청구인은 쟁점유권해석을 신뢰하여 분양권을 취득하였으므로 쟁점주택 양도를 1세대 3주택자의 양도로 보아 과세한 처분이 신의성실의 원칙 및 소급과세금지원칙에 위배된다는 청구주장의 당부 등

[주 문] OO세무서장이 2025.2.6. 청구인에게 한 2024년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 과소신고가산세 OOO원 및 납부지연가산세 OOO원을 부과하지 않는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. [이 유]

• 가. 청구인은 2018.11.8. 울산광역시 OOO(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하여 보유하던 중 2022.12.27. 같은 동 OOO(이하 “신규주택”이라 한다)를 배우자 명의로 취득하였고, 2024.1.13. 쟁점주택 매매계약을 체결한 후 청구인과 배우자는 2024.2.7. 울산광역시 OOO 분양권(이하 “분양 권”이라 한다)을 공동으로 취득하였으며, 2024.6.11. 쟁점주택의 잔금을 수령한 후 쟁점주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례 규정을 적용하여 양도소득세를 신고하였다. <표1> 쟁점주택 양도당시 청구인 세대의 주택보유 현황
• 나. 처분청은 청구인이 쟁점주택 양도당시 1세대 3주택(2주택과 1분양권)을 보유하여 소득세법 제89조 및 같은 법 시행령 제156의3의 비과세 특례 규정 적용대상에 해당하지 않는다고 보아 쟁점주택 양도소득에 대한 1세대 1주택 비과세 특례 적용을 부인하여 2025.2.6. 2024년 귀속 양도소득세 OOO원(과소신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.
• 다. 청구인은 이에 불복하여 2025.3.26. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 이 건 처분은 신의성실의 원칙과 소급과세의 금지원칙에 위배된다. (가) 청구인은 쟁점주택을 취득하여 보유하던 중 신규주택을 배우자명의로 취득하였고, 신규주택 취득일로부터 3년이내 종전주택을 양도하면 일시적 1세대 2주택 비과세 특례를 적용받을 수 있기 때문에 2024.1.13. 쟁점주택 양도계약을 체결하고 계약금을 수령하였는데, 이후 이사할 집을 물색중에 준공이 임박한 후분양아파트를 알게 되어 분양권 취득과 관련하여 양도소득세를 검토한 결과, 소득세법 시행령제156조의3 제2항은 종전주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 분양권을 취득하고 그 분양권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 볼 수 있고, 또한 소득세법제89조 제1항 제3호 나목인 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우의 양도소득세 비과세 적용이 가능하도록 규정하고 있어 위의 중첩적용이 가능한지에 대하여 검토하던 중, 일시적 1세대 2주택인 상태에서 분양권을 취득하여 신규주택과 분양권 취득일로부터 3년 이내 종전주택을 양도한 경우 1세대 1주택 비과세가 가능하다는 내용의 국세청 유권해석[사전-2023-법규재산-0739(법규과-2858), 이하 “쟁점유권해석”이라 한다]을 확인하였다. (나) 쟁점유권해석과 청구인의 경우를 비교해 보면 유일한 차이점인 종전주택이 임대 후 분양전환 된 주택을 보유한 경우라는 것 외 신규주택이나 분양권 취득 시기 및 쟁점주택의 양도시기 등이 모두 동일한 것으로 확인되어 청구인은 쟁점유권해석을 기준으로 2024.2.7. 분양권을 계약하고 종전주택을 계획대로 2024.6.11. 양도하였으며, 쟁점주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례규정을 적용하여 양도소득세를 신고하였다. <표2> 쟁점유권해석과 청구인의 사례 비교 (다) 소득세법 시행령제155조 1세대 1주택 비과세 특례규정은 다른 특례와 중첩하여 적용할 수 없다는 해석이나 규정이 없는 애매한 상황이었으므로 청구인은 아래 <표3>의 유권해석들과 같이 특례의 중첩적용이 가능한 것으로 판단하였으나, 2024년 9월 처분청으로부터 1세대 3주택이므로 양도소득세 과세대상이라는 연락을 받고 처분청에 쟁점유권해석을 제시하였지만 국세청보다 상급기관인 기획재정부에서 새로운 해석을 낸 상태이고 쟁점유권해석은 삭제되었으므로 비과세 신청을 받아줄 수 없다는 답변을 받았다. <표3> 청구인 제시 중첩적용 가능 유권해석 사례 사전-2019-법령해석재산-0721 [법령해석과-4272], 2020.12.28. 거주주택과 임대주택을 보유한 1세대가 대체주택을 취득하고, 거주주택을 양도한 경우 장기임대 주택특례와 일시적 2주택 특례의 중첩적용이 가능한 것임 사전-2023-법규재산-0178 [법규과-1582], 2023.06.19. 일시적 2주택 특례(소득령§155①)와 상속주택 특례(소득령§155②)가 중첩적용 가능함 부동산거래관리과-611, 2010.04.28. 주택(A)을 보유하고 1세대를 구성하는 자(甲)가 1주택(B주택)을 보유하고 있는 60세 이상의 직계존속을 동거봉양하기 위하여 세대를 합침으로써 1세대가 2주택을 보유한 상태에서 甲이 1주택(C주택)을 보유한 자와 혼인함으로써 1세대가 3주택을 보유하게 되는 경우 직계존속과 세대를 합친 날부터 5년 이내에 양도하는 A주택 또는 C주택은 1세대 1주택으로 보아 비과세 여부를 판정함 (라) 쟁점유권해석은 2024.9.11. ‘기획재정부가 해석을 변경(국세청의 기존해석을 변경하는 경우)’을 정비사유로 하여 삭제되고 아래 <표4>와 같이 ‘기획재정부 재산세제과-906’(이하 “신규유권해석”이라 한다)이 새로운 유권해석 사례로 등재되어 있었으나, 청구인은 신규유권해석이 등재되기 전, 쟁점유권해석을 믿고 쟁점주택 양도계약을 체결(2024.1.13.)하고, 분양권을 취득(2024.2.7.)하였으며, 당시에는 신규유권해석이 나올 것을 예상할 수 없었던 상황이었다. <표4> 신규유권해석 ※ 기획재정부 재산세제과-906, 2024.7.31. 동일한 성격인 일시적 2주택 특례와 일시적 1주택․1조합원입주권 특례(소득령§156의2③) 내지 일시적 1주택․1분양권 특례(§156의3②․③)는 중복하여 적용할 수 없는 것임 (마) 청구인은 청구인과 동일한 사례에 대한 국세청의 유권해석을 신뢰하여 쟁점주택을 양도하고 분양권을 매입한데 어떠한 귀책사유도 없고 청구인이 명백히 법령을 위반한 경우가 아닌바, 청구인에게 쟁점주택 양도에 대하여 양도소득세를 부과하는 것은 신의성실의 원칙에 반하고, 청구인은 2024.1.13. 쟁점주택 양도계약을 하고 2024.6.11. 잔금을 수령하였으므로 2024.6.30. 이미 납세의무가 성립되었는바, 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보도록 하고 있음에도 청구인의 경우와 같이 납세의무 성립 이후 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세하는 것은국세기본법의 소급과세의 금지원칙에 위배된다고 할 것이므로 이 건 처분은 취소하는 것이 타당하다.

