쟁점①에 대하여 살피건대, 민간임대주택법에서 규정하는 임대사업자로 등록하지 아니하다가 쟁점건물을 신축하여 소유권이전등기를 마치고 00년이 지난 후에 임대사업자 등록을 한 것이므로 쟁점건물은 조세특례제한법제97조의2에서 규정한 임대주택법에 의한 건설임대주택의 요건을 충족하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어려움 쟁점②에 대하여 살피건대, 이 건의 경우, 관련 조문만으로 주택건설에 앞서 임대사업자 등록이 선행되어야 하는 것으로 일의적으로 해석하기는 어려운 점이 있어 쟁점감면특례를 배제하고 신고할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보이는 점, 다만, 납부지연가산세는 납부기한 내에 납부한 자와의 형평을 고려하여 미납부한 세액에 가산하는 지연이자 성격을 갖고 있으므로, 미납부한 기간 동안 실질적으로 받게 되는 금융혜택 상당액을 국가에 납부하도록 하는 의미도 있는 점 등에 비추어, 처분청은 청구인에게 부과한 가산세 중에서 과소신고가산세를 감면하는 것이 타당하다고 판단됨
[주 문] AAA세무서장이 2024.9.13. 청구인에게 한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원은 부과처분은 과소신고가산세를 제외하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다. [이 유]
7. 소유권보존 등기를 경료한 후, 2022.11.30. 양도하면서 조세특례제한법제97조의2 규정의 신축임대주택에 대한 양도소득세 감면 특례(이하 “쟁점감면특례”라 한다)를 적용하여 양도소득세 예정신고 하였다.
(1) 쟁점건물은 민간임대주택에 관한 특별법(이하 “민간임대주택법”이라 한다)에 따른 건설임대주택에 해당하므로, 처분청의 쟁점처분은 위법하다. (가) 조세특례제한법 제97조의2 제1항 에서 “1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간중에 신축된 건설임대주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제한다”고 규정하였고, 민간임대주택법 제2조 제2호 가목에서 “건설임대주택”이란 “임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택”이라고 규정하고 있을 뿐, 해당 주택의 소유권보전등기 완료 전까지 해당 주택에 관하여 임대사업자로 등록되어 있어야 한다는 명문 규정은 존재하지 않는다. 상기 규정에도 불구하고 처분청은 해당 주택의 소유권보전등기 완료 전까지 해당 주택에 관하여 임대사업자로 등록되어 있어야 건설임대주택으로 볼 수 있다고 해석하고 있고, 이는 조세법규 엄격해석의 원칙에 반하는 것으로, 부당하다. (나) 처분청이 원용하고 있는 서울행정법원 판례(2024.1.19. 선고 2023구합57630 판결)에서 “민간건설임대주택에 해당하기 위해서는 애초에 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하는 것이 명확하여야 함이 분명하고, 따라서 최소한 해당 주택의 소유권보존등기 완료 전까지는 해당 주택에 관하여 임대사업자로 이미 등록되어 있어야 할 것이다. 그렇지 아니할 경우에는 당초 분양 내지 거주 목적으로 건설하여 취득하였다가 이후 분양이 잘 이루어지지 않거나 다른 사정으로 인하여 임대주택으로 등록한 경우(이는 모두 내심의 사정에 불과하여 객관적 확인이 어렵다)와 구별이 되지 않고, 과세의 불확실성이 가중될 우려가 크다”는 이유로, 최소한 해당 주택의 소유권보존등기 완료 전까지는 해당 주택에 관하여 임대사업자로 이미 등록되어 있어야 건설임대주택에 해당하는 것으로 판단하고 있으나, 행정처분의 적법 여부는 처분당시의 사유와 사정을 기준으로 판단하여야 하여야 하는 것으로서(대법원 1988.6.7. 선고 87누1079 판결 참조), 이 건의 경우처럼 청구인이 최소한 쟁점건물의 소유권보전등기 완료 전까지 해당 주택에 관하여 임대사업자로 등록을 한 사실이 없다고 하더라도 과세처분 당시 다른 증거서류들에 의하여 애초에 청구인이 쟁점건물을 분양이나 거주목적이 아닌 임대 목적으로 건설한 것으로 볼 수 있는 사정들이 명확히 확인된다면 ‘임대사업자 등록여부’라는 형식적 요건보다 국세기본법제14조 제2항의 실질과세의 원칙에 따라 민간임대주택법의 규정에 따른 민간건설임대주택으로 보아야 한다.
