쟁점①에 대하여 살피건대, 구인은 쟁점건물을 취득하면서 쟁점건물의 취득가액을 장부에 스스로 기재하였고, 위 취득가액을 기초로 총수입금액에서 공제되는 필요경비인 감가상각비 등을 계상하는 방식으로 세무 처리를 해 온 점, 청구인이 제시한 표준건축비로는 쟁점건물의 실지취득가액을 확인하기 어렵고, 장부가액을 실지취득가액과 다르게 기재할 특별한 사정을 밝히지 못하고 있는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점계약서 외에는 금융 증빙 등 다른 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있고, 처분청이 제시한 자료에 따르면 쟁점계약서는 사후에 작성되었을 가능성을 배제할 수 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단됨
(1) 이 건의 경위는 다음과 같다. (가) 청구인은 쟁점부동산에 대한 양도소득세 신고를 하면서 쟁점부동산의 취득시기가 오래되어 취득가액을 증명할 수 있는 서류를 찾지 못하여 불가피하게 쟁점부동산의 취득가액을 환산취득가액으로 하여 양도소득세 신고를 하였다. (나) 처분청은 조사 과정에서 쟁점건물의 장부가액을 확인하고, 청구인에게 장부가액이 아닌 환산취득가액을 적용하여 신고한 것에 대한 해명자료를 제출할 것을 통지하였다. (다) 이에 청구인은 쟁점부동산 중 부산광역시 OOO 토지 218㎡(이하 “쟁점토지”라 한다) 및 가건물(취득 이후 철거됨)에 대한 실지취득계약서(이하 “쟁점계약서”라 한다)를 찾았으므로, 당초 신고하였던 토지 환산가액 OOO원을 취소하고, 쟁점계약서상 거래가액 OOO원(토지, 건물 구분 없이 OOO원에 일괄 계약하였음)을 안분한 금액 OOO원을 적용하여 줄 것을 요청하였으나, 처분청은 쟁점계약서가 실지계약서가 아닌 것으로 보아 청구인이 제출한 쟁점계약서를 인정하지 않았다.
(2) 쟁점건물의 장부가액은 취득 당시 세무대리인(세무사)이 임의로 기장한 가액으로, 쟁점건물의 실제 취득가액이 아니다. (가) 2007.1.1. 이전에는 부동산에 대한 양도차익 산정에 있어서 기준시가 과세원칙을 적용하였으나, 2007.1.1.부터 실지거래가액 과세원칙으로 전환되어 현재까지 시행되고 있다. (나) 복식부기 기장대상이 아닌 대부분의 영세 임대업자들은 실지거래가액 과세원칙 시행 이전에는 건물, 토지 양도 시 기준시가 원칙에 따라서 신고하였기 때문에 건물을 신축할 때 세금계산서 수취 등 필요경비에 대한 증빙을 갖추어 기장을 하지 않았다. 청구인도 2001년까지 기장의무가 없어 기장하지 아니하였고, 2002.2.26. 쟁점건물을 신축하면서 당시 세무사가 임의로 토지와 건물의 장부가액을 각 OOO원과 OOO원으로 기장하였고, 2015.1.9. 쟁점건물을 증축하면서는 기장을 하지도 않았다. (다) 처분청은 청구인이 ㈜A으로부터 수취한 세금계산서의 공급가액(OOO원)과 감리 및 설계 도급금액(OOO원), 취득세(OOO원)의 합계는 OOO원으로, 이는 장부상 취득가액 OOO원과 거의 일치한다는 의견이나, ㈜A은 골조공사만 하였고 창호, 외벽마감, 내부바닥, 내부벽, 내부천장, 전기공사, 설비공사, 정화조, 소방공사, 구내통신설비공사 및 가스공사 등은 개별 사업자들에 발주하여 공사하였으나 오랜 시간이 지나 세금계산서 증빙이 없을 뿐이므로 ㈜A이 발행한 세금계산서 공급가액만을 총공사비로 볼 수 없다. (라) 또한, 쟁점건물의 장부상 취득가액(OOO원, 감가상각누계액을 차감하기 전의 가액)이 표준건축비(OOO원)의 33.67%, 기준시가(OOO원)의 95.5%, 환산가액(OOO원)의 50.7% 수준에 불과한 점도 고려되어야 한다.