(2) 청구인은 예상치 못한 유권해석변경으로 양도소득세 신고·납부의무를 이행하지 못하였으므로 이를 가산세 감면의 정당한 사유로 인정하여 가산세를 취소하는 것이 타당하다. (가) 국세기본법제48조 제1항 및 같은 법 시행령 제28조 제1항 제1호는 가산세 감면대상에 대하여 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우, 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우를 규정하고 있고, 대법원(대법원 2012.4.12. 선고 2011두31673 판결)은 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해 대립이 있는 등으로 말미암아 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다고 판시하였다. (나) 청구인은 다주택을 보유하거나 부동산을 가지고 사고 파는 투자자가 아닌 성실하게 직장생활을 하고 있는 근로자로 자녀 초등학교 입학준비 및 배우자의 근무지(울산광역시 OOO 소재) 문제로 이사를 계획하던 중 일시적인 분양권 취득은 괜찮다는 쟁점유권해석을 믿고 청구인 세대가 거주할 목적으로 분양권을 먼저 구입하였던 것이으로 현재 분양권으로 구입한 아파트 1개만을 소유하고 있다. (다) 청구인은 신규유권해석이 나오기 전, 쟁점유권해석에 따라 양도소득세를 신고ㆍ납부하였으나 예상치 못한 유권해석의 변경으로 청구인이 의무를 이행하지 못하였는바, 이는 의무 미이행에 정당한 사유가 있는 것이므로 청구인에게 부과한 가산세는 취소되어야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 이 건 처분은 소득세법령에 따른 정당한 처분이다. 쟁점주택 양도에 대한 비과세 적용 여부는소득세법제89조에 따라 판단하여야 하고, 소득세법제89조 제2항은 1세대가 주택과 조합원 입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우 원칙적으로 비과세를 적용하지 아니하는 것으로 규정되어 있으며, 다만 그밖의 부득이한 사유로서 상속, 동거봉양, 혼인, 이농주택 등의 경우 비과세를 적용할 수 있도록 규정하고 있으나, 청구인에게는 위 사유에 해당하지 아니하므로 쟁점주택 양도에 대하여 비과세 특례의 적용을 부인하고 양도소득세를 과세하였다.

