공급이 확정되는 때 제17조(재화 및 용역의 공급시기의 특례) ① 사업자가 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기(이하 이 조에서 “재화 또는 용역의 공급시기”라 한다)가 되기 전에 재화 또는 용역에 대한 대가의 전부 또는 일부를 받고, 그 받은 대가에 대하여 제32조에 따른 세금계산서 또는 제36조에 따른 영수증을 발급하면 그 세금계산서 등을 발급하는 때를 각각 그 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. 제31조(거래징수) 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 제29조 제1항에 따른 공급가액에 제30조에 따른 세율을 적용하여 계산한 부가가치세를 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 징수하여야 한다. 제32조(세금계산서 등) ⑦ 세금계산서 또는 전자세금계산서의 기재사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 또는 전자세금계산서를 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정한 세금계산서(이하 “수정세금계산서”라 한다) 또는 수정한 전자세금계산서(이하 “수정전자세금계산서”라 한다)를 발급할 수 있다. 제34조(세금계산서 발급시기) ① 세금계산서는 사업자가 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 한다.

② 제1항에도 불구하고 사업자는 제15조 또는 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기가 되기 전 제17조에 따른 때에 세금계산서를 발급할 수 있다. (2) 부가가치세법 시행령 제70조(수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차) ① 법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서는 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.

2. 계약의 해제로 재화 또는 용역이 공급되지 아니한 경우: 계약이 해제된 때에 그 작성일은 계약해제일로 적고 비고란에 처음 세금계산서 작성일을 덧붙여 적은 후 붉은색 글씨로 쓰거나 음(陰)의 표시를 하여 발급

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)