(2) 청구인이 2001.11.30. 쟁점건물 신축 후 2001.12.7. 소유권보전등기를 경료한 직후부터 쟁점건물을 임대하였고, 임대기간이 종료되면 다시 임대를 하다가 양도하였다는 점에 비추어 보면, 처분청이 청구인에게 쟁점처분을 할 당시에 청구인이 쟁점건물을 임대 목적으로 신축하였다는 사실이 명확히 인정되고, 쟁점건물은 ‘다세대주택’으로서 건축법 제2조 제2항 및 같은 법 시행령 제3조의5 〔별표1〕에 따라 공동주택으로 분류되는 주택으로, 구분소유의 대상이 되므로, 쟁점건물을 각 호실로 분양할 수 있었으나, 청구인은 쟁점건물을 2022.11.30. 양도하기 이전에 단 1호도 분양한 사실이 없는 점에 미루어 보아, 임대 목적으로 건설하였다는 사실을 넉넉히 추단할 수 있으며, 쟁점건물은 실질과세 원칙에 따라 민간임대주택법의 규정에 따른 건설임대주택에 해당한다. 한편, 처분청은 청구인이 제출한 ‘임대내역 명세’ 및 ‘임대차계약서’상 임차인의 최초 임대 시작일과 실제 전입일과 차이가 있는 점 등을 근거로 청구인의 쟁점감면특례 적용신청이 행정처분 당시를 기준으로 한 결과론적 주장일 뿐이라고 하고 있으나, 최초 임대 시작일과 임차인의 실제 전입일과 차이가 나는 것은 임차인이 임대차계약을 체결한 이후 임차인의 사정에 의하여 전입일 신고를 늦게 한 것에 지나지 않아, 이러한 사정을 이유로 쟁점처분이 정당하다고 주장할 수는 없다. (가) 국세청 유권해석 ‘사전-2017-법령해석재산-0151(2017.6.30.)’ (이하 “쟁점유권해석”이라 한다)에 의하면, “ 조세특례제한법 제97조의2 제1항 제1호 에 따른 건설임대주택을 1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 신축하였으나 신축기간을 경과하여 임대주택법에 의한 임대사업자등록 및 관할세무서장에게 사업자등록하고 임대 개시한 경우에도 5년 이상 임대하는 등의 해당 감면요건을 모두 갖춘 경우에는 감면을 적용받을 수 있다”고 해석하고 있어 신축임대주택에 대하여 감면을 적용받기 위한 요건 중 하나로서 반드시 임대주택법의 규정에 따라 임대사업자 등록만 하면 족한 것으로 해석하고 있음에도 불구하고, 처분청이 주장하는 것처럼 청구인이 쟁점건물의 소유권보전등기 완료 전까지 반드시 쟁점건물에 대하여 임대사업자 등록을 하여야 한다고 해석하는 것은 위의 예규에 기속을 받는 세무공무원이 예규의 취지에 맞지 않게 법을 해석하여 청구인의 법적안정성 및 예측가능성을 침해하는 것에 해당하여 심히 부당하다. (나) “일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되는 요건으로서는, 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다는 점을 들 수 있으며, 이러한 요건을 모두 충족할 때에는 과세관청의 처분은 신의성실의 원칙에 위반되는 행위로서 위법하다고 보게 되는 것이다”는 대법원 판례(1985.4.23. 선고 84누593 판결)의 법리에 비추어 이 건을 살펴보면, 과세관청은 쟁점 유권해석 이후 해석을 변경한 사실이 없고, “2023 핵심실무 양도소득세 해설”책자에서도 임대사업자등록이 지연되는 경우에도 신축임대주택 특례를 인정한다는 관련 사례를 인용하고 있다. 과세관청의 의견표명은 예규, 통첩, 각 세법의 기본통칙, 세무상담, 질의회신, 세무행정지도, 비과세통지 등 여러 모습으로 나타날 수 있는데 이 건의 경우 과세관청은 쟁점유권해석을 통하여 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하였으며, 납세자인 청구인이 이러한 공적견해를 신뢰한 데에 대하여 귀책사유가 없으며, 청구인이 쟁점유권해석을 신뢰하고 양도소득세 감면 특례를 적용하여 양도소득세 신고를 하였으며, 처분청은 쟁점유권해석에 반하는 쟁점처분을 함으로써 청구인의 이익이 침해되는 결과가 발생하였으므로, 처분청이 청구인에 대하여 한 쟁점처분은 신의성실의 원칙에 반하는 행위로서 위법하다. (다) 청구인이 소유권보전등기일인 2001.12.7. 