(2) 이 건 처분은 신의성실 및 신뢰보호의 원칙에 반하는 처분에 해당하지 아니한다. (가) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 것에 대하여 납세자에게 귀책 사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 1998.3.7. 선고 87누156 판결, 같은 뜻임). (나) 청구인이 신뢰하였다는 쟁점유권해석은 ‘국세청 법령사무처리규정’ 제2조의 세법해석 사전답변에 의한 것으로, 세법해석 사전답변 제도는 납세자가 실명으로 자신과 관련된 특정한 거래의 세무 관련 의문 사항에 대해 사전적으로 구체적인 사실관계를 명시하여 질의할 경우 국세청장이 명확하게 답변을 주는 제도이나, ‘국세청 법령사무처리규정’ 제25조는 신청인이 답변의 내용을 정당하게 신뢰하고 신청한 사실대로 특정한 거래 등을 이행한 경우에는 관할 지방국세청장 또는 세무서장은 해당 거래에 대하여 경정 또는 결정을 할 때 그 답변내용에 따르므로, 처분청은 처분에 있어 사전답변의 내용에 기속되어 이에 반하는 처분을 할 수 없다고 정하고 있는데, 이는 행정청의 공적 견해표명(사전답변)이 있었고 신청인은 이를 믿고 특정한 거래에 대한 세무 관련 사항을 처리한 경우 신청인의 신뢰는 보호가치가 있기 때문이다. (다) 그러나, 청구인은 타인의 해석사례를 참조하여 자의적인 판단하에 거래를 진행하였을 뿐이고, 처분청이 청구인에게 이 건 세무처리에 대해 과세관청의 어떠한 공적 견해표명을 한 적이 없으며, 법령을 초월하여 특별히 보호해야 할 청구인의 신뢰는 없으므로 이 건 처분이 신의성실 및 신뢰보호원칙에 위배된다는 청구주장은 받아들이기 어렵다. (라) 청구인은 쟁점유권해석을 믿고 분양권을 매입하고 쟁점주택을 매도하는 일련의 거래를 진행하였다고 주장하나, 비과세 적용은 원칙적으로 세법에 따라야 하고, 세법의 해석․적용이 모호하거나 어려운 경우국세기본법제18조에 따라 일반적으로 납세자에게 받아들여진 국세행정의 관행 및 해석에 따르는 것으로, 국세청은 쟁점유권해석에 대하여 쟁점주택 양도일(2024.6.11.) 이전 ‘국세청 법령사무처리규정’ 제12조에 따라 2024.3.27. 기획재정부장관에게 해석을 요청한 상태로 청구인이 양도소득세를 신고할 당시에는 적용이 유보되어 있었고 이후 쟁점유권해석과 다른 두 차례[기획재정부 재산세제과-906(2024.7.31.), 서면 2024 법규재산 659(2024.8.5.)] 유권해석이 있었으며, 쟁점유권해석은 생산된지 1년 이내인 2024.9.11. 삭제되었는바, 이를 두고 상당기간에 걸쳐 일반적으로 납세자에게 받아들여진 국세행정의 관행이라고 볼 수 없고, 과세관청과 납세자간 신뢰가 형성되었다고도 볼 수 없으므로 쟁점유권해석에 대한 청구인의 신뢰가 보호대상이라는 청구주장은 타당하지 아니하다.