(3) 쟁점토지의 취득원가는 쟁점계약서상 거래가액을 안분한 금액(OOO원)이 되어야 한다. 청구인은 쟁점부동산 중 부산광역시 OOO 토지 218㎡(쟁점토지) 및 건물(건물은 취득 이후 철거됨)에 대한 실지취득계약서(쟁점계약서)를 찾았으므로, 당초 신고하였던 토지 환산취득가액 OOO원을 취소하고, 쟁점계약서상 거래가액 OOO원(토지, 건물 구분 없이 OOO원에 일괄 계약하였음)을 기준으로 안분한 금액(OOO원)을 적용하여야 한다.
(1) 쟁점건물 취득 당시 재무제표에 계상한 장부가액은 실지거래가액으로 판단되므로, 쟁점건물의 취득가액은 장부가액이 되어야 한다. (가) 소득세법 제114조 제7호 는 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있다. (나) 법원은 납세자가 장부가액을 부인할 경우 실지취득가액에 대한 입증책임은 납세자에게 있으며, 과세관청은 반드시 취득과 관련된 증빙서류에 의하지 않더라도 장부의 기재를 실지취득가액이라고 볼 수 있는 상당한 사정을 증명하면 족하다고 판시한 바 있다(서울고등법원 2014.5.28. 선고 2013누53389 판결). (다) 조세심판원도 표준건축비나 공사비용 계산내역 등으로는 쟁점건물의 실지취득가액을 확인하기 어렵고, 장부가액을 실지취득가액과 다르게 기재할 특별한 사정을 밝히지 못하고 있는 점 등에 비추어, 환산취득가액을 부인하고 장부가액을 취득가액으로 적용하여 청구인에게 양도소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다고 결정한 바 있다(조심 2022인22, 2022.4.26.). (라) 청구인은 쟁점건물의 취득시 장부가액이 당시 세무대리인이 임의로 작성한 가액이라고 주장하나, 법원은 납세의무자가 종합소득세 신고 당시 스스로 성실하게 작성하였음을 전제로 작성·제출한 바 있는 장부를 쉽사리 부인하도록 허용한다면 조세의 신고·납부체계의 근간을 뒤흔들게 되며, 더욱이 증빙서류의 보관기간인 5년이 지난 이후로는 실지거래가액을 기준으로 한 양도차익의 산정이 불리하다고 판단되는 납세의무자로 하여금 보다 유리한 환산가액의 적용 여부를 취사선택할 수 있게끔 그 선택에 맡기게 되어 부당하게 될 우려가 있다고 판시한 바 있다(서울고등법원 2014.8.20. 선고 2014누40038 판결). (마) 청구인은 시공사 ㈜A으로부터 총 OOO원의 세금계산서(2001년 제2기분 OOO원, 2002년 제1기분 OOO원)를 수취하고 고정자산 매입으로 부가가치세를 신고하였으며, 해당 기간동안 동 매입액을 제외하고는 신고된 매입액은 없다. 또한, 처분청은 국세청 전산망(NTIS)의 “건축물 착공신고 자료관리”에서 쟁점건물의 신축시 감리 및 설계 도급금액으로 OOO원으로 신고하였음을 확인하였고, 부산광역시 북구청으로부터 쟁점건물 취득시 취득세 등 OOO원을 납부하였음을 확인하였다. 따라서, 청구인이 ㈜A으로부터 수취한 세금계산서의 공급가액(OOO원)과 감리 및 설계 도급금액(OOO원), 취득세(OOO원)의 합계는 OOO원으로, 이는 장부상 취득가액인 OOO원과 거의 일치한다. (바) 청구인은 시공사 ㈜A은 골조공사만 하였고 그 외 공사는 개별 사업자들에게 발주하여 진행하였다고 주장만 할 뿐, 시일이 오래되어 확인할 수 없다는 사유로 ㈜A이 골조공사만을 수행하였다는 자료나 다른 사업자가 수행한 공사 관련 증명서류 등 실제 공사를 진행한 내용을 알 수 있는 어떠한 증빙도 제출하지 않았다. (사) 청구인은 복식부기 의무자로 취득 당시부터 장부가액을 계상하였고, 쟁점건물을 신축한 후 계속 사업용으로 사용하였으며, 사업소득 금액 계산 시 감가상각비를 계상하고 필요경비로 공제한 점, 쟁점건물 신축 시공자 ㈜A이 발행한 세금계산서 등으로 장부가액이 확인 가능한 점 등을 고려할 때, 장부가액이 실지취득가액이라는 점이 충분히 증명된다.