전까지 임대사업자로 등록하지 아니하고, 2018.4.29. 임대사업자등록을 하였다고 하더라도, 쟁점건물은 민간임대주택법의 규정에 따른 건설임대주택에 해당하고, 1999.8.20.부터 2001.12.31.까지의 기간 중에 신축된 주택 및 5년 이상 임대한 후 양도한 주택에 해당하여 쟁점감면특례요건을 충족하는 것이다. (라) 청구인이 쟁점건물을 건설임대주택이 아닌 ‘민간매입임대주택’으로 하여 임대사업자 등록을 한 것은 BBB광역시 기장군청 소속 공무원이 “소유권보전등기를 마친 후에는 ‘민간건설임대주택’으로 사업자등록이 불가능하다고 하여 부득이 ‘민간매입임대주택’으로 하여 임대사업자 등록을 한 것이고, 쟁점건물이 ‘매입임대주택’이 아닌 ‘건설임대주택’에 해당한다는 사실은 쟁점건물이 2001.12.7. 소유권보전등기를 마친 바, 신축건물의 경우에만 소유권보전등기를 한다는 사실만으로도 충분히 알 수 있으므로, 청구인이 ‘민간매입임대주택’으로 등록을 하였다는 사실만으로 쟁점건물이 건설임대주택에 해당하지 않는다고 보는 것은 실질과세의 원칙에 위배된다. (마) 처분청은 청구인이 1996.6.11.∼2014.8.25. 동일 소재지에서 거주한 사실이 주민등록등(초)본에 의하여 확인된다는 사실을 이유로, 쟁점처분이 정당하다고 주장하고 있으나, 쟁점건물은 총 17호로 구분되고, 청구인은 17호 전부에 대하여 신축임대주택에 대한 양도소득세 감면 특례를 적용하여 신고하였으므로, 처분청은 청구인이 거주한 1호에 대하여만 신축임대주택에 대한 쟁점감면특례 적용을 배제하여 과세표준과 세액을 경정하면 되는 것이므로, 청구인이 다세대주택 중 1호에 대하여 거주하였다는 이유로, 쟁점처분 전부가 정당하다고 볼 수는 없다.
(3) 쟁점유권해석에도 불구하고 처분청이 서울행정법원 판례(2024.1.19. 선고 2023구합57630 판결)를 원용하여 청구인이 쟁점건물에 대하여 신축임대주택에 대한 쟁점감면특례를 적용받기 위해서는 쟁점건물의 소유권보전등기 완료 전까지 반드시 쟁점건물에 대하여 임대사업자 등록을 하여야 한다고 해석하면서, 가산세를 부과하는 것은 납세의무자에게 너무 가혹하다고 할 것이므로, 가산세 부과처분은 취소되어야 한다. 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우, 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 그 부과를 면할 수 있고(대법원 2005.4.15. 선고 2003두4089 판결 참조), 본래 광범하고 항상 변동하는 경제적 현상과 거래를 그 규제대상으로 하고 있는 세법은 기술적이어서 그 해석이 극히 어렵다할 것이어서 이에 대하여는 단순한 법률상의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의로 인한 견해의 대립이 생길 수 있다할 것이며 이 경우 납세의무자가 정부의 견해와 다른 견해를 취하였다 하여 가산세의 부과요건에 해당하게 된다고 본다면 납세의무자에게 너무 가혹하다고 할 것이다(BBB고등법원 2013.9.1. 선고 2013누1294 판결, 대법원 1992.10.23. 선고 92누2936, 92누2943 판결 참조)는 판례의 법리에 비추어 보더라도 처분청이 청구인에 대하여 한 가산세 부과처분은 부당하다.