(3) 이 건 경정처분은 소급과세 금지원칙에 위배되지 아니한다. (가)국세기본법제21조 제1항은 국세의 납세의무는 세법에서 정하는 과세요건이 충족되면 성립하는 것으로 규정하고 있고, 청구인의 납세의무는 쟁점주택을 양도(2024.6.11.)한 그 달의 말일에 납세의무가 성립되었고, 청구인의 납세의무 성립 당시 법령인소득세법제89조 및 소득세법 시행령제156조의3을 적용하면 청구인은 1세대 2주택과 1분양권을 보유하고 있어 1세대 1주택 비과세 특례 적용 대상에 해당하지 아니한다. (나) 또한 새로운 법이 시행되거나 기존의 해석을 변경하는 경우, 법질서의 안정성을 위하여 시행 시기를 기재하여 생산하나, 신규유권해석은 이를 기재하지 아니하였는데, 이는 기존의 해석을 변경하는 경우에 해당하지 아니하기 때문으로, 설령 신규유권해석이 쟁점유권해석과 상이한 새로운 세법해석이어서 새로운 해석이 있은 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 신규유권해석을 적용해야 한다고 주장할 수는 있으나 쟁점유권해석은 명백히 법령에 반하는 해석으로 이를 근거로 하여 소급과세금지의 원칙을 적용할 수 없다.

(4) 청구인에게는 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로 가산세 감면 적용 대상에 해당하지 아니한다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재로, 이 건에서 청구인이 비과세를 판단하였던 근거로 제시하는 쟁점유권해석에서는 종전주택을 소득세법 시행령제154조 제1항 제1호(건설임대주택)로 제한하여 명시한 점, 쟁점유권해석은 청구인이 쟁점주택을 양도하기 전 해석 적용이 유보되어 있었던 점, 청구인의 경우는소득세법제89조 및 소득세법 시행령제156조의3에서 정한 분양권의 비과세 사유에 해당되지 않는 점 등을 고려하면, 청구인이 정당한 세액에 관한 양도소득세 신고·납부의무를 이행하지 않은 것은 단순한 법률의 부지나 오해로 인한 것으로, 이는 국세기본법 시행령제28조 가산세의 감면 등의 사유에 해당하지 아니한다.

• 가. 쟁점

① 청구인은 쟁점유권해석을 신뢰하여 분양권을 취득하였으므로 쟁점주택 양도를 1세대 3주택자의 양도로 보아 과세한 처분이 신의성실의 원칙 및 소급과세 금지원칙에 위배된다는 청구주장의 당부

② 가산세를 감면할 정당한 사유가 있는지 여부

• 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제15조(신의ㆍ성실) 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다. 제18조(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지) ① 세법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래에 대해서는 그 성립 후의 새로운 세법에 따라 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다. 제48조(가산세 감면 등) ① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.

1. 제6조에 따른 기한 연장 사유에 해당하는 경우

2. 납세자가 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있는 경우

3. 그 밖에 제1호 및 제2호와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2) 국세기본법 시행령 제28조(가산세의 감면 등) ① 법 제48조 제1항 제3호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 제10조에 따른 세법해석에 관한 질의ㆍ회신 등에 따라 신고ㆍ납부하였으나 이후 다른 과세처분을 하는 경우

(3) 소득세법(2023.12.31. 법률 제19933호로 일부개정된 것) 제89조(비과세 양도소득) ① 다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 과세하지 아니한다.

3. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(주택 및 이에 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액의 합계액이 12억원을 초과하는 고가주택은 제외한다)과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 "주택부수토지"라 한다)의 양도로 발생하는 소득

• 가. 1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택
• 나. 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택

② 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다. 다만, 도시 및 주거환경정비법에 따른 재건축사업 또는 재개발사업, 빈집 및 소규모주택 정비에 관한 특례법에 따른 자율주택정비사업, 가로주택정비사업, 소규모재건축사업 또는 소규모재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우나 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (3) 소득세법 시행령(2024.2.29. 대통령령 제34265호로 일부개정된 것) 제154조(1세대1주택의 범위) ① 법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우는 3년) 이상인 것[취득 당시에 주택법제63조의2 제1항 제1호에 따른 조정대상지역(이하 “조정대상지역”이라 한다)에 있는 주택의 경우에는 해당 주택의 보유기간이 2년(제8항 제2호에 해당하는 거주자의 주택인 경우에는 3년) 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것]을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 제1호부터 제3호까지의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 않으며 제5호에 해당하는 경우에는 거주기간의 제한을 받지 않는다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법에 따른 민간건설임대주택이나 공공주택 특별법에 따른 공공건설임대주택 또는 공공매입임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 해당 임대주택의 임차일부터 양도일까지의 기간 중 세대전원이 거주(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양, 그 밖에 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 거주하지 못하는 경우를 포함한다)한 기간이 5년 이상인 경우