(2) 서울지방국세청 과학조사담당관에 따르면 쟁점계약서는 사후 작성되었을 가능성이 높고, 청구인은 실제 취득가액이라고 주장하는 금액에 대한 금융증빙 등 객관적인 증빙을 제시하지 못하는 점 등을 고려할 때 쟁점계약서상 거래가액은 실지거래가액으로 인정할 수 없다. (가) 청구인은 조사 당시 부산 OOO 토지 및 건물 취득시 작성하였다고 주장하는 쟁점계약서(작성일자 1995.8.12, 매매대금 OOO원)를 제출하였고, 이에 처분청은 청구인에게 쟁점계약서와 관련된 금융 증빙을 요청하였으나 청구인은 이를 제출하지 않았다. (나) 이에 처분청은 쟁점계약서의 작성시기를 확인하기 위하여 2024.10.7. 서울지방국세청 과학조사담당관에 문서 감정을 의뢰하였으며, 2024.11.1. 서울지방국세청 과학조사담당관으로부터 쟁점계약서는 사후 작성되었을 가능성이 높다는 감정 결과를 회신받았다. (다) 청구인은 심판청구 과정에서 쟁점계약서에 소개인으로 기재되어 있는 B이 작성한 확인서(2024.11.5.)를 B의 신분증 사본과 함께 증빙으로 제출하였으나, B은 국세청 전산망(NTIS)상 사업자등록 이력이 없으며, 쟁점계약서에 기재된 B의 주민등록번호 앞 6자리(390207)와 청구인이 제출한 확인서의 신분증 사본의 주민등록번호 앞 6자리(390201)가 일치하지 않는 등 동 확인서는 객관적인 증거라고 볼 수 없다.
① 쟁점건물의 취득가액을 환산취득가액으로 하여야 한다는 청구주장의 당부
② 쟁점토지의 취득가액을 쟁점계약서상 거래가액을 안분한 금액으로 산정하여야 한다는 청구주장의 당부
(1) 청구인과 처분청이 제시한 심리자료에 따르면, 다음과 같은 사실들이 확인된다. (가) 청구인이 제출한 쟁점계약서(1995.8.12.)에 따르면, 부산광역시 OOO 토지 및 지상 가건물에 대하여 매도인 C, 매수인 청구인, 소개인 B으로 하여 OOO원에 매매계약을 체결한 것으로 나타난다. (나) 청구인은 B(쟁점계약서상 소개인)이 작성한 확인서(2024.11.5.) 및 신분증 사본을 제출하였으며, 동 확인서에는 쟁점계약서가 틀림없음을 확인한다는 내용이 기재되어 있는 것으로 나타난다. (다) 처분청이 제출한 자료에 따르면, 쟁점계약서상 B의 주민등록번호 앞 6자리(390207)와 B의 확인서에 첨부된 주민등록증 사본의 주민등록번호 앞 6자리(390201)가 서로 다른 것으로 나타난다. (라) 처분청은 서울지방국세청 과학조사담당관으로부터 회신받은 문서감정서(2024.10.31.)를 제출하였고, 동 감정서상 감정결과 란에는 “잉크성분 분석에 따른 쟁점계약서의 작성시기는 사후에 작성되었을 가능성이 높음”이라고 기재되어 있다.