(1) 쟁점감면 특례를 적용받기 위해서는 주택 건설에 앞서 임대사업자 등록이 선행되어야 하고, 그 등록 기한은 소유권보존 등기일까지로 정하고 있는바, 2001년 쟁점건물에 대한 소유권보존등기를 완료하고 17년이 지난 후 주택구분을 ‘민간매입임대주택’으로 하여 임대사업자 등록을 한 청구인은 쟁점감면특례를 적용받을 수 없다. (가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009.8.20. 선고 2008두11372 판결). (나) 조세특례제한법 제97조의2 제1항 에 따르면 신축임대주택에 대한 양도소득세 면제요건을 민간임대주택법에 따른 건설임대주택과 매입임대주택으로 구분하여 각각의 양도소득세 면제요건을 아래 <표1>과 같이 달리 규정하고 있다. <표1> 쟁점과세특례 감면 요건 구분(조세특례제한법 제97조의2) 청구인은 쟁점건물을 취득 직후부터 계속 임대하였으므로 임대를 목적으로 건설한 건설임대주택에 해당한다고 주장하나, 민간임대주택법 제2조 제2호 가목에 의하면 민간건설임대주택은 “임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택”이라고 규정되어 있는바, 특정 주택을 민간건설임대주택으로 보기 위해서는 “임대를 목적으로 건설”해야 한다는 점이 문언상 분명하고, 제4호에서 “임대사업자”란 주택임대사업을 하기 위하여 구청장 등에게 등록한 자를 말한다고 정의하고 있으므로 쟁점감면특례를 적용받기 위해서는 주택건설에 앞서 임대사업자 등록이 선행되어야 한다. 이 건과 같이 쟁점건물이 민간임대주택법 제2조 제2호 가목의 민간건설임대주택에 해당하는지를 판단해야 하는 경우에는 해당 주택이 신축 당시부터 임대를 목적으로 건설되었다는 점이 객관적으로 확인될 필요가 반드시 있으므로 적어도 주택 건설이 완료되기 전까지는 임대사업자 등록을 통해 해당 주택이 임대목적으로 건설되었다는 점을 공적으로 확인하는 절차를 거쳐야 할 것이다. 청구인은 주택 건설이 완료(2001.11.30.) 되어 소유권 보존등기(2001.12.7.)를 마칠 때까지 충분한 시간적 여유가 있었음에도 불구하고 임대사업자로 등록하지 않다가 2018.4.26. 임대사업자로 등록한바, 청구인이 당초부터 해당 주택을 “임대를 목적으로 건설” 하였다는 점을 객관적으로 확인할 수 없고, 그럼에도 불구하고 쟁점건물을 민간건설임대주택의 범위에 포함시키는 것은 관련 법령의 취지 및 목적에도 부합하지 않는 것이다. (다) 청구인은 당초 쟁점건물의 소유권보전등기 후 단 1호도 쟁점건물을 분양 또는 거주의 목적으로 사용한 적이 없고, 양도일까지 계속하여 임대하였다고 주장하다가 처분청이 1992.6.11.∼2014.8.25. 쟁점주택 동일 소재지에서 실제 청구인이 거주한 사실을 주민등록등(초)본으로 확인하자 쟁점감면특례의 일부라도 적용해줄 것으로 청구주장을 변경한바 있고, 아래 <표2>와 같이 임대내역 명세 및 임대차계약서상 최초 임대 시작일이 임차인의 실제 전입일도 차이가 있는바, 청구인의 주장은 사실과 다른 점이 확인된다. <표2> 청구인의 임대 시작일과 임차인의 전입일 비교 당초 분양 내지 거주 목적으로 건설하였다가 이후 분양이 되지 않거나 청구인의 다른 사정으로 인해 불가피하게 쟁점건물을 계속 임대한 것인지 여부는 모두 내심(內心)의 사정에 불과하여 객관적 확인이 어렵기 때문에 이를 배제할 수 없을 것이고, 다수의 유권해석 및 판례에서도 소유권 보존등기 시까지 임대사업자로 등록하지 않을 경우 당초부터 해당 주택을 임대 목적으로 건설하였는지가 불분명하여, 소유권보존등기를 마친 후 임대사업자로 등록한 주택을 민간건설임대주택으로 볼 경우 불합리한 결과를 초래할 수 있다는 점 등을 이유로 건설임대주택으로 보지 않고 있다. (라) 청구인이 주장하는 쟁점유권해석의 경우 소유권보존등기 이후 임대사업자 등록일까지 불과 두 달도 되지 않았고, 특히 등록된 임대사업자 유형이 불분명하므로, 청구인과 같이 소유권보존등기 후 17년이 넘게 지난 후 ‘매입임대주택’으로 임대사업자 등록을 한 본 건과는 사실관계가 달라 바로 적용할 수 없고, 해당 유권해석은 ‘건설임대주택에 해당함을 전제’로 신축기한을 경과하여 임대사업자 등록을 하더라도 감면을 적용받을 수 있다는 내용으로, 1999.8.20.∼2001.12.31. 사이에 신축이 되었고 5년 이상 임대를 하여 건설임대주택에 해당하여 감면을 적용받을 수 있다고 답변한 것이 아니다. (마) 또한, 종합부동산세 집행기준(8-3-4)에 따르면 소유권 보존등기 후에 임대사업자 등록 시 건설임대주택에 해당하지 않는다는 공적인 견해를 2011년부터 계속 표명하였으므로 신의성실원칙을 위반하였다는 주장은 받아들일 수 없다.