⑪ 법 제89조 제1항 제3호 나목에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 제155조에 따른 1세대1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다. 제155조(1세대1주택의 특례) ① 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 "종전의 주택"이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 이 조에서 "신규 주택"이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우(제18항에 따른 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 같은 항 제2호 가목 및 같은 항 제3호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하는 요건을 적용하지 않으며, 종전의 주택 및 그 부수토지의 일부가 제154조 제1항 제2호 가목에 따라 협의매수되거나 수용되는 경우로서 해당 잔존하는 주택 및 그 부수 토지를 그 양도일 또는 수용일부터 5년 이내에 양도하는 때에는 해당 잔존하는 주택 및 그 부수토지의 양도는 종전의 주택 및 그 부수토지의 양도 또는 수용에 포함되는 것으로 본다. 제156조의3(주택과 분양권을 소유한 경우 1세대 1주택의 특례) ① 법 제89조 제2항 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 1세대가 주택과 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우로서 제2항부터 제8항까지의 규정에 해당하는 경우를 말한다.

② 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전주택”이라 한다)을 양도하기 전에 분양권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1분양권을 소유하게 된 경우 종전주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후에 분양권을 취득하고 그 분양권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전주택을 양도하는 경우(3년 이내에 양도하지 못하는 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유에 해당하는 경우를 포함한다)에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 같은 항 제1호, 제2호 가목 및 제3호에 해당하는 경우에는 종전주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 분양권을 취득하는 요건을 적용하지 않는다.

③ 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 이 항에서 “종전주택”이라 한다)을 양도하기 전에 분양권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1분양권을 소유하게 된 경우 종전주택을 취득한 날부터 1년이 지난 후에 분양권을 취득하고 그 분양권을 취득한 날부터 3년이 지나 종전주택을 양도하는 경우로서 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 때에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다. 이 경우 제154조 제1항 제1호, 같은 항 제2호 가목 및 같은 항 제3호에 해당하는 경우에는 종전주택을 취득한 날부터 1년이 지난 후 분양권을 취득하는 요건을 적용하지 않는다.

1. 분양권에 따라 취득하는 주택이 완성된 후 3년 이내에 그 주택으로 세대전원이 이사(기획재정부령으로 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 그 밖의 부득이한 사유로 세대의 구성원 중 일부가 이사하지 못하는 경우를 포함한다)하여 1년 이상 계속하여 거주할 것