(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 이 건에 대하여 살펴본다. (가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점건물의 장부가액이 실지취득가액이 아니므로 환산취득가액을 적용하여야 한다고 주장하나, 실지취득가액이 매매계약서 등 취득 관련 서류에 의하여 직접적으로 입증되지 않더라도 여러 정황에 비추어 장부가액이 실지거래가액을 계상한 것으로 보이는 경우 장부가액을 실지취득가액으로 보는 것이 합리적이라고 볼 수 있는바(조심 2012구1854, 2012.6.20. 외 다수, 같은 뜻임), 청구인은 쟁점건물을 취득하면서 쟁점건물의 취득가액을 종합소득세 사업소득 산정의 근거가 되는 장부에 스스로 기재하였고, 위 취득가액을 기초로 총수입금액에서 공제되는 필요경비인 감가상각비 등을 계상하는 방식으로 그간 사업소득을 산정하여 종합소득세를 신고한 점, 청구인은 세금계산서를 발급받은 ㈜A 외에도 개별 사업자들에게 공사를 발주하였다고 주장하나, 이에 대한 금융 증빙, 공사계약서 등 증빙자료를 제시하지 못하고 있는 점, 청구인이 제시한 표준건축비로는 쟁점건물의 실지취득가액을 확인하기 어렵고, 장부가액을 실지취득가액과 다르게 기재할 특별한 사정을 밝히지 못하고 있는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다. (나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점토지의 취득가액은 쟁점계약서상 거래가액을 안분 계산한 금액으로 하여야 한다고 주장하나, 청구인은 쟁점계약서 외에는 금융 증빙 등 다른 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있고, 처분청이 제시한 자료에 따르면 쟁점계약서는 사후에 작성되었을 가능성을 배제할 수 없는 점 등에 비추어, 위와 같은 청구주장을 받아들이기는 어렵다고 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 소득세법 제97조(양도소득의 필요경비 계산) ① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.
1. 취득가액(지적재조사에 관한 특별법 제18조 에 따른 경계의 확정으로 지적공부상의 면적이 증가되어 같은 법 제20조에 따라 징수한 조정금은 제외한다). 다만, 가목의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에 한정하여 나목의 금액을 적용한다.
③ 제2항에 따라 필요경비를 계산할 때 양도자산 보유기간에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 과세기간의 사업소득금액을 계산하는 경우 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있을 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 금액을 그 취득가액으로 한다. 제114조(양도소득과세표준과 세액의 결정ㆍ경정 및 통지) ⑦ 제4항부터 제6항까지의 규정을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 정하는 경우로서 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 해당 자산의 양도 당시 또는 취득 당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산취득가액 또는 기준시가 등에 따라 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다. (2) 소득세법 시행령 제176조의2(추계결정 및 경정) ① 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 사유”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우
2. 장부ㆍ매매계약서ㆍ영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, 감정평가 및 감정평가사에 관한 법률에 따른 감정평가법인등(이하 이 조에서 “감정평가법인등”이라 한다)이 평가한 감정가액 등에 비추어 거짓임이 명백한 경우
② 법 제114조 제7항에서 “대통령령으로 정하는 방법에 따라 환산한 가액”이란 다음 각 호의 방법에 따라 환산한 가액을 말한다.
2. 법 제94조 제1항 제1호 및 제2호 가목에 따른 토지ㆍ건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 계산식에 따른 금액. 이 경우 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지의 가격을 포함한다)이 최초로 공시되기 이전에 취득한 주택과 부수토지를 함께 양도하는 경우에는 다음 계산식 중 취득당시의 기준시가를 제164조 제7항에 따라 계산한 가액으로 한다. 양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 × 취득당시의 기준시가 양도당시의 기준시가 (제164조 제8항의 규정에 해당하는 경우에는 동항의 규정에 의한 양도당시의 기준시가
③ 법 제114조 제7항에 따라 양도가액 또는 취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차적으로 적용(신주인수권의 경우에는 제3호를 적용하지 않는다)하여 산정한 가액에 따른다. 다만, 제1호에 따른 매매사례가액 또는 제2호에 따른 감정가액이 제98조 제1항에 따른 특수관계인과의 거래에 따른 가액 등으로서 객관적으로 부당하다고 인정되는 경우에는 해당 가액을 적용하지 않는다.
1. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주권상장법인의 주식등은 제외한다)과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액
2. 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산(주식등을 제외한다)에 대하여 둘 이상의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액. 다만, 기준시가가 10억원 이하인 자산(주식등은 제외한다)의 경우에는 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 하나의 감정평가법인등이 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 경우 그 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한정한다)으로 한다.
3. 제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액
심판청구를 기각한다.