(2) 이 건은 해석상의 논란이 있는 것이 아니라, 청구인이 해당 감면 법령에 대하여 정확히 알지 못하였거나 오인하여 양도소득세를 잘못 신고한 것으로, 가산세를 부과하지 않을 “정당한 사유”라고 볼 수 없다. (가) 국세기본법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 납세자가 의무를 불이행한 것에 대한 “정당한 사유”가 있는 경우 가산세를 부과하지 아니하는 것이며, 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재이다. (나) 조세특례제한법 제97조의2 에서 양도소득세 감면을 적용받기 위해서는 민간임대주택법에 따른 “건설임대주택”과 “매입임대주택”만이 그 감면 대상임을 명시하고 있는바 해석의 논란이 없고, 쟁점유권해석의 경우도 건설임대주택임을 전제로 한 후, 임대사업자등록 시기에 대하여 질의한 것으로 이 건의 쟁점처분과 동일한 사안으로 볼 수 없다.
① 쟁점건물이 민간임대주택법에 따른 건설임대주택에 해당하는지 여부
② 쟁점처분이 가산세 감면 대상인지 여부
(1) 조세특례제한법(1999.12.28., 법률 제6045호로 일부개정된 것) 제97조의2(신축임대주택에 대한 양도소득세등의 감면 특례) ① 대통령령이 정하는 내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배이내의 토지를 포함한다)을 5년이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 이 조에서 "신축임대주택"이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.
1. 다음 각목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 건설임대주택
2. 다음 각목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 매입임대주택중 1999년 8월 20일 이후 취득(1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에 한한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다)
② 제97조 제2항 내지 제4항의 규정은 신축임대주택에 관하여 이를 준용한다. (2) 조세특례제한법 시행령(2000.1.10. 대통령령 제16693호로 일부개정된 것) 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세 등의 감면) ① 법 제97조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 내국인"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 자를 말한다.
1. 임대주택을 5호이상 임대하는 개인
2. 임대주택을 5호이상 임대하는 내국법인(이하 이 조에서 "임대주택사업자"라 한다)
② 법 제97조 제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는 소득세법 시행령 제32조 제3항 및 제4항의 규정을 준용한다.
③ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 내국인은 주택의 임대를 개시한 날부터 3월이내에 재정경제부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지(임대주택사업자의 경우에는 당해 법인의 본점 또는 주사무소의 소재지를 말한다) 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지(임대주택사업자의 경우에는 당해 법인의 본점 또는 주사무소의 소재지를 말한다) 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
주택법 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록증
3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본
4. 임대주택에 대한 등기부등본 또는 토지 및 건축물대장등본
5. 기타 재정경제부령이 정하는 서류
⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 “주택임대기간”이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.
1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것
4. 5호미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것
5. 제1호 내지 제3호의2의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것 제97조의2(신축임대주택에 대한 양도소득세등의 감면특례) ① 법 제97조의2 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 내국인"이라 함은 1호이상의 신축임대주택(법 제97조의2 제1항의 규정에 의한 신축임대주택을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대하는 개인 또는 내국법인을 말한다.
② 신축임대주택의 주택임대사항의 신고·세액감면의 신청·임대기간의 계산 등에 관하여는 제97조 제2항 내지 제5항의 규정을 준용한다. 다만, 제97조 제4항의 규정을 준용함에 있어서 법 제97조의2 제1항 제2호의 규정에 의한 매입임대주택의 경우에는 제97조 제4항 각호에 규정된 서류 외에 매매계약서 사본과 계약금 지급일을 입증할 수 있는 증빙서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (3) 민간임대주택에 관한 특별법(2000.1.12., 법률 제6167호로 개정된 것) 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.
2. “건설임대주택”이라 함은 다음 각목에 해당하는 주택을 말하며, 그 종류는 대통령령으로 정한다.