2. 분양권에 따라 취득하는 주택이 완성되기 전 또는 완성된 후 3년 이내에 종전의 주택을 양도할 것

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구인 세대의 주택보유 현황은 위 <표1>과 같고, 쟁점주택의 매매계약서에 의하면, 청구인은 2024.1.13. 쟁점주택을 OOO원에 양도하기로 계약하면서 현재 세입자 전세계약중인 상태로 세입자가 전출 및 이사를 하기로 한 2024.6.26. 잔금을 지급하기로 하는 매매계약을 체결하였다. (나) 분양권 계약서에 의하면 청구인과 배우자 A은 2024.2.7. 전용면적 84.9471㎡, 공급대금 OOO원의 아파트 공급계약을 체결하였고, 청구인의 주민등록등본에 의하면 청구인과 세대원 전원은 2024.2.7. 위 분양권 매입 아파트에서 2024.11.14. 이후 거주하고 있는 것으로 나타난다. (다) 부동산등기사항증명서에 의하면 청구인의 배우자 A은 쟁점주택과 같은 OOO에 위치한 신규주택인 OOO를 2020.8.29. 매매(거래가액 OOO원)를 원인으로 2023.1.16. 소유권이전 접수하였고, 2024.10.12. B 외 1명에게 소유권이전등기를 경료한 것으로 나타난다(거래가액 OOO원). (라) 국세청은 2024.3.27. 쟁점유권해석에 대하여 ‘국세청 법령사무처리규정’ 제12조에 따라 기획재정부장관에게 해석을 요청하였고, 기획재정부는 동일한 성격인 일시적 2주택 특례와 일시적 1주택․1조합원입주권 특례(소득세법 시행령 제156의2 제3항) 내지 일시적 1주택․1분양권 특례(소득세법 시행령 제156의3 제2항 및 제3항)는 중복하여 적용할 수 없는 것[2024.7.31. 기획재정부 재산세제과-906(2024.7.31.)]이라는 신규유권해석을 생산하였으며, 쟁점유권해석은 2024.9.11. 세법해석정비를 사유로 삭제된 것으로 나타난다. (마) 청구인은 쟁점주택과 신규주택, 일시적 1세대 2주택인 상태에서 분양권을 취득하여 신규주택과 분양권 취득일로부터 3년 이내 쟁점주택을 양도한 경우 1세대 1주택 비과세가 가능하다고 보아 쟁점주택 양도에 대하여 양도가액 OOO원, 취득가액 OOO원, 1세대 1주택 과세특례를 적용하여 양도소득세를 신고하였고, 처분청은 청구인이 쟁점주택 양도당시 1세대 3주택(2주택과 1분양권)을 보유하여 소득세법 제89조 및 같은 법 시행령 제156의3의 1세대 1주택 비과세 특례 적용 대상에 해당하지 않는다고 보아 비과세 적용을 부인하여 2024년 귀속 양도소득세 OOO원(과소신고가산세 OOO원, 납부지연가산세 OOO원 포함)을 경정·고지하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점유권해석을 신뢰하여 분양권을 취득하였으므로 쟁점주택 양도를 1세대 3주택자의 양도로 보아 과세한 처분이 신의성실의 원칙 및 소급과세금지원칙에 위배된다고 주장하나, 소득세법제89조 제1항 제3호 나목은 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택에 대해서 양도소득세를 부과하지 않는다고 규정하면서 같은 조 제2항은 1세대가 주택과 조합원입주권 또는 분양권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 제1항에도 불구하고 같은 항 제3호를 적용하지 아니한다고 규정하고 있고, 소득세법 시행령은 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례를 적용하는 주택에 대하여 제155조에서 1세대 1주택의 특례와 제156조의3에서 주택과 분양권을 소유한 경우 등 1세대 1주택 특례를 구분하여 각 규정하고 있는바, 청구인은 쟁점주택 양도(2024.6.11.)당시 쟁점주택과 신규주택(2주택)이외 1개의 분양권을 소유하던 중 쟁점주택을 양도하였으므로 이는 1주택을 소유한 1세대가 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우에 해당하지 아니하므로 소득세법령상 1세대 1주택 특례 적용대상에 해당하지 아니하는 점, 쟁점유권해석은 청구인의 신청으로 생산된 유권해석에 해당하지 아니하고, 종전주택이 민간건설임대주택 임차자가 거주 후 취득한 주택인 경우이어서 청구인의 쟁점주택과 완벽히 일치하지는 않는 점, 청구인이 쟁점유권해석을 신뢰하였다 하더라도 이를 두고 과세관청이 청구인의 쟁점주택의 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례 적용대상에 해당한다는 공적인 견해를 표명한 것으로 보기 어려우며, 이는 단순한 기대이익에 불과한 것으로 이 건 처분이 신의성실의 원칙이나 소급과 세 금지원칙에 위배된다고 보기는 어려운 점(조심 2022부6323, 2023.4.4. 등 참조) 등에 비추어 처분청이 쟁점주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례규정 적용을 배제한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 없다는 의견이나, 청구인의 경우와 같이 분양권을 별도로 취득한 경우에 대한 유권해석은 쟁점유권해석이 유일했고, 국세청장 역시 쟁점유권해석에 대하여 다시 기획재정부장관에게 해석을 요청하여 신규유권해석이 생산 이후 쟁점유권해석을 삭제하는 등 쟁점유권해석 생산 당시 일시적 2주택 특례와 일시적 1주택 분양권 특례의 중복적용 여부에 대하여 해석이 불분명했던 것으로 추정되는 점, 청구인은 쟁점유권해석을 신뢰하여 쟁점주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여 양도소득세를 신고하였고, 청구인의 양도소득세 납세의무가 확정이 된 이후 일시적 2주택 특례와 일시적 1주택 분양권 특례가 중복하여 적용되지 않는다는 기획재정부의 신규유권해석이 생성되고, 이후 쟁점유권해석이 삭제되었는바, 청구인에게 쟁점주택 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세특례 대상이 아님을 판단하여 양도소득세 신고·납부의무를 이행할 것을 기대하는 것은 어려워 보이는 점 등에 비추어, 청구인에게 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 보이므로 이 건 양도소득세 부과시 부과된 과소신고가산세와 납부지연가산세는 감면하는 것이 타당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본 법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.