4. “임대사업자”라 함은 국가·지방자치단체·대한주택공사나 지방공기업법 제49조 의 규정에 의하여 주택사업을 목적으로 설립된 지방공사(이하 "지방공사"라 한다) 또는 제6조의 규정에 의하여 주택임대사업을 하기 위하여 등록한 자를 말한다.
(1) 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구인은 2001.11.30. 쟁점건물을 신축하고 2001.12.7. 소유권보존 등기를 경료한 후 2018.4.26. ‘민간매입임대사업자’로 임대사업자등록을 하였으며, 청구인은 ‘임대사업자 등록증’을 제출하였다. (나) 이후 2022.11.30. 쟁점건물을 양도하면서 조세특례제한법제97조의2 규정의 신축임대주택에 대한 양도소득세 감면 특례를 적용하여 양도소득세 예정신고를 하였으며 양도소득세 신고내용은 아래 <표3>과 같다. <표3> 청구인의 양도소득세 신고내역 (단위: 천원, ㎡) (다) 이에 대하여 처분청은 청구인이 임대사업자로 등록한 것이 쟁점건물의 소유권보존등기일 이후이므로 건설임대주택에 해당하지 않으므로 2022년 귀속에 대한 양도소득세를 아래 <표4>와 같이 경정⋅고지하고 기납부한 농어촌특별세 OOO원에 대하여 감액 결정하였다. <표4> 양도소득세·농어촌특별세 경정내역 (단위: 천원, ㎡)
(2) 청구인이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 내용이 확인된다. (가) 청구인은 쟁점주택의 임대내역과 각 호실 임대차 계약서를 제출하였다. (나) 청구인은 양도소득세 해설책자OOO자료 및 OOO일보의 OOO 기사를 제출하였다.
(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물이 민간임대주택법에 따른 건설임대주택에 해당하므로 조세특례제한법 제97조의2 제1항 제1호 의 감면규정이 적용되어야 한다고 주장하나, 조세특례제한법제97조의2 제1항 제2호는 대통령령이 정하는 내국인이 다음 각목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 건설임대주택을 5년 이상 임대한 후 양도한 경우 그 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있고, 민간임대주택법 제2조 제2호 에서 건설임대주택이라 함은 임대사업자가 임대를 목적으로 건설하여 임대하는 주택을 말한다고 규정하고 있는바, 청구인은 민간임대주택법에서 규정하는 임대사업자로 등록하지 아니하다가 쟁점건물을 신축하여 소유권이전등기를 마치고 17년이 지난 후에 임대사업자 등록을 한 것이므로 쟁점건물은 조세특례제한법제97조의2에서 규정한 임대주택법에 의한 건설임대주택의 요건을 충족하였다고 보기 어려운 점(조심 2012중2446, 2012.8.3. 등, 같은 뜻임) 등에 비추어, 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 처분청은 조세특례제한법 제97조의2 에서 양도소득세 감면 요건인 민간임대주택법에 따른 건설임대주택 등으로 그 감면 대상을 명시하고 있으므로 가산세를 감면할 정당한 사유가 없다는 의견이나, 세법상 가산세는 과세의 적정을 기하기 위하여 납세의무자로 하여금 성실한 과세표준의 신고 및 세액의 납부의무를 지우고 이를 확보하기 위하여 그 의무이행을 게을리하였을 때 가해지는 일종의 행정상의 제재라고 할 것이고, 이와 같은 제재는, 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것(대법원 2002.8.23. 선고 2002두66 판결, 같은 뜻임)이다. 이 건의 경우, 쟁점유권해석에서 주택을 신축하여 소유권보존등기 이후 임대사업자 등록하는 경우에도 감면요건을 충족한 경우에는 감면을 받을 수 있다고 한 사례가 있고, 관련 조문만으로 주택건설에 앞서 임대사업자 등록이 선행되어야 하는 것으로 일의적으로 해석하기는 어려운 점이 있어 쟁점감면특례를 배제하고 신고할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보이는 점, 다만, 납부지연가산세는 납부기한 내에 납부한 자와의 형평을 고려하여 미납부한 세액에 가산하는 지연이자 성격을 갖고 있으므로, 미납부한 기간 동안 실질적으로 받게 되는 금융혜택 상당액을 국가에 납부하도록 하는 의미도 있는 점 등에 비추어, 처분청은 청구인에게 부과한 가산세 중에서 과소신고가산세를 감면하는 것이 타당하다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제80조의2, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다..
aa세무서장이 2024.9.13. 청구인에게 한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원은 부과처분은 과소신고가산세를 제외하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.